Name: saccharomyces cerevisiae exponential growth kinetics in batch culture to analyze respiratory and fermentative metabolism
Uploaded: 2018-09-30T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Saccharomyces cerevisiae Exponential Growth Kinetics in Batch Culture to Analyze Respiratory and Fermentative Metabolism at JoVE.com

Bu proje desteklenmiştir göre Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (grant numarası 293940) ve Fundación TELMEX-TELCEL (grant sayı 162005585), IKOM için her ikisi de verir.

1. Kültür Medya ve Inoculum hazırlık
<ol><li>100 mL % 2 maya özü-pepton-Dekstroz (YPD) sıvı orta hazırlamak (1 gr maya ekstresi, kazein pepton, 2 g ve 2 g glikoz için 100 mL distile su ekleyin). Medya 3 mL 15 mL edilemezler konik tüpler içine dağıtmak. Basınçlı kap 15dk 121 ° C ve 1,5 psi için medya. Not: Medya bir ay 4-8 ° C'de depolanabilir</li>
	<li>Serin steril % 2 YPD et suyu 3 mL gliserol-20 ° C'de korunmuş S. cerevisiae hücre 250 μL ile dolu bir konik tüp aşılamak Gecede 20...

<ol>
	<li>Parrella, E., Longo, V. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+chronological+life+span+of+Saccharomyces+cerevisiae+to+study+mitochondrial+dysfunction+and+disease.">The chronological life span of Saccharomyces cerevisiae to study mitochondrial dysfunction and disease.</a> Methods. 46 (4), 256-262 (2008).</li><li>Rosas Lemus, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+glycolysis-derived+hexose+phosphates+in+the+induction+of+the+Crabtree+effect.">The role of glycolysis-derived hexose phosphates in the induction of the Crabtree effect.</a> Journal of Biological Chemistry. , (2018).</li><li>Xu, X. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Warburg+effect+or+reverse+Warburg+effect?+A+review+of+cancer+metabolism.">Warburg effect or reverse Warburg effect? A review of cancer metabolism.</a> Oncology Research and Treatment. 38 (3), 117-122 (2015).</li><li>De Deken, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Crabtree+effect:+a+regulatory+system+in+yeast.">The Crabtree effect: a regulatory system in yeast.</a> Journal of General Microbiology. 44 (2), 149-156 (1966).</li><li>Hagman, A., Sall, T., Piskur, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+yeast+short-term+Crabtree+effect+and+its+origin.">Analysis of the yeast short-term Crabtree effect and its origin.</a> The FEBS Journal. 281 (21), 4805-4814 (2014).</li><li>Hammad, N., Rosas-Lemus, M., Uribe-Carvajal, S., Rigoulet, M., Devin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Crabtree+and+Warburg+effects:+Do+metabolite-induced+regulations+participate+in+their+induction?.">The Crabtree and Warburg effects: Do metabolite-induced regulations participate in their induction?.</a> Biochim Biophys Acta. 1857 (8), 1139-1146 (2016).</li><li>Keating, E., Martel, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimetabolic+Effects+of+Polyphenols+in+Breast+Cancer+Cells:+Focus+on+Glucose+Uptake+and+Metabolism.">Antimetabolic Effects of Polyphenols in Breast Cancer Cells: Focus on Glucose Uptake and Metabolism.</a> Frontiers in Nutrition. 5, 25 (2018).</li><li>Pfeiffer, T., Morley, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+evolutionary+perspective+on+the+Crabtree+effect.">An evolutionary perspective on the Crabtree effect.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 1, 17 (2014).</li><li>Olivares-Marin, I. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interactions+between+carbon+and+nitrogen+sources+depend+on+RIM15+and+determine+fermentative+or+respiratory+growth+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Interactions between carbon and nitrogen sources depend on RIM15 and determine fermentative or respiratory growth in Saccharomyces cerevisiae.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 102 (10), 4535-4548 (2018).</li><li>Monod, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+growth+of+bacterial+cultures.">The growth of bacterial cultures.</a> Annual Review of Microbiology. 3 (1), 371-394 (1949).</li><li>Cui, S., Xu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+mathematical+models+for+the+growth+of+tumors+with+time+delays+in+cell+proliferation.">Analysis of mathematical models for the growth of tumors with time delays in cell proliferation.</a> Journal of Mathematical Analysis and Applications. 336 (1), 523-541 (2007).</li><li>Benzekry, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Classical+mathematical+models+for+description+and+prediction+of+experimental+tumor+growth.">Classical mathematical models for description and prediction of experimental tumor growth.</a> Public Library of Science Computational Biology. 10 (8), e1003800 (2014).</li><li>Ramos-Gomez, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resveratrol+induces+mitochondrial+dysfunction+and+decreases+chronological+life+span+of+Saccharomyces+cerevisiae+in+a+glucose-dependent+manner.">Resveratrol induces mitochondrial dysfunction and decreases chronological life span of Saccharomyces cerevisiae in a glucose-dependent manner.</a> Journal of Bioenergetics and Biomembranes. 49 (3), 241-251 (2017).</li><li>Madrigal-Perez, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Energy-dependent+effects+of+resveratrol+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Energy-dependent effects of resveratrol in Saccharomyces cerevisiae.</a> Yeast. 33 (6), 227-234 (2016).</li><li>Peleg, M., Corradini, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+growth+curves:+what+the+models+tell+us+and+what+they+cannot.">Microbial growth curves: what the models tell us and what they cannot.</a> Critical Reviews in Food Science and Nutrition. 51 (10), 917-945 (2011).</li></ol>

J. Monod10 bakteriyel kültürlerde büyüme çalışmanın Mikrobiyoloji temel yöntemi olduğunu ifade beri uzun zaman geçti. Moleküler araçları gelişiyle kullanım ve çalışma bir teknik olarak büyüme geciktirir. Çok sayıda birbiriyle ilişkili süreçlerinden büyüme karmaşıklığına rağmen onun temel mekanizmaları matematiksel modeller11kullanarak tanımlanabilir. En karmaşık moleküler mekanizmaları12aydınlatmak için tamam...

Saccharomyces cerevisiae büyüme fizyolojik ve moleküler mekanizmaları onlarca tanımlamak için değerli bir araç hizmet vermiştir. Büyüme öncelikle üç yöntemlerle ölçülen: spot test, koloni oluşturan birim sayma ve büyüme eğrileri seri dilutions. Bu teknikler belirli yanıtlar veya fenotipleri araştırmak için tek başına veya birlikte çeşitli yüzeyler, çevre koşulları, mutantlar ve kimyasallar ile kullanılabilir.
Mitokondrial solunum içinde büyüme kinetik başarıyla bilinmeyen mekanizmaları keşfetmek için uygulanmış olan biyolojik bir süreçtir. Bu durumda, tek karbon ve enerji kaynağı değerlendirmek için izin verdiğinden takviyesi ile fermente karbon büyüme ortamının gliserol, laktat veya (ki sadece mitokondrial solunum tarafından metabolize) etanol gibi kaynakları Solunum büyüme, tedirginlikler Oksidatif fosforilasyon faaliyet1' algılamak önemlidir. Diğer taraftan, fermantasyon arkasında mekanizmaları deşifre bir yöntem olarak büyüme kinetik modelleri kullanmak karmaşıktır.
Fermantasyon ve mitokondrial solunum Crabtree ve Warburg etkileri2,3gibi belirli fenotipleri arkasında moleküler mekanizmaları aydınlatmak için esastır. Crabtree etkisi ile karakterize bir artış glycolytic akı, baskı mitokondrial solunum ve fermantasyon ATP fermente karbonhidrat yüksek konsantrasyonda huzurunda oluşturmak için birincil yolu olarak kurulması (> 0.8 mM)4,5. Memeli hücrelerinde, ana, fermantasyon laktat6ürünü Warburg etkisi metabolik olarak Crabtree etkisi farkı ile analog bu olmak. Gerçekten de, kanser hücrelerinin, Glikoz alımı ve tüketimi bile oksijen7huzurunda uyarının harekete geçirilmesine karşılık çeşitli tarafından Warburg etkisi sergilenmektedir. Böylece, solunum geçiş Crabtree etkisi fermantasyon için moleküler temeli eğitim biyoteknolojik yankıları (etanol üretimi için) hem de olası etkileri kanser araştırma vardır.
S. cerevisiae büyüme Crabtree ve Warburg etkileri çalışmaya uygun bir araç olabilir. Maya üssel faz mitokondrial solunum ve fermantasyon, büyüme sürdürmek için gerekli olan ATP üretmek için kullanılan merkezi yolları vardır gerçeğine dayanarak bu fikir. Örneğin, S. cerevisiae gelişimini yakından ATP üretme yolları fonksiyonuyla ilişkilidir. Fermantasyon sadece 2 ATP molekülleri, üretir, ancak glukoz molekülü başına S. cerevisiae ' mitokondrial solunum üretir yaklaşık 18 ATP molekülleri, bu nedenle bu büyüme hızı metabolik yollar ile sıkı bağlantıları bulunmaktadır bekleniyor üreten ATP8. Fermantasyon ATP üretmek için ana yolu olduğunda, bu bağlamda, Maya düşük ATP üretimi için Glikoz alımı hızını artırarak dengeler. Aksine, mitokondrial solunum ana ATP kaynağı olarak kullanmak Maya hücreleri glikoz tüketiminden düşüktür. Bu ATP nasıl oluşturulacaklarını belirleme önce Maya duyu karbonhidrat durumu için önemli olduğunu gösterir. Bu nedenle, glikoz kullanılabilirlik fermantasyon ve mitokondrial solunum arasında geçiş içinde önemli bir rol oynar S. cerevisiae. Huzurunda yüksek miktarda glikoz Maya fermantasyon ATP üretmek için orta yol olarak tercih ediyor. İlginçtir, Maya fermantasyon belirli büyüme oranı, en yüksek seviyede korunur. Öte yandan, glikoz seviyesinin düşük altında S. cerevisiae düşük büyüme oranları koruyarak mitokondrial solunum, kullanarak ATP üretir. Böylece, toplama varyasyon glikoz ve diğer karbon kaynaklarının Maya'nın tercihi fermantatif ve solunum büyüme arasında değişimler ikna etmek. Üstel büyüme denklem bu gerçeği dikkate alarak, bir saat (Dt) ve belirli büyüme hızı (µ) iki katına gibi kinetik parametrelerin biyolojik anlamını elde edebilirsiniz. Örneğin, Maya birincil yolu mitokondrial solunum kullandığında alt µ değerleri bulunmuştur. Aksine, fermantasyon lehine koşullar altında yüksek µ değerleri bulunmuştur. Bu metodoloji fermantasyon ve mitokondrial Solunum etkileyen herhangi bir kimyasal muhtemel mekanizmaları ölçmek için kullanılabilir S. cerevisiae.
Bu kağıt amacı belirli bir madde/bileşik etkilerini mitokondrial solunum veya fermantasyon süzmek için büyüme kinetik esas alarak bir yöntemini teklif etmektir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="573">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Orbital Shaker</td>
			<td style="width:71px;">Thermo Scientific</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4353</td>
			<td style="width:167px;">For inoculum incubation or conical fask cultures</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Bioscreen&#160;</td>
			<td style="width:71px;">Growth curves</td>
			<td style="width:119px;">C MBR</td>
			<td>For batch cultures in microplates</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glucose</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">G7021</td>
			<td>For YPD broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Peptone from casein, enzymatic digest</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td align="right" style="width:119px;">82303</td>
			<td>For YPD broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Yeast extract</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">09182-1KG-F</td>
			<td>For YPD broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Bacteriological Agar</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">A5306</td>
			<td>For YPD agar preparation</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">NaH2PO4</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td>S8282</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">(NH4)2SO4</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td>A4418</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Yeast nitrogen base without amino acids and ammonium sulfate</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">Y1251</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Yeast synthetic drop-Out medium supplements</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">Y1501</td>
			<td>For SC broth preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Ammonium sulfate granular</td>
			<td style="width:71px;">J.T. Baker</td>
			<td style="width:119px;">0792-R</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Resveratrol</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">R5010</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Galactose</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td>G8270</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Sucrose</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">S7903</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Absolut ethanol</td>
			<td style="width:71px;">Merck</td>
			<td align="right">107017</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glycerol</td>
			<td style="width:71px;">J.T. Baker</td>
			<td>2136-01</td>
			<td>For medium supplementation example</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">GraphPad Prism</td>
			<td style="width:71px;">GraphPad Software</td>
			<td></td>
			<td>For data analysis</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Honeycomb microplates</td>
			<td style="width:71px;">Thermo Scientific</td>
			<td align="right">9502550</td>
			<td>For microplate cultures</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

saccharomyces cerevisiae exponential growth kinetics in batch culture to analyze respiratory and fermentative metabolism

Saccharomyces cerevisiae hücreleri veya üssel faz olarak onların büyüme fermantasyon ve/veya mitokondrial solunum ATP üreten sürdürmek. Fermente karbon konsantrasyonu esas olarak Maya hücreleri ATP oluşturmak nasıl yönetir; Böylece, fermente karbonhidrat düzeyleri varyasyon S. cerevisiaeenerjik metabolizma kullanıyor. Bu kağıt toplama değişikliklerin etkisini ve solunum ve fermantatif metabolizmasına karbon kaynağı niteliği tahmin etmek için üstel Maya büyüme dayalı yüksek üretilen iş yöntemi açıklanır. S. cerevisiae büyüme bir Mikroplaka ölçülen veya konik sarsıldı 600 optik yoğunluk (OD) malzemelerini şişesi nm. Sonra bir büyüme eğrisi zaman, hangi kimlik ve üssel faz yelpazesi sağlar ve üstel büyüme denklemle kinetik parametrelerin elde etmek için monte karşı çizdirme OD tarafından inşa edilmiştir. Düşük belirli büyüme oranları daha yüksek katlama süreler genellikle solunum büyüme temsil eder. Buna karşılık, daha yüksek belirli büyüme oranları daha düşük katlama kez fermantatif büyüme gösterir. Zaman ve belirli büyüme oranı iki katına eşik değerleri fermente karbon kaynakları veya daha yüksek konsantrasyonlarda fermente şekerler gibi iyi bilinen solunum veya fermantatif koşullar kullanarak tahmin edilir. Bunun için belirli her zor elde edilir. Son olarak, hesaplanan kinetik parametrelerin Maya fermantatif ve/veya solunum büyüme gösterip göstermediğini kurmak için eşik değerleri ile karşılaştırılır. Bu yöntemin avantajı fermantatif veya solunum metabolizma bir madde/bileşik etkilerini anlamak için göreli basitliğidir. Büyüme karışık ve karmaşık bir biyolojik süreç olduğunu vurgulamak önemlidir; Bu nedenle, bu yöntem ilk veri oksijen tüketim miktar ve fermantasyon yan birikimi tarafından corroborated gerekir. Böylece, bu teknik bileşikler/maddeler rahatsız ya da fermantatif veya solunum metabolizma artırmak bir ön elemeyi olarak kullanılabilir.

Büyüme eğrileri birime S. cerevisiae Maya solunum ve fermantatif fenotipleri arasında ayırımcılık için kullanılabilir. Bu nedenle, biz S. cerevisiae (BY4742) toplu iş kültürleri fermantatif büyümesini teşvik bildirilmiştir farklı glikoz konsantrasyonu ile gerçekleştirilen: % 1, % 2 ve % 10 (w/v)9. Fermantatif fenotip gösterilen kültürler küçük gecikme faz ve bir yüksek büyüme oranı (resim 1</stron...

Watch this Scientific Journal Video about Saccharomyces cerevisiae Exponential Growth Kinetics in Batch Culture to Analyze Respiratory and Fermentative Metabolism at JoVE.com

Saccharomyces cerevisiae Exponential Growth Kinetics in Batch Culture to Analyze Respiratory and Fermentative Metabolism

Saccharomyces cerevisiae Üstel büyüme kinetik solunum ve fermantatif metabolizma analiz etmek için toplu iş kültüründe

Burada solunum ve fermantatif metabolizma Saccharomyces cerevisiae üstel büyüme üstel büyüme Denklem için yaklaştırarak tahmin etmek için bir iletişim kuralı mevcut. Kinetik parametrelerin hesaplanması maddeler/bileşikler etkileri fermantasyon veya mitokondrial solunum testi ile taranması için izin verir.

Saccharomyces cerevisiae cells in the exponential phase sustain their growth by producing ATP through fermentation and/or mitochondrial respiration. The ...

Bu yöntem, Warburg ve Crabtree etkilerinin ardındaki moleküler temelnedir gibi biyoteknolojik ve biyomedikal alanlardaki temel soruların yanıtlatılabilir. Bu tekniğin en büyük avantajı, solunum ve fermantif metabolizmabazı maddelerin etkilerinin yüksek iş artışı çalışma sağlar. Serin üç mililitre içeren 15 mililitrekonik tüp aşılayarak başlayın, steril 2% maya özü peptone dekstroz, veya YPD suyu, ile 250 mikrolitre S.cerevisiae maya hücreleri negatif 20 santigrat derece gliserol korunmuş.Mayayı bir gecede 30 santigrat derece ve 200 rpm'de orbital shaker'da kuluçkaya yatırın. bir 60 mililitre üzerine streaking için, 2% YPD agar dolu Petri çanak ertesi sabah. Kültür yalıtılmış koloniler gözlemlenene kadar 30 santigrat derecede çanak.Sonra sallayarak 30 derece santigrat gece kültürü için serin, steril% 2 YPD suyu 10 mililitre içeren yeni bir konik tüp tek bir izole koloni aşılamak. Mikroplaka büyüme eğrisi kurulumu için, steril 10'a 10 kuyumikroplakasının her kuyusu için uygun bir deneysel kültürel ortamın 145 mikrolitresini ekleyin ve her kuyuyu bir gecede beş mikrolitre ile aşılamak. Daha sonra çok kuyulu plakayı 30 santigrat derecede, 200 rpm'de sürekli ajitasyonla 48 saat boyunca kuluçkaya yatırın ve optik yoğunluğu her 30 veya 60 dakikada bir 600 nanometre de ölçün.Sarsılmış konik şişe büyüme eğrisi kurulumu için, 30 santigrat derece ve 250 rpm kuluçka için iki 600 nanometre optik yoğunluğu nda pre-inoculum kültürünün 200 mikrolitre ile uygun bir steril kültür medya 4.8 mililitre içeren 20 mililitre konik şişeler inoculate. Dakikada 250 devirde ajitasyon, düşük ajitasyon hızlarında solunum koşullarında maya büyümesinin azaldığını gözlemlediğimiz için solunum büyümesini uygulayan düşük karbon kaynakları konsantrasyonlarında uygun bir büyüme elde etmek için çok önemlidir. 24 saat boyunca her iki saatte bir 600 nanometrede optik yoğunluğun ölçülmesine izin vermek için, bir mililitrelik spektrofotometre cuvette 900 mikrolitre distile su damıtılmış su sarsılmış konik şişe kültürünün 100 mikrolitre seyreltmek ve yavaşça pipet ile karıştırın.Veri işleme için, uygun bir istatistiksel paket yazılımında yeni bir proje dosyası oluşturun, yeni tablo ve grafik menüsünü açın ve XY'yi seçin. Örnek veri menüsüaltında, boş bir veri tablosu ve bir nokta ve bağlantı hattı grafiği ile başlat'ı seçin. Çoğaltmalar veya hata değerleri için X bölümünü alt sütunlarda seçili bırakma. Y bölümünde, yan yana alt sütunlarda 10 çoğaltma değerlerini girin ve ortalama ve hata SD'yi çizin'i seçin. Ardından oluştur'u tıklatın.X sütununa OD ölçümlerinin alındığı zamanı ve Y sütunundaki kültürlerden elde edilen OD değerlerini girin. Y sütun verilerini logatiklere dönüştüren üstel büyüme aşamasını belirlemek için çözümle'yi tıklatın ve dönüştürme çözümlemesini seçin. Y değerlerini seçmek ve sonuç galerisini açmak için Y eşittir günle'yi kullanın.Dönüşüm veri tablosunu seçin, çözümle'yi tıklatın ve tablodaki değerleri seçerek doğrusal eğilimi izlemeyen optik yoğunluk değerleri hariç doğrusal regresyon çözümlemesi'ni seçin ve veri tabloları galerisini E.In, verileri bir tablo seçin ve analiz et'i tıklatın. Doğrusal olmayan regresyon eğrisi uygunluk çözümlemesi ve çözümlemek için veri kümelerini seçin ve Tamam'ı tıklatın. Ardından, enterpolasyon bölümünü seçili bırakarak verilere en az kare sığdırın ve Tamam'ı tıklatın. Ardından, yeni bir proje dosyası açın ve yeni tablo ve grafik menüsünde sütun seçimini seçin, boş bir veri tablosuyla başlayın ve istenen grafik. Grafiği standart sapmayla ortalamayı çizecek şekilde ayarlayın ve oluştur'u tıklatın.Sonuçlar galerisindeki doğrusal olmayan sığdırma sonuçları tablosundan ortalama veya delta zaman değerlerini kopyalayın ve verileri bir sütuna yapıştırın. Son olarak, farklı nutrimental koşulların kinetik parametrelerini karşılaştırmak için sütun analizleri menüsündeki ilgi analizini tıklatın ve seçin. Büyüme kinetik eşik değerleri güçlü yönler arasında değişir ve analizde kullandığımız koşullara göre değerlendirilmelidir.Fermantif fenotip gösteren kültürlerde küçük bir gecikme evresi ve yüksek büyüme hızına sahip üstel faz vardır. Ağırlıklı olarak oksidatif fosforilasyon la enerji elde eden kültürler, üstel evrede yavaş büyüme hızıile daha uzun bir gecikme evresi sergilerler. Belirli büyüme hızının hesaplanması ve üstel büyüme denklemi kullanılarak büyüme eğrilerinin iki katına çıkarılması, solunum ve fermantative büyüme değerleri için eşiklerin ayarlanmasına olanak sağlar.Örneğin, bu temsili deneylerde, farklı resveratrol konsantrasyonlarının S.cerevisiae BY4742 hücreleri üzerindeki etkileri değişen glikoz konsantrasyonlarına yanıt olarak hücre enerjik durumunun modifikasyonu ortaya koymaktadır. Burada, % 10 glikoz ile takviyesi amonyum düşük konsantrasyonlarda bu kültürlerde genişletilmiş bir üstel büyüme fazı ile kanıtlanan olarak fermantif metabolizma lehine gösterir, daha yüksek bir konsantrasyon uzun bir gecikme fazı ve üstel faz sırasında daha yavaş bir büyüme hızı ile kanıtlanan bir solunum-fermantif metabolizma neden olurken. Son olarak, aynı koşullar altında yetiştirilen bu iki farklı maya suşları arasında fermantatif iki kat-zaman değerlerinde sağlam farklılıklar gözlemlenebilir ve analiz edilen her bir suuş için iki kat zaman eşiğinin doğrulanması gerekliliği vurgulanır.Bu yordamı denerken, bu protokolün yalnızca fenotipi dışarı çıkarmak için kullanıldığını unutmamak gerekir. Solunum ve fermantasyon üzerindeki özel etkiler, sırasıyla oksijen tüketimi tahlilleri veya fermantasyon yan ürünlerinin birikmesi ile doğrulanmalıdır.

Research

JoVE Journal

Biology

Saccharomyces cerevisiae Exponential Growth Kinetics in Batch Culture to Analyze Respiratory and Fermentative Metabolism

Dissection of Saccharomyces Cerevisiae Asci

Dissection of Saccharomyces Cerevisiae Asci

Diseksiyonu Saccharomyces cerevisiae Asci

Yeast is a highly tractable model system that is used to study many different cellular processes. The common laboratory strain Saccharomyces cerevisiae ...

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

Yağ Asidi Kantitatif Phosphoproteomics Uyarılmış Saccharomyces cerevisiae</em

This protocol describes the growth and stimulation, with the fatty acid oleate, of isotopically heavy and light S. cerevisiae cells. Cells are ground ...

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Mikroarray Analizi için Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

A Fluorescence Microscopy Assay for Monitoring Mitophagy in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

A Fluorescence Microscopy Assay for Monitoring Mitophagy in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

Maya İzleme Mitophagy Floresan Mikroskopi Testi Saccharomyces cerevisiae

Autophagy is important for turnover of cellular components under a range of different conditions. It serves an essential homeostatic function as well as a ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Floresan kullanarak mRNA Moleküllerin Görselleştirme ve Analiz<em&gt; Yerinde</emIn&gt; Hibridizasyon<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

Coupled Assays for Monitoring Protein Refolding in Saccharomyces cerevisiae

Coupled Assays for Monitoring Protein Refolding in Saccharomyces cerevisiae

İzlenmesi protein refolding için birleştiğinde Tahliller<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Proteostasis, defined as the combined processes of protein folding/biogenesis, refolding/repair, and degradation, is a delicate cellular balance that must ...

Combining Magnetic Sorting of Mother Cells and Fluctuation Tests to Analyze Genome Instability During Mitotic Cell Aging in Saccharomyces cerevisiae

Combining Magnetic Sorting of Mother Cells and Fluctuation Tests to Analyze Genome Instability During Mitotic Cell Aging in Saccharomyces cerevisiae

Anne Hücreleri ve dalgalanma Testleri Manyetik orting birleştiren Mitotic Hücre Yaşlanma sırasında Genom istikrarsızlık Analiz için<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Saccharomyces cerevisiae has been an excellent model system for examining mechanisms and consequences of genome instability. Information gained from this ...

Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Kimyasal Genetik Etkileşimleri Hızlı Kimlik<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Determining the mode of action of bioactive chemicals is of interest to a broad range of academic, pharmaceutical, and industrial scientists. ...

Growth-based Determination and Biochemical Confirmation of Genetic Requirements for Protein Degradation in Saccharomyces cerevisiae

Growth-based Determination and Biochemical Confirmation of Genetic Requirements for Protein Degradation in Saccharomyces cerevisiae

Büyüme-tabanlı Belirlenmesi ve Protein Parçalanabilirliklerinin Genetik Talepler biyokimyasal Onay<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Regulated protein degradation is crucial for virtually every cellular function. Much of what is known about the molecular mechanisms and genetic ...

Directed Evolution Method in Saccharomyces cerevisiae: Mutant Library Creation and Screening

Directed Evolution Method in Saccharomyces cerevisiae: Mutant Library Creation and Screening

Evrim Yöntemi yönettiği<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt;: Mutant Kütüphane Oluşturma ve Tarama

Directed evolution in Saccharomyces cerevisiae offers many attractive advantages when designing enzymes for biotechnological applications, a process that ...