Name: a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.
Uploaded: 2018-11-07T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. at JoVE.com

Dit werk werd gesteund door de wetenschap en technologie programma van Zhuhai, China (subsidie nummer 20171009E030064), de wetenschap en technologie programma van Guangdong, China (subsidie nummer 2015A020211004) en de wetenschap en technologie programma van General Administration van Quality Supervision, Inspection and Quarantine van de Volksrepubliek China (subsidie nummer 2016IK302, 2017IK224).

Het protocol volgt de richtsnoeren van de ethische commissie van de menselijke onderzoek van Zhuhai International Travel gezondheidszorg Center. Gebruik steriele standaardwerking tijdens het experiment.
1. voedingsbodems samenstelling en voorbereiding
<ol><li>Nutrient Broth bereiden: Los 1% pepton, 0,3% rundvlees extract, 0,5% keukenzout, 0,1% glucose in H2O en breng pH 7.5 en autoclaaf in 121 ° C gedurende 15 minuten.</li>
	<li>Seleniet Cystine medium bereiden: Los 0,5% pepton, ...

<ol>
	<li>Roy, S. L., Scallan, E., Beach, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+rate+of+acute+gastrointestinal+illness+in+developed+countries.">The rate of acute gastrointestinal illness in developed countries.</a> Journal of Water and Health. 4, 31-69 (2006).</li><li>Wilking, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acute+gastrointestinal+illness+in+adults+in+Germany:+a+population-based+telephone+survey.">Acute gastrointestinal illness in adults in Germany: a population-based telephone survey.</a> Epidemiology and Infection. 141 (11), 2365-2375 (2013).</li><li>Friesema, I. H. M., Lugn&#233;r, A. K., van Duynhoven, Y. T. H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Costs+of+gastroenteritis+in+the+Netherlands,+with+special+attention+for+severe+cases.">Costs of gastroenteritis in the Netherlands, with special attention for severe cases.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 31 (8), 1895-1900 (2012).</li><li>Henson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+the+costs+of+acute+gastrointestinal+illness+in+British+Columbia,+Canada.">Estimation of the costs of acute gastrointestinal illness in British Columbia, Canada.</a> International Journal of Food Microbiology. 127 (1-2), 43-52 (2008).</li><li>Okhuysen, P. C., Jiang, Z. D., Carlin, L., Forbes, C., DuPont, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-diarrhea+chronic+intestinal+symptoms+and+irritable+bowel+syndrome+in+North+American+travelers+to+Mexico.">Post-diarrhea chronic intestinal symptoms and irritable bowel syndrome in North American travelers to Mexico.</a> The American Journal of Gastroenterology. 99 (9), 1774-1778 (2004).</li><li>Wongboot, W., Okada, K., Chantaroj, S., Kamjumphol, W., Hamada, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+detection+and+quantification+of+19+diarrhea-related+pathogens+with+a+quantitative+real-time+PCR+panel+assay.">Simultaneous detection and quantification of 19 diarrhea-related pathogens with a quantitative real-time PCR panel assay.</a> Journal of Microbiological Methods. 151, 76-82 (2018).</li><li>Van Lint, P., De Witte, E., Ursi, J. P., Van Herendael, B., Van Schaeren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+screening+algorithm+for+diagnosing+bacterial+gastroenteritis+by+real-time+PCR+in+combination+with+guided+culture.">A screening algorithm for diagnosing bacterial gastroenteritis by real-time PCR in combination with guided culture.</a> Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 85 (2), 255-259 (2016).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+quantitative+molecular+diagnostic+methods+to+identify+causes+of+diarrhoea+in+children:+a+reanalysis+of+the+GEMS+case-control+study.">Use of quantitative molecular diagnostic methods to identify causes of diarrhoea in children: a reanalysis of the GEMS case-control study.</a> Lancet. 388 (10051), 1291-1301 (2016).</li><li>Wang, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+shigellosis+by+real-time+PCR+suggests+underestimation+of+shigellosis+prevalence+by+culture-based+methods+in+a+population+of+rural+China.">Surveillance of shigellosis by real-time PCR suggests underestimation of shigellosis prevalence by culture-based methods in a population of rural China.</a> Journal of Infection. 61 (6), 471-475 (2010).</li><li>Wikswo, M. E., Hall, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Outbreaks+of+acute+gastroenteritis+transmitted+by+person-to-person+contact--United+States,+2009-2010.">Outbreaks of acute gastroenteritis transmitted by person-to-person contact--United States, 2009-2010.</a> MMWR Surveillance Summaries. 61 (9), 1-12 (2012).</li><li>Shen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+12+Gastrointestinal+Pathogens+Spectrum+of+Acute+Infectious+Diarrhea+in+a+Sentinel+Hospital,+Shenzhen,+China.">The 12 Gastrointestinal Pathogens Spectrum of Acute Infectious Diarrhea in a Sentinel Hospital, Shenzhen, China.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 1926 (2016).</li><li>Tariq, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+profiling+of+antimicrobial+resistance+and+integron+association+of+multidrug-resistant+clinical+isolates+of+Shigella+species+from+Faisalabad,+Pakistan.">Molecular profiling of antimicrobial resistance and integron association of multidrug-resistant clinical isolates of Shigella species from Faisalabad, Pakistan.</a> Canadian Journal of Microbiology. 58 (9), 1047-1054 (2012).</li><li>Ferrari, R. G., Panzenhagen, P. H. N., Conte-Junior, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+and+Genotypic+Eligible+Methods+for+Salmonella+Typhimurium+Source+Tracking.">Phenotypic and Genotypic Eligible Methods for Salmonella Typhimurium Source Tracking.</a> Frontiers in Microbiology. 8, 2587 (2017).</li><li>Oliver, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+viable+but+nonculturable+state+in+bacteria.">The viable but nonculturable state in bacteria.</a> The Journal of Microbiology. 43, 93-100 (2005).</li><li>Rintala, A., Munukka, E., Weintraub, A., Ullberg, M., Eerola, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+multiplex+real-time+PCR+kit+Amplidiag(R)+Bacterial+GE+in+the+detection+of+bacterial+pathogens+from+stool+samples.">Evaluation of a multiplex real-time PCR kit Amplidiag(R) Bacterial GE in the detection of bacterial pathogens from stool samples.</a> Journal of Microbiological Methods. 128, 61-65 (2016).</li><li>Wohlwend, N., Tiermann, S., Risch, L., Risch, M., Bodmer, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+Multiplex+Real-Time+PCR+Assay+for+Detecting+Major+Bacterial+Enteric+Pathogens+in+Fecal+Specimens:+Intestinal+Inflammation+and+Bacterial+Load+Are+Correlated+in+Campylobacter+Infections.">Evaluation of a Multiplex Real-Time PCR Assay for Detecting Major Bacterial Enteric Pathogens in Fecal Specimens: Intestinal Inflammation and Bacterial Load Are Correlated in Campylobacter Infections.</a> Journal of Clinical Microbiology. 54 (9), 2262-2266 (2016).</li><li>Van Lint, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+real-time+multiplex+PCR+for+the+simultaneous+detection+of+Campylobacter+jejuni,+Salmonella+spp.,+Shigella+spp./EIEC,+and+Yersinia+enterocolitica+in+fecal+samples.">Evaluation of a real-time multiplex PCR for the simultaneous detection of Campylobacter jejuni, Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, and Yersinia enterocolitica in fecal samples.</a> Eur Journal of Clinical Microbiology Infect Dis. 34 (3), 535-542 (2015).</li><li>Kamkamidze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Identification+Of+The+Etiological+Factors+Causing+Diarrheal+Diseases.">Rapid Identification Of The Etiological Factors Causing Diarrheal Diseases.</a> Georgian Medical News. (258), 89-92 (2016).</li><li>Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+and+Application+of+a+Visual+DNA+Microarray+for+the+Detection+of+Food-borne+Pathogens.">Establishment and Application of a Visual DNA Microarray for the Detection of Food-borne Pathogens.</a> Analytical Sciences. 32 (2), 215-218 (2016).</li><li>Zhuang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Salmonella+spp.+by+a+loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP)+method+targeting+bcfD+gene.">Detection of Salmonella spp. by a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method targeting bcfD gene.</a> Letters in Applied Microbiology. 59 (6), 658-664 (2014).</li><li>Shi, X. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+detection+of+Salmonella+and+Shigella+using+modified+molecular+beacons+and+real-time+PCR.">Rapid simultaneous detection of Salmonella and Shigella using modified molecular beacons and real-time PCR.</a> Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 27 (12), 1053-1056 (2006).</li><li>Mo, Q. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+a+96-microwell+plate+DNA+diagnostic+chip+for+detection+of+foodborne+bacteria+and+its+application+in+an+incident+of+food+poisoning.">Preparation of a 96-microwell plate DNA diagnostic chip for detection of foodborne bacteria and its application in an incident of food poisoning.</a> Nan Fang Yi Ke Da Xue Xue Bao. 30 (3), 417-421 (2010).</li><li>Wang, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probe-free+and+sensitive+detection+of+diarrhea-causing+pathogens+using+RT-PCR+combined+high+resolution+melting+analysis.">Probe-free and sensitive detection of diarrhea-causing pathogens using RT-PCR combined high resolution melting analysis.</a> Biologicals. 44 (5), 360-366 (2016).</li><li>Sun, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+screening+of+seven+clinically+important+enteric+pathogens+using+a+magnetic+bead+based+DNA+microarray.">Rapid simultaneous screening of seven clinically important enteric pathogens using a magnetic bead based DNA microarray.</a> World Journal of Microbiology and Biotechnology. 27 (1), 163-169 (2011).</li><li>Qi, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+PCR+assay+for+rapid+detection+of+five+important+pathogenic+vibrios.">Multiplex PCR assay for rapid detection of five important pathogenic vibrios.</a> Chinese Journal of health laboratory technology. (24), 3497-3500 (2014).</li><li>Blanco, G., Diaz de Tuesta, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture-+and+molecular-based+detection+of+swine-adapted+Salmonella+shed+by+avian+scavengers.">Culture- and molecular-based detection of swine-adapted Salmonella shed by avian scavengers.</a> Science of the Total Environment. 634, 1513-1518 (2018).</li><li>Tang, X. J., Yang, Z., Chen, X. B., Tian, W. F., Tu, C. N., Wang, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Verification+and+large+scale+clinical+evaluation+of+a+national+standard+protocol+for+Salmonella.spp./Shigella.spp.+screening+using+real-time+PCR+combined+with+guided+culture.">Verification and large scale clinical evaluation of a national standard protocol for Salmonella.spp./Shigella.spp. screening using real-time PCR combined with guided culture.</a> Journal of Microbiological Methods. 145, 14-19 (2018).</li><li>Dekker, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drinking+water+from+dug+wells+in+rural+ghana--salmonella+contamination,+environmental+factors,+and+genotypes.">Drinking water from dug wells in rural ghana--salmonella contamination, environmental factors, and genotypes.</a> International Journal of Environmental Research and Public Health. 12 (4), 3535-3546 (2015).</li><li>Gargano, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mortality+from+selected+diseases+that+can+be+transmitted+by+water+-+United+States,+2003-2009.">Mortality from selected diseases that can be transmitted by water - United States, 2003-2009.</a> Journal of Water and Health. 15 (3), 438-450 (2017).</li><li>Kumar, R., Surendran, P. K., Thampuran, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+culture,+ELISA+and+PCR+assays+for+the+detection+of+Salmonella+in+seafood.">Evaluation of culture, ELISA and PCR assays for the detection of Salmonella in seafood.</a> Letters in Applied Microbiology. 46 (2), 221-226 (2008).</li><li>Herrera-Leon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Blind+comparison+of+traditional+serotyping+with+three+multiplex+PCRs+for+the+identification+of+Salmonella+serotypes.">Blind comparison of traditional serotyping with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes.</a> Research in Microbiology. 158 (2), 122-127 (2007).</li><li>Cunningham, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-hour+molecular+detection+of+Campylobacter,+Salmonella,+Yersinia,+and+Shigella+species+in+feces+with+accuracy+as+high+as+that+of+culture.">Three-hour molecular detection of Campylobacter, Salmonella, Yersinia, and Shigella species in feces with accuracy as high as that of culture.</a> Journal of Clinical Microbiology. 48 (8), 2929-2933 (2010).</li><li>Eriksson, E., Aspan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+culture,+ELISA+and+PCR+techniques+for+salmonella+detection+in+faecal+samples+for+cattle,+pig+and+poultry.">Comparison of culture, ELISA and PCR techniques for salmonella detection in faecal samples for cattle, pig and poultry.</a> BMC Veterinary Research. 3, 21 (2007).</li><li>Dutta, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitivity+and+performance+characteristics+of+a+direct+PCR+with+stool+samples+in+comparison+to+conventional+techniques+for+diagnosis+of+Shigella+and+enteroinvasive+Escherichia+coli+infection+in+children+with+acute+diarrhoea+in+Calcutta,+India.">Sensitivity and performance characteristics of a direct PCR with stool samples in comparison to conventional techniques for diagnosis of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli infection in children with acute diarrhoea in Calcutta, India.</a> Journal of Medical Microbiology. 50 (8), 667-674 (2001).</li></ol>

Sinds Salmonella spp. /Shigella spp. worden vaak geassocieerd met voedselvergiftiging en faecale-orale overdracht van acute gastro-enteritis28,29 en de gebruikelijke methode is arbeidsintensief of tijdrovende 7, beschrijven we een hoge gegevensdoorvoer platform voor de Salmonella spp. /Shigella spp. screening, met behulp van PCR in real time gecombineerd met begeleide cultuur.
<p class="jove_content"...

Diarree is nog steeds een gemeenschappelijk probleem voor de volksgezondheid met een hoge incidentie tarief wereldwijd1,2. Hoewel de sterfte relatief laag is, sommige patiënten tonen verschillende symptomen voor weken (zoals losse en waterige ontlasting, een urgentie te gaan naar de badkamer), waardoor de socio-economische impact zeer hoog3,4. Erger nog, sommige patiënten kunnen zelfs het ontwikkelen van Prikkelbare darmsyndroom indien verlaten onbehandeld5. Er zijn verschillende soorten bacteriën, virussen en parasieten die leiden diarree6 tot kunnen. Salmonella spp. /Shigella spp. behoren tot de meest voorkomende bacteriën voordeoverdracht van acute gastro-enteritis7,8,9,10,11. Daarom veel provincies hebben afgegeven wettelijke of bestuursrechtelijke bepalingen voor regelmatige Salmonella spp. /Shigella spp. screenen bij mensen die voedsel en water zou behandelen. Bijvoorbeeld, de Chinese regering wetten voor verplichte Salmonella spp. hebben uitgegeven /Shigella spp. screening eenmaal per jaar.
De methode van de gouden standaard voor Salmonella spp. /Shigella spp. detectie is bacteriën cultuur. Door bacteriën cultuur en opeenvolgende biochemische identificatie en serologische karakterisatie, kunnen we identificeren van de soorten van bacteriën, die zou kunnen vergemakkelijken, beheer van de uitbraak van de ziekte en antimicrobiële profiling steun van de behandeling van patiënten 12. het kan ook helpen met het traceren van de bron van besmetting tijdens de Salmonella spp. /Shigella spp. uitbraak13. Deze methode is echter arbeidsintensieve (vereisen handmatige bediening) en tijdrovend (rekening met enkele dagen), met name voor het testen van grote aantallen monsters7. Bovendien, levensvatbare maar niet-culturable (VBNC) Salmonella spp. /Shigella spp.kunnen bestaan in sommige kruk monsters14. Met het oog op deze nadelen, veel laboratoria hebben geprobeerd te ontwikkelen van nieuwe technieken voor het opsporen van Salmonella spp. /Shigella spp.15,16,17,18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23 , 24 , 25. al deze methoden gebruiken de nucleaire zure amplificatie test (NAAT), waaronder de polymerase-kettingreactie (PCR) de meest voorkomende is. Een belangrijke beperking van deze methoden NAAT gebaseerd is dat dode bacteriën, zelfs bacteriële puin met onvolledige genomic DNA, kon laten zien positieve resultaten26, die grotendeels de accurate diagnose van de ziekte kunnen beïnvloeden. Blanco et al. toonde dat moleculaire assay is hoogst-gevoelig, niet alleen voor levensvatbare Salmonella in culturen, maar ook voor gedeeltelijke genomen en dode of niet-levensvatbare bacteriën uit verleden infecties of besmetting26. Daarom moet nieuwe technologie worden ontwikkeld.
We beschreven hier, een nieuwe methode dat combineert de NAAT gebaseerd methode en kweken. Zoals blijkt uit Figuur 1, deze nieuwe methode geldt screening van de eerste PCR in real time en dan positieve monsters voor bacteriën cultuur en identificatie worden verzonden.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:732px;" width="732">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Tris</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">10708976001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">EDTA</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">798681</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">NP40</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">11332473001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:249px;">ddH2O</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">9012</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PrimeSTAR HS (Premix)</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">R040Q</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient Broth</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM106</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient agar</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM107</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Selenite Cystine medium</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM225</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">XLD</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM219</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">MAC&#160;</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM908</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella chromogenic agar</td>
			<td style="width:112px;">CHROMagar</td>
			<td style="width:119px;">SA130</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SAL60</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Shigella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SHI54</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">anal swab (collecting tube plus)</td>
			<td style="width:112px;">Huachenyang</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">slide</td>
			<td style="width:112px;">Mingsheng</td>
			<td style="width:119px;">7102</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">micro-loop</td>
			<td style="width:112px;">Weierkang</td>
			<td style="width:119px;">W511</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">incubator</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">DNP-9082</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">autoclave</td>
			<td style="width:112px;">AUL</td>
			<td style="width:119px;">SS-325</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">dry bath</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">KB-20</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">automated microbial identification system</td>
			<td style="width:112px;">bioM&#233;rieux</td>
			<td style="width:119px;">VITEK2</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent system could be used</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">fluorescent real-time PCR machine</td>
			<td style="width:112px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">ABI7500</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent machine could be used</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.

Fecaal-orale transmissie van acute gastro-enteritis gebeurt van tijd tot tijd, vooral wanneer mensen behandeld voedsel en water zijn besmet door Salmonella spp.,/Shigella spp. De methode van de gouden standaard voor het opsporen van Salmonella spp.,/Shigella spp. is directe cultuur, maar dit is arbeidsintensief en tijdrovend. Hier beschrijven we een hoge gegevensdoorvoer platform voor Salmonella spp./Shigella spp. screening, met behulp van real-time polymerasekettingreactie (PCR) in combinatie met begeleide cultuur. Er zijn twee belangrijke fasen: PCR in real time en de begeleide cultuur. Voor de eerste fase (real-time PCR), leggen we elke stap van de methode: proeven collectie, vóór verrijking, DNA-extractie en PCR in real time. Als de real-time PCR-resultaat positief is, dan de tweede fase (begeleide cultuur) wordt uitgevoerd: selectieve cultuur, biochemische identificatie en karakterisering van de serologische. We illustreren ook representatieve resultaten gegenereerd op basis van het. Het protocol beschreven hier zou een waardevol platform voor de snelle, specifieke, gevoelige en high-throughput screening van Salmonella spp. /Shigella spp.

Het protocol werd toegepast voor de screening van Salmonella spp. /Shigella spp. in anale kruk monsters van mensen die voedsel en water zou behandelen.
In de real-time PCR-stap, zoals afgebeeld in Figuur 5A, was er een succesvolle versterking in HEX kanaal, wat betekende dat de gemengd monster positief voor Salmonella spp. was Dan een verdere PCR in real t...

Watch this Scientific Journal Video about A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. at JoVE.com

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. (Video) | JoVE

Salmonella spp. /Shigella spp. zijn gemeenschappelijke ziekteverwekkers toegeschreven aan diarree. Hier beschrijven we een hoge gegevensdoorvoer platform voor de screening van Salmonella spp. /Shigella spp. PCR in real time te gebruiken in combinatie met begeleide cultuur.

Een High-throughput Platform voor de Screening van Salmonella spp. /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

Deze methode biedt een hoog doorvoerplatform voor de screening van Salmonella en Shigella. Het belangrijkste voordeel van deze techniek is herhalen, specifiek, gevoelig en hoge doorvoer. Deze techniek combineert NAAT snelle methode en cultuur waarin real-time PCR screening werd toegepast eerste, en vervolgens positieve degenen werden verzonden voor bacteriën cultuur en identificatie.Hoewel deze methode zich richt op Salmonella en Shigella screening, kan het ook worden toegepast op andere ziekteverwekkers zoals Vibrios, Staphylococcus, E.Coli, en et cetera. Visuele demonstratie van deze methode is van cruciaal belang omdat de selectie van de juiste kolonie moeilijk is vanwege achtergrondflora in monsters. Om te beginnen, voeg drie milliliter voedingsbouillon aan elk monster.Dan, incubeer de monsters op 36 graden Celsius voor zes uur. Daarna, centrifuge de pre-verrijking cultuur op 800 gs gedurende twee minuten. Breng de supernatant vervolgens over op een nieuwe buis en vercentrifuge het opnieuw gedurende vijf minuten op 12.000 gs.Voeg na het weggooien van de supernatant 100 microliters DNA-extractieoplossing toe aan de pellet. Dan, draai de buis voor een minuut. Verwarm vervolgens het monster op 1.000 graden Celsius in het droge bad.Na het herhalen van de centrifugatie, verzamel de supernatant in een nieuwe buis. Maak eerst het reactiemengsel en stel het fietsprogramma in volgens het tekstprotocol. Voer vervolgens real-time PCR uit op een fluorescerende real-time PCR-machine.Voeg eerst 100 microliter van de pre-verrijkingscultuur toe aan vijf milliliter selenietkristalmedium. Vervolgens, broeden de cultuur op 36 graden Celsius voor 18 tot 24 uur. Verzamel vervolgens een lus van de cultuur en verspreid deze op een bord.Vervolgens, incubeer de plaat op 36 graden Celsius voor 18 tot 24 uur. Selecteer na incubatie verdachte kolonies en breng ze over naar een bord. Broed de plaat 18 tot 24 uur op 36 graden Celsius.Identificeer vervolgens de verdachte kolonie met behulp van een geautomatiseerd microbiële identificatiesysteem. Om te beginnen O-antigeen karakterisering, voeg een druppel van de O-antigeen polyvalente sera aan een schone dia. Breng een lus van de kolonie naar de glijbaan en maal het in de sera.Als de bacteriën eruit zien als stromend zand, herhaal dan de vorige behandeling met O-antigeen monovalente sera totdat het antigeen wordt gekenmerkt. Om te beginnen H-antigeen karakterisering, voeg een druppel H-antigeen polyvalente sera aan een schone dia. Verzamel vervolgens een lus vol van de kolonie en raster deze in de sera.Gebruik H-antigeen monovalente sera om de behandeling te herhalen totdat het specifieke H-antigeen wordt gekenmerkt. Om de cultuur te scheiden, verzamel je een lus van de pre-verrijkingscultuur en verspreid je deze op een bord. Dan, incubeer de plaats op 36 graden Celsius voor 18 tot 24 uur.Na incubatie, het verzamelen van een verdacht uitziende kolonie op een bord. Broed de plaat 17 tot 24 uur op 36 graden Celsius. Onderwerp de kolonie vervolgens aan biochemische identificatie met behulp van een geautomatiseerd microbiële identificatiesysteem.Breng vervolgens een druppel Shigella-soorten polyvalente sera aan op een schone glijbaan. Gebruik vervolgens een micro-lus om een aantal van de bacteriën te verzamelen en het in de sera te malen. Ten slotte, als de sera lijken op stromend zand, gebruik Shigella soorten monovalente sera om verder te karakteriseren van de bacteriën.Met behulp van dit protocol werden ontlastingsmonsters van patiënten gescreend op Salmonella- en Shigella-soorten. Met behulp van real-time PCR was er een succesvolle versterking in het HEX-kanaal, wat aangeeft dat het monster positief was voor Salmonellasoorten. Verdere real-time PCR gaf aan dat monster twee positief was voor Salmonella en werd gekozen voor geleide Salmonella soortencultuur.In de geleide cultuur van Salmonella soorten, werden de roze en paarse kolonies afzonderlijk verguld en onderworpen aan biochemische identificatie. De resultaten gaven aan dat de kolonies uit monster twee Salmonella paratyphi B. Met behulp van real-time PCR, was er succesvolle versterking in het FAM-kanaal, wat aangeeft dat het monster positief was voor Shigella-soorten. Verdere real-time PCR gaf aan dat monster 10 positief was voor Shigella en werd gekozen voor begeleide cultuur.In de geleide cultuur van Shigella soorten, werden de roze-rode en kleurloze kolonies afzonderlijk verguld en onderworpen aan biochemische identificatie. De resultaten gaven aan dat monster 10 Shigella sonnei fase II bacteriën bevatte. Tijdens het proberen van deze procedure, is het belangrijk om de beperking van de methode als gevolg van sequentievariatie onthouden.Na deze procedure kunnen andere methoden, zoals directe cultuur, worden uitgevoerd om valse negatieve real-time PCR-resultaten te voorkomen. Deze techniek maakt de weg vrij voor onderzoekers op het gebied van Salmonella en Shigella detectie, omdat het nieuwe protocol het positieve tarief met tweelediging zou kunnen verhogen en de werklast en TAT aanzienlijk zou kunnen verminderen. Vergeet niet dat het werken met Salmonella en Shigella uiterst gevaarlijk kan zijn, en de persoonlijke beschermingsmiddelen, PPE, moeten altijd worden genomen tijdens het uitvoeren van deze procedure.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening (Video) | JoVE

Een microscopische fenotypische test voor de kwantificering van intracellulaire mycobacteriën aangepast voor screening met hoge doorvoer/hoge inhoud

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses (Video) | JoVE

High-throughput screening voor Breed-spectrum Chemische Remmers van RNA-virussen

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages (Video) | JoVE

High-throughput Assay om Phenotype<em&gt; Salmonella enterica</em&gt; Typhimurium Association, Invasion, en replicatie in macrofagen

Salmonella species are zoonotic pathogens and leading causes of food borne illnesses in humans and livestock1. Understanding the mechanisms underlying ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa (Video) | JoVE

Oprichting van een High-throughput Setup voor het screenen van kleine moleculen die Moduleer c-di-GMP Signalering in<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells (Video) | JoVE

-Microscopie gebaseerde testen voor high-throughput screening van Host factoren die betrokken zijn in<em&gt; Brucella</em&gt; Infectie van Hela cellen

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules (Video) | JoVE

Een fluorescentie gebaseerde lymfocyt Assay geschikt voor high-throughput screening van kleine moleculen

High-throughput screening (HTS) is currently the mainstay for the identification of chemical entities capable of modulating biochemical reactions or ...

Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers

Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers (Video) | JoVE

Het opbouwen van een High-throughput Screening Platform te beoordelen van de heterogeniteit van de HER2-gen Amplification in kanker van de borst

Targeted therapies against the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) have radically changed the outcome of patients with HER2-positive breast ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells (Video) | JoVE

High-throughput meting van plasmamembraan opnieuw verzegelen efficiëntie bij zoogdiercellen

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...

Chronic Salmonella Infection Induced Intestinal Fibrosis

Chronic Salmonella Infection Induced Intestinal Fibrosis (Video) | JoVE

Chronische salmonella infectie veroorzaakte intestinale fibrose

Tissue fibrosis characterized by the pathological accumulation of extracellular matrix such as collagen is the outcome of persistent inflammation and ...

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions (Video) | JoVE

Co-Culture-tests met hoge doorvoer voor het onderzoek naar microbiële interacties

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...