Name: a rat methyl-seq platform to identify epigenetic changes associated with stress exposure
Uploaded: 2018-10-24T14:45:00
Duration: 9 min 6 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Rat Methyl-Seq Platform to Identify Epigenetic Changes Associated with Stress Exposure at JoVE.com

Bu çalışmada NIH grant MH101392 (RSL) ve destek aşağıdaki Ödülleri ve vakıflar tarafından finanse edildi: NARSAD genç araştırmacı Ödülü, Margaret Ann Fiyatı araştırmacı Fonu, James Wah duygudurum bozuklukları bilim adamı Fonu Charles T. Bauer Foundation, Baker ile Vakfı ve proje maç Vakfı (RSL).

<ol>
	<li>Barski, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+profiling+of+histone+methylations+in+the+human+genome.">High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.</a> Cell. 129 (4), 823-837 (2007).</li><li>Meissner, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-scale+DNA+methylation+maps+of+pluripotent+and+differentiated+cells.">Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells.</a> Nature. 454 (7205), 766-770 (2008).</li><li>Bibikova, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+density+DNA+methylation+array+with+single+CpG+site+resolution.">High density DNA methylation array with single CpG site resolution.</a> Genomics. 98 (4), 288-295 (2011).</li><li>Naumov, V. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-scale+analysis+of+DNA+methylation+in+colorectal+cancer+using+Infinium+HumanMethylation450+BeadChips.">Genome-scale analysis of DNA methylation in colorectal cancer using Infinium HumanMethylation450 BeadChips.</a> Epigenetics. 8 (9), 921-934 (2013).</li><li>Wockner, L. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+DNA+methylation+analysis+of+human+brain+tissue+from+schizophrenia+patients.">Genome-wide DNA methylation analysis of human brain tissue from schizophrenia patients.</a> Translational Psychiatry. 4, e339 (2014).</li><li>Meissner, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduced+representation+bisulfite+sequencing+for+comparative+high-resolution+DNA+methylation+analysis.">Reduced representation bisulfite sequencing for comparative high-resolution DNA methylation analysis.</a> Nucleic Acids Research. 33 (18), 5868-5877 (2005).</li><li>Smith, Z. D., Gu, H., Bock, C., Gnirke, A., Meissner, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+bisulfite+sequencing+in+mammalian+genomes.">High-throughput bisulfite sequencing in mammalian genomes.</a> Methods. 48 (3), 226-232 (2009).</li><li>Slieker, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+systematic+annotation+of+tissue-specific+differentially+methylated+regions+using+the+Illumina+450k+array.">Identification and systematic annotation of tissue-specific differentially methylated regions using the Illumina 450k array.</a> Epigenetics Chromatin. 6 (1), 26 (2013).</li><li>Hing, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adaptation+of+the+targeted+capture+Methyl-Seq+platform+for+the+mouse+genome+identifies+novel+tissue-specific+DNA+methylation+patterns+of+genes+involved+in+neurodevelopment.">Adaptation of the targeted capture Methyl-Seq platform for the mouse genome identifies novel tissue-specific DNA methylation patterns of genes involved in neurodevelopment.</a> Epigenetics. 10 (7), 581-596 (2015).</li><li>Seifuddin, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+Methyl-Seq+analysis+of+blood-brain+targets+of+glucocorticoid+exposure.">Genome-wide Methyl-Seq analysis of blood-brain targets of glucocorticoid exposure.</a> Epigenetics. 12 (8), 637-652 (2017).</li><li>Irizarry, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+human+colon+cancer+methylome+shows+similar+hypo-+and+hypermethylation+at+conserved+tissue-specific+CpG+island+shores.">The human colon cancer methylome shows similar hypo- and hypermethylation at conserved tissue-specific CpG island shores.</a> Nature Genetics. 41 (2), 178-186 (2009).</li><li>Lee, R. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adaptation+of+the+CHARM+DNA+methylation+platform+for+the+rat+genome+reveals+novel+brain+region-specific+differences.">Adaptation of the CHARM DNA methylation platform for the rat genome reveals novel brain region-specific differences.</a> Epigenetics. 6 (11), 1378-1390 (2011).</li><li>Jankord, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stress+vulnerability+during+adolescent+development+in+rats.">Stress vulnerability during adolescent development in rats.</a> Endocrinology. 152 (2), 629-638 (2011).</li><li>Pellow, S., Chopin, P., File, S. E., Briley, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+open:closed+arm+entries+in+an+elevated+plus-maze+as+a+measure+of+anxiety+in+the+rat.">Validation of open:closed arm entries in an elevated plus-maze as a measure of anxiety in the rat.</a> Journal of Neuroscience Methods. 14 (3), 149-167 (1985).</li><li>Krueger, F., Andrews, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bismark:+a+flexible+aligner+and+methylation+caller+for+Bisulfite-Seq+applications.">Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications.</a> Bioinformatics. 27 (11), 1571-1572 (2011).</li><li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2.">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nature Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li><li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome.">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome Biology. 10 (3), R25 (2009).</li><li>Hansen, K. D., Langmead, B., Irizarry, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BSmooth:+from+whole+genome+bisulfite+sequencing+reads+to+differentially+methylated+regions.">BSmooth: from whole genome bisulfite sequencing reads to differentially methylated regions.</a> Genome Biology. 13 (10), R83 (2012).</li><li>Lee, R. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chronic+corticosterone+exposure+increases+expression+and+decreases+deoxyribonucleic+acid+methylation+of+Fkbp5+in+mice.">Chronic corticosterone exposure increases expression and decreases deoxyribonucleic acid methylation of Fkbp5 in mice.</a> Endocrinology. 151 (9), 4332-4343 (2010).</li><li>Lee, R. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+measure+of+glucocorticoid+load+provided+by+DNA+methylation+of+Fkbp5+in+mice.">A measure of glucocorticoid load provided by DNA methylation of Fkbp5 in mice.</a> Psychopharmacology. , (2011).</li><li>Bose, M., Olivan, B., Laferrere, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stress+and+obesity:+the+role+of+the+hypothalamic-pituitary-adrenal+axis+in+metabolic+disease.">Stress and obesity: the role of the hypothalamic-pituitary-adrenal axis in metabolic disease.</a> Current Opinion in Endocrinology, Diabetes, and Obesity. 16 (5), 340-346 (2009).</li><li>Brydon, L., Magid, K., Steptoe, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Platelets,+coronary+heart+disease,+and+stress.">Platelets, coronary heart disease, and stress.</a> Brain, Behavior, and Immunity. 20 (2), 113-119 (2006).</li><li>McKlveen, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chronic+Stress+Increases+Prefrontal+Inhibition:+A+Mechanism+for+Stress-Induced+Prefrontal+Dysfunction.">Chronic Stress Increases Prefrontal Inhibition: A Mechanism for Stress-Induced Prefrontal Dysfunction.</a> Biological Psychiatry. 80 (10), 754-764 (2016).</li><li>Akalin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=methylKit:+a+comprehensive+R+package+for+the+analysis+of+genome-wide+DNA+methylation+profiles.">methylKit: a comprehensive R package for the analysis of genome-wide DNA methylation profiles.</a> Genome Biology. 13 (10), R87 (2012).</li><li>Cervera-Juanes, R., Wilhelm, L. J., Park, B., Grant, K. A., Ferguson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Alcohol-dose-dependent+DNA+methylation+and+expression+in+the+nucleus+accumbens+identifies+coordinated+regulation+of+synaptic+genes.">Alcohol-dose-dependent DNA methylation and expression in the nucleus accumbens identifies coordinated regulation of synaptic genes.</a> Translational Psychiatry. 7 (1), e994 (2017).</li><li>Cervera-Juanes, R., Wilhelm, L. J., Park, B., Grant, K. A., Ferguson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+of+the+nucleus+accumbens+identifies+DNA+methylation+signals+differentiating+low/binge+from+heavy+alcohol+drinking.">Genome-wide analysis of the nucleus accumbens identifies DNA methylation signals differentiating low/binge from heavy alcohol drinking.</a> Alcohol. 60, 103-113 (2017).</li></ol>

El yazması bir yarışma Ödülü AGILENT Technologies bir parçasıdır.

Bu çalışmada tasarlanmış ve metil-Seq platform sıçan genom için uygulanmaktadır. Yararını özellikli bir sıçan stres göstererek, deneysel ve analitik boru hattı differentially metillenmiş bölgeler arasında iki karşılaştırma grupları sağlayabilir gösterdi.
Başarılı bir uygulama platformu sağlamak için uyması gereken birkaç önemli adımlar gerekir. İlk, ilk DNA kalite ve miktar kalite ve son metil-Seq Kütüphane miktarı üzerinde önemli bir etkisi vardır. Spektrofotometre, yerine bir yer bizim DNA ölçüm çift iplikçikli DNA mevcut miktarı yansıyan sağlamak için kullanılır. Bioanalyzer miktar DNA kesme takip ve sonra bağdaştırıcı ligasyonu ve moleküler boyutu ölçmek için kullanıldı. Moleküler boyutu arasındaki adımları "kayma" doğrulama bağdaştırıcısı bağdaştırıcı aracılı PCR sonraki adımda geçirecek her DNA parçasının ucunda varlığını doğrulamak çok önemlidir. Bağdaştırıcı ligasyonu adım kalan DNA miktarı da en az 100 beri önemlidir ng Kütüphane ürünün bu adımda yeterli miktarda hedef zenginleştirme ve bisülfit dönüşüm adımları sonra kullanılabilir olduğundan emin olmak için gerekli. Böylece sonraki yeni nesil sekanslama kümeleme için Kütüphane düzgün seyreltilmiş son bir yüksek-duyarlı ölçüm üzerinde inşa metil-Seq Kütüphane gerçekleştirildi. Son olarak, bisülfit pyrosequencing analitik boru hattı doğruluğunu değerlendirmek için son derece nicel, bağımsız bir yöntem istihdam edildi. Orijinal örnekleri ve ek hayvan kullanarak çoğaltma kullanarak son doğrulama deneme DNA metilasyonu biyolojik olarak önemli değişiklikleri algılayabilir emin olmak için çok önemli adımlar vardır.
Biz de protokol sapma veya karşılaşılan sorunlar eğer durumunda birkaç yönergeleri içerir. İlk olarak, son-onarım, bağdaştırıcı ligasyonu veya manyetik boncuk arıtma adımları sırasında çok fazla DNA kaybetmek mümkündür. Alternatif olarak, DNA miktarda başlayan küçük olabilir (< 200 ng) sınırlı doku/DNA kullanılabilirlik veya floresan aktif hücre sıralama gibi çeşitli zenginleştirme yöntemleri uygulanması nedeniyle. Döngüsü iki kütüphane amplifikasyon adımları sırasında artırıldığında DNA aşırı kaybı için telafi etmek mümkün veya düşük DNA miktar Kütüphane inşaat Protokolü boyunca başlangıç olabilir. Aşırı şablon amplifikasyon sıralı yinelenen okuma sayısı artışa yol muhtemeldir gibi ancak, hayır daha fazla ek 2 – 3 döngüleri, tavsiye edilir. Bu çoğaltmaları yüzde metilasyonu hesaplamalarda önyargı önlemek için hizalama adım sırasında hariç tutulur. Ortalama DNA boyutu daha--dan 30 bps tarafından artırmaz, ikincisi, reaktifleri yeni, T4 DNA polimeraz, Klenow ve/veya T4 ligaz eski olabilir emin olmak için denetleyin. Piyasada bulunan yedek reaktifler kullanılabilir.
Ayrıca, öngörülen DMRs nerede DNA metilasyonu farkları yok veya daha az bu analiz tarafından tahmin daha pyrosequencing tarafından doğrulamayabilir mümkündür. Zavallı doğrulama aday bölgeler pyrosequencing sonuçları ne zaman fark metilasyonu teyit etmez gibi birçok genom çapında analizleri için çok yaygın bir sorun veya etkisi boyutu göre analiz öngörülen çok daha küçüktür. BSmooth bir analitik "düzgünleştirir" metilasyon düzeyi birden çok CpGs bir pencere boyunca paketidir. Şu anki deneme için BSmooth olan metilasyonu düzeyleri bisülfit pyrosequencing tarafından doğrulanmış DMR karıştığı. Ancak, büyük olasılıkla BSmooth tarafından öngörülen metilasyonu düzeyleri ve bu pyrosequencing tarafından doğrulanmadı arasında tutarsızlıklar olacaktır. Tüm CpGs içinde bir DMR ardışık DNA metilasyonu fazla % 50 oranında farklı olabilir CpGs veya metilasyonu değerleri nedeniyle dışlandı CpGs de dahil olmak üzere, ortalama metilasyon değerleri tahminleri düzeltme işlevi tutarsızlıklar ortaya alt eşik derinlik okuyun. R-paketleri gibi MethylKit24 CpGs veya hatta tek CpGs olan metilasyonu düzeyleri güçlü olanlar pyrosequencing tarafından doğrulanmış ile ilişkilendirmek küçük pencereler tanımlamak için kullanılabilir. Uygulama farklı paketleri ve onların tahmin edilen bölgeler ya da CpGs fark metilasyon pyrosequencing tarafından test veri sağlamlığı sağlayacaktır. Alternatif olarak, özgün metil-Seq kütüphaneler resequenced ve okuma arttırmak için okuma dosyaları eklendi. Metilasyon düzeyi tayini beri yarı nicel ve dikte edilen okuma sayısı [(# of CpGs) / (TpGs + CpGs #)], verilen CpG yüzde metilasyonu değerini doğruluğunu artırmak için okuma derinliği artan. Bu çalışmada, ancak metilasyonu değerleri en az on okuma tarafından tespit edildi ve bir genel okuma kapsama alanı 19 x her CpG için elde CpGs olarak.
Sıçan metil-Seq platform sınırlamaları değildir. Bütün-genom bisülfit sıralama daha daha maliyetli olsa da, diğer yöntemlerden daha önemli ölçüde daha pahalıdır. Yine de, en maliyet şerit sequencer üzerinde satın alma ve yakalama sistemi için değil oldu. Okuma derinlik gerekli, büyük (25-%70) farklılıklar12 DNA metilasyonu'nedeniyle daha az gerektiren çapraz-doku karşılaştırmalar ile bağlı olarak, maliyeti daha fazla örnek lane / çoğullama ve daha yüksek kapasiteli platform kullanılarak azaltılabilir. Ayrıca, numune hazırlama diğer yöntemlerden daha fazla zaman alır. Benzer olsa da yeni nesil sıralama dahil diğer açılan yaklaşımlar, iş yükü için eklenen bisülfit dönüşüm ve arıtma adımları ekleyebilirsiniz. Genel olarak, metil-Seq platform bütün-genom sıralama için düşük maliyetli bir alternatif ve 2,3 milyondan fazla CpGs, çözünürlükte baz çifti olan miktardan çok daha fazla bu Mikroarray tabanlı platformlar tarafından denetlesinler daha sağlar. Bugüne kadar ticari olarak mevcut insan ve fare metil-Seq platformlar makak beyin25,26alkol bağımlı değişiklikleri, fare beyin9ve kan-beyin nörogelişimsel genlerinde belgelemek için kullanılmıştır glukokortikoid10hedefler. Ayrıca, sıra tanıma ne olursa olsun belirli bölgeler enzimleri tarafından hedef yeteneği türler arası karşılaştırmalar için ideal bir platform yapar. Bu çalışmada, metil-Seq platformu birçok farmakolojik, metabolik ve davranışsal deney genom-wide methylomic Aracı parası olmadan gerçekleştirildiği fare için tasarlanmış. Bizim veri DMRs bir stres sıçan modelinde algılamak için kullanılan ve genel plazma CORT düzeyleri gibi fizyolojik diğer parametreleri korelasyon gösterir.
Metil-Seq, düzenleyici bölgeleri belgeleyen kadar deneysel kanıt olmayabilir sıralı genleri ile hayvanlarda epigenetik deneyler için ideal bir platformdur. Gibi bölgelerden kullanılabilir yapıldığında, ek bölgeleri özel olarak tasarlanmış ve geçerli sürüme bağlı. Ayrıca, hedef zenginleştirme Restriksiyon enzimi tanıma tarafından sınırlı değildir bu yana platform karşılaştırmalı genomik için idealdir. Örneğin, herhangi bir gen ilgi organizatörü bölgesi olup belirli kısıtlama sitesi ne olursa olsun limanlar yakalanabilir. Benzer şekilde, bu fare ya da ilgi genom korunmuş insana ilişkin tespit gibi herhangi bir yasal bölgelerde, yakalanabilir.

Yüksek işlem hacmi sıralama gelişmeler genom dizileri model ve model organizmalar için çok sayıda yol açmıştır. Böyle dizileri kullanılabilirliğini genetik, karşılaştırmalı genomik ve transcriptomics araştırma kolaylaştırdı. Örneğin, kullanılabilir genom dizileri ile histon değişiklikler1veya bisülfit sıralama, dernek göre DNA zenginleştirmek ChIP-Seq deneyler sıralama verileri hizalama için son derece yararlı olan DNA metilasyonu tarafından ölçer urasil algılama bazlar cytosines2bisülfit dönüşümden kurdu. Ancak, kendi tasarım gen işlevini etkileyebilir species-specific düzenleyici sıralarının ek açıklama eklenen veri eksikliği nedeniyle kullanılabilir genomik sıralama veri epigenomic platformlarının uygulamasında gecikmeler olmuştur.
Özellikle, DNA metilasyonu methylomic platformu oluşturmak için kullanılabilir genomik veri kullanan bir DNA üzerinde en çok çalışılmış epigenetik değişikliklerin biridir. Böyle bir örnek için yaygın olarak çeşitli disiplinlerde Onkoloji üzerinden psikiyatri4,5kullanılan insan methylome3dizi tabanlı bir platformdur. Neredeyse genomik sıra kendi ilk tasarım yararlanmaktadır hiç yaygın olarak kullanılan platformlar gibi ne yazık ki, insan olmayan hayvan modelleri için benzer platformlar, azdır.
İnsan olmayan hayvan modellerin methylomic manzara değerlendirmek için kullanılan genel yöntem azaltılmış temsil bisülfit (RRBS)6sıralama var. Bu yaklaşım sağlayan, kapsamlı methylomic manzara sağlarken daha düşük okuma derinlemesine kapsama maliyet ve genom2 büyük gen-yoksul bölgelerde sınırlı fonksiyonel bilgi nedeniyle bütün-genom bisülfit sıralama maliyetini üstesinden gelir. . RRBS kısıtlama Özet ve boyutu-son derece GC-zengin serileri gibi yaygın olarak gen Rehberleri buldum ve gen Yönetmeliğin7' bir rol oynamaya düşündüm CpG adaları için zenginleştirmek için genomik DNA yelpazesi içerir. RRBS yöntemi önemli çalışmalar bir dizi olarak kullanılan iken enzimleri üzerindeki güven önemli sorunlar ve sınırlamalar değildir. Örneğin, zenginleştirme GC zengini diziler RRBS içinde tamamen belirli dizileri Restriksiyon enzimi ve sonraki boyutu seçimi tarafından Elektroforez tarafından tanınan varlığı bağlıdır. Böylelikle bu kısıtlama siteler içermeyen birisi genomik alan boyutu seçimi sırasında hariç tutulur. Aynı kısıtlama siteleri farklı türler arasında aynı loci mevcut sürece Ayrıca, türler arası karşılaştırmalar zorlu.
RRBS sınırlamaları aşmak için bir platform tasarımında yayımlanmış genomik sırayı yararlanan bir zenginleştirme yöntemi kullanmaya yaklaşımdır. Dizi tabanlı insan platformu astar probları alleli özgü (CG TG bisülfit dönüştürme sonra) hedef tavlama ve astar uzantısı için belirli CpGs karşı tasarlanmış kullanır. Tasarım sadece mevcut insan genom dizisi, ancak düzenleyici bölgeleri deneysel olarak doğrulanmadı soruşturma, kodla ve ENSEMBL8gibi birden fazla satır elde yansıtır. İnsan methylomic araştırmalarda geniş kullanımı rağmen benzer bir platform modeli hayvanlar için mevcut değil. Ayrıca, dizi tabanlı biçimi önemli kısıtlaması sonda yerleşim için kullanılabilir yüzey alanı yerleştirir. Son birkaç yıl içinde çabaları yakalama sonda tasarım ve yeni nesil sıralama yüksek üretilen iş özelliği tarafından tanınan hedef-özgüllük birleştirmek için yapılmıştır. Böyle bir çaba metilasyonu9,10beyin özgü veya glukokortikoid kaynaklı farklılıkları tanımlamak için kullanılan fare genom (fare metil-Seq) için hedef dayandırılmış zenginleştirme sistemi sonuçlandı. Diğer model ve model olmayan hayvanlar için benzer platformlar epigenomic araştırma bu hayvanlarda kolaylaştırmak için ihtiyaç vardır.
Burada, fareyi üzerinde methylomic analizi yapmak için bu yeni platform uygulanması gösterilmektedir. Fareyi Farmakoloji, metabolizma, Nöroendokrinoloji ve davranış önemli bir hayvan model olarak hizmet vermiştir. Örneğin, ilaç zehirlenmesi, obezite, stres tepkisi veya uyuşturucu bağımlılığı ortaya çıkmasına temel mekanizmaları anlamak için artan bir ihtiyaç vardır. Bu koşullar ile ilişkili methylomic değişiklikleri esir alma yeteneğine sahip bir yüksek-den geçerek platform mekanizmaları anlayışımızı artış olacaktır. Sıçan genom hala düzenleyici bölgeleri için ek açıklama yoksun olduğundan, biz dahil olmayan rehberleri, CpG adaları, ada sahilleri11ve GC zengini diziler sıçan metil-Seq platformu12içine daha önce tanımlanmış.
Başarılı tasarımı ve uygulanması için fare genom SureSelect hedef zenginleştirme (genel olarak metil-Seq da adlandırılır) platform değerlendirmek için bir fare modeli differentially metillenmiş tanımlamak için kronik değişken stres (CVS)13 istihdam bölgeler arasında vurgusuz ve stresli hayvanlar. Bizim platform tasarımı, protokolü ve uygulama bir kapsamlı ve tarafsız epigenetik kimin genomik dizisi zaten mevcuttur ancak kötü açıklamalı kalır bir organizma üzerinde araştırma isteyebilirsiniz müfettişler için yararlı olabilir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Radioimmuno assay (RIA)</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>7120126</td>
			<td>Corticosterone, 125I labeled</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Master Pure DNA Purification Kit</td>
			<td>Epicentre/Illumina</td>
			<td>MC85200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal-LOK 2-Position Dry Heat Bath</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>2510-1102</td>
			<td>Used with 1.5 mL tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Genie 2</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>12-812</td>
			<td>Vortex Mixer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl alcohol, Pure</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7023</td>
			<td>100% Ethanol, molecular grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge 5424 R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>-</td>
			<td>Must be capable of 20000 x g</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 2.0</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Q32866</td>
			<td>Fluorometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA BR Assay Kit</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Q32850</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Q32851</td>
			<td>High sensitivity DNA detection reagents</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Assay Tubes</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Q32856</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SureSelectXT Rat Methyl-Seq Reagent Kit</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G9651A</td>
			<td>Reagents for preparing the Methyl-Seq library</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SureSelect Rat Methyl-Seq Capture Library</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>931143</td>
			<td>RNA baits for enrichment of rat targets</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IDTE, pH 8.0</td>
			<td>IDT DNA</td>
			<td>11-05-01-09</td>
			<td>10 mM TE, 0.1 mM EDTA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA LoBind Tube 1.5 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22431021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Covaris E-series or S-series</td>
			<td>Covaris</td>
			<td>-</td>
			<td>Isothermal sonicator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>microTUBE AFA Fiber Pre-Slit Snap-Cap 6x16mm (25)</td>
			<td>Covaris</td>
			<td>520045</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water, Ultra Pure (Molecular Biology Grade)</td>
			<td>Quality Biological</td>
			<td>351-029-721</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veriti 96 Well-Thermal Cycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4375786</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP Beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63880</td>
			<td>DNA-Binding magnetic beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96S Super Magnet</td>
			<td>ALPAQUA</td>
			<td>A001322</td>
			<td>Magnetic plate for purification steps</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2200 TapeStation</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G2965AA</td>
			<td>Electrophresis-based bioanalyzer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D1000 ScreenTape</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>5067-5582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D1000 ScreenTape High Sensitivity</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>5067-5584</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D1000 Reagents</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>5067-5583</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D1000 Reagents High Sensitivity</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>5067-5585</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA110 SpeedVac</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>-</td>
			<td>Vacuum Concentrator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads MyOne Streptavidin T1 magnetic beads</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>65601</td>
			<td>Streptavidin magnetic beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labquake Tube Rotator</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>415110Q</td>
			<td>Nutator Mixer is also acceptable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EZ DNA Methylation-Gold Kit</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>D5006</td>
			<td>Bisulfite conversion kit. Contains Binding, Wash, Desulphonation, and Elution buffers</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Illumina Hi-Seq 2500</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>-</td>
			<td>Next-generation sequencing machine</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR and Pyrosequencing Primers</td>
			<td>IDT DNA</td>
			<td>Variable</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq DNA Polymerase with ThermoPol Buffer - 2,000 units</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>M0267L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deoxynucleotide (dNTP) Solution Set</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>N0446S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyromark MD96</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>-</td>
			<td>Pyrosequencing machine</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Alcohol 200 Proof</td>
			<td>Pharmco-Aaper</td>
			<td>111000200</td>
			<td>70% Ethanol solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Hydroxide Pellets</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>221465</td>
			<td>0.2 M NaOH denature buffer solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris (Base) from J.T. Baker</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-004-508</td>
			<td>10 mM Tris Acetate Buffer wash buffer solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyroMark Gold Q96 Reagents (50x96)</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>972807</td>
			<td>Reagents required for pyrosequencing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyroMark Annealing Buffer</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>979009</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyroMark Binding Buffer (200 ml)</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>979006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Streptavidin Sepharose High Performance Beads</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17-5113-01</td>
			<td>Streptavidin-coated sepharose beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyroMark Q96 HS Plate</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>979101</td>
			<td>Pyrosequencing assay plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Thermomixer R</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-400-205</td>
			<td>Plate mixer. 96-well block sold separately (cat. No 05-400-207)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SureDesign Website</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>-</td>
			<td>Target capture design software (https://earray.chem.agilent.com/suredesign/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UCSC Genome Browser</td>
			<td>University of California Santa Cruz</td>
			<td>-</td>
			<td>rat Nov 2004 rn4 assembly</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent Methyl-Seq Protocol</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>-</td>
			<td>https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/public/G7530-90002.pdf</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a rat methyl-seq platform to identify epigenetic changes associated with stress exposure

Hayvanlar daha çeşitli genleri kullanıma sunulduğunda bu hayvan modellerinde dinamik epigenetik değişiklikleri yakalayabilir araçlar için artan bir ihtiyaç vardır. Sıçan nerede epigenetik bir araç anlayışlı mekanik bilgi sağlamak için birçok farmakolojik ve davranışsal çalışma tamamlayıcı bir modelle hayvandır. Bu amaçla, DNA metilasyonu düzeyleri arasında fare genom değerlendirebilir fare için SureSelect hedef yakalama (metil-Seq adlandırılır) sistemi adapte. Sıçan Tasarım Rehberleri, CpG adaları, ada sahilleri ve tüm RefSeq genler GC-zengin bölgelerden hedef.
Platform bir sıçan deney uygulamak için erkek Sprague Dawley rat için 3 hafta sonra genomik DNA ekstraksiyon için kan örnekleri toplanmıştır, kronik değişken strese maruz bırakıldı. Metil-Seq kitaplıkları sıçan DNA örneklerinden kesme, bağdaştırıcı ligasyonu, hedef zenginleştirme, bisülfit dönüşüm ve çoğullama tarafından inşa edildi. Kitaplıkları bir nesil sıralama platformunda sıralı ve sıralı okuma DMRs DNA vurguladı ve vurgusuz sıçan arasında tanımlamak için analiz edildi. En iyi aday DMRs bağımsız olarak platform sağlamlık onaylamak için bisülfit pyrosequencing tarafından onaylanmış.
Sıçan metil-Seq platformu strese maruz tarafından indüklenen metilasyonu değişiklikleri yakalayabilir yararlı bir epigenetik araç olduğundan sonuçlar gösterilmektedir.

Watch this Scientific Journal Video about A Rat Methyl-Seq Platform to Identify Epigenetic Changes Associated with Stress Exposure at JoVE.com

A Rat Methyl-Seq Platform to Identify Epigenetic Changes Associated with Stress Exposure

Burada, protokolü ve metil-Seq, kronik stres pozlama ile ilişkili epigenetik değişiklikleri tanımlamak için bir fare modeli kullanarak bir epigenomic platform uygulanması açıklanmaktadır. Sonuçları sıçan metil-Seq platformu sıçanlarda stres maruz kaynaklanan metilasyonu farklılıklar tespit kapasitesine sahip olduğunu göstermektedir.

Stres pozlama ile ilişkili epigenetik değişiklikleri tanımlamak için bir fare metil-Seq Platform

As genomes of a wider variety of animals become available, there is an increasing need for tools that can capture dynamic epigenetic changes in these ...

Bu yöntem, çevresel faktörlerin DNA metilasyonu üzerindeki etkisini değerlendirmek için sıralama ya da sıralama tabanlı bir aracın nasıl tasarlanacağını ve uygulanacağını göstererek epigenomik alanındaki anahtar soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin en büyük avantajı, dizi tabanlı platformlara göre DNA metilasyon düzeylerini değerlendirmek için daha kapsamlı ve nicel bir yöntem sunabilmektir. Bu tekniğin sonuçları, dizi verileri mevcut olan herhangi bir organizmada farklı fizyolojik süreçler nedeniyle DNA metilasyon değişikliklerinin tanımlanmasına yöneliktir.Bu yöntem, stresin DNA metilasyonu üzerindeki etkisihakkında bilgi sağlasa da, yüksek yağlı beslenmede çevresel toksik maddelere maruz kalma ve diyabet ve kardiyovasküler hastalık gibi durumlar gibi diğer çevresel faktörlere veya fizyolojik koşullara da uygulanabilir. DNA'yı yonttup biyoanalizör aracılığıyla boyutu doğruladıktan sonra, her numuneye 180 mikrolitre DNA bağlayıcı manyetik boncuk ekleyin ve oda sıcaklığında beş dakika kuluçkaya yatın. Bir manyetik plaka üzerinde boncuk pelet ve supernatant kaldırın.Peletin 200 mikrolitresi %70 etanolde yeniden askıya alın. Daha sonra, boncuk pelet için bir manyetik plaka kullanın ve mümkün olduğunca çok etanol kaldırmak. Boncukları 37 derecede bir ısı bloğunda 3-5 dakika kurutun.Daha sonra, nükleaz içermeyen su 44 mikrolitre pelet resuspend ve supernatant yaklaşık 42 mikrolitre toplamak. Adaptörleri bağladıktan ve biyoanalizör aracılığıyla ligasyonu doğruladıktan sonra, numuneleri düşük DNA bağlayıcı mikrosantrifüj tüplerine aktarın. Daha sonra, örnek hacmini 3,4 mikrolitrenin altına düşürmek için ısıtmalı vakum konsantratörü kullanın.Bundan sonra, her numuneye 5,6 mikrolitre Metil-Seq Blok Karışımı ekleyin ve onları bir termal döngüde kuluçkaya yatırın. Metin protokolüne göre Yakalama Kitaplığı Hibritleştirme Karışımı'nı hazırlayın. Daha sonra, her örneğe 20 mikrolitre Yakalama Kitaplığı Hibridizasyon Karışımı ekleyin ve 16 saat boyunca 65 santigrat derecede kuluçkaya yatın.Kuluçka döneminin sonlarına doğru, yeni bir sekiz kuyu şerit tüp için örnek başına streptavidin manyetik boncuk50 mikrolitre ekleyerek streptavidin manyetik boncukhazırlamak. Boncukları 200 mikrolitre Metil-Seq Bağlayıcı Tampon ile yıkayın. Şerit tüpü manyetik bir plakaya yerleştirin ve boncuklardan süpernatantı çıkarın.Sonra, Metil-Seq Bağlayıcı Tampon 200 mikrolitre boncuk resuspend. Yıkanmış streptavidin boncuk örnekleri ekleyin ve dönen bir mikser üzerinde 30 dakika oda sıcaklığında kuluçka. Örnekler karıştırılırken, aliquot 200 mikrolitre Metil-Seq Yıkama Tampon 2 96-well plaka ve önceden sıcak 65 santigrat dereceye kadar triplicate kuyular içine.Örnekler inkümledikten sonra manyetik boncukları manyetik plakayla peletleyin ve süpernatantı çıkarın. Sonra, Metil-Seq Yıkama Tampon Bir 200 mikrolitre boncuk resuspend. Oda sıcaklığında 15 dakika boyunca boncuk kuluçka ve supernatant kaldırmak için bir manyetik plaka kullanın.Bundan sonra, önceden ısıtılmış Yıkama Tampon İki 200 mikrolitre boncuk pelet resuspend. Daha sonra, boncukpelet için bir manyetik plaka kullanmadan önce bir termal döngü içinde boncuk kuluçka. Yıkanmış boncuklara 20 mikrolitre Metil-Seq Elution Tampon ekleyin ve 20 dakika oda sıcaklığında kuluçkaya yatırın.Boncukpelet için bir manyetik plaka kullanın ve yeni bir şerit tüp için supernatant aktarın. İlk olarak, daha önce toplanan supernatant bisülfit dönüşüm reaktif 130 mikrolitre ekleyin. 150 mikrolitrelik reaksiyonları eşit olarak iki kuyuya bölün.Sonra, reaksiyonları bir termal döngüde kuluçkaya yatırın. Örnekleri spin sütunlarına bağlamak için 600 mikrolitre Ciltli Tampon kullanın ve sütunları 100 mikrolitre Yıkama Tamponu ile yıkayın. Daha sonra, sütunları santrifüj edin ve akış tan atın.Bundan sonra, sütunlara 200 mikrolitre Desülfobi Tampon ekleyin. Oda sıcaklığında 15-20 dakika boyunca sütunkuluçka. 200 mikrolitre Yıkama Tamponu ile sütunları iki kez yıkayın.Ardından, sütuna 10 mikrolitre Elüyon Arabelleği ekleyin. Oda sıcaklığında kuluçka ve santrifüj. METIN protokolüne göre PCR reaksiyon ana karışımını hazırlayın.Daha sonra, her numuneye ana karışımın 82 mikrolitresini ekleyin ve numuneleri bir termal döngüde kuluçkaya yatırın. İlk olarak, metin protokolüne göre PCR Master Mix Two'yu buz üzerinde hazırlayın. Daha sonra, her numuneye 25,5 mikrolitre PCR Master Mix İki ve beş mikrolitre ticari indeksleme astarı ekleyin ve numuneleri bir termal döngüde kuluçkaya yatırın.Bir biyoanalizörde yüksek duyarlılıklı DNA algılama reaktifleri ile numunelerin DNA konsantrasyonu değerlendirilin. Metil-Seq kütüphaneleri daha sonra yeni nesil sıralayıcı üzerinde sıralama için gönderilir. Bisülfit dönüştürme ve PCR güçlendirme doğrulama örnekleri sonra, Bağlayıcı Tampon, su ve streptavidin kaplı sepharoz boncuk ile bir ana karışımı hazırlamak.Daha sonra, ana karışımın 75 mikrolitresini ve iç içe ki PCR ürününün beş mikrolitresini 96 kuyulu bir plakaya ekleyin ve plakayı 15 ila 60 dakika boyunca bir tabak çalkalayıcının üzerinde sallayın. Plaka sallanırken, pyrosequencing bir tofaş plaka kuyularına 12 mikrolitre astar ekleyin. Salladıktan sonra, su dolu bir çukura bir vakum aleti yerleştirin, sonra bağlayıcı reaksiyonlar ile plaka aracı yerleştirin.Daha sonra, vakum aracını %70 etanol, sodyum hidroksit ve Tris-asetat tamponu içeren yarı dolu çukurlara batırın. Vakumun bağlantısını kesin ve boncukları aktarmak için vakum aletini HS pyrosequencing teşp plakasına yerleştirin. Plakayı bir ısı bloğuna yerleştirin ve 80 derecede iki dakika kuluçkaya yatırın.Son olarak, piro programı başlamadan önce plaka beş dakika soğumasını bekleyin. Bu protokolde, Metil-Seq kütüphanelerinin analizi, stresli ve stresli olmayan hayvanlar ile DM'lerin grafiksel çizimi arasında farklılaştırılmış metillenmiş bölgelerin veya DM'lerin sıralı bir listesini sağlamıştır.CpG 10'daki metilasyon düzeyleri de her hayvan için ortalama üç haftalık CORT düzeyleriile karşılaştırıldı. Sonuçlar endokrin ve metilasyon verileri arasında mütevazı bir korelasyon olduğunu göstermektedir. Bu yordamı denerken, DNA kesme ve adaptör ligasyon adımları arasında ortalama DNA boyutundaki artışı karşılaştırmayı ve sıralamadan önce yeterli kütüphane miktarını sağlamayı unutmamak önemlidir.Bu prosedürü takiben, diğer benzer yaklaşımlar yeni sorulara cevap vermek için uygulanabilir, sıçan nörogelişimi üzerinde çevresel toksik maddelerin etkisi gibi. Bu teknik, gelişiminden sonra epigenetik alanındaki araştırmacılara genomdizilerinin mevcut olduğu model olmayan veya model organizmalardaki genom çapındaki DNA metilasyon değişikliklerini keşfetme imkanı sağladı. Isıya duyarlı enzimlerle çalışmanın, eksi 20 derecelik dondurucuda kullanılırken ve depolanırken buzüzerinde depolanması gerektiğini unutmayın.Hedef yakalama için kullanılan RNA boncukları, eksi 80 derecelik dondurucuda kullanılırken ve uzun süreli depolama sırasında buz üzerinde erime ve depolama gerektirir.

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Molecular Biology

Biochemistry

Unit 1

Gene Expression

SCIENTISTS IN ACTION

Isolation of Intermediate Filament Proteins from Multiple Mouse Tissues to Study Aging-associated Post-translational Modifications

Yaşlanmaya Bağlı Translasyon Sonrası Değişiklikleri İncelemek İçin Birden Fazla Fare Dokusundan Ara Filament Proteinlerinin İzolasyonu

Intermediate filaments (IFs), together with actin filaments and microtubules, form the cytoskeleton &#8211; a critical structural element of every cell. ...

Utilizing a Comprehensive Immunoprecipitation Enrichment System to Identify an Endogenous Post-translational Modification Profile for Target Proteins

Bir endojen translasyonel modifikasyon profil hedef proteinler için tanımlamak için bir kapsamlı Immunoprecipitation zenginleştirme sistemi kullanan

It is now well-appreciated that post-translational modifications (PTMs) play an integral role in regulating a protein&#39;s structure and function, which ...

Multiplexed Isothermal Amplification Based Diagnostic Platform to Detect Zika, Chikungunya, and Dengue 1

Çoğaltılmış izotermal amplifikasyon Zika, Chikungunya ve dang 1 tespit etmek için teşhis platformu dayalı

Zika, dengue, and chikungunya viruses are transmitted by mosquitoes, causing diseases with similar patient symptoms. However, they have different ...

Isolation of Histone from Sorghum Leaf Tissue for Top Down Mass Spectrometry Profiling of Potential Epigenetic Markers

Potansiyel Epigenetik belirteçlerin Yukarıdan Aşağıya Kütle Spektrometresi Profillemi için Sorgum Yaprak Dokusundan Histone İzolasyonu

Histones belong to a family of highly conserved proteins in eukaryotes. They pack DNA into nucleosomes as functional units of chromatin. ...

Platform Incubator with Movable XY Stage: A New Platform for Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins

Hareketli XY Stage ile Platform İnkübatörü: Proteinlerin Hücre İçi Hızlı Fotokimyasal Oksidasyonunu Uygulamak İçin Yeni Bir Platform

Fast Photochemical Oxidation of proteins (FPOP) coupled with mass spectrometry (MS) has become an invaluable tool in structural proteomics to interrogate ...

Cellular Membrane Affinity Chromatography Columns to Identify Specialized Plant Metabolites Interacting with Immobilized Tropomyosin Kinase Receptor B

İmmobilize Tropomiyozin Kinaz Reseptörü B ile Etkileşime Giren Özel Bitki Metabolitlerini Tanımlamak için Hücresel Membran Afinite Kromatografisi Sütunları

Chemicals synthesized by plants, fungi, bacteria, and marine invertebrates have been a rich source of new drug hits and leads. Medicines such as statins, ...

DetectSyn: A Rapid, Unbiased Fluorescent Method to Detect Changes in Synapse Density

DetectSyn: Sinaps Yoğunluğundaki Değişiklikleri Tespit Etmek için Hızlı, Tarafsız Bir Floresan Yöntemi

Synapses are the site of communication between neurons. Neuronal circuit strength is related to synaptic density, and the breakdown of synapses is ...

A Mass Spectrometry-Based Approach to Identify Phosphoprotein Phosphatases and their Interactors

Fosfoprotein fosfatazları ve bunların interaktörlerini tanımlamak için kütle spektrometrisine dayalı bir yaklaşım

Most cellular processes are regulated by dynamic protein phosphorylation. More than three-quarters of proteins are phosphorylated, and phosphoprotein ...

A Fibrinolytic Enzyme-Based Method to Study Cerebral Thrombus Cell Components

A Comprehensive Approach to Analyze the Cell Components of Cerebral Blood Clots

A Novel Method for Comprehensive Cell Component Analysis of Cerebral Blood Clots (Video) | JoVE

Serebral Kan Pıhtılarının Hücre Bileşenlerini Analiz Etmek İçin Kapsamlı Bir Yaklaşım

Cerebral thrombosis, a blood clot in a cerebral artery or vein, is the most common type of cerebral infarction. The study of the cell components of ...

Image Analysis to Identify Protein Crystals

Image Analysis to Identify Protein Crystals (Video) | JoVE 

Protein Kristallerini Tanımlamak için Görüntü Analizi