Name: growing magnetotactic bacteria of the genus magnetospirillum: strains msr-1, amb-1 and ms-1
Uploaded: 2018-10-17T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1 at JoVE.com

Biz Richard B. Frankel elektron mikroskobu tesise (McMaster Üniversitesi, eğitim ve erişim için MTB kültürler, Adam P. Hitchcock ve destekleri MTB kültürler McMaster Üniversitesi'nde kurma sırasında Xiaohui Zhu ve Marcia Reid ile onun yardım için teşekkür ««Sağlık Bilimleri Fakültesi). Bu eser Doğa Bilimleri ve Mühendislik Araştırma Konseyi, Kanada (NSERC) ve bize Ulusal Bilim Vakfı tarafından desteklenmiştir.

1. N2 İstasyonu montajı
Not: boru iç çapı en az sızıntı ile gaz tank için bağlanabilir ve 1 mL plastik enjektör silindir sıkıca bu boru içinde uyuyor seçin. Bir illüstrasyon istasyonu gaz tam N2 Şekil 1' de verilmiştir.
<ol><li>Güvenli bir şekilde N2 benzin deposu bir Bank üzerinde N2 İstasyonu (yaklaşık 50 cm uzunluğunda) ayarlamak için yeterli yer yakın yükleyin.</li>
	<li>Tank için yeter...

<ol>
	<li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria.">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36 (1), 217-238 (1982).</li><li>Uebe, R., Sch&#252;ler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetosome+biogenesis+in+magnetotactic+bacteria.">Magnetosome biogenesis in magnetotactic bacteria.</a> Nature Reviews Microbiology. 14 (10), 621 (2016).</li><li>Faivre, D., Schuler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetotactic+bacteria+and+magnetosomes.">Magnetotactic bacteria and magnetosomes.</a> Chemical Reviews. 108 (11), 4875-4898 (2008).</li><li>Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlled+biomineralization+of+magnetite+(Fe3O4)+and+greigite+(Fe3S4)+in+a+magnetotactic+bacterium.">Controlled biomineralization of magnetite (Fe3O4) and greigite (Fe3S4) in a magnetotactic bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61 (9), 3232-3239 (1995).</li><li>Lef&#232;vre, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+magneto-aerotactic+behaviors+and+oxygen+sensing+mechanisms+in+cultured+magnetotactic+bacteria.">Diversity of magneto-aerotactic behaviors and oxygen sensing mechanisms in cultured magnetotactic bacteria.</a> Biophysical Journal. 107 (2), 527-538 (2014).</li><li>Heyen, U., Sch&#252;ler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+magnetosome+formation+by+microaerophilic+Magnetospirillum+strains+in+an+oxygen-controlled+fermentor.">Growth and magnetosome formation by microaerophilic Magnetospirillum strains in an oxygen-controlled fermentor.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 61 (5-6), 536-544 (2003).</li><li>Blakemore, R. P., Maratea, D., Wolfe, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+pure+culture+of+a+freshwater+magnetic+spirillum+in+chemically+defined+medium.">Isolation and pure culture of a freshwater magnetic spirillum in chemically defined medium.</a> Journal of bacteriology. 140 (2), 720-729 (1979).</li><li>Oestreicher, Z., Lower, S. K., Lin, W., Lower, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collection,+isolation+and+enrichment+of+naturally+occurring+magnetotactic+bacteria+from+the+environment.">Collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment.</a> Journal of Visualized Experiments. (69), (2012).</li><li>P&#243;sfai, M., Lef&#232;vre, M., Trubitsyn, C., Bazylinski, D. A., Frankel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+significance+of+composition+and+crystal+morphology+of+magnetosome+minerals.">Phylogenetic significance of composition and crystal morphology of magnetosome minerals.</a> Frontiers in Microbiology. 4, 344 (2013).</li><li>Wolfe, R. S., Thauer, R. K., Pfennig, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+'capillary+racetrack'+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria.">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Ecology. 3 (1), 31-35 (1987).</li><li>Sch&#252;bbe, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+spontaneous+nonmagnetic+mutant+of+Magnetospirillum+gryphiswaldense+reveals+a+large+deletion+comprising+a+putative+magnetosome+island.">Characterization of a spontaneous nonmagnetic mutant of Magnetospirillum gryphiswaldense reveals a large deletion comprising a putative magnetosome island.</a> Journal of Bacteriology. 185 (19), 5779-5790 (2003).</li><li>Nadkarni, R., Barkley, S., Fradin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+of+methods+to+measure+the+magnetic+moment+of+magnetotactic+bacteria+through+analysis+of+their+trajectories+in+external+magnetic+fields.">A comparison of methods to measure the magnetic moment of magnetotactic bacteria through analysis of their trajectories in external magnetic fields.</a> PloS One. 8 (12), e82064 (2013).</li><li>Waisbord, N., Lef&#232;vre, C. T., Bocquet, L., Ybert, C., Cottin-Bizonne, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Destabilization+of+a+flow+focused+suspension+of+magnetotactic+bacteria.">Destabilization of a flow focused suspension of magnetotactic bacteria.</a> Physical Review Fluids. 1 (5), 053203 (2016).</li><li>Komeili, A., Vali, H., Beveridge, T. J., Newman, D. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetosome+vesicles+are+present+before+magnetite+formation,+and+MamA+is+required+for+their+activation.">Magnetosome vesicles are present before magnetite formation, and MamA is required for their activation.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (11), 3839-3844 (2004).</li><li>Scheffel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+acidic+protein+aligns+magnetosomes+along+a+filamentous+structure+in+magnetotactic+bacteria.">An acidic protein aligns magnetosomes along a filamentous structure in magnetotactic bacteria.</a> Nature. 440 (7080), 110 (2006).</li><li>Zhu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+spectroscopy+and+magnetism+of+extracted+and+intracellular+magnetosomes+using+soft+X-ray+ptychography.">Measuring spectroscopy and magnetism of extracted and intracellular magnetosomes using soft X-ray ptychography.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (51), E8219-E8227 (2016).</li><li>Sch&#252;ler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+analysis+of+a+subcellular+compartment:+the+magnetosome+membrane+in+Magnetospirillum+gryphiswaldense.">Molecular analysis of a subcellular compartment: the magnetosome membrane in Magnetospirillum gryphiswaldense.</a> Archives of Microbiology. 181 (1), 1-7 (2004).</li><li>Kolinko, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biosynthesis+of+magnetic+nanostructures+in+a+foreign+organism+by+transfer+of+bacterial+magnetosome+gene+clusters.">Biosynthesis of magnetic nanostructures in a foreign organism by transfer of bacterial magnetosome gene clusters.</a> Nature Nanotechnology. 9 (3), 193 (2014).</li><li>Hergt, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetic+properties+of+bacterial+magnetosomes+as+potential+diagnostic+and+therapeutic+tools.">Magnetic properties of bacterial magnetosomes as potential diagnostic and therapeutic tools.</a> Journal of Magnetism and Magnetic Materials. 293 (1), 80-86 (2005).</li><li>Lefevre, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+magnetite-producing+magnetotactic+bacteria+belonging+to+the+Gammaproteobacteria.">Novel magnetite-producing magnetotactic bacteria belonging to the Gammaproteobacteria.</a> The ISME Journal. 6 (2), 440 (2012).</li><li>Williams, T. J., Lef&#232;vre, C. T., Zhao, W., Beveridge, T. J., Bazylinski, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetospira+thiophila+gen.+nov.,+sp.+nov.,+a+marine+magnetotactic+bacterium+that+represents+a+novel+lineage+within+the+Rhodospirillaceae+(Alphaproteobacteria).">Magnetospira thiophila gen. nov., sp. nov., a marine magnetotactic bacterium that represents a novel lineage within the Rhodospirillaceae (Alphaproteobacteria).</a> International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 62 (10), 2443-2450 (2012).</li><li>Zhu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+characterization+of+a+marine+magnetotactic+spirillum+axenic+culture+QH-2+from+an+intertidal+zone+of+the+China+Sea.">Isolation and characterization of a marine magnetotactic spirillum axenic culture QH-2 from an intertidal zone of the China Sea.</a> Research in Microbiology. 161 (4), 276-283 (2010).</li></ol>

MTB özel O2 konsantrasyon gereksinimlerini onları olmayan önemsiz laboratuvarda büyümeye yapmak. Bir anahtar için sıvı orta protokolün tüm O2 orta ilk kaldırılması O2, hemen önce aşı kesin hacmi ekleyerek son konsantrasyonu kontrol edebilmek için adımdır. MSR-1 neredeyse tamamen aerobik koşullarda büyür, ancak, manyetizma hücrelerin büyük ölçüde azalır kanıtlanmıştır. Aynı çalışma sonuçlarından suşları AMB-1 ve MS-1 tam aerobik koşulları<sup clas...

Magnetotactic bakteri (MTB) gram-negatif prokaryot tatlı su ve deniz sucul yaşam alanları1' her yerde geniş bir temsil eder. Bu bakterilerin içine zincirleri hücrelere toplandı çoğu durumda olan manyetit (Fe3O4) veya greigite (Fe3S4), oluşan manyetik kristalleri üretmek için yetenek paylaşmak. Bu belirli yapısal motifi hem sitoplazmada bakteri ve her kristal2çevreleyen lipid membran üzerinde hareket birkaç spesifik proteinlerin varlığı nedeniyle var. Her bireysel kristal ve onun çevresindeki zar vezikül bir magnetosome denir ve yaklaşık 30 büyüklükleri ile 50 arasında değişen Magnetospirillum türler3nm. Magnetosomes zinciri düzenleme nedeniyle, bu bakterilerin onları pasif dışarıdan uygulanan manyetik alanlarıyla hizalamak yapan kalıcı bir manyetik dipol an sahip. Bu nedenle, bu bakterilerin yüzmek aktif kundağı mikro-pergel muhtemelen için daha etkili bir şekilde en uygun koşullarda bulmak olarak hareket manyetik alan çizgileri (Örn., O2 konsantrasyonu) büyüme için.
MTB ilginç bir özelliği hem Kimya hem de onların magnetosome kristalleri kristalografisi düzenleyen onların yeteneğidir. Çoğu suşları nispeten yüksek saflıkta kristalleri manyetit veya greigite, ancak bazı üretmek biomineralize her iki mineraller4. Her durumda, bakteri tam olarak boyutu ve onların tek manyetik etki kristalleri şeklinde kontrol edebiliyoruz. Bu neden araştırma büyük bir miktar nasıl MTB bu biomineralization süreci gerçekleştirmek daha iyi bir anlayış geliştirmek için üstlenilen açıklar. Bu süreci anlamak araştırmacılar terzi-manyetik nanocrystals birçok ticari ve tıbbi uygulama için yapmak için izin olabilir.
MTB kapsamlı araştırma için önemli bir engel onları laboratuvarda büyüyen zorluk olmuştur. Bu çalışmada kullanılan suşları dahil olmak üzere çoğu, zorunlu O2 elektron alıcısı olarak yetiştirilen da mikroaerofilik türdür. Bu neden bu bakterilerin en sık oxic ve anoksik koşulları (anoksik oxic arabirimi, OAI) arasındaki geçiş bölgesi bulunur açıklar. Bu açıkça MTB var belli ki dikkate alınmak ne zaman büyüme medya bu organizmalar için oluşturulması gereken kesin O2 toplama gereksinimleri gösterir. Ayrıca, mevcut çeşitliliği MTB, farklı suşları kimyasal gradyanlar ve besinlerin optimum büyüme elde etmek için farklı gerekir anlamına gelir.
Bu çalışmada, biz üç en çok incelenmiş MTB büyüyen yöntemleri tarif: Magnetospirillum magneticum (zorlanma AMB-1), M. magnetotacticum (MS-1) ve M. gryphiswaldense (MSR-1). Bu türlerin filogenetik Proteobakteriler filum Alphaproteobacteria sınıfta ait, morfoloji Helisel ve hücrenin her uçta kutupsal kamçı sahip. Biz iletişim kurallarını zorlanma MSR-1 sıvı ve önceden yayınlanmış orta tarifleri5,6tarihinde O2 konsantrasyon gradyanı yarı katı medya tabanlı, büyüyen için sağlar. Biz de suşları AMB-1 ve MS-1 değiştirilmiş manyetik Spirillum büyüme orta (MGSM)7' büyüyen için detaylı bir iletişim kuralı mevcut.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1029px;" width="1028">
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">AMB-1</td>
			<td style="width:437px;">American Type Culture Collection (ATCC)</td>
			<td style="width:119px;">ATCC 700264</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">MS-1</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>ATCC 31632&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">MSR-1</td>
			<td>Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)</td>
			<td>DSM 6361</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Ferric citrate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F3388-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Trace mineral supplement</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>MD-TMS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">KH2PO4</td>
			<td>EMD</td>
			<td>PX1565-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">MgSO4.7 H2O</td>
			<td>EMD</td>
			<td>MX0070-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">HEPES</td>
			<td>BioShop Canada Inc</td>
			<td>HEP001.250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">NaNO3</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5506-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Yeast extract</td>
			<td>Fischer scientific</td>
			<td>DF210929</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">Peptone</td>
			<td>Fischer scientific</td>
			<td>DF0436-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Potassium L-lactate solution (60%)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>60389-250ML-F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">D-(-)-Quinic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>138622</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">FeCl3.6H2O</td>
			<td>Fischer scientific</td>
			<td>I88-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Vitamin supplement</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>MD-VS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Sodium succinate hexahydrate</td>
			<td>Fischer scientific</td>
			<td>S413-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Sodium L-tartrate dibasic dihydrate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>228729-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Sodium acetate trihydrate</td>
			<td>EMD</td>
			<td>SX0255-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Resazurin</td>
			<td>Difco</td>
			<td>0704-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Ascorbic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A4544-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">K2HPO4</td>
			<td>Caledon</td>
			<td>6620-1-65</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">FeCl2 .4H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>44939-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Sodium bicarbonate</td>
			<td>EMD</td>
			<td>SX0320-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">NaCl</td>
			<td>Caledon</td>
			<td>7560-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">NH4Cl</td>
			<td>EMD</td>
			<td>1011450500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">CaCl2.2 H2O</td>
			<td>EMD</td>
			<td>1023820500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Agar A</td>
			<td>Bio Basic Canada Inc</td>
			<td>FB0010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">L-cysteine.HCl.H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C7880-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">1.0 mL syringes</td>
			<td>Fischer scientific</td>
			<td>B309659</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">25G&#160; x 1 needles</td>
			<td>BD</td>
			<td>305125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">125 mL serum bottles</td>
			<td>Wheaton</td>
			<td>223748</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">20 mm aluminum seals</td>
			<td>Wheaton</td>
			<td>224223-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">20mm E-Z Crimper</td>
			<td>Wheaton</td>
			<td>W225303</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Butyl-rubber stoppers</td>
			<td>Bellco Glass, Inc.</td>
			<td>2048-11800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Hungate tubes</td>
			<td>Chemglass (VWR)</td>
			<td>CLS-4208-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Septum stopper, 13mm, Hungate</td>
			<td>Bellco Glass, Inc.</td>
			<td>2047-11600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:307px;">Glass culture Tubes</td>
			<td>Corning (VWR)</td>
			<td>9826-16X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">Hydrochloric acid 36.5-38%, BioReagent</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>H1758-100ML</td>
			<td>11.6 - 12 N</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

growing magnetotactic bacteria of the genus magnetospirillum: strains msr-1, amb-1 and ms-1

Magnetotactic bakteri gram-negatif, hareketli, esas olarak su prokaryotlarda her yerde birden bulunan tatlı su ve deniz yaşam alanları vardır. Onlar içinde lipid bilayer membran tarafından çevrili manyetik nanometre boyutunda kristalleri manyetit (Fe3O4) veya greigite (Fe3S4) olan biomineralize magnetosomes kendi yeteneği ile karakterizedir onların sitoplazma. En bilinen magnetotactic bakteri için magnetosomes zincirleri böylece hücrelere bir kalıcı manyetik dipol an veriyor ve onları pasif dış manyetik alanlar ile hizalamak neden sitoplazma içine monte edilir. Bu özellikleri nedeniyle, magnetotactic bakteri ticari ve tıbbi uygulamalar için büyük bir potansiyele sahip. Ancak, çoğu türler da mikroaerofilik ve onları düzenli olarak pek çok diğer bakteri Escherichia coligibi daha büyümek daha zor hale belirli O2 toplama gereksinimleri vardır. Burada üç magnetotactic bakteri, tüm Magnetospirillumait en çok çalışılmış suşlarının büyüyen için detaylı protokolleri mevcut. Bu yöntemler bakteri için normalde büyümek ve magnetosomes sentez sağlamak için kullanılabilir O2 konsantrasyonu kesin kontrol için olanak sağlar. Magnetotactic bakteriler bu yordamları kullanarak daha fazla çalışmalar için büyüyen mikrobiyoloji uzmanı olmak deneyci gerektirmez. Büyüme medya kimyasal bileşimi değiştirilmesi gerekecektir olasılığı olmasına rağmen bu makalede sunulan genel yöntemleri yalıtmak ve diğer magnetotactic bakteri kültürü için de kullanılabilir.

Büyüme ortamının başarılı hazırlık aşağıdaki gibi tespit edilebilir. İşlemin sonunda, çözümleri temizleyin (i.e., ücretsiz herhangi bir çökelti olarak) alınmalıdır (sıvı medya ve O2 degrade yarı katı orta için de geçerlidir bu). Önce aşı Şekil 2agörülebilir MSR-1 sıvı orta beklenen yönünü gösteren bir resim. Başarılı bir O2 konsantrasyon gradyanı yarı katı orta varlığı 1-3 cm pem...

Watch this Scientific Journal Video about Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1 at JoVE.com

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Cins Magnetospirillummagnetotactic bakteri büyüyen: suşları MSR-1, AMB-1 ve MS-1

Biz birkaç soy-in Magnetospirillum iki farklı büyüme ortamının içinde büyüyen bir yordam mevcut. M. magneticum zorlanma AMB-1 ve M. magnetotacticum zorlanma MS-1 sıvı ortamda yetişir iken Magnetospirillum gryphiswaldense zorlanma MSR-1 yarı katı ortam sıvı ve O2 konsantrasyon gradyanı yetişir.

Magnetotactic bacteria are Gram-negative, motile, mainly aquatic prokaryotes ubiquitous in freshwater and marine habitats. They are characterized by their ...

Bu yöntem, MSR-1, AMB-1 ve MS-1 adı verilen üç farklı manyetotaktik bakteri türü yetiştirmeyi sağlar. Tüm tatlı su türleri, ve tüm cins manyetospirillum. Bu organizmalar içeren tekrarlanabilir araştırma her türlü için önemli bir ilk adımdır.Manyetotaktik bakterilerin çok özel oksijen gereksinimleri vardır, bu yüzden manyetik bir navigasyon sistemi geliştirdiler. Bu nedenle onlara mevcut oksijen miktarını kontrol etmek çok önemlidir. Tüm bu protokol tatlı su manyetospirilla birkaç özel suşları için optimize edilmiştir.Detayları diğer manyetotaktik bakterilerin oksijen ve besin gereksinimlerini karşılamak için optimize edilebilir. Azot istasyonunu kurmak için yeterli alan bulunan bir bankın yakınına güvenli bir şekilde bir nitrojen gazı tankı kurun. İstasyonun inşa edileceği alana ulaşacak kadar uzun bir boru parçasını tanka bağlayın.Gerekirse, herhangi bir sızıntıyı önlemek için tankın çıkışına Teflon bandı uygulayın. Aynı anda orta beş şişe köpüren yeteneğine sahip bir istasyon inşa etmek için, uzunluğu yaklaşık beş santimetre boru dört adet kesti. Üç adet T şeklindeki plastik bağlantı parçaları ile bir çizgi de boru parçaları monte edin.Bu hattın bir ucunu ekstra T şeklinde bir montaj ile azot tankının çıkışındaki boru parçasına bağlayın. Diğer uça 90 derecedirsek takılması ekleyin. Yapıyı tezgahın 30 santimetre yukarısına yerleştirilmiş yatay bir metal çubukla takmak için bant kullanın.20 santimetre uzunluğundaki beş adet boruyu, monte edilmiş bağlantı parçalarının üç çıkışına bağlayın. Beş adet mililitrelik plastik şırıngadan pistonları çıkarın ve bu şırıngaların daha büyük ucunu kesin, sadece mezun olan kısmı tutarak. Çok sıkı paketi değil dikkat, pamuk ile bu şırıngalar doldurun.Şırıngaları 20 santimetre uzunluğundaki dikey boru parçalarına yerleştirin. Gazı açın ve azot akarken sızıntı olmadığından emin olmak için sabunlu su kullanın. Beş adet 25 gauge iğnenin kapaklarını çıkarın ve bu iğneleri 10 santimetrelik ince boru parçalarına yerleştirin.Hazırlanan iğneleri azot istasyonunun şırıngalarına takın. Nitrojenin beş hat boyunca aktığından emin olun ve istasyonu beklemede tutun. 100 mililitre distile deiyonize suya 0,245 gram ferrik sitrat ekleyerek 10 milimolar ferrik sitrat çözeltisi hazırlayın.Isı ve portakal berraklığında bir çözelti elde edilene kadar eritmek için karıştırın. Sterilize stok çözeltisini karanlıkta oda sıcaklığında depolamadan önce 121 santigrat derecede en az 15 dakikalık pozlama standart bir döngü kullanarak çözeltiyi otomatik klavlayın. MSR-1 için beş şişe sıvı büyüme ortamı hazırlamak için, metin protokolünde listelenen kimyasalları 300 mililitre distile deiyonize su içeren bir kabına ekleyin.Steril ferrik sitrat ve mineral çözeltilerinin ilavesi steril teknikler kullanılarak Bunsen brülörünün ateşi altında yapılmalıdır. Kültürün diğer bakteri türleri tarafından kirlenmesini önlemek için steril koşullar gereklidir. Tüm kimyasalların eklenmesinden sonra, bir molar sodyum hidroksit çözeltisi ile pH'ı 7.0 olarak ayarlayın.Her şişeye 60 mililitre orta litre dökerek, taze hazırlanmış ortamı 125 mililitrelik serum şişelerine dağıtın. Kabarcık azot 30 dakika boyunca azot istasyonuna bağlı küçük boru kullanarak çözünmüş oksijen kaldırmak için orta içine. Her şişenin üstüne bir butil kauçuk durdurucu yerleştirin, fazla gaz şişe çıkmak için izin vermek için küçük bir açıklık bırakarak.30 dakika sonra, crimp mühür her şişe hazırlanan stoper ve alüminyum mühür ile. Alüminyum conta, protokolün geri kalanında şişenin mühürlü kalmasını sağlar. İğneleri ve ince boruları azot istasyonundan koparın ve temiz iğnelerle değiştirin.Azot tankının vanalarını hassas ve sürekli bir gaz akışının depodan çıkması için ayarlayın. Şimdi, azot tankına bağlı iğnelerden birini kauçuk durdurucu aracılığıyla bir şişe orta içine yerleştirin. Hemen aynı şişeiçine başka bir temiz iğne takın.Diğer şişeler için bu adımı tekrarlayın ve azot ile şişelerde hava yerine yaklaşık 30 dakika azot akışı sağlar. 30 dakika sonra, ilgili iğne kaldırarak azot istasyonundan bir şişe kopdur. Orta şişedeki basınç atmosfer basıncına azalana kadar birkaç saniye bekleyin ve ikinci iğneyi çıkarın.Kalan tüm şişeler için bu adımı tekrarlayın. MSR-1 için 120 mililitre yarı katı büyüme ortamı hazırlamak için, kabı alüminyum folyo ile kaplayın ve metin protokolünde açıklandığı şekilde hazırlanan çözeltiyi otoklav. Otoklav döngüsünün bitiminden hemen önce, yeni bir %4 sistein çözeltisi hazırlayın ve metin protokolünde açıklandığı gibi beş molar sodyum hidroksit çözeltisi ile pH'ı 7.0'a ayarlayın.Otoklavlama sonra, orta 50 ila 60 santigrat derece soğumasını bekleyin ve bir Bunsen brülör alev altında beher getirmek. Alüminyum folyo çıkarın ve hızlı bir şekilde hafifçe karıştırarak steril teknikler kullanarak metin protokolü listelenen kimyasallar ekleyin. Filtre sterilize sistein çözeltisi 1,2 mililitre ekleyin.Tüm kimyasalların eklenmesinden sonra, 16 mililitre steril vida kapağı Hungate tüpleri içine sıcak orta aktarın. Her tüp içine orta 12 mililitre aktarın ve tüpleri mühürleyin. MSR-1, AMB-1 ve MS-1'i sıvı ortamda aşılamak için, stoperlere etanol uygulayarak ve bir Bunsen brülörünün ateşinden geçirerek oksijen ve taze orta şişelerin üstlerini ateşleyin.Steril bir şırınga ve bir iğne kullanarak, oksijen şişesinden bir mililitre oksijen ayıklayın ve taze orta şişeye aktarın. Cam şişede yetiştirilen başka bir kültürden gelen inoculum kullanıyorsanız, her iki şişe alev. Sonra taze orta içine eski kültürün bir mililitre aşılamak.Kültürü 32 derecede kuluçkaya yatırın ve dört ila yedi gün sonra taze ortama aşılayın. OKSIJEN gradyan, yarı katı ortamda MSR-1 aşılamak için, taze ortam tüpü iyi tanımlanmış bir OAI görüntüler doğrulamak, orta yüzeyinin yaklaşık bir ila üç santimetre altında pembe renksiz arayüzü ile somutlaşmış. Inoculum başka bir oksijen konsantrasyonu gradyan yarı katı kültürgeliyorsa, bakterilerin oluşturduğu bant üzerine yerleştirilen steril bir pipet ucu ile kültürün 50 mikrolitre aspire ederek bakteri hasat.Bu bakterileri oai'de yavaş yavaş taze ortamda aşılamak, arayüzü rahatsız edici kaçınarak. Tüpü kapatın ve bakterilerin 25 santigrat ile 30 santigrat derece arasında büyümesine izin verin. Bakterilerin hem manyetik hem de modal olduğundan emin olmak için mikroskop kapağı na bir damla kültür yerleştirin.Kapak fişini çevirin ve cam bir kaydırağa dayanarak o halkası üzerine töyüp kurun. Damlanın alt slayta dokunmadığından emin olun. Bir mikroskop altında asılı damla yerleştirin ve damlacık bir kenarına odaklanın.Mıknatısın güney kutbunu kenarına yakın bir yere yerleştirin ve bakterilerin kenara doğru yüzmesini izleyin. Onları ters yönde yüzmek yapmak için mıknatıs çevirin. Burada gösterilen aşılama öncesi ve bakteri büyüme sonra sıvı medya şişeleri vardır.İkinci şişedeki bulanıklık bakterilerin büyüdüğünü gösterir. Bu iki kez hızlandırılmış film bir modal ve manyetik manyetotaktik bakteri kültürü için bir asılı damla deney beklenen sonucu gösterir. Bir manyetik alan uygulandığında bakteriler başlangıçta damlacık kenarına doğru yüzdü.Mıknatısın alan yönü tersine çevrildiğinde, bakteriler manyetik alanın uygulandığı kenardan yüzerek uzaklaşmaktadırlar. Burada gösterilen aşıöncesi ve bakteri büyümesinden sonra yarı katı orta tüplervardır. Beklendiği gibi, oksik-anoksik arabirimde bir bakteri grubu oluşur ve oksijen tüketilir ve arayüz yukarı hareket ettikçe zaman içinde göç eder.Burada gösterilen bir manyetik spirillum temsili bir elektron mikrografı. Kamçı siyah oklarla gösterilirken, kırmızı oklar manyetozomları gösterir. Bu prosedürü denerken, manyetotaktik bakterilerin hem düzgün büyümek hem de manyetozom üretmek için çok özel oksijen seviyesi gereksinimleri olduğunu hatırlamak çok önemlidir.Bu protokol, bu organizmalar tarafından tercih edilen mikro koşullara ulaşmak için büyüme ortamındaki oksijen seviyelerinin nasıl kontrol edilip izlendiğini göstermektedir. Bu yöntemden sonra yüksek konsantrasyonlarda sağlıklı ve yüksek manyetik hücreler elde edilebilir. Bu şekilde, manyetozom çıkarma, genomik ve genetik çalışmalar veya mikroskopi ile kolektif hareketin gözlemi gibi büyük miktarlarda bakteri gerektiren deneyler yapılabilir.Laboratuvarda manyetotaktik bakterileri yetiştirme olasılığı, bilim adamlarının bu organizmaların büyüleyici biyokimyasal ve fiziksel özelliklerini sistematik bir şekilde keşfetmelerine olanak sağladı.

Research

JoVE Journal

Biology

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Purification of the M. magneticum Strain AMB-1 Magnetosome Associated Protein MamA&Delta;41

Purification of the M. magneticum Strain AMB-1 Magnetosome Associated Protein MamAÃƒÅ½Ã¢â‚¬Â41

Saflaştırılması M. magneticum Deformasyon AMB-1 Magnetosome İlişkili Protein MamAΔ41

Magnetotactic bacteria comprise a diverse group of aquatic microorganisms that are able to orientate themselves along geomagnetic fields. This behavior is ...

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

Floresan ile yüksek verim Tarama ve Biyoalgılayıcı C. elegans Suşlarının

High-throughput screening (HTS) is a powerful approach for identifying chemical modulators of biological processes.  However, many compounds identified in ...

The Green Monster Process for the Generation of Yeast Strains Carrying Multiple Gene Deletions

Çoklu Gen Delesyonlar Taşıma Maya Suşlarında Nesil için Yeşil Canavar Süreci

Phenotypes  for a gene deletion are often revealed only when the mutation is tested in a  particular genetic background or environmental condition1,2. ...

Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

Doğal Çevre gelen Magnetotactic Bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve Zenginleştirme

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

Monitoring Intraspecies Competition in a Bacterial Cell Population by Cocultivation of Fluorescently Labelled Strains

Floresan Etiketli Suşların Cocultivation'ı ile Bakteri Hücre Popülasyonunda İntraspecies Rekabetini İzleme

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a ...

Measuring the Effects of Bacteria on C. Elegans Behavior Using an Egg Retention Assay

Measuring the Effects of Bacteria on C. Elegans Behavior Using an Egg Retention Assay

Üzerinde Bakterilerin Etkilerinin Ölçme<em&gt; C. Elegans</emBir Yumurta Tutma Testi Kullanma&gt; Davranış

C. elegans egg-laying behavior is  affected by environmental cues such as osmolarity1 and  vibration2. In the total absence of food C. elegans also cease ...

Measurement of mRNA Decay Rates in Saccharomyces cerevisiae Using rpb1-1 Strains

Measurement of mRNA Decay Rates in Saccharomyces cerevisiae Using rpb1-1 Strains

MRNA Çürüme Oranlarının Ölçümü<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</emKullanma&gt;<em&gt; Rpb1-1</em&gt; Suşlar

mRNA steady state levels vary depending on environmental conditions. Regulation of the steady state accumulation levels of an mRNA ensures that the ...

Using Digital Image Correlation to Characterize Local Strains on Vascular Tissue Specimens

Dijital Görüntü Korelasyon kullanma Vasküler Doku Örneklerinin Yerel düzensizliğin karakterize etmek

Characterization of the mechanical behavior of biological and engineered soft tissues is a central component of fundamental biomedical research and ...

Colorimetric Detection of Bacteria Using Litmus Test

Turnusol Testi kullanarak Bakterilerin Kolorimetrik Tespiti

There are increasing demands for simple but still effective methods that can be used to detect specific pathogens for point-of-care or field applications. ...

Light Sheet Fluorescence Microscopy of Plant Roots Growing on the Surface of a Gel

Bir Gel Yüzeyinde Büyüyen Bitki kökleri Işık Sac Flüoresan Mikroskopi

One of the key questions in understanding plant development is how single cells behave in a larger context of the tissue. Therefore, it requires the ...