Name: structural studies of macromolecules in solution using small angle x-ray scattering
Uploaded: 2018-11-05T13:00:00
Duration: 7 min 19 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Structural Studies of Macromolecules in Solution using Small Angle X-Ray Scattering at JoVE.com

Bu proje NSERC RGPIN-2018-04994, kampüs Alberta yenilik programı (RCP-12-002 C) ve Alberta Prion Araştırma Enstitüsü tarafından desteklenen / Alberta yeniliklerin Bio çözümleri (201600018) hibe tarzı TRP için layık bir Kanada araştırma sandalyede RNA & Protein Biyofizik (201704) ve NSERC bulma grant (RGPIN-2017-04003) kabul eder. TM finanse edilen NSERC keşif hibe için trp

1. SAXS örnek hazırlama ve veri toplama
<ol><li>Numune hazırlama:<ol>
<li>SAXS deneyler homojen, istikrarlı ve sigara toplayarak protein örnekleri gerektirir; istikrar ve boyutu dışlama Kromatografi (S), oligomeric durumuyla gözlemlemek DLS ve/veya veri toplama önce AUC.</li>
		<li>Konu örnekleri (nidogen-1 ve laminin γ-1 Bu durumda) DLS analiz ve tricine örnek saflık10görselleştirmek için SDS-sayfa. Not: Örnekleri konsantrasyonları (1-4 mg/mL) bağlı olarak büyüklükleri, çözüm davranışlarını kendi kendine Derneği ve istikrar birlikte toplama gibi bir dizi kapsayabilir; burada, nidogen-1, (139 kDa), beş konsantrasyonları laminin γ-1 (109 kDa) ve dört S saf ekimolar kompleks yukarıda açıklanan10hazırlanmıştır.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Veri toplama:<ol>
<li>Toplama SAXS verileri bir in-house sistemi veya sinkrotron, üretici veya tesis kurallarına göre. Not: Bu çalışmada kullanılan veriler bir in-house sistemi kullanılarak toplanmıştır ( Tablo malzemelerigörmek) içeren bir 3-pinhole fotoğraf makinesi ile donatılmış + 002 microfocus tüp kapalı (Cu Kα radyasyon 1.54, Å) ve 40 W. işletim Confocal Max-Flux (CMF) optik Sistem aynı zamanda bir 200 nm çok tel 2D dedektörü veri toplama için donatılmıştır. Ancak, Fransa, Almanya, İngiltere, ABD ve diğer ülkelerde de modern synchrotrons durumu ile hangi ayrılması mümkün toplama/bozulması, biz şimdi üzerinden bir monodispersed hazırlık rutin kolaylaştırır bir S-SAXS kurulum erişim sağlar sinkrotron tesislerinde veri toplamak. Bir S-SAXS veri toplama stratejisi örneği olan bir DNA G-dörtlüsü11 kısa bir süre önce bir madde. Bu durumda, SAXS veri nidogen-1 için 3 saat 0,08 ≤ q ≤ 0,26 Å aralığında toplanmıştır (2.0, 2.5, 3.0, 3.5 ve 4.0 mg/mL); laminin γ-1 (1,5, 2.0 ve 2,5 mg/mL) ve onların karmaşık (0.8, 1.0, 1.25 ve 1.5 mg/mL).</li>
		<li>Veri arabellek ve işleme yazılımı sisteme özgü kullanarak örnekleri için azaltmak. PRIMUS/qt12 (Şekil 2A) gibi bir program kullanarak protein verilerinden bir arabellek katkı çıkarma.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. veri analizi
Not: Şu anda SAXS veri analizi için yararlı olan bir kaç yazılım paketleri vardır: ScÅtter43 (download www.bioisis.net elde edilebilir), bioXtas ham44ve ATSAS suite13. Bu bölüm belirli adımlar ATSAS 2.8.1 alınır ve ham SAXS analiz ATSAS kullanarak veri suite programı gerçekleştirilecek genel adımları genel bir bakış sağlar download. Diğer programlar kullanılabilir ve kısa bir süre sonra ele alınmıştır.
<ol><li>Arabellek çıkarma Not: Aşağıdaki adımları yalnızca statik SAXS örnekleri ilgilidir.<ol>
<li>PRIMUS/qt içinde "Açık" menü seçeneğini seçin ve ilgi veri dosyalarını seçin. Veri dosyaları ilk sütun s-vektör eksen olan ASCII biçiminde olmalıdır ve ikinci sütunun yoğunluğu olduğunu unutmayın. Arabellek için bu verileri aynı menüsüne ekleyerek toplanan veriler için bu adımı yineleyin.</li>
		<li>"Çıkart" sadece faiz makromolekül saçılma temsil eden bir subtracted saçılma eğrisi oluşturur veri işleme penceresinde seçin. Her toplama için bu adımı yineleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Guinier Analizi<ol>
<li>Guinier analiz gerçekleştirmek için bir arabellek düşülen dağılım eğrisi PRIMUS/qt adım 2.1.1 daha önce açıklandığı gibi yükleyin.</li>
		<li>"Radius, hangi Primus Guinier Sihirbazı; açılmasına devam edecek eylemsizlik" tıklayın bir komplo ln(I) vs q2 -ecek var olmak göstermek.</li>
		<li>Ön Rg elde etmek için yapılı bir dış ölçü birimi PRIMUS/qt. aranan "Autorg" düğme ve tıkırtı "AUTORG" fonksiyonunu kullanın.</li>
		<li>Birden fazla dosya aynı anda onları menünün sağ tarafında 2.1.1 için çok benzer içine ekleme ve hepsini vurgulayarak girdi.</li>
		<li>Veri kalitesi değerlendirmek için önceki oluşturulan Guinier Arsa kullanın; yeşil hat Guinier Arsa altında uygun bir doğrusallık temsil eden kalanlar Arsa gösterir. Guinier analizde non-lineer örnek toplama bir belirtisi olabilir ve daha fazla çözümleme bu durumda gerçekleştirilmesi gereken değil unutmayın. Not: Bir doğrusal Guinier uyum bir Rg ile küçük bir hata verir (< % 5) ve yüksek kaliteli örnek göstermektedir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Kratky Analizi<ol>
<li>Yukarıda açıklandığı gibi benzer bir şekilde görüntülenmeyecektir için verileri yüklemek.</li>
		<li>"Seçin"yanındaki kutuyu veri dosyasının adını tıklatın. Bu verileri ayrı bir pencerede çizmek.</li>
		<li>Açılan menüde "Kartky komplo" seçim ardından "Komplo" düğmesini tıklatın.</li>
		<li>Bu "q2 x L(q) vs q" olarak verileri çizmek. Süre gelişeceğini proteinler bir plato yerine bir tepe görüntülemek ve bir hiperbolik Arsa17benzer globüler proteinler bir Gauss tepe görüntülemek unutmayın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Veri birleştirme<ol>
<li>Yük arabellek veri PRIMUS/qt her konsantrasyon için bir kez daha, adım 2.1.1 olduğu gibi çıkartılır.</li>
		<li>Verileri birleştirmek için işlem penceresinde "Birleştirme" düğmesini tıklamanız yeterlidir.</li>
		<li>Her eğri ve ben orijinal örnekten yapılan dilutions ilişkili olan ölçek numarasını kontrol edin. Not: Örnekleri, daha yüksek konsantrasyon eğrileri kuyruk bölgede daha az gürültü görüntüler.</li>
	</ol>
</li>
	<li>P(r) dağıtım<ol>
<li>P(r) Arsa üretmek için birleştirilmiş verilerin eğrileri PRIMUS/qt daha önce açıklandığı gibi yükleyin.</li>
		<li>Sağ tarafında dağınık ışık vs q ve çift-mesafe dağıtım işlevini Arsa yoğunluğunu birleştirilmiş veri sunan yeni bir pencere açmak için "Mesafe dağıtım" düğmesini tıklayın. Not: Çift-mesafe dağıtım işlevi hesaplamaları genel kalitesini sağ tarafı hakkında bilgi verir.</li>
		<li>Ham veri kuyruk sonunda herhangi bir önemli sesini önlemek için birleştirilmiş veri veri aralığını ayarlayın.</li>
		<li>Veri noktaları düşük-q bölgesindeki kiriş stop yakın atlayın.</li>
		<li>Bir dizi Guinier analizinden elde edilen 5 kat ~ Rg Dmax, başlangıç belirlemek için. P(r) Arsa aniden sıfıra y ekseni üzerinde bırakma değil ve uzun kuyruklu sıfır yaklaşırken önce yok kadar yavaş yavaş bu değeri azaltmak.</li>
		<li>Bu kontrol deneysel Rg/ben0 (Guinier yaklaşım türetilmiş) ve P(r) Rg/ben0benzer sayılardır. Not: bazı durumlarda, daha fazla veri, veri noktaları ve alfa (hangi program ne kadar dikkat deneysel verilerin uygun için karşılaştırıldığında dağıtım düzgünlüğünü ödenir oranı söyler regularization parametre) dizi manipülasyon da gerekli21 kaliteli P(r) Arsa almak için.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. ab Initio boncuk modelleme ve ortalama
<ol><li>Birden çok konsantrasyonları toplanan veri birleştirilir, ya da S-SAXS kullanarak toplanan verileri en aza indirilir ve Kratky arsa, P(r) Arsa ve Guinier analiz doğrulandıktan sonra düşük çözünürlüklü yapıları oluştururlar hesaplamak ve kendi kompleksleri. Bu boru hattı çalışma çözüm yapıları ve nükleik asitler, proteinler ve nükleik asitler protein veya protein-protein kompleksleri10,11,21,22,23 etkileşimleri için kullanılabilir ,24,25,26,27,28,29,30,31,32 ,33,34. DAMMIN Svergun35 ve Benzetimli Tavlama protokolleri Rg ve Dmax ön giriş bilgi ile istihdam ATSAS paket13, bir parçası tarafından geliştirilen, en popüler programlarından biridir . Ab initio modelleme yaklaşımlar ve ilkeleri açıklanmıştır ayrıntılı olarak başka bir yerde18,36.</li>
</ol>

Yazarların bildirmek için hiçbir açıklamalar vardır.

Bu kağıt ekle arabellek çıkarma, Guinier analiz, Kratky analiz, veri birleştirme ve P(r) dağıtım protokolü bölümünde özetlenen SAXS veri analizi kritik adımlar. Ab initio boncuk modelleme burada ayrıntılı olarak ele alınacak çok geniş ve bu nedenle yalnızca kısa bir süre kaplı olmasıdır.
(Örneğin Almanya'da DESY, elmas İngiltere'de ve Fransa'da ESRF) synchrotrons, çok küçük bir kısmı için SAXS veri toplamak mümkündür (~ kaç µL) kesirler olarak her örneğinin s sütundan eluted yani bağlı satır içi (bkz: resim 1 ). Melosun dağınık SAXS veri radyal arabellek çıkarma yer almadan önce araç üreticisi veya sinkrotron tarafından sağlanan paketleri kullanarak ortalama. Elde edilen 1D veri miktarını dağınık ışık ( ben(q)) Ytemsil-eksen ve saçılma açı (q= 4πsinθ/λ λ dalga boyu olay Xnerede,-ışınları) ve Şekil 1' de özetlenen. PRIMUS/qt12 program doğrudan arabellek nedeniyle herhangi bir arka plan çıkarmak için kullanılır ve 1.1 bölümünde anlatılan. Diğer programları gibi; ScÅtter43 (download www.bioisis.netelde edilebilir) bir eğitim elde edilebilir vasıl https://www.youtube.com/channel/UCvFatdC5HcZOLv6OSjblfeAve bioXtas ham44 (elde edilebilir vasıl https:// ile bioxtas-raw.readthedocs.io/en/Latest/index.html) ATSAS paketi alternatif olarak kullanılabilir.
Guinier analiz örnek toplama ve homojenliği olarak Eylemsizlik yarıçapı (Rg) düşük s bölge14SAXS verileri esas ilgi makromolekül için bilgi sağlar. Bir komplo PRIMUS/qt ile ilâ 1,30 q için azami menzili ile uygun eğrisi ve ardından her konsantrasyon, elde edilen SAXS veriler için inşa edilmiştir Rgx. Doğrusal olmayan bir Guinier toplama sonuçları15,16çizmek ise monodispersed numune hazırlama (Şekil 2B), bu bölgede bir doğrusal Guinier Arsa sağlamalıdır. Guinier analiz doğrusal ise, "unfoldedness" bir makromolekül ilgi derecesini katı vücut modelleme gerçekleştirmek veya düşük çözünürlüklü modellerin topluluklar oluşturmak karar verirken yararlı olan Kratky komplo ile görülebilmektedir. Küresel bir protein molekülleri genişletilmiş, ancak Çan şeklinde bir eğri arsa veya gelişeceğini peptidler Plato hatta daha büyük q aralığında artış ve bell-şekil (Şekil 2C) eksikliği görünür bir Kratky görünür.
Rg Guinier analizinden elde yalnızca 1 D dağılım çizim (Şekil 2B) düşük q bölgesinden veri noktaları dikkate alır, ancak, dolaylı bir Fourier dönüşümü gerçekleştirmek için neredeyse tüm veri kümesi kullanmak mümkündür Dmax ve Rg üzerinde bilgi sağlayan bir gerçek uzay mesafe dağılım fonksiyonu (P(r)) ln (ı (q)) vs (q) karşılıklı yer bilgileri dönüştürmek için (Şekil 2B) P(r) arsa şeklini faiz18,19makromolekül brüt çözüm biçimi temsil eder. karşılıklı-alan veri dönüştürme gerçek alanı veri kritik bir adımdır ancak ayrıntılı bir açıklama bu kağıt kapsamında değildir. Bu nedenle, her parametre anlamak için Svergun20 tarafından bir makaleye bakın.
Arabellek düşülen bir kez bireysel konsantrasyonları Guinier analizi ile istikrarlı bir değer ile Kratky analizi ile onların katlama desen inceleyerek takip Rg, işlenen veri, bu veriler birleştirilebilir. Birleştirilen verilerin nidogen-1, laminin γ-1 ve onların karmaşık yukarıda açıklandığı gibi işlenmiş olan ve elde edilen P(r) araziler için 2B şekilsunulmaktadır. İdeal olarak, bir de çift-mesafe dağılım fonksiyonu benzer Rg ve Dmax değerleri her konsantrasyon için toplanan SAXS veri sağlar olup olmadığını belirlemek için P(r) her yoğunlaşması hesaplamak. Rg ve Dmax benzer konsantrasyonları geniş bir aralığında kalırsanız, Kullanıcı devam etmek. Bu veri birleştirme önce sinyal bağlı olarak, veri kesilmiş unutulmamalıdır. Konsantrasyonları ve/veya soruşturma altında oluştururlar molekül ağırlığı düşük ise bu kez durum.
Düşük çözünürlüklü şekil analiz DAMMIN kullanarak çeşitli modlarda yapılabilir (Örneğin hızlı, yavaş, uzman modu, vb). Hızlı mod P(r) Arsa kaliteli modelleri sağlıyorsa değerlendirmek için ideal bir ilk adımdır. Tipik olarak, en az 10 modelleri tekrarlanabilir sonuçlar, düşük çözünürlüklü yapısı açısından, sığdır değiştirgesi χ (0,5-1,0 değeri bizim kapsamlı çalışmaları temel iyi olarak kabul edilir olarak adlandırılan düşük bir iyilik ile elde edilen Eğer kontrol etmek her P(r) arsa için elde ), deneysel olarak toplanan SAXS veriler ve model alınan verileri arasında bir anlaşma açıklar değeri. Yayın amaç, biz genellikle yavaş ya da uzman modu kullanın ve en az 15 modelleri hesaplamak. DAMMIN ek olarak, o, DAMMIF37, hem hem GASBOR38 daha hızlı bir versiyonu da alternatif vardır. Ayrıca, protein-protein veya protein nükleik asit kompleksleri çalışmaya, hem oluştururlar, hem de onların karmaşık için bireysel SAXS verilerin eşzamanlı uygun kolaylaştırır MONSA programı35, kullanmak mümkündür. RNA-protein etkileşim çalışmaları için de yüksek çözünürlüklü modeli hesaplamalar hakkında daha fazla bilgi için Patel ve ark3tarafından son bir makaleye bakın.
SAXS teorik olarak basit ama hiç şüphesiz çok tamamlayıcı bir yöntem diğer yapısal biyoloji araçları ve sonuçları kendi başına kullanılabilir düşük çözünürlüklü yapısal veri veya bilgi aydınlatmak için yüksek çözünürlüklü teknikleri ile birlikte makromoleküllerin yapısı ve dinamikleri hakkında. Monodispersed hazırlanması oluştururlar ve kendi kompleksleri elde edilebilir olduğu sürece, SAXS çözüm yapısı ve etkileşimleri biyolojik makromolekül herhangi bir tür eğitim için yararlı olabilir. Burada tartışılan karmaşık söz konusu olduğunda dikkat çekici o daha az ise her iki proteinlerin etki alanları kalan diğer etkileşim serbestçe erişilebilir azot-1 ve laminin genel olarak erişilebilir yüzey alanı yüzde 10'u bu karmaşık γ-1 gömülü proteinler hücre dışı matriks yapısal sertlik (Şekil 3) korumak için. İle birlikte için bu tür bilgileri almak ~ 240kDa x-ışını kristalografisi, NMR ve Cryo-EM mikroskobu gibi diğer yapısal biyoloji teknikleri kullanarak çok zor olurdu.
X-ışını kristalografisi veya NMR ile ortaya çıkarılması protein yapısı doğal olarak zaman alıcı bir süreçtir. Bu darboğaz yapı belirlenmesi SAXS gücünü yapısal bir teknik olarak gösterir nerede bir alandır; veri toplama bir tek SAXS deneyi için bir saat alabilir ve aerodinamik analiz yazılımı sayesinde, hızlı ve verimli bir şekilde Analizi yapılabilir. SAXS yüksek çözünürlüklü veri kullanılabilir olmadan önce makromoleküllerin yapısı düşük çözünürlüklü bir model sunuyor çünkü tek başına bir teknik olarak yapısal çalışmalar-den geçerek büyük artış potansiyeline sahiptir. Uzun bir süre boyunca yüksek düzeyde protein ifade ve istikrar gerektiren veri toplama son derece saf, konsantre örnek gereksinimini diğer yapısal teknikleri bir engeldir. SAXS da saf ve konsantre olmaya gerek örnekleri, örnek birimleri kabaca 100 iken SAXS analiz için yapısal diğer tekniklerle karşılaştırıldığında nispeten ucuz bir yöntem yapım µL. Ayrıca, bir ek kalite kontrol adım sağlayan boyut dışlama kromatografi ile birleştiğinde SAXS giderek yaygın hale geliyor. Son zamanlarda esnek sistemleri aydınlatmak için Ensemble optimizasyonu yöntemi (EOM)45,46 kullanarak verileri NMR ve SAXS birlikte güçlü gelişmeler oldu. Mertens ve Svergun47tarafından son bir yazıda, yazarlar NMR, birlikte birçok diğer örnekler NMR ile birlikte kullanılan SAXS veri ile birlikte EOM SAXS birden çok son örnekleri açıklar. Gelişmeler sürekli SAXS alanında yapılmaktadır ve yeni teknikleri ile birlikte kullanılmak üzere SAXS için gelişmiş, değil sadece ücretsiz için yapısal diğer teknikleri. Sonuç olarak, biz SAXS talebi sadece zaman, özellikle içinde dinamik sistemleri işlevleri esneklik tarafından tanımlandığı karakterize NMR ile birlikte artacak inanıyoruz.

Karmaşık ağları cascades sinyal ve yapısal bütünlüğünü korumak gibi hücresel işlevler yürütmek için Moleküler makineler olarak hareket proteinlerin hücre içeriyor. Bu farklı bileşenleri taşımak ve üç boyutlu uzayda etkileşim yolları açmaktadır oluştururlar belirli işlevleri için. Protein yapısı, dinamiği ve etkileşimleri işlevi belirlemede önemi bu özellikleri ölçmek sürekli gelişen, karmaşık teknikleri gerek sağlamıştır. Bunlar nükleer manyetik rezonans (NMR), x-ışını kristalografisi (XRC) ve daha yakın zamanda, Cryo-elektron mikroskobu (CEM) sağlamak yüksek çözünürlüklü yapısal bilgi. Ancak, XRC ve CEM birçok biyomoleküler durumlardan yapılarının verim ve 3D yapı belirlenmesi NMR tarafından daha küçük globüler proteinler için genellikle sınırlı olmakla birlikte protein yapısının mekanizmaları hakkında bilgi eksikliği. Bu sınırlamaları aşmak için bir yol küçük açı X-Ray saçılma (büyük, çoklu etki alanı veya complexed sistemlerinin moleküler zarf oluşturmak ve global aydınlatmak için yüksek çözünürlüklü katı makromoleküllerin yapılarının birleştirmek için SAXS) kullanmaktır yapısı ve dinamik özellikleri.
SAXS fikir değil sadece yapısı aynı zamanda karmaşık görüntüler dinamik özellikleri içine veren makromoleküllerin kompleksleri düşük çözünürlüklü zarflar yaklaşık 10-20 Å 1, çözünürlüğe sahip üretir. SAXS moleküler yapısı ortaya çıkarmak için röntgen kullanır, çözüm parçacıkları rasgele izotropik yönünü kırınım ama atomik çözünürlük verim cant saçılma oldukça yol değil bu XRC olsa da. Bunun yerine, bir elektron "zarf" makromolekül makromolekül görüntüler biçimler ortalama temsil eden oluşturulur. Bu bilgiler daha önce çözüldü atomik çözünürlük yapıların doğrudan uydurma bölgelerinde esneklik tek protein veya alt birimi kuruluş veya daha büyük, çok protein kompleksi dinamiklerini anlaması için kullanılabilir. SAXS veriler yüksek enerjili monokromatik x-ışınları kullanarak synchrotrons veya örnek çekim hızı (Şekil 1) saniye yerine saat gerektiren daha zayıf bir x-ışınları kaynak teklif şirket içi kaynaklardan toplanmıştır. SAXS veri kez toplanan bir tek deneysel tertibat ve arabellek, bir sistemde bir tur yararlı veri toplamak için uzun bir süre gerektiren çeşitli örnekleri. Örnekleri bu nedenle doğrulanabilir kalite kontrol yöntemleri dinamik ışık saçılma (DL) ve/veya yüksek kaliteli SAXS veri2 ' yi edinmek için analitik ultracentrifuge (AUC) analizi gibi temel alan en az bir kaç saat için istikrarlı ve sigara toplayarak olmalıdır , 3. burada SAXS, ilkeleri, kullanımı, yararları, sınırlamalar ve numune hazırlama ve odak ağır üzerinde veri toplama ve analizi, arkasında pratik bir açıklaması ile birlikte kullanarak modelleme kısaca üzerinde ab initio sağlamak hücre dışı matriks proteinleri nidogen-1 ve laminin γ-1 deneysel örnek olarak.
İlkeler, faydaları ve sınırlamaları SAXS:
SAXS arkasında yol gösterici principle(s) oldukça basittir: bir çözüm macromolecule(s) ilgi monodispersed hazırlanması bir kılcal içinde yerleştirilir ve yüksek enerji monokromatik röntgen ışını maruz kalmaktadır. Fotonlar elektronların atom kabuk salınan, başlamak için küresel bir dalga dalga boyu aynı enerji ve yayılan neden. Her elektron salınım beri sürekli bir arka plan elde ve makromolekül ortaya çıkan elektron yoğunluğu arka plana tezat. Elde edilen saçılım yoğunluğu saçılma açı, 2Θ bir fonksiyonu olarak toplanır (Şekil 1).
Diğer teknikleri XRC, NMR ve CEM atomik düzeyde yapısal bilgi sağlamak gibi diğer teknikleri sağlayamaz SAXS için birden çok faydası vardır. SAXS hemen hemen her arabellekte gerçekleştirilebilir ve herhangi bir özel numune hazırlama gerektirmez. Bu davranış ve yapısını oluştururlar varlığı ya da yokluğu mono - veya divalent katyonlar veya pH4,5değişimler gibi çeşitli koşullarda eğitim özellikle önemlidir. SAXS bir makromolekül6, listelenen diğer teknikleri ile mücadele bir şey esnek bölgeleri hakkında bilgi sağlama yeteneği vardır. Güçlü bir ücretsiz teknik bir makromolekül olmanın istikrarlı bölümleri XRC, NRM veya CEM ve tüm makromolekül okudu veya karmaşık SAXS ile düşük çözünürlüklü analiz ve çeşitli analiz araçları gibi kullanarak kombine olarak SAXS bu nedenle, kullanılabilir FoXSDock7 veya CRYSOL8. SAXS bir çözüm teknik olduğundan, genellikle statik yapının XRC elde edilen bu gibi çözüm6' tutarlı olup olmadığını onaylamak için kullanılır. SAXS da örnek yatırım (genellikle 50-100 µL) nispeten az miktarda ve deney süresi (30 dk - 1 h) nispeten az miktarda gerektirir bir teknik olmanın avantajı var.
En büyük SAXS örnek toplama ve/veya yanlış yapısal Öngörüler için yol açabilir bozulması güvenlik açığı kısıtlamasıdır. Bir toplama, hatta %5, düşük ışık maksimal Parçacık boyut (Dmax) ve eylemsizlik (Rg) yarıçapında bir tahmindi lider çok yüksek miktarlarda dağılım. Öte yandan, örnek bozulması moleküler özelliklerini bir hafife için yol açabilir. Bu güvenlik açığından örnek homojenliği güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar elde edilmesi için kritik olduğu anlamına gelir bir ortalama tekniği olmak SAXS kaynaklanmaktadır. SAXS tarafından analiz edilecek olan herhangi bir örnek bu nedenle, arıtma ve homojenliği çek, denaturing ve yerel Jel Elektroforez, boyutu dışlama kromatografi, dinamik ışık saçılma, gibi birden çok yöntem geçmesi ve analitik ultrasantrifüj. Genellikle, SAXS beamlines örnekleri son kalite kontrol olarak yüksek performanslı sıvı kromatografi ile adım SAXS (S-SAXS)3,9önce çalışır. SAXS veri birden çok konsantrasyonları toplanmalıdır ve her veri kümesinin Rg interparticle etkileşim ve toplama, hangi bir tahmindi parçacık içinde sonuçları önlemek için yakın bir benzerlik sağlanması karşılaştırılması gereken Boyutlar, lider hatalı veri analizi ve modelleme. Saçılma konsantrasyon ve boyutu üzerinde bağlı olduğundan daha küçük oluştururlar konsantrasyon aralığı daha ayrıntılı bir optimizasyon gerektirebilir. Bu nerede küçük açılar ve küçük boyutlarda geniş açı doğru doğru büyük boyutlarda dağılım Karşılıklılık teoremi, kaynaklanmaktadır. Bu veri toplama, benO nerede R-6, orantılı R parçacık RADIUS nerede ortaya çıkar. Bir son SAXS örnek radyasyon zarar potansiyeli için verilerin bozulma yol açabilir pozlama sırasında kısıtlamasıdır. Önce ve sonra SAXS örnek maruz kalma bu değil oluştuğunu emin olmak için örnek kalite karşılaştırmak için iyi bir yöntemdir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>HEK 293 EBNA Cell Line</td>
			<td>In-Lab availability</td>
			<td>-</td>
			<td>Cell line used to overexpress protein(s)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ni Sepharose High Performance histidine-tagged protein purification resin</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17524801</td>
			<td>Affinity protein purification resin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superdex 200 Increase 10/300</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>28990944</td>
			<td>SEC Column</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#196;KTA Pure FPLC</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>-</td>
			<td>FPLC System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop</td>
			<td>Nanodrop</td>
			<td>-</td>
			<td>Spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Basic Reagents (NaCl, Tris-HCl etc.)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>S-MAX3000</td>
			<td>Rigaku</td>
			<td>-</td>
			<td>SAXS Pinhole Camera System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zetasizer Nano-S</td>
			<td>Malvern Instruments Ltd</td>
			<td>-</td>
			<td>Dynamic Light Scattering instrument</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.1&#181;m Filter</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>JVWP04700</td>
			<td>Used to Concentrate Sample Prior to DLS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thrombin cleavage kit</td>
			<td>abcam</td>
			<td>ab207000</td>
			<td>Thrombin cleavage to remove His tag</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Strep-Tactin Sepharose Column</td>
			<td>IBA</td>
			<td>2-1201-010</td>
			<td>Strep-Tag Affinity Purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D-desthiobiotin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>533-48-2</td>
			<td>Elution of Strep Tag Protein</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Software</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SAXGUI</td>
			<td>Rigaku</td>
			<td>-</td>
			<td>Data Collection for SAXS and data reduction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATSAS Suit</td>
			<td>Franke et al., 2017</td>
			<td>-</td>
			<td>SAXS Data Analysis Software program suite</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PRIMUS</td>
			<td>Konarev et al., 2003</td>
			<td>-</td>
			<td>Buffer Subtraction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GNOM</td>
			<td>Svergun, 1992</td>
			<td>-</td>
			<td>Rg, Dmax and p(r) Calculation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAMMIF</td>
			<td>Franke and Svergun, 2009</td>
			<td>-</td>
			<td>Ab initio model calculation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAMAVER</td>
			<td>Volkov and Svergun, 2003</td>
			<td>-</td>
			<td>Averaged Solution Conformation calculations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MONSA</td>
			<td>Svergun, 1999</td>
			<td>-</td>
			<td>Simultaneous model fitting for the complex</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GASBOR</td>
			<td>Svergun et al., 2001</td>
			<td>-</td>
			<td>Alternative Ab initio model calculations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DTS Software V6.20</td>
			<td>Malvern Instruments Ltd</td>
			<td>-</td>
			<td>DLS supplied instrument software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyMOL</td>
			<td>Schrodinger, LLC.</td>
			<td>-</td>
			<td>The PyMOL Molecular Graphics System V2.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Protein Data Bank</td>
			<td>Berman et al., 2000</td>
			<td>-</td>
			<td>PDB ID: 1NPE</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

structural studies of macromolecules in solution using small angle x-ray scattering

Protein-protein etkileşimleri proteinler birden çok küresel etki alanlarıyla ilgili nasıl böyle kompleksleri form ve nasıl etki alanlarında odaklı/konumlandırılmış belirlemek için teknik sorunlar mevcut. Burada, hangi belirli etki alanları aracılık etkileşimleri aracılığıyla ab initio modelleme uygulamasının sisteminde elucidating için potansiyel bir protokolle açıklanmıştır. Bu küçük açı X-ray saçılma (SAXS), kromatografi ve atomik çözünürlükte yapılar birlikte bir melez yaklaşım verilerden tümleştirme içerir çözüm yapıları oluştururlar ve kendi meclisleri hesaplamak için bir yöntem sağlanmıştır. Belirli bir örnek tam uzunlukta nidogen-1, hücre dışı matriks proteinleri birleştirir ve bir genişletilmiş, kavisli nanostructure formları karmaşık ilgilidir. Onun küresel etki alanlarından biri laminin γ-membran yapılar 1 için ekler. Bu esnek çok etki alanlı protein kompleksleri doğru yapılarının belirlenmesi için bir temel sağlar ve Otomasyon Robotik ve boyutu dışlama Kromatografi Sistemleri ile birleştiğinde sinkrotron kaynaklar tarafından etkinleştirilir. Bu kombinasyon birden fazla oligomeric durum sadece SAXS veri toplama önce ayrıldığı hızlı analiz sağlar. Analiz eylemsizlik, parçacık boyutu, moleküler şekli ve etki alanları arasında eşleştirme yarıçapı hakkında bilgi verir. Protokol bileşeni proteinlerin yüksek çözünürlüklü yapıları yaklaştırarak kompleksleri 3D modeller oluşturmak için de verilir.

Yukarıda açıklanan veri analizi yaklaşımı Rg ve Dmax nidogen-1, laminin γ-1 ve P(r) işlevini kullanarak kendi kompleksi için hesaplamak için kullanılmıştır. 7,20 (±0.10) nm, 8.10 (±0.20) nm ve nidogen-1, laminin γ-1 ve onların karmaşık 10.9 (±0.4) nm Rg değerleri sırasıyla elde (Şekil 2A-B). Buna ek olarak, Dmax değerleri 24 nm, 26 nm ve 35 nm nidogen-1, laminin γ-1 ve onların karmaşık için sırasıyla elde (Şekil 2)10 . DAMMIF programı nidogen-1 ve laminin düşük çözünürlüklü yapılar elde etmek için kullanılan γ-1, her iki protein çözüm Genişletilmiş şeklinde kabul önerdi. Nidogen-1 (~ 1 ve 0.8) ve laminin γ-1 X ve NSDAP değerleri (~0.9 ve 0.8 sırasıyla) kabul edilebilir aralıkta da vardı. Yüksek çözünürlüklü yapıları hizalamasını, nidogen-1'in iki etki alanı ve iki laminin γ-1, SAXS kullanılarak elde onların düşük çözünürlüklü yapıları üzerinde onların N ve C terminali bölgeleri10tanımlaması izin.
Nidogen-1 laminin γ-139,40 etkileşen bir ortağı olarak tespit edildi ve etkileşim sitesi C-terminal etki alanları41x-ışını kristalografisi kullanarak eşlendi. Ancak, yüksek çözünürlüklü yapıları sadece etkileşen etki alanları değil, tam uzunlukta nidogen-1 veya tüm laminin γ-1 kol dahil. Bu nedenle, bir karmaşık içeren nidogen-1 (tam boy) ve laminin γ-1 kol etkileşen bölgeler de N-terminal etki alanları her iki protein göreli yönünü çalışma olarak tanımlamak için saf. SAXS veri kompleks için bir Rg 10.9 (±0.4) nm ve bir Dmax 35 vermiştir nm. Biz MONSA etki alanları geri kalanı çok birbirlerine dışında ( ise gerçekten de, sadece iki protein C-terminal bölgesi etkileşimleri, arabuluculuk alması önerilen tüm karmaşık düşük çözünürlüklü yapısını elde etmek için kullanılan Şekil 3, Video 1).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58538/58538fig1.jpg"> Şekil 1. Şemaları SAXS tuzak. Yüksek enerjili x ışınları ile pozlama ardından biomolecules veya kendi kompleksleri monodispersed hazırlanması hazırlanır. (Örneğin, şirket içi vs sinkrotron) kaynağına bağlı olarak, x-ışınları ve örnek kaynak mesafe için enerji değişebilir. (Bu biomolecules şekli ve boyutu bağlıdır) röntgen saçılma desen kaydedilir ve radyal saçılma açı ile ilgili olarak dağınık ışık yoğunluğu hakkında bilgi içeren bir 1 boyutlu çizim (1 D) elde etmek için Ortalama olarak. Arabellek moleküller de ışık dağılım gibi bu moleküller katkılarıyla bir saçılma kalıp biomolecules ilgi ile elde etmek için çıkarılan. SAXS veri toplama önce sinkrotron, satırdaki boyut dışlama/yüksek performanslı Kromatografi kullanarak bir ek arıtma adım da genellikle gerçekleştirilir (en iyi görünümü). İlişkisiz herhangi bir biomolecules karmaşık kaldırmak için herhangi bir araya getirilmiş ve/veya bozulmuş ürün kaldırmak için kritik bir adımdır. 1D saçılma Arsa Eylemsizlik yarıçapı ve biomolecules en büyük parçacık boyut sağlayan elektron çifti-mesafe dağıtım arsa için (P(r) arsa) dönüştürülür. Bu arsa için paketleri (Yani, DAMMIN/DAMMIF) modelleme ab initio girdi dosyası olarak biomolecules veya diğer paketleri (Yani, SASREF/mercan) düşük çözünürlüklü yapıları elde etmek için kullanılan yüksek çözünürlüklü yapı bölümlerinin biomolecules veya kompleks bireysel biomolecules bilinir.  <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58538/58538fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58538/58538fig2.jpg"> Şekil 2. (A) dağınık ışık vs saçılma açı bir yoğunluk bir arsa (q = 4πsinθ/λ, nm-1) biomolecules (düşük bölge) ve biomolecules (yüksek bölgesi) şeklinde kalitesini öne. (B) elektron çifti-mesafe dağıtım saçılma verilerden belirlenir P(r) biomolecules soruşturma (laminin γ-1, nidogen-1 ve onların karmaşık) altında uzun bir şekil öneririz. (C) Kratky bu nidogen-1 Arsa düşündüren ve laminin γ-1 proteinler gelişeceğini değildir. (D) nidogen-1, laminin γ-1 için Guinier çizim ve düşük-saçılma açıyla verileri kullanarak Eylemsizlik yarıçapı tespiti için doğrusal bölge gösteren onların karmaşık. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58538/58538fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58538/58538fig3.jpg"> Şekil 3. Nidogen-1 ve laminin γ-1 programı MONSA kullanarak birleştirilen veri kümesi analizi ile elde edilen kompleks düşük çözünürlüklü yapısını. Renk düzenini Şekil 2ile aynıdır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58538/58538fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Movie 1" src="/files/ftp_upload/58538/58538movie1.jpg"> Video 1. Nidogen-1 ve laminin düşük çözünürlüklü yapısı γ-1 karmaşık. Bu film karmaşık çeşitli yapısal özelliklerinden görselleştirmek için PYMOL kullanarak hazırlanmıştır. Laminin-nidogen kompleks kristal yapısı (PDB ID: 1NPE) gösterilir şerit çizgi film etkileşim vurgulayarak bu kompleks için siteleri. Renk düzenini Şekil 2ile aynıdır. Bu videoyu izlemek için <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58538/complex_movie.mpg" target="_blank">lütfen buraya tıklayın. (İndirmek için sağ tıklatın.)</a>

Watch this Scientific Journal Video about Structural Studies of Macromolecules in Solution using Small Angle X-Ray Scattering at JoVE.com

Structural Studies of Macromolecules in Solution using Small Angle X-Ray Scattering

Burada, nasıl küçük açı X-Ray saçılma (SAXS) düşük çözünürlüklü zarflar makromoleküllerin yapıları temsil eden hakkında bilgi edinmek için kullanılması gereken mevcut. X-ışını kristalografisi ve nükleer manyetik rezonans gibi yüksek çözünürlüklü yapısal teknikleri ile birlikte kullanıldığında, SAXS detaylı yorumlara çok etki alanlı proteinler ve makromoleküllerin kompleksleri çözüm sağlayabilir.

Küçük açı x-ışını saçılması kullanarak çözüm yapısal oluştururlar çalışmaları

Protein-protein interactions involving proteins with multiple globular domains present technical challenges for determining how such complexes form and ...

Bu yöntem biyokimya alanındaki boyut, şekil ve konformasyonel değişimler ve kompleksleri gibi anahtar soruların yanıtlenmesine yardımcı olabilir. Bu tekniğin en büyük avantajı, biyomoleküllerin stabil olduğu bir ortamda deneylerin fizyolojik olarak ilgili tampon koşullarda yapılabilir olmasıdır. SAXS diğer birçok biyofiziksel ve yapısal biyoloji yöntemleri için ücretsiz bir tekniktir.SAXS'ı bu yöntemlerle birleştirmek yapı bazlı tedavi geliştirmede bize yardımcı olabilir. Bu yöntem biyomoleküler kompleksler hakkında bilgi sağlasa da, nanopartikler ve ilaç dağıtım verzilikleri gibi diğer sistemlere de uygulanabilir. Genellikle, bu yönteme yeni yeni bireyler ham saçılma verilerinden düşük çözünürlüklü yapılara geçmek için ezici ve karmaşık bir süreç olarak göründüğü için mücadele edecektir.Bu yöntemin görsel gösterimi, ham verilerden yapısal modeller elde etmek için veri analizi boru hattı olarak çok önemlidir, çünkü birçok farklı yazılım paketinin kullanımını içerir. SAXS veri analizi için yararlı olan birkaç yazılım paketi vardır. Bunlar arasında SCATTER, BioXTAS RAW ve ATSAS paketi bulunmaktadır.Bu videoda, ATSAS program paketini kullanarak ham SAXS verilerini analiz ederken atılması gereken genel adımlara genel bir bakış sunacağız. Başlamak için ATSAS program paketini yükleyin ve yükleyin. PRIMUS/Qt programını açın ve Menü'yü aç seçeneğine gidin.Burada, ilgi çeken en fazla 13 veri dosyası seçin. Veri dosyaları, ilk sütunun s-vektör ekseni, ikinci sütunun yoğunluk olduğu ASCII biçiminde olmalıdır. Arabellek yalnızca veri için bu adımı tekrarlayın, bu verileri ikinci bir Araçlar menüsüne ekleyin.Ardından, Veri İşleme penceresine gidin ve Çıkar'ı seçin. Bu, sadece ilgi makromolekülünden saçılmayı temsil eden bir saçılma eğrisi oluşturur. Guinier çözümlemesi gerçekleştirmek için, PRIMUS/Qt'ye yüklenen arabellek çıkarılan dağılım eğrisiyle başlayın.Primus Guinier Sihirbazı'nı açacak olan Girdap Yarıçapı'na bir sonraki tıklama. Bu noktada, yoğunluğun doğal günlüğünü gösteren ve saçılma açılarının karesini gösteren bir çizim görüntülenir. Bir ön girdap yarıçapı elde etmek için Komut İstemi penceresini bulun ve Autorg işlevini kullanın.Autorg tuşuna bastıktan sonra, programı istatistiksel ölçümleri güncelleştirmeye zorlamak için üst sınırı bir yukarı, sonra aşağı bir sınırı tıklatın. Alternatif olarak, aynı açık komut istemini tıklatarak ve daha önce açıklandığı şekilde vurgulayarak birden çok veri dosyası adını seçerek aynı anda birden çok dosya girişi. Kratky analizini başlatmak için veri dosyası adını seçmek için tıklatın.Bu, penceredeki verileri çizecektir. Ve sonra, Çizim'i seçin. Ardından, Çizim düğmesinin altında, Kratky Plot tıklayın.Sonuç olarak, küresel proteinler galc-ean zirvesi gösterirken, açığa çıkan proteinler tepe yerine bir plato sergiler ve burada gösterildiği gibi hiperbolik bir çizime benzerler. Primus/Qt'deki her konsantrasyon için çıkarılan verileri bir kez daha yükleyin. İşlem sekmesinin altında, Ölçekle'yi tıklatın ve her eğriyi ve orijinal örnekten yapılan seyreltmelerle ilişkili i-ölçek numarasını inceleyin.Denetimi takiben, İşlem penceresindeki Birleştirme düğmesini tıklatarak verileri birleştirin. Mesafe dağılım çizimini oluşturmak için, birleştirilmiş veri eğrilerini PRIMUS/Qt'ye yükleyin ve ardından Çözümsekmesinde Mesafe Dağılımı'nı tıklatın. Ham verilerin kuyruk ucunda önemli bir gürültüyü önlemek için birleştirilmiş verilerin veri aralığını ayarlayın.Ayrıca, düşük aralık değerini seçerek ve sayıyı artırarak düşük q bölgesindeki beamstop'a yakın veri noktalarını atla. Dmax belirlemek için, Guinier analizi nden elde edilen girdap yarıçapı beş kat daha geniş bir aralık ile başlayın. Daha sonra, mesafe dağılım çizimi y ekseninde aniden sıfıra düşmeden ve sıfıra yaklaşmadan önce uzun bir kuyruğu olmayana kadar bu değeri kademeli olarak azaltın.Guinier yaklaşık ve girdap karşı yoğunluk numaraları mesafe dağılım yarıçapı türetilen gyration karşı yoğunluk arsa, deneysel yarıçapı benzer olup olmadığını kontrol edin. Burada, dağınık ışığın yoğunluğu, nidogen-1 biyomoleküllerinin kalitesini, laminin gamma-1'i ve komplekslerini ve şekillerini düşündüren saçılma açısına göre çizilir. Saçılma verilerinden belirlenen elektron çifti uzaklığı biyomoleküllerin uzamış bir şekle sahip olduğunu ve Kratky çiziminin proteinlerin katlanmış durumda olduğunu, çünkü verilerin platoya yöneldiğini, hatta daha büyük q-aralığında arttığını ve çan eğrisi şeklinden yoksun olduğunu göstermektedir.Buna ek olarak Guinier çizimleri, düşük saçılma açısında veri kullanır, nidogen-1, laminin gamma-1 ve kompleks için burada gösterilen girdap yarıçapı, belirlenmesi için doğrusal bölge gösterir. Protein-protein komplekslerini incelemek için, MONSA tüm nidogen-1 laminin gamma-1 kompleksinin düşük çözünürlüklü yapısını elde etmek için kullanıldı, bu da her iki proteinin sadece C-terminal bölgesinin arabuluculuk etkileşimlerine katıldığını, diğer etki alanlarının ise birbirinden çok uzak olduğunu düşündürmektedir. Synchrotron radyasyonu ile çalışmanın son derece tehlikeli olabileceğini ve ilk veri toplama yı gerçekleştirirken her farklı ışın çizgisi tarafından özetlenen önlemler ve güvenlik önlemlerinin her zaman alınması gerektiğini unutmayın.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

X-ışını kristalografisi Nsa1 S. Cerevisiae üzerinden yapılandırılmamış bölgelerinde modellemek için küçük açı X-Ray saçılma ile birleştirerek

Determination of the full-length structure of ribosome assembly factor Nsa1 from Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) is challenging because of the ...

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Situ dinamik ışık saçılma ile birleştiğinde kristalizasyon büyüyen Protein kristalleri kullanarak farklı boyutları ile otomatik

The automated crystallization device is a patented technique1 especially developed for monitoring protein crystallization experiments with the aim to ...

Characterization of Glycoproteins with the Immunoglobulin Fold by X-Ray Crystallography and Biophysical Techniques

X-ışını kristalografisi ve biyofiziksel teknikleri immünglobulin katlanmış glikoproteinlerin karakterizasyonu

Glycoproteins on the surface of cells play critical roles in cellular function, including signalling, adhesion and transport. On leukocytes, several of ...

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Kontrast eşleştirme deterjan küçük açı Nötron saçılma deneylerde membran proteini yapısal analiz ve Ab Initio modelleme

The biological small-angle neutron scattering instrument at the High-Flux Isotope Reactor of Oak Ridge National Laboratory is dedicated to the ...

Structure Solution of the Fluorescent Protein Cerulean Using MeshAndCollect

MeshAndCollect kullanarak floresan Protein Cerulean yapı çözümü

X-ray crystallography is the major technique used to obtain high resolution information concerning the 3-dimensional structures of biological ...

Fully Autonomous Characterization and Data Collection from Crystals of Biological Macromolecules

Tamamen Özerk karakterizasyonu ve biyolojik oluştururlar kristalleri üzerinden veri toplama

High-brilliance X-ray beams coupled with automation have&#160;led to the use of synchrotron-based macromolecular X-ray crystallography (MX) beamlines for ...

Ion Exchange Chromatography (IEX) Coupled to Multi-angle Light Scattering (MALS) for Protein Separation and Characterization

Ion Exchange Chromatography IEX Coupled to Multi-angle Light Scattering MALS for Protein Separation and Characterization

Protein ayrımı ve karakterizasyonu için birden fazla açıyla ışık saçılma (MALS) birleştiğinde iyon Kromatografi (IEX)

Ion-exchange chromatography with multi-angle light scattering (IEX-MALS) is a powerful method for protein separation and characterization. The combination ...

Characterization of Proteins by Size-Exclusion Chromatography Coupled to Multi-Angle Light Scattering (SEC-MALS)

Characterization of Proteins by Size-Exclusion Chromatography Coupled to Multi-Angle Light Scattering SEC-MALS

Boyutlar-dışlama kromatografi ile çok açılı ışık saçılmasına bağlı proteinlerin karakterizasyonu (SEC-,)

Analytical size-exclusion chromatography (SEC), commonly used for the determination of the molecular weight of proteins and protein-protein complexes in ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

Minimal arka plan saçılma ile Macromoleküler X-ışını Kristalografi için bir hepsi bir arada örnek tutucu

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...