Name: a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.
Uploaded: 2018-11-07T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. at JoVE.com

Bu eser bilim ve teknoloji programı Zhuhai, Çin (grant sayı 20171009E030064), bilim ve teknoloji programı Guangdong, Çin (grant sayı 2015A020211004) ve bilim ve teknoloji programı genel yönetim tarafından desteklenmiştir Kalite gözetim, denetim ve karantina (grant numara 2016IK302, 2017IK224) Çin Halk Cumhuriyeti in.

Protokol Zhuhai Uluslararası seyahat sağlık merkezi insan Araştırma Etik Komitesi tarafından kuralları izler. Lütfen deneme sırasında standart steril işlemini kullanın.
1. Kültür medya kompozisyon ve hazırlık
<ol><li>Besin et suyu hazırlayın: Erimesi %1 pepton, % 0.3 sığır eti özü, % 0.5 sodyum klorür, % 0,1 glikoz H2O, pH 7.5 ve basınçlı kap ayarlamak 121 ° C 15 dakika içinde.</li>
	<li>Selenit sistin orta hazırlamak: % 0.5 pepton, %0,4 laktoz, % 1'n...

<ol>
	<li>Roy, S. L., Scallan, E., Beach, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+rate+of+acute+gastrointestinal+illness+in+developed+countries.">The rate of acute gastrointestinal illness in developed countries.</a> Journal of Water and Health. 4, 31-69 (2006).</li><li>Wilking, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acute+gastrointestinal+illness+in+adults+in+Germany:+a+population-based+telephone+survey.">Acute gastrointestinal illness in adults in Germany: a population-based telephone survey.</a> Epidemiology and Infection. 141 (11), 2365-2375 (2013).</li><li>Friesema, I. H. M., Lugn&#233;r, A. K., van Duynhoven, Y. T. H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Costs+of+gastroenteritis+in+the+Netherlands,+with+special+attention+for+severe+cases.">Costs of gastroenteritis in the Netherlands, with special attention for severe cases.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 31 (8), 1895-1900 (2012).</li><li>Henson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+the+costs+of+acute+gastrointestinal+illness+in+British+Columbia,+Canada.">Estimation of the costs of acute gastrointestinal illness in British Columbia, Canada.</a> International Journal of Food Microbiology. 127 (1-2), 43-52 (2008).</li><li>Okhuysen, P. C., Jiang, Z. D., Carlin, L., Forbes, C., DuPont, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-diarrhea+chronic+intestinal+symptoms+and+irritable+bowel+syndrome+in+North+American+travelers+to+Mexico.">Post-diarrhea chronic intestinal symptoms and irritable bowel syndrome in North American travelers to Mexico.</a> The American Journal of Gastroenterology. 99 (9), 1774-1778 (2004).</li><li>Wongboot, W., Okada, K., Chantaroj, S., Kamjumphol, W., Hamada, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+detection+and+quantification+of+19+diarrhea-related+pathogens+with+a+quantitative+real-time+PCR+panel+assay.">Simultaneous detection and quantification of 19 diarrhea-related pathogens with a quantitative real-time PCR panel assay.</a> Journal of Microbiological Methods. 151, 76-82 (2018).</li><li>Van Lint, P., De Witte, E., Ursi, J. P., Van Herendael, B., Van Schaeren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+screening+algorithm+for+diagnosing+bacterial+gastroenteritis+by+real-time+PCR+in+combination+with+guided+culture.">A screening algorithm for diagnosing bacterial gastroenteritis by real-time PCR in combination with guided culture.</a> Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 85 (2), 255-259 (2016).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+quantitative+molecular+diagnostic+methods+to+identify+causes+of+diarrhoea+in+children:+a+reanalysis+of+the+GEMS+case-control+study.">Use of quantitative molecular diagnostic methods to identify causes of diarrhoea in children: a reanalysis of the GEMS case-control study.</a> Lancet. 388 (10051), 1291-1301 (2016).</li><li>Wang, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+shigellosis+by+real-time+PCR+suggests+underestimation+of+shigellosis+prevalence+by+culture-based+methods+in+a+population+of+rural+China.">Surveillance of shigellosis by real-time PCR suggests underestimation of shigellosis prevalence by culture-based methods in a population of rural China.</a> Journal of Infection. 61 (6), 471-475 (2010).</li><li>Wikswo, M. E., Hall, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Outbreaks+of+acute+gastroenteritis+transmitted+by+person-to-person+contact--United+States,+2009-2010.">Outbreaks of acute gastroenteritis transmitted by person-to-person contact--United States, 2009-2010.</a> MMWR Surveillance Summaries. 61 (9), 1-12 (2012).</li><li>Shen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+12+Gastrointestinal+Pathogens+Spectrum+of+Acute+Infectious+Diarrhea+in+a+Sentinel+Hospital,+Shenzhen,+China.">The 12 Gastrointestinal Pathogens Spectrum of Acute Infectious Diarrhea in a Sentinel Hospital, Shenzhen, China.</a> Frontiers in Microbiology. 7, 1926 (2016).</li><li>Tariq, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+profiling+of+antimicrobial+resistance+and+integron+association+of+multidrug-resistant+clinical+isolates+of+Shigella+species+from+Faisalabad,+Pakistan.">Molecular profiling of antimicrobial resistance and integron association of multidrug-resistant clinical isolates of Shigella species from Faisalabad, Pakistan.</a> Canadian Journal of Microbiology. 58 (9), 1047-1054 (2012).</li><li>Ferrari, R. G., Panzenhagen, P. H. N., Conte-Junior, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+and+Genotypic+Eligible+Methods+for+Salmonella+Typhimurium+Source+Tracking.">Phenotypic and Genotypic Eligible Methods for Salmonella Typhimurium Source Tracking.</a> Frontiers in Microbiology. 8, 2587 (2017).</li><li>Oliver, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+viable+but+nonculturable+state+in+bacteria.">The viable but nonculturable state in bacteria.</a> The Journal of Microbiology. 43, 93-100 (2005).</li><li>Rintala, A., Munukka, E., Weintraub, A., Ullberg, M., Eerola, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+multiplex+real-time+PCR+kit+Amplidiag(R)+Bacterial+GE+in+the+detection+of+bacterial+pathogens+from+stool+samples.">Evaluation of a multiplex real-time PCR kit Amplidiag(R) Bacterial GE in the detection of bacterial pathogens from stool samples.</a> Journal of Microbiological Methods. 128, 61-65 (2016).</li><li>Wohlwend, N., Tiermann, S., Risch, L., Risch, M., Bodmer, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+Multiplex+Real-Time+PCR+Assay+for+Detecting+Major+Bacterial+Enteric+Pathogens+in+Fecal+Specimens:+Intestinal+Inflammation+and+Bacterial+Load+Are+Correlated+in+Campylobacter+Infections.">Evaluation of a Multiplex Real-Time PCR Assay for Detecting Major Bacterial Enteric Pathogens in Fecal Specimens: Intestinal Inflammation and Bacterial Load Are Correlated in Campylobacter Infections.</a> Journal of Clinical Microbiology. 54 (9), 2262-2266 (2016).</li><li>Van Lint, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+real-time+multiplex+PCR+for+the+simultaneous+detection+of+Campylobacter+jejuni,+Salmonella+spp.,+Shigella+spp./EIEC,+and+Yersinia+enterocolitica+in+fecal+samples.">Evaluation of a real-time multiplex PCR for the simultaneous detection of Campylobacter jejuni, Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, and Yersinia enterocolitica in fecal samples.</a> Eur Journal of Clinical Microbiology Infect Dis. 34 (3), 535-542 (2015).</li><li>Kamkamidze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Identification+Of+The+Etiological+Factors+Causing+Diarrheal+Diseases.">Rapid Identification Of The Etiological Factors Causing Diarrheal Diseases.</a> Georgian Medical News. (258), 89-92 (2016).</li><li>Li, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+and+Application+of+a+Visual+DNA+Microarray+for+the+Detection+of+Food-borne+Pathogens.">Establishment and Application of a Visual DNA Microarray for the Detection of Food-borne Pathogens.</a> Analytical Sciences. 32 (2), 215-218 (2016).</li><li>Zhuang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Salmonella+spp.+by+a+loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP)+method+targeting+bcfD+gene.">Detection of Salmonella spp. by a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method targeting bcfD gene.</a> Letters in Applied Microbiology. 59 (6), 658-664 (2014).</li><li>Shi, X. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+detection+of+Salmonella+and+Shigella+using+modified+molecular+beacons+and+real-time+PCR.">Rapid simultaneous detection of Salmonella and Shigella using modified molecular beacons and real-time PCR.</a> Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 27 (12), 1053-1056 (2006).</li><li>Mo, Q. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+a+96-microwell+plate+DNA+diagnostic+chip+for+detection+of+foodborne+bacteria+and+its+application+in+an+incident+of+food+poisoning.">Preparation of a 96-microwell plate DNA diagnostic chip for detection of foodborne bacteria and its application in an incident of food poisoning.</a> Nan Fang Yi Ke Da Xue Xue Bao. 30 (3), 417-421 (2010).</li><li>Wang, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probe-free+and+sensitive+detection+of+diarrhea-causing+pathogens+using+RT-PCR+combined+high+resolution+melting+analysis.">Probe-free and sensitive detection of diarrhea-causing pathogens using RT-PCR combined high resolution melting analysis.</a> Biologicals. 44 (5), 360-366 (2016).</li><li>Sun, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+simultaneous+screening+of+seven+clinically+important+enteric+pathogens+using+a+magnetic+bead+based+DNA+microarray.">Rapid simultaneous screening of seven clinically important enteric pathogens using a magnetic bead based DNA microarray.</a> World Journal of Microbiology and Biotechnology. 27 (1), 163-169 (2011).</li><li>Qi, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+PCR+assay+for+rapid+detection+of+five+important+pathogenic+vibrios.">Multiplex PCR assay for rapid detection of five important pathogenic vibrios.</a> Chinese Journal of health laboratory technology. (24), 3497-3500 (2014).</li><li>Blanco, G., Diaz de Tuesta, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture-+and+molecular-based+detection+of+swine-adapted+Salmonella+shed+by+avian+scavengers.">Culture- and molecular-based detection of swine-adapted Salmonella shed by avian scavengers.</a> Science of the Total Environment. 634, 1513-1518 (2018).</li><li>Tang, X. J., Yang, Z., Chen, X. B., Tian, W. F., Tu, C. N., Wang, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Verification+and+large+scale+clinical+evaluation+of+a+national+standard+protocol+for+Salmonella.spp./Shigella.spp.+screening+using+real-time+PCR+combined+with+guided+culture.">Verification and large scale clinical evaluation of a national standard protocol for Salmonella.spp./Shigella.spp. screening using real-time PCR combined with guided culture.</a> Journal of Microbiological Methods. 145, 14-19 (2018).</li><li>Dekker, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drinking+water+from+dug+wells+in+rural+ghana--salmonella+contamination,+environmental+factors,+and+genotypes.">Drinking water from dug wells in rural ghana--salmonella contamination, environmental factors, and genotypes.</a> International Journal of Environmental Research and Public Health. 12 (4), 3535-3546 (2015).</li><li>Gargano, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mortality+from+selected+diseases+that+can+be+transmitted+by+water+-+United+States,+2003-2009.">Mortality from selected diseases that can be transmitted by water - United States, 2003-2009.</a> Journal of Water and Health. 15 (3), 438-450 (2017).</li><li>Kumar, R., Surendran, P. K., Thampuran, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+culture,+ELISA+and+PCR+assays+for+the+detection+of+Salmonella+in+seafood.">Evaluation of culture, ELISA and PCR assays for the detection of Salmonella in seafood.</a> Letters in Applied Microbiology. 46 (2), 221-226 (2008).</li><li>Herrera-Leon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Blind+comparison+of+traditional+serotyping+with+three+multiplex+PCRs+for+the+identification+of+Salmonella+serotypes.">Blind comparison of traditional serotyping with three multiplex PCRs for the identification of Salmonella serotypes.</a> Research in Microbiology. 158 (2), 122-127 (2007).</li><li>Cunningham, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-hour+molecular+detection+of+Campylobacter,+Salmonella,+Yersinia,+and+Shigella+species+in+feces+with+accuracy+as+high+as+that+of+culture.">Three-hour molecular detection of Campylobacter, Salmonella, Yersinia, and Shigella species in feces with accuracy as high as that of culture.</a> Journal of Clinical Microbiology. 48 (8), 2929-2933 (2010).</li><li>Eriksson, E., Aspan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+culture,+ELISA+and+PCR+techniques+for+salmonella+detection+in+faecal+samples+for+cattle,+pig+and+poultry.">Comparison of culture, ELISA and PCR techniques for salmonella detection in faecal samples for cattle, pig and poultry.</a> BMC Veterinary Research. 3, 21 (2007).</li><li>Dutta, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitivity+and+performance+characteristics+of+a+direct+PCR+with+stool+samples+in+comparison+to+conventional+techniques+for+diagnosis+of+Shigella+and+enteroinvasive+Escherichia+coli+infection+in+children+with+acute+diarrhoea+in+Calcutta,+India.">Sensitivity and performance characteristics of a direct PCR with stool samples in comparison to conventional techniques for diagnosis of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli infection in children with acute diarrhoea in Calcutta, India.</a> Journal of Medical Microbiology. 50 (8), 667-674 (2001).</li></ol>

Salmonella spp. beri /Shigella spp. kez gıda zehirlenmesi ve fekal-oral iletim Akut gastroenterit28,29 ile ilişkili ve emek yoğun veya zaman alıcı rutin yöntemdir 7, biz yüksek üretilen iş platformu Salmonella spp. için tarif /Shigella spp. tarama, gerçek zamanlı PCR kullanarak rehberli kültürü ile kombine.
Dikkate bu platform kapasitesini en üst düzeye çıka...

İshal hala yaygın bir sağlık sorunu ile yüksek görülme oranı genel olarak1,2olduğunu. Ölüm oranı nispeten düşük olsa da, bazı hastalarda hafta (örneğin, gevşek ve sulu dışkılama, tuvalete gitmek için bir aciliyet), çeşitli belirtileri göstermek hangi sosyo-ekonomik etkisi çok yüksek3,4yapmak. Daha ciddi, bazı hastalar bile irritabl barsak sendromu tedavi edilmezse5yaptı geliştirmek. Bakteri, virüs ve parazitler ishal6neden olabilir çeşitli türleri vardır. Salmonella spp. /Shigella spp. Akut gastroenterit7,8,9,10,11iletimi için en yaygın bakteriler arasında yer alıyor. Bu nedenle, birçok ilinden yasalar veya yönetmelikler düzenli Salmonella spp. için verilen /Shigella spp. eleme yiyecek ve su ele alabileceğinizi insanlar arasında. Örneğin, Çin hükümeti yasalar zorunlu Salmonella spp. için yayınladık /Shigella spp. eleme yılda bir kez.
Salmonella spp. için altın standart yöntem /Shigella spp. algılama bakteri kültürü. Bakteri kültürü ve art arda gelen biyokimyasal kimlik ve serolojik karakterizasyonu, bakteriler, hastalık salgını yönetimi ve antimikrobiyal hastaların tedavisi yardım için profil oluşturma kolaylaştırabilir tür belirlemek için 12. aynı zamanda Salmonella spp. sırasında enfeksiyon kaynağı iz yardımcı /Shigella spp. salgını13. Ancak, bu yöntem emek yoğun (gerektiren el ile işlem) ve zaman alıcı (birkaç gün) daha az çekici, özellikle örnekleri7çok sayıda test etmek içindir. Ayrıca, culturable (VBNC) Salmonella spp. ama /Shigella spp.14bazı dışkı örnekleri var olabilir. İçinde görüş-in bu sakıncaları,-si olmak güvenilir birçok laboratuar Salmonella spp. algılanması için yeni teknikler geliştirmek /Shigella spp.15,16,17,18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23 , 24 , 25. aralarında polimeraz zincir tepkimesi (PCR) en yaygın olan nükleer asit amplifikasyon testi (NAAT), tüm bu yöntemleri kullanın. Bir büyük NAAT dayalı yöntemlerin ölü bakteriler, hatta bakteriyel enkaz içeren eksik genomik DNA, olumlu sonuçlar26doğru tanı hastalığın büyük ölçüde etkileyebilir, gösterebilirim kısıtlamasıdır. Blanco ve ark. Bu moleküler tahlil son derece hassas, sadece uygun Salmonella kültürlerde, aynı zamanda kısmi genleri ve son enfeksiyonlar ya da kirlenme26ölü ya da kamunun bakteri olduğunu gösterdi. Bu nedenle, yeni teknoloji geliştirilmelidir.
Burada, birleştirir NAAT yönteme ve kültür göre bir roman yöntemi açıklanmıştır. Şekil 1' de gösterildiği gibi bu yeni yöntem gerçek zamanlı PCR ilk eleme uygular ve sonra olumlu örnekler bakteri kültür ve kimlik için gönderilir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:732px;" width="732">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Tris</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">10708976001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">EDTA</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">798681</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">NP40</td>
			<td style="width:112px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">11332473001</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:249px;">ddH2O</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">9012</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PrimeSTAR HS (Premix)</td>
			<td style="width:112px;">Takara</td>
			<td style="width:119px;">R040Q</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient Broth</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM106</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Nutrient agar</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM107</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Selenite Cystine medium</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM225</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">XLD</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM219</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">MAC&#160;</td>
			<td style="width:112px;">LandBridge</td>
			<td style="width:119px;">CM908</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella chromogenic agar</td>
			<td style="width:112px;">CHROMagar</td>
			<td style="width:119px;">SA130</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Salmonella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SAL60</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Shigella diagnostic serum</td>
			<td style="width:112px;">Tianrun</td>
			<td style="width:119px;">SHI54</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">anal swab (collecting tube plus)</td>
			<td style="width:112px;">Huachenyang</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">slide</td>
			<td style="width:112px;">Mingsheng</td>
			<td style="width:119px;">7102</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">micro-loop</td>
			<td style="width:112px;">Weierkang</td>
			<td style="width:119px;">W511</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">incubator</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">DNP-9082</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">autoclave</td>
			<td style="width:112px;">AUL</td>
			<td style="width:119px;">SS-325</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">dry bath</td>
			<td style="width:112px;">Jinghong</td>
			<td style="width:119px;">KB-20</td>
			<td style="width:252px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">automated microbial identification system</td>
			<td style="width:112px;">bioM&#233;rieux</td>
			<td style="width:119px;">VITEK2</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent system could be used</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">fluorescent real-time PCR machine</td>
			<td style="width:112px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">ABI7500</td>
			<td style="width:252px;">other equivalent machine could be used</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a high-throughput platform for the screening of salmonella spp./shigella spp.

Akut gastroenterit fekal-oral iletim zaman zaman, özellikle gıda ve su ele insanlar Salmonella spp./Shigella spp. tarafından enfekte oluşur Salmonella spp./Shigella spp. tespiti için altın standart yöntem doğrudan kültür ama bu emek yoğun ve zaman alıcı. Burada, tarama, gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi (PCR) destekli kültürü ile kombine kullanarak Salmonella spp./Shigella spp. için bir yüksek-den geçerek platform açıklayın. İki büyük aşama vardır: gerçek zamanlı PCR ve Rehberli kültür. İlk aşama (gerçek zamanlı PCR), biz her adım yöntemi açıklamak: örnek toplama, ön zenginleştirme, DNA ekstraksiyon ve gerçek zamanlı PCR. Gerçek zamanlı PCR sonucu olumlu ise, o zaman ikinci aşama (Rehberli kültür) gerçekleştirilir: seçici kültür, biyokimyasal tanımı ve serolojik karakterizasyonu. Biz de bundan oluşturulan temsilcisi sonuçları göstermektedir. Burada açıklanan protokol Salmonella spp. hızlı, belirli, hassas ve yüksek işlem hacmi ile taranması için değerli bir platform olur /Shigella spp.

Salmonella spp. tarama için uygulanan protokol /Shigella spp. anal dışkıda örnekleri yiyecek ve su ele alabileceğinizi kişilerden.
Gerçek zamanlı PCR adımda, Şekil 5'A, gösterildiği gibi vardı karışık örnek Salmonella spp. için pozitif olduğu anlamına geliyordu HEX kanaldaki başarılı bir amplifikasyon Sonra bir daha da gerçek zaman...

Watch this Scientific Journal Video about A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp. at JoVE.com

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Salmonella spp. /Shigella spp. ortak patojenler için ishal atfedilen. Burada, biz yüksek üretilen iş platformu Salmonella spp. testi ile taranması için tarif / gerçek zamanlı PCR kullanarakShigella spp. rehberli kültürü ile kombine.

Salmonella spp. testi ile taranması için yüksek üretilen iş platformu /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

Bu yöntem Salmonella ve Shigella tarama için yüksek bir iş verme platformu sağlar. Bu tekniğin en büyük avantajı tekrar, özgül, hassas ve yüksek iş artışıdır. Bu teknik, naat hızlı yöntem ve gerçek zamanlı PCR tarama ilk uygulandı kültür ve kültür birleştirmek ve daha sonra pozitif olanlar bakteri kültürü ve kimlik için gönderildi.Bu yöntem Salmonella ve Shigella taraması üzerinde durulsa da, Vibrios, Staphylococcus, E.Coli ve saire gibi diğer patojenlere de uygulanabilir. Örneklerdeki arka plan florası nedeniyle doğru koloninin seçimi zor olduğundan, bu yöntemin görsel gösterimi çok önemlidir. Başlamak için, her örnek için besin suyu üç mililitre ekleyin.Sonra, örnekleri 6 saat boyunca 36 derecede kuluçkaya yatırın. Bundan sonra, iki dakika için 800 gs ön zenginleştirme kültürü santrifüj. Sonra, yeni bir tüp için supernatant aktarın ve 12, 000 gs beş dakika için tekrar santrifüj.Supernatant attıktan sonra, pelet dna çıkarma çözeltisi 100 mikrolitre ekleyin. Sonra, bir dakika için tüp girdap. Sonra, kuru banyoda numuneyi 1000 santigrat derecede ısıtın.Santrifüj tekrarladıktan sonra, yeni bir tüp içine supernatant toplamak. İlk olarak, reaksiyon karışımı oluşturmak ve metin protokolüne göre bisiklet programı ayarlayın. Ardından, floresan gerçek zamanlı PCR makinesinde gerçek zamanlı PCR gerçekleştirin.İlk olarak, beş mililitre selenit kristali ortama zenginleştirme öncesi kültürden 100 mikrolitre ekleyin. Sonra, 18-24 saat boyunca 36 santigrat derece kültür kuluçka. Sonra, kültürün bir döngü toplamak ve bir plaka üzerine yayıldı.Sonra, 18 ila 24 saat boyunca 36 santigrat derece plaka kuluçka. Kuluçkadan sonra şüpheli kolonileri seçin ve bir tabağa aktarın. Plakayı 36 derecede 18-24 saat kuluçkaya yatırın.Daha sonra, otomatik bir mikrobiyal tanımlama sistemi kullanarak şüpheli koloniyi tanımlayın. O-antijen karakterizasyonu na başlamak için, temiz bir slayt için O-antijen polivalent sera bir damla ekleyin. Koloninin bir halkasını kaydırak ve serada öğüt.Bakteri akan kum gibi görünüyorsa, antijen karakterize edilene kadar O-antijen monovalent sera ile önceki tedaviyi tekrarlayın. H-antijen karakterizasyonu na başlamak için, temiz bir slayta bir damla H-antijen polivalent sera ekleyin. Sonra, koloninin bir döngü dolusu toplamak ve sera içinde ızgara.Özel H-antijen karakterize olana kadar tedaviyi tekrarlamak için H-antijen monovalent sera kullanın. Kültürü ayırmak için, zenginleştirme öncesi kültürün bir döngü toplamak ve bir plaka üzerine yayıldı. Sonra, 18 ila 24 saat boyunca 36 santigrat derecede yer kuluçka.Kuluçkadan sonra, şüpheli görünümlü bir koloniyi bir tabağa koyun. Plakayı 36 derecede 17 ila 24 saat kuluçkaya yatırın. Daha sonra, otomatik bir mikrobiyal tanımlama sistemi kullanarak biyokimyasal tanımlama için koloni tabi.Sonra, temiz bir slayt Shigella türleri polivalent sera bir damla uygulayın. Sonra, bazı bakterileri toplamak ve sera içine eziyet için bir mikro-döngü kullanın. Son olarak, eğer sera akan kum benzer, daha fazla bakteri karakterize etmek için Shigella türleri monovalent sera kullanın.Bu protokol kullanılarak salmonella ve Shigella türleri için hastalardan dışkı örnekleri tarandı. Gerçek zamanlı PCR kullanarak, HEX kanalında başarılı bir amplifikasyon vardı, bu da numunenin Salmonella türleri için pozitif olduğunu gösteriyordu. Daha gerçek zamanlı PCR örnek iki Salmonella için pozitif olduğunu belirtti ve güdümlü Salmonella türleri kültürü için seçildi.Salmonella türlerinin rehberli kültüründe pembe ve mor koloniler ayrı ayrı kaplandı ve biyokimyasal tanımlamaya tabi tutuldu. Sonuçlar, örnek iki kolonilerin Salmonella paratyphi B.Using real-time PCR olduğunu gösterdi, FAM kanalında başarılı bir amplifikasyon vardı, bu örnek Shigella türleri için olumlu olduğunu gösteren. Daha gerçek zamanlı PCR örnek 10 Shigella için olumlu olduğunu belirtti ve güdümlü kültür için seçildi.Shigella türlerinin güdümlü kültüründe, pembe-kırmızı ve renksiz koloniler ayrı ayrı kaplandı ve biyokimyasal tanımlamaya tabi tutuldu. Sonuçlar, örnek 10'un Shigella sonnei faz II bakterisi içerdiğini göstermiştir. Bu yordamı denerken, dizi değişimi nedeniyle yöntemin sınırlamahatırlamak önemlidir.Bu yordamı takiben, yanlış negatif gerçek zamanlı PCR sonuçlarını önlemek için doğrudan kültür gibi diğer yöntemler de gerçekleştirilebilir. Bu teknik Salmonella ve Shigella tespiti alanında araştırmacılar için önünü açıyor, yeni protokol iki kat olumlu oranı artırmak ve iş yükü ve TAT önemli ölçüde azaltabilir gibi. Salmonella ve Shigella ile çalışmanın son derece tehlikeli olabileceğini ve kişisel koruyucu ekipman PPE'nin bu işlemi gerçekleştirirken her zaman alınması gerektiğini unutmayın.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

Yüksek Verimli/Yüksek İçerikli Taramaya Uyarlanmış Hücre İçi Mikobakterilerin Nicelleştirilmesi için Mikroskobik Fenotipik Bir Tahlil

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

RNA Virüslerinin geniş spektrumlu Kimyasal Önleyicileri için yüksek verimli tarama

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

High-throughput Assay to Phenotype Salmonella enterica Typhimurium Association, Invasion, and Replication in Macrophages

Fenotipinin yüksek verim Deneyi<em&gt; Salmonella enterica</em&gt; Typhimurium Derneği, Invasion, ve Makrofagların Çoğaltma

Salmonella species are zoonotic pathogens and leading causes of food borne illnesses in humans and livestock1. Understanding the mechanisms underlying ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Modüle c-di-GMP sinyal İşte Küçük Moleküller Tarama için Yüksek verim Kur kurulması<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Yer Alan Ana Faktörler yüksek verimli tarama mikroskopisi bazlı deneyler<em&gt; Brucella</em&gt; Hela Hücrelerinin Enfeksiyon

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules

Küçük moleküllerin yüksek verimli tarama için uygun bir floresan bazlı lenfositi analizi

High-throughput screening (HTS) is currently the mainstay for the identification of chemical entities capable of modulating biochemical reactions or ...

Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers

HER2 Gene amplifikasyon meme kanserleri heterojen değerlendirmek için bir yüksek-den geçerek tarama Platform kurma

Targeted therapies against the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) have radically changed the outcome of patients with HER2-positive breast ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

Plazma zarı verimliliği memeli hücrelerinde yeniden mühürlemeden yüksek üretilen iş ölçümü

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...

Chronic Salmonella Infection Induced Intestinal Fibrosis

Kronik Salmonella EnfeksiyonuNa Bağlı Bağırsak Fibrozisi

Tissue fibrosis characterized by the pathological accumulation of extracellular matrix such as collagen is the outcome of persistent inflammation and ...