Name: saccharomyces cerevisiae exponential growth kinetics in batch culture to analyze respiratory and fermentative metabolism
Uploaded: 2018-09-30T14:00:00
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Ce projet a bénéficié de subventions du Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (numéro de licence 293940) et Fundación TELMEX-TELCEL (numéro de licence 162005585), tous deux à IKOM.

1. milieux de Culture et de la préparation de l’Inoculum
<ol><li>Préparation de 100 mL de milieu liquide extrait-peptone-dextrose (DPJ) levure de 2 % (ajouter 1 g de levure extrait, 2 g de peptone de caséine, et 2 g de glucose pour 100 mL d’eau distillée). Diluer 3 mL des médias dans des tubes coniques stérilisable 15 mL. Autoclave les médias pendant 15 min à 121 ° C et 1,5 lb/po2. Remarque : Les médias peuvent être stockés pendant jusqu'à un mois, 4 – 8 ° c.</li>
	<li>Ensemencer un tube conique...

<ol>
	<li>Parrella, E., Longo, V. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+chronological+life+span+of+Saccharomyces+cerevisiae+to+study+mitochondrial+dysfunction+and+disease.">The chronological life span of Saccharomyces cerevisiae to study mitochondrial dysfunction and disease.</a> Methods. 46 (4), 256-262 (2008).</li><li>Rosas Lemus, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+glycolysis-derived+hexose+phosphates+in+the+induction+of+the+Crabtree+effect.">The role of glycolysis-derived hexose phosphates in the induction of the Crabtree effect.</a> Journal of Biological Chemistry. , (2018).</li><li>Xu, X. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Warburg+effect+or+reverse+Warburg+effect?+A+review+of+cancer+metabolism.">Warburg effect or reverse Warburg effect? A review of cancer metabolism.</a> Oncology Research and Treatment. 38 (3), 117-122 (2015).</li><li>De Deken, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Crabtree+effect:+a+regulatory+system+in+yeast.">The Crabtree effect: a regulatory system in yeast.</a> Journal of General Microbiology. 44 (2), 149-156 (1966).</li><li>Hagman, A., Sall, T., Piskur, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+yeast+short-term+Crabtree+effect+and+its+origin.">Analysis of the yeast short-term Crabtree effect and its origin.</a> The FEBS Journal. 281 (21), 4805-4814 (2014).</li><li>Hammad, N., Rosas-Lemus, M., Uribe-Carvajal, S., Rigoulet, M., Devin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Crabtree+and+Warburg+effects:+Do+metabolite-induced+regulations+participate+in+their+induction?.">The Crabtree and Warburg effects: Do metabolite-induced regulations participate in their induction?.</a> Biochim Biophys Acta. 1857 (8), 1139-1146 (2016).</li><li>Keating, E., Martel, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimetabolic+Effects+of+Polyphenols+in+Breast+Cancer+Cells:+Focus+on+Glucose+Uptake+and+Metabolism.">Antimetabolic Effects of Polyphenols in Breast Cancer Cells: Focus on Glucose Uptake and Metabolism.</a> Frontiers in Nutrition. 5, 25 (2018).</li><li>Pfeiffer, T., Morley, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+evolutionary+perspective+on+the+Crabtree+effect.">An evolutionary perspective on the Crabtree effect.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 1, 17 (2014).</li><li>Olivares-Marin, I. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interactions+between+carbon+and+nitrogen+sources+depend+on+RIM15+and+determine+fermentative+or+respiratory+growth+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Interactions between carbon and nitrogen sources depend on RIM15 and determine fermentative or respiratory growth in Saccharomyces cerevisiae.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 102 (10), 4535-4548 (2018).</li><li>Monod, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+growth+of+bacterial+cultures.">The growth of bacterial cultures.</a> Annual Review of Microbiology. 3 (1), 371-394 (1949).</li><li>Cui, S., Xu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+mathematical+models+for+the+growth+of+tumors+with+time+delays+in+cell+proliferation.">Analysis of mathematical models for the growth of tumors with time delays in cell proliferation.</a> Journal of Mathematical Analysis and Applications. 336 (1), 523-541 (2007).</li><li>Benzekry, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Classical+mathematical+models+for+description+and+prediction+of+experimental+tumor+growth.">Classical mathematical models for description and prediction of experimental tumor growth.</a> Public Library of Science Computational Biology. 10 (8), e1003800 (2014).</li><li>Ramos-Gomez, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resveratrol+induces+mitochondrial+dysfunction+and+decreases+chronological+life+span+of+Saccharomyces+cerevisiae+in+a+glucose-dependent+manner.">Resveratrol induces mitochondrial dysfunction and decreases chronological life span of Saccharomyces cerevisiae in a glucose-dependent manner.</a> Journal of Bioenergetics and Biomembranes. 49 (3), 241-251 (2017).</li><li>Madrigal-Perez, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Energy-dependent+effects+of+resveratrol+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Energy-dependent effects of resveratrol in Saccharomyces cerevisiae.</a> Yeast. 33 (6), 227-234 (2016).</li><li>Peleg, M., Corradini, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+growth+curves:+what+the+models+tell+us+and+what+they+cannot.">Microbial growth curves: what the models tell us and what they cannot.</a> Critical Reviews in Food Science and Nutrition. 51 (10), 917-945 (2011).</li></ol>

Beaucoup de temps s’est écoulé depuis J. Monod10 exprimé que l’étude de la croissance des cultures bactériennes est la méthode de base de la microbiologie. L’avènement des outils moléculaires retarde l’utilisation et l’étude de la croissance en tant que technique. Malgré la complexité de la croissance, ce qui implique de nombreux processus interdépendants, ses mécanismes sous-jacents peuvent être décrit en utilisant des modèles mathématiques11. Il...

Croissance de Saccharomyces cerevisiae a été un outil précieux pour identifier des dizaines de mécanismes physiologiques et moléculaires. La croissance est mesurée principalement par trois méthodes : dilutions en série pour spot test, unité formant colonie comptant et courbes de croissance. Ces techniques peuvent servir seul ou en combinaison avec une variété de substrats, les conditions environnementales, des mutants et produits chimiques pour l’étude des réponses spécifiques ou phénotypes.
La respiration mitochondriale est un processus biologique dans lequel cinétique de croissance a été appliquée avec succès pour découvrir les mécanismes inconnus. Dans ce cas, lorsqu’il s’agit de milieux de culture avec carbone non fermentescibles sources tels que le glycérol, lactate ou éthanol (qui sont exclusivement métabolisé par la respiration mitochondriale), car la seule source de carbone et d’énergie permet d’évaluer la croissance respiratoire, ce qui est importante de détecter les perturbations dans la phosphorylation oxydative activité1. En revanche, c’est compliqué à utiliser des modèles cinétiques de croissance comme méthode pour décrypter les mécanismes derrière la fermentation.
L’étude de la fermentation et de la respiration mitochondriale est essentiel afin d’élucider les mécanismes moléculaires derrière certains phénotypes comme le Crabtree et Warburg effets2,3. L’effet Crabtree est caractérisée par une augmentation du flux glycolytique, répression de la respiration mitochondriale et mise en place de la fermentation comme la voie principale pour générer de l’ATP en présence de fortes concentrations de glucides fermentescibles (> 0,8 mM)4,5. L’effet Warburg est métaboliquement analogue à l’effet Crabtree, la différence étant que dans les cellules de mammifères, le principal produit de fermentation est lactate6. En effet, l’effet Warburg est illustré par une variété de cellules cancéreuses, déclenchant l’absorption du glucose et la consommation, même en présence d’oxygène7. Ainsi, étudier la base moléculaire du passage de la respiration à la fermentation dans l’effet Crabtree possède des répercussions biotechnologiques (pour la production d’éthanol) et impacts potentiels en recherche sur le cancer.
La croissance de S. cerevisiae peut être un outil approprié pour étudier les effets de Crabtree et Warburg. Cette idée est fondée sur le fait que dans la phase exponentielle de la levure, les voies centrales utilisées pour produire de l’ATP sont la respiration mitochondriale et la fermentation, qui sont essentielles pour soutenir la croissance. Par exemple, la croissance de S. cerevisiae est intimement liée à la fonction des voies génératrices de ATP. Dans les molécules de S. cerevisiae, la respiration mitochondriale produit environ 18 ATP par molécule de glucose, alors que la fermentation ne génère que 2 molécules d’ATP, donc il est prévu que le taux de croissance a des liens serrés avec les voies métaboliques production d’ATP,8. À cet égard, lorsque la fermentation est la principale voie pour générer de l’ATP, la levure compense la faible production d’ATP en augmentant le taux d’absorption du glucose. Au contraire, la consommation de glucose par les cellules de levure qui utilisent la respiration mitochondriale comme la principale source d’ATP est faible. Cela indique qu’il est important pour la levure pour la disponibilité de glucides sens avant de déterminer comment ATP sera généré. Par conséquent, la disponibilité de glucose joue un rôle important dans le commutateur entre la fermentation et de la respiration mitochondriale dans S. cerevisiae. En présence de quantités élevées de glucose, la levure préfère fermentation comme la voie centrale pour générer de l’ATP. Fait intéressant, lorsque la levure est en train de fermenter, le taux de croissance spécifique est maintenu à son maximum. En revanche, en vertu de faibles niveaux de glucose, S. cerevisiae produit ATP à l’aide de la respiration mitochondriale, maintenir des taux de croissance inférieurs. Ainsi, la variation de la concentration de glucose et de l’utilisation d’autres sources de carbone induire des changements dans la préférence de la levure entre croissance fermentaire et respiratoire. En tenant compte de ce fait avec l’équation exponentielle, on peut obtenir la signification biologique des paramètres cinétiques telles que le doublement des temps (Dt) et le taux de croissance spécifique (µ). Par exemple, des valeurs plus faibles de µ trouvées lorsque la levure utilise la respiration mitochondriale comme la voie principale. Au contraire, dans des conditions qui favorisent la fermentation, des valeurs de µ plus élevées trouvées. Cette méthode peut être utilisée pour mesurer les mécanismes probables de tout produit chimique influant sur la fermentation et la respiration mitochondriale dans S. cerevisiae.
L’objectif de cet article est de proposer une méthode basée sur la cinétique de croissance pour contrôler les effets d’un substance donné/composé sur la respiration mitochondriale ou fermentation.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="573">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Orbital Shaker</td>
			<td style="width:71px;">Thermo Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4353</td>
			<td style="width:167px;">For inoculum incubation or conical fask cultures</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Bioscreen&#160;</td>
			<td style="width:71px;">Growth curves</td>
			<td style="width:119px;">C MBR</td>
			<td>For batch cultures in microplates</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glucose</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">G7021</td>
			<td>For YPD broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Peptone from casein, enzymatic digest</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td align="right" style="width:119px;">82303</td>
			<td>For YPD broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Yeast extract</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">09182-1KG-F</td>
			<td>For YPD broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Bacteriological Agar</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">A5306</td>
			<td>For YPD agar preparation</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">NaH2PO4</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td>S8282</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">(NH4)2SO4</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td>A4418</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Yeast nitrogen base without amino acids and ammonium sulfate</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">Y1251</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Yeast synthetic drop-Out medium supplements</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">Y1501</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Ammonium sulfate granular</td>
			<td style="width:71px;">J.T. Baker</td>
			<td style="width:119px;">0792-R</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Resveratrol</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">R5010</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Galactose</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td>G8270</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Sucrose</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">S7903</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Absolut ethanol</td>
			<td style="width:71px;">Merck</td>
			<td align="right">107017</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glycerol</td>
			<td style="width:71px;">J.T. Baker</td>
			<td>2136-01</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">GraphPad Prism</td>
			<td style="width:71px;">GraphPad Software</td>
			<td></td>
			<td>For data analysis</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Honeycomb microplates</td>
			<td style="width:71px;">Thermo Scientific</td>
			<td align="right">9502550</td>
			<td>For microplate cultures</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

saccharomyces cerevisiae exponential growth kinetics in batch culture to analyze respiratory and fermentative metabolism

Cellules de Saccharomyces cerevisiae en phase exponentielle soutiennent leur croissance par la production d’ATP par fermentation ou la respiration mitochondriale. La concentration de carbone fermentescibles principalement régit la façon dont les cellules de levure génèrent de l’ATP ; ainsi, la variation des niveaux de glucides fermentescibles lecteurs le métabolisme énergétique de S. cerevisiae. Cet article décrit une méthode de haut débit basée sur la croissance exponentielle de levure pour estimer les effets des changements de concentration et la nature de la source de carbone sur le métabolisme respiratoire et fermentatif. La croissance de S. cerevisiae est mesurée dans une microplaque ou secouée conique fiole par la détermination de la densité optique (do) à 600 nm. Ensuite, une courbe de croissance est construite par traçage OD par rapport au temps, qui permet l’identification et la sélection de la phase exponentielle et est équipé de l’équation exponentielle pour obtenir des paramètres cinétiques. Les taux de croissance spécifique faible avec des temps de doublement supérieurs représentent généralement une croissance respiratoire. À l’inverse, des taux plus élevés de croissance spécifique avec des temps de doublement inférieurs indiquent une croissance fermentaire. Seuils de doubler le temps et le taux de croissance spécifique sont estimées à l’aide de conditions respiratoires ou fermentatives bien connues, telles que les sources de carbone non fermentescibles ou des concentrations plus élevées de sucres fermentescibles. Ceci est obtenu pour chaque souche spécifique. Enfin, les paramètres cinétiques calculées sont comparées avec les valeurs de seuil pour établir si la levure montre la croissance fermentaire et/ou respiratoire. L’avantage de cette méthode est sa relative simplicité pour comprendre les effets d’un substance/composé sur le métabolisme fermentaire ou respiratoire. Il est important de souligner que la croissance est un processus biologique complexe et complex ; par conséquent, les données préliminaires de cette méthode doivent être corroborées par la quantification de la consommation d’oxygène et l’accumulation des sous-produits de la fermentation. Ainsi, cette technique peut servir comme un examen préliminaire des composés/substances susceptibles de déranger ou améliorer le métabolisme fermentaire ou respiratoire.

Courbes de croissance peuvent être utilisés pour distinguer provisoirement respiratoires et fermentatives phénotypes dans la levure S. cerevisiae . Donc, nous avons effectué des cultures en batch de S. cerevisiae (BY4742) avec des concentrations de glucose différentes qui ont été signalées pour induire la croissance par fermentation : 1 %, 2 % et 10 % (p/v)9. Les cultures présentant un phénotype fermentatif ont une phase de latence faib...

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Saccharomyces cerevisiae Exponential Growth Kinetics in Batch Culture to Analyze Respiratory and Fermentative Metabolism

Saccharomyces cerevisiae Cinétique de croissance exponentielle en Culture pour analyser le métabolisme respiratoire et fermentatif

Nous présentons ici un protocole afin d’évaluer le métabolisme respiratoire et fermentatif en ajustant la croissance exponentielle des Saccharomyces cerevisiae à l’équation de croissance exponentielle. Calcul des paramètres cinétiques permet le dépistage des influences de substances/composés sur la fermentation ou la respiration mitochondriale.

Saccharomyces cerevisiae cells in the exponential phase sustain their growth by producing ATP through fermentation and/or mitochondrial respiration. The ...

Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans les domaines biotechnologiques et biomédicaux tels que la base moléculaire derrière les effets de Warburg et de Crabtree. Le principal avantage de cette technique est qu’elle permet l’étude à haut débit des effets de certaines substances dans le métabolisme respiratoire et fermentatif. Commencez par inoculer un tube conique de 15 millilitres contenant trois millilitres de cellules de levure froides et stériles d’extrait de levure peptone dextrose, ou bouillon YPD, avec 250 microlitres de cellules de levure S.cerevisiae conservés en glycérol à 20 degrés Celsius négatifs.Incuber la levure pendant la nuit dans un shaker orbital à 30 degrés Celsius et 200 rpm. pour strier sur un plat petri rempli d’agar de 60 millilitres et de 2 %, le lendemain matin. Culture du plat à 30 degrés Celsius jusqu’à ce que des colonies isolées soient observées.Puis inoculer une seule colonie isolée dans un nouveau tube conique contenant 10 millilitres de bouillon frais et stérile de 2%YPD pour la culture nocturne à 30 degrés Celsius avec secousses. Pour la configuration de la courbe de croissance des microplaques, ajouter 145 microlitres d’un milieu culturel expérimental approprié à chaque puits d’une microplaque stérile de puits 10 par 10 avec couvercle et inoculer chaque puits avec cinq microlitres de la culture nocturne. Puis incuber la plaque multi-puits dans un lecteur de microplaque à 30 degrés Celsius avec agitation constante à 200 rpm pendant 48 heures, mesurant la densité optique à 600 nanomètres toutes les 30 ou 60 minutes.Pour la configuration conique secouée de croissance-courbe de flacon, inoculer des flacons coniques de 20 millilitres contenant 4,8 millilitres d’un média de culture stérile approprié avec 200 microlitres de culture pré-inoculum à une densité optique de 600 nanomètres de deux pour l’incubation à 30 degrés Celsius et 250 rpm. L’agitation à 250 révolutions par minute est essentielle pour atteindre une croissance appropriée dans de faibles concentrations de sources de carbone qui exercent une croissance respiratoire que nous avons observé une croissance réduite de levure dans des conditions respiratoires à des vitesses d’agitation inférieures. Pour permettre la mesure de la densité optique à 600 nanomètres toutes les deux heures pendant 24 heures, diluer 100 microlitres de la culture de flacon conique secoué dans 900 microlitres d’eau distillée dans une cuvette spectrophotomètre d’un millilitre et mélanger délicatement par pipette.Pour le traitement des données, dans un logiciel de paquet statistique approprié, créez un nouveau fichier de projet, ouvrez le nouveau menu de table et de graphique et sélectionnez XY. Sous le menu de données de l’échantillon, sélectionnez commencer par une table de données vide et un graphique de ligne de connexion. Laissez la section X non sélectionné dans les sous-comités pour les répétitions ou les valeurs d’erreur. Dans la section Y, sélectionnez entrez 10 valeurs de répétition dans des sous-comités côte à côte et tracez la moyenne et l’erreur SD. Cliquez ensuite créer.Entrez l’heure à laquelle les mesures de la DO ont été obtenues dans la colonne X et les valeurs d’OD obtenues à partir des cultures de la colonne Y. Pour identifier la phase de croissance exponentielle transformant les données de la colonne Y en logarithmes, cliquez sur analyser et sélectionner l’analyse de transformation. Utilisez Y égale le journal Y pour sélectionner les valeurs Y et ouvrir la galerie de résultats.Sélectionnez la table de données transformatrice, cliquez sur analyser et sélectionnez l’analyse de régression linéaire, à l’exclusion des valeurs de densité optique qui ne suivent pas une tendance linéaire en sélectionnant les valeurs de la table et en déprimant le contrôle et l’E.In la galerie de tableaux de données, sélectionnez les données d’une table et cliquez sur analyser. Sélectionnez l’analyse de l’ajustement de la courbe de régression non lignenelle et les ensembles de données à analyser, et cliquez sur OK. Appliquez ensuite les moindres carrés adaptés aux données, en laissant la section interpolate non sélectionné, et cliquez sur OK. Ensuite, ouvrez un nouveau fichier de projet, et dans le nouveau menu table et graphique, sélectionnez le choix de la colonne, commencez par une table de données vide et le graphique désiré. Définissez le graphique pour tracer la moyenne avec l’écart type, et cliquez sur créer.Copiez les valeurs moyennes ou delta du temps à partir du tableau des résultats de l’ajustement non ligneux dans la galerie de résultats et coller les données dans une colonne. Enfin, cliquez sur analyser et sélectionner l’analyse de l’intérêt dans le menu des analyses de colonne pour comparer les paramètres cinétiques des différentes conditions nutrimentales. Les valeurs du seuil cinétique de croissance varient d’une force à l’autre et doivent être évaluées en fonction des conditions que nous utilisons dans l’analyse.Les cultures démontrant un phénotype fermentatif ont une petite phase de décalage et une phase exponentielle avec un taux de croissance élevé. Les cultures qui obtiennent de l’énergie principalement par phosphorylation oxydative présentent une phase de décalage plus longue avec un taux de croissance lent pendant la phase exponentielle. Le calcul du taux de croissance spécifique et le doublement du temps des courbes de croissance à l’aide de l’équation de croissance exponentielle permettent d’établir des seuils pour les valeurs de croissance respiratoires et fermentatives.Par exemple, dans ces expériences représentatives, les effets de différentes concentrations de resvératrol sur les cellules BY4742 de S.cerevisiae révèlent la modification du statut énergétique cellulaire en réponse aux concentrations variables de glucose. Ici, la supplémentation avec 10%glucose démontre que les concentrations inférieures d’ammonium favorisent le métabolisme fermentatif comme en témoigne une phase de croissance exponentielle prolongée dans ces cultures, tandis qu’une concentration plus élevée induit un métabolisme respiro-fermentatif comme en témoigne une phase de décalage prolongée et un taux de croissance plus lent pendant la phase exponentielle. Enfin, de fortes différences dans les valeurs fermentatives de doublement du temps peuvent être observées entre ces deux souches de levure différentes cultivées dans les mêmes conditions, soulignant la nécessité de valider le seuil de double temps pour chaque souche analysée.Tout en essayant cette procédure, il est important de se rappeler que ce protocole n’est utilisé que pour dépister le phénotype. Les effets spécifiques sur la respiration et la fermentation doivent être confirmés par des analyses de consommation d’oxygène ou par l’accumulation de sous-produits de fermentation respectivement.

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Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Identification rapide des interactions chimiques génétiques dans<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Determining the mode of action of bioactive chemicals is of interest to a broad range of academic, pharmaceutical, and industrial scientists. ...

Growth-based Determination and Biochemical Confirmation of Genetic Requirements for Protein Degradation in Saccharomyces cerevisiae

Growth-based Determination and Biochemical Confirmation of Genetic Requirements for Protein Degradation in Saccharomyces cerevisiae

Détermination basée sur la croissance et la confirmation biochimique des exigences génétiques pour la dégradation des protéines dans<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Regulated protein degradation is crucial for virtually every cellular function. Much of what is known about the molecular mechanisms and genetic ...

Directed Evolution Method in Saccharomyces cerevisiae: Mutant Library Creation and Screening

Directed Evolution Method in Saccharomyces cerevisiae: Mutant Library Creation and Screening

Réalisé Evolution Méthode<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt;: Mutant Library Création et dépistage

Directed evolution in Saccharomyces cerevisiae offers many attractive advantages when designing enzymes for biotechnological applications, a process that ...