Name: a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.
Uploaded: 2018-11-07T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. at JoVE.com

هذا العمل كان يدعمه العلم والبرنامج تشوهاى التكنولوجيا، الصين (المنحة رقم 20171009E030064) والعلم وبرنامج التكنولوجيا في قوانغدونغ، الصين (المنحة رقم 2015A020211004) والعلوم والتكنولوجيا لإدارة البرنامج العام الرقابة على الجودة والتفتيش والحجر الصحي للجمهورية الشعبية للصين (المنحة رقم 2016IK302، 2017IK224).

البروتوكول يتبع المبادئ التوجيهية التي وضعتها لجنة أخلاقيات البحوث البشرية في تشوهاى مركز الرعاية الصحية السفر الدولي. الرجاء استخدام العملية العقيمة القياسية من خلال التجربة.
1. إعداد وتكوين ثقافة الإعلام
<ol><li>إعداد مرق المغذيات: يحل الجلوكوز 0.1% في ح2س، كلوريد الصو...

<ol>
	<li>Roy, S. L., Scallan, E., Beach, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+rate+of+acute+gastrointestinal+illness+in+developed+countries.">The rate of acute gastrointestinal illness in developed countries.</a> Journal of Water and Health. 4, 31-69 (2006).</li><li>Wilking, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acute+gastrointestinal+illness+in+adults+in+Germany:+a+population-based+telephone+survey.">Acute gastrointestinal illness in adults in Germany: a population-based telephone survey.</a> Epidemiology and Infection. 141 (11), 2365-2375 (2013).</li><li>Friesema, I. H. M., Lugn&#233;r, A. K., van Duynhoven, Y. T. H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Costs+of+gastroenteritis+in+the+Netherlands,+with+special+attention+for+severe+cases.">Costs of gastroenteritis in the Netherlands, with special attention for severe cases.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 31 (8), 1895-1900 (2012).</li><li>Henson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+the+costs+of+acute+gastrointestinal+illness+in+British+Columbia,+Canada.">Estimation of the costs of acute gastrointestinal illness in British Columbia, Canada.</a> International Journal of Food Microbiology. 127 (1-2), 43-52 (2008).</li><li>Okhuysen, P. C., Jiang, Z. D., Carlin, L., Forbes, C., DuPont, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-diarrhea+chronic+intestinal+symptoms+and+irritable+bowel+syndrome+in+North+American+travelers+to+Mexico.">Post-diarrhea chronic intestinal symptoms and irritable bowel syndrome in North American travelers to Mexico.</a> The American Journal of Gastroenterology. 99 (9), 1774-1778 (2004).</li><li>Wongboot, W., Okada, K., Chantaroj, S., Kamjumphol, W., Hamada, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+detection+and+quantification+of+19+diarrhea-related+pathogens+with+a+quantitative+real-time+PCR+panel+assay.">Simultaneous detection and quantification of 19 diarrhea-related pathogens with a quantitative real-time PCR panel assay.</a> Journal of Microbiological Methods. 151, 76-82 (2018).</li><li>Van Lint, P., De Witte, E., Ursi, J. P., Van Herendael, B., Van Schaeren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+screening+algorithm+for+diagnosing+bacterial+gastroenteritis+by+real-time+PCR+in+combination+with+guided+culture.">A screening algorithm for diagnosing bacterial gastroenteritis by real-time PCR in combination with guided culture.</a> Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 85 (2), 255-259 (2016).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+quantitative+molecular+diagnostic+methods+to+identify+causes+of+diarrhoea+in+children:+a+reanalysis+of+the+GEMS+case-control+study.">Use of quantitative molecular diagnostic methods to identify causes of diarrhoea in children: a reanalysis of the GEMS case-control study.</a> Lancet. 388 (10051), 1291-1301 (2016).</li><li>Wang, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+shigellosis+by+real-time+PCR+suggests+underestimation+of+shigellosis+prevalence+by+culture-based+methods+in+a+population+of+rural+China.">Surveillance of shigellosis by real-time PCR suggests underestimation of shigellosis prevalence by culture-based methods in a population of rural China.</a> Journal of Infection. 61 (6), 471-475 (2010).</li><li>Wikswo, M. E., Hall, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Outbreaks+of+acute+gastroenteritis+transmitted+by+person-to-person+contact--United+States,+2009-2010.">Outbreaks of acute gastroenteritis transmitted by person-to-person contact--United States, 2009-2010.</a> MMWR Surveillance Summaries. 61 (9), 1-12 (2012).</li><li>Shen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+12+Gastrointestinal+Pathogens+Spectrum+of+Acute+Infectious+Diarrhea+in+a+Sentinel+Hospital,+Shenzhen,+China.">The 12 Gastrointestinal Pathogens Spectrum of Acute Infectious Diarrhea in a Sentinel Hospital, Shenzhen, China.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 1926 (2016).</li><li>Tariq, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+profiling+of+antimicrobial+resistance+and+integron+association+of+multidrug-resistant+clinical+isolates+of+Shigella+species+from+Faisalabad,+Pakistan.">Molecular profiling of antimicrobial resistance and integron association of multidrug-resistant clinical isolates of Shigella species from Faisalabad, Pakistan.</a> Canadian Journal of Microbiology. 58 (9), 1047-1054 (2012).</li><li>Ferrari, R. G., Panzenhagen, P. H. N., Conte-Junior, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+and+Genotypic+Eligible+Methods+for+Salmonella+Typhimurium+Source+Tracking.">Phenotypic and Genotypic Eligible Methods for Salmonella Typhimurium Source Tracking.</a> Frontiers in Microbiology. 8, 2587 (2017).</li><li>Oliver, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+viable+but+nonculturable+state+in+bacteria.">The viable but nonculturable state in bacteria.</a> The Journal of Microbiology. 43, 93-100 (2005).</li><li>Rintala, A., Munukka, E., Weintraub, A., Ullberg, M., Eerola, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+multiplex+real-time+PCR+kit+Amplidiag(R)+Bacterial+GE+in+the+detection+of+bacterial+pathogens+from+stool+samples.">Evaluation of a multiplex real-time PCR kit Amplidiag(R) Bacterial GE in the detection of bacterial pathogens from stool samples.</a> Journal of Microbiological Methods. 128, 61-65 (2016).</li><li>Wohlwend, N., Tiermann, S., Risch, L., Risch, M., Bodmer, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+Multiplex+Real-Time+PCR+Assay+for+Detecting+Major+Bacterial+Enteric+Pathogens+in+Fecal+Specimens:+Intestinal+Inflammation+and+Bacterial+Load+Are+Correlated+in+Campylobacter+Infections.">Evaluation of a Multiplex Real-Time PCR Assay for Detecting Major Bacterial Enteric Pathogens in Fecal Specimens: Intestinal Inflammation and Bacterial Load Are Correlated in Campylobacter Infections.</a> Journal of Clinical Microbiology. 54 (9), 2262-2266 (2016).</li><li>Van Lint, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+real-time+multiplex+PCR+for+the+simultaneous+detection+of+Campylobacter+jejuni,+Salmonella+spp.,+Shigella+spp./EIEC,+and+Yersinia+enterocolitica+in+fecal+samples.">Evaluation of a real-time multiplex PCR for the simultaneous detection of Campylobacter jejuni, Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, and Yersinia enterocolitica in fecal samples.</a> Eur Journal of Clinical Microbiology Infect Dis. 34 (3), 535-542 (2015).</li><li>Kamkamidze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Identification+Of+The+Etiological+Factors+Causing+Diarrheal+Diseases.">Rapid Identification Of The Etiological Factors Causing Diarrheal Diseases.</a> Georgian Medical News. (258), 89-92 (2016).</li><li>Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+and+Application+of+a+Visual+DNA+Microarray+for+the+Detection+of+Food-borne+Pathogens.">Establishment and Application of a Visual DNA Microarray for the Detection of Food-borne Pathogens.</a> Analytical Sciences. 32 (2), 215-218 (2016).</li><li>Zhuang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Salmonella+spp.+by+a+loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP)+method+targeting+bcfD+gene.">Detection of Salmonella spp. by a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method targeting bcfD gene.</a> Letters in Applied Microbiology. 59 (6), 658-664 (2014).</li><li>Shi, X. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+detection+of+Salmonella+and+Shigella+using+modified+molecular+beacons+and+real-time+PCR.">Rapid simultaneous detection of Salmonella and Shigella using modified molecular beacons and real-time PCR.</a> Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 27 (12), 1053-1056 (2006).</li><li>Mo, Q. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+a+96-microwell+plate+DNA+diagnostic+chip+for+detection+of+foodborne+bacteria+and+its+application+in+an+incident+of+food+poisoning.">Preparation of a 96-microwell plate DNA diagnostic chip for detection of foodborne bacteria and its application in an incident of food poisoning.</a> Nan Fang Yi Ke Da Xue Xue Bao. 30 (3), 417-421 (2010).</li><li>Wang, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probe-free+and+sensitive+detection+of+diarrhea-causing+pathogens+using+RT-PCR+combined+high+resolution+melting+analysis.">Probe-free and sensitive detection of diarrhea-causing pathogens using RT-PCR combined high resolution melting analysis.</a> Biologicals. 44 (5), 360-366 (2016).</li><li>Sun, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+screening+of+seven+clinically+important+enteric+pathogens+using+a+magnetic+bead+based+DNA+microarray.">Rapid simultaneous screening of seven clinically important enteric pathogens using a magnetic bead based DNA microarray.</a> World Journal of Microbiology and Biotechnology. 27 (1), 163-169 (2011).</li><li>Qi, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+PCR+assay+for+rapid+detection+of+five+important+pathogenic+vibrios.">Multiplex PCR assay for rapid detection of five important pathogenic vibrios.</a> Chinese Journal of health laboratory technology. (24), 3497-3500 (2014).</li><li>Blanco, G., Diaz de Tuesta, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture-+and+molecular-based+detection+of+swine-adapted+Salmonella+shed+by+avian+scavengers.">Culture- and molecular-based detection of swine-adapted Salmonella shed by avian scavengers.</a> Science of the Total Environment. 634, 1513-1518 (2018).</li><li>Tang, X. J., Yang, Z., Chen, X. B., Tian, W. F., Tu, C. N., Wang, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Verification+and+large+scale+clinical+evaluation+of+a+national+standard+protocol+for+Salmonella.spp./Shigella.spp.+screening+using+real-time+PCR+combined+with+guided+culture.">Verification and large scale clinical evaluation of a national standard protocol for Salmonella.spp./Shigella.spp. screening using real-time PCR combined with guided culture.</a> Journal of Microbiological Methods. 145, 14-19 (2018).</li><li>Dekker, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drinking+water+from+dug+wells+in+rural+ghana--salmonella+contamination,+environmental+factors,+and+genotypes.">Drinking water from dug wells in rural ghana--salmonella contamination, environmental factors, and genotypes.</a> International Journal of Environmental Research and Public Health. 12 (4), 3535-3546 (2015).</li><li>Gargano, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mortality+from+selected+diseases+that+can+be+transmitted+by+water+-+United+States,+2003-2009.">Mortality from selected diseases that can be transmitted by water - United States, 2003-2009.</a> Journal of Water and Health. 15 (3), 438-450 (2017).</li><li>Kumar, R., Surendran, P. K., Thampuran, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+culture,+ELISA+and+PCR+assays+for+the+detection+of+Salmonella+in+seafood.">Evaluation of culture, ELISA and PCR assays for the detection of Salmonella in seafood.</a> Letters in Applied Microbiology. 46 (2), 221-226 (2008).</li><li>Herrera-Leon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Blind+comparison+of+traditional+serotyping+with+three+multiplex+PCRs+for+the+identification+of+Salmonella+serotypes.">Blind comparison of traditional serotyping with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes.</a> Research in Microbiology. 158 (2), 122-127 (2007).</li><li>Cunningham, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-hour+molecular+detection+of+Campylobacter,+Salmonella,+Yersinia,+and+Shigella+species+in+feces+with+accuracy+as+high+as+that+of+culture.">Three-hour molecular detection of Campylobacter, Salmonella, Yersinia, and Shigella species in feces with accuracy as high as that of culture.</a> Journal of Clinical Microbiology. 48 (8), 2929-2933 (2010).</li><li>Eriksson, E., Aspan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+culture,+ELISA+and+PCR+techniques+for+salmonella+detection+in+faecal+samples+for+cattle,+pig+and+poultry.">Comparison of culture, ELISA and PCR techniques for salmonella detection in faecal samples for cattle, pig and poultry.</a> BMC Veterinary Research. 3, 21 (2007).</li><li>Dutta, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitivity+and+performance+characteristics+of+a+direct+PCR+with+stool+samples+in+comparison+to+conventional+techniques+for+diagnosis+of+Shigella+and+enteroinvasive+Escherichia+coli+infection+in+children+with+acute+diarrhoea+in+Calcutta,+India.">Sensitivity and performance characteristics of a direct PCR with stool samples in comparison to conventional techniques for diagnosis of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli infection in children with acute diarrhoea in Calcutta, India.</a> Journal of Medical Microbiology. 50 (8), 667-674 (2001).</li></ol>

منذ السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp. غالباً ما تكون مقترنة بالتسمم الغذائي وانتقال البراز عن طريق الفم لالتهاب المعدة والأمعاء الحاد28،29 والأسلوب الروتيني أما كثيفة العمالة أو تستغرق وقتاً طويلاً 7، يصف لنا منهاج spp. السالمونيلا الفا...

الإسهال لا تزال قضية صحية مشتركة مع حدوث ارتفاع معدل عالمياً1،2. على الرغم من أن معدل وفيات منخفض نسبيا، إظهار بعض المرضى أعراض مختلفة لمدة أسابيع (مثل مائي وفضفاضة البراز، ملحة للذهاب إلى الحمام)، التي تجعل الأثر الاجتماعي-الاقتصادي عالية جداً3،4. الأخطر من ذلك، بعض المرضى قد حتى وضع القولون العصبي إذا ما تركت دون علاج5. وهناك أنواع مختلفة من البكتيريا والفيروسات والطفيليات التي يمكن أن تسبب الإسهال6. Spp. السالمونيلا دوسنتاريا spp. هي بين البكتيريا الأكثر شيوعاً لانتقال العدوى من التهاب المعدة والأمعاء الحاد7،،من89،،من1011. ولذلك، قد أصدرت العديد من المقاطعات القوانين أو الأنظمة العادية السالمونيلا spp./spp.دوسنتاريا الفرز بين الناس الذين سيكون التعامل مع المواد الغذائية والمياه. على سبيل المثال، أن الحكومة الصينية قد أصدرت قوانين إلزامية السالمونيلا spp./spp.دوسنتاريا الفحص مرة واحدة في سنة.
طريقة معيار الذهب السالمونيلا spp. هو كشف spp.دوسنتاريا البكتيريا الثقافة. من خلال الثقافة البكتيريا وتحديد البيوكيميائية المتعاقبة وتوصيف المصلية، يمكننا تحديد هذه أنواع البكتيريا، والتي يمكن أن تسهل إدارة تفشي الأمراض والميكروبات التنميط للمساعدة في علاج المرضى 12-يمكن أن يساعد أيضا تتبع مصدر العدوى خلال spp. السالمونيلا /دوسنتاريا spp. اندلاع13. ومع ذلك، هذا الأسلوب هو كثيفة العمالة (التي تتطلب عملية يدوية) وتستغرق وقتاً طويلاً (عدة أيام أخذ)، خاصة بالنسبة لاختبار عدد كبير من العينات7. وعلاوة على ذلك، قابلة للتطبيق ولكن غير كولتورابل (فبنك) السالمونيلا spp./قد تكون موجودة في بعض عينات البرازدوسنتاريا spp.14. ونظرا لهذه العيوب، حاولت العديد من المختبرات لتطوير تقنيات جديدة للكشف عن السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp.15،16،،من1718 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23 , 24 , 25-كل هذه الأساليب استخدام اختبار تضخيم الحمض النووي (NAAT)، بينها البلمرة المتسلسل (PCR) هو الأكثر شيوعاً. هو القيد الرئيسي واحد من هذه الأساليب NAAT على أساس أن الميت البكتيريا، الحطام حتى البكتيرية المحتوية على ناقصة الحمض النووي، يمكن أن تظهر نتائج إيجابية26، التي يمكن أن تؤثر إلى حد كبير في التشخيص الدقيق للمرض. وأظهرت بلانكو et al. أن المقايسة الجزيئية حساسة للغاية، ليس فقط لصالحه السالمونيلا في الثقافات، ولكن أيضا للجينوم جزئية وبكتيريا ميتة أو غير قادرة على البقاء من الالتهابات الماضية أو تلوث26. ولذلك، ينبغي تطوير تكنولوجيا جديدة.
هنا، يمكننا وصف أسلوب رواية أن يجمع NAAT أساس الأسلوب واستزراع. كما هو مبين في الشكل 1، يطبق هذا الأسلوب الجديد PCR الوقت الحقيقي الفرز الأولى وثم يتم إرسال عينات إيجابية للبكتيريا الثقافة والهوية.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:732px;" width="732">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Tris</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">10708976001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">EDTA</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">798681</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">NP40</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">11332473001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:249px;">ddH2O</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">9012</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PrimeSTAR HS (Premix)</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">R040Q</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient Broth</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM106</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient agar</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM107</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Selenite Cystine medium</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM225</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">XLD</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM219</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">MAC&#160;</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM908</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella chromogenic agar</td>
			<td style="width:112px;">CHROMagar</td>
			<td style="width:119px;">SA130</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SAL60</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Shigella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SHI54</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">anal swab (collecting tube plus)</td>
			<td style="width:112px;">Huachenyang</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">slide</td>
			<td style="width:112px;">Mingsheng</td>
			<td style="width:119px;">7102</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">micro-loop</td>
			<td style="width:112px;">Weierkang</td>
			<td style="width:119px;">W511</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">incubator</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">DNP-9082</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">autoclave</td>
			<td style="width:112px;">AUL</td>
			<td style="width:119px;">SS-325</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">dry bath</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">KB-20</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">automated microbial identification system</td>
			<td style="width:112px;">bioM&#233;rieux</td>
			<td style="width:119px;">VITEK2</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent system could be used</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">fluorescent real-time PCR machine</td>
			<td style="width:112px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">ABI7500</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent machine could be used</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.

انتقال البراز عن طريق الفم لالتهاب المعدة والأمعاء الحاد يحدث من وقت لآخر، خاصة عندما يصاب الناس الذين يتناولون الطعام والماء من السالمونيلا spp./Shigella spp. الأسلوب معيار الذهب للكشف عن السالمونيلا spp./Shigella spp. الثقافة مباشرة لكن هذا ذات العمالة الكثيفة وتستغرق وقتاً طويلاً. هنا، يصف لنا منبرا الفائق السالمونيلا spp./Shigella spp. الفحص، واستخدام الوقت الحقيقي تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) جنبا إلى جنب مع الثقافة المصحوبة بمرشدين. هناك مرحلتان الرئيسية: PCR الوقت الحقيقي والثقافة المصحوبة بمرشدين. للمرحلة الأولى (PCR الوقت الحقيقي)، ونحن شرح كل خطوة من الأسلوب: عينة جمع واستخراج الحمض النووي وتخصيب اليورانيوم قبل PCR الوقت الحقيقي. إذا كانت نتيجة PCR الوقت الحقيقي الإيجابي، ثم يتم تنفيذ المرحلة الثانية (ثقافة الإرشادية): ثقافة انتقائية، والبيوكيميائية تحديد وتوصيف المصلية. نحن أيضا توضيح الممثل النتائج المتولدة عن ذلك. البروتوكول هو موضح هنا سيكون منبرا قيماً لفحص سريعة ومحددة، وحساسة والفائق السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp.

وكان تطبيق البروتوكول لفحص السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp. في الشرج من البراز عينات من الناس الذين سيكون التعامل مع المواد الغذائية والمياه.
في الخطوة PCR الوقت الحقيقي، كما هو مبين في الشكل 5ألف، كان هناك ت?...

Watch this Scientific Journal Video about A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. at JoVE.com

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Spp. السالمونيلا هيدوسنتاريا spp. مسببات الأمراض الشائعة المنسوبة إلى الإسهال. هنا، يمكننا وصف منصة الفائق لفحص السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp. بكر في الوقت الحقيقي باستخدام جنبا إلى جنب مع الثقافة المصحوبة بمرشدين.

منصة الفائق لفحص السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

توفر هذه الطريقة منصة عالية الإنتاجية لفحص السالمونيلا وشيغيلا. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي التكرار ، محددة ، حساسة ، والإنتاجية عالية. هذه التقنية تجمع بين الأسلوب السريع NAAT والثقافة التي تم تطبيقها في الوقت الحقيقي فحص PCR أولاً، ثم تم إرسال تلك إيجابية لثقافة البكتيريا وتحديد الهوية.على الرغم من أن هذه الطريقة تركز على فحص السالمونيلا وشيغيلا، إلا أنه يمكن تطبيقها أيضًا على مسببات الأمراض الأخرى مثل فيبريوس، المكورات العنقودية، الإشريكية القولونية، وهلم جرا. مظاهرة بصرية من هذا الأسلوب أمر بالغ الأهمية كما اختيار مستعمرة الصحيح من الصعب بسبب النباتات الخلفية في العينات. للبدء، إضافة ثلاثة ملليلتر من مرق المغذيات إلى كل عينة.ثم، احتضان العينات في 36 درجة مئوية لمدة ست ساعات. بعد ذلك، الطرد المركزي ثقافة ما قبل التخصيب في 800 gs لمدة دقيقتين. ثم، نقل المُنَتَكّن إلى أنبوب جديد، والطرد المركزي مرة أخرى لخمس دقائق في 12000 gs.بعد التخلص من المابير، إضافة 100 ميكرولترات من محلول استخراج الحمض النووي إلى بيليه. ثم، دوامة الأنبوب لمدة دقيقة واحدة. بعد ذلك، قم بتسخن العينة عند 1000 درجة مئوية في الحمام الجاف.بعد تكرار الطرد المركزي، وجمع عظمى في أنبوب جديد. أولا، إنشاء خليط التفاعل وتعيين برنامج ركوب الدراجات وفقا لبروتوكول النص. ثم، تنفيذ PCR في الوقت الحقيقي على جهاز PCR الفلورسنت في الوقت الحقيقي.أولاً، أضف 100 ميكرولترات من ثقافة ما قبل التخصيب إلى خمسة ملليلترات من السيلنيت الكريستال المتوسط. ثم، احتضان الثقافة في 36 درجة مئوية لمدة 18 إلى 24 ساعة. بعد ذلك، جمع حلقة واحدة من الثقافة ونشرها على لوحة.ثم، احتضان لوحة في 36 درجة مئوية لمدة 18 إلى 24 ساعة. بعد الحضانة، حدد المستعمرات المشبوهة ونقلها إلى طبق. احتضان لوحة في 36 درجة مئوية لمدة 18 إلى 24 ساعة.ثم، تحديد مستعمرة المشبوهة باستخدام نظام التعرف على الميكروبات الآلي. لبدء وصف O-antigen، أضف قطرة واحدة من سيرا بوليفالنت O-antigen إلى شريحة نظيفة. نقل حلقة واحدة من مستعمرة إلى الشريحة وطحن في سيرا.إذا كانت البكتيريا تبدو وكأنها الرمال المتدفقة، كرر العلاج السابق مع سيرا أحادي التكافؤ O-مستضد حتى يتميز المستضد. لبدء H-antigen التوصيف، إضافة قطرة واحدة من Sera بوليفالنت مستضد H إلى شريحة نظيفة. ثم، وجمع حلقة واحدة من مستعمرة والشبكة في سيرا.استخدم Sera أحادي التكافؤ من قبل المستضد H-antigen لتكرار العلاج حتى يتميز المستضد H محدد. لفصل الثقافة، وجمع حلقة واحدة من ثقافة ما قبل التخصيب ونشرها على طبق. ثم، احتضان المكان في 36 درجة مئوية لمدة 18 إلى 24 ساعة.بعد الحضانة، وجمع مستعمرة مشبوهة يبحث على لوحة. احتضان لوحة في 36 درجة مئوية لمدة 17 إلى 24 ساعة. ثم، إخضاع المستعمرة لتحديد البيوكيميائية باستخدام نظام تعريف الميكروبية الآلي.بعد ذلك، تطبيق قطرة واحدة من الأنواع شيغيلا متعدد التكافؤ سيرا على شريحة نظيفة. ثم، استخدام حلقة صغيرة لجمع بعض البكتيريا وطحنه في سيرا. وأخيرا، إذا يشبه سيرا الرمال المتدفقة، استخدم أنواع شيغيلا أحادية التكافؤ لتزيد من تميز البكتيريا.باستخدام هذا البروتوكول، تم فحص عينات البراز من المرضى لأنواع السالمونيلا وشيغيلا. وباستخدام نظام PCR في الوقت الحقيقي، كان هناك تضخيم ناجح في قناة HEX، مما يشير إلى أن العينة كانت إيجابية لأنواع السالمونيلا. وأشارت كذلك في الوقت الحقيقي إلى أن العينة الثانية كانت إيجابية بالنسبة إلى السالمونيلا وتم اختيارها لثقافة أنواع السالمونيلا الموجهة.في الثقافة الموجهة من الأنواع السالمونيلا، كانت مطلية المستعمرات الوردي والأرجواني بشكل منفصل وتخضع لتحديد الكيماويات الحيوية. وأشارت النتائج إلى أن المستعمرات من العينة الثانية هي Salmonella paratyphi B.Using PCR في الوقت الحقيقي، وكان هناك تضخيم ناجح في قناة FAM، مما يشير إلى أن العينة كانت إيجابية لأنواع شيغيلا. وأشارت كذلك في الوقت الحقيقي إلى أن العينة 10 كانت إيجابية بالنسبة لشيغيلا واختيرت لثقافة موجهة.في الثقافة الموجهة لأنواع شيغيلا، كانت المستعمرات الوردية الحمراء وغير الملونة مطلية بشكل منفصل وتخضع لتحديد الكيماويات الحيوية. وأشارت النتائج إلى أن العينة 10 تحتوي على بكتيريا المرحلة الثانية من شيغيلا. أثناء محاولة هذا الإجراء، من المهم تذكر الحد من الأسلوب بسبب اختلاف التسلسل.بعد هذا الإجراء، يمكن تنفيذ أساليب أخرى، مثل الثقافة المباشرة، من أجل تجنب نتائج PCR السلبية الخاطئة في الوقت الحقيقي. هذه التقنية تمهد الطريق للباحثين في مجال السالمونيلا والشيغيلا الكشف، كما يمكن أن البروتوكول الجديد زيادة معدل إيجابي بمقدار شقين وانخفاض عبء العمل وTAT بشكل كبير. لا ننسى أن العمل مع السالمونيلا وشيغيلا يمكن أن تكون خطيرة للغاية، ومعدات الحماية الشخصية، والمعدات الشخصية، وينبغي دائما أن تؤخذ أثناء تنفيذ هذا الإجراء.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

فحص فينوطيبيك مجهري للقياس الكمي للبكتيريا الفطرية داخل الخلايا المكيفة للفحص عالي الإنتاجية/عالي المحتوى

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

الإنتاجية العالية للفحص واسع الطيف الكيميائية مثبطات الحمض النووي الريبي الفيروسات

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

عالية الإنتاجية الفحص إلى النمط الظاهري<em&gt; السالمونيلا الملهبة لل</em&gt; جمعية التيفية الفأرية، والغزو، والنسخ المتماثل في الضامة

Salmonella species are zoonotic pathogens and leading causes of food borne illnesses in humans and livestock1. Understanding the mechanisms underlying ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

إنشاء إعداد إنتاجية عالية لفحص الجزيئات الصغيرة التي تعدل ج-دي-GMP في اشارة<em&gt; الزائفة الزنجارية</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

فحوصات القائم على الفحص المجهري لفحص عالية الإنتاجية من العوامل المضيفة المعنية في<em&gt; البروسيلا</em&gt; إصابة خلايا هيلا

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules

ومضان القائم على الخلايا الليمفاوية الفحص مناسبة لفحص إنتاجية عالية من الجزيئات الصغيرة

High-throughput screening (HTS) is currently the mainstay for the identification of chemical entities capable of modulating biochemical reactions or ...

Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers

بناء منصة فرز الفائق لتقييم عدم تجانس التضخيم الجين HER2 في سرطان الثدي

Targeted therapies against the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) have radically changed the outcome of patients with HER2-positive breast ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

قياس الإنتاجية العالية من غشاء البلازما إعادة ختم الكفاءة في خلايا الثدييات

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...

Chronic Salmonella Infection Induced Intestinal Fibrosis

عدوى السالمونيلا المزمنة الناجمة عن التليف المعوي

Tissue fibrosis characterized by the pathological accumulation of extracellular matrix such as collagen is the outcome of persistent inflammation and ...