Name: methods for evaluating the role of c-fos and dusp1 in oncogene dependence
Uploaded: 2019-01-07T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Methods for Evaluating the Role of c-Fos and Dusp1 in Oncogene Dependence at JoVE.com

Forfatterne er takknemlig til G. Q. Daley for å gi BaF3 og WEHI cellene T. Reya for den MSCV-BCR-ABL-Ires-YFP konstruksjoner. Forfatterne er takknemlige til M. Carroll for å gi pasientprøvene fra bruk blast krisen. Denne studien ble støttet av tilskudd til M.A. fra NCI (1RO1CA155091), leukemi Research Foundation og V Foundation, og NHLBI (R21HL114074-01).

Alle dyreforsøk ble utført i henhold til retningslinjene for institusjonelle Animal Care og bruk Committee (IACUC) ved Cincinnati Children's Hospital Medical Center (CCHMC). Menneske prøver (Normal BM og at bruk (p210-BCR-ABL +) leukemi) var fra institusjonelle Review Board-godkjent protokoller (institusjonelle Review Board: Federalwide forsikring #00002988 Cincinnati Children's Hospital Medical Center) og donor informert samtykke fra CCHMC og University of Cincinnati.
1. sanntids qPCR analys...

<ol>
	<li>Daley, G. Q., Van Etten, R. A., Baltimore, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induction+of+chronic+myelogenous+leukemia+in+mice+by+the+P210bcr/abl+gene+of+the+Philadelphia+chromosome.">Induction of chronic myelogenous leukemia in mice by the P210bcr/abl gene of the Philadelphia chromosome.</a> Science. 247, 824-830 (1990).</li><li>Druker, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+a+selective+inhibitor+of+the+Abl+tyrosine+kinase+on+the+growth+of+Bcr-Abl+positive+cells.">Effects of a selective inhibitor of the Abl tyrosine kinase on the growth of Bcr-Abl positive cells.</a> Nature Medicine. 2, 561-566 (1996).</li><li>Mahon, F. X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discontinuation+of+imatinib+in+patients+with+chronic+myeloid+leukaemia+who+have+maintained+complete+molecular+remission+for+at+least+2+years:+the+prospective,+multicentre+Stop+Imatinib+(STIM)+trial.">Discontinuation of imatinib in patients with chronic myeloid leukaemia who have maintained complete molecular remission for at least 2 years: the prospective, multicentre Stop Imatinib (STIM) trial.</a> Lancet Oncology. 11, 1029-1035 (2010).</li><li>O'Hare, T., Zabriskie, M. S., Eiring, A. M., Deininger, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pushing+the+limits+of+targeted+therapy+in+chronic+myeloid+leukaemia.">Pushing the limits of targeted therapy in chronic myeloid leukaemia.</a> Nature Reviews Cancer. 12, 513-526 (2012).</li><li>Rousselot, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imatinib+mesylate+discontinuation+in+patients+with+chronic+myelogenous+leukemia+in+complete+molecular+remission+for+more+than+2+years.">Imatinib mesylate discontinuation in patients with chronic myelogenous leukemia in complete molecular remission for more than 2 years.</a> Blood. 109, 58-60 (2007).</li><li>Krause, D. S., Van Etten, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tyrosine+kinases+as+targets+for+cancer+therapy.">Tyrosine kinases as targets for cancer therapy.</a> The New England Journal of Medicine. 353, 172-187 (2005).</li><li>Sharma, S. V., Settleman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploiting+the+balance+between+life+and+death:+targeted+cancer+therapy+and+"oncogenic+shock".">Exploiting the balance between life and death: targeted cancer therapy and "oncogenic shock".</a> Biochemical Pharmacology. 80, 666-673 (2010).</li><li>Sharma, S. V., Settleman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oncogene+addiction:+setting+the+stage+for+molecularly+targeted+cancer+therapy.">Oncogene addiction: setting the stage for molecularly targeted cancer therapy.</a> Genes &amp; Development. 21, 3214-3231 (2007).</li><li>Weinstein, I. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer.+Addiction+to+oncogenes--the+Achilles+heal+of+cancer.">Cancer. Addiction to oncogenes--the Achilles heal of cancer.</a> Science. 297, 63-64 (2002).</li><li>Corbin, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+chronic+myeloid+leukemia+stem+cells+are+insensitive+to+imatinib+despite+inhibition+of+BCR-ABL+activity.">Human chronic myeloid leukemia stem cells are insensitive to imatinib despite inhibition of BCR-ABL activity.</a> The Journal of Clinical Investigation. 121, 396-409 (2011).</li><li>Straussman, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumour+micro-environment+elicits+innate+resistance+to+RAF+inhibitors+through+HGF+secretion.">Tumour micro-environment elicits innate resistance to RAF inhibitors through HGF secretion.</a> Nature. 487, 500-504 (2012).</li><li>Wilson, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Widespread+potential+for+growth-factor-driven+resistance+to+anticancer+kinase+inhibitors.">Widespread potential for growth-factor-driven resistance to anticancer kinase inhibitors.</a> Nature. 487, 505-509 (2012).</li><li>Kesarwani, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+c-FOS+and+DUSP1+abrogates+intrinsic+resistance+to+tyrosine-kinase+inhibitor+therapy+in+BCR-ABL-induced+leukemia.">Targeting c-FOS and DUSP1 abrogates intrinsic resistance to tyrosine-kinase inhibitor therapy in BCR-ABL-induced leukemia.</a> Nature Medicine. 23, 472-482 (2017).</li><li>Zhang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=c-fos+regulates+neuronal+excitability+and+survival.">c-fos regulates neuronal excitability and survival.</a> Nature Genetics. 30, 416-420 (2002).</li><li>Dorfman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disruption+of+the+erp/mkp-1+gene+does+not+affect+mouse+development:+normal+MAP+kinase+activity+in+ERP/MKP-1-deficient+fibroblasts.">Disruption of the erp/mkp-1 gene does not affect mouse development: normal MAP kinase activity in ERP/MKP-1-deficient fibroblasts.</a> Oncogene. 13, 925-931 (1996).</li><li>Padhye, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorocurcumins+as+cyclooxygenase-2+inhibitor:+molecular+docking,+pharmacokinetics+and+tissue+distribution+in+mice.">Fluorocurcumins as cyclooxygenase-2 inhibitor: molecular docking, pharmacokinetics and tissue distribution in mice.</a> Pharmaceutical Research. 26, 2438-2445 (2009).</li><li>Molina, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+chemical+screening+reveals+an+inhibitor+of+Dusp6+that+expands+cardiac+cell+lineages.">Zebrafish chemical screening reveals an inhibitor of Dusp6 that expands cardiac cell lineages.</a> Nature Chemical Biology. 5, 680-687 (2009).</li><li>Zhang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effective+targeting+of+quiescent+chronic+myelogenous+leukemia+stem+cells+by+histone+deacetylase+inhibitors+in+combination+with+imatinib+mesylate.">Effective targeting of quiescent chronic myelogenous leukemia stem cells by histone deacetylase inhibitors in combination with imatinib mesylate.</a> Cancer Cell. 17, 427-442 (2010).</li><li>Koschmieder, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inducible+chronic+phase+of+myeloid+leukemia+with+expansion+of+hematopoietic+stem+cells+in+a+transgenic+model+of+BCR-ABL+leukemogenesis.">Inducible chronic phase of myeloid leukemia with expansion of hematopoietic stem cells in a transgenic model of BCR-ABL leukemogenesis.</a> Blood. 105, 324-334 (2005).</li><li>Abraham, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dual+targeting+of+p53+and+c-MYC+selectively+eliminates+leukaemic+stem+cells.">Dual targeting of p53 and c-MYC selectively eliminates leukaemic stem cells.</a> Nature. 534, 341-346 (2016).</li><li>Li, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activation+of+p53+by+SIRT1+inhibition+enhances+elimination+of+CML+leukemia+stem+cells+in+combination+with+imatinib.">Activation of p53 by SIRT1 inhibition enhances elimination of CML leukemia stem cells in combination with imatinib.</a> Cancer Cell. 21, 266-281 (2012).</li><li>. Qiagen-miRNAeasy kit Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/shop/sample-technologies/rna/mirna/mirneasy-mini-kit/#resources">https://www.qiagen.com/us/shop/sample-technologies/rna/mirna/mirneasy-mini-kit/#resources</a> (2018)</li><li>. DNA-free DNA removal kit Available from: <a target="_blank" href="https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AM1906?gclid=EAIaIQobChMIg4D-_ZvC2wIVx5-zCh00Cg8fEAAYASAAEgIv6vD_BwE&amp;s_kwcid=AL!3652!3!264318446624!b!!g!!&amp;ef_id=V7SO5AAAAck3ba89:20180607185004:s">https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AM1906?gclid=EAIaIQobChMIg4D-_ZvC2wIVx5-zCh00Cg8fEAAYASAAEgIv6vD_BwE&amp;s_kwcid=AL!3652!3!264318446624!b!!g!!&amp;ef_id=V7SO5AAAAck3ba89:20180607185004:s</a> (2018)</li><li>. SuperScript&#8482; III First-Strand Synthesis System Available from: <a target="_blank" href="https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/18080051">https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/18080051</a> (2018)</li><li>. Human Long Term Culture Initiating Cell Itc-ic Assay Available from: <a target="_blank" href="https://www.stemcell.com/human-long-term-culture-initiating-cell-ltc-ic-assay.html">https://www.stemcell.com/human-long-term-culture-initiating-cell-ltc-ic-assay.html</a> (2018)</li><li>Abarrategi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+the+human+bone+marrow+niche+in+mice:+From+host+bone+marrow+engraftment+to+bioengineering+approaches.">Modeling the human bone marrow niche in mice: From host bone marrow engraftment to bioengineering approaches.</a> Journal of Experimental Medicine. 215, 729-743 (2018).</li><li>Kesarwani, M., Huber, E., Kincaid, Z., Azam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+screening+and+validation+of+resistant+mutations+against+kinase+inhibitors.">A method for screening and validation of resistant mutations against kinase inhibitors.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2014).</li></ol>

For hoveddelen av kreftceller, er terapeutiske svaret TKI formidlet av en blokade av tyrosin kinase oncoprotein signaler som svulsten er avhengige av. Men er relativt lite kjent om hvordan et mindretall av kreftceller bidrar til MRD unnslippe oncogene avhengighet og terapi4. Studier viste at vekstfaktor signalering formidler resistens både leukemi og solid orgel svulster. Dette tyder på at ulike molekylære mekanismer kan grunn indre motstand10,<sup class="xref...

Konstituerende tyrosin kinase aktivitet av BCR-ABL1 fusion oncogene forårsaker bruk, som gir en begrunnelse for å målrette kinase aktiviteten av lite molekyl inhibitors. Suksessen til TKIs i behandling av bruk pasienter revolusjonerte begrepet målrettet terapi1,2. Deretter anti-kinase terapi som presisjon medisin ble utviklet for flere andre malignitet, inkludert solide svulster. Hittil er mer enn tretti kinase hemmere godkjent av United State FDA for å behandle ulike malignancies. Mens TKI behandling er svært effektiv i undertrykke sykdommen, er det ikke helbredende. Dessuten, en liten populasjon av kreftceller vedvarer under behandlingen: MRD3,4,5. Selv pasienter som viste fullstendig remisjon igjen med MRD, som til slutt resultater i tilbakefall hvis ikke kontinuerlig undertrykt. Derfor er utrydding av MRD celler nødvendig for å oppnå et holdbart eller helbredende svar. Bruk representerer en verdifull paradigmet for å definere begrepet presisjon medisin, mekanismer for oncogenesis, rasjonell mål-rettet therapeutics, sykdomsprogresjon og resistens. Men selv i dag, mekanismen kjøring TKI-indusert celledød i kreftceller er ikke fullt ut forstått, eller hvorfor MRD celler (består av leukemic stamceller [LSCs]) er egentlig motstandsdyktig mot TKIs4,6. Likevel er fenomenet "oncogene avhengighet" mutant kinase oncoprotein involvert i TKI effekt der akutt hemming av målrettede oncogene ved TKIs forårsaker en kreftfremkallende støt som fører til en massiv proapoptotic svaret eller gågaten i cellen kontekst-avhengige måte6,7,8,9. Imidlertid mangler den mekanistiske understøttelsen av oncogene avhengighet. Nyere studier har innblandet som vekstfaktor signalisering opphever oncogene avhengighet og følgelig gir motstand mot TKI terapi10,11,12. Derfor, for å få innsikt i mekanismen av oncogene avhengighet, vi spilte hele-genome expression profilering BCR-ABL1 avhengige og nonaddicted celler (vokst med vekstfaktorer), som viste at c-Fos og Dusp1 er kritiske meglere på oncogene avhengighet13. Genetisk sletting av c-Fos og Dusp1 er syntetiske dødelig for BCR-ABL1-uttrykke celler musene som brukes i eksperimentet utvikle ikke leukemi. Videre kurert hemming av c-Fos og DUSP1 av små molekyl hemmere BCR-ABL1-indusert bruk i mus. Resultatene viser at uttrykket nivåene av c-Fos og Dusp1 definerer apoptotisk terskelen i kreftceller, slik at lavere nivåer konferere narkotika følsomhet mens høyere nivåer føre til terapi13.
For å identifisere genene kjøring oncogene avhengighet, utført vi flere hele-genome expression profilering eksperimenter i nærvær av vekstfaktor og en TKI (imatinib) med både mus- og bruk pasient-avledet celler (K562). Disse dataene ble analysert parallelt med bruk pasienten datasett fra CD34+ blodkreft stamceller før og etter behandling med imatinib. Analysen avdekket tre gener (en transkripsjon faktor [c-Fos], dobbelt spesifisitet fosfatase 1 [Dusp1], og en RNA-bindende protein [Zfp36]) som er ofte upregulated i TKI-resistente celler. For å validere betydningen av disse genene i overdragelse resistens, gjennomført vi trinnvise i vitro og vivo analyse. Uttrykket nivåene av disse genene ble bekreftet av sanntids qPCR (RT-qPCR) og vestlige blotting i narkotika-resistente celler. Videre, cDNA overuttrykte og knockdown av shRNA hårnåler av c-Fos, Dusp1, og Zfp36 viste at opphøyet c-Fos og Dusp1 uttrykk er tilstrekkelig og nødvendig å tildele TKI motstand. Derfor utført vi en i vivo validering bruker musen modeller med c-Fos og Dusp1 bare. For genetisk valideringen av c-Fos og Dusp1, vi opprettet ROSACreERT-induserbart c-Fosfl/fl mus (betinget knockout)14 og krysset dem med Dusp1- / - (rett knockout)15 å ROSACreERT2-c-Fosfl/fl Dusp1- / - dobbel-transgene mus. Ben margtransplantasjon-avledet c-Kit+ celler (fra c-Fosfl/fl-, Dusp1- / -- og c-Fosfl/flDusp1- / -) uttrykker BCR-ABL1 var analysert i vitro colony-forming unit (CFU) analysen, og i vivo av benmarg transplantasjon i drepende bestrålt mus, teste kravet til c-Fos og Dusp1 alene eller sammen i leukemi utvikling. Likeledes, de kjemiske hemninger c-Fos av DFC (difluorinated curcumin)16 og Dusp1 av BCI (benzylidene-3-(cyclohexylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-one)17 ble testet i vitro og in vivo bruker BCR-ABL1-uttrykke, bein margtransplantasjon-avledet c-Kit+ celler fra vill-type (WT) musen. For å bekrefte kravet til c-Fos og Dusp1 i leukemic stamceller, utnyttet vi en bruk musemodell der BCR-ABL1 var spesielt indusert i stilk celler av doxycycline (Tet-transactivator uttrykker under murine stamcelleforskningen leukemi (SCL) gen 3 enhancer regulering)18,19. Vi brukte benmarg Lin-Sca+c-Kit+ (LSK) celler fra disse musene i i vivo transplantasjon analysen. Videre etablerte vi phopsho-p38 nivåer og uttrykket IL-6 som pharmaco-dynamisk biomarkers for Dusp1 og c-Fos hemming, henholdsvis i vivo. Til slutt for å forlenge studiet for menneskelig relevans, pasient-avledede CD34+ celler (tilsvarer c-Kit+ cellene fra mus) ble utsatt til langsiktig in vitro kultur-starte cellen analyser (LTCIC) og en i vivo humanized musemodell Bruk20,21. Immunodeficient mus ble transplantert med bruk CD34 + celler, etterfulgt av behandling og human leukemic celle survival analyse.
I dette prosjektet utvikle vi metoder for mål identifisering og valideringer bruker både genetiske og kjemiske verktøy, bruker forskjellige prekliniske modeller. Disse metodene kan brukes for å validere andre mål utvikler kjemiske modaliteter for terapeutisk utvikling.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:948px;" width="946">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:424px;">Biological Materials</td>
			<td style="width:247px;"></td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td style="width:131px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RPMI</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>15-040-CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DMEM</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>15-013-CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">IMDM</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>15-016-CVR</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RetroNectin Recombinant Human Fibronectin Fragment</td>
			<td>Takara</td>
			<td>T100B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MethoCult GF M3434 (Methylcellulose for Mouse CFU)</td>
			<td>Stem Cell</td>
			<td>3434</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MethoCult H4434 Classic (Methylcellulose for Human CFU)</td>
			<td>Stem Cell</td>
			<td>4434</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">4-Hydroxytamoxifen</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H6278</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Recombinant Murine SCF</td>
			<td>Prospec</td>
			<td>CYT-275</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Recombinant Murine Flt3-Ligand</td>
			<td>Prospec</td>
			<td>CYT-340</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Recombinant Murine IL-6</td>
			<td>Prospec</td>
			<td>CYT-350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Recombinant Murine IL-7</td>
			<td>Peprotech</td>
			<td>217-17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DFC</td>
			<td>LKT Laboratories Inc.</td>
			<td>D3420</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BCI</td>
			<td>Chemzon Scientific</td>
			<td>NZ-06-195</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Imatinib</td>
			<td>LC Laboratory</td>
			<td>I-5508</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Curcumin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>458-37-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NDGA</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>500-38-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Penn/Strep</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>30-002-CI</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FBS</td>
			<td>Atlanta biological</td>
			<td>S11150</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Trypsin EDTA 1X</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>25-052-CI</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1XPBS</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>21-040-CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">L-Glutamine</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>25-005-CL</td>
			<td style="width:131px;">5mg/ml stock in water</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Puromycin</td>
			<td>Gibco (life technologies)</td>
			<td>A11138-03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HEPES</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H7006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Na2HPO4.7H2O</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S9390</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Protamine sulfate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P3369</td>
			<td style="width:131px;">5mg/ml stock in water</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Trypan Blue solution (0.4%)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T8154</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DMSO</td>
			<td>Cellgro (corning)</td>
			<td>25-950-CQC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">WST-1</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11644807001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.45uM acro disc filter</td>
			<td>PALL</td>
			<td>2016-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">70um nylon cell stariner</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td>352350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FICOL (Histopaque 1083) (polysucrose)</td>
			<td>Simga</td>
			<td>1083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PBS</td>
			<td>Corning</td>
			<td>21040CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">LS Columns</td>
			<td>Miltenyi</td>
			<td>130-042-401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td>Roche</td>
			<td>CO-RO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phosphatase Inhibitor Cocktail 2</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P5762</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Nitrocullulose Membrane</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1620115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:424px;">SuperSignal West Dura Extended Duration Substrate ( chemiluminiscence substrate)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>34075</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CD5</td>
			<td>eBioscience</td>
			<td>13-0051-82</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CD11b</td>
			<td>eBioscience</td>
			<td>13-0112-75</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CD45R (B220)</td>
			<td>BD biosciences</td>
			<td>553092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CD45.1-FITC</td>
			<td>eBioscience</td>
			<td>11-0453-85</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CD45.2-PE</td>
			<td>eBioscience</td>
			<td>12-0454-83</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">hCD45-FITC</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>555482</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-Biotin-FITC</td>
			<td>Miltenyi</td>
			<td>130-090-857&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-7-4</td>
			<td>eBioscience</td>
			<td>MA5-16539</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-Gr-1 (Ly-6G/c)</td>
			<td>eBioscience</td>
			<td>13-5931-82</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-Ter-119</td>
			<td>eBioscience</td>
			<td>13-5921-75</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ly-6 A/E (Sca1) PE Cy7</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td>558612</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CD117 APC&#160;</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td>553356</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BD Pharm Lyse</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td>555899</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BD Cytofix/Cytoperm (Fixing and permeabilization solution)</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td>554714</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:424px;">BD Perm/Wash&#160; (permeabilization and wash solution for phospho flow)</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td>554723</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">phospho p38</td>
			<td>Cell Signaling Technologies</td>
			<td>4511S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">total p38</td>
			<td>Cell Signaling Technologies</td>
			<td>9212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mouse IgG control</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td>554121</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Alexa Flour 488 conjugated&#160;</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>A-11034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Calcium Chloride</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>K278001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2X HBS</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>K278002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">EDTA</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSA</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A7906</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Blood Capillary Tubes</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>22-260-950</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Blood Collection Tube</td>
			<td>Giene Bio-One</td>
			<td>450480</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Newborn Calf Serum</td>
			<td>Atlanta biological</td>
			<td>S11295</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Erythropoiein</td>
			<td>Amgen</td>
			<td>5513-267-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">human SCF</td>
			<td>Prospec</td>
			<td>CYT-255</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Human IL-3</td>
			<td>Prospec</td>
			<td>CYT-210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">G-SCF</td>
			<td>Prospec</td>
			<td>CYT-220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GM-CSF</td>
			<td>Prospec</td>
			<td>CYT-221</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MyeloCult (media for LTCIC assay)</td>
			<td>Stem Cell Technologies</td>
			<td>5100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hydrocortisone Sodium Hemisuccinate</td>
			<td>Stem Cell Technologies</td>
			<td>7904</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MEM alpha</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>12561-056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1/2cc Lo-Dose u-100 insulin syringe 28 G1/2</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td>329461</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mortor pestle</td>
			<td>Coor tek&#160;</td>
			<td>60316 and 60317</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Isoflorane (Isothesia TM)</td>
			<td>Butler Schien</td>
			<td>29405</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SOC</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>B90920s</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Ampicillin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A0166</td>
			<td style="width:131px;">100mg/ml stock in water</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bacto agar (agar)</td>
			<td>Difco</td>
			<td>214050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Terrific broth</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td>243820</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Agarose</td>
			<td>Genemate</td>
			<td>E-3119-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="105">
			<td height="105" style="height:105px;">Doxycycline chow</td>
			<td>TestDiet.com</td>
			<td>52662</td>
			<td style="width:131px;">modified RMH1500, Autoclavable 5LK8&#160; with 0.0625% Doxycycline&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tamoxifen</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T5648</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Iodonitrotetrazolium chloride&#160;</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>I10406</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kits</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dneasy Blood &#38; tissue kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>69506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GoTaq Green (taq polymerase with Green loadign dye)</td>
			<td>Promega</td>
			<td>M1722</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">miRNeasy Mini Kit&#160; (RNA isolation kit)</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>217084</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA Free Dnase Kit (DNAse treatment for RT PCR)</td>
			<td>Ambion, Life Technologies</td>
			<td>AM1906</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:424px;">Superscript III First Strand Synthesis (reverse transcriptase for cDNA synthesis)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>18080051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:424px;">SYBR Green (taq polymerase mix with green interchalating dye for qPCR)</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1725270</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">CD117 MicroBead Kit</td>
			<td>Miltenyi</td>
			<td>130-091-224</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Human Long-Term Culture Initiating Cell Assay</td>
			<td>Stemp Cell Technologies</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Instruments</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NAPCO series 8000 WJ CO2 incubator</td>
			<td>Thermo scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Swing bucket rotor cetrifuge 5810R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TC-10 automated cell counter</td>
			<td>Bio-RAD</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">C-1000 Thermal cycler</td>
			<td>Bio-RAD</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mastercycler Real Plex 2</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:424px;">ChemiDoc Imaging System (imaging system for gels and western blots)</td>
			<td>Bio-RAD</td>
			<td>17001401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hemavet ( boold counter)</td>
			<td>Drew-Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">LSR II ( FACS analyzer)</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fortessa I ( FACS analyzer)</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FACSAriaII ( FACS Sorter)</td>
			<td>BD&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Magnet Stand</td>
			<td>Miltenyi</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Irradiator</td>
			<td style="width:247px;">&#160;J.L. Shepherd and Associates, San Fernando CA</td>
			<td>Mark I Model 68A</td>
			<td>source Cs 137</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mice</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ROSACreERT2</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Scl-tTA&#160;</td>
			<td>Dr. Claudia Huettner&#8217;s lab</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BoyJ&#160;</td>
			<td>mouse core facility at CCHMC</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">C57Bl/6&#160;</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NSGS</td>
			<td>mouse core facility at CCHMC</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">ROSACreERT2/c-Fosfl/fl Dusp1-/-&#160;</td>
			<td>Made in house</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ROSACreERT2/c-Fosfl/fl</td>
			<td>Made in house</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cells</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">BaF3</td>
			<td style="width:247px;">Gift from George Daley, Harvard Medical School, Boston</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">WEHI</td>
			<td style="width:247px;">Gift from George Daley, Harvard Medical School, Boston</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">CML-CD34+ and Normal CD34+ cells</td>
			<td style="width:247px;">University Hospital, University of Cincinnati</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

methods for evaluating the role of c-fos and dusp1 in oncogene dependence

Demonstrasjon av tyrosine kinase hemmere (TKIs) i behandling av Kronisk myelogen leukemi (bruk) har innledet en ny æra i cancer therapeutics. Men svarer en liten populasjon av celler ikke TKI behandling, noe som resulterer i minimal gjenværende sykdom (MRD); selv de mest potente TKIs ikke utrydde disse cellene. Disse MRD celler tjene som et reservoar å utvikle resistens til terapi. Hvorfor TKI behandling er ineffektive mot MRD celler er ikke kjent. Vekstfaktor signalnettverk er involvert i å støtte overlevelsen MRD celler under TKI behandling, men en mekanistisk forståelse mangler. Nyere studier har vist at et forhøyet c-Fos og Dusp1 uttrykk som følge av konvergent kreftfremkallende og vekstfaktor signalering i MRD celler megle TKI motstand. Genetiske og kjemiske hemming av c-Fos og Dusp1 gjengir bruk utsøkt sensitive til TKIs og herdes bruk i både genetiske og humanized musen modeller. Vi identifisert disse mål genene bruker flere microarrays fra TKI-sensitive og -resistente celler. Her gir vi metoder for målet validering bruker i vitro og in vivo musen modeller. Disse metodene kan lett brukes på noen mål for genetisk validering og terapeutiske utvikling.

Oncogene avhengighet har vært innblandet i terapeutiske effekten av TKIs. Men er mekanismer kjøring oncogene avhengigheten ikke forstått. Vi utførte flere upartiske gene expression analyser for å identifisere det genetiske komponenten involvert i orkestrering avhengighet. Disse analysene viste oppregulering av tre gener, c-Fos, Dusp1 og Zfp36, i celler som er ikke avhengig av kreftfremkallende Signaliser for overlevelse, og dermed er ufølsomme til TKI behandling. Downregulation c-Fo...

Watch this Scientific Journal Video about Methods for Evaluating the Role of c-Fos and Dusp1 in Oncogene Dependence at JoVE.com

Methods for Evaluating the Role of c-Fos and Dusp1 in Oncogene Dependence

Metoder for å vurdere rollen c-Fos og Dusp1 i Oncogene avhengighet

Her beskriver vi protokoller for genetiske og kjemiske valideringen av c-Fos og Dusp1 som narkotika mål i leukemi bruker i vitro og in vivo genetiske og humanized musen modeller. Denne metoden kan brukes på noen mål for genetisk validering og terapeutiske utvikling.

The demonstration of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in treating chronic myeloid leukemia (CML) has heralded a new era in cancer therapeutics. However, ...

Denne metoden kan bidra til å svare på viktige spørsmål innen kreftterapeutiske felt, for eksempel identifisering av viktige gener som er involvert i onkogenavhengighet. Den største fordelen med denne teknikken er at den benytter onkogenavhengigheten som er felles for mange kinasedrevne kreftformer, derfor gjelder det for flere tumortyper. Selv om denne metoden kan gi innsikt i leukemi, det kan også brukes på andre systemer, som solide svulster som lungekreft, hjernesvulster, og bukspyttkjertelsvulster.Generelt vil personer som er nye på denne metoden slite på grunn av mangel på erfaring i molekylærbiologi og cellulær fysiologi. For å begynne, høst bein fra en euthanized mus. Rengjør vevet fra beinene med en skalpell.Legg deretter beinene i kald PBS på is og knus beinene med en pestle. Etter dette filtrerer du cellefjæringen gjennom en 70 mikrometercellesil i et 50 milliliter skruedekselrør med en 10 milliliter pipette. Vask mørtelen og pestle flere ganger med kald PBS og legg cellefjæringen til 50 milliliter røret.Deretter sentrifuger benmargen og fjern supernatanten med vakuum og glasspipette. Resuspend cellepellet i 5 milliliter PBS. Ved hjelp av en pipette, legg langsomt den suspenderte benmargen til toppen av romtemperaturpolysukrose.Etter dette spinner du polysukroseen ved 400 Gs i 20 minutter med bremsen slått av. Etter sentrifugering, samle overskyet total mono-kjernefysisk celle grensesnitt med en pipette og overføre den til en ny 15 milliliter rør. Ta volumet til 10 milliliter med PBS og fjern 20 mikroliter for telling.Etter sentrifugering, kast supernatanten og legg pelleten på is. Deretter bruker du cellepelleten på igjen i PBS med EDTA og BSA. Legg CD117 mikroperler til celle suspensjon, og vortex å blande.Etter dette inkuber suspensjonen i 10 minutter ved 4 grader Celsius. Deretter bringe volumet opp til 10 milliliter med mer PBS med EDTA og BSA og sentrifuge på 1200 G er på 4 grader Celsius i 5 minutter. Bruk et vakuum for å fjerne det overnaturlige og suspendere cellepellet i PBS med EDTA og BSA.Tilsett deretter 3 milliliter PBS med EDTA og BSA til et magnetstativ med en magnetisk kolonne og la den strømme inn i et oppsamlingsrør. Når bufferen er ferdig med å flyte gjennom kolonnen, legger du til celleopphenget og lar den strømme gjennom kolonnen inn i oppsamlingsrøret. Deretter legger du til 5 flere milliliter PBS med EDTA og BSA til kolonnen og skyll den umiddelbart med stempelet.Fjern stempelet og gjenta spylingen før du teller cellene. Etter sentrifugering cellene, fjerne supernatant og suspendere celle pellet i komplett IMDM for kultur. Kultur cellene over natten på 37 grader Celsius med 5% karbondioksid.Først kombinerer retrovirale plasmid DNA med emballasjeplasmid, kalsiumklorid og vann i et 1,5 milliliter rør. Tilsett deretter 500 mikroliter HBS til et annet 1,5 milliliter rør. Tilsett transfection blandingen drop-wise til røret som inneholder HBS samtidig blande med vortexer satt til den laveste innstillingen.Inkuber transfeksjonsblandingen ved romtemperatur i 20 til 30 minutter. Under inkubasjonsperioden, tilsett klorokin til HEK-cellene og hold dem i inkubatoren. Etter å ha lagt til transfection mix, inkubere cellene i 8 timer i en 37 grader Celsius 5% CO2 inkubator endre cellemediet ved å legge til 14 milliliter av friske DMEM10 media veldig sakte.Pipettering sakte mot veggen av parabolen bidrar til å hindre stripping av HEK-celler. Deretter inkubere cellene over natten i 37 grader Celsius 5% CO2 inkubator. Bruk en 10 milliliter sprøyte for å samle viral supernatant.Fest deretter et sprøytefilter på 0,45 mikrometer til sprøyten. Stup den virale supernatanten inn i et nytt oppsamlingsrør. Samle viral supernatant ca 16 timer senere.Etter dette, tilsett to milliliter rekombinant humant fibronectin fragment i PBS til ubehandlet 6 brønnkulturplater. Neste dag, bruk en pipette for å fjerne fibronectin fra platene. Blokker platene med 2% BSA i PBS og inkuber platene ved romtemperatur i 30 minutter.Bruk et vakuum til å fjerne BSA og vask platene med PBS før du fjerner det med et vakuum. Etter dette legger du umiddelbart til den filtrerte virale supernatanten og sentrifuge platen i to timer. Bruk et vakuum til å fjerne det overnaturlige og spinn platen igjen.Fjern deretter supernatanten med et vakuum og vask de virale belagte brønnene med PBS. Fjern PBS med et vakuum, legg til de tidligere kultiverte c-Kip pluss musecellene til de viralbelagte brønnene. Etter sentrifugering, inkuber cellene ved 37 grader Celsius og 5% karbondioksid.48 timer etter transduksjon, pellet cellene via sentrifugering og gjenbruk dem i FACS buffer 1. Tin først metylcellulosen med cytokiner for mus ved romtemperatur. Deretter aliquot 3 milliliter metylcellulose i et FACS-rør.Tilsett 100 mikroliter av cellesuspensjonen med passende hemmere til 3 milliliter metylcellulose. Deretter virvler fjæringen høyt i 10 til 30 sekunder. Etter at de fleste luftboblene har rømt, bruk en 1 milliliter sprøyte til å plate 1 milliliter av media i tre replikere plater.Legg platene i en stor petriskål sammen med en åpen tallerken som inneholder sterilt vann. Dekk deretter den store petriskålen og inkuber cellene ved 37 grader Celsius. Forbered iodonitrotetrazoliumkloridflekken ved å oppløse 10 milligram i iodonitrotetrazoliumklorid i 10 milliliter vann.Filter steriliser fargeløsningen med en Luer-låsesprøyte utstyrt med et 0,2 mikrometerfilter. I vevskulturhetten legger du til 100 mikroliter av fargeløsningsløsningen rundt CFU-platen. Deretter inkubere platene over natten ved 37 grader Celsius i en cellekultur inkubator.Til slutt, etter at koloniene har slått en mørk rød brun farge, bruk en hvit bakgrunn i den sterile vevskulturhetten for å ta bilder av den beisede CFU-platen. I denne protokollen ble flere objektive genuttrykksanalyser brukt til å identifisere den genetiske komponenten som orkestrerer onkogenavhengighet. For å validere rollen som c-Fos og Dusp1 som terapeutisk mål i leukemi, ble deres overuttrykk bekreftet med celler som uttrykker BCR-ABL1 onkogen.Analyse via RT-qPCR og vestlig blotting bekreftet at begge ble indusert av BCR-ABL1 og at uttrykket deres forsterkes av vekstfaktor IL-3. YFP pluss uttrykksceller ble sortert via FACS for ytterligere in vitro- og in vivoanalyser. Resultatene viste at sletting av c-Fos og Dusp1 alene hemmet CFU-tall.Celler som manglet både c-Fos og Dusp1 ble betydelig kompromittert i deres evne til å danne kolonier og Imatinib behandling utryddet alle CFUer som indikerer at tapet av c-Fos og Dusp1 er syntetisk dødelig for BCR-ABL1 uttrykk. Etter denne utviklingen banet denne teknikken vei for forskere innen kreft for å utforske de genetiske nettverkene og genene som driver onkogenavhengighet og hvordan disse genene påvirker deres spesielle respons på musemodeller og menneskelige pasienter. Ikke glem at arbeid med retrovirus og pasientprøver kan være ekstremt farlig og sikker laboratoriepraksis bør observeres mens du utfører denne prosedyren.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Coculture Assays to Study Macrophage and Microglia Stimulation of Glioblastoma Invasion

Coculture Analyser å studere macrophage og Microglia Stimulering av Glioblastoma Invasion

Glioblastoma multiforme (grade IV glioma) is a very aggressive human cancer with a median survival of 1 year post diagnosis. Despite the increased ...

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

De<em&gt; Drosophila</em&gt; Imaginal Disc Tumor Model: Visualisering og Kvantifisering av genekspresjon og Tumor Invasivitet Bruke Genetic Mosaikk

Drosophila melanogaster has emerged as a powerful experimental system for functional and mechanistic studies of tumor development and progression in the ...

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

Evaluere In Vitro DNA skade bruk av Comet analysen

DNA damage is a common phenomenon for each cell during its lifespan, and is defined as an alteration of the chemical structure of genomic DNA. Cancer ...

Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome

Todimensjonal Gel geleelektroforese kombinert med massespektrometri metoder for en analyse av menneskelige hypofysen adenom vev proteom

Human pituitary adenoma (PA) is a common tumor that occurs in the human pituitary gland in the hypothalamus-pituitary-targeted organ axis systems, and may ...

Evaluating the Role of Mitochondrial Function in Cancer-related Fatigue

Vurdere rollen mitokondrie funksjon i kreft relatert tretthet

Fatigue is a common and debilitating condition that affects most cancer patients. To date, fatigue remains poorly characterized with no diagnostic test to ...

3-D Cell Culture System for Studying Invasion and Evaluating Therapeutics in Bladder Cancer

3-D celle kultur-systemet for å studere invasjonen og evaluere legemiddelselskap i blærekreft

Bladder cancer is a significant health problem. It is estimated that more than 16,000 people will die this year in the United States from bladder cancer. ...

Characterize Disease-related Mutants of RAF Family Kinases by Using a Set of Practical and Feasible Methods

Karakterisere sykdom-relaterte mutanter av RAF familie kinaser ved hjelp av et sett av praktiske og gjennomførbare metoder

The rapidly accelerated fibrosarcoma (RAF) family kinases play a central role in cell biology and their dysfunction leads to cancers and developmental ...

Evaluating the Differentiation Capacity of Mouse Prostate Epithelial Cells Using Organoid Culture

Vurderer differensiering kapasitet på Mouse prostata epitelceller bruke Organoid kultur

The prostate epithelium is comprised predominantly of basal and luminal cells. In vivo lineage tracing has been utilized to define the differentiation ...

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

Integrering av bioinformatikk tilnærminger og eksperimentelle valideringer for å forstå rollen til notch signalering i eggstokkene Cancer

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

Evaluering av celledød ved hjelp av cellefri supernatant av probiotika i tredimensjonale sfæroidkulturer av kolorektale kreftceller

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...