Name: producing gene deletions in escherichia coli by p1 transduction with excisable antibiotic resistance cassettes
Uploaded: 2018-09-01T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes at JoVE.com

कईयो संग्रह उपभेदों राष्ट्रीय संसाधन परियोजना (काटकर चिकना करना, जापान): ई. कोलाईसे प्राप्त किया गया । हम अपने सतत समर्थन के लिए कटार लिंक (विज्ञान विभाग, ओस्लो विश्वविद्यालय) धंयवाद । यह काम नॉर्वे के युवा शोधकर्ता अनुदान २४९७९३ के अनुसंधान परिषद द्वारा वित्त पोषित किया गया (जैक सी लियो को) ।

1. उपभेदों और Plasmids
<ol><li>
बैक्टीरियल उपभेदों
	<ol>
<li>ई. कोलाई उपभेदों BW251135, JW4179 (BW25113 तम:: कान)7, BL21 (DE3)20, और BL21ΔABCF21का उपयोग करें । अधिक जानकारी के लिए सामग्री की तालिका...

<ol>
	<li>Blount, Z. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+unexhausted+potential+of+E.+coli.">The unexhausted potential of E. coli.</a> eLife. 4, e05826 (2015).</li><li>Hamilton, C. M., Aldea, M., Washburn, B. K., Babitzke, P., Kushner, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+method+for+generating+deletions+and+gene+replacements+in+Escherichia+coli.">New method for generating deletions and gene replacements in Escherichia coli.</a> Journal of Bacteriology. 171 (9), 4617-4622 (1989).</li><li>Link, A. J., Phillips, D., Church, G. 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The mode of phage liberation by lysogenic Escherichia coli.</a> Journal of Bacteriology. 62 (3), 293-300 (1951).</li><li>Hanahan, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+transformation+of+Escherichia+coli+with+plasmids.">Studies on transformation of Escherichia coli with plasmids.</a> Journal of Molecular Biology. 166 (4), 557-580 (1983).</li><li>Leo, J. C., Oberhettinger, P., Linke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+the+outer+membrane+insertion+and+folding+of+multimeric+transmembrane+&#946;-barrel+proteins.">Assessing the outer membrane insertion and folding of multimeric transmembrane &#946;-barrel proteins.</a> Methods in Molecular Biology. , 157-167 (2015).</li><li>Mikula, K. M., Leo, J. C., &#321;yskowski, A., Kedracka-Krok, S., Pirog, A., Goldman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+translocation+domain+in+trimeric+autotransporter+adhesins+is+necessary+and+sufficient+for+trimerization+and+autotransportation.">The translocation domain in trimeric autotransporter adhesins is necessary and sufficient for trimerization and autotransportation.</a> Journal of Bacteriology. 194 (4), 827-838 (2012).</li><li>Thomason, L. C., Costantino, N., Court, D. L., Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=E.+coli+genome+manipulation+by+P1+transduction.">E. coli genome manipulation by P1 transduction.</a> Current Protocols in Molecular Biology. , (2007).</li><li>Franklin, N. 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R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coliphage+P1-mediated+transduction+of+cloned+DNA+from+Escherichia+coli+to+Myxococcus+xanthus:+use+for+complementation+and+recombinational+analyses.">Coliphage P1-mediated transduction of cloned DNA from Escherichia coli to Myxococcus xanthus: use for complementation and recombinational analyses.</a> Journal of Bacteriology. 155 (1), 317-329 (1983).</li></ol>

P1 transduction ई. कोलाईमें जीन विलोपन पैदा करने के लिए एक तेज, मजबूत, और विश्वसनीय तरीका है । यह यहां transducing द्वारा एक कईयो दाता तनाव से एक BL21-व्युत्पंन प्राप्तकर्ता को एक तम विलोपन उत्परिवर्ती प्रदर्शन किया ...

एक आम पहले दृष्टिकोण के लिए एक जीन के समारोह का अध्ययन करने के लिए दस्तक mutagenesis बाहर प्रदर्शन और परिणामस्वरूप phenotype का निरीक्षण है । यह भी रिवर्स आनुवंशिकी का कार्यकाल है । जीवाणु ई. कोलाई पिछले ७० साल या तो के लिए आणविक जीवविज्ञान के workhorse गया है, अपनी संवर्धन और आनुवंशिक हेरफेर1के लिए अपनी सुविधा की आसानी की वजह से । कई तरीकों ई. कोलाईमें जीन विलोपन का उत्पादन करने के लिए विकसित किया गया है, मार्कर एक्सचेंज mutagenesis सहित2,3 और, अधिक हाल ही में, recombineering का उपयोग कर λ लाल या आरएसी एट सिस्टम4,5 , 6.
एक व्यापक रूप से इस्तेमाल किया प्रणाली में, व्यक्तिगत जीन की कोडिंग अनुक्रम एक एंटीबायोटिक प्रतिरोध कैसेट है कि बाद में5गुणसूत्र,7से उत्पादीकरण किया जा सकता है द्वारा प्रतिस्थापित कर रहे हैं । कोडिंग अनुक्रम, उदाहरण के लिए एक कनमीसिन (कान) प्रतिरोध कैसेट, जो flippase (FLP) मांयता लक्ष्य (FRT) दोनों ओर साइटों द्वारा पार्श्व है द्वारा प्रतिस्थापित कर रहे हैं । FRT साइटों recombinase FLP, जो FRT कान कैसेट के विलोपन के लिए अग्रणी साइटों के बीच साइट विशिष्ट पुनर्संयोजन मध्यस्थता द्वारा मांयता प्राप्त कर रहे हैं । इस तरह, एक दिया है जीन कोडिंग अनुक्रम का पूरा विलोपन प्राप्त किया जा सकता है, लगभग १०० आधार जोड़े (बीपी) (चित्रा 1) के केवल एक ंयूनतम निशान अनुक्रम पीछे जा ।
बस एक दशक से अधिक पहले, तथाकथित कईयो संग्रह विकसित किया गया था । यह एक जीवाणु एक मानक प्रयोगशाला ई. कोलाई K12 तनाव, पर आधारित पुस्तकालय है, जहां लगभग सभी गैर आवश्यक जीन व्यक्तिगत रूप से λ लाल पुनर्संयोजन द्वारा नष्ट कर दिया गया7,8। इस संग्रह के भीतर क्लोन प्रत्येक एक कोडन अनुक्रम एक उत्पादत्मक कान प्रतिरोध कैसेट के साथ प्रतिस्थापित किया है । कईयो संग्रह के लिए कई आवेदन9के लिए एक उपयोगी उपकरण साबित हो गया है । ऐसा ही एक आवेदन अंय ई. कोलाई उपभेदों में विलोपन म्यूटेंट का उत्पादन है । एक दिया विलोपन क्लोन से कान कैसेट ऐसे P110,11,12,13,14के रूप में आम तौर पर transducing bacteriophages, द्वारा जुटाया जा सकता है । एक फेज इस तरह के एक तनाव से तैयार स्टॉक तो ब्याज की एक प्राप्तकर्ता ई. कोलाई तनाव को संक्रमित किया जा सकता है, जहां एक कम लेकिन विश्वसनीय आवृत्ति पर कान कैसेट युक्त क्षेत्र मुताबिक़ पुनर्संयोजन द्वारा प्राप्तकर्ता जीनोम में शामिल किया जा सकता है (चित्रा 2) । Transductants के लिए कान युक्त मध्यम पर विकास के लिए चुना जा सकता है । इस के बाद, यदि एंटीबायोटिक प्रतिरोध कैसेट को हटाने वांछित है, FLP recombinase ट्रांस में transductant तनाव को आपूर्ति की जा सकती है । FLP युक्त प्लाज्मिड, जो एक एम्पीसिलीन (amp) प्रतिरोध मार्कर, कान और amp के प्रति संवेदनशील क्लोन किया जाता है इलाज के बाद, और जंगली प्रकार कोडिंग अनुक्रम और कान कैसेट के सही उत्पाद कॉलोनी पीसीआर द्वारा सत्यापित कर रहे हैं ।
यहां, एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया है, एक नॉक आउट ई. कोलाई ऊपर उल्लिखित रणनीति के आधार पर तनाव के उत्पादन में कदम से प्रत्येक का वर्णन । उदाहरण के रूप में, तम जीन को हटाने का प्रदर्शन किया जाता है । तम encodes एक बाहरी झिल्ली β-बैरल प्रोटीन है कि परिवहन और विधानसभा मॉड्यूल (टैम), जो कुछ ही ट्रांसपोर्टर प्रोटीन और पिली15,16,17की उत्पत्ति में शामिल है का एक हिस्सा है । इस नॉक आउट तनाव के कारण दो trimeric के adhesins (ताळा), Yersinia adhesin बेकार और ई. कोलाई immunoglobulin (़)-बाध्यकारी ताा EibD की उत्पत्ति पर तमोगुण विलोपन के प्रभाव की जांच की गई । 18,19.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Strains</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli BW25113</td>
			<td>NIG</td>
			<td>ME6092</td>
			<td>Wild-type strain of Keio collection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli BL21(DE3)</td>
			<td>Merck</td>
			<td>69450-3</td>
			<td>Expression strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli BL21DABCF</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>102270</td>
			<td>Derived from BL21(DE3)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli JW4179</td>
			<td>NIG</td>
			<td>JW4179-KC</td>
			<td>tamA deletion mutant</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>P1 vir</td>
			<td>NIG</td>
			<td>HR16</td>
			<td>Generally transducing bacteriophage</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plasmids</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pCP20</td>
			<td>CGSC</td>
			<td>14177</td>
			<td>conditionally replicating plasmid with FLP</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pASK-IBA2</td>
			<td>IBA GmbH</td>
			<td>2-1301-000</td>
			<td>expression vector</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pEibD10</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
			<td>for production of EibD; plasmid available on request</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pET22b+</td>
			<td>Merck</td>
			<td>69744-3</td>
			<td>expression vector</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pIBA2-YadA</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
			<td>for production of YadA; plasmid available on request</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chemicals</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic acid</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>33209</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>BD Bacto</td>
			<td>214010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>50004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Applichem</td>
			<td>A0839</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anhydrotetracycline</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab145350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>anti-collagen type I antibody COL-1</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C2456</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine collagen type I</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C9791</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride</td>
			<td>Merck</td>
			<td>102382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Merck</td>
			<td>102445</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Di-sodium hydrogen phosphate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>28029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA dye</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>S33102</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA molecular size marker</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>N3232S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNase I</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>DN25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP mix</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>N0447</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ECL HRP substrate</td>
			<td>Advansta</td>
			<td>K-12045</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Applichem</td>
			<td>A2937</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol</td>
			<td>VWR</td>
			<td>24388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>goat anti-mouse IgG-HRP</td>
			<td>Santa Cruz</td>
			<td>sc-2005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>goat anti-rabbit IgG-HRP</td>
			<td>Agrisera</td>
			<td>AS10668</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>VWR</td>
			<td>30487</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropyl thiogalactoside</td>
			<td>VWR</td>
			<td>43714</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin</td>
			<td>Applichem</td>
			<td>A1493</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Applichem</td>
			<td>A4972</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>VWR</td>
			<td>25108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manganese chloride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>221279</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-lauroyl sarcosine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L9150</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Skim milk powder</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>70166</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>VWR</td>
			<td>27808</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tamA forward primer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Sequence 5&#39;-GAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTG-3&#39;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tamA reverse primer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Sequence 5&#39;-TCATAATTCTGGCCCCAGACC-3&#39;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq DNA polymerase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0267</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tri-sodium citrate</td>
			<td>Merck</td>
			<td>106448</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone</td>
			<td>VWR</td>
			<td>84610</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween20</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P1379</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Merck</td>
			<td>103753</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose gel electrophoresis chamber</td>
			<td>Hoefer</td>
			<td>SUB13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bead beater</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>FP120A-115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCD camera</td>
			<td>Kodak</td>
			<td>4000R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electroporation cuvettes</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>165-2089</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electroporation unit</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1652100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel imager</td>
			<td>Nippon Genetics</td>
			<td>GP-03LED</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubating shaker</td>
			<td>Infors HT</td>
			<td>Minitron</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>390-0482</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microwave oven</td>
			<td>Samsung</td>
			<td>CM1099A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR machine</td>
			<td>Biometra</td>
			<td>Tpersonal</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR strips</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>PCR-0208-CP-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH meter</td>
			<td>Hanna Instruments</td>
			<td>HI2211-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PVDF membrane</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>88518</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS-PAG electrophoresis chamber</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A25977</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tabletop centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>B06322</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex mixer</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>GFL</td>
			<td>D3006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wet transfer unit</td>
			<td>Hoefer</td>
			<td>TE22</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

producing gene deletions in escherichia coli by p1 transduction with excisable antibiotic resistance cassettes

एक पहले दृष्टिकोण के लिए बैक्टीरिया में एक अज्ञात जीन के समारोह का अध्ययन करने के लिए एक दस्तक इस जीन का बना है । यहां, हम भोजी P1 के साथ सामान्यीकृत transduction का उपयोग करके एक दूसरे के लिए एक ई कोलाई तनाव से जीन विलोपन उत्परिवर्तनों के हस्तांतरण के लिए एक मजबूत और तेजी से प्रोटोकॉल का वर्णन । इस विधि की आवश्यकता है कि उत्परिवर्तन चयन किया जा (जैसे, जीन व्यवधान एंटीबायोटिक कैसेट निवेशन का उपयोग कर के आधार पर) । इस तरह के एंटीबायोटिक कैसेट एक दाता तनाव से जुटाया जा सकता है और ब्याज की एक प्राप्तकर्ता तनाव में शुरू करने के लिए जल्दी और आसानी से एक जीन विलोपन उत्परिवर्ती उत्पंन । एंटीबायोटिक कैसेट को flippase मांयता साइटों है कि एक साइट द्वारा कैसेट के उत्पाद विशेष recombinase एक साफ नॉक आउट केवल एक ~ १००-आधार जोड़ी-जीनोम में लंबे निशान अनुक्रम के साथ उत्पादन की अनुमति शामिल डिजाइन किया जा सकता है । हम एक विधानसभा में शामिल तम जीन एंकोडिंग के द्वारा प्रोटोकॉल का प्रदर्शन ट्रांसपोर्टर के साथ जुड़े हुए हैं और इस नॉक-आउट के प्रभाव का परीक्षण करते हैं, जो दो trimeric ट्रांसपोर्टर adhesins के काम करते हैं । हालांकि P1 transduction द्वारा जीन विलोपन अपनी सीमाओं, आसानी और उसके कार्यांवयन की गति है यह जीन विलोपन के अंय तरीकों के लिए एक आकर्षक विकल्प है ।

BL21ΔABCF की एक तम नॉक आउट पीढ़ी:
ऊपर उल्लिखित रणनीति पहले BL21 के एक व्युत्पंन तनाव (DE3), एक मानक प्रयोगशाला प्रोटीन उत्पादन है, जो बाहरी झिल्ली प्रोटीन उत्पादन के लिए अनुकू?...

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Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes

उत्पादत्मक एंटीबायोटिक प्रतिरोध कैसेट्स के साथ P1 Transduction द्वारा ई कोलाई में जीन विलोपन का उत्पादन

यहां हम पूर्व के उपयोग के लिए एक प्रोटोकॉल वर्तमान एंटीबायोटिक प्रतिरोध-कैसेट विलोपन अंय ई. कोलाई उपभेदों में हटाने म्यूटेंट बनाने के लिए एक आधार के रूप में निर्माण । ऐसे विलोपन उत्परिवर्तनों जुटाया जा सकता है और एक प्राप्तकर्ता P1 भोजी transduction का उपयोग कर तनाव के इसी लोकस में डाला ।

A first approach to study the function of an unknown gene in bacteria is to create a knock-out of this gene. Here, we describe a robust and fast protocol ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes

Rearing and Double-stranded RNA-mediated Gene Knockdown in the Hide Beetle, Dermestes maculatus

Rearing and Double-stranded RNA-mediated Gene Knockdown in the Hide Beetle, Dermestes maculatus

पालन ​​और मिटायें बीटल में डबल असहाय शाही सेना की मध्यस्थता जीन पछाड़ना,<em&gt; Dermestes maculatus</em

Advances in genomics have raised the possibility of probing biodiversity at an unprecedented scale. However, sequence alone will not be informative ...

QTL Mapping and CRISPR/Cas9 Editing to Identify a Drug Resistance Gene in Toxoplasma gondii

QTL Mapping and CRISPR/Cas9 Editing to Identify a Drug Resistance Gene in Toxoplasma gondii

QTL मैपिंग और सीआरआईएसपीआर / सीएस 9 में एक ड्रग प्रतिरोध जीन को पहचानने के लिए संपादन<em&gt; टोक्सोप्लाज्मा गोंडी</em

Scientific knowledge is intrinsically linked to available technologies and methods. This article will present two methods that allowed for the ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

इष्टतम गुणसूत्र स्थान का निर्धारण (ओं) एक डीएनए तत्व के लिए एक उपंयास Transposon-मध्यस्थता दृष्टिकोण का उपयोग कर ई कोलाई में

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells

एक मानक पद्धति पर जांच करने के लिए साइट Mutagenicity के एक समारोह के रूप में बिंदु उत्परिवर्तन मरंमत Catalyzed द्वारा CRISPR/Cas9 और SsODN मानव कोशिकाओं में

Combinatorial gene editing using CRISPR/Cas9 and single-stranded oligonucleotides is an effective strategy for the correction of single-base point ...

Generation of a Gene-disrupted Streptococcus mutans Strain Without Gene Cloning

Generation of a Gene-disrupted Streptococcus mutans Strain Without Gene Cloning

जीन क्लोनिंग के बिना एक जीन-बाधित स्ट्रेप्टोकोकस mutans तनाव की पीढ़ी

Typical methods for the elucidation of the function of a particular gene involve comparative phenotypic analyses of the wild-type strain and a strain in ...

Measuring Gene Expression in Bombarded Barley Aleurone Layers with Increased Throughput

वृद्धि का प्रवाह के साथ बमबारी जौ Aleurone परतों में जीन अभिव्यक्ति मापने

The aleurone layer of barley grains is an important model system for hormone-regulated gene expression in plants. In aleurone cells, genes required for ...

Testing the Role of Multicopy Plasmids in the Evolution of Antibiotic Resistance

एंटीबायोटिक प्रतिरोध के विकास में Multicopy Plasmids की भूमिका का परीक्षण

Multicopy plasmids are extremely abundant in prokaryotes but their role in bacterial evolution remains poorly understood. We recently showed that the ...

Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry

मल्टीप्लेक्स Genotyping और जनसंचार स्पेक्ट्रोमेट्री के साथ नैदानिक पलटन अध्ययन में उंमीदवार जीन परीक्षण

Complex diseases are often underpinned by multiple common genetic variants that contribute to disease susceptibility. Here, we describe a cost-effective ...

CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein-mediated Precise Gene Editing by Tube Electroporation

CRISPR/Cas9 Ribonucleoप्रोटीन-मध्यस्थ सटीक जीन संपादन द्वारा ट्यूब इलेक्ट्रोपोरेशन

Gene editing nucleases, represented by CRISPR-associated protein 9 (Cas9), are becoming mainstream tools in biomedical research. Successful delivery of ...

Quantification of Plasmid-Mediated Antibiotic Resistance in an Experimental Evolution Approach

एक प्रायोगिक विकास दृष्टिकोण में प्लाज्मिड-मध्यस्थता एंटीबायोटिक प्रतिरोध का परिमाणीकरण

Plasmids play a major role in microbial ecology and evolution as vehicles of lateral gene transfer and reservoirs of accessory gene functions in microbial ...