Name: generating homo- and heterografts between watermelon and bottle gourd for the study of cold-responsive micrornas
Uploaded: 2018-11-20T12:30:00
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이 작품은 국립 자연 과학 재단의 중국 (31772191), 강성 (2017 C 32027) 공익에 대 한 연구 프로젝트, 키 과학 프로젝트의 식물 Breeding 절 (2016 C 02051)에서 및을 위한 국가 프로그램에 의해 지원 되었다 최고 수준의 젊은 전문가 (P.X.)의 지원.

1. 살 균 및 발 아 씨앗
<ol><li>표면 살 균, 병 조롱 박 씨앗 가끔 교 반, 물 온도 40 ° c.에 떨어질 때까지 58 ° C에 물으로 채워진 500 mL 비 커에 담가</li>
	<li>한편, 나일론 가방 그리고, 소독, 토 탄 토양의 3 kg을 넣어 압력솥 120에서 ° C/0.5 MPa 20 분.</li>
	<li>4-5 시간 더 없는 감동 병 조롱 박 씨앗을 몸을 담글 유지.<ol>
<li>물에는 실내 온도 도달 하면, x-증류수와 함께 3 x 2 씨앗을 씻어.</li>
		<li>과잉의 물?...

<ol>
	<li>Schwarz, D., Rouphael, Y., Colla, G., Venema, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grafting+as+a+tool+to+improve+tolerance+of+vegetables+to+abiotic+stresses:+Thermal+stress,+water+stress+and+organic+pollutants.">Grafting as a tool to improve tolerance of vegetables to abiotic stresses: Thermal stress, water stress and organic pollutants.</a> Scientia Horticulturae. 127, 162-171 (2010).</li><li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+tolerance+differences+in+cucumber+seedlings+grafted+on+rootstocks+with+different+tolerance+to+low+temperature+and+weak+light+stresses.">Mechanisms of tolerance differences in cucumber seedlings grafted on rootstocks with different tolerance to low temperature and weak light stresses.</a> Turkish Journal of Botany. 39 (4), 606-614 (2015).</li><li>Li, C. H., Li, Y. S., Bai, L. Q., He, C. X., Yu, X. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+Expression+of+miRNAs+and+Their+Targets+in+the+Response+to+Drought+Stress+of+Grafted+Cucumber+Seedlings.">Dynamic Expression of miRNAs and Their Targets in the Response to Drought Stress of Grafted Cucumber Seedlings.</a> Horticultural Plant Journal. 2 (1), 41-49 (2016).</li><li>Rouphael, Y., Cardarelli, M., Colla, G., Rea, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yield,+mineral+composition,+water+relations,+and+water+use+efficiency+of+grafted+mini-watermelon+plants+under+deficit+irrigation.">Yield, mineral composition, water relations, and water use efficiency of grafted mini-watermelon plants under deficit irrigation.</a> HortScience. 43 (3), 730-736 (2008).</li><li>Savvas, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interactive+effects+of+grafting+and+manganese+supply+on+growth,+yield,+and+nutrient+uptake+by+tomato.">Interactive effects of grafting and manganese supply on growth, yield, and nutrient uptake by tomato.</a> HortScience. 44 (7), 1978-1982 (2009).</li><li>Aloni, B., Cohen, R., Karni, L., Aktas, H., Edelstein, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hormonal+signaling+in+rootstock-scion+interactions.">Hormonal signaling in rootstock-scion interactions.</a> Scientia Horticulturae. 127, 119-126 (2010).</li><li>Rouphael, Y., Caradrelli, M., Rea, E., Colla, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+melon+and+cucumber+photosynthetic+activity,+mineral+composition,+and+growth+performance+under+salinity+stress+by+grafting+onto+Cucurbita+hybrid+rootstocks.">Improving melon and cucumber photosynthetic activity, mineral composition, and growth performance under salinity stress by grafting onto Cucurbita hybrid rootstocks.</a> Photosynthetica. 50 (2), 180-188 (2012).</li><li>Louws, F. J., Rivard, C. L., Kubota, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grafting+fruiting+vegetables+to+manage+soilborne+pathogens,+foliar+pathogens,+arthropods+and+weeds.">Grafting fruiting vegetables to manage soilborne pathogens, foliar pathogens, arthropods and weeds.</a> Scientia Horticulturae. 127 (2), 127-146 (2010).</li><li>Asins, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+analysis+of+rootstock-mediated+nitrogen+(N)+uptake+and+root-to-shoot+signalling+at+contrasting+N+availabilities+in+tomato.">Genetic analysis of rootstock-mediated nitrogen (N) uptake and root-to-shoot signalling at contrasting N availabilities in tomato.</a> Plant Science. 263, 94-106 (2017).</li><li>Yin, L. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+protective+enzymes+in+tomato+rootstocks+to+resist+root+knot+nematodes.">Role of protective enzymes in tomato rootstocks to resist root knot nematodes.</a> Acta Horticulturae. 1086 (1086), 213-218 (2015).</li><li>Gaion, L. A., Carvalho, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-Distance+Signaling:+what+grafting+has+revealed?.">Long-Distance Signaling: what grafting has revealed?.</a> Journal of Plant Growth Regulation. 37 (2), 694-704 (2018).</li><li>Turnbull, C. G., Hennig, L., K&#246;hler, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grafting+as+a+research+tool.">Grafting as a research tool.</a> Plant Developmental Biology. , 11-26 (2010).</li><li>Li, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grafting-responsive+miRNAs+in+cucumber+and+pumpkin+seedlings+identified+by+high-throughput+sequencing+at+whole+genome+level.">Grafting-responsive miRNAs in cucumber and pumpkin seedlings identified by high-throughput sequencing at whole genome level.</a> Physiologia Plantarum. 151 (4), 406-422 (2014).</li><li>Lakhotia, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+characterization+of+miRNAome+in+root,+stem,+leaf+and+tuber+developmental+stages+of+potato+(Solanum+tuberosum+L.)+by+high-throughput+sequencing.">Identification and characterization of miRNAome in root, stem, leaf and tuber developmental stages of potato (Solanum tuberosum L.) by high-throughput sequencing.</a> BMC Plant Biology. 14 (1), 6 (2014).</li><li>Jones-Rhoades, M. W., Bartel, D. P., Bartel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+and+their+regulatory+roles+in+plants.">MicroRNAs and their regulatory roles in plants.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 19-53 (2006).</li><li>Puzey, J. R., Kramer, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+conserved+Aquilegia+coerulea+microRNAs+and+their+targets.">Identification of conserved Aquilegia coerulea microRNAs and their targets.</a> Genetic. 448 (1), 46-56 (2009).</li><li>Matthewman, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR395+is+a+general+component+of+the+sulfate+assimilation+regulatory+network+in+Arabidopsis.">miR395 is a general component of the sulfate assimilation regulatory network in Arabidopsis.</a> FEBS Letters. 586 (19), 3242-3248 (2012).</li><li>Ali, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transmission+of+RNA+silencing+signal+through+grafting+confers+virus+resistance+from+transgenically+silenced+tobacco+rootstocks+to+non-transgenic+tomato+and+tobacco+scions.">Transmission of RNA silencing signal through grafting confers virus resistance from transgenically silenced tobacco rootstocks to non-transgenic tomato and tobacco scions.</a> Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology. 25 (3), 245-252 (2016).</li><li>Li, Y. S., Li, C. H., Bai, L. Q., He, C. X., Yu, X. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+and+target+gene+responses+to+salt+stress+in+grafted+cucumber+seedlings.">MicroRNA and target gene responses to salt stress in grafted cucumber seedlings.</a> Acta Physiologiae Plantarum. 38 (2), 1-12 (2016).</li><li>Pagliarani, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+accumulation+of+miRNAs+differentially+modulated+by+drought+stress+is+affected+by+grafting+in+grapevine.">The accumulation of miRNAs differentially modulated by drought stress is affected by grafting in grapevine.</a> Plant Physiology. 173 (4), 2180-2195 (2017).</li><li>Liu, N., Yang, J. H., Guo, S. G., Xu, Y., Zhang, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+identification+and+comparative+analysis+of+conserved+and+novel+microRNAs+in+grafted+watermelon+by+high-throughput+sequencing.">Genome-wide identification and comparative analysis of conserved and novel microRNAs in grafted watermelon by high-throughput sequencing.</a> PLoS One. 8 (2), e57359 (2013).</li><li>Song, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+2JC-350+automatic+grafting+machine+with+cut+grafting+method+for+vegetable+seedling.">Development of 2JC-350 automatic grafting machine with cut grafting method for vegetable seedling.</a> Transactions of the Chinese Society of Agricultural Engineering. 22 (12), 103-106 (2006).</li><li>Kumar, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uncovering+leaf+rust+responsive+miRNAs+in+wheat+(triticum+aestivum+l.)+using+high-throughput+sequencing+and+prediction+of+their+targets+through+degradome+analysis.">Uncovering leaf rust responsive miRNAs in wheat (triticum aestivum l.) using high-throughput sequencing and prediction of their targets through degradome analysis.</a> Planta. 245 (1), 1-22 (2016).</li><li>Kohli, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+characterization+of+wilt+and+salt+stress-responsive+microRNAs+in+chickpea+through+high-throughput+sequencing.">Identification and characterization of wilt and salt stress-responsive microRNAs in chickpea through high-throughput sequencing.</a> PLoS One. 9 (10), e108851 (2014).</li><li>Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computational+challenges+in+next-generation+genomics.+International+Conference+on+Scientific+and+Statistical+Database+Management.">Computational challenges in next-generation genomics. International Conference on Scientific and Statistical Database Management.</a> ACM. 2, (2013).</li><li>Guo, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+draft+genome+of+watermelon+(Citrullus+lanatus)+and+resequencing+of+20+diverse+accessions.">The draft genome of watermelon (Citrullus lanatus) and resequencing of 20 diverse accessions.</a> Nature Genetics. 45, 51-58 (2013).</li><li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gourdbase:+a+genome-centered+multi-omics+database+for+the+bottle+gourd+(lagenaria+siceraria),+an+economically+important+cucurbit+crop.">Gourdbase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd (lagenaria siceraria), an economically important cucurbit crop.</a> Scientific Reports. 8 (1), 306 (2018).</li><li>Wang, X. F., Liu, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+Curation+of+miRBase+Annotation+Using+Integrated+Small+RNA+High-Throughput+Sequencing+Data+for+C.+elegans+and+Drosophila.">Systematic Curation of miRBase Annotation Using Integrated Small RNA High-Throughput Sequencing Data for C. elegans and Drosophila.</a> Frontiers in Genetics. 2, 25 (2011).</li><li>Bo, X. C., Wang, S. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TargetFinder:+a+software+for+antisense+oligonucleotide+target+site+selection+based+on+MAST+and+secondary+structures+of+target+mRNA.">TargetFinder: a software for antisense oligonucleotide target site selection based on MAST and secondary structures of target mRNA.</a> Bioinformatics. 21 (8), 1401-1402 (2005).</li><li>. GOATOOLS: Tools for Gene Ontology Available from: <a target="_blank" href="https://doi.org/10.5281/zenodo.31628">https://doi.org/10.5281/zenodo.31628</a> (2015)</li><li>Wang, L. P., Li, G. J., Wu, X. H., Xu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomic+analyses+provide+novel+insights+into+the+effects+of+grafting+wound+and+hetero-grafting+per+se+on+bottle+gourd.">Comparative proteomic analyses provide novel insights into the effects of grafting wound and hetero-grafting per se on bottle gourd.</a> Scientia Horticulturae. 200 (8), 1-6 (2016).</li></ol>

이 프로토콜에서 우리 자세히 호모-고 수 박 및 호리병박 사이 heterografts 고 재현 방법 설명. 필요한 특정 장비,이 방법은 매우 운영 하 게 쉬운 이며 일반적으로 접목의 매우 높은 생존 율을가지고. 메서드 또한 수 박, 오이, 호박 사이 다른 cucurbits에 대 한 이식을 만들기 위해 사용할 수 있습니다.
그것은 rootstock 및 접 순의 상대적 크기 (나이)은 성공적인 이식 ( 프로토콜<...

접목은 오래 고용 농업 기술로 개선 작물 생산 그리고 공차 biotic 및 abiotic 스트레스1,2,3. Heterografting 시스템에서 엘리트 감지 수 있습니다 식물의 물과 양분 통풍 관을 강화, 강화 토양 병원 균에 저항 하 고 금속 독성4,5,이 이식 된 향상 된 부여 수 있습니다 부정적인 영향을 제한 성장 활력 그리고 환경 스트레스를 증가 허용입니다. 대부분의 경우에서 heterografting 수 있습니다 또한 과일 자질 향상 된 과일 맛과 건강 관련 화합물6,7의 증가 콘텐츠를 선도 하는 원 예 식물에 영향을. Scion는 rootstock 사이 phytohormones, RNAs, 펩 티 드, 단백질의 장거리 전송 성장과 개발 프로그래밍 scion 식물8,9의 변조 하는 근본적인 메커니즘입니다 발견 되었습니다. ,10. 접목 장거리 신호 및 교통 환경 적응11관련의 연구에 널리 사용 되어 있다. 이식 실험은 조직 또는 혈관 수액, 그리고 활성화 또는 억제 신호 전송12인 분자 대상에 전송 된 분자의 명백한 탐지를 위해 특히 강력 합니다.
비 코딩 RNAs, 셀에 규정 하는 중요 한 기능을 발휘 하는 RNA의 큰 클래스 abiotic 스트레스13식물 적응을 촉진 역할을 보고 되었습니다. miRNAs는 작은 비 코딩 RNAs의 약 20-24 생 nt. 연구 miRNAs 식물 활동의 다양 한 측면에서의 규제 역할을 계시 했다, 같은 성장, 쏠로 루트 형성14,,1516, 측면 양분 통풍 관, 황산 물질 대사 그리고 항상성17및 응답 biotic 및 abiotic 스트레스18. 최근, miRNAs와 그들의 타겟 유전자의 표현은 heterografted 오이 모 종19허용 오차 스트레스를 소금에 관련 되었다. 포도의 intervariety 이식에서 miRNA 식 가뭄 스트레스의 응답 유전자 형 종속20을 발견 했다.
신속한 개발 및 높은 처리량 시퀀싱 기술의 비용 감소 농경 식물에서 miRNA 규정의 연구에 대 한 좋은 기회를 제공. 수 박 (Citrullus lanatus [Thunb] Mansf.), 세계에 걸쳐, 재배 하는 중요 한 cucurbit 작물 저온 쉽습니다. 호리병박 (Lagenaria의 siceraria [몰리 나] Standl.) 기후 탄력 cucurbit 수 박으로 이식 하 농부에 의해 일반적으로 사용 되는. 현재 연구의 기본 목표는 표준, 효율적인, 그리고 수 박 (Citrullus lanatus [Thunb] 사이 heterografts를 만들기 위한 편리한 방법 설정 Mansf입니다.) 그리고 병 조롱 박 (Lagenaria의 siceraria [몰리 나] Standl). 이 프로토콜 또한 제공 한다 상세한 실험 계획 및 분석 절차 미르 식 접목, 다음의 규칙의 연구는 heterografting 장점 기본 메커니즘을 공개 하는 데 유용.
이 연구에 사용 된 식물 재료 수 박 품종 및 호리병박 landrace 포함 됩니다. 수 박 품종은 낮은 온도에 취약 하지만 높은 수확량을 가진 상업 품종이 이다. 호리병박 landrace 접목 수 박, 오이와 병 조롱 박, 낮은 온도21의 우수한 관용 때문에 인기 있는 rootstock입니다.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>TRIzol Reagent</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15596026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNA-free DNase I</td>
			<td>Takara</td>
			<td>D2270A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Truseq Small RNA sample prep Kit</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>RS-200-0012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2100 Bionalyser</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA Polymerase</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>F530S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UEA sRNA workbench 2.4-plant version&#160;(software)</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>http://srna-workbench.cmp.uea.ac.uk/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rfam 11.0 database&#160;(website)</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>http://rfam.janelia.org</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>miRBase 22.0&#160;(website)</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>http://www.mirbase.org/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIREAP(software)</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://sourceforge.net/projects/mireap/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TargetFinder&#160;(software)</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>http://targetfinder.org/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generating homo- and heterografts between watermelon and bottle gourd for the study of cold-responsive micrornas

MicroRNAs (miRNAs)는 작은 비 코딩 RNAs의 약 20-24 생 nt, 알려진 식물 개발 및 적응에 중요 한 역할을. 보여주는 특정 miRNAs의 식을 접목 때 변경 되는 축적 증거는 biotic 및 abiotic 스트레스에 작물 허용 오차를 개선 하기 위해 농부에 의해 일반적으로 사용 하는 농업 연습. 호리병박은 많은 다른 주요 cucurbits, 수 박 등, 하나는 후자에 대 한 가장 널리 사용 되 감지의 렌더링에 비해 본질적으로 기후 탄력 자르기. 높은 처리량 시퀀싱 기술의 최근 발전 감기 응답 miRNAs와 heterograft 장점;에 그들의 기여를 조사 하기 위해 좋은 기회를 제공 하고있다 그러나, 적절 한 실험 절차는이 목적에 대 한 필수. 여기, 우리는 효율적으로 호모-및 감기 취약 수 박과 조직 샘플링, 데이터 생성 및 데이터 분석의 방법 이외에 감기 허용 호리병박 사이 heterografts를 생성 하기 위한 상세한 프로토콜을 제시. 제시 메서드는 또한 다른 식물 이식 시스템가 열, 가뭄, 염 분 등 다양 한 환경 스트레스에 따른 miRNA 규정에 대 한 유용 합니다.

<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58242/58242fig2.jpg"> 그림 2: 실내 온도 및 감기 스트레스 조건에서 다양 한 이식의 고기. (한)이이 패널이 보여줍니다 호모-및 heterografted 묘 실 온에서 제어. (b)이이 패널 호모-및 heterografted 묘 목 감기 치료의 48 h 후에 보여준다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58242/58242fig2large.jpg" target="_blan...

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Generating Homo- and Heterografts Between Watermelon and Bottle Gourd for the Study of Cold-responsive MicroRNAs

감기 응답 MicroRNAs의 연구에 대 한 호모-그리고 수 박 및 호리병박 사이 Heterografts를 생성

여기 우리는 효율적으로 만들기 위한 호모-수 박, 병 조롱 박, 감기 응답 microRNAs의 조사에 대 한 조직 샘플링, 데이터 생성 및 데이터 분석의 방법 이외에 사이 heterografts 상세한 프로토콜을 제시.

MicroRNAs (miRNAs) are endogenous small non-coding RNAs of about 20 - 24 nt, known to play important roles in plant development and adaptation. There is ...

이 방법은 miRNA가 수박 병 박 접목에서 차가운 스트레스하에서 규제되는 방법과 같은 식물 이식에 스트레스 능력에 대한 miRNA 응답의 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 호모와 이성이식을 만드는 것이 매우 효율적이고 재현 가능한 방법이라는 것입니다. 그것은 특정 장비가 필요하지 않으며, 수행하기가 매우 쉽고, 일반적으로 접목의 매우 높은 생존율을 초래합니다.이 방법을 통해 수박 병 박 접목 시스템에서 차가운 스트레스에 대한 miRNA 반응에 대한 통찰력을 제공 할 수 있습니다. 그것은 또한 지역 및 장거리 miRNA 수송의 메커니즘을 공개하기 위한 그밖 현대 유기체에 적용될 수 있습니다. 접목 단계를 배우기 어렵기 때문에 이 방법의 시각적 데모는 매우 중요합니다.이 단계는 고급 기술이 필요하고 접목 된 식물의 생존의 열쇠입니다. 우선, 58°C의 500 밀리리터 비커에 병에 박진 씨앗을 담급니다. 수온이 섭씨 40도까지 떨어질 때까지 가끔 씨앗을 저어줍니다.물이 식는 동안, 나일론 가방에 이탄 토양 3킬로그램을 넣고 오토클레이브합니다. 물이 실온에 도달하면 씨앗을 증류수로 2~3회 헹구고 여분의 물을 배출합니다. 어두운 성장 챔버에서 28섭씨에서 씨앗이 거즈 백에 새싹을 넣도록 하십시오.발아 후, 멸균 토탄 토양으로 가득 플라스틱 냄비에 씨앗을 뿌리. 병 박 모종두가 두 개의 평평한 코틸레던을 개발할 때, 수박 씨앗으로이 과정을 반복하십시오. 성장 챔버에서 병 박과 수박 묘목을 성장.오후에 하루에 한 번 모종에 물을 넣습니다. 다음으로, 코틸레던 아래 2~3센티미터 의 수박 묘목의 고압을 자른다. 코틸레톤 바로 위에 있는 병 통 묘목의 상단을 잘라냅니다.그런 다음 이쑤시개를 사용하여 다듬어진 병 통 모종의 상단에 구멍을 만듭니다. 손질된 수박 묘목을 구멍에 삽입하여 이종이식을 만듭니다. 이 후, 이전에 설명된 방법을 사용하여 균형 이식을 준비한다.첫째, 접목된 모종을 투명 폴리에틸렌 백에 싸서 습도가 상대적으로 높게 유지합니다. 그런 다음 7 일 동안 성장 챔버에서 포장 된 묘목을 유지합니다. 일곱 번째 날 이후에는 가방을 제거하고 식물이 7 일에서 10 일 동안 동일한 조건에서 자랄 수 있도록하십시오.모종을 두 그룹으로 나눕니다. 제어 묘목을 동일한 환경 조건으로 반환합니다. 차가운 처리된 묘목을 대조군과 동일한 밝은 어두운 조건으로 섭씨 6도로 설정된 성장 챔버에 놓습니다.48 시간 후, 접목에서 접종과 뿌리 줄기의 샘플을 둡니다. 액체 질소에 즉시 샘플을 동결 하 고 영하 70섭씨에 저장. 냉동 샘플을 액체 질소의 2밀리리터 미세 원심분리기 튜브로 이송합니다.각 샘플 튜브에 스테인레스 스틸 비드를 추가하고 조직을 미세 분말에 균질화합니다. 각 이식 조합에 대 한, 10 모종에서 지상 샘플의 동일한 금액을 가지고 10 밀리 리터 원심 분리 튜브에 혼합. 적절한 양의 가미염 시약을 추가합니다.다음으로, RNA가 없는 DNase를 1시간 동안 섭씨 37도에서 밀리리터당 1~150단위를 추가합니다. 그런 다음 마이크로 모세관 전기 포근 시스템에서 총 RNA 양을 결정합니다. 이 후 라이브러리 정규화 시약 및 어댑터를 해동합니다.그런 다음 다섯 개의 프라임 및 3 개의 프라임 어댑터로 작은 RNase를 리디게이트하고, 그들을 엘리트하고 정화합니다. 역전사는 제조업체의 지침에 따라 5개의 프라임과 3개의 프라임 리그작은 RNase를 전사합니다. 다음으로 제조업체의 프로토콜에 따라 PCR 증폭을 수행합니다.그런 다음 미세 칼 전기 전광 시스템을 사용하여 RNA 무결성 수가 7 개 보다 큰지 확인합니다. RNA 무결성 수가 7개 이상인지 확인하기 위해 마이크로모세필리 전기포고시스템에 RNA 라이브러리의 마이크로리터 1개를 적재한다. 마지막으로, 높은 처리량 시퀀싱 기기에 작은 RNA 라이브러리를 서열한다.이 프로토콜을 사용하여 접목 및 실온 및 냉부 응력 조건에 대한 표현형에 대한 98%의 생존율을 얻었다. 24개의 뉴클레오티드의 sRNA는 온도 처리에 관계없이 모든 접목 조합에서 sRNAs의 가장 큰 클래스를 구성했습니다. 감기 치료의 48 시간 후, 30 및 268 microRNA는 각각 위아래로 조절되었다.이종 이식에 있는 자손의 잎에서, 반대로, 뿌리 줄기의 잎에서, 31 및 12 microRNA는 각각 위아래로 통제되었습니다. 수박 수박 균질 이식에서, 64 및 83 microRNA는 각각 위아래로 통제되었습니다. 이것은 이종 이식이 microRNA 표현의 심오한 재프로그래밍을 일으키는 원인이 되었다는 것을 보여주었습니다.이 절차를 시도하는 동안, 딸 줄기의 상대적 크기와 나이를 기억하는 것이 중요하고 자손은 성공적인 접목을 만드는 데 중요합니다. 이 절차에 따라, 접목 시스템에서 lncRNA 및 단백질 및 코딩 시스템의 조절을 조사하기 위해 lncRNA 시퀀싱, 프로테오믹 프로파일링을 같은 다른 방법이 수행될 수 있다. 개발 후, 이 기술은 Cucurbitaceae 및 그 너머에 있는 식물 이식 이점의 메커니즘을 탐구하기 위하여 식물 무생물 내성의 필드에 있는 연구를 위한 도로를 포장했습니다.구아니딘 염산염으로 일하는 것은 매우 위험할 수 있으며 적절한 예방 조치는 항상 이 절차를 수행해야 한다는 것을 잊지 마십시오.

Research

JoVE Journal

Environment

Transcript and Metabolite Profiling for the Evaluation of Tobacco Tree and Poplar as Feedstock for the Bio-based Industry

바이오 기반 산업을위한 원료로 담배 나무와 포플러의 평가에 대한 성적 증명서 및 대사 산물 프로파일

The global demand for food, feed, energy, and water poses extraordinary challenges for future generations. It is evident that robust platforms for the ...

연구

환경과학

The Use of High-resolution Infrared Thermography (HRIT) for the Study of Ice Nucleation and Ice Propagation in Plants

The Use of High-resolution Infrared Thermography HRIT for the Study of Ice Nucleation and Ice Propagation in Plants

식물의 얼음 핵 얼음 전파의 연구에 대한 고해상도 적외선 체열 (HRIT)의 사용

Freezing events that occur when plants are actively growing can be a lethal event, particularly if the plant has no freezing tolerance. Such frost events ...

Empirical, Metagenomic, and Computational Techniques Illuminate the Mechanisms by which Fungicides Compromise Bee Health

실험, Metagenomic, 및 계산 기법 밝히는 어떤 균 타협 꿀벌 건강 메커니즘

Growers often use fungicide sprays during bloom to protect crops against disease, which exposes bees to fungicide residues. Although considered ...

Protocol for Microplastics Sampling on the Sea Surface and Sample Analysis

바다 표면 및 샘플 분석에 Microplastics 샘플링을위한 프로토콜

Microplastic pollution in the marine environment is a scientific topic that has received increasing attention over the last decade. The majority of ...

Extraction of Organochlorine Pesticides from Plastic Pellets and Plastic Type Analysis

플라스틱 펠렛 및 플라스틱 유형 분석에서 유기 염소 농약의 추출

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment ...

Experimental Column Setup for Studying Anaerobic Biogeochemical Interactions Between Iron (Oxy)Hydroxides, Trace Elements, and Bacteria

Experimental Column Setup for Studying Anaerobic Biogeochemical Interactions Between Iron OxyHydroxides, Trace Elements, and Bacteria

(옥 시) 철 수 산화물, 성분, 및 박테리아 혐 기성 생물 지구 화학적 상호 작용을 공부에 대 한 실험 열 설정

Fate and speciation of trace elements (TEs), such as arsenic (As) and mercury (Hg), in aquifers are closely related to physio-chemical conditions, such as ...

Ecosystem Fabrication (EcoFAB) Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

Ecosystem Fabrication EcoFAB Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

식물-미생물 상호작용 연구 위한 실험실 생태계의 건설에 대 한 생태계 제조 (EcoFAB) 프로토콜

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A ...

Experimental Study of the Relationship Between Particle Size and Methane Sorption Capacity in Shale

입자 크기와 셰 일에서 메탄 수 착 용량 사이의 관계의 실험적 연구

The amount of adsorbed shale gas is a key parameter used in shale gas resource evaluation and target area selection, and it is also an important standard ...

Harvesting Venom Toxins from Assassin Bugs and Other Heteropteran Insects

독 독 소 암살자 버그와 다른 Heteropteran 곤충에서 수확

Heteropteran insects such as assassin bugs (Reduviidae) and giant water bugs (Belostomatidae) descended from a common predaceous and venomous ancestor, ...

Choice and No-Choice Bioassays to Study the Pupation Preference and Emergence Success of Ectropis grisescens

Choice and No-Choice Bioassays to Study the Pupation Preference and Emergence Success of Ectropis grisescens

선택 및 아니오 선택 생물 검정 Pupation 환경과 Ectropis grisescens 의 출현 성공 공부

Many insects live above the ground as larvae and adults and as pupate below the ground. Compared to the above-ground stages of their life cycles, less ...