Name: a fluorescence fluctuation spectroscopy assay of protein-protein interactions at cell-cell contacts
Uploaded: 2018-12-01T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts at JoVE.com

这项工作得到了德国基金254850309的部分支持。作者感谢马德伦·卢克纳对手稿的批判性解读。

1. 样品制备: 细胞混合检测
注: 以下协议描述了粘附细胞的混合过程。对于悬浮培养的细胞, 可以对其进行修饰。
<ol><li>在转染前一天, 在6孔板上播种适当数量的细胞,例如 800 , 000 hek 293t 细胞 (用 neubauer 计数室计数)。该数字可以根据播种和转染之间的时间进行修改, 并根据其他细胞类型进行调整。要进行基本实验 (即感兴趣的蛋白质和负对照), 准备至少4口井。在...

通过这里描述的实验过程, 可以利用荧光波动光谱技术, 即 sfccs 和 ccn & amp; b, 研究细胞接触中的蛋白质-蛋白质-蛋白质反式相互作用。这些方法包括对两个光谱分离的 fp 在两个相邻细胞的接触下融合到感兴趣的蛋白质中发出的荧光波动进行统计分析, 每个细胞表达一个或另一个融合蛋白。反式复合物的存在是通过探索蛋白质在相邻的 pm 中的共扩散程度来量化的。除了关于样品制备、?...

许多生物过程发生在细胞相互作用的部位,例如细胞粘附1、2、3、细胞融合4和细胞识别5。这类事件在多细胞生物的发展和细胞细胞交流 (例如免疫反应期间) 中尤其重要。这些过程通常由蛋白质介导, 这些蛋白质被定位在表面,即在相邻细胞的质膜 (pm), 并在细胞接触时进行特定的相互作用, 这些相互作用在空间和时间上得到精确的调节。在许多情况下, 这些相互作用是直接的同型或异型蛋白质-蛋白质-蛋白质反式相互作用, 但也可能涉及离子或配体作为细胞外链接剂 1。虽然具有根本的重要性, 但缺乏直接在活细胞的本地环境中探索这些特定蛋白质-蛋白质相互作用的检测方法。许多方法要么需要细胞破坏 (例如生化检测, 如共同免疫沉淀6)、固定 (例如,一些超分辨率光学显微镜和细胞的电子显微镜)联系人 7), 或非特异性,例如,聚合/粘附检测8,9。为了解决这一问题, 在荧光共振能量传递 (fret)10或荧光互补11的基础上, 实现了荧光技术。然而, 为了在荧光体之间实现足够小的距离, 这些方法需要在蛋白质10的细胞外侧贴上荧光标签, 这可能会干扰反式相互作用。
在这里, 我们提出了一种替代荧光为基础的检测蛋白质相互作用在细胞接触。这种方法结合了荧光相关的方法 (扫描荧光相关光谱 (sfccs), 相关的数字和亮度 (ccn & amp; b)) 和混合细胞表达融合结构的蛋白质兴趣,例如,粘附受体。两个相互作用细胞中的研究受体被标记为两个光谱分离的荧光蛋白 (fp), 从细胞内侧 (见图 1a)。
所采用的方法是基于对荧光融合蛋白通过共聚焦激光扫描显微镜焦体积扩散运动引起的荧光波动的统计分析。更详细地说, 该分析探讨了在细胞细胞接触时两个相邻的 pm 中感兴趣的蛋白质的共同扩散。如果这些蛋白质经历反式相互作用, 这些反式复合物将携带荧光蛋白在两个光谱通道中发射, 从而导致两个发射体的相关荧光波动。另一方面, 如果没有结合发生, 面对 pm 的蛋白质数量波动将是独立的, 不会造成相关的波动。采集可以通过两种方式进行: 1) sfccs 基于跨细胞接触的线形扫描, 并在接触区域的位置有效地探测相互作用。通过荧光波动的时间分析, sfccs 还提供动力学信息,即蛋白质复合物的扩散系数;2) ccn & amp; b 基于对在细胞接触区域获得的一系列图像的像素化分析。它有能力探测和绘制整个接触区域 (在一个焦平面上) 的相互作用, 但不提供动力学信息。这两种方法都可以与分子亮度的分析相结合,即单个扩散蛋白质复合物在时间单位中发出的平均荧光信号, 从而提供蛋白质复合物的化学计量估计。细胞联系人。
在本文中, 我们提供了详细的协议样品制备, 仪器校准, 数据采集和分析, 以执行所提出的检测在商业共聚焦激光扫描显微镜。实验可以在任何配备光子计数或模拟探测器的仪器上进行, 也可以在高数值孔径的目标上进行。我们进一步讨论了协议的关键步骤, 并为导致人工制品事实信号波动的几个过程提供了校正方案,例如探测器噪声、光漂白或细胞运动。该检测最初是为探测粘附细胞之间的相互作用而开发的, 可针对悬浮细胞进行改性, 或适用于模型膜系统,例如巨大的单形囊泡 (guv) 或巨大的质膜囊泡 (gpmv), 从而允许定量的相互作用在不同的脂质环境或在没有一个有组织的细胞骨架12,13。
扫描荧光相关光谱是荧光相关光谱14的一个修正版本, 是专门为探测脂膜15中的慢扩散动力学而设计的。它是基于垂直于 pm 包含感兴趣的荧光蛋白的线扫描采集。为了探测两个不同标记的蛋白质物种的相互作用, 利用两条激光线和两个光谱分离荧光检测窗口, 在两个光谱通道中进行采集。由于 pm 中蛋白质的缓慢扩散动力学 (D≤~1 μm2/),可以通过将激发方案从一行到15号线交替来进行无交叉对话的测量。分析从: 1) 基于 ~ 1000 线的块平均的侧向细胞运动的对齐算法校正, 2) 用最大荧光信号确定位置, 即每个块中的 pm 位置和 3) 移位所有块到一个共同的起源12,15, 分别在每个通道。然后, 通过从所有对齐线 (即中心±2.5) 之和的高斯拟合中选择中心区域来执行与 pm 相对应的像素的自动选择。信号在每条线路中的集成产生膜荧光时间序列f ( t) 在每个通道 (g = 绿色通道, r = 红色通道)。请注意, 像素大小必须足够小,例如, & lt;200 nm, 以重建点传播函数的形状并找到其中心, 对应于 pm 的位置。在存在大量光漂白的情况下, 每个通道中的荧光时间序列可以用双指数函数建模, 然后用以下公式进行校正:16
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq2.jpg">.   (2)
需要注意的是, 与未校正的 f (t) 获得的参数估计相比, 该公式有效地纠正了从f (t)c的相关分析中获得的振幅和扩散时间。然后, 计算荧光信号的自相关和互相关函数 (acfss/ccf):
<img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq3v2.jpg">, (2)
<img alt="Equation 3" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq4v2.jpg">, (3)
其中f i = fi(t)- <img alt="Image 1" src="/files/ftp_upload/58582/58582img1.jpg"> </img> fi (t)<img alt="Image 2" src="/files/ftp_upload/58582/58582img2.jpg"> </img>和i = g, r。
然后将二维扩散模型安装到所有相关函数 (cfs) 上:
<img alt="Equation 4" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq7.jpg">.  (2)
在这里, n表示观察体积中荧光蛋白的数量, 每个通道的 扩散时间。该模型考虑到在所述的实验设置中, 蛋白质在 pm 中的扩散发生在 x-z 平面上, 这与通常使用的荧光相关光谱 (fcs) 实验在膜探测上的配置形成了对比扩散在共聚焦体积17的 x-y 平面上。腰 w0和结构因子 s, 描述 z, s = w z /w w w w 0 中焦距体积的伸长率 w z, 是通过光谱相似染料和相同光学设置进行的点 fcs 校准测量得到的使用扩散系数d染料的现有值:
<img alt="Equation 5" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq8.jpg">, (5)
其中,染料是染料分子的测量平均扩散时间, 是通过将三维扩散模型拟合到数据中获得的, 同时考虑到所有n分子中的一小部分t向具有时间常数的三胞胎状态:
<img alt="Equation 6" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq9.jpg">.  (5)
最后, 扩散系数 (d)、分子亮度值 () 和 sfccs 数据的相对相互关系计算如下:
<img alt="Equation 7" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq10.jpg">, (7)
<img alt="Equation 8" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq11.jpg">, (8)
<img alt="Equation 9" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq12.jpg">, (9)
其中g交叉(0) 是互相相关函数的振幅, 是 <img alt="Equation 14" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq14.jpg"> i 通道中自相关函数的振幅。
相对交叉相关的这一定义,即在公式9中使用最大值而不是平均值, 考虑到在不同浓度下存在的两个蛋白质物种的最大配合物数量受到在一个较低的数量存在的物种。
交叉相关数字和亮度基于对图像堆栈中每个像素的荧光强度的时刻分析, 这些像素是在样品中的一个固定位置获得的, 通常由大约100-200 帧组成, 具有两个光谱通道 (g = 绿色通道, r = 红色通道)。从时间均值<img alt="Image 1" src="/files/ftp_upload/58582/58582img1.jpg"> </img>i<img alt="Image 2" src="/files/ftp_upload/58582/58582img2.jpg"> i 和方差<img alt="Equation 16" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq16.jpg"> </img>, 计算了每个像素和光谱通道 (i = g, r)18中的分子亮度i和数字n i:
<img alt="Equation 10" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq20.jpg">, (10)
<img alt="Equation 11" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq21.jpg">.(10)
需要注意的是, 给定的方程适用于真正的光子计数探测器的理想情况。对于模拟检测系统, 适用以下公式 19、20:
<img alt="Equation 12" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq22.jpg">, (12)
<img alt="Equation 13" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq23.jpg">.  (13)
在这里, s 是检测到的光子和记录的数字计数之间的转换<img alt="Equation 24" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq24.jpg">因子, 是读出噪声和偏移量是指探测器的强度偏移。一般来说, 对于任何探测器类型, 这些数量都应根据测量探测器的方差作为稳定照明的强度函数进行校准 19,例如, 反光金属表面或干燥的染料溶液。偏移量可以通过测量没有激发光的样品的计数率来确定.通过对检测器关联<img alt="Equation 25" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq25.jpg">的方差与强度 (i) 图 (i) 进行线性回归, 可以<img alt="Equation 24" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq24.jpg">确定19:
<img alt="Equation 14" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq27.jpg">.  (14)
最后, 计算每个像素的互相关联亮度, 并将一般定义为21
<img alt="Equation 15" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq28.jpg">, (15)
交叉<img alt="Equation 29" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq29.jpg">方差<img alt="Equation 30" src="/files/ftp_upload/58582/58582eq30.jpg">在哪里。
为了过滤长寿命波动, 所有 ccn & amp; b 计算都是在箱车过滤后进行的, 每个像素22独立执行。简单地说, ni、 i (i = g, r) 和bcc 是在滑动段中计算的,例如, 8-15 帧。这样得到的值可以进行平均, 以获得最终的像素号和亮度值。
肌细胞计量学分析 为了估计细胞接触中蛋白质配合物的化学计量, 可以分别分析 sfccs 或 ccn & amp; b 数据在每个光谱通道中的分子亮度。在 sfccs 中, 每个通道的每次测量都会获得一个亮度值。在 ccn & amp; b 中, 得到了与细胞接触相对应的所有像素的亮度直方图, 平均 (或中值) 可以作为测量的代表性亮度。通过对单体参考进行相同的分析, 可以对所有亮度值进行归一化, 直接获得检测到的蛋白质复合物的平均寡聚状态。在这一点上, 重要的是要纠正存在的非荧光 fp, 这可能会导致低估寡聚状态。这通常是通过使用单色 sfcs 或数字和亮度 (n & amp;b ) 测量同源参考蛋白23、24的亮度来实现的。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:596px;" width="596">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DMEM growth medium</td>
			<td style="width:95px;">PAN-Biotech</td>
			<td style="width:119px;">P04-01548</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DPBS w/o: Ca2+ and Mg2+</td>
			<td style="width:95px;">PAN-Biotech</td>
			<td style="width:119px;">P04-36500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DPBS w: Ca2+ and Mg2+</td>
			<td style="width:95px;">PAN-Biotech</td>
			<td style="width:119px;">P04-35500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Trypsin EDTA</td>
			<td style="width:95px;">PAN-Biotech</td>
			<td style="width:119px;">P10-023100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">TurboFect Transfection Reagent</td>
			<td style="width:95px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">R0531</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">HEK 293T cells</td>
			<td style="width:95px;">DSMZ</td>
			<td style="width:119px;">ACC 635</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Alexa Fluor 488 NHS Ester</td>
			<td style="width:95px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">A20000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Rhodamine B</td>
			<td style="width:95px;">Sigma-Alderich</td>
			<td style="width:119px;">83689-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Plasmid DNA</td>
			<td style="width:95px;">Addgene</td>
			<td style="width:119px;">NA</td>
			<td>See reference 12 (Dunsing et. al., MBoC 2017),for a detailed description of all plasmids</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">6-well plate</td>
			<td style="width:95px;">Starlab</td>
			<td style="width:119px;">CC7672-7506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">35-mm glass bottom dishes</td>
			<td style="width:95px;">CellVis</td>
			<td style="width:119px;">D35-14-1.5-N</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Zeiss LSM780 confocal</td>
			<td style="width:95px;">Carl Zeiss</td>
			<td style="width:119px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">MATLAB software package</td>
			<td style="width:95px;">MathWorks</td>
			<td style="width:119px;">&#160;2015b&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Neubauer cell counting chamber</td>
			<td style="width:95px;">Marienfeld</td>
			<td align="right" style="width:119px;">640110</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a fluorescence fluctuation spectroscopy assay of protein-protein interactions at cell-cell contacts

各种生物过程涉及细胞间的相互作用, 通常由蛋白质介导, 蛋白质在相邻细胞之间的界面上相互作用。有趣的是, 只有少数检测能够在活细胞中直接间接探测这种相互作用。在这里, 我们提出了一个检测方法, 以测量在邻近细胞表面, 在细胞接触表达的蛋白质的结合。该检测包括两个步骤: 混合表达与不同荧光蛋白融合的感兴趣蛋白质的细胞, 然后使用共聚焦激光扫描显微镜在细胞触点进行荧光波动光谱测量。我们通过测量淀粉样癌前吸附蛋白 (aplp1) 在细胞连接点上的相互作用, 在生物相关环境中证明了这种检测方法的可行性。我们提供了使用基于荧光的技术 (扫描荧光相关光谱、互相关数和亮度分析) 和所需的仪器校准进行数据采集的详细协议。此外, 我们还讨论了数据分析中的关键步骤, 以及如何识别和纠正外部、虚假信号的变化, 例如由于光漂白或细胞运动而产生的变化。
一般情况下, 该检测方法适用于细胞接触时、相同或不同类型细胞之间的任何同型或异型蛋白质相互作用, 可在商业共聚焦激光扫描显微镜上实施。一个重要的要求是系统的稳定性, 这需要足以探测感兴趣的蛋白质在几分钟内的扩散动力学。

蛋白质-蛋白质相互作用试验的第一次测试,即混合表达光谱不同荧光蛋白的细胞, 然后进行 sfcccc/ccn & amp; b 测量 (图 1), 应在预计不会进行的蛋白质上进行。在细胞接触时相互作用 (即负对照)。因此, hek 293t 细胞表达了肌动板-棕榈列-老年肌 (myr-palm-myfp) 或-md拨号 fl (myr-palm-meyfp), 并在细胞接触中进行了 sfccs (图 2<...

Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts at JoVE.com

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

该协议描述了一种基于荧光波动光谱的方法来研究介导细胞相互作用的蛋白质之间的相互作用,即直接定位在细胞连接中的蛋白质。我们提供有关仪器校准、数据采集和分析的详细指南, 包括对可能的文物来源的更正。

细胞细胞接触物蛋白质-蛋白质相互作用的荧光波动光谱测定

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

此方法可以帮助理解细胞对细胞相互作用领域中的关键问题，例如哪些受体在细胞对细胞接触中调解粘附或识别，以及特定配体是否触发其相互作用。这种技术的主要优点是，它允许一个人直接在活细胞中研究这种相互作用，而不需要细胞固定或中断。虽然这种方法用于研究培养细胞之间的相互作用，但它也可以应用于其他系统单膜囊泡，甚至小型模型生物体。通常，使用这种方法的个体应该通过仔细检查细胞运动和慢速信号变化来检查其样本是否足够稳定，以便在几分钟内获得。首先，在转染前一天在六孔板的至少四口井中播种适当数量的细胞。在DMEM介质中培养37摄氏度5%二氧化碳的细胞，辅以10%FBS和1%L-谷氨酰胺。对感兴趣的蛋白质进行基本实验转染质粒，将蛋白质融合到绿色或黄色荧光蛋白和单独的井中的红色荧光蛋白中。四小时后，去除生长介质，用一毫升PBS轻轻清洗每个井，并辅以镁和钙在井边缘的PBS，以防止细胞在洗涤过程中分离。然后删除 PBS。将大约 50 微升的 EDTA 溶液滴到每一个井中，以方便细胞分离。在37摄氏度下孵育两分钟后，缓慢地横向摇动六井板以分离细胞。接下来，向每井添加950微升的生长介质，通过上下移液几次来重新暂停细胞，从而将所有细胞从井底分离出来。通过目视检查重新分配后是否不存在大型细胞聚合，确保细胞正确重新分配并彼此分离。将一个井的细胞溶液转移到相应的井中。通过上下移液几次轻轻混合。然后在35毫米的玻璃底盘上播种混合细胞，在37摄氏度下培养种子细胞，在5%的二氧化碳中培养一天。在激光扫描共焦显微镜软件中设置了光路。为了避免光谱串扰选择两个单独的轨道来激发和检测mEGFP或mEYFP和mCherry或mCardinal顺序，并选择切换轨道每行。对于检测，请为两个通道使用适当的滤波器。将含有混合细胞的盘子放在样品架上。等待 10 分钟后，以确保温度平衡并减少焦点漂移，请使用"定位"菜单中的传输灯对电池进行聚焦。搜索彼此接触的一对红色和绿色单元格。接下来，使用"裁剪"按钮选择垂直于单元格到单元格触点的扫描路径。缩放以达到 50 到 200 纳米的像素大小，并在扫描模式下选择"线条"。将帧大小设置为 128 x 1 像素。将扫描速度设置为允许的最大值。然后将周期设置为 10 万到 500，000。之后，选择适当的激光功率。将探测器设置为光子计数模式。按"开始实验"开始采集。以原始数据格式将原始数据文件导出到 RGB TIF 映像。此文件将包含一个 kymgraph，分别包含图像的通道中绿色和红色通道数据，分别为 G 和 R。接下来，使用相应的分析软件导入 TIF 文件，然后继续执行分析。通过执行 500 到 1000 行的块的分段时间平均值来对齐线。确定每个块中的膜位置。然后将所有方块转移到相同的横向位置。总结沿时间轴的所有对齐线，并使用高斯函数拟合平均强度轮廓。将对应于膜的像素定义为膜位置正负 2.5 西格玛内的所有像素，并汇总每行中这些像素的强度，为每个时间点获取一个荧光信号值。如果观察到照片漂白，则通过将膜荧光时间序列与双指数函数结合并应用适当的校正公式来应用漂白校正。根据适当的方程计算自动和交叉相关函数。为了提高分析的可靠性并避免工件执行总测量的 10 到 20 个相等段的计算。检查每个分段的荧光时间序列和相关功能，并删除明显扭曲的段。最后，平均所有非扭曲的段。在分析数据时，仔细检查每个段的强度时间序列和相关函数，以避免由于膜外围的细胞内囊泡而出现扭曲。此处显示了 HEK 293T 细胞的强度图像，该细胞表示心肌氧化碱化-mEYFP 或 mcardinal。观察到相对交叉相关性接近零，而自相关函数显示10至20毫秒的特征衰减时间，用于在血浆膜中扩散心肌碱酰胺和mCardinal。HEK 293T细胞的sFCCS测量的交叉相关函数表示膜锚定异质质化-棕榈碱-mEYFP具有正振幅，并显示出与自相关函数相似的衰减时间。对APLP1-mEYFP和APLP1-m）表达细胞之间的细胞间对细胞对细胞接触的sFCCS测量结果为正相对交叉相关0.45。从细胞接触的APLP1聚类测量中获得的sFCCS相关函数显示，在较大滞后时间振荡中的大衰减时间，动态显著减小。加入锌离子后，相对交叉相关增加至平均值0.8。此外，分子亮度显著增加，从小寡聚物到更大的多体体，每个细胞上由10至50个单体组成。瞬态不稳定性可能导致具有负值或高误正交叉相关性的交叉相关函数。相应的相关函数通常与大多数段的关联函数严重偏离。作为sFCCS交叉关联数和亮度的补充方法，可用于检测蛋白质-蛋白质相互作用。在尝试此过程时，重要的是要记住，转染细胞的混合是一个关键步骤。轻轻混合细胞，优化转染效率，增加接触中发现红细胞和绿细胞的机会。在开发后，免疫学领域的研究人员已经使用这项技术来探索免疫突触中信号分子的相互作用。

Research

JoVE Journal

Biochemistry

A Fluorescence-based Assay of Phospholipid Scramblase Activity

磷脂Scramblase活动的基于荧光的测定法

Scramblases translocate phospholipids across the membrane bilayer bidirectionally in an ATP-independent manner. The first scramblase to be identified and ...

科研

生物化学

Fluorescence Anisotropy as a Tool to Study Protein-protein Interactions

荧光各向异性作为一种工具来研究蛋白质相互作用

Protein-protein interactions play an essential role in the function of a living organism. Once an interaction has been identified and validated it is ...

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

使用脚手架脂质体重构脂质近端蛋白质 - 蛋白质相互作用<em&gt;体外</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Biotinylated Cell-penetrating Peptides to Study Intracellular Protein-protein Interactions

化细胞穿透肽研究胞内蛋白-蛋白质相互作用

Here we present a protocol to study intracellular protein-protein interactions that is based on the widely used biotin-avidin pull-down system. The ...

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

利用体外荧光共振能量转移研究毫秒时间尺度蛋白质配合物的动力学

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...

Application of Biolayer Interferometry (BLI) for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Application of Biolayer Interferometry BLI for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

生物层干涉测量(BLI)在转录中研究蛋白质-蛋白质相互作用的应用

A transcription factor&#160;(TF) is a protein that regulates gene expression by interacting with the RNA polymerase, another TF, and/or template DNA. GrgA ...

Evaluation of Protein&#8211;Protein Interactions using an On-Membrane Digestion Technique

Evaluation of ProteinÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã¢â‚¬Å“Protein Interactions using an On-Membrane Digestion Technique

使用膜内消化技术评估蛋白质与蛋白质相互作用

Numerous intracellular proteins physically interact in accordance with their intracellular and extracellular circumstances. Indeed, cellular functions ...

Use of Microscale Thermophoresis to Measure Protein-Lipid Interactions

使用微尺度热泳测量蛋白质-脂质相互作用

The ability to determine the binding affinity of lipids to proteins is an essential part of understanding protein-lipid interactions in membrane ...

A Planarian Motility Assay to Gauge the Biomodulating Properties of Natural Products

测量天然产品生物调节特性的平面运动分析

A straightforward, controllable means of using the non-parasitic planarian, Dugesia tigrina, a free-living aquatic flatworm, to study the stimulant and ...

Spot Variation Fluorescence Correlation Spectroscopy for Analysis of Molecular Diffusion at the Plasma Membrane of Living Cells

点变异荧光相关光谱用于分析活细胞质膜上的分子扩散

Dynamic biological processes in living cells, including those associated with plasma membrane organization, occur on various spatial and temporal scales, ...