Name: large-scale top-down proteomics using capillary zone electrophoresis tandem mass spectrometry
Uploaded: 2018-10-24T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Författarna tackar Heedeok Hongs grupp vid Institutionen för kemi, Michigan State University, för vänligt att ge Escherichia coli celler för experiment. Författarna vill tacka stöd från National Institute of General Medical Sciences, National Institutes of Health (NIH) genom Grant R01GM118470 (till X. Liu) och Grant R01GM125991 (till L. Sun och X. Liu).

1. beredning av LPA beläggning på den inre väggen av Separation kapillären
<ol><li>
Förbehandling av kapillären
	<ol>
<li>Spola en smält kiseldioxid kapillär (120 cm i längd, 50 µm i innerdiameter [ID], 360 µm i ytterdiameter [o.d.]) successivt med 500 µL av 1 M natriumhydroxid, avjoniserat vatten, 1 M saltsyra, avjoniserat vatten och LC-MS grade metanol med en sprutpump.</li>
		<li>Torka kapillären med kvävgas (10 psi, ≥ 12 h) och fyll kapillären med 50% (v/v) 3-(Trimetoxysilyl) propy...

<ol>
	<li>Aebersold, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+many+proteoforms+are+there.">How many proteoforms are there.</a> Nature Chemical Biology. 14 (3), 206-214 (2018).</li><li>Tran, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+intact+protein+isoforms+in+discovery+mode+using+top-down+proteomics.">Mapping intact protein isoforms in discovery mode using top-down proteomics.</a> Nature. 480 (7376), 254-258 (2011).</li><li>Catherman, A. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+Top-down+Proteomics+of+the+Human+Proteome:+Membrane+Proteins,+Mitochondria,+and+Senescence.">Large-scale Top-down Proteomics of the Human Proteome: Membrane Proteins, Mitochondria, and Senescence.</a> Molecular and Cellular Proteomics. 12 (12), 3465-3473 (2013).</li><li>Cai, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top-Down+Proteomics+of+Large+Proteins+up+to+223+kDa+Enabled+by+Serial+Size+Exclusion+Chromatography+Strategy.">Top-Down Proteomics of Large Proteins up to 223 kDa Enabled by Serial Size Exclusion Chromatography Strategy.</a> Analytical Chemistry. 89 (10), 5467-5475 (2017).</li><li>Toby, T. K., Fornelli, L., Kelleher, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progress+in+Top-Down+Proteomics+and+the+Analysis+of+Proteoforms.">Progress in Top-Down Proteomics and the Analysis of Proteoforms.</a> Annual Review of Analytical Chemistry. 9 (1), 499-519 (2016).</li><li>Jorgenson, J. W., Lukacs, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capillary+Zone+Electrophoresis.">Capillary Zone Electrophoresis.</a> Science. 222 (4621), 266-272 (1983).</li><li>Keithley, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capillary+electrophoresis+with+three-color+fluorescence+detection+for+the+analysis+of+glycosphingolipid+metabolism.">Capillary electrophoresis with three-color fluorescence detection for the analysis of glycosphingolipid metabolism.</a> Analyst. 138 (1), 164-170 (2013).</li><li>Han, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-Line+Separation+by+Capillary+Electrophoresis+Prior+to+Analysis+by+Top-Down+Mass+Spectrometry+Enables+Sensitive+Characterization+of+Protein+Complexes.">In-Line Separation by Capillary Electrophoresis Prior to Analysis by Top-Down Mass Spectrometry Enables Sensitive Characterization of Protein Complexes.</a> Journal of Proteome Research. 13 (12), 6078-6086 (2014).</li><li>Sun, L., Zhu, G., Zhao, Y., Yan, X., Mou, S., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrasensitive+and+Fast+Bottom-up+Analysis+of+Femtogram+Amounts+of+Complex+Proteome+Digests.">Ultrasensitive and Fast Bottom-up Analysis of Femtogram Amounts of Complex Proteome Digests.</a> Angewandte Chemie International Edition. 52 (51), 13661-13664 (2013).</li><li>Choi, S. B., Lombard-Banek, C., Mu&#241;oz-LLancao, P., Manzini, M. C., Nemes, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+Peptide+Detection+Toward+Single-Neuron+Proteomics+by+Reversed-Phase+Fractionation+Capillary+Electrophoresis+Mass+Spectrometry.">Enhanced Peptide Detection Toward Single-Neuron Proteomics by Reversed-Phase Fractionation Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 29 (5), 913-922 (2018).</li><li>Sun, L., Knierman, M. D., Zhu, G., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+Top-Down+Intact+Protein+Characterization+with+Capillary+Zone+Electrophoresis-Electrospray+Ionization+Tandem+Mass+Spectrometry.">Fast Top-Down Intact Protein Characterization with Capillary Zone Electrophoresis-Electrospray Ionization Tandem Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 85 (12), 5989-5995 (2013).</li><li>Wang, Y., Fonslow, B. R., Wong, C. C., Nakorchevsky, A., Yates, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+the+comprehensiveness+and+sensitivity+of+sheathless+capillary+electrophoresis-tandem+mass+spectrometry+for+proteomic+analysis.">Improving the comprehensiveness and sensitivity of sheathless capillary electrophoresis-tandem mass spectrometry for proteomic analysis.</a> Analytical Chemistry. 84 (20), 8505-8513 (2012).</li><li>Zhang, Z., Yan, X., Sun, L., Zhu, G., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detachable+strong+cation+exchange+monolith,+integrated+with+capillary+zone+electrophoresis+and+coupled+with+pH+gradient+elution,+produces+improved+sensitivity+and+numbers+of+peptide+identifications+during+bottom-up+analysis+of+complex+proteomes.">Detachable strong cation exchange monolith, integrated with capillary zone electrophoresis and coupled with pH gradient elution, produces improved sensitivity and numbers of peptide identifications during bottom-up analysis of complex proteomes.</a> Analytical Chemistry. 87 (8), 4572-4577 (2015).</li><li>Sun, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Over+10,000+peptide+identifications+from+the+HeLa+proteome+by+using+single-shot+capillary+zone+electrophoresis+combined+with+tandem+mass+spectrometry.">Over 10,000 peptide identifications from the HeLa proteome by using single-shot capillary zone electrophoresis combined with tandem mass spectrometry.</a> Angewandte Chemie International Edition in English. 53 (50), 13931-13933 (2014).</li><li>Aebersold, R., Morrison, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+dilute+peptide+samples+by+capillary+zone+electrophoresis.">Analysis of dilute peptide samples by capillary zone electrophoresis.</a> Journal of Chromatography. 516 (1), 79-88 (1990).</li><li>Britz-McKibbin, P., Chen, D. D. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+Focusing+of+Catecholamines+and+Weakly+Acidic+Compounds+by+Capillary+Electrophoresis+Using+a+Dynamic+pH+Junction.">Selective Focusing of Catecholamines and Weakly Acidic Compounds by Capillary Electrophoresis Using a Dynamic pH Junction.</a> Analytical Chemistry. 72 (6), 1242-1252 (2000).</li><li>Zhao, Y., Sun, L., Zhu, G., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coupling+Capillary+Zone+Electrophoresis+to+a+Q+Exactive+HF+Mass+Spectrometer+for+Top-down+Proteomics:+580+Proteoform+Identifications+from+Yeast.">Coupling Capillary Zone Electrophoresis to a Q Exactive HF Mass Spectrometer for Top-down Proteomics: 580 Proteoform Identifications from Yeast.</a> Journal of Proteome Research. 15 (10), 3679-3685 (2016).</li><li>Zhu, G., Sun, L., Yan, X., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bottom-Up+Proteomics+of+Escherichia+coli.+Using+Dynamic+pH+Junction+Preconcentration+and+Capillary+Zone+Electrophoresis-Electrospray+Ionization-Tandem+Mass+Spectrometry.">Bottom-Up Proteomics of Escherichia coli. Using Dynamic pH Junction Preconcentration and Capillary Zone Electrophoresis-Electrospray Ionization-Tandem Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 86 (13), 6331-6336 (2014).</li><li>Lubeckyj, R. A., McCool, E. N., Shen, X., Kou, Q., Liu, X., Sun, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-Shot+Top-Down+Proteomics+with+Capillary+Zone+Electrophoresis-Electrospray+Ionization-Tandem+Mass+Spectrometry+for+Identification+of+Nearly+600+Escherichia+coli+Proteoforms.">Single-Shot Top-Down Proteomics with Capillary Zone Electrophoresis-Electrospray Ionization-Tandem Mass Spectrometry for Identification of Nearly 600 Escherichia coli Proteoforms.</a> Analytical Chemistry. 89 (22), 12059-12067 (2017).</li><li>Busnel, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+capacity+capillary+electrophoresis-electrospray+ionization+mass+spectrometry:+coupling+a+porous+sheathless+interface+with+transient-isotachophoresis.">High capacity capillary electrophoresis-electrospray ionization mass spectrometry: coupling a porous sheathless interface with transient-isotachophoresis.</a> Analytical Chemistry. 82 (22), 9476-9483 (2010).</li><li>Zhang, Z., Peuchen, E. H., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface-Confined+Aqueous+Reversible+Addition-Fragmentation+Chain+Transfer+(SCARAFT)+Polymerization+Method+for+Preparation+of+Coated+Capillary+Leads+to+over+10+000+Peptides+Identified+from+25+ng+HeLa+Digest+by+Using+Capillary+Zone+Electrophoresis-Tandem+Mass+Spectrometry.">Surface-Confined Aqueous Reversible Addition-Fragmentation Chain Transfer (SCARAFT) Polymerization Method for Preparation of Coated Capillary Leads to over 10 000 Peptides Identified from 25 ng HeLa Digest by Using Capillary Zone Electrophoresis-Tandem Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 89 (12), 6774-6780 (2017).</li><li>Zhu, G., Sun, L., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thermally-initiated+free+radical+polymerization+for+reproducible+production+of+stable+linear+polyacrylamide+coated+capillaries,+and+their+application+to+proteomic+analysis+using+capillary+zone+electrophoresis-mass+spectrometry.">Thermally-initiated free radical polymerization for reproducible production of stable linear polyacrylamide coated capillaries, and their application to proteomic analysis using capillary zone electrophoresis-mass spectrometry.</a> Talanta. 146, 839-843 (2016).</li><li>Smith, R. D., Barinaga, C. J., Udseth, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+Electrospray+Ionization+Interface+for+Capillary+Zone+Electrophoresis-Mass+Spectrometry.">Improved Electrospray Ionization Interface for Capillary Zone Electrophoresis-Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 60 (16), 1948-1952 (1988).</li><li>Moini, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplifying+CE-MS+Operation.+2.+Interfacing+Low-Flow+Separation+Techniques+to+Mass+Spectrometry+Using+a+Porous+Tip.">Simplifying CE-MS Operation. 2. Interfacing Low-Flow Separation Techniques to Mass Spectrometry Using a Porous Tip.</a> Analytical Chemistry. 79 (11), 4241-4246 (2007).</li><li>Wojcik, R., Dada, O. O., Sadilek, M., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplified+capillary+electrophoresis+nanospray+sheath-flow+interface+for+high+efficiency+and+sensitive+peptide+analysis.">Simplified capillary electrophoresis nanospray sheath-flow interface for high efficiency and sensitive peptide analysis.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 24 (17), 2554-2560 (2010).</li><li>Sun, L., Zhu, G., Zhang, Z., Mou, S., Dovichi, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Third-Generation+Electrokinetically+Pumped+Sheath-Flow+Nanospray+Interface+with+Improved+Stability+and+Sensitivity+for+Automated+Capillary+Zone+Electrophoresis-Mass+Spectrometry+Analysis+of+Complex+Proteome+Digests.">Third-Generation Electrokinetically Pumped Sheath-Flow Nanospray Interface with Improved Stability and Sensitivity for Automated Capillary Zone Electrophoresis-Mass Spectrometry Analysis of Complex Proteome Digests.</a> Journal of Proteome Research. 14 (5), 2312-2321 (2015).</li><li>McCool, E. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep+Top-Down+Proteomics+Using+Capillary+Zone+Electrophoresis-Tandem+Mass+Spectrometry:+Identification+of+5700+Proteoforms+from+the+Eschericia+coli+Proteome.">Deep Top-Down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis-Tandem Mass Spectrometry: Identification of 5700 Proteoforms from the Eschericia coli Proteome.</a> Analytical Chemistry. 90 (9), 5529-5533 (2018).</li><li>Kessner, D., Chambers, M., Burke, R., Agus, D., Mallick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProteoWizard:+open+source+software+for+rapid+proteomics+tools+development.">ProteoWizard: open source software for rapid proteomics tools development.</a> Bioinformatics. 24 (21), 2534-2536 (2008).</li><li>Kou, Q., Xun, L., Liu, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TopPIC+:+a+software+tool+for+top-down+mass+spectrometry-based+proteoform+identification+and+characterization.">TopPIC : a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization.</a> Bioinformatics. 32 (22), 3495-3497 (2016).</li><li>Elias, J. E., Gygi, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Target-decoy+search+strategy+for+increased+confidence+in+large-scale+protein+identifications+by+mass+spectrometry.">Target-decoy search strategy for increased confidence in large-scale protein identifications by mass spectrometry.</a> Nature Methods. 4 (3), 207-214 (2007).</li><li>Ansong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top-down+proteomics+reveals+a+unique+protein+S-thiolation+switch+in+Salmonella+Typhimurium+in+response+to+infection-like+conditions.">Top-down proteomics reveals a unique protein S-thiolation switch in Salmonella Typhimurium in response to infection-like conditions.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (25), 10153-10158 (2013).</li><li>Shen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+ultrahigh-pressure+long+column+reversed-phase+liquid+chromatography+for+top-down+proteomics.">High-resolution ultrahigh-pressure long column reversed-phase liquid chromatography for top-down proteomics.</a> Journal of Chromatography A. 1498, 99-110 (2017).</li><li>Olsen, J. V., Macek, B., Lange, O., Makarov, A., Horning, S., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Higher-energy+C-trap+dissociation+for+peptide+modification+analysis.">Higher-energy C-trap dissociation for peptide modification analysis.</a> Nature Methods. 4 (9), 709-712 (2007).</li><li>Syka, J. E., Coon, J. J., Schroeder, M. J., Shabanowitz, J., Hunt, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptide+and+protein+sequence+analysis+by+electron+transfer+dissociation+mass+spectrometry.">Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (26), 9528-9533 (2004).</li><li>Shaw, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+Protein+Characterization+Using+Top-Down+Mass+Spectrometry+and+Ultraviolet+Photodissociation.">Complete Protein Characterization Using Top-Down Mass Spectrometry and Ultraviolet Photodissociation.</a> Journal of the American Chemical Society. 135 (34), 12646-12651 (2013).</li></ol>

Här tillhandahåller vi ett detaljerat protokoll för att använda CZE-MS/MS för högupplösta karakterisering av proteoforms i enkla protein prover och storskaliga identifiering av proteoforms i komplexa proteomet prover. Ett diagram över det CZE-ESI-MS/MS-systemet visas i figur 1. Det finns fyra kritiska steg i protokollet. Först, utarbetandet av högkvalitativa LPA beläggning på den inre väggen av separation kapillär är oerhört viktigt. En kapillär LPA-belagd separation kan min...

Top-down proteomik (TDP) syftar för storskaliga karakterisering av proteoforms inom en proteomet. TDP är beroende av effektiva vätska-fas separation av intakta proteiner före elektrospray jonisering-tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) analysen på grund av hög komplexitet och stor koncentration dynamiskt omfång av proteomet1,2 ,3,4,5. Kapillära zonen elektrofores (CZE) är en kraftfull teknik för separering av biomolekyler baserat på deras storlek-till-avgift nyckeltal6. CZE är relativt enkel, kräver endast en öppen tubulär-smält kiseldioxid kapillär, en bakgrund elektrolyt (BGE) och en strömförsörjning. Ett urval av intakta proteiner kan läsas in i kapillären med tryck eller spänning och separation initieras genom att doppa båda ändarna av kapillären i BGE och tillämpa en hög spänning. CZE kan närma sig extremt hög avskiljningsgrad (> en miljon teoretiska nivåer) för separation av biomolekyler7. CZE-MS har en drastiskt högre känslighet än allmänt använda omvänd fas vätskekromatografi (Byt)-MS för analys av intakta proteiner8. Även om CZE-MS har en stor potential för storskaliga uppifrån proteomik, har dess bred tillämpning i proteomik hindrats av flera frågor, inklusive en låg prov-lastkapacitet och smala avskiljande fönster. Typiska provet laddar volym i CZE är ca 1% av den totala kapillär, som vanligtvis motsvarar mindre än 100 nL9,10,11. Fönstret separation av CZE är vanligtvis mindre än 30 min på grund av den starka elektroosmotiska flöde (EOF)9,10. Dessa frågor begränsa CZE-MS/MS för identifiering av ett stort antal proteoforms och låg rikliga proteoforms från en komplex proteomet.
Mycket arbete har gjorts för att förbättra provet laddar volym av CZE via online prov koncentration metoder (t.ex., fasta fasen microextraction [SPME]12,13, fältet utökad prov stapling [FESS]9 , 11 , 14och dynamiska pH junction15,16,17,18). FESS och dynamiska pH junction är enklare än SPME, som endast kräver en betydande skillnad mellan prov bufferten och BGE i ledningsförmåga och pH. FESS sysselsätter en prov-buffert med mycket lägre ledningsförmåga än det BGE, leder till en stapling av analyter på gränsen mellan zonen prov och zonen BGE i kapillären. Dynamiska pH junction använder en grundläggande prov-plugg (t.ex., 50 mM hjorthornssalt, pH 8) och en sura BGE (t.ex., 5% [v/v] ättiksyra, pH 2,4) på båda sidor av provet kontakten. Efter ansökan av en hög positiv spänning i slutet injektion av kapillären uppstår titrering av grundläggande prov kontakten, med fokus på analyter till en tät kontakt innan de genomgick en CZE separation. Nyligen, gruppen Sun systematiskt jämfört FESS och dynamiska pH junction för online stapling av intakta proteiner, visar att dynamiska pH junction kunde producera mycket bättre prestanda än FESS för online koncentrationen av intakta proteiner när provvolymen injektion var 25% av totala kapillär volym19.
Neutralt belagda separation kapillärer (t.ex., linjär polyakrylamid [LPA]) har använts för att minska EOF i kapillären, sakta ner CZE separation och bredda den avskiljande fönster20,21. Nyligen, den Dovichi gruppen utvecklat ett enkelt förfarande för beredning av stabil LPA beläggning på den inre väggen av kapillärerna, utnyttja ammonium persulfatoxidation (APS) som initiativtagare och temperatur (50 ° C) för produktion av fria radikaler och polymerisation22 . Helt nyligen, gruppen sön anställd LPA-belagd avskiljandet kapillär och dynamiska pH junction metoden för CZE separation av intakta proteiner, når ett mikroliter-skala prov laddar volym och en 90-minuters avskiljande fönster19. Detta CZE-system öppnar dörren till använda CZE-MS/MS för storskaliga uppifrån proteomik.
CZE-MS kräver en mycket robust och känsliga gränssnitt till par CZE till MS. Tre CE-MS gränssnitt har varit väl utvecklade och kommersialiseras i CE-MS historia, och de är co-axial slida-flöde gränssnittet23, sheathless gränssnittet använder en porös spets som ESI emitter24, och electro-kinetiskt pumpade slida flöde gränssnitt25,26. De electro-kinetiskt pumpade slida-flöde-gränssnitt-baserade CZE-MS/MS har nått en låg zeptomole peptid upptäckt gräns9, över 10.000 peptid identifieringar (IDs) från HeLa cell proteomet i en enda kör14, en snabb karakterisering intakta proteiner11och mycket stabila och reproducerbara analyser av biomolekyler26. Nyligen, LPA-belagd separation kapillären, metoden dynamiska pH junction och electro-kinetiskt pumpade slida flöde gränssnittet användes för storskaliga uppifrån proteomik av en Escherichia coli (E. coli) proteomet19 ,27. CZE-MS/MS plattformen närmade sig över 500 proteoform IDs i en enda köra19 och nästan 6.000 proteoform IDs via koppling med storlek-utslagning kromatografi (SEK)-Byt fraktionering27. Resultaten visar tydligt CZE-MS/MS förmåga för storskaliga uppifrån proteomik.
Häri, beskrivs ett detaljerat förfarande för att använda CZE-MS/MS för storskaliga uppifrån proteomik. CZE-MS/MS systemet använder LPA-belagd kapillären att minska EOF i kapillären, dynamisk pH junction metoden för online koncentrationen av proteiner, electro-kinetiskt pumpade slida flöde gränssnittet för koppling CZE till MS, en orbitrap massa spektrometer för insamling av MS och MS/MS-spektra av proteiner och en TopPIC (TOP-Down Mass Spectrometry-Based Proteoform identifiering och karakterisering) programvara för proteoform-ID via databas sökning.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:905px;" width="903">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Fused silica capillary</td>
			<td style="width:117px;">Polymicro Technologies</td>
			<td style="width:147px;">1068150017</td>
			<td style="width:355px;">50 &#181;m i.d. 360 &#181;m o.d.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Sodium hydroxide pellets</td>
			<td style="width:117px;">Macron Fine Chemicals</td>
			<td style="width:147px;">7708-10</td>
			<td>Corrosive</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">LC-MS grade water</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td>W6-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Hydrochloric acid</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">SA48-1</td>
			<td>Corrosive</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Methanol</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A456-4</td>
			<td>Toxic, Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">3-(Trimethoxysilyl)propyl methacrylate</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">M6514</td>
			<td>Moisture and heat sensitive</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Hydrofluoric acid</td>
			<td style="width:117px;">Acros Organics</td>
			<td style="width:147px;">423805000</td>
			<td>Highy toxic</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acrylamide</td>
			<td style="width:117px;">Acros Organics</td>
			<td style="width:147px;">164855000</td>
			<td>Toxic, health hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Ammonium persulfate</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">A3678</td>
			<td>Health hazard, Oxidizer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">lysozyme</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">L6876</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Cytochrome C</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">C7752</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Myoglobin</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">M1882</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">&#223;-casein</td>
			<td style="width:117px;">Sgma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">C6905</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Carbonic anhydrase</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">C3934</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Bovine serum albumin</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">A2153</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Urea</td>
			<td style="width:117px;">Alfa Aesar</td>
			<td style="width:147px;">36428-36</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">DL-Dithiothreitol</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">D0632</td>
			<td>Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Iodoacetamide</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">AC122270250</td>
			<td>Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Formic Acid</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A117-50</td>
			<td>Corrosive, Health Hazard</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">C4 trap column</td>
			<td style="width:117px;">Sepax Technologies</td>
			<td style="width:147px;">110043-4001C</td>
			<td>3 &#181;m particles, 300 &#197; pores, 4.0 mm i.d. 10 mm long</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acetonitrile</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A998SK-4</td>
			<td>Toxic, Oxidizer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Ammonium bicarbonate</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">1066-33-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Nalgene rapid-flow filters</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:147px;">126-0020</td>
			<td>0.2 &#181;m CN membrane, and 50 mm diameter</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">E. coli cells</td>
			<td style="width:117px;"></td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td>K-12 MG1655</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Dulbecco&#39;s phosphate-buffered saline</td>
			<td style="width:117px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:147px;">D8537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">BCA assay</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:147px;">23250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acetone</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A11-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">HPLC system for protein desalting</td>
			<td style="width:117px;">Agilient</td>
			<td style="width:147px;">1260 Infinity II</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Acetic Acid</td>
			<td style="width:117px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">A38-212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">CE autosampler</td>
			<td style="width:117px;">CMP Scientific</td>
			<td style="width:147px;">ECE-001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Electro-kinetically pumped sheath flow interface</td>
			<td style="width:117px;">CMP Scientific</td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Q Exactive HF Hybrid Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Sutter flaming/brown micropipette puller</td>
			<td style="width:117px;">Sutter Instruments</td>
			<td style="width:147px;">P-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:287px;">Ultrasonic cell disruptor for cell lysis</td>
			<td style="width:117px;">Branson</td>
			<td align="right" style="width:147px;">101063196</td>
			<td>Model S-250A</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:287px;">Vaccum concentrator</td>
			<td style="width:117px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:147px;">SPD131DDA-115</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

large-scale top-down proteomics using capillary zone electrophoresis tandem mass spectrometry

Kapillära zonen elektrofores-elektrospray jonisering-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) har erkänts som ett användbart verktyg för uppifrån proteomik som syftar till att karakterisera proteoforms i komplexa proteom. Dock tillämpningen av CZE-MS/MS för storskaliga uppifrån proteomik har hindrats av den låga prov-lastkapaciteten och smala avskiljande fönster för CZE. Här beskrivs ett protokoll med CZE-MS/MS med en mikroliter-skala prov-lastning volym och en 90-minuters avskiljande fönster för storskaliga uppifrån proteomik. CZE-MS/MS plattformen bygger på en linjär polyakrylamid (LPA)-belagda separation kapillär med extremt låga elektroosmotiska flödet, en dynamisk pH-junction-baserade online prov koncentration metod med en hög verkningsgrad för protein stapling, en Electro-kinetiskt pumpade slida flöde CE-MS gränssnitt med extremt hög känslighet och en ion trap masspektrometer med hög massa upplösning och scanningshastighet. Plattformen kan användas för högupplösta karakterisering av enkla intakt protein prover och storskaliga karakterisering av proteoforms i olika komplexa proteom. Som ett exempel demonstreras en mycket effektiv separering av en standard protein blandning och en mycket känslig detektion av många föroreningar med hjälp av plattformen. Ett annat exempel är denna plattform kan producera över 500 proteoform och 190 protein identifieringar från en Escherichia coli proteomet i en enda CZE-MS/MS kör.

Figur 1 visar ett diagram över det dynamiska-pH-junction-baserade CZE-ESI-MS system som används i experimentet. En lång propp av provet i en grundläggande buffert injiceras i en LPA-belagd separation kapillär fylld med en syrlig BGE. Efter applicering höga spänningar kommer att I och II, analyter i zonen prov vara koncentrerad via dynamiska pH junction metoden. För att utvärdera systemets CZE-MS, analyseras en standard protein blandning (cyt...

Watch this Scientific Journal Video about Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Storskaliga Top-down proteomik med kapillära zonen elektrofores Tandem Mass Spectrometry

Ett detaljerat protokoll beskrivs för separation, identifiering och karakterisering av proteoforms i protein prover med kapillära zonen elektrofores-elektrospray jonisering-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS). Protokollet kan användas för högupplösta karakterisering av proteoforms i enkla protein prover och storskalig kartläggning av proteoforms i komplexa proteomet prover.

Capillary zone electrophoresis-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) has been recognized as a useful tool for top-down ...

Denna metod kan bidra till att förbättra storskalig och hög upplösning karakterisering av proteinisoformer och protein post-translationella modifieringar i celler. Den största fördelen med denna teknik är att kapillärzonselektrofores masspektrometri erbjuder mycket effektiv separation och mycket känslig detektion av intakta proteiner. För att förbehandla kapillären, torka den med kvävegas vid 10 psi i minst 12 timmar.Fyll sedan kapillären med 50%volym-för-volym 3-propylmetakrylat i metanol med hjälp av en spruta pump. Täta båda ändar av kapillären med kiseldioxidgummi. Efter inkuberingen i rumstemperatur i minst 24 timmar, fortsätt med en linjär polyakrylamidbeläggning på den inre väggen i separationsmönsyren, enligt beskrivning i textprotokollet.Bränn en del av kapillären med en mild låga för att ta bort polyamid yttre beläggningen runt fyra centimeter bort från ena änden av kapillären. Rengör försiktigt den brända delen av kapillären genom att torka av för att ta bort polyamidbeläggningen helt. Borra ett litet hål i änden av ett 200 mikroliterrör runt samma storlek som den kapilläryre ytterdiametern för att tillräckligt hålla kapillären på plats när det är gängat genom detta hål.Trä änden av kapillären som är nära den brända delen genom hålet tills den brända delen är i röret. Tillsätt sedan cirka 150 mikroliter av HF till 200 mikroliterröret så att HF-lösningen är ungefär halvvägs upp den brända delen på kapillären. Inkubera kapillären i HF-lösningen i rumstemperatur i 90 till 100 minuter.Bered standardproteinblandningen och E.coli-provet enligt beskrivningen i textprotokollet. För att ställa in kapillärzonens elektrofores, eller CZE-system, ladda provet, bakgrundselektrolyten och separationsmönstappan i CZE-autoprovtagaren. Välj provbelastning i den manuella kontrollsidan på CZE-autoprovaren.Fyll på i den automatiska provtagarens elektrolytflaska i buffertfacket och där dess placering i buffertfacket. Sedan, ladda provflaskan i provbrickan på autoprovaren, och där man kan däransa dess läge i provfacket. Sätt autoprovtagaren till uppriktningspositionen med hjälp av manuell styrning.Nu, ladda separation kapillären i CZE auto-sampler med hjälp av icke-etsade änden av kapillären. Justera höjden på kapillärens injektionsände om provvolymen är lägre än 50 mikroliter. Växla autoprovtagaren till vänteläge med hjälp av manuell kontroll.Skriv provpositionen i systemet och flytta kapillären till provet. Tryck in injektionsänden på kapillären längre ner för att nå botten av provflaskan. Fortsätter att använda den manuella kontrollen, spola kapillären med bakgrundselektrolyten i 20 minuter med hjälp av ett tryck på 20 psi.Nu, montera en kommersiell elektrokinetiskt pumpas mantlet flöde gränssnitt till framsidan av masspektrometern. Fyll på den mantbuffertbehållare med en buffert som innehåller 10%volymvolym metanol och 0,2%volym-volym myrsyra i LCMS-grade vatten. Spola in T i gränssnittet med mantsuffarsen via att applicera tryck manuellt med en spruta.Trä en millimeter ytterdiameter änden av en elektrospray emitter genom en hylsa slangar och anslut emittern med en port av T via en passande. Spola helt enkelt T manuellt igen med en spruta för att fylla utsändaren med mantbufferten. Justera avståndet mellan avgersormets öppning och masspektrometerns ingång till ungefär två millimeter med hjälp av kameran som följde med interfacet.Applicera en två till 2,2 kilovoltsspänning vid den manskinnsbuffertflaska som gäller för elektrospray. Justera sedan sprayspänningen för att nå en stabil elektrospray. Applicera ett lågt tryck vid kapillärens injektionsände under denna process för att se till att det inte finns några bubblor i kapillären.Stäng av sprutspänningen och trä försiktigt den etsade änden av separationsmönsyn genom T:et in i emittern tills den inte kan skjutas vidare. Efter att ha stoppat lågtrycket vid kapillärens injektionsände spolar du utsändaren lite med mantbuffert. Återigen, applicera två till 2,2 kilovolt av sprayspänning för att testa sprayen.Välj ny metod under menyn file dropdown på huvudinstrumentskärmen. Där väljer du inlopp som startprovsflaska, slutar provflaska, tråg som prov, tryck som fem psi, kilovolt som noll och varaktighet som 95 sekunder för en provinsprutning. Därefter, ställ in inlopp som inloppsflaska, bricka som buffert, tryck som noll psi, kilovolt som 30, och varaktighet som 4, 200 sekunder för separation av standard proteinblandningsprovet.För separation av E.coli proteome provet, ställ in inloppet som inloppsflaska, bricka som buffert, tryck som noll psi, kilovolt som 20, och varaktighet som 6, 600 sekunder. Välj slutligen inlopp som inloppsflaska, bricka som buffert, tryck som 10 psi, kilovolt som 30 och varaktighet som 600 sekunder för kapillärspolning. Nu, setup ms och MS / MS parametrar för intakt proteinanalys med hjälp av en fyrdubbel jonfälla mask spektrometer.Om du vill justera inställningarna för tune-filer aktiverar du intakt proteinläge och använder ett svällningstryck på 0,2. Ställ in kapillärtemperaturen för jonöverföring till 320 grader Celsius och RF-nivån med S-objektiv till 55. Om du vill utföra CZE MS/MS-experimentet startar du dataanskaffningsmetoden på masspektrometerdatorn, först genom att välja körsekvens.Starta sedan kapillärelektroforessekvensen på den kapillärelektrofores auto-sampler dator. Utför en databassökning med TopPIC i TopPIC-sviten och i TopPIC-grafiska användargränssnittet. Klicka på databasfil och välj en lämplig databas för sökning.Klicka på spektrumfil och välj den genererade ms2. msalign-fil som genereras som indata. Välj MS1-funktionsfilen och välj den genererade funktionsfilen.Ställ cystein karbinamidometyl C57 som en fast modifiering på grund av den iodoacetamid behandling. Välj funktionen för decoy-databas och under cutoff-inställningar väljer du falsk identifieringsfrekvens i dropdown-menyn bredvid spektrumnivå. Ställ in den falska identifieringshastigheten till 0,01 på spektrumnivå.Lämna genererande funktion omarkerad och ställ in feltoleransen till 15 delar per miljon. Ställ in den falska identifieringshastigheten till 0,05 på proteoformnivån. Under avancerade parametrar väljer du två för det maximala antalet massförskjutningar i dropdown-menyn.Ställ in den maximala massförskjutningen av okända modifieringar till 500 dalton. Lämna alla andra parametrar vid sina standardvärden och klicka på startknappen längst ner till höger i det grafiska användargränssnittet. Det representativa elektroferogrammet för standardproteinblandningen visas.Den standarda proteinblandningen körs typisk åtminstone i två exemplar för att utvärdera avskiljningseffektiviteten och reproduceranden av systemet. Avskiljningseffektiviteten kan utvärderas med numrera av teoretiskt pläterar av några proteiner. Reproducerbarheten kan utvärderas genom de relativa standardavvikelserna för proteinintensitet och migrationstid.CZE MS/MS-plattformen kan användas för storskalig karakterisering av proteoformer i olika komplexa proteomer, som identifierar över 500 proteoformer och 190 proteiner från en E.coli-proteom i en enda körning med högt självförtroende. Här kan en zoomad bild av elektroferogrammet användas för att bedöma systemets separationsfönster. Det mycket låga E-värdet och spektrala FDR föreslår det höga förtroendet för proteoform-ID.Det höga antalet matchade fragmentjoner indikerar ytterligare det höga förtroendet för ID.Samtidigt som man försöker detta förfarande, är det viktigt att komma ihåg att trä den etsade separationsmössan i elektrosprayavsändaren långsamt och försiktigt.Stabil isotopmärkning eller etikettfria metoder kan införlivas i CZE MS-förfarandet för att avgöra hur proteoforma överflödsförändringar i celler över olika förhållanden. Efter dess utveckling banade denna teknik vägen för forskare inom området top-down proteomik att utforska proteoforms roller för att reglera olika biologiska processer i celler. Glöm inte att arbeta med fluorvätesyra kan vara extremt farligt och försiktighetsåtgärder såsom korrekt personlig skyddsutrustning och med akuta förfaranden på plats bör alltid vidtas när du utför detta förfarande.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Large Scale Non-targeted Metabolomic Profiling of Serum by Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (UPLC-MS)

Large Scale Non-targeted Metabolomic Profiling of Serum by Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry UPLC-MS

Storskalig Icke-riktad Metabolomic Profilering av serum med Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (UPLC-MS)

Non-targeted metabolite profiling by ultra performance liquid chromatography coupled with mass spectrometry (UPLC-MS) is a powerful technique to ...

Analyzing Protein Dynamics Using Hydrogen Exchange Mass Spectrometry

Analysera Protein Dynamics Använda Hydrogen Exchange masspektrometri

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique ...

CN-GELFrEE - Clear Native Gel-eluted Liquid Fraction Entrapment Electrophoresis

CN-gelfri - Clear Native Gel-eluerade vätskefraktion Entrapment Elektrofores

Protein complexes perform an array of crucial cellular functions. Elucidating their non-covalent interactions and dynamics is paramount for understanding ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

Realtid andedräkt analys med hjälp av sekundära Nanoelectrospray jonisering kopplat till hög upplösning masspektrometri

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Microprobe Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry for Single-cell Metabolomics in Live Frog (Xenopus laevis) Embryos

Microprobe Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry for Single-cell Metabolomics in Live Frog Xenopus laevis Embryos

Microprobe kapillärelektrofores Mass Spectrometry för Single-cell metabolomik i Live groda (Xenopus laevis) embryon

The quantification of small molecules in single cells raises new potentials for better understanding the basic processes that underlie embryonic ...

High-throughput and Comprehensive Drug Surveillance Using Multisegment Injection-Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry

Hög genomströmning och omfattande drog övervakning med Multisegment injektion-kapillär elektrofores masspektrometri

New analytical methods are urgently needed to enable high-throughput, yet comprehensive drug screening, given an alarming opioid and prescription drug ...

Setup of Capillary Electrophoresis-Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry (CE-ICP-MS) for Quantification of Iron Redox Species (Fe(II), Fe(III))

Setup of Capillary Electrophoresis-Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry CE-ICP-MS for Quantification of Iron Redox Species FeII, FeIII

Uppställning av kapillärelektrofores-induktivt kopplade plasma masspektrometri (CE-ICP-MS) för kvantifiering av järn redox arter (Fe(II), Fe(III))

Dyshomeostasis of iron metabolism is accounted in the pathophysiological framework of numerous diseases, including cancer and several neurodegenerative ...

Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry Approaches for Characterization of the Protein and Metabolite Corona Acquired by Nanomaterials

Kapillärelektrofores masspektrometri metoder för karakterisering av protein och metabolit korona förvärvas av nanomaterial

The adsorption of biomolecules from surrounding biological matrices to the surface of nanomaterials (NMs) to form the corona has been of interest for the ...

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Identifiering av antibakteriella immunitetsproteiner i Escherichia coli med MALDI-TOF-TOF-MS/MS och top-down proteomisk analys

This protocol identifies the immunity proteins of the bactericidal enzymes: colicin E3 and bacteriocin, produced by a pathogenic Escherichia coli strain ...

Capillary Electrophoresis-based Hydrogen/Deuterium Exchange for Conformational Characterization of Proteins with Top-down Mass Spectrometry

Kapillärelektroforesbaserat väte/deuteriumutbyte för konformationskarakterisering av proteiner med masspektrometri uppifrån och ner

Resolving conformational heterogeneity of multiple protein states that coexist in solution remains one of the main obstacles in the characterization of ...