Name: large-scale top-down proteomics using capillary zone electrophoresis tandem mass spectrometry
Uploaded: 2018-10-24T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Forfatterne takke Heedeok Hong-gruppen på Institut for kemi, Michigan State University, venligst give Escherichia coli celler for forsøgene. Forfatterne takke støtte fra National Institute of General Medical Sciences, National Institutes of Health (NIH) gennem Grant R01GM118470 (til X. Liu) og Grant R01GM125991 (til L. solen og X. Liu).

1. forberedelse af LPA belægning på indersiden af adskillelse kapillær
<ol><li>
Forbehandling af kapillær
	<ol>
<li>Skyl en smeltet silica kapillær (120 cm i længde, 50 µm i indre diameter [id], 360 µm i ydre diameter [OD]) successivt med 500 µL 1 M natriumhydroxid, deioniseret vand, 1 M saltsyre, deioniseret vand og LC-MS grade metanol ved hjælp af en sprøjten pumpe.</li>
		<li>Tørre kapillær med nitrogen gas (10 psi, ≥ 12 h) og fyld kapillar med 50% (v/v) 3-(trimethoxysilyl) propyl met...

<ol>
	<li>Aebersold, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+many+proteoforms+are+there.">How many proteoforms are there.</a> Nature Chemical Biology. 14 (3), 206-214 (2018).</li><li>Tran, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+intact+protein+isoforms+in+discovery+mode+using+top-down+proteomics.">Mapping intact protein isoforms in discovery mode using top-down proteomics.</a> Nature. 480 (7376), 254-258 (2011).</li><li>Catherman, A. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+Top-down+Proteomics+of+the+Human+Proteome:+Membrane+Proteins,+Mitochondria,+and+Senescence.">Large-scale Top-down Proteomics of the Human Proteome: Membrane Proteins, Mitochondria, and Senescence.</a> Molecular and Cellular Proteomics. 12 (12), 3465-3473 (2013).</li><li>Cai, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top-Down+Proteomics+of+Large+Proteins+up+to+223+kDa+Enabled+by+Serial+Size+Exclusion+Chromatography+Strategy.">Top-Down Proteomics of Large Proteins up to 223 kDa Enabled by Serial Size Exclusion Chromatography Strategy.</a> Analytical Chemistry. 89 (10), 5467-5475 (2017).</li><li>Toby, T. K., Fornelli, L., Kelleher, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progress+in+Top-Down+Proteomics+and+the+Analysis+of+Proteoforms.">Progress in Top-Down Proteomics and the Analysis of Proteoforms.</a> Annual Review of Analytical Chemistry. 9 (1), 499-519 (2016).</li><li>Jorgenson, J. W., Lukacs, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capillary+Zone+Electrophoresis.">Capillary Zone Electrophoresis.</a> Science. 222 (4621), 266-272 (1983).</li><li>Keithley, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capillary+electrophoresis+with+three-color+fluorescence+detection+for+the+analysis+of+glycosphingolipid+metabolism.">Capillary electrophoresis with three-color fluorescence detection for the analysis of glycosphingolipid metabolism.</a> Analyst. 138 (1), 164-170 (2013).</li><li>Han, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-Line+Separation+by+Capillary+Electrophoresis+Prior+to+Analysis+by+Top-Down+Mass+Spectrometry+Enables+Sensitive+Characterization+of+Protein+Complexes.">In-Line Separation by Capillary Electrophoresis Prior to Analysis by Top-Down Mass Spectrometry Enables Sensitive Characterization of Protein Complexes.</a> Journal of Proteome Research. 13 (12), 6078-6086 (2014).</li><li>Sun, L., Zhu, G., Zhao, Y., Yan, X., Mou, S., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrasensitive+and+Fast+Bottom-up+Analysis+of+Femtogram+Amounts+of+Complex+Proteome+Digests.">Ultrasensitive and Fast Bottom-up Analysis of Femtogram Amounts of Complex Proteome Digests.</a> Angewandte Chemie International Edition. 52 (51), 13661-13664 (2013).</li><li>Choi, S. B., Lombard-Banek, C., Mu&#241;oz-LLancao, P., Manzini, M. C., Nemes, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+Peptide+Detection+Toward+Single-Neuron+Proteomics+by+Reversed-Phase+Fractionation+Capillary+Electrophoresis+Mass+Spectrometry.">Enhanced Peptide Detection Toward Single-Neuron Proteomics by Reversed-Phase Fractionation Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 29 (5), 913-922 (2018).</li><li>Sun, L., Knierman, M. D., Zhu, G., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+Top-Down+Intact+Protein+Characterization+with+Capillary+Zone+Electrophoresis-Electrospray+Ionization+Tandem+Mass+Spectrometry.">Fast Top-Down Intact Protein Characterization with Capillary Zone Electrophoresis-Electrospray Ionization Tandem Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 85 (12), 5989-5995 (2013).</li><li>Wang, Y., Fonslow, B. R., Wong, C. C., Nakorchevsky, A., Yates, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+the+comprehensiveness+and+sensitivity+of+sheathless+capillary+electrophoresis-tandem+mass+spectrometry+for+proteomic+analysis.">Improving the comprehensiveness and sensitivity of sheathless capillary electrophoresis-tandem mass spectrometry for proteomic analysis.</a> Analytical Chemistry. 84 (20), 8505-8513 (2012).</li><li>Zhang, Z., Yan, X., Sun, L., Zhu, G., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detachable+strong+cation+exchange+monolith,+integrated+with+capillary+zone+electrophoresis+and+coupled+with+pH+gradient+elution,+produces+improved+sensitivity+and+numbers+of+peptide+identifications+during+bottom-up+analysis+of+complex+proteomes.">Detachable strong cation exchange monolith, integrated with capillary zone electrophoresis and coupled with pH gradient elution, produces improved sensitivity and numbers of peptide identifications during bottom-up analysis of complex proteomes.</a> Analytical Chemistry. 87 (8), 4572-4577 (2015).</li><li>Sun, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Over+10,000+peptide+identifications+from+the+HeLa+proteome+by+using+single-shot+capillary+zone+electrophoresis+combined+with+tandem+mass+spectrometry.">Over 10,000 peptide identifications from the HeLa proteome by using single-shot capillary zone electrophoresis combined with tandem mass spectrometry.</a> Angewandte Chemie International Edition in English. 53 (50), 13931-13933 (2014).</li><li>Aebersold, R., Morrison, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+dilute+peptide+samples+by+capillary+zone+electrophoresis.">Analysis of dilute peptide samples by capillary zone electrophoresis.</a> Journal of Chromatography. 516 (1), 79-88 (1990).</li><li>Britz-McKibbin, P., Chen, D. D. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+Focusing+of+Catecholamines+and+Weakly+Acidic+Compounds+by+Capillary+Electrophoresis+Using+a+Dynamic+pH+Junction.">Selective Focusing of Catecholamines and Weakly Acidic Compounds by Capillary Electrophoresis Using a Dynamic pH Junction.</a> Analytical Chemistry. 72 (6), 1242-1252 (2000).</li><li>Zhao, Y., Sun, L., Zhu, G., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coupling+Capillary+Zone+Electrophoresis+to+a+Q+Exactive+HF+Mass+Spectrometer+for+Top-down+Proteomics:+580+Proteoform+Identifications+from+Yeast.">Coupling Capillary Zone Electrophoresis to a Q Exactive HF Mass Spectrometer for Top-down Proteomics: 580 Proteoform Identifications from Yeast.</a> Journal of Proteome Research. 15 (10), 3679-3685 (2016).</li><li>Zhu, G., Sun, L., Yan, X., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bottom-Up+Proteomics+of+Escherichia+coli.+Using+Dynamic+pH+Junction+Preconcentration+and+Capillary+Zone+Electrophoresis-Electrospray+Ionization-Tandem+Mass+Spectrometry.">Bottom-Up Proteomics of Escherichia coli. Using Dynamic pH Junction Preconcentration and Capillary Zone Electrophoresis-Electrospray Ionization-Tandem Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 86 (13), 6331-6336 (2014).</li><li>Lubeckyj, R. A., McCool, E. N., Shen, X., Kou, Q., Liu, X., Sun, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-Shot+Top-Down+Proteomics+with+Capillary+Zone+Electrophoresis-Electrospray+Ionization-Tandem+Mass+Spectrometry+for+Identification+of+Nearly+600+Escherichia+coli+Proteoforms.">Single-Shot Top-Down Proteomics with Capillary Zone Electrophoresis-Electrospray Ionization-Tandem Mass Spectrometry for Identification of Nearly 600 Escherichia coli Proteoforms.</a> Analytical Chemistry. 89 (22), 12059-12067 (2017).</li><li>Busnel, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+capacity+capillary+electrophoresis-electrospray+ionization+mass+spectrometry:+coupling+a+porous+sheathless+interface+with+transient-isotachophoresis.">High capacity capillary electrophoresis-electrospray ionization mass spectrometry: coupling a porous sheathless interface with transient-isotachophoresis.</a> Analytical Chemistry. 82 (22), 9476-9483 (2010).</li><li>Zhang, Z., Peuchen, E. H., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface-Confined+Aqueous+Reversible+Addition-Fragmentation+Chain+Transfer+(SCARAFT)+Polymerization+Method+for+Preparation+of+Coated+Capillary+Leads+to+over+10+000+Peptides+Identified+from+25+ng+HeLa+Digest+by+Using+Capillary+Zone+Electrophoresis-Tandem+Mass+Spectrometry.">Surface-Confined Aqueous Reversible Addition-Fragmentation Chain Transfer (SCARAFT) Polymerization Method for Preparation of Coated Capillary Leads to over 10 000 Peptides Identified from 25 ng HeLa Digest by Using Capillary Zone Electrophoresis-Tandem Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 89 (12), 6774-6780 (2017).</li><li>Zhu, G., Sun, L., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thermally-initiated+free+radical+polymerization+for+reproducible+production+of+stable+linear+polyacrylamide+coated+capillaries,+and+their+application+to+proteomic+analysis+using+capillary+zone+electrophoresis-mass+spectrometry.">Thermally-initiated free radical polymerization for reproducible production of stable linear polyacrylamide coated capillaries, and their application to proteomic analysis using capillary zone electrophoresis-mass spectrometry.</a> Talanta. 146, 839-843 (2016).</li><li>Smith, R. D., Barinaga, C. J., Udseth, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+Electrospray+Ionization+Interface+for+Capillary+Zone+Electrophoresis-Mass+Spectrometry.">Improved Electrospray Ionization Interface for Capillary Zone Electrophoresis-Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 60 (16), 1948-1952 (1988).</li><li>Moini, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplifying+CE-MS+Operation.+2.+Interfacing+Low-Flow+Separation+Techniques+to+Mass+Spectrometry+Using+a+Porous+Tip.">Simplifying CE-MS Operation. 2. Interfacing Low-Flow Separation Techniques to Mass Spectrometry Using a Porous Tip.</a> Analytical Chemistry. 79 (11), 4241-4246 (2007).</li><li>Wojcik, R., Dada, O. O., Sadilek, M., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplified+capillary+electrophoresis+nanospray+sheath-flow+interface+for+high+efficiency+and+sensitive+peptide+analysis.">Simplified capillary electrophoresis nanospray sheath-flow interface for high efficiency and sensitive peptide analysis.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 24 (17), 2554-2560 (2010).</li><li>Sun, L., Zhu, G., Zhang, Z., Mou, S., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Third-Generation+Electrokinetically+Pumped+Sheath-Flow+Nanospray+Interface+with+Improved+Stability+and+Sensitivity+for+Automated+Capillary+Zone+Electrophoresis-Mass+Spectrometry+Analysis+of+Complex+Proteome+Digests.">Third-Generation Electrokinetically Pumped Sheath-Flow Nanospray Interface with Improved Stability and Sensitivity for Automated Capillary Zone Electrophoresis-Mass Spectrometry Analysis of Complex Proteome Digests.</a> Journal of Proteome Research. 14 (5), 2312-2321 (2015).</li><li>McCool, E. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep+Top-Down+Proteomics+Using+Capillary+Zone+Electrophoresis-Tandem+Mass+Spectrometry:+Identification+of+5700+Proteoforms+from+the+Eschericia+coli+Proteome.">Deep Top-Down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis-Tandem Mass Spectrometry: Identification of 5700 Proteoforms from the Eschericia coli Proteome.</a> Analytical Chemistry. 90 (9), 5529-5533 (2018).</li><li>Kessner, D., Chambers, M., Burke, R., Agus, D., Mallick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProteoWizard:+open+source+software+for+rapid+proteomics+tools+development.">ProteoWizard: open source software for rapid proteomics tools development.</a> Bioinformatics. 24 (21), 2534-2536 (2008).</li><li>Kou, Q., Xun, L., Liu, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TopPIC+:+a+software+tool+for+top-down+mass+spectrometry-based+proteoform+identification+and+characterization.">TopPIC : a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization.</a> Bioinformatics. 32 (22), 3495-3497 (2016).</li><li>Elias, J. E., Gygi, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Target-decoy+search+strategy+for+increased+confidence+in+large-scale+protein+identifications+by+mass+spectrometry.">Target-decoy search strategy for increased confidence in large-scale protein identifications by mass spectrometry.</a> Nature Methods. 4 (3), 207-214 (2007).</li><li>Ansong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top-down+proteomics+reveals+a+unique+protein+S-thiolation+switch+in+Salmonella+Typhimurium+in+response+to+infection-like+conditions.">Top-down proteomics reveals a unique protein S-thiolation switch in Salmonella Typhimurium in response to infection-like conditions.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (25), 10153-10158 (2013).</li><li>Shen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+ultrahigh-pressure+long+column+reversed-phase+liquid+chromatography+for+top-down+proteomics.">High-resolution ultrahigh-pressure long column reversed-phase liquid chromatography for top-down proteomics.</a> Journal of Chromatography A. 1498, 99-110 (2017).</li><li>Olsen, J. V., Macek, B., Lange, O., Makarov, A., Horning, S., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Higher-energy+C-trap+dissociation+for+peptide+modification+analysis.">Higher-energy C-trap dissociation for peptide modification analysis.</a> Nature Methods. 4 (9), 709-712 (2007).</li><li>Syka, J. E., Coon, J. J., Schroeder, M. J., Shabanowitz, J., Hunt, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptide+and+protein+sequence+analysis+by+electron+transfer+dissociation+mass+spectrometry.">Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (26), 9528-9533 (2004).</li><li>Shaw, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+Protein+Characterization+Using+Top-Down+Mass+Spectrometry+and+Ultraviolet+Photodissociation.">Complete Protein Characterization Using Top-Down Mass Spectrometry and Ultraviolet Photodissociation.</a> Journal of the American Chemical Society. 135 (34), 12646-12651 (2013).</li></ol>

Her giver vi en detaljeret protokol for at bruge CZE-MS/MS for høj opløsning karakterisering af proteoforms i enkle protein prøver og for omfattende kortlægning af proteoforms i komplekst proteom prøver. Et diagram over CZE-ESI-MS/MS systemet er vist i figur 1. Der er fire afgørende trin i protokollen. Første er forberedelse af høj kvalitet LPA belægning på indersiden af adskillelse kapillær ekstremt vigtigt. En kapillær LPA-belagt separation kan reducere EOF i kapillar, udvide v...

Top-down proteomics (TDP) sigter mod en storstilet karakterisering af proteoforms inden for en proteomet. TDP er afhængig af effektiv væske-fase adskillelse af intakt proteiner før electrospray Ionisation-tandem massespektrometri (ESI-MS/MS) analyse på grund af den høje kompleksitet og stor koncentration dynamikområde af proteomet1,2 ,3,4,5. Kapillar zone elektroforese (CZE) er en kraftfuld teknik til separation af biomolekyler baseret på deres størrelse-til-lade nøgletal6. CZE er relativt simpel, kræver kun en åben rørformede fused silica kapillær, en baggrund elektrolyt (BGE) og en strømforsyning. En prøve af intakt proteiner kan indlæses i kapillær bruge pres eller spænding, og adskillelse er initieret af nedsænkning begge ender af kapillar i BGE og anvender en høj spænding. CZE kan henvende sig til ultra-høje adskillelse effektivitet (> 1 million teoretiske plader) til adskillelse af biomolekyler7. CZE-MS har en drastisk højere følsomhed end almindeligt anvendte omvendt-fase væskekromatografi (RPLC)-MS til analyse af intakt proteiner8. Selvom CZE-MS har et stort potentiale for store top down proteomics, har dens bred anvendelse i proteomics været hæmmet af flere problemer, herunder en lav prøve-loading kapacitet og smalle adskillelse vindue. Den typiske prøve lastning diskenheden i CZE er omkring 1% af den samlede kapillær volumen, som normalt svarer til mindre end 100 nL9,10,11. Vinduet adskillelse af CZE er normalt mindre end 30 min på grund af stærkt elektroosmotisk flow (EOF)9,10. Disse spørgsmål begrænse CZE-MS/MS til identifikation af et stort antal proteoforms og lav rigelige proteoforms fra et komplekst proteom.
Stor indsats har gjort at forbedre prøven lastning volumen af CZE via online prøve koncentration metoder (f.eks.fast-fase microextraction [SPME]12,13, felt-enhanced prøve stabling [FESS]9 , 11 , 14, og dynamisk pH junction15,16,17,18). FESS og dynamisk pH junction er enklere end SPME, der kun kræver en betydelig forskel mellem prøvebuffer og BGE i ledningsevne og pH. FESS beskæftiger en prøvebuffer med meget lavere ledningsevne end BGE, fører til en stabling af analysander på grænsen mellem prøve zone og BGE zone i kapillar. Dynamisk pH junction udnytter en grundlæggende prøve plug (f.eks., 50 mM ammoniumbicarbonat, pH 8) og en syrlig BGE (fx, 5% [v/v] eddikesyre, pH 2.4) på begge sider af prøven plug. På begæring af en høj positiv spænding enden injektion af kapillar opstår titrering af grundlæggende prøve plug, fokuserer analysander i en stram stik før det gennemgår en CZE adskillelse. For nylig, gruppen solen systematisk sammenlignet FESS og dynamisk pH krydset for online stabling af intakt proteiner, demonstrerer, at dynamiske pH junction kunne producere langt bedre ydeevne end FESS for online koncentrationen af intakt proteiner når Injektionsvolumen prøve blev 25% af den samlede kapillære bind19.
Neutralt belagt adskillelse kapillærer (f.eks.lineær polyacrylamid [LPA]) har været ansat til at reducere EOF i kapillær, bremse CZE adskillelse og udvide adskillelse vindue20,21. For nylig, Dovichi gruppen udviklet en enkel procedure for udarbejdelse af stabil LPA belægning på indersiden af kapillærer, udnytte ammonium persulfat (APS) som initiativtager og temperatur (50 ° C) for frie radikaler produktion og polymerisation22 . Ganske nylig, gruppen solen ansat kapillær LPA-belagt adskillelse og dynamisk pH junction metode til CZE adskillelse af intakt proteiner, at nå frem til en microliter-skala prøve lastning diskenheden og en 90-min adskillelse vindue19. CZE systemet åbner døren til ved hjælp af CZE-MS/MS for storstilet top-down proteomics.
CZE-MS kræver en yderst robust og følsom interface til par CZE til MS. Tre CE-MS grænseflader har været godt udviklede og kommercialiseret i historien om CE-MS, og de er den co-axial kappe-flow interface23, den sheathless interface ved hjælp af en porøs tip som ESI emitter24, og den electro-kinetisk pumpede kappe flow interface25,26. Den electro-kinetically pumpede kappe-flow-brugergrænseflade-baseret CZE-MS/MS har nået et lavt zeptomole peptid påvisning grænse9, over 10.000 peptid identifikationer (IDs) fra HeLa celler proteomet i én køre14, en hurtig karakterisering intakt proteiner11, og meget stabil og reproducerbar analyser af biomolekyler26. For nylig, LPA-belagt adskillelse kapillær, metoden dynamisk pH junction og electro-kinetically pumpede kappe flow interface blev brugt til store top down proteomanalyse af en Escherichia coli (E. coli) proteomet19 ,27. CZE-MS/MS platform henvendte sig til over 500 proteoform-id'er i en enkelt køre19 og næsten 6.000 proteoform id'er via kobling med størrelse-udelukkelse kromatografi (SEC)-RPLC fraktionering27. Resultaterne viser tydeligt CZE-MS/MS kapacitet til store top down proteomics.
Heri, er en detaljeret procedure for at bruge CZE-MS/MS til store top down proteomics beskrevet. CZE-MS/MS system beskæftiger LPA-belagt kapillær at reducere EOF i kapillær, dynamisk pH junction metode for online koncentrationen af proteiner, electro-kinetically pumpede kappe flow interface til kobling CZE til MS, en orbitrap masse spektrometer til indsamling af MS og MS/MS-spektre af proteiner, og en TopPIC (TOP-Down Mass Spectrometry-Based Proteoform identifikation og karakterisering) software til proteoform ID via databasesøgning.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:905px;" width="903">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Fused silica capillary</td>
			<td style="width:117px;">Polymicro Technologies</td>
			<td style="width:147px;">1068150017</td>
			<td style="width:355px;">50 &#181;m i.d. 360 &#181;m o.d.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Sodium hydroxide pellets</td>
			<td style="width:117px;">Macron Fine Chemicals</td>
			<td style="width:147px;">7708-10</td>
			<td>Corrosive</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">LC-MS grade water</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td>W6-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Hydrochloric acid</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">SA48-1</td>
			<td>Corrosive</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Methanol</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A456-4</td>
			<td>Toxic, Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">3-(Trimethoxysilyl)propyl methacrylate</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">M6514</td>
			<td>Moisture and heat sensitive</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Hydrofluoric acid</td>
			<td style="width:117px;">Acros Organics</td>
			<td style="width:147px;">423805000</td>
			<td>Highy toxic</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acrylamide</td>
			<td style="width:117px;">Acros Organics</td>
			<td style="width:147px;">164855000</td>
			<td>Toxic, health hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Ammonium persulfate</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">A3678</td>
			<td>Health hazard, Oxidizer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">lysozyme</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">L6876</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Cytochrome C</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">C7752</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Myoglobin</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">M1882</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">&#223;-casein</td>
			<td style="width:117px;">Sgma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">C6905</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Carbonic anhydrase</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">C3934</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Bovine serum albumin</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">A2153</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Urea</td>
			<td style="width:117px;">Alfa Aesar</td>
			<td style="width:147px;">36428-36</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">DL-Dithiothreitol</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">D0632</td>
			<td>Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Iodoacetamide</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">AC122270250</td>
			<td>Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Formic Acid</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A117-50</td>
			<td>Corrosive, Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">C4 trap column</td>
			<td style="width:117px;">Sepax Technologies</td>
			<td style="width:147px;">110043-4001C</td>
			<td>3 &#181;m particles, 300 &#197; pores, 4.0 mm i.d. 10 mm long</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acetonitrile</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A998SK-4</td>
			<td>Toxic, Oxidizer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Ammonium bicarbonate</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">1066-33-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Nalgene rapid-flow filters</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:147px;">126-0020</td>
			<td>0.2 &#181;m CN membrane, and 50 mm diameter</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">E. coli cells</td>
			<td style="width:117px;"></td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td>K-12 MG1655</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Dulbecco&#39;s phosphate-buffered saline</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">D8537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">BCA assay</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:147px;">23250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acetone</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A11-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">HPLC system for protein desalting</td>
			<td style="width:117px;">Agilient</td>
			<td style="width:147px;">1260 Infinity II</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acetic Acid</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A38-212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">CE autosampler</td>
			<td style="width:117px;">CMP Scientific</td>
			<td style="width:147px;">ECE-001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Electro-kinetically pumped sheath flow interface</td>
			<td style="width:117px;">CMP Scientific</td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Q Exactive HF Hybrid Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Sutter flaming/brown micropipette puller</td>
			<td style="width:117px;">Sutter Instruments</td>
			<td style="width:147px;">P-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Ultrasonic cell disruptor for cell lysis</td>
			<td style="width:117px;">Branson</td>
			<td align="right" style="width:147px;">101063196</td>
			<td>Model S-250A</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Vaccum concentrator</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">SPD131DDA-115</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

large-scale top-down proteomics using capillary zone electrophoresis tandem mass spectrometry

Kapillar zone elektroforese-electrospray Ionisation-tandem massespektrometri (CZE-ESI-MS/MS) er blevet anerkendt som et nyttigt redskab for top-down proteomics, der har til formål at karakterisere proteoforms i komplekse proteomes. Men anvendelsen af CZE-MS/MS for storstilet top-down proteomics har været hæmmet af lav prøve-loading kapacitet og smalle adskillelse vindue af CZE. Her, er en protokol, der beskrevet ved hjælp CZE-MS/MS med en microliter-skala prøve-loading volumen og en 90-min adskillelse vindue for storstilet top-down proteomics. CZE-MS/MS platformen er baseret på en lineær polyacrylamid (LPA)-coatede adskillelse kapillær med ekstremt lav elektroosmotisk flow, en dynamisk pH-junction-baseret online prøve koncentration metode med en høj effektivitet for protein stabling, en Electro-kinetically pumpede kappe flow CE-MS interface med ekstremt høje følsomhed og en ion trap massespektrometer med høj opløsning og scanne hastighed. Platformen kan anvendes til høj opløsning karakteriseringen af simple intakt protein prøver og storstilet karakterisering af proteoforms i forskellige komplekse proteomes. Som et eksempel, er en yderst effektiv adskillelse af en standard protein blanding og en yderst følsom påvisning af mange urenheder ved hjælp af platformen påvist. Som et andet eksempel, denne platform kan producere mere end 500 proteoform og 190 protein identifikationer fra en Escherichia coli proteomet i en enkelt CZE-MS/MS køre.

Figur 1 viser et diagram over den dynamiske pH-junction-baserede CZE-ESI-MS system, der anvendes i forsøget. En lang stik af prøven i en grundlæggende buffer er injiceres en LPA-belagt adskillelse kapillær fyldt med en syrlig BGE. Efter anvender høje spændinger vil I og II, analysander i zonen prøve være koncentreret via metoden dynamisk pH junction. For at evaluere effektiviteten af CZE-MS system, er en standard protein blanding (cytokrom c,...

Watch this Scientific Journal Video about Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Storstilet Top-down Proteomics brug af kapillar Zone elektroforese Tandem massespektrometri

En detaljeret protokol er beskrevet for adskillelse, identifikation og karakterisering af proteoforms i protein prøver ved hjælp af kapillar zone elektroforese-electrospray Ionisation-tandem massespektrometri (CZE-ESI-MS/MS). Protokollen kan bruges til høj opløsning karakterisering af proteoforms i enkle protein prøver og omfattende identifikation af proteoforms i komplekst proteom prøver.

Capillary zone electrophoresis-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) has been recognized as a useful tool for top-down ...

Denne metode kan bidrage til at forbedre store skala og høj opløsning karakterisering af protein isoformer og protein post-translationelle ændringer i celler. Den største fordel ved denne teknik er, at kapillær zone elektroforese massespektrometri tilbyder højeffektiv adskillelse og meget følsom påvisning af intakte proteiner. For at forbebebehandl kapillæren skal den tørres med nitrogengas ved 10 psi i mindst 12 timer.Derefter fylde kapillær med 50% volumen-for-volumen 3-propyl methacrylat i methanol ved hjælp af en sprøjte pumpe. Luk begge ender af kapillær med silica gummi. Efter inkubation ved stuetemperatur i mindst 24 timer fortsættes med en lineær polyarylamidbelægning på adskillelsens kapillærs indre væg som beskrevet i tekstprotokollen.Brænd en del af kapillæren ved hjælp af en blid flamme for at fjerne polyamid ydre belægning omkring fire centimeter væk fra den ene ende af kapillær. Rengør forsigtigt den brændte del af kapillæren ved at tørre for at fjerne polyamidbelægningen helt. Bor et lille hul for enden af et 200 mikroliterrør, der er på samme størrelse som kapillærens ydre diameter, så kapillæren holder kapillæren tilstrækkeligt på plads, når det er gevind gennem dette hul.Før enden af kapillæren, der er tæt på den brændte del gennem hullet, indtil den brændte del er i røret. Derefter tilsættes ca. 150 mikroliter HF til 200 mikroliterrøret, så HF-opløsningen er ca. halvvejs oppe i den brændte del på kapillæren. Kapillæren inkuberes i HF-opløsningen ved stuetemperatur i 90 til 100 minutter.Forbered standardproteinblandingen og E.coli-prøven som beskrevet i tekstprotokollen. For at opsætte kapillær zone elektroforese, eller CZE system, indlæse prøven, baggrunden elektrolyt, og adskillelse kapillær i CZE auto-sampler. Vælg eksempelbelastning i den manuelle kontrolside for auto-eksempel på CZE.-eksempel.Læg baggrundselektrolythætten i den automatiske prøveudtagers bufferbakke og muligvis ser dens placering i bufferbakken. Prøvehætteglasset ind i prøvebakken på den automatiske prøveudtager, hvor den pågældende anbringes i prøvebakken. Sæt autoeksempel til justeringspositionen ved hjælp af manuel kontrol.Nu indlæse adskillelse kapillær i CZE auto-sampler ved hjælp af ikke-ætset ende af kapillær. Juster højden på kapillærens indsprøjtningsende, hvis prøvevolumenet er lavere end 50 mikroliter. Skift autoeksempel til standby ved hjælp af manuel styring.Skriv prøvepositionen i systemet, og flyt kapillæren til prøven. Skub injektionsden af kapillæren længere ned for at nå bunden af prøvehætteglasset. Ved at fortsætte med at bruge den manuelle kontrol skylles kapillæren med baggrundselektrolytten i 20 minutter ved hjælp af et tryk på 20 psi.Nu montere en kommerciel elektrokinetisk pumpet kappe flow interface til forsiden af massespektrometeret. Fyld hylsterbuffertanket med en buffer, der indeholder methanol med 10% volumenvolumen og 0,2 % volumenvolumenmisk syre i LCMS-vand. Skyl T i grænsefladen med hylsterbufferen ved at trykke manuelt med en sprøjte.Før den ene millimeter ydre diameter ende af en elektrospray emitter gennem en ærme slange og forbinde emitter med en port af T via en montering. Du skal blot skylle T manuelt igen med en sprøjte for at fylde emitteren med hylsterbufferen. Juster afstanden mellem emitterens åbning og indgangen til massespektrometeret til ca. to millimeter ved hjælp af det kamera, der fulgte med grænsefladen.Påfør en to til 2,2 kilovolt spænding ved kappen buffer hætteglas til elektrospray. Juster derefter sprøjtespændingen for at nå en stabil elektrospray. Påfør et lavt tryk ved injektionsslutningen af kapillæren under denne proces for at sikre, at der ikke er bobler i kapillæren.Sluk for sprøjtespændingen, og før forsigtigt den ætsede ende af separationskapillæren gennem T ind i emitteren, indtil den ikke kan skubbes yderligere. Efter at have stoppet lavtrykket ved injektionsslutningen af kapillæren skylles emitteren en lille smule med kappebufferen. Igen, anvende to til 2,2 kilovolts af sprøjtespænding til at teste spray.Vælg ny metode under rullemenuen fil på hovedinstrumentskærmen. Der vælges indløb som startprøveglas, slutprøvehætteglas, bakke som prøve, tryk som fem psi, kilovolts som nul og varighed som 95 sekunder for en prøveinjektion. Derefter indstilles indløb som indløbshætteglas, bakke som buffer, tryk som nul psi, kilovolts som 30 og varighed som 4, 200 sekunder for adskillelsen af standardproteinblandingsprøven.Ved adskillelse af E.coli proteomeprøven indstilles indløbet som indløbshætteglas, bakke som buffer, tryk som nul psi, kilovolts som 20 og varighed som 6,600 sekunder. Endelig skal du vælge indløb som indløbshætteglas, bakke som buffer, tryk som 10 psi, kilovolts som 30 og varighed som 600 sekunder for kapillær skylning. Nu, opsætning af MS og MS / MS parametre for intakt protein analyse ved hjælp af en firedobbelt ionfælde maske spektrometer.Hvis du vil justere indstillingerne for tunefilen, skal du slå intakt proteintilstand til og bruge et diffuseringstryk på 0,2. Indstil ionoverførsel kapillær temperatur til 320 grader Celsius og S-linse RF niveau til 55. Hvis du vil udføre CZE MS/MS-eksperimentet, skal du starte dataopekøbsmetoden på massespektrometercomputeren først ved at vælge kørselssekvens.Start derefter kapillær elektroforese sekvens på kapillær elektroforese auto-sampler computer. Udfør en databasesøgning med TopPIC i TopPIC-pakken og i toppic-brugergrænsefladen. Klik på databasefilen, og vælg en passende database til søgning.Klik på spektrum fil og vælg den genererede ms2. msalign-fil, der genereres som input. Vælg MS1-funktionsfilen, og vælg den genererede funktionsfil.Sæt cystein carbamidomethyl C57 som en fast ændring på grund af iodoacetamid behandling. Vælg lokkedue database funktionen og under cutoff indstillinger, skal du vælge falsk opdagelse sats i rullemenuen ud for spektrum niveau. Indstil den falske opdagelsesrate til 0,01 på spektret niveau.Lad genereringsfunktionen være umarkeret, og angiv fejltolerancen til 15 dele pr. million. Indstil den falske registreringshastighed til 0,05 på proteoformniveau. Under avancerede parametre skal du vælge to for det maksimale antal masseskift i rullemenuen.Indstil den maksimale masseskift af ukendte ændringer til 500 dalton. Lad alle andre parametre være på deres standardværdier, og klik på startknappen nederst til højre i den grafiske brugergrænseflade. Det repræsentative elektropherogram for standardproteinblandingen vises.Standardproteinblandingen køres typisk i det mindste i to eksemplarer for at vurdere systemets adskillelseseffektivitet og reproducerbarhed. Separationseffektiviteten kan evalueres med antallet af teoretiske plader af nogle proteiner. Reproducerbarheden kan vurderes ud fra de relative standardafvigelser for proteinintensitet og migrationstid.CZE MS/MS-platformen kan bruges til storstilet karakterisering af proteoformer i forskellige komplekse proteomer, der identificerer over 500 proteoformer og 190 proteiner fra en E.coli proteome i et enkelt løb med høj tillid. Her kan en zoomet i betragtning af elektropherogram bruges til at vurdere adskillelse vindue af systemet. Den meget lave E-værdi og spektrale FDR antyder den høje tillid proteoform ID.Det høje antal matchede fragmentioner yderligere angiver den høje tillid ID.Mens du forsøger denne procedure, er det vigtigt at huske at tråd den ætsede adskillelse kapillær i elektrospray emitter langsomt og forsigtigt.Stabile isotopmærknings- eller etiketfrie metoder kan indarbejdes i CZE MS-proceduren for at bestemme, hvordan proteoforme tæthedsændringer i celler på tværs af forskellige forhold. Efter sin udvikling banede denne teknik vejen for forskere inden for top-down proteomics at udforske proteoformes roller i reguleringen af forskellige biologiske processer i celler. Glem ikke, at arbejde med flussyre kan være yderst farligt og forholdsregler såsom korrekt personlige værnemidler og har nødprocedurer på plads bør altid tages, når du udfører denne procedure.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Large Scale Non-targeted Metabolomic Profiling of Serum by Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (UPLC-MS)

Large Scale Non-targeted Metabolomic Profiling of Serum by Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry UPLC-MS

Large Scale Ikke-målrettet metabolomisk profilering af Serum fra Ultra Performance Liquid Chromatography-massespektrometri (UPLC-MS)

Non-targeted metabolite profiling by ultra performance liquid chromatography coupled with mass spectrometry (UPLC-MS) is a powerful technique to ...

Analyzing Protein Dynamics Using Hydrogen Exchange Mass Spectrometry

Analyserer Protein Dynamics hjælp af brint Exchange massespektrometri

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique ...

CN-GELFrEE - Clear Native Gel-eluted Liquid Fraction Entrapment Electrophoresis

CN-GELFrEE - Klar Native Gel-elueres væskefraktion Fastklemning Elektroforese

Protein complexes perform an array of crucial cellular functions. Elucidating their non-covalent interactions and dynamics is paramount for understanding ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

Real-time ånde analyse ved hjælp af sekundære Nanoelectrospray ionisering koblet til høj opløsning massespektrometri

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Microprobe Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry for Single-cell Metabolomics in Live Frog (Xenopus laevis) Embryos

Microprobe Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry for Single-cell Metabolomics in Live Frog Xenopus laevis Embryos

Microprobe kapillær elektroforese massespektrometri for encellede Metabolomics i Live Frog (Xenopus laevis) embryoner

The quantification of small molecules in single cells raises new potentials for better understanding the basic processes that underlie embryonic ...

High-throughput and Comprehensive Drug Surveillance Using Multisegment Injection-Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry

Høj overførselshastighed og omfattende stof overvågning ved hjælp af Multisegment injektion-kapillær elektroforese massespektrometri

New analytical methods are urgently needed to enable high-throughput, yet comprehensive drug screening, given an alarming opioid and prescription drug ...

Setup of Capillary Electrophoresis-Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry (CE-ICP-MS) for Quantification of Iron Redox Species (Fe(II), Fe(III))

Setup of Capillary Electrophoresis-Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry CE-ICP-MS for Quantification of Iron Redox Species FeII, FeIII

Opsætning af kapillær elektroforese-induktivt koblet plasmamassespektrometri (CE-ICP-MS) til kvantificering af jernrødoxarter (Fe(II), Fe(III))

Dyshomeostasis of iron metabolism is accounted in the pathophysiological framework of numerous diseases, including cancer and several neurodegenerative ...

Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry Approaches for Characterization of the Protein and Metabolite Corona Acquired by Nanomaterials

Kapillær elektroforese massespektrometri tilgange til karakterisering af protein og metabolit Corona erhvervet af nanomaterialer

The adsorption of biomolecules from surrounding biological matrices to the surface of nanomaterials (NMs) to form the corona has been of interest for the ...

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Identifikation af antibakterielle immunitetsproteiner i Escherichia coli ved hjælp af MALDI-TOF-TOF-MS/MS og Top-Down Proteomisk analyse

This protocol identifies the immunity proteins of the bactericidal enzymes: colicin E3 and bacteriocin, produced by a pathogenic Escherichia coli strain ...

Capillary Electrophoresis-based Hydrogen/Deuterium Exchange for Conformational Characterization of Proteins with Top-down Mass Spectrometry

Kapillær elektroforesebaseret hydrogen/deuteriumudveksling til konformationskarakterisering af proteiner med top-down massespektrometri

Resolving conformational heterogeneity of multiple protein states that coexist in solution remains one of the main obstacles in the characterization of ...