Name: spectrophotometric determination of phycobiliprotein content in cyanobacterium synechocystis
Uploaded: 2018-09-11T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis at JoVE.com

واعتمد البروتوكول منشور سابق11. ت. Č ز.، والفصل دال، وياء-حظيت بوزارة التربية والتعليم والشباب والرياضة في الجمهورية التشيكية ضمن "البرنامج الوطني للاستدامة" وأنا (نبو أنا)، منح رقم LO1415. ج. Č. كما أيده GA CR، رقم المنحة 18 24397S. وأيد البنية التحتية البحثية التشيكية لبيولوجيا الأنظمة C4SYS (المشروع لا LM2015055) إمكانية الوصول إلى الأدوات والمرافق الأخرى. م. أ. س. أيد على منحة من "مؤسسة العلوم الروسية" [رقم 14-14-00904].

1. زراعة البكتيريا الزرقاء

<ol><li>زراعة الخلايا سينيتشوسيستيس في قوارير ارلينمييير أو في photobioreactors10،19 في مخزنة BG11 المتوسطة20 للمحافظة على الرقم الهيدروجيني من < 10 (مثلاً، استخدام 17 ملم حبيس10). ملاحظة: شروط زراعة القياس?...

<ol>
	<li>Mimuro, M., Kikuchi, H., Green, B. R., Parson, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antenna+Systems+and+Energy+Transfer+in+Cyanophyta+and+Rhodophyta.">Antenna Systems and Energy Transfer in Cyanophyta and Rhodophyta.</a> Light-Harvesting Antennas in Photosynthesis. , 281-306 (2003).</li><li>Spear-bernstein, L., Miller, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unique+location+of+the+phycobiliprotein+light-harvesting+pigment+in+the+Cryptophyceae.">Unique location of the phycobiliprotein light-harvesting pigment in the Cryptophyceae.</a> Journal of Phycology. 25 (3), 412-419 (1989).</li><li>Kirst, H., Formighieri, C., Melis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maximizing+photosynthetic+efficiency+and+culture+productivity+in+cyanobacteria+upon+minimizing+the+phycobilisome+light-harvesting+antenna+size.">Maximizing photosynthetic efficiency and culture productivity in cyanobacteria upon minimizing the phycobilisome light-harvesting antenna size.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics. 1837 (10), 1653-1664 (2014).</li><li>Page, L. E., Liberton, M., Pakrasi, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduction+of+photoautotrophic+productivity+in+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC+6803+by+phycobilisome+antenna+truncation.">Reduction of photoautotrophic productivity in the cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC 6803 by phycobilisome antenna truncation.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78 (17), 6349-6351 (2012).</li><li>Sonani, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+production,+purification+and+applications+of+phycobiliproteins.">Recent advances in production, purification and applications of phycobiliproteins.</a> World Journal of Biological Chemistry. 7 (1), 100 (2016).</li><li>Bryant, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Molecular Biology of Cyanobacteria. , (1994).</li><li>Kaneko, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence+analysis+of+the+genome+of+the+unicellular+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC6803.+I.+Sequence+features+in+the+1+Mb+region+from+map+positions+64%+to+92%+of+the+genome.">Sequence analysis of the genome of the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC6803. I. Sequence features in the 1 Mb region from map positions 64% to 92% of the genome.</a> DNA Research. 2, 191-198 (1995).</li><li>Kaneko, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence+analysis+of+the+genome+of+the+unicellular+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC6803.+II.+Sequence+determination+of+the+entire+genome+and+assignment+of+potential+protein-coding+regions.">Sequence analysis of the genome of the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC6803. II. Sequence determination of the entire genome and assignment of potential protein-coding regions.</a> DNA Research. 3, 109-136 (1996).</li><li>Grigorieva, G., Shestakov, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transformation+in+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp+6803.">Transformation in the cyanobacterium Synechocystis sp 6803.</a> FEMS Microbiology Letters. 13 (4), 367-370 (1982).</li><li>Zav&#345;el, T., Sinetova, M. A., B&#250;zov&#225;, D., Liter&#225;kov&#225;, P., &#268;erven&#253;, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+model+cyanobacterium+Synechocystis+sp:+PCC+6803+autotrophic+growth+in+a+flat-panel+photobioreactor.">Characterization of a model cyanobacterium Synechocystis sp: PCC 6803 autotrophic growth in a flat-panel photobioreactor.</a> Engineering in Life Sciences. 15 (1), (2015).</li><li>Zav&#345;el, T., O&#269;en&#225;&#353;ov&#225;, P., &#268;erven&#253;, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+characterization+of+Synechocystis+sp.+PCC+6803+substrains+reveals+differences+in+sensitivity+to+abiotic+stress.">Phenotypic characterization of Synechocystis sp. PCC 6803 substrains reveals differences in sensitivity to abiotic stress.</a> PLoS One. 12 (12), e0189130 (2017).</li><li>Bennett, A., Bogorad, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complementary+chromatic+adaption+in+a+filamentous+blue-green+alga.">Complementary chromatic adaption in a filamentous blue-green alga.</a> The Journal of Cell Biology. 58, 419-435 (1973).</li><li>L&#252;der, U. H., Knoetzel, J., Wiencke, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acclimation+of+photosynthesis+and+pigments+to+seasonally+changing+light+conditions+in+the+endemic+antarctic+red+macroalga+Palmaria+decipiens.">Acclimation of photosynthesis and pigments to seasonally changing light conditions in the endemic antarctic red macroalga Palmaria decipiens.</a> Polar Biology. 24 (8), 598-603 (2001).</li><li>Evans, L. V., Lobban, C. S., Chapman, D. J., Kremer, B. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+spectral+composition+and+irradiance+level+on+pigment+levels+in+seaweeds.">The effects of spectral composition and irradiance level on pigment levels in seaweeds.</a> Experimental Phycology: A Laboratory Manual. , 123-133 (1988).</li><li>Sampath-Wiley, P., Neefus, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+method+for+estimating+R-phycoerythrin+and+R-phycocyanin+contents+from+crude+aqueous+extracts+of+Porphyra+(Bangiales,+Rhodophyta).">An improved method for estimating R-phycoerythrin and R-phycocyanin contents from crude aqueous extracts of Porphyra (Bangiales, Rhodophyta).</a> Journal of Applied Phycology. 19 (2), 123-129 (2007).</li><li>Chung, Y. H., Park, Y. M., Moon, Y. J., Lee, E. M., Choi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photokinesis+of+Cyanobacterium+Synechocystis+sp.+PCC+6803.">Photokinesis of Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Journal of Photoscience. 11 (3), 89-94 (2004).</li><li>Sun, L., Gault, P. M., Marler, H. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phycobilisomes+from+Cyanobacteria.">Phycobilisomes from Cyanobacteria.</a> Handbook on Cyanobacteria: Biochemistry, Biotechnology and Applications. , 105-160 (2009).</li><li>Six, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+and+evolution+of+phycobilisomes+in+marine+Synechococcus+spp.:+A+comparative+genomics+study.">Diversity and evolution of phycobilisomes in marine Synechococcus spp.: A comparative genomics study.</a> Genome Biology. 8 (12), (2007).</li><li>Sinetova, M. A., &#268;erven&#253;, J., Zav&#345;el, T., Nedbal, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+dynamics+and+constraints+of+batch+culture+growth+of+the+cyanobacterium+Cyanothece+sp.+ATCC+51142.">On the dynamics and constraints of batch culture growth of the cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142.</a> Journal of Biotechnology. 162 (1), (2012).</li><li>Stanier, R. Y., Kunisawa, R., Mandel, M., Cohen-Bazire, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+and+properties+of+unicellular+blue-green+algae+(order+Chroococcales).">Purification and properties of unicellular blue-green algae (order Chroococcales).</a> Bacteriological Reviews. 35 (2), 171-205 (1971).</li><li>Zav&#345;el, T., Sinetova, M. A., B&#250;zov&#225;, D., Liter&#225;kov&#225;, P., &#268;erven&#253;, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+model+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+PCC+6803+autotrophic+growth+in+a+flat-panel+photobioreactor.">Characterization of a model cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 autotrophic growth in a flat-panel photobioreactor.</a> Engineering in Life Sciences. 15 (1), 122-132 (2015).</li><li>Hemlata, G., Fareha, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+Anabaena+sp.+nccu-9+with+special+reference+to+phycocyanin.">Studies on Anabaena sp. nccu-9 with special reference to phycocyanin.</a> Journal of Algal Biomass Utilization. 2 (1), 30-51 (2011).</li><li>Rito-Palomares, M., Nuez, L., Amador, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Practical+application+of+aqueous+two-phase+systems+for+the+development+of+a+prototype+process+for+c-phycocyanin+recovery+from+Spirulina+maxima.">Practical application of aqueous two-phase systems for the development of a prototype process for c-phycocyanin recovery from Spirulina maxima.</a> Journal of Chemical Technology &amp; Biotechnology. 76 (12), 1273-1280 (2001).</li><li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selenium-Containing+Allophycocyanin+Purified+from+Selenium-Enriched+Spirulina+platensis+Attenuates+AAPH-Induced+Oxidative+Stress+in+Human+Erythrocytes+through+Inhibition+of+ROS+Generation.">Selenium-Containing Allophycocyanin Purified from Selenium-Enriched Spirulina platensis Attenuates AAPH-Induced Oxidative Stress in Human Erythrocytes through Inhibition of ROS Generation.</a> Journal of Agricultural and Food Chemistry. 59 (16), 8683-8690 (2011).</li><li>Nedbal, L., Trt&#237;lek, M., Cerven&#253;, J., Kom&#225;rek, O., Pakrasi, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+photobioreactor+system+for+precision+cultivation+of+photoautotrophic+microorganisms+and+for+high-content+analysis+of+suspension+dynamics.">A photobioreactor system for precision cultivation of photoautotrophic microorganisms and for high-content analysis of suspension dynamics.</a> Biotechnology and Bioengineering. 100 (5), 902-910 (2008).</li><li>Zav&#345;el, T., Knoop, H., Steuer, R., Jones, P. R., &#268;erven&#253;, J., Trt&#237;lek, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+quantitative+evaluation+of+ethylene+production+in+the+recombinant+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+PCC+6803+harboring+the+ethylene-forming+enzyme+by+membrane+inlet+mass+spectrometry.">A quantitative evaluation of ethylene production in the recombinant cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 harboring the ethylene-forming enzyme by membrane inlet mass spectrometry.</a> Bioresource Technology. 202, 142-151 (2016).</li><li>Smith, P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+protein+using+bicinchoninic+acid.">Measurement of protein using bicinchoninic acid.</a> Analytical Biochemistry. 150 (1), 76-85 (1985).</li><li>Lawrenz, E., Fedewa, E. J., Richardson, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+protocols+for+the+quantification+of+phycobilins+in+aqueous+phytoplankton+extracts.">Extraction protocols for the quantification of phycobilins in aqueous phytoplankton extracts.</a> Journal of Applied Phycology. 23 (5), 865-871 (2011).</li><li>Lea-Smith, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phycobilisome-Deficient+Strains+of+Synechocystis+sp.+PCC+6803+Have+Reduced+Size+and+Require+Carbon-Limiting+Conditions+to+Exhibit+Enhanced+Productivity.">Phycobilisome-Deficient Strains of Synechocystis sp. PCC 6803 Have Reduced Size and Require Carbon-Limiting Conditions to Exhibit Enhanced Productivity.</a> Plant Physiology. 165 (2), 705-714 (2014).</li><li>Seo, Y. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable+isolation+of+phycocyanin+from+Spirulina+platensis+associated+with+high-pressure+extraction+process.">Stable isolation of phycocyanin from Spirulina platensis associated with high-pressure extraction process.</a> International Journal of Molecular Sciences. 14 (1), 1778-1787 (2013).</li><li>Touloupakis, E., Cicchi, B., Torzillo, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bioenergetic+assessment+of+photosynthetic+growth+of+Synechocystis+sp.+PCC+6803+in+continuous+cultures.">A bioenergetic assessment of photosynthetic growth of Synechocystis sp. PCC 6803 in continuous cultures.</a> Biotechnology for Biofuels. 8 (1), 133 (2015).</li><li>Touloupakis, E., Cicchi, B., Benavides, A. M. S., Torzillo, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+high+pH+on+growth+of+Synechocystis+sp.+PCC+6803+cultures+and+their+contamination+by+golden+algae+(Poterioochromonas+sp.).">Effect of high pH on growth of Synechocystis sp. PCC 6803 cultures and their contamination by golden algae (Poterioochromonas sp.).</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 100 (3), 1333-1341 (2016).</li><li>Ishii, A., Hihara, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+AbrB-Like+Transcriptional+Regulator,+Sll0822,+Is+Essential+for+the+Activation+of+Nitrogen-Regulated+Genes+in+Synechocystis+sp.+PCC+6803.">An AbrB-Like Transcriptional Regulator, Sll0822, Is Essential for the Activation of Nitrogen-Regulated Genes in Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Plant Physiology. 148 (1), 660-670 (2008).</li></ol>

ويصف هذا البروتوكول طريقة بسيطة وسريعة واستنساخه للتحديد الكمي لمحتوى فيكوبيليبروتين في سيانوباكتيريوم نموذج سينيتشوسيستيس. تتم مقارنة عدة طرق لتجانس الخلية واستخراج البروتين والكمي phycocyanin واللوفيكوسيانين، والبروتوكول النهائي يمثل مزيجاً من الخطوات المثلى لكل إجراء واحد. كبيانا...

ففيكوبيليبروتينس هي مجمعات البروتين الصباغ للذوبان في الماء التي تمثل عناصر رئيسية من هوائيات حصاد الضوء في البكتيريا بدائية (Cyanophyta) وعدد الأصناف حقيقية النواة (جلاوكوفيتا، رهودوفيتا ، وكريبتوفيتا)1. حدوثها أساسا كمجمعات سوبراموليكولار تسمى فيكوبيليسوميس وهي عادة يعلقونها على سطح الأغشية التمثيل الضوئي على الجانب stromal، باستثناء كريبتوفيتا، حيث تكون مترجمة فيكوبيليبروتينس في ثايلاكويد التجويف2. وقد حددت أربعة أنواع من فيكوبيليبروتينس حتى تاريخ: اللوفيكوسيانين الأساسية، و الأجهزة الطرفية phycocyanin وفيكوريثرين وفيكوريثروسيانين1. كمجمعات حصاد الضوء الرئيسي، فيكوبيليسوميس تمثل أحد العوامل الحاسمة للطحالب والبكتيريا الزرقاء الإنتاجية الثقافات الجماعية. وقد ثبت أن اقتطاع فيكوبيليسوميس يمكن أن يعزز تراكم الكتلة الأحيائية تحت ضوء قوي3. من ناحية أخرى، أسفر الاقتطاع هوائي تحت الإشعاع متواضعة أو متدنية، معدلات النمو والكتلة الأحيائية تراكم الحد3،4. فيكوبيليبروتينس تستخدم تجارياً ملونات الأغذية والمستحضرات الصيدلانية، والمواد المضافة إلى الأغذية، في صناعة مستحضرات التجميل، والأسفار تحقيقات مع تطبيقات في التدفق الخلوي وتحديدكم الفلورسنت، والأسفار مجهرية5.
ويركز هذا البروتوكول على تحديد كمية من فيكوبيليبروتينس في سيانوباكتيريوم نموذج سينيتشوسيستيس. البكتيريا الزرقاء هي أقرب أوتوتروفس التمثيل الضوئي أوكسيجينيك؛ أنها تشكل المحيط الحيوي للأرض لأكثر من سنة 2.4 بیلیون6. أنها تلعب دوراً حاسما في الدورات البيوجيوكيميائيه العالمية من النيتروجين والكربون والأكسجين وعناصر أخرى. بين البكتيريا الزرقاء، تسلسل سلالة أحادي الخلية سينيتشوسيستيس اكتسبت موقعا فريداً حيث أنه سيانوباكتيريوم الأولى مع أن الجينوم كامل7،8، بطبيعة الحال الخاصة ب الحمض النووي خارجية9، و فإنه يقوم بتحقيق نمو مستقر وسريع نسبيا10،11. في سينيتشوسيستيس، عنصر الهوائي الأساسية، اللوفيكوسيانين، ويرتبط مع بروتينات الغشاء لا يتجزأ، ويقع phycocyanin المرفقة على هامش غشاء ثايلاكويد.
تتم مقارنة عدة طرق لاستخراج فيكوبيليبروتين والتقدير الكمي ضمن هذا البروتوكول. إجراءات الاستخراج النهائي قد طبقت بنجاح إلى سينيتشوسيستيس، وكذلك لسلالات البكتيريا الزرقاء الأخرى، بما في ذلك س سبيرولينا سيانوثيسي sp.، سينيتشوكوككوسيلونجاتوس،.، Arthrospira س.، نوستوك sp.، وهو طبق بنجاح أيضا على الطحالب الحمراء كروينتوم بورفيريديوم. ولذلك، يمكن اعتبار الطريقة التي وضعت في هذا البروتوكول طريقة عالمية لاستخراج فيكوبيليبروتين. على الرغم من أن بعض طرق استخراج اختبار أسفرت عن غلات مجموع البروتين، هنا وصف إجراءات استخراج شريطة فيكوبيليبروتين أعلى غلة جنبا إلى جنب مع محتوى الكلوروفيل بقايا في أدنى استخراج فيكوبيليبروتين. خفض محتوى الكلوروفيل ضروري phycocyanin الصحيح والتقدير الكمي سبيكتروفوتوميتريك اللوفيكوسيانين.
أطياف امتصاص فيكوبيليبروتين يمكن أن تتفاوت تفاوتاً كبيرا بين مختلف الطحالب والبكتيريا الزرقاء الأنواع12،13،،من1415،،من1617 وحتى بين عدة سلالات جنس واحد من البكتيريا الزرقاء18. ولذلك، بأطوال موجية محددة ومعاملات امتصاص كما تستخدم لتحديد phycocyanin واللوفيكوسيانين في سينيتشوسيستيس لا تنطبق عموما على السلالات الأخرى. بالإضافة إلى ذلك، لا تحتوي على سينيتشوسيستيس فيكوريثرين وفيكوريثروسيانين التي يمكن أن توجد في بعض الطحالب والبكتيريا الزرقاء الأخرى. غرض تحديد فيكوبيليبروتينس في سلالات خلاف سينيتشوسيستيس، من المستحسن تقييم المعادلات سبيكتروفوتوميتريك لكل سلالة على حدة.
على الرغم من أن البروتوكول يتضمن خطوتين أطول (بين عشية وضحاها التجميد الخلوية الكريات واستخراج البروتين 1 ساعة)، وقت العمل الإجمالي للتقدير الكمي فيكوبيليبروتينس لا تتجاوز ساعتين.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1588px;" width="1587">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:407px;">Synechocystis sp. PCC 6803</td>
			<td style="width:417px;">Institut Pasteur, Paris, France</td>
			<td style="width:137px;">6803</td>
			<td style="width:627px;">Cyanobacterium strain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Roti-CELL PBS</td>
			<td>Carl Roth GmbH + Co. KG, Karlsruhe, Germany</td>
			<td>9143.1</td>
			<td>Phosphate-Buffered Saline (PBS) solution, pH 7.4</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Eppendorf safe-lock tubes&#160;</td>
			<td style="width:417px;">Eppendorf, Hamburk, Germany</td>
			<td>30120086</td>
			<td>Safe-lock tubes 1.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">VWR 80-Place Storage System</td>
			<td style="width:417px;">VWR International, Radnor, Pennsylvania, USA</td>
			<td>30128-282</td>
			<td>Holder for safe-lock tubes&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RAININ 100 &#181;l -1000 &#181;l&#160;</td>
			<td>Mettler-Toledo, Columbus, Ohio, USA</td>
			<td>17014382</td>
			<td>Pipette</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GP-LTS-A-1000&#181;L-/F-768/8</td>
			<td>Mettler-Toledo, Columbus, Ohio, USA</td>
			<td>30389272</td>
			<td>Pipette tips</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Rotina 420R</td>
			<td>Hettich, Kirchlengern, Germany</td>
			<td>4701</td>
			<td>Refrigerated centrifuge for 1.5 ml safe-lock tubes and 15 ml conical centrifuge tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">LCexv 4010</td>
			<td>Liebherr, Bulle, Switzerland</td>
			<td>9005382197172</td>
			<td>Refrigerator and freezer -20&#160;&#176;C</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:407px;">Revco ExF -86&#176;C Upright Ultra-Low Temperature Freezer</td>
			<td style="width:417px;">Thermo Fisher Scientific, Waltham, Massachusetts, USA</td>
			<td style="width:137px;">EXF24086V&#160;</td>
			<td>Freezer -80&#160;&#176;C</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CoolSafe</td>
			<td>LaboGene, Liller&#248;d, Denmark</td>
			<td>7.001.000.615</td>
			<td>Freeze dryer&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">UV-2600</td>
			<td>Shimadzu, Kyoto, Japan</td>
			<td>UV-2600</td>
			<td>Spectrophotometer&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hellma absorption cuvettes, semi Micro</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td>Z600288&#160;</td>
			<td>VIS/UV-VIS semi-micro cuvettes 0.75-1.5 ml, spectral range 200-2500 nm&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Silamat S6</td>
			<td>Ivoclar Vivadent, Schaan, Liechtenstein</td>
			<td>602286WU</td>
			<td>Homogenizer&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Solid-glass beads</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td>Z273627</td>
			<td>Glass bead of the diameter 2&#160;mm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CPA225D-0CE</td>
			<td>Sartorius AG, G&#246;ttingen, Germany</td>
			<td>SECURA225D-1OBR</td>
			<td>Analytical balances</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">C-Phycocyanin from Spirulina sp.&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td>P2172</td>
			<td>Phycocyanin standard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Allophycocyanin</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td>A7472</td>
			<td>Allophycocyanin standard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:407px;">Bicinchoninic Acid Kit&#160;</td>
			<td style="width:417px;">Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td style="width:137px;">BCA1, B9643</td>
			<td>Complete kit for total proteins determination</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:407px;">AlgaeTron&#160;</td>
			<td style="width:417px;">Photon System Instruments Ltd., Dr&#225;sov, Czech Republic</td>
			<td style="width:137px;">AG 130-ECO&#160;</td>
			<td>Cultivation chamber for E. flasks, with controllable light and atmosphere</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:407px;">Photobioreactor</td>
			<td style="width:417px;">Photon System Instruments Ltd., Dr&#225;sov, Czech Republic</td>
			<td style="width:137px;">FMT-150</td>
			<td>Cultivation equipment for cyanobacteria and algae with completely controllable environment</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cellometer&#160;</td>
			<td style="width:417px;">Nexcelom Bioscience, Lawrence, Massachusetts, USA</td>
			<td style="width:137px;">Auto M10</td>
			<td>Cell counter</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:407px;">Corning 15 mL centrifuge tubes</td>
			<td style="width:417px;">Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, USA</td>
			<td style="width:137px;">CLS430791&#160;</td>
			<td>15 ml Centrifuge tube for dry weigth sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:407px;">Herasafe KS</td>
			<td style="width:417px;">Thermo Fisher Scientific, Waltham, Massachusetts, USA</td>
			<td style="width:137px;">51024579</td>
			<td>Laminar flow hood</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

spectrophotometric determination of phycobiliprotein content in cyanobacterium synechocystis

هذا بروتوكول بسيط لتحديد كمية المحتوى فيكوبيليبروتين في سيانوباكتيريوم نموذج سينيتشوسيستيس. فيكوبيليبروتينس هي أهم مكونات فيكوبيليسوميس، وهوائيات حصاد الضوء الرئيسية في البكتيريا والعديد من الأصناف الطحالب. فيكوبيليسوميس من سينيتشوسيستيس تحتوي على فيكوبيليبروتينس اثنين: phycocyanin واللوفيكوسيانين. ويصف هذا البروتوكول بسيطة، تتسم بالكفاءة، وطريقة يمكن الاعتماد عليها لتحديد كمية كل من phycocyanin واللوفيكوسيانين في هذا سيانوباكتيريوم النموذجي. نحن مقارنة عدة طرق لاستخراج فيكوبيليبروتين والتقدير الكمي سبيكتروفوتوميتريك. طبق إجراءات استخراج كما هو موضح في هذا البروتوكول أيضا بنجاح لسلالات البكتيريا الزرقاء الأخرى مثل sp سبيرولينا سيانوثيسي sp.، سينيتشوكوككوسيلونجاتوس،.، س Arthrospira .، و نوستوك sp.، فضلا عن الطحالب الحمراء كروينتوم بورفيريديوم. بيد يمكن أن تختلف معاملات الانقراض من فيكوبيليبروتينس محددة من مختلف الأصناف وذلك، من المستحسن للتحقق من صحة الأسلوب الكمي سبيكتروفوتوميتريك لكل سلالة واحدة على حدة. البروتوكول يتطلب الكثير من الوقت، ويمكن أن يتم في أي مختبر علوم الحياة العادية نظراً لأنه يتطلب المعدات القياسية فقط.

للاختبارات الأولية الأسلوب، كان سينيتشوسيستيس المزروعة كثقافات دفعة في قوارير ارلينمييير على شاكر في BG11 زراعة متوسطة20 (تستكمل مع 17 ملم حبيس) في 25 درجة مئوية، وتحت ضوء أبيض حار كثافة 50 µmol (الفوتونات)/(m 2·s) ومع أول أكسيد الكربون 1%2 في الجو تثقيف...

Watch this Scientific Journal Video about Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis at JoVE.com

Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis

نقدم هنا، وضع بروتوكول لتحديد كمية المحتوى فيكوبيليبروتين في سيانوباكتيريوم سينيتشوسيستيس باستخدام أسلوب سبيكتروفوتوميتريك. تم تطبيق إجراءات استخراج أيضا بنجاح لسلالات البكتيريا والطحالب الأخرى؛ ومع ذلك، نظراً للاختلافات في أطياف امتصاص الصباغ، من الضروري اختبار المعادلات سبيكتروفوتوميتريك لكل سلالة على حدة.

تحديد المحتوى فيكوبيليبروتين في سيانوباكتيريوم سينيتشوسيستيس سبيكتروفوتوميتريك

This is a simple protocol for the quantitative determination of phycobiliprotein content in the model cyanobacterium Synechocystis. Phycobiliproteins are ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis

Automated Acoustic Dispensing for the Serial Dilution of Peptide Agonists in Potency Determination Assays

الآلي الصوتية الاستغناء عن التخفيف المسلسل من الببتيد ناهضات في الفعالية تحديد فحوصات

As with small molecule drug discovery, screening for peptide agonists requires the serial dilution of peptides to produce concentration-response curves. ...

Oligopeptide Competition Assay for Phosphorylation Site Determination

أوليغوببتيد مسابقة الفحص لتحديد موقع الفسفرة

Protein phosphorylation at specific sites determines its conformation and interaction with other molecules. Thus, protein phosphorylation affects ...

Determination of the Glycogen Content in Cyanobacteria

تحديد محتوى الجليكوجين في البكتيريا الزرقاء

Cyanobacteria accumulate glycogen as a major intracellular carbon and energy storage&#160;during photosynthesis. Recent developments in research have ...

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis (QDB)

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis QDB

إنتاجية عالية، وتحديد محتوى البروتين المحددة في مستويات الأنسجة باستخدام نقطة الكمية المطلقة لطخة تحليل (قدب)

Lacking a convenient, quantitative, high throughput immunoblot method for absolute determination of the content of a specific protein at cellular and ...

A Colorimetric Method for Measuring Iron Content in Plants

أسلوب قياس ألوان لقياس محتوى الحديد في النباتات

Iron, one of the most important micronutrients in living organisms, is involved in basic processes, such as respiration and photosynthesis. Iron content ...

Using High Content Imaging to Quantify Target Engagement in Adherent Cells

استخدام المحتوى العالي من التصوير لقياس الهدف المشاركة في خلايا ملتصقة

Quantitating the interaction of small molecules with their intended protein target is critical for drug development, target validation and chemical probe ...

Enrichment of Native Lipoprotein Particles with microRNA and Subsequent Determination of Their Absolute/Relative microRNA Content and Their Cellular Transfer Rate

إثراء جزيئات البروتين الدهني الأصلي مع ميكرورنا والتحديد اللاحق لمحتوياتها المطلقة/النسبية ميكرورنا ومعدل نقلها الخلوي

Lipoprotein particles are predominately transporters of lipids and cholesterol in the bloodstream. Furthermore, they contain small amounts of strands of ...

Spectrophotometric Screening for Potential Inhibitors of Cytosolic Glutathione S-Transferases

فحص الطيفي لمثبطات محتملة من الجلوتاثيون السيتوسولي S-Transferases

Glutathione S-transferases (GSTs) are metabolic enzymes responsible for the elimination of endogenous or exogenous electrophilic compounds by glutathione ...

Rapid Determination of Antibody-Antigen Affinity by Mass Photometry

التحديد السريع لتقارب الأجسام المضادة- المستضدات بواسطة القياس الضوئي الشامل

Measurements of the specificity and affinity of antigen-antibody interactions are critically important for medical and research applications. In this ...

Crystallization and Structural Determination of an Enzyme:Substrate Complex by Serial Crystallography in a Versatile Microfluidic Chip

التبلور والتصميم الهيكلي للانزيم: مجمع الركيزة بواسطة البلورات التسلسلية في رقاقة Microfluidic متعددة الاستخدامات

The preparation of well diffracting crystals and their handling before their X-ray analysis are two critical steps of biocrystallographic studies. We ...