Name: a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.
Uploaded: 2018-11-07T14:00:00
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この作品は、科学と技術プログラムの珠海、中国 (許可番号 20171009E030064)、科学と技術プログラムの広東省、中国 (許可番号 2015A020211004) と科学と技術プログラムの一般的な管理によって支えられました。品質監督、検査および中国 (許可番号 2016IK302、2017IK224) の共和国の検疫。

プロトコル珠海国際旅行健康管理センターの人間研究倫理委員会の定めたガイドラインに従います。実験中に標準的な滅菌操作を使用してください。
1 培地の組成と調製
<ol><li>栄養流体培養基の準備: 1% ペプトン、牛肉エキス 0.3%、0.5% 塩化ナトリウム、H2O で 0.1% ブドウ糖を溶解、7.5 とオートクレーブに pH 調整 121 ° C、15 分で。</li>
	<li>亜セレン酸シスチン メ?...

<ol>
	<li>Roy, S. L., Scallan, E., Beach, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+rate+of+acute+gastrointestinal+illness+in+developed+countries.">The rate of acute gastrointestinal illness in developed countries.</a> Journal of Water and Health. 4, 31-69 (2006).</li><li>Wilking, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acute+gastrointestinal+illness+in+adults+in+Germany:+a+population-based+telephone+survey.">Acute gastrointestinal illness in adults in Germany: a population-based telephone survey.</a> Epidemiology and Infection. 141 (11), 2365-2375 (2013).</li><li>Friesema, I. H. M., Lugn&#233;r, A. K., van Duynhoven, Y. T. H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Costs+of+gastroenteritis+in+the+Netherlands,+with+special+attention+for+severe+cases.">Costs of gastroenteritis in the Netherlands, with special attention for severe cases.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 31 (8), 1895-1900 (2012).</li><li>Henson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+the+costs+of+acute+gastrointestinal+illness+in+British+Columbia,+Canada.">Estimation of the costs of acute gastrointestinal illness in British Columbia, Canada.</a> International Journal of Food Microbiology. 127 (1-2), 43-52 (2008).</li><li>Okhuysen, P. C., Jiang, Z. D., Carlin, L., Forbes, C., DuPont, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-diarrhea+chronic+intestinal+symptoms+and+irritable+bowel+syndrome+in+North+American+travelers+to+Mexico.">Post-diarrhea chronic intestinal symptoms and irritable bowel syndrome in North American travelers to Mexico.</a> The American Journal of Gastroenterology. 99 (9), 1774-1778 (2004).</li><li>Wongboot, W., Okada, K., Chantaroj, S., Kamjumphol, W., Hamada, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+detection+and+quantification+of+19+diarrhea-related+pathogens+with+a+quantitative+real-time+PCR+panel+assay.">Simultaneous detection and quantification of 19 diarrhea-related pathogens with a quantitative real-time PCR panel assay.</a> Journal of Microbiological Methods. 151, 76-82 (2018).</li><li>Van Lint, P., De Witte, E., Ursi, J. P., Van Herendael, B., Van Schaeren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+screening+algorithm+for+diagnosing+bacterial+gastroenteritis+by+real-time+PCR+in+combination+with+guided+culture.">A screening algorithm for diagnosing bacterial gastroenteritis by real-time PCR in combination with guided culture.</a> Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 85 (2), 255-259 (2016).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+quantitative+molecular+diagnostic+methods+to+identify+causes+of+diarrhoea+in+children:+a+reanalysis+of+the+GEMS+case-control+study.">Use of quantitative molecular diagnostic methods to identify causes of diarrhoea in children: a reanalysis of the GEMS case-control study.</a> Lancet. 388 (10051), 1291-1301 (2016).</li><li>Wang, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+shigellosis+by+real-time+PCR+suggests+underestimation+of+shigellosis+prevalence+by+culture-based+methods+in+a+population+of+rural+China.">Surveillance of shigellosis by real-time PCR suggests underestimation of shigellosis prevalence by culture-based methods in a population of rural China.</a> Journal of Infection. 61 (6), 471-475 (2010).</li><li>Wikswo, M. E., Hall, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Outbreaks+of+acute+gastroenteritis+transmitted+by+person-to-person+contact--United+States,+2009-2010.">Outbreaks of acute gastroenteritis transmitted by person-to-person contact--United States, 2009-2010.</a> MMWR Surveillance Summaries. 61 (9), 1-12 (2012).</li><li>Shen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+12+Gastrointestinal+Pathogens+Spectrum+of+Acute+Infectious+Diarrhea+in+a+Sentinel+Hospital,+Shenzhen,+China.">The 12 Gastrointestinal Pathogens Spectrum of Acute Infectious Diarrhea in a Sentinel Hospital, Shenzhen, China.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 1926 (2016).</li><li>Tariq, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+profiling+of+antimicrobial+resistance+and+integron+association+of+multidrug-resistant+clinical+isolates+of+Shigella+species+from+Faisalabad,+Pakistan.">Molecular profiling of antimicrobial resistance and integron association of multidrug-resistant clinical isolates of Shigella species from Faisalabad, Pakistan.</a> Canadian Journal of Microbiology. 58 (9), 1047-1054 (2012).</li><li>Ferrari, R. G., Panzenhagen, P. H. N., Conte-Junior, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+and+Genotypic+Eligible+Methods+for+Salmonella+Typhimurium+Source+Tracking.">Phenotypic and Genotypic Eligible Methods for Salmonella Typhimurium Source Tracking.</a> Frontiers in Microbiology. 8, 2587 (2017).</li><li>Oliver, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+viable+but+nonculturable+state+in+bacteria.">The viable but nonculturable state in bacteria.</a> The Journal of Microbiology. 43, 93-100 (2005).</li><li>Rintala, A., Munukka, E., Weintraub, A., Ullberg, M., Eerola, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+multiplex+real-time+PCR+kit+Amplidiag(R)+Bacterial+GE+in+the+detection+of+bacterial+pathogens+from+stool+samples.">Evaluation of a multiplex real-time PCR kit Amplidiag(R) Bacterial GE in the detection of bacterial pathogens from stool samples.</a> Journal of Microbiological Methods. 128, 61-65 (2016).</li><li>Wohlwend, N., Tiermann, S., Risch, L., Risch, M., Bodmer, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+Multiplex+Real-Time+PCR+Assay+for+Detecting+Major+Bacterial+Enteric+Pathogens+in+Fecal+Specimens:+Intestinal+Inflammation+and+Bacterial+Load+Are+Correlated+in+Campylobacter+Infections.">Evaluation of a Multiplex Real-Time PCR Assay for Detecting Major Bacterial Enteric Pathogens in Fecal Specimens: Intestinal Inflammation and Bacterial Load Are Correlated in Campylobacter Infections.</a> Journal of Clinical Microbiology. 54 (9), 2262-2266 (2016).</li><li>Van Lint, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+real-time+multiplex+PCR+for+the+simultaneous+detection+of+Campylobacter+jejuni,+Salmonella+spp.,+Shigella+spp./EIEC,+and+Yersinia+enterocolitica+in+fecal+samples.">Evaluation of a real-time multiplex PCR for the simultaneous detection of Campylobacter jejuni, Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, and Yersinia enterocolitica in fecal samples.</a> Eur Journal of Clinical Microbiology Infect Dis. 34 (3), 535-542 (2015).</li><li>Kamkamidze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Identification+Of+The+Etiological+Factors+Causing+Diarrheal+Diseases.">Rapid Identification Of The Etiological Factors Causing Diarrheal Diseases.</a> Georgian Medical News. (258), 89-92 (2016).</li><li>Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+and+Application+of+a+Visual+DNA+Microarray+for+the+Detection+of+Food-borne+Pathogens.">Establishment and Application of a Visual DNA Microarray for the Detection of Food-borne Pathogens.</a> Analytical Sciences. 32 (2), 215-218 (2016).</li><li>Zhuang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Salmonella+spp.+by+a+loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP)+method+targeting+bcfD+gene.">Detection of Salmonella spp. by a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method targeting bcfD gene.</a> Letters in Applied Microbiology. 59 (6), 658-664 (2014).</li><li>Shi, X. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+detection+of+Salmonella+and+Shigella+using+modified+molecular+beacons+and+real-time+PCR.">Rapid simultaneous detection of Salmonella and Shigella using modified molecular beacons and real-time PCR.</a> Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 27 (12), 1053-1056 (2006).</li><li>Mo, Q. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+a+96-microwell+plate+DNA+diagnostic+chip+for+detection+of+foodborne+bacteria+and+its+application+in+an+incident+of+food+poisoning.">Preparation of a 96-microwell plate DNA diagnostic chip for detection of foodborne bacteria and its application in an incident of food poisoning.</a> Nan Fang Yi Ke Da Xue Xue Bao. 30 (3), 417-421 (2010).</li><li>Wang, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probe-free+and+sensitive+detection+of+diarrhea-causing+pathogens+using+RT-PCR+combined+high+resolution+melting+analysis.">Probe-free and sensitive detection of diarrhea-causing pathogens using RT-PCR combined high resolution melting analysis.</a> Biologicals. 44 (5), 360-366 (2016).</li><li>Sun, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+screening+of+seven+clinically+important+enteric+pathogens+using+a+magnetic+bead+based+DNA+microarray.">Rapid simultaneous screening of seven clinically important enteric pathogens using a magnetic bead based DNA microarray.</a> World Journal of Microbiology and Biotechnology. 27 (1), 163-169 (2011).</li><li>Qi, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+PCR+assay+for+rapid+detection+of+five+important+pathogenic+vibrios.">Multiplex PCR assay for rapid detection of five important pathogenic vibrios.</a> Chinese Journal of health laboratory technology. (24), 3497-3500 (2014).</li><li>Blanco, G., Diaz de Tuesta, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture-+and+molecular-based+detection+of+swine-adapted+Salmonella+shed+by+avian+scavengers.">Culture- and molecular-based detection of swine-adapted Salmonella shed by avian scavengers.</a> Science of the Total Environment. 634, 1513-1518 (2018).</li><li>Tang, X. J., Yang, Z., Chen, X. B., Tian, W. F., Tu, C. N., Wang, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Verification+and+large+scale+clinical+evaluation+of+a+national+standard+protocol+for+Salmonella.spp./Shigella.spp.+screening+using+real-time+PCR+combined+with+guided+culture.">Verification and large scale clinical evaluation of a national standard protocol for Salmonella.spp./Shigella.spp. screening using real-time PCR combined with guided culture.</a> Journal of Microbiological Methods. 145, 14-19 (2018).</li><li>Dekker, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drinking+water+from+dug+wells+in+rural+ghana--salmonella+contamination,+environmental+factors,+and+genotypes.">Drinking water from dug wells in rural ghana--salmonella contamination, environmental factors, and genotypes.</a> International Journal of Environmental Research and Public Health. 12 (4), 3535-3546 (2015).</li><li>Gargano, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mortality+from+selected+diseases+that+can+be+transmitted+by+water+-+United+States,+2003-2009.">Mortality from selected diseases that can be transmitted by water - United States, 2003-2009.</a> Journal of Water and Health. 15 (3), 438-450 (2017).</li><li>Kumar, R., Surendran, P. K., Thampuran, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+culture,+ELISA+and+PCR+assays+for+the+detection+of+Salmonella+in+seafood.">Evaluation of culture, ELISA and PCR assays for the detection of Salmonella in seafood.</a> Letters in Applied Microbiology. 46 (2), 221-226 (2008).</li><li>Herrera-Leon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Blind+comparison+of+traditional+serotyping+with+three+multiplex+PCRs+for+the+identification+of+Salmonella+serotypes.">Blind comparison of traditional serotyping with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes.</a> Research in Microbiology. 158 (2), 122-127 (2007).</li><li>Cunningham, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-hour+molecular+detection+of+Campylobacter,+Salmonella,+Yersinia,+and+Shigella+species+in+feces+with+accuracy+as+high+as+that+of+culture.">Three-hour molecular detection of Campylobacter, Salmonella, Yersinia, and Shigella species in feces with accuracy as high as that of culture.</a> Journal of Clinical Microbiology. 48 (8), 2929-2933 (2010).</li><li>Eriksson, E., Aspan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+culture,+ELISA+and+PCR+techniques+for+salmonella+detection+in+faecal+samples+for+cattle,+pig+and+poultry.">Comparison of culture, ELISA and PCR techniques for salmonella detection in faecal samples for cattle, pig and poultry.</a> BMC Veterinary Research. 3, 21 (2007).</li><li>Dutta, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitivity+and+performance+characteristics+of+a+direct+PCR+with+stool+samples+in+comparison+to+conventional+techniques+for+diagnosis+of+Shigella+and+enteroinvasive+Escherichia+coli+infection+in+children+with+acute+diarrhoea+in+Calcutta,+India.">Sensitivity and performance characteristics of a direct PCR with stool samples in comparison to conventional techniques for diagnosis of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli infection in children with acute diarrhoea in Calcutta, India.</a> Journal of Medical Microbiology. 50 (8), 667-674 (2001).</li></ol>

サルモネラ属菌以来/赤痢、食中毒や急性胃腸炎28,29の糞便口頭伝達に関連付けられてと定期的な方法は手間や時間がかかる7、サルモネラ属の高スループット プラットフォームについて述べる/赤痢菌属のスクリーニング、リアルタイム PCR を用いたガイド文化と組み合わせます。
こ?...

下痢はまだ発生率が高いと一般的な健康問題レート1,2は、グローバルです。何人かの患者が週間 (ゆったりと水様便、バスルームに行き緊急) などの様々 な症状を示す死亡率が比較的低いが、経済効果の非常に高い3,4になります。もっと真剣に、一部の患者は過敏性腸症候群を開発可能性がありますも場合未処理5を左します。細菌、ウイルス、下痢6を引き起こす可能性が寄生虫の様々 な種類があります。サルモネラ属菌/赤痢、急性胃腸炎7,8,9,10,11の伝達のための最も一般的な細菌の中で。したがって、多くの郡が定期的サルモネラの法令を発行している/赤痢菌属は、食料や水の処理と人々 の間でスクリーニングします。たとえば、中国の政府は義務のサルモネラのための法律を発行している/赤痢菌属は、年に一度をスクリーニングします。
サルモネラ属菌の金本位法/赤痢菌属検出細菌文化。細菌文化と連続の生化学的同定と血清学的性状、を介して疾患アウトブレイク管理と抗菌薬の患者の治療を支援するためにプロファイリングを容易にすることができる細菌の種を識別できます。12.サルモネラ属中の感染のソースをトレースにも役立つかもしれない/赤痢菌属の発生13。ただし、このメソッドは、(手動操作を必要とする) 手間と時間のかかる (数日かけて)、特に多数のサンプル7のテストします。さらに、(VBNC)サルモネラ属菌培養が可能な/赤痢菌属がいくつかの糞便に存在する14。これらの欠点の観点から多くの実験室はサルモネラ属菌の検出のための新しい手法の開発を試してみました/赤痢菌属15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25します。 これらすべてのメソッドは、その中でポリメラーゼの連鎖反応 (PCR) は最も一般的な核酸増幅テスト (NAAT) を使用します。これらの NAAT ベースのメソッドの 1 つの主要な制限は死菌、細菌も破片含んでいる不完全なゲノム DNA が肯定的な結果26、主病の正確な診断に影響を与える可能性がありますを示すことができます。ブランコらは、その分子アッセイが可能なサルモネラの文化でも部分的なゲノムと過去の感染または汚染26から死んだまたは実行不可能な細菌だけではなく、機密性の高いを示しました。したがって、新しい技術を開発する必要があります。
ここでは、コンバイン、NAAT ベースの法と培養法について述べる。図 1に示すように、この新しいメソッドに適用されるリアルタイム PCR の最初のスクリーニング、細菌培養と同定のための肯定的なサンプルの送信されます。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:732px;" width="732">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Tris</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">10708976001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">EDTA</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">798681</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">NP40</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">11332473001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:249px;">ddH2O</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">9012</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PrimeSTAR HS (Premix)</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">R040Q</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient Broth</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM106</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient agar</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM107</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Selenite Cystine medium</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM225</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">XLD</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM219</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">MAC&#160;</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM908</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella chromogenic agar</td>
			<td style="width:112px;">CHROMagar</td>
			<td style="width:119px;">SA130</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SAL60</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Shigella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SHI54</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">anal swab (collecting tube plus)</td>
			<td style="width:112px;">Huachenyang</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">slide</td>
			<td style="width:112px;">Mingsheng</td>
			<td style="width:119px;">7102</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">micro-loop</td>
			<td style="width:112px;">Weierkang</td>
			<td style="width:119px;">W511</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">incubator</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">DNP-9082</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">autoclave</td>
			<td style="width:112px;">AUL</td>
			<td style="width:119px;">SS-325</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">dry bath</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">KB-20</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">automated microbial identification system</td>
			<td style="width:112px;">bioM&#233;rieux</td>
			<td style="width:119px;">VITEK2</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent system could be used</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">fluorescent real-time PCR machine</td>
			<td style="width:112px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">ABI7500</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent machine could be used</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.

急性胃腸炎の糞口頭伝達発生時間の時間から、食料と水を処理する人がサルモネラ属/Shigella属菌に感染している場合は特にサルモネラ属/Shigella属菌の検出法のゴールド スタンダードは直接文化ですが手間と時間がかかる。ここでは、サルモネラ属/Shigella属菌スクリーニング、リアルタイムのポリメラーゼの連鎖反応 (PCR) 導かれた文化と組み合わせるを使用しての高スループット プラットフォームについて述べる。2 つの主要な段階があります: リアルタイム PCR とガイド付きの文化。最初のステージ (リアルタイム PCR)、我々 はメソッドの各ステップを説明する: コレクション、前濃縮、DNA の抽出、PCR のサンプルします。リアルタイム PCR の結果が肯定的な場合 (ガイド文化) の 2 番目の段階を実行: 選択的文化、生化学的同定と血清学的解析。我々 はまたそれから生成された代表的な結果を示しています。ここで説明されているプロトコルは、サルモネラ属菌の迅速な特定、機密、高スループット スクリーニングのための貴重なプラットフォームになる/赤痢菌属

サルモネラ属菌のスクリーニングに応用プロトコル/アナル便で赤痢が食料や水を扱うだろう人たちからサンプルします。
リアルタイム PCR のステップ図 5Aに示すようにあった混合サンプルは、サルモネラ属菌の陽性を意味する HEX チャネルに正常な拡大肯定的な 1 つ?...

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A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

サルモネラ赤痢は下痢に起因する一般的な病原体。ここでは、サルモネラ属菌のスクリーニングのための高スループット プラットフォームについて述べる/リアルタイム PCR を用いた赤痢ガイド文化と組み合わせます。

サルモネラ属菌のスクリーニングのための高スループット プラットフォーム/赤痢菌属

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

この方法は、サルモネラ菌およびシゲラのスクリーニングのためのハイスループットプラットフォームを提供する。この手法の主な利点は、繰り返し、特定、感度、および高スループットです。この技術は、リアルタイムPCRスクリーニングが最初に適用されたNAAT高速法と培養を組み合わせ、次いで細菌培養および同定のために陽性のものを送った。この方法はサルモネラ菌とシゲラスクリーニングに焦点を当てていますが、ビブリオ、ブドウ球菌、大腸菌、エトセトラなどの他の病原体にも適用できます。この方法の視覚的なデモンストレーションは、サンプル中の背景の植物相のために正しいコロニーの選択が困難であるため、重要である。まず、各サンプルに3ミリリットルの栄養スープを加えます。その後、サンプルを摂氏36度で6時間インキュベートします。この後、800gsで2分間前濃縮培養を遠心分離する。その後、上清を新しいチューブに移し、12,000gsで5分間再び遠心分離します。上清を捨て、100マイクロリットルのDNA抽出液をペレットに加えます。その後、チューブを1分間渦を出します。次に、乾燥浴で1,000°Cでサンプルを加熱します。遠心分離を繰り返した後、上清を新しいチューブに集めます。まず、反応混合物を作成し、テキストプロトコルに従ってサイクリングプログラムを設定します。次に、蛍光リアルタイムPCR機でリアルタイムPCRを実行します。まず、プレエンリッチメント培養液の100マイクロリットルを5ミリリットルのセレン化結晶培地に添加する。その後、18〜24時間摂氏36度で培養します。次に、培養物のループを1つ集めて、皿に広げます。その後、18〜24時間摂氏36度でプレートをインキュベートします。インキュベーション後、疑わしいコロニーを選択し、プレートに移します。18~24時間、36°Cでプレートをインキュベートします。次に、自動化された微生物識別システムを使用して不審なコロニーを識別する。O抗原の特徴付けを開始するには、O抗原多価セラの1滴をきれいなスライドに加えます。コロニーの1つのループをスライドに移し、セラで粉砕します。細菌が流れる砂のように見える場合は、抗原が特徴になるまでO-抗原一価セラで前処理を繰り返します。H抗原の特徴付けを開始するには、クリーンスライドにH抗原多価セラを1滴加えます。その後、コロニーの1ループを収集し、セラでそれをグリッドします。特定のH-抗原が特徴になるまで処理を繰り返すためにH-抗原一価セラを使用します。培養を分離するには、濃縮前培養のループを1つ集めてプレートに広げる。その後、18〜24時間摂氏36度で場所をインキュベートします。インキュベーション後、不審なコロニーをプレートに集めます。17〜24時間摂氏36度でプレートをインキュベートします。次いで、コロニーを、自動化された微生物識別システムを用いて生化学的同定を行う。次に、シゲラ種の多価セラを一滴ずつきれいなスライドに塗布します。その後、マイクロループを使用して細菌の一部を収集し、セラに粉砕します。最後に、セラが流れる砂に似ている場合は、シゲラ種の一価セラを使用して細菌をさらに特徴付けます。このプロトコルを用いて、サルモネラ属およびシゲラ種について患者からの便サンプルをスクリーニングした。リアルタイムPCRを用いて、HEXチャネルで増幅が成功し、サンプルがサルモネラ菌種に陽性であることを示した。さらにリアルタイムPCRは、サンプル2がサルモネラ菌に陽性であり、導かれたサルモネラ種培養に選ばれたことを示した。サルモネラ属の誘導培養では、ピンクと紫のコロニーを別々にめっきし、生化学的同定を行った。結果は、サンプル2からのコロニーがサルモネラパラチファイB.を用いてリアルタイムPCRを用いて、FAMチャネルで増幅に成功したことを示し、試料がシゲラ種に陽性であることを示した。さらにリアルタイムPCRは、サンプル10がシゲラに陽性であり、誘導培養のために選ばれたことを示した。シゲラ種の誘導培養では、ピンクレッドと無色のコロニーを別々にめっきし、生化学的同定を行った。結果は、サンプル10にシゲラ・ソネイ第II相細菌が含まれていることを示した。この手順を試みる際には、シーケンスのバリエーションによるメソッドの制限を覚えておくことが重要です。この手順に従うと、直接培養などの他の方法を実行して、偽陰性のリアルタイム PCR 結果を回避できます。この技術は、新しいプロトコルが正の速度を2倍に増加させ、作業負荷とTATを大幅に減少させる可能性があるため、サルモネラおよびシゲラ検出の分野の研究者に道を開きます。サルモネラ菌とシゲラでの作業は非常に危険であり、個人的な保護具PPEは、この手順を実行しながら常に取られるべきであることを忘れないでください。

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

高スループット/高含有スクリーニングに適応した細胞内マイコバクテリアの定量化のための顕微鏡表現型アッセイ

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

RNAウイルスの広域スペクトルの化学抑制剤のためのハイスループットスクリーニング

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

表現型のハイスループットアッセイ<em&gt;サルモネラ菌</em&gt;ネズミチフス菌協会、侵略、およびマクロファージにおける複製

Salmonella species are zoonotic pathogens and leading causes of food borne illnesses in humans and livestock1. Understanding the mechanisms underlying ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

調節するc-ジ-GMPシグナリングで、小さな分子をスクリーニングするためのハイスループットセットアップの確立<em&gt;緑膿菌</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

に関与する宿主因子のハイスループットスクリーニングのための顕微鏡ベースのアッセイ<em&gt;ブルセラ</em&gt; HeLa細胞の感染

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules

小分子のハイスループットスクリーニングのための適切な蛍光ベースのリンパ球アッセイ

High-throughput screening (HTS) is currently the mainstay for the identification of chemical entities capable of modulating biochemical reactions or ...

Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers

乳癌の HER2 遺伝子増幅の不均一性を評価する高スループット スクリーニング プラットフォームを構築

Targeted therapies against the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) have radically changed the outcome of patients with HER2-positive breast ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

哺乳類細胞における効率を再封止膜の高スループット測定

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...

Chronic Salmonella Infection Induced Intestinal Fibrosis

慢性サルモネラ感染誘発性腸線維症

Tissue fibrosis characterized by the pathological accumulation of extracellular matrix such as collagen is the outcome of persistent inflammation and ...

サルモネラ属菌のスクリーニングのための高スループット プラットフォーム/赤痢菌属

サルモネラ属菌のスクリーニングのための高スループットプラットフォーム/赤痢菌属