Name: a chromatin immunoprecipitation assay to identify novel nfat2 target genes in chronic lymphocytic leukemia
Uploaded: 2018-12-04T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Chromatin Immunoprecipitation Assay to Identify Novel NFAT2 Target Genes in Chronic Lymphocytic Leukemia at JoVE.com

Questo lavoro è stato supportato dal DFG concedere MU 3340/1-1 e la Deutsche Krebshilfe concedere 111134 (sia assegnato a lollo). Ringraziamo Elke Malenke per l'eccellente assistenza tecnica).

Tutti gli esperimenti condotti con materiale umano sono stati approvati dal comitato etico dell'Università di Tübingen e consenso informato è stato ottenuto da tutti i pazienti che hanno contribuito campioni a questo studio.
1. isolamento e stimolazione di Jurkat cellule
Nota: Per ottimizzare il protocollo, utilizzare la linea cellulare Jurkat che è noto che esprimono alti livelli di NFAT2. Tutti i passaggi sono eseguiti sotto cappa a flusso laminare.
<ol><li>...

I passaggi critici di esecuzione di un test di ChIP successo sono la selezione di un anticorpo appropriato e l'ottimizzazione della cromatina tosatura processo25. La selezione dell'anticorpo αNFAT2 ha dimostrato di essere particolarmente impegnativo durante lo sviluppo del presente protocollo. Mentre ci sono parecchi anticorpi αNFAT2 disponibili in commercio e la maggior parte di questi funziona bene per macchiarsi occidentale e altre applicazioni, clone 7A6 era l'unico anticorpo che potrebbe es...

Leucemia linfocitaria cronica (CLL) rappresenta la leucemia più comune negli adulti nei paesi occidentali, che esibiscono distinto accumulo di CD19, CD23 e CD5 esprimendo maturo B cellule1. Maggior parte dei pazienti mostrano un decorso indolente, che non necessitano di un trattamento specifico per molti anni. Al contrario, alcuni pazienti mostrano progressione rapida che richiedono immediati interventi terapeutici con immunitario-chemioterapia o altre terapie mirate2,3. Fattore nucleare delle cellule di T attivate (NFAT) è una famiglia di fattori di trascrizione che controllano vari inerente allo sviluppo e processi di attivazione in numerose cellule tipi4,5,6. Recentemente abbiamo dimostrato la sovraespressione e attivazione costituzionale di NFAT2 in cellule di CLL da pazienti con malattia indolente7. Qui, regola uno stato non rispondono alla stimolazione del recettore delle cellule B chiamato anergy7. Per dimostrare che NFAT2 si lega al promotore del linfocita specifico proteina tirosina chinasi (LCK) e regola l'espressione di LCK in cellule umane di CLL, un'analisi di immunoprecipitazione della cromatina specifici (ChIP) è stato sviluppato e impiegato.
ChIP è una delle diverse tecniche per studiare il ruolo dei fattori di trascrizione genica espressione8. Espressione genica è strettamente orchestrato in un modo molto complesso da parecchi regolatori con fattori di trascrizione prendendo una parte insostituibile in questo processo9,10,11,12. Fattori di trascrizione che regolano l'espressione genica in un contesto spaziale e temporale sono state identificate in numerose specie (ad es., per lo sviluppo ed il differenziamento)13,14,15, 16,17,18. Errori nei meccanismi di controllo intricato che coinvolgono fattori di trascrizione possono condurre ad una varietà di processi patologici compreso cancro19,20. Quindi, identificazione dei fattori di trascrizione e i rispettivi obiettivi potrebbe offrire nuove vie terapeutiche21,22. Per studiare questo campo intrigante diversi metodi sono disponibili come ChIP, analisi dello spostamento di mobilità elettroforetica (EMSA), vari saggi di pull-down di DNA e reporter-saggi8,11,12, 23 , 24.
Per dimostrare che un certo fattore di trascrizione interagisce con regioni specifiche del genoma in vivo ChIP è una tecnica ideale25. Per questo scopo, DNA e proteine associate in cellule viventi sono reticolate mediante irradiazione UV o formaldeide (ChIP con collegamenti incrociati, XChIP). Questo passaggio viene omesso per ottenere migliore DNA e proteina recupero nel cosiddetto nativo ChIP (NChIP)26. I complessi della DNA-proteina sono successivamente tranciati di sonicazione in frammenti di circa 200-500 paia di basi (bp) e immunoprecipitati dai detriti cellulari utilizzando un anticorpo specifico contro il fattore di trascrizione di interesse. I frammenti di DNA associati sono quindi purificati e caratterizzati da PCR, clonazione molecolare e sequenziamento. Tecniche alternative utilizzano microarrays (ChIP-on-Chip) o il sequenziamento di nuova generazione (ChIP-Seq) per analizzare il DNA immunoprecipitato.
ChIP è stato introdotto da Gilmour e Lis nel 1984 quando usati UV luce a legame covalente del DNA cross-link e associato a proteine in vita batteri27. Dopo la lisi cellulare e immunoprecipitazione della RNA polimerasi batterica, sonde specifiche di geni noti sono state usate per mappare la distribuzione in vivo e la densità della RNA polimerasi. Il metodo è stato successivamente utilizzato dai ricercatori stessi per analizzare la distribuzione della polimerasi II del RNA eucariotica su geni di proteina shock termico in Drosophila28. Il dosaggio di XChIP fu ulteriormente perfezionato da Varshavsky e colleghe che usò il formaldeide cross-linking per studiare l'associazione dell'istone H4 con heat shock protein geni29,30. L'approccio di NChIP, che porta il vantaggio di un migliore recupero di DNA e proteine a causa di epitopi naturalmente intatti e, pertanto, una maggiore specificità dell'anticorpo, in primo luogo è stato descritto da Hebbes e colleghi nel 198831.
Il vantaggio del ChIP rispetto ad altre tecniche per analizzare le interazioni della DNA-proteina è, infatti, che l'interazione effettiva di un fattore di trascrizione può essere studiato in vivo e senza sonde o condizioni artificiali create da buffer o gel sono impiegato8,11,12. Combinando il ChIP con sequenziamento di nuova generazione, obiettivi multipli possono essere identificati simultaneamente.
Principali limitazioni di questa tecnica sono sua applicabilità limitata ai saggi su larga scala in organismi intatto25. L'analisi dei pattern di espressione genica differenziale può anche essere impegnativo utilizzando tecniche di ChIP se le rispettive proteine sono espresse solo a livelli bassi o finestra temporale stretto. Un altro fattore potenzialmente limitante è la disponibilità di un anticorpo appropriato adatto per ChIP11.
Il protocollo di ChIP qui presentato possa essere impiegato per l'identificazione in vivo dei geni bersaglio di un fattore di trascrizione mediante PCR quantitativa in tempo reale (qRT-PCR). In particolare, l'obiettivo era di identificare nuovi target geni di NFAT2 in CLL. ChIP è stato scelto per il suo potenziale per dimostrare direttamente l'associazione di NFAT2 per le regioni promotrici dei geni bersaglio diverse condizioni naturali in cellule umane del paziente di CLL.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 X PBS</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>D8537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5 mL tube shaker Themomixer comfort</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5355 000.011</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Bolt Sample Reducing Agent</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>B0009</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20X Bolt MES SDS Running Buffer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>B0002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>37 % Formaldehyde p.a., ACS</td>
			<td>Roth</td>
			<td>4979.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4X Bolt LDS Sample Buffer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>B0007</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-NFAT2 antibody</td>
			<td>Alexis</td>
			<td>1008505</td>
			<td>Clone 7A6</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-NFAT2 antibody</td>
			<td>Cell Signaling</td>
			<td>8032S</td>
			<td>Clone D15F1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-NFAT2 antibody ChIP Grade</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab2796</td>
			<td>Clone 7A6</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>big Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5804R</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CD19-FITC mouse Anti-human</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>555412</td>
			<td>Clone &#160;HIB19</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CD5-PE mouse Anti-human CD5&#160;</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>555353</td>
			<td>Clone &#160;UCHT2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Density gradient medium Biocoll&#160; (Density 1,077 g/ml)</td>
			<td>Merck</td>
			<td>L 6115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA LoBind Tube 1.5 mL</td>
			<td>eppendorf</td>
			<td>22431021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FBS superior</td>
			<td>Merck</td>
			<td>S0615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flow Cytometer</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>FACSCalibur</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Halt Protease and Phosphatase Inhibitor Cocktail (100X)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>78440</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>iBlot 2 Gel Transfer Device</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>IB21001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>iBlot 2 Transfer Stacks, nitrocellulose, regular size</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>IB23001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>iDeal ChIp-seq kit for Histones</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C01010059</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ionomycin calcium salt</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>I3909</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IRDye 680LT Donkey anti-Rabbit IgG (H + L), 0.5 mg</td>
			<td>LI-COR Biosciences</td>
			<td>926-68023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IRDye 800CW Goat anti-Mouse IgG (H + L), 0.1 mg</td>
			<td>LI-COR Biosciences</td>
			<td>925-32210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LI-COR Odyssey Infrared Imaging System</td>
			<td>LI-COR Biosciences</td>
			<td>B446</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightCycler 480 Multiwell Plate 96, white</td>
			<td>Roche</td>
			<td>4729692001</td>
			<td>Can be substituted with other plates in different real-time PCR instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysing Solution&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; OptiLyse B</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>IM1400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>M220 AFA-grade water</td>
			<td>Covaris</td>
			<td>520101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>M220 Focused-ultrasonicator</td>
			<td>Covaris</td>
			<td>500295</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnetic rack, DynaMag-15 Magnet</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12301D</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEM Non-Essential Amino Acids Solution 100X</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>11140050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Axiovert 25</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>451200</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>microTUBE AFA Fiber Pre-Slit Snap-Cap 6x16mm</td>
			<td>Covaris</td>
			<td>520045</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neubauer improved counting chamber</td>
			<td>Karl Hecht GmbH &#38;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; Co KG</td>
			<td>40442012</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NH4 Heparin Monovette</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>02.1064</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-free water</td>
			<td>Promega</td>
			<td>P1193</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NuPAGE 4-12% Bis-Tris Protein Gels, 1.0 mm, 15-well</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>NP0323BOX</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Odyssey&#174; Blocking Buffer (TBS) 500 mL</td>
			<td>LI-COR Biosciences</td>
			<td>927-50000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin/Streptomycin 100X</td>
			<td>Merck</td>
			<td>A2213</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PerfeCTa SYBR Green FastMix</td>
			<td>Quanta Bio</td>
			<td>95072-012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PMA</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>P1585</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer CD40L promotor region forward</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-ACTCGGTGTTAGCCAGG-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer CD40L promotor region reverse</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-GGGCTCTTGGGTGCTATTGT -3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer IL-2 promotor region forward</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-TCCAAAGAGTCATCAGAAGAG-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer IL-2 promotor region reverse</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-GGCAGGAGTTGAGGTTACTGT-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer LCK promotor region forward</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-CAGGCAAAACAGGCACACAT-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primer LCK promotor region reverse</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td></td>
			<td>5&#8217;-CCTCCAGTGACTCTGTTGGC-3&#8217;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit mAb IgG XP Isotype Control</td>
			<td>Cell Signaling</td>
			<td># 3900S</td>
			<td>Clone DA1E</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Real-time PCR instrument</td>
			<td>Roche</td>
			<td>LightCycler 480</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Roller mixers</td>
			<td>Phoenix Instrument</td>
			<td>RS-TR 5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RPMI 1640 Medium, GlutaMAX Supplement</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>61870010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Safety-Multifly-needle 21G</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>851638235</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeeBlue Plus2 Pre-stained Protein Standard</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>LC5925</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker Duomax 1030</td>
			<td>Heidolph Instruments</td>
			<td>543-32205-00</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>small Centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Heraeus Fresco 17</td>
			<td>Can be substituted with similar instruments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Pyruvate</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>11360070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#223;-Mercaptoethanol</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>21985023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Buffered Saline (TBS-10X)</td>
			<td>Cell Signaling</td>
			<td>#12498</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypan Blue solution</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>93595-50ML</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a chromatin immunoprecipitation assay to identify novel nfat2 target genes in chronic lymphocytic leukemia

Leucemia linfocitaria cronica (CLL) è caratterizzata dall'espansione di cloni di cellule B maligne e rappresenta la leucemia più comune nei paesi occidentali. La maggior parte dei pazienti affetti da LLC Mostra un corso indolent della malattia così come un fenotipo anergic delle loro cellule di leucemia, riferendosi a un recettore delle cellule B non risponde a stimoli esterni. Abbiamo recentemente dimostrato che il fattore di trascrizione NFAT2 è un regolatore cruciale di anergy in CLL. Una sfida importante nell'analisi del ruolo del fattore di trascrizione in diverse malattie è l'identificazione dei suoi geni bersaglio specifico. Questo è di grande importanza per la delucidazione dei meccanismi patogenetici e gli interventi terapeutici potenziali. Immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) è una tecnica classica per dimostrare le interazioni proteina-DNA e può, pertanto, essere utilizzato per identificare i geni bersaglio diretto di fattori di trascrizione nelle cellule dei mammiferi. Qui, ChIP è stata usata per identificare LCK come un gene bersaglio diretto di NFAT2 in cellule CLL umane. DNA e proteine associate sono reticolati con formaldeide e successivamente Tosato di sonicazione in frammenti di DNA di circa 200-500 paia di basi (bp). Reticolato frammenti di DNA associati NFAT2 sono quindi selettivamente immunoprecipitata da detriti cellulari usando un anticorpo di αNFAT2. Dopo la purificazione, frammenti di DNA associati vengono rilevati tramite PCR quantitativa in tempo reale (qRT-PCR). Sequenze di DNA con evidente arricchimento rappresentano regioni del genoma che sono mirate per NFAT2 in vivo. Tosatura appropriato del DNA e la selezione dell'anticorpo richiesto sono particolarmente cruciale per la riuscita applicazione di questo metodo. Questo protocollo è ideale per la dimostrazione di interazioni dirette di NFAT2 con geni bersaglio. Il suo limite principale è la difficoltà di impiegare ChIP nelle analisi su larga scala, analizzando i geni bersaglio di più fattori di trascrizione negli organismi intatti.

La figura 1 Mostra un'analisi di citometria a flusso esemplare di un paziente CLL eseguita dopo colorazione con anticorpi CD19-FITC e CD5-PE. Figura 1a Mostra il gating dei linfociti, che rappresentano la maggioranza delle cellule nel sangue di pazienti affetti da LLC. Figura 1b Mostra la proporzione del CD19+/CD5+ CLL cellule, che rappresentano 89.03% dei linfociti in questo es...

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A Chromatin Immunoprecipitation Assay to Identify Novel NFAT2 Target Genes in Chronic Lymphocytic Leukemia

Leucemia linfocitaria cronica (CLL) è la leucemia più comune nel mondo occidentale. Fattori di trascrizione NFAT sono importanti regolatori dello sviluppo e attivazione in numerosi tipi cellulari. Qui, presentiamo un protocollo per l'uso di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) in cellule CLL umane per identificare geni di nuovi target di NFAT2.

Un'analisi di immunoprecipitazione della cromatina per identificare geni bersaglio NFAT2 romanzo nella leucemia linfocitaria cronica

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is characterized by the expansion of malignant B cell clones and represents the most common leukemia in western ...

Questo metodo può aiutare a fornire informazioni chiave nel campo dell'oncologia come l'identificazione di geni bersaglio putativi e meccanismi patogeni per sviluppare potenziali interventi terapeutici. Il vantaggio principale di questa tecnica è che si può rilevare l'interazione di NFAT2 e altri fattori di trascrizione con geni bersaglio noti e nuovi. Generalmente gli individui nuovi a questo metodo avranno difficoltà perché le condizioni ottimali di fissazione e taglio sono difficili da stabilire.Per iniziare riempire un tubo da 1,5 millilitri con un millilitro di formaldeide al 37%. Quindi riempire un altro tubo da 1,5 millilitri con un millilitro di glicina molare 1,25 in un tubo da cinque millilitri con quattro millilitri di PBS. Successivamente, dopo la stimolazione delle cellule girare le cellule secondo il protocollo di testo, e sospendere di nuovo le cellule in 500 microlitri di PBS e posizionare il tubo in una scatola piena di ghiaccio.Aggiungere 13,5 microlitri di formaldeide al 37% alle cellule e mescolare pipettando su e giù. Quindi incubare la sospensione a temperatura ambiente. Successivamente, aggiungere 57 microlitri di glicina molare 1,25 per interrompere la fissazione.E lasciare che la sospensione incuba a temperatura ambiente per cinque minuti. Immediatamente dopo il periodo di incubazione posizionare le cellule sul ghiaccio e centrifugare le cellule a 500 volte G per cinque minuti a quattro gradi Celsius. Quindi aspira il supernatante.Successivamente, lavare le cellule due volte con un millilitro di PBS ghiacciato a 200 volte G per cinque minuti a quattro gradi Celsius e rimuovere il supernatante. Rimescolare il pellet cellulare in cinque millilitri di tampone di lysis uno tubazione su e giù. Quindi mettere i campioni sul ghiaccio e incubarli con tremori per 10 minuti.Successivamente, centrifuga i tubi a 500 volte G per cinque minuti a quattro gradi Celsius. Quindi utilizzare una pipetta per rimuovere con cura il supernatante. Omogeneizzare le cellule in cinque millilitri di tampone di lysis due e pipettare su e giù per mescolare.Quindi incubare le cellule sul ghiaccio per 10 minuti con tremori. Dopo il periodo di incubazione centrifugare i tubi a 500 volte G per cinque minuti a quattro gradi Celsius e rimuovere con cura il supernatante. Successivamente, rimescolare il pellet cellulare nel tampone di taglio uno con inibitore della proteasi 1X.Quindi incubare la sospensione cellulare sul ghiaccio per 10 minuti. Trasferire 140 microlitri della sospensione cellulare in tubi sonicatori facendo attenzione a evitare di formare bolle d'aria. Posizionare i tubi in un ultrasuonatore focalizzato a sette gradi Celsius e tagliare per 10-7 e 1/2 minuti.Trasferire la sospensione cellulare in tubi da 1,5 millilitri. Centrifugare i campioni a 15.700 volte G per 10 minuti a quattro gradi Celsius e raccogliere il supernatante in un nuovo tubo. In primo luogo, preparare 20 microlitri di perline rivestite con proteina A per ogni precipitazione in un tubo da 1,5 millilitri.Lasciare che le perline si sistemino su un rack magnetico per un minuto e rimuovere il supernatante. Quindi lavare le perline con 40 microlitri di tampone di chip 1X uno per ogni 20 microlitri di perline rivestite con proteina A pipettando su e giù. Lasciare che le perline si sistemino su un rack magnetico per un minuto e rimuovere il supernatante.Ripetere questo processo di lavaggio altre tre volte prima di sospendere di nuovo le perline nel volume originale di 1X chIP buffer one. Aggiungere l'inibitore della proteasi BSA, il buffer chIP 5X e l'acqua di grado ChIP-seq alle perline. Aggiungere quindi la cromatina tranciata.Utilizzare 10 microgrammi di anticorpo anti-NFAT2 per catturare NFAT2 e 2,5 microgrammi di anticorpo IgG come controllo. Incubare le miscele durante la notte a quattro gradi Celsius su una ruota che ruota a sei giri/min. Il giorno dopo gira i tubi per cinque secondi a 7.000 volte G e incubali sul rack magnetico per un minuto.Quindi aspirare il supernatante e lavare le perline una volta con tamponi di lavaggio uno, due, tre e quattro consecutivamente. Ruotare i tubi per cinque secondi a 7000 volte G prima di incubare i tubi sul rack magnetico per un minuto. Successivamente, rimuovere il supernatante e aggiungere il successivo tampone di lavaggio.Dopo l'ultimo lavaggio, ruotare i tubi per cinque secondi a 7000 volte G.Incubare i tubi sul rack magnetico per un minuto. Rimuovere il supernatante e prendere le perline in 100 microlitri di tampone di eluizione uno. Quindi incubare i tubi sulla ruota rotante per 30 minuti.Quindi, ruotare brevemente i tubi e posizionarli su un rack magnetico per un minuto. Trasferire il supernatante in un nuovo tubo da 1,5 millilitri e aggiungere quattro microlitri di tampone di eluizione due. Per creare il controllo dell'ingresso mescolare un microliter della cromatina tranciata con 99 microlitri di tampone di eluizione uno e quattro microlitri di tampone di eluizione due.Quindi incubare i campioni per quattro ore a 65 gradi Celsius con tremori. Successivamente, aggiungere 100 microlitri di isopropanolo al 100% ai tubi. Vortice e far girare i campioni per cinque secondi a 7000 volte G.Quindi aggiungere 10 microlitri di perline magnetiche a ciascun campione.Vortice e incubare i campioni su una ruota rotante a temperatura ambiente per un'ora. Quindi, ruotare brevemente i tubi e posizionarli su un rack magnetico per un minuto. Aspirare il supernatante e rimescolare le perline in 100 microlitri di tampone di lavaggio uno.Invertire i tubi per mescolarli e incubarli per cinque minuti su una ruota rotante a temperatura ambiente. Quindi, centrifugare brevemente i tubi. Posizionarli in un rack magnetico per un minuto e utilizzare una pipetta per rimuovere il supernatante.Quindi aggiungere 100 microlitri di tampone di lavaggio due. Invertire i tubi per mescolarli e incubarli per cinque minuti su una ruota rotante a temperatura ambiente. Successivamente, centrifugare brevemente i tubi e metterli in un rack magnetico per un minuto.Rimuovere il tampone di lavaggio due tramite aspirazione e riprestare le perline in 55 microlitri di tampone di eluizione. Per elutare il DNA precipitato incubare i campioni in una ruota rotante a temperatura ambiente per 15 minuti. Successivamente, ruotare brevemente i tubi e metterli in un rack magnetico per un minuto.Infine, trasferire il supernatante su nuovi tubi da 1,5 millilitri. Questo protocollo è stato eseguito per la prima volta con celle Jurkat che analizzano LCK come potenziale obiettivo NFAT2. Come mostrato qui, i risultati ottimali sono stati documentati da un significativo arricchimento del controllo positivo IL-2 e del DNA LCK.La cesoia non ottimale o la fissazione mancante possono portare a DNA di scarsa qualità. Infine, questo protocollo è stato eseguito con cellule CLL umane primarie con CD40L che funge da controllo positivo e LCK come obiettivo sperimentale. Come dimostrato dal forte arricchimento del DNA LCK, LCK è un bersaglio NFAT2 diretto nelle cellule CLL umane primarie.Una tosatura inadeguata con conseguente DNA di scarsa qualità può restituire risultati non ottimali. Durante il tentativo di questa procedura è importante ricordare che i passaggi di fissazione e sonicazione sono cruciali per il successo di questo metodo e potrebbero dover essere adattati alle celle analizzate.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Utilizing Functional Genomics Screening to Identify Potentially Novel Drug Targets in Cancer Cell Spheroid Cultures

Utilizzando Genomica Funzionale screening per identificare gli obiettivi farmaco potenzialmente romanzo in Cancer Cell Culture Spheroid

The identification of functional driver events in cancer is central to furthering our understanding of cancer biology and indispensable for the discovery ...

Ricerca

Ricerca sul cancro

Comprehensive Protocol to Sample and Process Bone Marrow for Measuring Measurable Residual Disease and Leukemic Stem Cells in Acute Myeloid Leukemia

Protocollo completo del campione e del midollo osseo di processo per misurare la malattia residua misurabile e cellule staminali leucemiche nella leucemia mieloide acuta

Response criteria in acute myeloid leukemia (AML) has recently been re-established, with morphologic examination utilized to determine whether patients ...

Flow Cytometry to Estimate Leukemia Stem Cells in Primary Acute Myeloid Leukemia and in Patient-derived-xenografts, at Diagnosis and Follow Up

Il flusso Cytometry per stimare cellule staminali leucemia nella leucemia mieloide acuta primaria e negli xenotrapianti paziente-derivato, alla diagnosi ed al Follow Up

Acute myeloid leukemia (AML) is a heterogeneous, and if not treated, fatal disease. It is the most common cause of leukemia-associated mortality in ...

Native Chromatin Immunoprecipitation Using Murine Brain Tumor Neurospheres

Immunoprecipitazione della cromatina nativo utilizzando neurosfere tumore del cervello murino

Epigenetic modifications may be involved in the development and progression of glioma. Changes in methylation and acetylation of promoters and regulatory ...

Immunoglobulin Gene Sequence Analysis In Chronic Lymphocytic Leukemia: From Patient Material To Sequence Interpretation

Analisi di sequenza di Gene dell'immunoglobulina nella leucemia linfocitaria cronica: Da materiale paziente all'interpretazione di sequenza

During B cell maturation, the complex process of immunoglobulin (IG) gene V(D)J recombination coupled with somatic hypermutation (SHM) gives rise to a ...

Assessment of the Metabolic Profile of Primary Leukemia Cells

Valutazione del profilo metabolico delle cellule di leucemia primaria

The metabolic requirement of cancer cells can negatively influence survival and treatment efficacy. Nowadays, pharmaceutical targeting of metabolic ...

In Vitro Assay to Study Tumor-macrophage Interaction

In Vitro Analisi per studiare l'interazione tumora-macrophage

Tumor associated macrophages (TAMs) account for a large percentage of cells in the tumor mass for different types of cancers. Glioblastoma (GBM), a ...

A Data Integration Workflow to Identify Drug Combinations Targeting Synthetic Lethal Interactions

Un flusso di lavoro di integrazione dei dati per identificare le combinazioni di farmaci mirate alle interazioni letali sintetiche

A synthetic lethal interaction between two genes is given when knock-out of either one of the two genes does not affect cell viability but knock-out of ...

Subcellular Fractionation of Primary Chronic Lymphocytic Leukemia Cells to Monitor Nuclear/Cytoplasmic Protein Trafficking

Frazione subcellulare delle cellule linfonetiche croniche primarie per monitorare il traffico di proteine nucleari/citoplasmiche

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