Name: a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.
Uploaded: 2018-11-07T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. at JoVE.com

Este trabajo fue apoyado por la ciencia y tecnología programa de Zhuhai, China (concesión número 20171009E030064), la ciencia y tecnología programa de Guangdong, China (concesión número 2015A020211004) y ciencia y programa de Administración General de tecnología de supervisión de calidad, inspección y cuarentena de la República Popular de China (número de concesión 2016IK302, 2017IK224).

El protocolo sigue los lineamientos establecidos por el Comité de ética de investigación de Zhuhai International Travel Healthcare Center. Utilice estándar operación estéril durante el experimento.
1. preparación y composición de los medios de cultivo
<ol><li>Preparar el caldo nutritivo: Disolver la peptona 1%, extracto de carne de res de 0.3%, cloruro de sodio 0,5%, glucosa 0.1% en H2O, ajustar el pH a 7,5 y autoclave en 121 ° C durante 15 minutos.</li>
	<li>Preparar med...

<ol>
	<li>Roy, S. L., Scallan, E., Beach, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+rate+of+acute+gastrointestinal+illness+in+developed+countries.">The rate of acute gastrointestinal illness in developed countries.</a> Journal of Water and Health. 4, 31-69 (2006).</li><li>Wilking, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acute+gastrointestinal+illness+in+adults+in+Germany:+a+population-based+telephone+survey.">Acute gastrointestinal illness in adults in Germany: a population-based telephone survey.</a> Epidemiology and Infection. 141 (11), 2365-2375 (2013).</li><li>Friesema, I. H. M., Lugn&#233;r, A. K., van Duynhoven, Y. T. H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Costs+of+gastroenteritis+in+the+Netherlands,+with+special+attention+for+severe+cases.">Costs of gastroenteritis in the Netherlands, with special attention for severe cases.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 31 (8), 1895-1900 (2012).</li><li>Henson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+the+costs+of+acute+gastrointestinal+illness+in+British+Columbia,+Canada.">Estimation of the costs of acute gastrointestinal illness in British Columbia, Canada.</a> International Journal of Food Microbiology. 127 (1-2), 43-52 (2008).</li><li>Okhuysen, P. C., Jiang, Z. D., Carlin, L., Forbes, C., DuPont, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-diarrhea+chronic+intestinal+symptoms+and+irritable+bowel+syndrome+in+North+American+travelers+to+Mexico.">Post-diarrhea chronic intestinal symptoms and irritable bowel syndrome in North American travelers to Mexico.</a> The American Journal of Gastroenterology. 99 (9), 1774-1778 (2004).</li><li>Wongboot, W., Okada, K., Chantaroj, S., Kamjumphol, W., Hamada, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+detection+and+quantification+of+19+diarrhea-related+pathogens+with+a+quantitative+real-time+PCR+panel+assay.">Simultaneous detection and quantification of 19 diarrhea-related pathogens with a quantitative real-time PCR panel assay.</a> Journal of Microbiological Methods. 151, 76-82 (2018).</li><li>Van Lint, P., De Witte, E., Ursi, J. P., Van Herendael, B., Van Schaeren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+screening+algorithm+for+diagnosing+bacterial+gastroenteritis+by+real-time+PCR+in+combination+with+guided+culture.">A screening algorithm for diagnosing bacterial gastroenteritis by real-time PCR in combination with guided culture.</a> Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 85 (2), 255-259 (2016).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+quantitative+molecular+diagnostic+methods+to+identify+causes+of+diarrhoea+in+children:+a+reanalysis+of+the+GEMS+case-control+study.">Use of quantitative molecular diagnostic methods to identify causes of diarrhoea in children: a reanalysis of the GEMS case-control study.</a> Lancet. 388 (10051), 1291-1301 (2016).</li><li>Wang, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+shigellosis+by+real-time+PCR+suggests+underestimation+of+shigellosis+prevalence+by+culture-based+methods+in+a+population+of+rural+China.">Surveillance of shigellosis by real-time PCR suggests underestimation of shigellosis prevalence by culture-based methods in a population of rural China.</a> Journal of Infection. 61 (6), 471-475 (2010).</li><li>Wikswo, M. E., Hall, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Outbreaks+of+acute+gastroenteritis+transmitted+by+person-to-person+contact--United+States,+2009-2010.">Outbreaks of acute gastroenteritis transmitted by person-to-person contact--United States, 2009-2010.</a> MMWR Surveillance Summaries. 61 (9), 1-12 (2012).</li><li>Shen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+12+Gastrointestinal+Pathogens+Spectrum+of+Acute+Infectious+Diarrhea+in+a+Sentinel+Hospital,+Shenzhen,+China.">The 12 Gastrointestinal Pathogens Spectrum of Acute Infectious Diarrhea in a Sentinel Hospital, Shenzhen, China.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 1926 (2016).</li><li>Tariq, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+profiling+of+antimicrobial+resistance+and+integron+association+of+multidrug-resistant+clinical+isolates+of+Shigella+species+from+Faisalabad,+Pakistan.">Molecular profiling of antimicrobial resistance and integron association of multidrug-resistant clinical isolates of Shigella species from Faisalabad, Pakistan.</a> Canadian Journal of Microbiology. 58 (9), 1047-1054 (2012).</li><li>Ferrari, R. G., Panzenhagen, P. H. N., Conte-Junior, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+and+Genotypic+Eligible+Methods+for+Salmonella+Typhimurium+Source+Tracking.">Phenotypic and Genotypic Eligible Methods for Salmonella Typhimurium Source Tracking.</a> Frontiers in Microbiology. 8, 2587 (2017).</li><li>Oliver, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+viable+but+nonculturable+state+in+bacteria.">The viable but nonculturable state in bacteria.</a> The Journal of Microbiology. 43, 93-100 (2005).</li><li>Rintala, A., Munukka, E., Weintraub, A., Ullberg, M., Eerola, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+multiplex+real-time+PCR+kit+Amplidiag(R)+Bacterial+GE+in+the+detection+of+bacterial+pathogens+from+stool+samples.">Evaluation of a multiplex real-time PCR kit Amplidiag(R) Bacterial GE in the detection of bacterial pathogens from stool samples.</a> Journal of Microbiological Methods. 128, 61-65 (2016).</li><li>Wohlwend, N., Tiermann, S., Risch, L., Risch, M., Bodmer, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+Multiplex+Real-Time+PCR+Assay+for+Detecting+Major+Bacterial+Enteric+Pathogens+in+Fecal+Specimens:+Intestinal+Inflammation+and+Bacterial+Load+Are+Correlated+in+Campylobacter+Infections.">Evaluation of a Multiplex Real-Time PCR Assay for Detecting Major Bacterial Enteric Pathogens in Fecal Specimens: Intestinal Inflammation and Bacterial Load Are Correlated in Campylobacter Infections.</a> Journal of Clinical Microbiology. 54 (9), 2262-2266 (2016).</li><li>Van Lint, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+real-time+multiplex+PCR+for+the+simultaneous+detection+of+Campylobacter+jejuni,+Salmonella+spp.,+Shigella+spp./EIEC,+and+Yersinia+enterocolitica+in+fecal+samples.">Evaluation of a real-time multiplex PCR for the simultaneous detection of Campylobacter jejuni, Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, and Yersinia enterocolitica in fecal samples.</a> Eur Journal of Clinical Microbiology Infect Dis. 34 (3), 535-542 (2015).</li><li>Kamkamidze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Identification+Of+The+Etiological+Factors+Causing+Diarrheal+Diseases.">Rapid Identification Of The Etiological Factors Causing Diarrheal Diseases.</a> Georgian Medical News. (258), 89-92 (2016).</li><li>Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+and+Application+of+a+Visual+DNA+Microarray+for+the+Detection+of+Food-borne+Pathogens.">Establishment and Application of a Visual DNA Microarray for the Detection of Food-borne Pathogens.</a> Analytical Sciences. 32 (2), 215-218 (2016).</li><li>Zhuang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Salmonella+spp.+by+a+loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP)+method+targeting+bcfD+gene.">Detection of Salmonella spp. by a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method targeting bcfD gene.</a> Letters in Applied Microbiology. 59 (6), 658-664 (2014).</li><li>Shi, X. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+detection+of+Salmonella+and+Shigella+using+modified+molecular+beacons+and+real-time+PCR.">Rapid simultaneous detection of Salmonella and Shigella using modified molecular beacons and real-time PCR.</a> Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 27 (12), 1053-1056 (2006).</li><li>Mo, Q. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+a+96-microwell+plate+DNA+diagnostic+chip+for+detection+of+foodborne+bacteria+and+its+application+in+an+incident+of+food+poisoning.">Preparation of a 96-microwell plate DNA diagnostic chip for detection of foodborne bacteria and its application in an incident of food poisoning.</a> Nan Fang Yi Ke Da Xue Xue Bao. 30 (3), 417-421 (2010).</li><li>Wang, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probe-free+and+sensitive+detection+of+diarrhea-causing+pathogens+using+RT-PCR+combined+high+resolution+melting+analysis.">Probe-free and sensitive detection of diarrhea-causing pathogens using RT-PCR combined high resolution melting analysis.</a> Biologicals. 44 (5), 360-366 (2016).</li><li>Sun, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+screening+of+seven+clinically+important+enteric+pathogens+using+a+magnetic+bead+based+DNA+microarray.">Rapid simultaneous screening of seven clinically important enteric pathogens using a magnetic bead based DNA microarray.</a> World Journal of Microbiology and Biotechnology. 27 (1), 163-169 (2011).</li><li>Qi, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+PCR+assay+for+rapid+detection+of+five+important+pathogenic+vibrios.">Multiplex PCR assay for rapid detection of five important pathogenic vibrios.</a> Chinese Journal of health laboratory technology. (24), 3497-3500 (2014).</li><li>Blanco, G., Diaz de Tuesta, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture-+and+molecular-based+detection+of+swine-adapted+Salmonella+shed+by+avian+scavengers.">Culture- and molecular-based detection of swine-adapted Salmonella shed by avian scavengers.</a> Science of the Total Environment. 634, 1513-1518 (2018).</li><li>Tang, X. J., Yang, Z., Chen, X. B., Tian, W. F., Tu, C. N., Wang, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Verification+and+large+scale+clinical+evaluation+of+a+national+standard+protocol+for+Salmonella.spp./Shigella.spp.+screening+using+real-time+PCR+combined+with+guided+culture.">Verification and large scale clinical evaluation of a national standard protocol for Salmonella.spp./Shigella.spp. screening using real-time PCR combined with guided culture.</a> Journal of Microbiological Methods. 145, 14-19 (2018).</li><li>Dekker, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drinking+water+from+dug+wells+in+rural+ghana--salmonella+contamination,+environmental+factors,+and+genotypes.">Drinking water from dug wells in rural ghana--salmonella contamination, environmental factors, and genotypes.</a> International Journal of Environmental Research and Public Health. 12 (4), 3535-3546 (2015).</li><li>Gargano, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mortality+from+selected+diseases+that+can+be+transmitted+by+water+-+United+States,+2003-2009.">Mortality from selected diseases that can be transmitted by water - United States, 2003-2009.</a> Journal of Water and Health. 15 (3), 438-450 (2017).</li><li>Kumar, R., Surendran, P. K., Thampuran, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+culture,+ELISA+and+PCR+assays+for+the+detection+of+Salmonella+in+seafood.">Evaluation of culture, ELISA and PCR assays for the detection of Salmonella in seafood.</a> Letters in Applied Microbiology. 46 (2), 221-226 (2008).</li><li>Herrera-Leon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Blind+comparison+of+traditional+serotyping+with+three+multiplex+PCRs+for+the+identification+of+Salmonella+serotypes.">Blind comparison of traditional serotyping with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes.</a> Research in Microbiology. 158 (2), 122-127 (2007).</li><li>Cunningham, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-hour+molecular+detection+of+Campylobacter,+Salmonella,+Yersinia,+and+Shigella+species+in+feces+with+accuracy+as+high+as+that+of+culture.">Three-hour molecular detection of Campylobacter, Salmonella, Yersinia, and Shigella species in feces with accuracy as high as that of culture.</a> Journal of Clinical Microbiology. 48 (8), 2929-2933 (2010).</li><li>Eriksson, E., Aspan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+culture,+ELISA+and+PCR+techniques+for+salmonella+detection+in+faecal+samples+for+cattle,+pig+and+poultry.">Comparison of culture, ELISA and PCR techniques for salmonella detection in faecal samples for cattle, pig and poultry.</a> BMC Veterinary Research. 3, 21 (2007).</li><li>Dutta, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitivity+and+performance+characteristics+of+a+direct+PCR+with+stool+samples+in+comparison+to+conventional+techniques+for+diagnosis+of+Shigella+and+enteroinvasive+Escherichia+coli+infection+in+children+with+acute+diarrhoea+in+Calcutta,+India.">Sensitivity and performance characteristics of a direct PCR with stool samples in comparison to conventional techniques for diagnosis of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli infection in children with acute diarrhoea in Calcutta, India.</a> Journal of Medical Microbiology. 50 (8), 667-674 (2001).</li></ol>

Desde Salmonella sppShigella spp. a menudo se asocian a la intoxicación alimentaria y transmisión fecal-oral de gastroenteritis aguda28,29 y el método de rutina es desperdiciador de tiempo o mano de obra intensiva 7, se describe una plataforma de alto rendimiento para la Salmonella spp. / detección deShigella spp., utilizando PCR en tiempo real combinado con cultura guiada.
<p class="jove_content...

La diarrea es aún un problema de salud común con una incidencia alta tasa global1,2. Aunque la mortalidad es relativamente baja, algunos pacientes muestran varios síntomas durante semanas (por ejemplo, las heces blandas y acuosas, una urgencia para ir al baño), que hacen que el impacto socioeconómico muy alto3,4. Más grave aún, algunos pacientes incluso pueden desarrollar síndrome de intestino irritable si se deja sin tratar5. Hay varias clases de bacterias, virus y parásitos que pueden causar diarrea6. Salmonella sppShigella spp., están entre las bacterias más comunes para la transmisión de la gastroenteritis aguda7,8,9,10,11. Por lo tanto, muchos condados han emitido leyes o reglamentos para regular spp Salmonella /Shigella spp. cribado entre las personas que se manejan alimentos y agua. Por ejemplo, el gobierno chino ha emitido leyes para obligatorio Salmonella spp. /Shigella spp. de detección una vez al año.
El método estándar de oro para Salmonella spp. / detección deShigella spp es la cultura de las bacterias. A través de bacterias cultura y sucesiva identificación bioquímica y serológica caracterización, podemos identificar las especies de bacterias, lo que podrían facilitar la gestión del brote de la enfermedad y perfiles de antimicrobianos para el tratamiento de pacientes 12. también podría ayudar a rastrear el origen de la infección durante la Salmonella spp. /Shigella spp. brote13. Sin embargo, este método es intensiva (que requieren operación manual) y lento (tomando varios días), especialmente para la prueba de un gran número de muestras7. Por otra parte, viable pero no cultivable (VBNC) Salmonella spp. /Shigella spppueden existir en algunas muestras de heces14. En vista de estos inconvenientes, muchos laboratorios han tratado de desarrollar nuevas técnicas para la detección de Salmonella spp. /Shigella spp15,16,17,18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23 , 24 , 25. todos estos métodos utilizan la prueba de amplificación de ácido nuclear (NAAT), entre los que la reacción en cadena de polimerasa (PCR) es la más común. Una limitación importante de estos métodos NAAT base es que las bacterias muertas, bacteriana incluso ruina que contiene ADN genómico incompleta, podrían demostrar resultados positivos26, que podrían influir en gran medida el diagnóstico preciso de la enfermedad. Blanco et al demostró que análisis molecular es altamente sensible, no sólo viable Salmonella en culturas, pero también a genomas parciales y bacterias muertas o inviables de infecciones pasadas o contaminación26. Por lo tanto, se deben desarrollar nuevas tecnologías.
Aquí, describimos un nuevo método que combina el NAAT basado en método y cultivo. Como se muestra en la figura 1, este nuevo método aplica a PCR en tiempo real detección primero y luego se envían muestras positivas para la identificación y cultivo de bacterias.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:732px;" width="732">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Tris</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">10708976001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">EDTA</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">798681</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">NP40</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">11332473001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:249px;">ddH2O</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">9012</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PrimeSTAR HS (Premix)</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">R040Q</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient Broth</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM106</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient agar</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM107</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Selenite Cystine medium</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM225</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">XLD</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM219</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">MAC&#160;</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM908</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella chromogenic agar</td>
			<td style="width:112px;">CHROMagar</td>
			<td style="width:119px;">SA130</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SAL60</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Shigella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SHI54</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">anal swab (collecting tube plus)</td>
			<td style="width:112px;">Huachenyang</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">slide</td>
			<td style="width:112px;">Mingsheng</td>
			<td style="width:119px;">7102</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">micro-loop</td>
			<td style="width:112px;">Weierkang</td>
			<td style="width:119px;">W511</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">incubator</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">DNP-9082</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">autoclave</td>
			<td style="width:112px;">AUL</td>
			<td style="width:119px;">SS-325</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">dry bath</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">KB-20</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">automated microbial identification system</td>
			<td style="width:112px;">bioM&#233;rieux</td>
			<td style="width:119px;">VITEK2</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent system could be used</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">fluorescent real-time PCR machine</td>
			<td style="width:112px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">ABI7500</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent machine could be used</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.

Transmisión fecal-oral de gastroenteritis aguda ocurre de vez en cuando, especialmente cuando las personas que manejan alimentos y agua están infectadas por Salmonella spp./Shigella spp. El método estándar de oro para la detección de Salmonella spp./Shigella spp es cultura directa pero esto es desperdiciador de tiempo y mano de obra intensiva. Aquí, describimos una plataforma de alto rendimiento para Salmonella spp./Shigella spp de detección, usando la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (PCR) combinada con cultura guiada. Hay dos etapas principales: la cultura guiada y PCR en tiempo real. Para la primera etapa (PCR en tiempo real), se explica cada paso del método: la muestra recogida, previo enriquecimiento, extracción de ADN y PCR en tiempo real. Si el resultado PCR en tiempo real es positivo, entonces se realiza la segunda etapa (cultura guiada): cultivo selectivo, identificación bioquímica y serológica caracterización. También ilustramos resultados representativos generados de él. El protocolo descrito aquí sería una plataforma valiosa para la detección rápida, específica, sensible y de alto rendimiento de Salmonella spp. /Shigella spp.

Se aplicó el protocolo para la detección de Salmonella spp. /Shigella spp en heces anal muestras de personas que se manejan alimentos y agua.
En el paso de la PCR en tiempo real, como se muestra en la figura 5A, hubo una amplificación exitosa en canal HEX, que significó que la muestra mezclada era positiva para Salmonella spp. Luego se realizó una PCR...

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A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Salmonella sppShigella spp., son patógenos comunes atribuidas a la diarrea. Aquí, describimos una plataforma de alto rendimiento para la detección de Salmonella spp. /Shigella spp., utilizando PCR en tiempo real combinado con cultura guiada.

Una plataforma de alto rendimiento para la detección de Salmonella spp. /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

Este método proporciona una plataforma de alto rendimiento para el cribado de Salmonella y Shigella. La principal ventaja de esta técnica es repetir, específica, sensible y de alto rendimiento. Esta técnica combina el método rápido NAAT y el cultivo en el que primero se aplicó el cribado de PCR en tiempo real, y luego se enviaron positivos para el cultivo y la identificación de bacterias.Aunque este método se centra en el cribado de Salmonella y Shigella, también se puede aplicar a otros patógenos como Vibrios, Staphylococcus, E.coli y et cetera. La demostración visual de este método es crítica ya que la selección de la colonia correcta es difícil debido a la flora de fondo en las muestras. Para comenzar, agregue tres mililitros de caldo de nutrientes a cada muestra.Luego, incuba las muestras a 36 grados centígrados durante seis horas. Después de esto, centrifugar el cultivo de pre-enriquecimiento a 800 gs durante dos minutos. Luego, transfiera el sobrenadante a un tubo nuevo, y centrifugarlo de nuevo durante cinco minutos a 12.000 gs.Después de desechar el sobrenadante, añadir 100 microlitros de solución de extracción de ADN al pellet. Luego, vórtice el tubo durante un minuto. A continuación, calienta la muestra a 1.000 grados Centígrados en el baño seco.Después de repetir la centrifugación, recoger el sobrenadante en un tubo nuevo. En primer lugar, cree la mezcla de reacción y establezca el programa de ciclismo de acuerdo con el protocolo de texto. A continuación, realice PCR en tiempo real en una máquina de PCR fluorescente en tiempo real.En primer lugar, añadir 100 microlitros del cultivo de pre-enriquecimiento a cinco mililitros de medio cristal de selenita. Luego, incubar el cultivo a 36 grados centígrados durante 18 a 24 horas. A continuación, recoja un bucle de la cultura y extiéndalo en un plato.Luego, incuba la placa a 36 grados Celsius durante 18 a 24 horas. Después de la incubación, seleccione colonias sospechosas y transfieralas a un plato. Incubar la placa a 36 grados centígrados durante 18 a 24 horas.A continuación, identifique la colonia sospechosa utilizando un sistema automatizado de identificación microbiana. Para comenzar la caracterización del antígeno O, agregue una gota de los sueros polivalentes del antígeno O a una diapositiva limpia. Transfiera un bucle de la colonia al tobogán y muele en el suero.Si las bacterias parecen arena que fluye, repita el tratamiento previo con sueros monovalentes de antígeno O hasta que se caracterice el antígeno. Para comenzar la caracterización del antígeno H, agregue una gota de sueros polivalentes de antígeno H a una diapositiva limpia. Luego, recoge un bucle lleno de la colonia y la encuadría en el suero.Utilice sueros monovalentes de antígeno H para repetir el tratamiento hasta que se caracterice el antígeno H específico. Para separar la cultura, recoja un bucle de la cultura de pre-enriquecimiento y extiéndalo en un plato. Luego, incuba el lugar a 36 grados centígrados durante 18 a 24 horas.Después de la incubación, recoger una colonia de aspecto sospechoso en un plato. Incubar la placa a 36 grados centígrados durante 17 a 24 horas. A continuación, someta la colonia a una identificación bioquímica mediante un sistema automatizado de identificación microbiana.A continuación, aplica una gota de sueros polivalentes de la especie Shigella a un portaobjetos limpio. Luego, usa un micro-loop para recoger algunas de las bacterias y moler en el suero. Finalmente, si los sueros se asemejan a la arena que fluye, utilice sueros monovalentes de especies de Shigella para caracterizar aún más las bacterias.Utilizando este protocolo, se examinaron muestras de heces de pacientes para detectar especies de Salmonella y Shigella. Utilizando PCR en tiempo real, hubo una amplificación exitosa en el canal HEX, lo que indica que la muestra fue positiva para las especies de Salmonella. La PCR adicional en tiempo real indicó que la muestra dos era positiva para Salmonella y fue elegida para el cultivo guiado de especies de Salmonella.En el cultivo guiado de las especies de Salmonella, las colonias rosadas y púrpuras fueron chapadas por separado y sometidas a identificación bioquímica. Los resultados indicaron que las colonias de la muestra dos eran Salmonella paratyphi B.Utilizando PCR en tiempo real, hubo amplificación exitosa en el canal FAM, lo que indica que la muestra era positiva para las especies de Shigella. La PCR adicional en tiempo real indicó que la muestra 10 era positiva para Shigella y fue elegida para la cultura guiada.En el cultivo guiado de las especies Shigella, las colonias de color rojo rosa-rojo e incoloro fueron chapadas por separado y sometidas a identificación bioquímica. Los resultados indicaron que la muestra 10 contenía la bacteria Shigella sonnei fase II. Al intentar este procedimiento, es importante recordar la limitación del método debido a la variación de la secuencia.Siguiendo este procedimiento, se pueden realizar otros métodos, como la referencia cultural directa, para evitar falsos resultados negativos de PCR en tiempo real. Esta técnica allana el camino para los investigadores en el campo de la detección de Salmonella y Shigella, ya que el nuevo protocolo podría aumentar la tasa positiva en dos y disminuir la carga de trabajo y TAT significativamente. No olvide que trabajar con Salmonella y Shigella puede ser extremadamente peligroso, y el equipo de protección personal, EPP, siempre debe tomarse mientras se realiza este procedimiento.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

Un Ensayo Fenotípico Microscópico Para La Cuantificación De Micobacterias Intracelulares Adaptadas Para La Detección De Alto Rendimiento / Alto Contenido

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

Investigación

Inmunología e Infección

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

Screening de alto rendimiento para los de amplio espectro químico Inhibidores de Virus ARN

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

Ensayo de alto rendimiento para Fenotipo<em&gt; Salmonella enterica</em&gt; Asociación Typhimurium, Invasión y replicación en macrófagos

Salmonella species are zoonotic pathogens and leading causes of food borne illnesses in humans and livestock1. Understanding the mechanisms underlying ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establecimiento de un programa de instalación de alto rendimiento para la detección de pequeñas moléculas que modulan la c-di-GMP Señalización en el<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Los ensayos basados ​​en la microscopía para la selección de alto rendimiento de los factores del huésped que participan en<em&gt; Brucella</em&gt; Infección de células Hela

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules

Una de linfocitos ensayo basado en la fluorescencia adecuado para el cribado de alto rendimiento de pequeñas moléculas

High-throughput screening (HTS) is currently the mainstay for the identification of chemical entities capable of modulating biochemical reactions or ...

Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers

Construcción de una plataforma de proyección de alto rendimiento para evaluar la heterogeneidad de la amplificación del gen HER2 en cáncer de mama

Targeted therapies against the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) have radically changed the outcome of patients with HER2-positive breast ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

Medida de alto rendimiento de membrana plasmática resellado eficacia en células de mamíferos

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...

Chronic Salmonella Infection Induced Intestinal Fibrosis

Infección crónica por salmonela fibrosis intestinal inducida

Tissue fibrosis characterized by the pathological accumulation of extracellular matrix such as collagen is the outcome of persistent inflammation and ...