Name: detection of a circulating microrna custom panel in patients with metastatic colorectal cancer
Uploaded: 2019-03-14T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection of a Circulating MicroRNA Custom Panel in Patients with Metastatic Colorectal Cancer at JoVE.com

Denne studien var delvis finansiert av Roche S.p.A. og italienske legemidler Agency (AIFA).

Merk: Utføre alle de følgende trinnene under sterilisert avtrekksvifte etter gode laboratorium praksis (GLP).
1. plasma innsamling og oppbevaring
<ol><li>Samle 3 mL perifert blodprøve i et K3E EDTA rør.</li>
	<li>Sentrifuge røret ved romtemperatur 1880 x g i 15 min.</li>
	<li>Gjenopprette supernatant plasma i dele 450 µL.</li>
	<li>Lagre prøvene ved-80 ° C før bruk. Merk: Behandle perifert blod røret innen 2 t samling. Når du gjenoppre...

<ol>
	<li>Luo, H. -. Y., Xu, R. -. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+and+prognostic+biomarkers+with+therapeutic+targets+in+advanced+colorectal+cancer.">Predictive and prognostic biomarkers with therapeutic targets in advanced colorectal cancer.</a> World journal of gastroenterology. 20 (14), 3858-3874 (2014).</li><li>Toiyama, Y., Okugawa, Y., Fleshman, J., Richard, C., Goel, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+as+potential+liquid+biopsy+biomarkers+in+colorectal+Cancer:+A+systematic+review.">MicroRNAs as potential liquid biopsy biomarkers in colorectal Cancer: A systematic review.</a> BBA Reviews on Cancer. 5 (6), (2018).</li><li>Kok, M. G. M., Halliani, A., Moerland, P. D., Meijers, J. C. M., Creemers, E. E., Pinto-Sietsma, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normalization+panels+for+the+reliable+quantification+of+circulating+microRNAs+by+RT-qPCR.">Normalization panels for the reliable quantification of circulating microRNAs by RT-qPCR.</a> FASEB Journal. 29 (9), 3853-3862 (2015).</li><li>Marabita, F., De Candia, P., Torri, A., Tegn&#233;r, J., Abrignani, S., Rossi, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normalization+of+circulating+microRNA+expression+data+obtained+by+quantitative+real-time+RT-PCR.">Normalization of circulating microRNA expression data obtained by quantitative real-time RT-PCR.</a> Briefings in Bioinformatics. 17 (2), 204-212 (2016).</li><li>Danese, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reference+miRNAs+for+colorectal+cancer:+Analysis+and+verification+of+current+data.">Reference miRNAs for colorectal cancer: Analysis and verification of current data.</a> Scientific Reports. 7 (1), 1-12 (2017).</li><li>Zheng, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+validation+of+reference+genes+for+qPCR+detection+of+serum+microRNAs+in+colorectal+adenocarcinoma+patients.">Identification and validation of reference genes for qPCR detection of serum microRNAs in colorectal adenocarcinoma patients.</a> PLoS ONE. 8 (12), 1-10 (2013).</li><li>Lv, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+the+Original+TRIzol-Based+Technique+Improves+the+Extraction+of+Circulating+MicroRNA+from+Serum+Samples.">Optimization of the Original TRIzol-Based Technique Improves the Extraction of Circulating MicroRNA from Serum Samples.</a> Clinical laboratory. 61 (12), 1953-1960 (2015).</li><li>Tan, G. W., Khoo, A. S. B., Tan, L. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+extraction+kits+and+RT-qPCR+systems+adapted+to+high-throughput+platform+for+circulating+miRNAs.">Evaluation of extraction kits and RT-qPCR systems adapted to high-throughput platform for circulating miRNAs.</a> Scientific reports. 5, 9430 (2015).</li><li>Altman, D. G., McShane, L. M., Sauerbrei, W., Taube, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reporting+Recommendations+for+Tumor+Marker+Prognostic+Studies+(REMARK):+explanation+and+elaboration.">Reporting Recommendations for Tumor Marker Prognostic Studies (REMARK): explanation and elaboration.</a> PLoS medicine. 9 (5), (2012).</li><li>Tiberio, P., Callari, M., Angeloni, V., Daidone, M. G., Appierto, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+in+using+circulating+miRNAs+as+cancer+biomarkers.">Challenges in using circulating miRNAs as cancer biomarkers.</a> BioMed Research International. 2015, (2015).</li><li>Kroh, E. M., Parkin, R. K., Mitchell, P. S., Tewari, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+circulating+microRNA+biomarkers+in+plasma+and+serum+using+quantitative+reverse+transcription-PCR+(qRT-PCR).">Analysis of circulating microRNA biomarkers in plasma and serum using quantitative reverse transcription-PCR (qRT-PCR).</a> Methods (San Diego, Calif). 50 (4), 298-301 (2010).</li><li>Cheng, H. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plasma+Processing+Conditions+Substantially+Influence+Circulating+microRNA+Biomarker+Levels.">Plasma Processing Conditions Substantially Influence Circulating microRNA Biomarker Levels.</a> PLoS ONE. 8 (6), 1-11 (2013).</li><li>Moret, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+an+improved+protocol+for+plasma+microRNA+extraction.">Assessing an improved protocol for plasma microRNA extraction.</a> PloS one. 8 (12), (2013).</li><li>Khoury, S., Ajuyah, P., Tran, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+small+noncoding+RNAs+from+human+serum).">Isolation of small noncoding RNAs from human serum).</a> Journal of visualized experiments JoVE. (88), e51443 (2014).</li><li>Schwarzenbach, H., Nishida, N., Calin, G. A., Pantel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+relevance+of+circulating+cell-free+microRNAs+in+cancer.">Clinical relevance of circulating cell-free microRNAs in cancer.</a> Nature Reviews Clinical Oncology. 11 (3), 145-156 (2014).</li></ol>

miRNAs er små ikke-koding RNAs (18-25 nukleotider i lengde) kan binding 3 UTR regionen av deres mål budbringer RNA og hemme og/eller nedverdigende den. De kan dermed betraktes gene expression regulatorer på translasjonsforskning nivå. I det siste tiåret, har flere miRNAs vært korrelert med kreft initiering og utvikling, noe som gjør dem nyttige klinisk biomarkers for diagnose, prognose og behandling. Beskyttet av RNases, er miRNAs tilstede i et stabilt skjema i biologiske væsker som blodet, plasma, serum, urin og...

CRC representerer tredje mest diagnosen kreft og fjerde dødsårsaken kreft relatert over hele verden. Hittil er bevacizumab (B), et monoklonalt antistoff rettet mot vaskulær endotelial vekstfaktor (VEGF), og cetuximab (C) eller panitumumab (P), monoklonale antistoffer rettet mot epidermal vekstfaktor reseptor (EGFR), godkjent for første-linje behandling i kombinasjon med kjemoterapi (CT) regimer.
Mutasjoner i K-RAS og N-RAS gener er de eneste klinisk nyttig biomarkers kan identifisere pasienter som er minst sannsynlig å ha nytte av anti-EGFR-baserte CT. Selv om flere studier har vært gjennomført for å søke etter biomarkers som er prediktive for svar på B-baserte CT, er det fortsatt en betydelig mangel på pålitelig og effektiv narkotika for bruk i klinisk praksis1.
miRNAs er små RNAs (18-25 nukleotider i lengde) som regulerer oversettelsen av målet gener og spiller en avgjørende rolle i mange physiopathological prosesser, inkludert embryogenesis og kreft. Disse molekylene er svært stabile i biologiske væsker som plasma/serum, urin og sputum, som gjengir dem robust biomarkers bruke for ikke-invasiv prøvetaking2. Bruker et panel av miRNAs involvert i angiogenic veien, vi som mål å identifisere nye sirkulerende biomarkers kan forutsi kliniske utfallet hos pasienter med metastatisk CRC (mCRC) behandlet med en B-baserte CT diett.
Vi analysert en rekke 52 mCRC pasienter behandlet med B-baserte CT innenfor den potensielle multisenter tilfeldiggjort fase III prøve "italiensk Trial i avansert Colorectal Cancer" (ITACa). Nåværende protokollen ble godkjent av den lokale etikk (Comitato Etico området Vasta e Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (første) IRCCS, nr. 674) på 19th September 2007. Alle pasienter ga samtykke før blod prøvetaking. For hver pasient, ble venøs blodprøver samlet før behandling og den første kliniske vurderingen (etter 8 uker) for å evaluere planlagte miRNA uttrykk og dens modulering under behandling i forhold til pasient utfall.
Gjennom et søk litteratur, vi valgte 21 miRNAs korrelert med angiogenic prosessen som er kjent for å være synlig i humant plasma: har-miR-107, har-miR-126-3 p, har-miR-145-5 p, har-miR-194-5 p, har-miR-199a - 5p, har-miR-200b - 3p, har-miR-20b - 5p , har-miR-21-5 p, har-miR-210-3 p, har-miR-221-3 p, har-miR-24-3 p, har-miR-27a - 3p, har-miR-29b - 3p, har-miR-335-5 p, har-miR-424-5 p, har-miR-497-5 p, har-miR - 520d - 3p, har-miR-92a - 3p, har-miR-17-5 p og har-miR-155-5 p. Vi valgte også har-miR-223-3 p og har-mir-484 i endogene normalisering3,4,5,6, og cel-miR-39 renset fra C. elegans som et topp for eksogene normalisering. Alle data normalizations ble utført med metoden 2 ̂ ̄(ΔΔCt).
Gjenkjenning av sirkulerende miRNAs presenterer noen tekniske problemer fordi molekylene er tilstede på svært lave nivåer i plasma og deres forsterkning er kjemisk utfordrende gitt deres kort sekvens. For disse grunner valgte vi en prosedyre som vurderer både organisk ekstraksjon med fenol og glassfiber kolonnen-basert metode. Circulating miRNA utvinning er et hett tema innen flytende biopsi, og vi merket en kommersiell kit som har vist seg for å være en av de mest pålitelige mengden og kvaliteten på gjenopprettede gir7,8. Vi valgte en protokoll for å reversere transkribere miRNAs med tillegg av en adapter på 5' og en poly(A) hale å 3' av den eldre miRNA å forbedre selektivitet og spesifisitet av reaksjonen.
Gitt robust metoden, vi designet egendefinerte plater med pre flekkete sonder for RT PCR å vurdere hvert utvalg i duplikat og analysert 2 pasienter i hver plate, som vist i figur 1.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Rnase-free Safe-lock 1.5 mL tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>0030 123.328</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rnase-free Safe-lock 2 mL tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>0030 123.344</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rnase-free 20 &#181;L tips</td>
			<td>Starlab</td>
			<td>S1123-1810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rnase-free 200 &#181;L tips</td>
			<td>Starlab</td>
			<td>S1120-8810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rnase-free 1000 &#181;L tips</td>
			<td>Starlab</td>
			<td>S1122-1830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>mirVana PARIS RNA and Native Protein Purification Kit</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>AM1556</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Advanced miRNA cDNA Synthesis Kit</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>A28007</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100% ethanol anidrous ACS grade</td>
			<td>Carlo Erba Reagents</td>
			<td>414605</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mercapto-ethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M3148</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Fast Advanced Master Mix</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>4444558</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Advanced miRNA Assays</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>A25576</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>7500 Real-Time PCR System</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4406984</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.2-2, 1-10, 2-20, 20-200, 100-1000 &#181;L laboratory pipettes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benchtop microcentrifuge</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benchtop heating block</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fume hood</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.2 mL PCR tubes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection of a circulating microrna custom panel in patients with metastatic colorectal cancer

Det er økende interesse i flytende biopsi for kreftdiagnose, prognose og terapeutiske overvåking, opprette behovet for pålitelig og nyttig biomarkers for klinisk praksis. Her presenterer vi en protokoll trekke ut revers transkribere og evaluere uttrykk nivåene av sirkulerende miRNAs fra plasmaprøver av pasienter med tykktarmskreft (CRC). microRNAs (miRNAs) er en klasse av ikke-koding RNAs av 18-25 nukleotider i lengde som regulerer uttrykket av målet gener på translasjonsforskning nivå og spiller en viktig rolle, inkludert pro - og anti-angiogenic funksjon, i physiopathology av ulike organer. miRNAs er stabile i biologiske væsker som serum og plasma, som gjør dem ideelle sirkulerende biomarkers for kreft diagnose, prognose og behandling beslutningstaking og overvåking. Sirkulerende miRNA utvinning ble utført med en rask og effektiv metode som involverer både organisk og kolonne-baserte metoder. For miRNA retrotranscription brukte vi en flertrinns prosedyre som vurderer polyadenylation på 3 og ligation av et kort på 5' av det eldre miRNAs, etterfulgt av tilfeldige miRNA pre forsterkning. Vi valgte et 24-miRNA egendefinerte panel å bli testet av kvantitative sanntids polymerasekjedereaksjons (qRT-PCR) og oppdaget miRNA sonder på matrisen egendefinerte plater. Vi utførte qRT PCR plate kjører på en sanntids PCR-System. Rengjøring miRNAs for normalisering ble valgt med GeNorm programvare (v. 3.2). Dataene ble analysert bruker uttrykket suite programvare (v 1.1) og statistiske analyser ble utført. Metoden viste seg for å være pålitelige og teknisk robust og kan være nyttig å vurdere biomarkør nivåer i flytende prøver som plasma og/eller serum.

Vi analyserte et panel av angiogenese-relaterte sirkulerende miRNAs i forhold til progresjon overlevelse (PFS), total overlevelse (OS) og objektive svar rate (ORR) i en 52 mCRC pasienter behandlet med B-baserte CT. Evalueringen av slike biomarkers i plasmaprøver er utfordrende på grunn av tekniske problemer. Vi brukte etablerte metoder for miRNA utvinning fra pasienten plasmaprøver, omvendt transkripsjon og pre forsterkning. Produsentens instruksjoner og med bare noen få endringer kre...

Watch this Scientific Journal Video about Detection of a Circulating MicroRNA Custom Panel in Patients with Metastatic Colorectal Cancer at JoVE.com

Detection of a Circulating MicroRNA Custom Panel in Patients with Metastatic Colorectal Cancer

Vi presenterer en protokoll for å evaluere uttrykk nivåene av sirkulerende microRNA (miRNAs) i plasmaprøver fra pasienter. Spesielt brukte vi en kommersielt tilgjengelig kit for sirkulerende miRNA utvinning og omvendt transkripsjon. Til slutt, vi analyserte et panel av 24 valgte miRNAs ved hjelp av sanntids pre flekkete sonde egendefinerte plater.

Påvisning av en sirkulerende MicroRNA tilpasset Panel hos pasienter med metastatisk tykktarmskreft

There is increasing interest in liquid biopsy for cancer diagnosis, prognosis and therapeutic monitoring, creating the need for reliable and useful ...

Denne metoden kan bidra til å svare på viktige spørsmål innen det translasjonelle forskningsfeltet, for eksempel forholdet mellom sirkulerende biomarkører og pasientprognosen. Den største fordelen med denne teknikken er muligheten til å evaluere uttrykket av et panel av sirkulerende biomarkører med en enkel og pålitelig metodikk med lav mengde inndatamateriale. Implikasjonene av denne teknikken strekker seg mot behandling av kreftpasienter fordi den kan identifisere sirkulerende biomarkører som er nyttige i beslutningstaking og behandlingsovervåking av pasienter.Denne metoden kan også gi innsikt i sirkulerende biomarkører analyse. Det kan også brukes på andre systemer, for eksempel vev biomarkør uttrykk analyse for molekylær karakterisering av sykdom. Visuell demonstrasjon av denne metoden er kritisk, da utvinningstrinnene er vanskelige å lære.For å begynne, overfør 400 mikroliter av plasmaprøven til et RNase-fritt, to milliliter rør. Deretter legger du til 400 mikroliter denaturingsløsning til røret. Tilsett fire mikroliter med en nanomær spike-in.Etter blanding av oppløsningen, tilsett 800 mikroliter syrefenolklorform. Vortex løsningen i 60 sekunder, og sentrifuge ved maksimal hastighet i 15 minutter. Deretter overfører du lysatet som finnes i den øvre vandige fasen til et rent rør, og tar vare på å ikke forstyrre interfasen.Mål volumet av den vandige fasen som er gjenopprettet, og tilsett 1/3 volum etanol til lysatet. Deretter plasserer du en filterkassett i et nytt oppsamlingsrør. Overfør opptil 700 mikroliter av etanollylatblandingen til filterpatronen.Sentrifuger filterpatronen i 30 sekunder ved 10 000 ganger tyngdekraften. Deretter måler du det totale volumet for gjennomstrømningen. Deretter legger du til 2/3 av volumet av etanol til filtratet, og bland godt.Plasser en ekstra filterkassett i et nytt oppsamlingsrør. Deretter overfører du opptil 700 mikroliter av prøven til sylinderampullen, og sentrifuge ved 10 000 ganger tyngdekraften i 30 sekunder før gjennomkastningen kastes gjennom. Tilsett 700 mikroliter mikroRNA-vaskeoppløsning i filterkassetten, og sentrifuger den med et oppsamlingsrør på 10 000 ganger tyngdekraften i 15 sekunder.Kast gjennomstrømningen, og sett filterkassetten tilbake i samme rør. Deretter flytter du filterkassetten til et nytt oppsamlingsrør. Deretter legger du til 100 mikroliter med forvarmet elutionløsning i sylinderampullen.Sentrifuger filterpatronen ved 10 000 ganger tyngdekraft i 30 sekunder for å gjenopprette microRNAs. Forbered polyadenyleringsreaksjonen bland cocktail i henhold til tekstprotokollen. Overfør to mikroliter av prøven til hver brønn av en reaksjonsplate.Deretter legger du til tre mikroliter av reaksjonscocktailen til hver brønn. Vortex og sentrifuger platen kort for å spinne ned innholdet. Deretter plasserer du platen i en termisk cycler, og følger fremgangsmåten som er beskrevet i tekstprotokollen.Forbered ligationreaksjonen bland cocktail i et sentrifugerør. Deretter legger du til 10 mikroliter av cocktailen til hver brønn av reaksjonsplaten. Bland deretter innholdet i reaksjonsplaten på en shaker ved 1, 900 o/min i ett minutt, etterfulgt av en kort sentrifuge av platen.Etter dette plasserer du reaksjonsplaten i en termisk cycler, og følger fremgangsmåten som er beskrevet i tekstprotokollen. For å utføre omvendt transkripsjonsreaksjon, klargjør reaksjonsblandingen i et sentrifugerør i henhold til tekstprotokollen. Deretter legger du til 15 mikroliter av blandingen til hver brønn av platen som inneholder ligationprodukt.Bland innholdet på platen på en shaker på 1, 900 rpm i ett minutt, etterfulgt av en kort sentrifuge av platen. Deretter plasserer du platen i en termisk cycler, og følger fremgangsmåten som er beskrevet i tekstprotokollen. Deretter klargjør du miR-Amp reaksjonsblandingen, og tilsett 45 mikroliter av blandingen til hver brønn av en ny reaksjonsplate.Etter dette legger du til fem mikroliter av RT-produktet til hver brønn av reaksjonsplaten. Bland platen på en shaker på 1, 900 rpm i ett minutt, etterfulgt av en kort sentrifuge av platen. Deretter plasserer du platen i en termisk cycler, og følger fremgangsmåten som er beskrevet i tabell en av tekstprotokollen.Først fortynner du hver cDNA-prøve i TE-buffer. Deretter klargjør PCR reaksjonsblandingen i et sentrifugerør. legge til 10% av volumet i overkant.Overfør 19 mikroliter av reaksjonsblandingen til hver brønn av platen. Forsegle platen, og sentrifuge den kort. Til slutt utfører du den termiske protokollen på et RT-PCR-system, som beskrevet i tabell to av tekstprotokollen.Seriell fortynning av spike-in kontroll ble utført for å velge hvilken som var den beste konsentrasjonen å legge til i alle plasmaprøver av denne spesielle case-serien. Takket være denne protokollen var det mulig å evaluere alle biomarkørene i hver enkelt pasient, samt en enkelt biomarkør i den generelle case-serien. I denne protokollen ble et panel av angiogeneserelaterte sirkulerende miRNAer i forhold til progresjonsfri overlevelse, total overlevelse og objektiv responsrate analysert hos pasienter med kolorektal kreft behandlet med kjemoterapiregime.Ved sammenligning av uttrykksnivåene for miRNA mellom baseline og første kliniske evaluering ble det observert en økning i has-miR-155-5p. Denne økningen var forbundet med kortere PFS og OS. Mens du prøver denne prosedyren, er det viktig å huske å utføre trinnene ved hjelp av fenolklorform under en røykhette. Etter denne prosedyren kan andre metoder som isolasjon og analyse av sirkulerende proteiner eller koding av RNA-er utføres for å svare på flere spørsmål, som evaluering av et mer uttømmende panel av sirkulerende biomarkører.Etter utviklingen banet denne teknikken vei for forskere innen flytende biopsi for å utforske uttrykket for sirkulerende biomarkører hos kreftpasienter. Ikke glem at arbeid med blod og kjemiske reagenser kan være ekstremt farlig, og forholdsregler som hansker og laboratoriefrakk bør alltid tas mens du utfører denne prosedyren.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Advanced Animal Model of Colorectal Metastasis in Liver: Imaging Techniques and Properties of Metastatic Clones

Avansert dyremodell av tykktarmsmetastaser i leveren: Imaging teknikker og egenskaper av metastatisk Clones

Patients with a limited number of hepatic metastases and slow rates of progression can be successfully treated with local treatment approaches1,2. ...

A Syngeneic Mouse Model of Metastatic Renal Cell Carcinoma for Quantitative and Longitudinal Assessment of Preclinical Therapies

En syngene mus modell av metastatisk nyrecellekarsinom for Kvantitativ og Langsgående vurdering av Prekliniske terapier

Renal cell carcinoma (RCC) affects &#62; 60,000 people in the United States annually, and ~ 30% of RCC patients have multiple metastases at the time of ...

Isolation of Circulating Tumor Cells in an Orthotopic Mouse Model of Colorectal Cancer

Isolering av sirkulerende tumorceller i en ortotopisk musemodell av kolorektal kreft

Despite the advantages of easy applicability and cost-effectiveness, subcutaneous mouse models have severe limitations and do not accurately simulate ...

A Genetically Engineered Mouse Model of Sporadic Colorectal Cancer

En genetisk utviklet musemodell av sporadisk kolorektal kreft

Despite the advantages of easy applicability and cost-effectiveness, colorectal cancer mouse models based on tumor cell injection have severe limitations ...

Practical Considerations in Studying Metastatic Lung Colonization in Osteosarcoma Using the Pulmonary Metastasis Assay

Praktiske hensyn i å studere metastatisk lungekreft kolonisering i Osteosarcoma bruker lunge metastasering analysen

The pulmonary metastasis assay (PuMA) is an ex vivo lung explant and closed cell culture system that permits researchers to study the biology of lung ...

In Vivo Inhibition of MicroRNA to Decrease Tumor Growth in Mice

In vivo hemming av MicroRNA å redusere tumor vekst i mus

MicroRNAs (miRNAs) are important regulators of gene expression through their ability to destabilize mRNA and inhibit translation of target mRNAs. An ...

Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

Evaluering av kolorektal kreftrisiko og prevalens ved deteksjon av avføring DNA-integritet

Nowadays, stool DNA can be isolated and analyzed by several methods. The long fragments of DNA in stool can be detected by a qPCR assay, which provides a ...

Micromanipulation of Circulating Tumor Cells for Downstream Molecular Analysis and Metastatic Potential Assessment

Mikromanipulering av sirkulerende tumor celler for nedstrøms molekylær analyse og metastatisk potensiell vurdering

Blood-borne metastasis accounts for&#160;most cancer-related deaths and involves circulating tumor cells (CTCs) that are successful in establishing new ...

Detection and Monitoring of Tumor Associated Circulating DNA in Patient Biofluids

Påvisning og overvåking av tumor assosiert sirkulerende DNA i pasient Biofluids

Complications associated with upfront and repeat surgical tissue sampling present the need for minimally invasive platforms capable of molecular ...

Semi-automatic PD-L1 Characterization and Enumeration of Circulating Tumor Cells from Non-small Cell Lung Cancer Patients by Immunofluorescence

Semi-automatisk PD-L1 karakterisering og opplisting av sirkulerende tumor celler fra ikke-liten celle Lungekreftpasienter ved Immunofluorescence

Circulating tumor cells (CTCs) derived from the primary tumor are shed into the bloodstream or lymphatic system. These rare cells (1&#8722;10 cells per mL ...