Name: qkat: quantitative semi-automated typing of killer-cell immunoglobulin-like receptor genes
Uploaded: 2019-03-06T13:00:00
Duration: 7 min 58 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about qKAT: Quantitative Semi-automated Typing of Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor Genes at JoVE.com

Tıbbi Araştırma Konseyi (MRC), Avrupa Birliği'nin ufuk 2020 araştırma ve yenilik programı (hibe sözleşmesi No 695551) altında Avrupa Araştırma Konseyi (ERC) ve Ulusal Sağlık Enstitüsü (NIH) Cambridge fon alınan proje Biyomedikal Araştırma Merkezi ve NIH araştırma kan ve nakli araştırma birimi (NIHR BTRU) Organ bağışı ve nakli Cambridge Üniversitesi ve USS kan ve nakli (NHSBT) ile işbirliği içinde. Görüşler yazarlar ve ille bu NHS, NIHR, Sağlık Bakanlığı veya NHSBT vardır.

1. hazırlık ve DNA dışında kaplama
<ol><li>Doğru bir spektrofotometrik veya Fluorometrik enstrüman kullanarak gDNA konsantrasyon ölçmek.</li>
	<li>DNA 4 ng/µL 96-şey derin-şey tabakta oranında seyreltin. En az bir denetim gDNA örnek bir bilinen kopya numarası ile ve bir şablon sigara denetimi içerir.</li>
	<li>96-şey plakaları 450 x g 2 min için de santrifüj kapasitesi.</li>
	<li>Sıvı işleme aracı kullanarak dağıtmak quadruplicate 384-de qPCR plakaları üzerine her örnekte böylece her şey 10 ng DNA'ın (2.5 µL/de). En az on 384-şey levha, her qKAT reaksiyon için hazırlayın.</li>
	<li>GDNA birden fazla 96-şey plaka reçete, tam birim yıkama % 2 çamaşır suyu ve işleme sistemi her 96-şey plaka gDNA örneklerin arasında sıvı iğnelerden temizlemek için ultrasaf su ile gerçekleştirin.</li>
	<li>DNA, oda sıcaklığında en az 24 saat için temiz bir alan 384-şey levha kuluçka tarafından kuruması.</li>
</ol>2. Astar ve sondalar hazırlanması
Not: qKAT on multiplex reaksiyonları oluşur. Her reaksiyon üç astar çift ve özellikle iki KIR genler ve bir referans gen yükseltmek üç Floresans etiketli sondalar içerir. Geliştirilmiş photostability ve uzun sinyal yaşam süreleri sundukları beri oligonucleotides şimdi ATTO boyalar ile etiketlenir böylece Jiang vd.27 ' de Yayınlandı sondalar modifiye edilmiştir. Pre-bölünmemeli astar piyasada bulunan (bakınız Tablo reçetesi) oluşur.
<ol><li>Astar bileşimleri her reaksiyon başı olarak Tablo 1' de verilen dilutions için hazır olun.</li>
	<li>Sonda kombinasyonları her reaksiyon başı olarak Tablo 1için hazır olun. Kasanın yapmadan önce tek tek her sonda sınayın.</li>
</ol>3. Master Mix hazırlanması
Not Aşağıda belirtilen birimleri bir qKAT reaksiyon 10 x 384-şey kaplamalar kümesi üzerinde gerçekleştirmek için vardır.
<ol><li>384-şey Tabaklarda kaplama gDNA örnekleri tamamen kuru olduğundan emin olun. Buz üstünde tüm adımları yapmak ve floresan etiketli probları fotoğraf ve ısı duyarlı olduğundan mümkün olduğu kadar gün ışığına maruz kaplı reaktifler tutun.</li>
	<li>QPCR arabellek, astar ve sonda aliquots 4 ° C'de defrost</li>
	<li>Buz üzerinde 10 x 384-şey plakalar için 18.86 mL ultrasaf su, 20 mL qPCR arabellek, preprepared astar kombinasyonu 1000 µL ve preprepared sonda birleşimi (Tablo 2) 180 µL ekleyerek ana bir karışım hazır olun.</li>
	<li>Ana karışımı eşit bir 96-derin iyi plaka 415 µL her kuyuya pipetting bir çok kanallı pipet kullanarak dağıtmak. Bu plaka bir buz kutusuna gelen ışık kapalı tutun.</li>
	<li>Sıvı işleme enstrüman kullanarak, kurutulmuş gDNA ile 384-şey plaka her kuyuya ana karışımı 9.5 µL dağıtmak. Plaka bir folyo ile kapatın ve hemen 4 ° C'de yer Sistem işleme sıvı iğnelerden her plaka arasında su ile yıkanır sağlanması kalan plakaları için bu işlemi yineleyin.</li>
	<li>450 x g 3 dk de 384-şey plakaları santrifüj kapasitesi ve gecede 4 ° C'de veya arasında 6-12 h DNA resuspend için ve herhangi bir hava kabarcıkları dağılımı için kuluçkaya.</li>
</ol>4. qPCR tahlil
<ol><li>Gecede kuluçka vasıl 450 x g için kalan herhangi bir hava kabarcıkları dağılımı 3 dk santrifüj kapasitesi.</li>
	<li>Otomasyon amacıyla, qPCR makine (örneğin, LightCycler 480) Mikroplaka işleyicisine bağlanmak ( Tablo malzemelerigörmek). Program Mikroplaka işleyicinin ışıktan korunan bir soğutulmuş depolama dock qPCR makineden tabak yerleştirin. Not deneyleri teorik olarak, diğer qPCR makine ile uyumlu optik ayarları üzerinde çalışması gerektiğini.</li>
	<li>Aşağıdaki bisiklet koşullarını kullanın: 95 ° C 5 min için takip 95 ° C 40 döngüsü tarafından 15 s ve 50 66 ° C için veri toplama 66 ° C'de ile s</li>
	<li>Çalışma tamamlandıktan sonra robot plaka qPCR makineden toplamak ve atma havuzda yer var.</li>
</ol>5. çalıştırma sonrası analizi
<ol><li>Amplifikasyon sonra ikinci türev maksimum yöntemi veya uyum Puan yöntemi qPCR makine yazılım programıyla miktar döngüsü (Cq) değerleri hesaplamak (bkz. Tablo malzemeler), aşağıdaki adımları izleyerek.</li>
	<li>QPCR yazılımını açın ve Navigator sekmede bir tabak kaydedilmiş tepki deneme dosyasını açın.</li>
	<li>
İkinci türev maksimum yöntemiyle analizi için analiz sekmesini seçin ve yeni bir analiz Abs Quant/Second türev Max yöntemini kullanarak oluşturun.
	<ol>
<li>Oluştur yeni analiz penceresinde analiz türünü seçin: Abs Quant/Second türev Max yöntemi, alt: tüm örnekleri, programı: amplifikasyon, adı: Rx-DFO ( x nerede tepki numarası).</li>
		<li>Filtre tarak ve VIC/HEX/Yellow555 (533-580)seçin. Bu STAT6 için toplanan veriler seçilir sağlar.</li>
		<li>Renk tazminat VIC/HEX/Yellow555(533-580)için seçin. Hesaplar' ı tıklatın. Bu Fam (465-510) ve Cy5/Cy5.5(618-660) için yineleyin. Dosya Kaydet' i tıklatın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Uyum Puan yöntemiyle analizi için Abs Quant/Fit noktaları analiz sekmesinde seçin.
	<ol>
<li>Oluştur yeni analiz penceresinde analiz türünü seçin: Abs Quant/uyum Puan yöntemi, alt: tüm örnekleri, programı: amplifikasyon, adı: RxF-DFO ( x nerede tepki numarası).</li>
		<li>Doğru filtreleri ve renk tazminatlar için STAT6 ve her kır genlerin (Fam/Cy5) seçin. Noiseband sekmesinde, arka plan gürültü çıkarmak için gürültü grubu ayarlayın.</li>
		<li>Analiz sekmesi uygun Puan 3 ' e ayarlayın ve gösteri Puan Sığdır' ı. Hesaplar' ı tıklatın. Dosya Kaydet' i tıklatın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>6. ihracat sonuçları
<ol><li>QPCR yazılımında Navigator açın sekmesini seçin Toplu iş sonuçlarını aktarın.</li>
	<li>Deney dosyaları kaydedilir ve pencerenin sağ tarafında bölümüne transfer dosyaları içeren klasörü açın. İleri' yi tıklatın. Adı ve dışa aktarma dosyasının konumunu seçin.</li>
	<li>Analiz türü Abs Quant/Second türev Max yöntemi veya Abs Quant/Fit noktalarıseçin. İleri' yi tıklatın. Dosya, ihracat klasör ve analiz türünün adını doğru olduğundan ve verme işlemini başlatmak için İleri ' yi tıklatın emin olun.</li>
	<li>Verme durumu Okolana kadar bekleyin. Ekran otomatik olarak bir sonraki adıma hareket edecek. Seçilen tüm dosyalar başarıyla verildiğini kontrol böylece dosya sayısı başarısız oldu = 0. Bitti' yi tıklatın.</li>
	<li>Komut dosyaları split_file.pl ve roche2sds.pl verilen plakaları her plaka için bireysel tepkiler içine bölmek için kullanın. Not komut dosyalarını istek/GitHub sağlanır.</li>
</ol>7. kopya sayı hesaplamaları
<ol><li>Kopya numara analiz yazılımı (örneğin, CopyCaller) açın. Alma gerçek zamanlı PCR sonuçları dosyasını seçin ve roche2sds.pltarafından oluşturulan metin dosyaları yükleyin.</li>
	<li>Analiz seçin ve her iki seçme Kalibratör örnek bilinen kopya numarası ile veya en sık kopya numarasıseçerek analiz yapmak. Bkz. Tablo 5 kır genler genellikle Avrupa kökenli nüfus içinde gözlenen en sık kopya sayısı için.</li>
</ol>8. veri kalite denetimleri
<ol><li>KIR_CNVdata_analysis_for_Excel_ver020215 komut dosyası kullan R. R bir elektronik tabloya tüm plakaları kopya sayı veri birleştirmek için. Not komut dosyalarını istek/GitHub sağlanır.</li>
	<li>Kır genler (Tablo 6) için bilinen bağlantı dengesizliği (LD) için uygun olmayan örnekleri için kopya numara analiz yazılımı ham veri yeniden denetleyin.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Jiang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Copy+number+variation+leads+to+considerable+diversity+for+B+but+not+A+haplotypes+of+the+human+KIR+genes+encoding+NK+cell+receptors.">Copy number variation leads to considerable diversity for B but not A haplotypes of the human KIR genes encoding NK cell receptors.</a> Genome Research. 22, 1845-1854 (2012).</li><li>Nemat-Gorgani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Different+Selected+Mechanisms+Attenuated+the+Inhibitory+Interaction+of+KIR2DL1+with+C2+++HLA-C+in+Two+Indigenous+Human+Populations+in+Southern+Africa.">Different Selected Mechanisms Attenuated the Inhibitory Interaction of KIR2DL1 with C2 + HLA-C in Two Indigenous Human Populations in Southern Africa.</a> The Journal of Immunology. 200, 2640-2655 (2018).</li><li>Norman, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Co-evolution+of+human+leukocyte+antigen+(HLA)+class+I+ligands+with+killer-cell+immunoglobulin-like+receptors+(KIR)+in+a+genetically+diverse+population+of+sub-Saharan+Africans.">Co-evolution of human leukocyte antigen (HLA) class I ligands with killer-cell immunoglobulin-like receptors (KIR) in a genetically diverse population of sub-Saharan Africans.</a> PLoS Genetics. 9, e1003938 (2013).</li><li>Nakimuli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Killer+cell+immunoglobulin-like+receptor+(KIR)+genes+and+their+HLA-C+ligands+in+a+Ugandan+population.">Killer cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genes and their HLA-C ligands in a Ugandan population.</a> Immunogenetics. 65, 765-775 (2013).</li><li>Bontadini, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distribution+of+killer+cell+immunoglobin-like+receptors+genes+in+the+Italian+Caucasian+population.">Distribution of killer cell immunoglobin-like receptors genes in the Italian Caucasian population.</a> Journal of Translational Medicine. 4, 1-9 (2006).</li><li>Graef, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KIR2DS4+is+a+product+of+gene+conversion+with+KIR3DL2+that+introduced+specificity+for+HLA-A*11+while+diminishing+avidity+for+HLA-C.">KIR2DS4 is a product of gene conversion with KIR3DL2 that introduced specificity for HLA-A*11 while diminishing avidity for HLA-C.</a> The Journal of Experimental Medicine. 206, 2557-2572 (2009).</li><li>B&#233;ziat, V., Hilton, H. G., Norman, P. J., Traherne, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deciphering+the+killer-cell+immunoglobulin-like+receptor+system+at+super-resolution+for+natural+killer+and+T-cell+biology.">Deciphering the killer-cell immunoglobulin-like receptor system at super-resolution for natural killer and T-cell biology.</a> Immunology. 150, 248-264 (2017).</li><li>Blokhuis, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KIR2DS5+allotypes+that+recognize+the+C2+epitope+of+HLA-C+are+common+among+Africans+and+absent+from+Europeans.">KIR2DS5 allotypes that recognize the C2 epitope of HLA-C are common among Africans and absent from Europeans.</a> Immunity, Inflammation and Disease. 5, 461-468 (2017).</li><li>Martin, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epistatic+interaction+between+KIR3DS1+and+HLA-B+delays+the+progression+to+AIDS.">Epistatic interaction between KIR3DS1 and HLA-B delays the progression to AIDS.</a> Nature Genetics. 31, 429-434 (2002).</li><li>Khakoo, S. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HLA+and+NK+cell+inhibitory+receptor+genes+in+resolving+hepatitis+C+virus+infection.">HLA and NK cell inhibitory receptor genes in resolving hepatitis C virus infection.</a> Science. 305, 872-874 (2004).</li><li>van Bergen, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KIR-ligand+mismatches+are+associated+with+reduced+long-term+graft+survival+in+HLA-compatible+kidney+transplantation.">KIR-ligand mismatches are associated with reduced long-term graft survival in HLA-compatible kidney transplantation.</a> American Journal of Transplantation. 11, 1959-1964 (2011).</li><li>Hiby, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Association+of+maternal+killer+-+cell+immunoglobulin-like+receptors+and+parental+HLA+-+C+genotypes+with+recurrent+miscarriage.">Association of maternal killer - cell immunoglobulin-like receptors and parental HLA - C genotypes with recurrent miscarriage.</a> Human Reproduction. 23, 972-976 (2008).</li><li>Nakimuli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+KIR+B+centromeric+region+present+in+Africans+but+not+Europeans+protects+pregnant+women+from+pre-eclampsia.">A KIR B centromeric region present in Africans but not Europeans protects pregnant women from pre-eclampsia.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 112, 845-850 (2015).</li><li>van Bergen, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HLA+reduces+killer+cell+Ig-like+receptor+expression+level+and+frequency+in+a+humanized+mouse+model.">HLA reduces killer cell Ig-like receptor expression level and frequency in a humanized mouse model.</a> The Journal of Immunology. 190, 2880-2885 (2013).</li><li>Bachanova, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Donor+KIR+B+Genotype+Improves+Progression-Free+Survival+of+Non-Hodgkin+Lymphoma+Patients+Receiving+Unrelated+Donor+Transplantation.">Donor KIR B Genotype Improves Progression-Free Survival of Non-Hodgkin Lymphoma Patients Receiving Unrelated Donor Transplantation.</a> Biology of Blood and Marrow Transplantation. 22, 1602-1607 (2016).</li><li>Cooley, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Donor+selection+for+natural+killer+cell+receptor+genes+leads+to+superior+survival+after+unrelated+transplantation+for+acute+myelogenous+leukemia.">Donor selection for natural killer cell receptor genes leads to superior survival after unrelated transplantation for acute myelogenous leukemia.</a> Blood. 116, 2411-2419 (2010).</li><li>Barani, S., Khademi, B., Ashouri, E., Ghaderi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KIR2DS1,+2DS5,+3DS1+and+KIR2DL5+are+associated+with+the+risk+of+head+and+neck+squamous+cell+carcinoma+in+Iranians.">KIR2DS1, 2DS5, 3DS1 and KIR2DL5 are associated with the risk of head and neck squamous cell carcinoma in Iranians.</a> Human Immunology. 79, 218-223 (2018).</li><li>Vilches, C., Casta&#241;o, J., G&#243;mez-Lozano, N., Estefan&#237;a, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Facilitation+of+KIR+genotyping+by+a+PCR-SSP+method+that+amplifies+short+DNA+fragments.">Facilitation of KIR genotyping by a PCR-SSP method that amplifies short DNA fragments.</a> Tissue Antigens. 70, 415-422 (2007).</li><li>Ashouri, E., Ghaderi, A., Reed, E. F., Rajalingam, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+duplex+SSP-PCR+typing+method+for+KIR+gene+profiling.">A novel duplex SSP-PCR typing method for KIR gene profiling.</a> Tissue Antigens. 74, 62-67 (2009).</li><li>Martin, M. P., Carrington, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KIR+locus+polymorphisms:+genotyping+and+disease+association+analysis.">KIR locus polymorphisms: genotyping and disease association analysis.</a> Methods in Molecular Biology. , 49-64 (2008).</li><li>Crum, K. A., Logue, S. E., Curran, M. D., Middleton, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+PCR-SSOP+approach+capable+of+defining+the+natural+killer+cell+inhibitory+receptor+(KIR)+gene+sequence+repertoires.">Development of a PCR-SSOP approach capable of defining the natural killer cell inhibitory receptor (KIR) gene sequence repertoires.</a> Tissue Antigens. 56, 313-326 (2000).</li><li>Houtchens, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+killer+cell+immunoglobulin-like+receptor+genotyping+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry+with+discovery+of+novel+alleles.">High-throughput killer cell immunoglobulin-like receptor genotyping by MALDI-TOF mass spectrometry with discovery of novel alleles.</a> Immunogenetics. 59, 525-537 (2007).</li><li>Livak, K. J., Schmittgen, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+relative+gene+expression+data+using+real-time+quantitative+PCR+and+the+2-&#916;&#916;CT+method.">Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2-&#916;&#916;CT method.</a> Methods. 25, 402-408 (2001).</li><li>Traherne, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KIR+haplotypes+are+associated+with+late-onset+type+1+diabetes+in+European-American+families.">KIR haplotypes are associated with late-onset type 1 diabetes in European-American families.</a> Genes and Immunity. 17, 8-12 (2016).</li><li>Hydes, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+interaction+of+genetic+determinants+in+the+outcome+of+HCV+infection:+Evidence+for+discrete+immunological+pathways.">The interaction of genetic determinants in the outcome of HCV infection: Evidence for discrete immunological pathways.</a> Tissue Antigens. 86, 267-275 (2015).</li><li>Dunphy, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=2DL1,+2DL2+and+2DL3+all+contribute+to+KIR+phenotype+variability+on+human+NK+cells.">2DL1, 2DL2 and 2DL3 all contribute to KIR phenotype variability on human NK cells.</a> Genes and Immunity. 16, 301-310 (2015).</li><li>Jiang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=qKAT:+A+high-throughput+qPCR+method+for+KIR+gene+copy+number+and+haplotype+determination.">qKAT: A high-throughput qPCR method for KIR gene copy number and haplotype determination.</a> Genome Medicine. 8, 1-11 (2016).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Biz kopya kır genler. numara yazarak kolaylaştırır qKAT olarak adlandırılan bir roman yarı otomatik yüksek üretilen iş yöntemi, açıklanan Düşük işlem hacmi ve yalnızca son derece Polimorfik bu genlerin olup belirtebilirsiniz geleneksel yöntemler üzerinde SSP-PCR gibi bir gelişme yöntemidir.
Elde edilen kopya sayı verilerin doğruluğunu kalite ve konsantrasyon-homojenlik reaktifleri kalite ve gDNA örnekleri de dahil olmak üzere birden fazla etkene bağlıdır. Konsantrasyon plaka arasında farklılığı kopya numarası hesaplama hataları neden olabilir beri kalitesini ve doğruluğunu gDNA örnekler bir plaka üzerindeki son derece önemlidir. Deneyleri Avrupa kökenli örnek kümesi'ni kullanma doğrulanmış beri tabur dünyanın diğer bölgelerinden gelen verileri daha kapsamlı denetimler gerektirir. Bu formda çıkarma veya non-spesifik astar/sonda bağlama örneklerini kopya numarası varyasyon yanlış yorumlandığını değil sağlamaktır.
Deneyleri tasarlanmış ve üretilen yüksek-iş çalıştırmak için en iyi duruma getirilmiş olsa da, daha az numunelerinin çalışılabilmesi için değiştirilebilir. Güven metrik kopya numara analiz yazılımı olarak daha az örnekleri analiz ederken etkilenir ama bu kontrol genomik DNA örnekleri ile bilinen bir kır Gen kopya numarası plaka üzerinde bulunan ve ek örnek çoğaltır geliştirilebilir dahil.
Laboratuarlar sıvı/plaka-taşıma robotlar olmadan için ana mix çok kanallı Pipetler kullanarak reçete ve plakaları el ile qPCR araç yüklenebilir.
QKAT gelişimi arkasındaki temel amacı bir basit, yüksek performans, yüksek çözünürlüklü ve maliyet-etkin yöntem genotip KIRs hastalığı için dernek çalışmaları yaratmaktı. QKAT kır rolde bulaşıcı hastalıklar, otoimmün koşullar ve gebelik bozuklukları4, bir dizi de dahil olmak üzere birçok büyük hastalığı Derneği araştırma soruşturma istihdam beri bu başarıyla sağlandı 24 , 25 , 26.

İnsanlarda, katil immünglobulin benzeri reseptör(kır) odağı kromozom 19 lökosit reseptör kompleksi (LRC) içinde uzun kolundaki eşleştirilir. Bu locus yaklaşık 150 kb uzunluğunda ve 15 kır düzenlenmiş genler baş-için-kuyruk içerir. Şu anda bilinir kır loci vardır KIR2DL1, KIR2DL2/KIR2DL3, KIR2DL4, KIR2DL5A, KIR2DL5B, KIR2DS1-5, KIR3DL1/KIR3DS1, KIR3DL2-3, ve iki psödogenler, KIR2DP1 ve KIR3DP1. Kır genler iki boyutlu (2D) kodlamak ve üç boyutlu (3D) immünglobulin benzeri etki alanı reseptörleri ile kısa (S; aktive) veya uzun (L; inhibitör) doğal öldürücü (NK) hücreleri ve T alt kümeleri tarafından ifade edilir sitoplazmik kuyruk hücreleri. Kopya numarası varyasyon kır locus formları içinde değişken gen içerik1çeşitli haplotypes sergiledi. Bir yakın kafa kuyruk gen düzenlemesi ve yüksek-sıra homoloji, Sigara allelic homolog rekombinasyon (NAHR), haplotypic değişkenliği için sorumlu olmak için önerilen mekanizmasıdır. 100'den fazla farklı haplotypes nüfus dünya çapında1,2,3,4' te bildirilmiştir. Bu haplotypes iki ana gruba ayrılmıştır olabilir: A ve B haplotypes. A haplogrubundan 7 kır gen içermektedir: KIR3DL3, KIR2DL1, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1ve KIR3DL2, inhibitör kır genler ve aktive kır gen KIR2DS4. Ancak, yukarı sadece KIR haplogrubundan A için homozigoz Avrupa kökenli bireylerin % 70 KIR2DS45,6işlevsel olmayan "silme" şeklinde taşımak. Tüm diğer KIR gen kombinasyonları oluşturmak dahil en az bir özel KIR genlerin KIR2DS1, B grubu haplotypes, KIR2DS2, KIR2DS3, KIR2DS5, KIR3DS1, KIR2DL2, ve KIR2DL5ve genel olarak iki veya daha fazla aktive kır genler içerir.
HLA sınıf ı molekülleri ligandlar için belirli inhibitör reseptörler (KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3ve KIR3DL1), aktive reseptörleri (KIR2DS1, KIR2DS2, KIR2DS4, olarak tespit edilmiştir KIR2DS5ve KIR3DS1), ve KIR2DL4için hangi diğer inhibitör kır reseptörleri gibi uzun sitoplazmik kuyruk içerir ancak Ayrıca bir ortak olan ekstrasellüler etki alanı pozitif yüklü bir kalıntı sahip benzersiz bir kır diğer aktive kır reseptörleri özelliğidir. Kasanın içinde KIR genler ve HLA genleri versiyonlarının Reseptör ligand etkileşim o şekiller potansiyel NK hücre yanıt bireysel düzeyde7,8etkiler. Genetik Derneği çalışmaları kanıt belirtilen kır viral direnç (e.g., insan immün yetmezlik virüsü [HIV]9 ve hepatit C virüsü [HCV]10), bir rol oynamaktadır nakli başarısı 11, gebelik bozuklukları ve üreme başarı12,13, allojeneik hematopoietik kök hücre nakli (HKHT)14,15, sonra nüks karşı koruma risk 16ve17Kanser riski.
Kombinasyon yüksek sıra homoloji ve allelic ve haplotypic çeşitlilik sunar sorunları genlerin doğru Genotipleme KIR görevde. Kır genler yazmanız için geleneksel yöntemler arasında fingerprinting astar (SSP) Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)18,19,20, fingerprinting Oligonükleotid (SSOP) PCR21, yoklama ve matris yardımlı lazer desorption iyonlaşma-saat uçuş kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS)22. Bu teknikler sakıncaları onların sadece kısmi bir bireyin genotipi içgörü iken de gerçekleştirmek zahmetli olma sağlamak vardır. Son zamanlarda yeni nesil sıralama (NGS) KIR locus özellikle yazın uygulandı. Bu yöntem çok güçlü olsa da, çalıştırmak pahalı olabilir ve derinlemesine analiz ve veri denetimleri yapmak zaman alır.
qKAT bir yüksek-den geçerek kantitatif PCR yöntemidir. Geleneksel yöntemlerle zahmetli ve zaman alıcı olmakla birlikte, bu yöntem, beş gün içinde yaklaşık 1000 genomik DNA (gDNA) örnekleri çalıştırmak olanak verir ve KIR genotip Gen kopya numarası verir. qKAT her biri iki KIR loci hedefleyen on multiplex reaksiyonları, oluşur ve bir referans gen kır gen göreli miktar için kullanılan genom (STAT6) bir sabit kopya sayısının sayı23kopyalayın. Bu tahlil başarıyla büyük nüfus panellere ve hastalığı kohort HCV, tip 1 diyabet gibi otoimmün koşulları gibi bulaşıcı hastalıklar ve preeklampsi gibi gebelik bozuklukları ile ilgili olarak bir genetik çalışmalarda kullanılan NK hücre işlevi1,4,24,25,26anlama amaçlı çalışmalar için destek.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>REAGENTS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligonucleotides</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Custom order</td>
			<td>SEQUENCES: Listed in Table 4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Probes labelled with ATTO dyes</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Custom order</td>
			<td>SEQUENCES: Listed in Table 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SensiFAST Probe No-ROX Kit</td>
			<td>Bioline</td>
			<td>BIO-86020</td>
			<td>&#8722;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MilliQ water</td>
			<td>&#8722;</td>
			<td>&#8722;</td>
			<td>&#8722;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NAME</td>
			<td>COMPANY</td>
			<td>CATALOG NUMBER</td>
			<td>COMMENTS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EQUIPMENT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge with a swinging bucket rotor</td>
			<td>Eppendorf(or equivalent)</td>
			<td>Eppendorf 5810R or equivalent system</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OR</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QuBit Fluorometer</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q33216</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Matrix Hydra</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>109611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightCycler 480 II Instrument 384-well</td>
			<td>Roche</td>
			<td>05015243001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Twister II Microplate Handler with M&#233;Cour Thermal Plate Stacker (M&#233;Cour)</td>
			<td>Caliper Life Sciences</td>
			<td>204135</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex mixer</td>
			<td>Biosan</td>
			<td>BS-010201-AAA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Single-channel pipettes (volume range: 0.5&#8211;10 &#181;L, 2&#8211;20 &#181;L, 20&#8211;200 &#181;L, 200&#8211;1,000 &#181;L; 1-10 mL)</td>
			<td>Gilson(or equivalent)</td>
			<td>F144801, F123600, F123615, F123602, F161201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNase- and DNase-free pipette tips filtered (10 &#181;L, 20 &#181;L, 200 &#181;L, 1,000 &#181;L, 10 mL)</td>
			<td>Starlab (or equivalent)</td>
			<td>S1111-3810, S1120-1810, S1120-8810, S1111-6810, I1054-0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>StarTub PS Reagent Reservoir, 55 mL</td>
			<td>STARLAB</td>
			<td>E2310-1010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL Centrifuge Tube</td>
			<td>STARLAB</td>
			<td>E1450-0200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well deep well plate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>12194162</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC480 384 Multi-well plates</td>
			<td>Roche</td>
			<td>04729749001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LightCycler 480 Sealing Foil</td>
			<td>Roche</td>
			<td>04729757001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NAME</td>
			<td>COMPANY</td>
			<td>CATALOG NUMBER</td>
			<td>COMMENTS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SOFTWARE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Roche LightCycler 480 Software v1.5</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Applied Biosystems CopyCaller Software v2.1</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>https://www.thermofisher.com/uk/en/home/technical-resources/software-downloads/copycaller-software.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KIR haplotype identifier</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>http://www.bioinformatics.cimr.cam.ac.uk/haplotypes/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

qkat: quantitative semi-automated typing of killer-cell immunoglobulin-like receptor genes

Katil hücre immünglobulin benzeri reseptörler (KIRs) doğal öldürücü (NK) ve T hücreleri, kromozom 19 genlerin Polimorfik bir kümeye tarafından kodlanmış üzerinde inhibitör ve aktive bağışıklık reseptörleri kümesidir. Onların en çok karakterize ligandlar MHC kompleksi (MHC) odağı Kromozom 6 Tarih içinde kodlanmış insan lökosit antijeni (HLA) moleküllerdir. Önemli kanıt onlar bağışıklık, üreme ve nakli, doğru bir şekilde genotip olabilir teknikleri çok önemli hale önemli bir rol oynamak onları. Ancak, yüksek-sıra homoloji, de allelic ve kopya numarası varyasyon, zor yapmak doğru olabilir tasarım yöntemleri ve verimli bir şekilde genotip tüm KIR genler. Geleneksel yöntemler genellikle çözünürlük elde edilen veri, performans, maliyet-etkililik ve ayarlama ve deneyler çalıştırmak için geçen süre sınırlıdır. Biz nicel kır yarı otomatik (qKAT), tipik olarak adlandırılan bir yöntem tarif tüm KIR locus genlerinde Gen kopya numaraları belirlemek yüksek üretilen iş çok katmanlı gerçek zamanlı Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi olduğu. qKAT daha da onları kapsayacak yapısal olarak çok biçimli haplotypes değişimler anlaması için kullanılan yüksek çözünürlüklü kır sayı veri kopyalama, sağlayan basit bir yüksek üretilen iş yöntemidir. Bu kopya sayısı ve haplogrubundan veri büyük ölçekli hastalığı dernekler, Populasyon genetiği gibi ifade ve KIR ve HLAarasındaki işlevsel etkileşimler üzerine araştırmalar çalışmaları için yararlı olabilir.

Watch this Scientific Journal Video about qKAT: Quantitative Semi-automated Typing of Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor Genes at JoVE.com

qKAT: Quantitative Semi-automated Typing of Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor Genes

qKAT: nicel Semi-automated yazmaktan katil hücreli immünglobulin benzeri reseptör gen

Nicel katil hücre immünglobulin benzeri reseptör (kır) yarı otomatik (qKAT) yazarak sayı türü kır genler kendi uygulama için nüfus ve hastalığı Derneği çalışmalarda kopyalamak için basit, yüksek performans ve düşük maliyetli bir yöntemdir.

Killer cell immunoglobulin-like receptors (KIRs) are a set of inhibitory and activating immune receptors, on natural killer (NK) and T cells, encoded by a ...

Bu yöntem haplotip çeşitliliği ve bunun hastalıkla nasıl ilişkili olduğu gibi NK hücre reseptör genetiği ile ilgili anahtar soruları yanıtlayabilir. Bu yöntemin görsel gösterimi, otomasyon süreci ve veri analizi de dahil olmak üzere laboratuarınızdaki protokolün ayarlanmasına yardımcı olacaktır. Bu tekniğin başlıca avantajları, geleneksel yöntemlerin aksine, nicel KIR otomatik yazımı anlamına gelen qKAT'ın yüksek iş sahibi olması ve gen kopya numarası sağlamasıdır.qKAT hastalık ilişkisi hakkında bilgi verebilir. Bu tekniğin etkileri HIV ve hepatit C gibi viral enfeksiyonlar için tedavi için yararlı olabilir, kanser, kök hücre nakli, ve gebelik bozuklukları. qKAT, kir ve HLA molekülleri arasındaki ekspresyon ve fonksiyonel etkileşimlerin araştırılmasının yanı sıra popülasyon genetiğinin incelenmesinde de uygulanabilir.qKAT, özellikle iki KIR geninin eksonlarını ve bir referans genini hedef alan 10 çokkatlı reaksiyondan oluşur. Bu protokolde, belirli astarlar verilen genin alellerini tespit etmek için tasarlanmıştır ve PCR sonuçları kısa amplikonlarla sonuçlanır. Bundan sonra, pcr amplifikasyonu gerçek zamanlı olarak izlemek için çift etiketli spesifik hidroliz probları kullanılır.Kopya numarası analizi, hedef KIR genlerinin bir referans genine göreli niceliğini kullanır. qKAT yüksek iş yapma tekniği olarak tasarlanmış ve ayarlanmıştır. Bu nedenle, her reaksiyon 1.000 numunenin hemen altında yapılabilir.Aşağıdaki adımlar, her 96 kuyulu DNA plakasının hazırlanması ve kapamasında yer alan adımları göstermektedir. Başlangıç olarak, DNA'yı ölçtükten sonra, DNA'yı 96 kuyuluktaki bir plakada seyreltin. Bilinen bir kopya numarası ve şablon olmayan bir denetimiçeren en az bir denetim örneği ekleyin.Plakayı 450 gs'de iki dakika santrifüj edin. Daha sonra, 384-iyi qPCR plakaları içine dört katına her örnek dağıtmak. Bundan sonra, hava 24 saat boyunca oda sıcaklığında temiz bir alanda DNA kuru.10 384-iyi plakalar için bir qKAT reaksiyonu ayarlamak için, ilk, qPCR tampon, astar defrost ve dört santigrat derece aliquots prob aliquots. Ana karışımı metin protokolüne göre buz üzerinde hazırlayın. Daha sonra, ana karışımı 96 kuyulu derin kuyuplakasına eşit olarak dağıtmak için çok kanallı bir pipet kullanın.Kurutulmuş gDNA örnekleri ile plakanın her kuyuya ana karışımın 9,5 mikrolitresini dağıtın. Bundan sonra, folyo ile plaka mühür ve hemen dört derece santigrat de saklayın. Birden fazla 384-well DNA plakası üzerinde ana karışımı dağıtım eğer sıvı işleme sisteminin iğneleri temizlemek için kısa bir su yıkama yapmayı unutmayın.Plakayı 450 gs'de gDNA örnekleriile üç dakika santrifüj edin. Daha sonra, DNA'yı yeniden askıya almak ve hava kabarcıklarını dağıtmak için plakayı 4 santigrat derecede kuluçkaya yatırın. Plakayı bir gecede kuluçkaya yatırdıktan sonra, hava kabarcıklarını dağıtmak için santrifüjü tekrarlayın.Ardından, plakayı soğutulmuş depoya yerleştirin. QPCR makinesini bir mikroplaka işleyicisine bağlayın. Daha sonra, mikroplaka işleyicisini metin protokolüne göre programlayın.Çalışma tamamlandıktan sonra, robotqPCR makineden plaka toplamak ve atmak dock yerleştirin. Amplifikasyon tamamladıktan sonra qPCR yazılımını açın. Navigator sekmesinin altında, kaydedilen reaksiyon deneme dosyasını bir plaka için açın.Ardından, Yeni Çözümleme Oluştur penceresini açın ve 2. Ardından Filtre Tarak'ı seçin ve STAT6 için toplanan verilerin seçildiğinden emin olun. Uygun renk telafisini seçin.Hesapla'yı tıklatın ve ardından dosyayı kaydet'i tıklatın. Verileri Fit Points yöntemiyle çözümlemek için yeni çözümleme penceresi açın ve Fit Points yöntemi için uygun ayarları seçin. Ardından, STAT6 için doğru filtreleri ve renk karşılıklarını seçin.Gürültü bandını arka plan gürültüsünü hariç tutmak için ayarlayın. Bundan sonra, Çözümsekmesini açın ve sığdırmazlık noktalarını üçe ayarlayın ve Sığdırmayı Göster'i seçin. Değişiklikleri kaydedin ve kir genleri için Fit Point ve 2.QPCR yazılımında Navigator sekmesini açın ve Sonuç Toplu Dışa Aktarma'yı seçin. Ardından, deneme dosyalarını içeren klasörü açın ve bunları pencerenin sağ tarafına aktarın. İleri'yi tıklatın ve dışa aktarma dosyasının adını ve konumunu seçin.Bundan sonra, ilgi alanının analiz türünü seçin ve İleri'yi tıklatın. Dışa aktarma işlemini başlatmak için İleri'yi tıklatmadan önce dosyanın adının, dışa aktarma klasörünün ve çözümleme türünün doğru olduğundan emin olun. Dışa aktarma durumu Tamam'a değiştiğinde, ekran otomatik olarak bir sonraki adıma taşınır.Seçili dosyaların tümünün başarıyla dışa aktarıldığından emin olun ve Bitti'yi tıklatın. Ardından, dışa aktarılan plakaları tek tek tepkilere bölmek ve dosyaları kopya numarası çözümleme yazılımı yla okunabilir bir yazılıma dönüştürmek için metin protokolündeki komut dosyalarını kullanın. Ardından, kopya numarası çözümleme yazılımını açın ve komut dosyaları tarafından oluşturulan metin dosyalarını yüklemek için gerçek zamanlı PCR sonuç dosyasını içe aktar'ı seçin.Son olarak, Çözümle'yi seçin ve en sık örnek kopya numarasını seçerek çözümleme gerçekleştirin. Bu protokolde, yarı otomatik yazı, veya qKAT, sayı tipi KIR genleri kopyalamak için kullanılmıştır. KIR2DL4 için en sık kopya numarası iki kopya iken KIR3DS1 için en sık kopya numarası sıfır dır.Bu prosedürü denerken, DNA'nın doğru bir şekilde ölçülmediğinden emin olmak, buz üzerindeki tüm adımları gerçekleştirmek ve reaktiflerin ışıktan kaplandığından emin olmak son derece önemlidir. Ayrıca KIR genleri için bilinen LD kurallarına uymayan numuneler için ham veriler üzerinde kapsamlı kontroller yapmak da önemlidir. Bu prosedürü takiben, ek soruları yanıtlamak için sıralama gibi başka yöntemler de yapılabilir, örneğin, füzyon genlerinin varlığı veya yeni alellerin tanımlanması gibi.Bu yöntem, geliştirilmesinden sonra, immünogenetik alanında araştırmacıların NK hücre biyolojisi, hastalık direnci ve insan üremesindeki KIR rolünü keşfetmelerinin önünü açmıştır.

Research

JoVE Journal

Genetics

The Use of Induced Somatic Sector Analysis (ISSA) for Studying Genes and Promoters Involved in Wood Formation and Secondary Stem Development

The Use of Induced Somatic Sector Analysis ISSA for Studying Genes and Promoters Involved in Wood Formation and Secondary Stem Development

Ahşap Formasyonu ve İkincil Kök Gelişimi ile ilgilendim Genler ve Promoters incelenmesi için Kaynaklı Somatik Sektör Analizi (ISSA) Kullanımı

Secondary stem growth in trees and associated wood formation are significant both from biological and commercial perspectives. However, relatively little ...

Preparation of rAAV9 to Overexpress or Knockdown Genes in Mouse Hearts

Fare Kalpler eksprese rAAV9 hazırlanması veya demonte Genler

Controlling the expression or activity of specific genes through the myocardial delivery of genetic materials in murine models permits the investigation ...

Peptide-derived Method to Transport Genes and Proteins Across Cellular and Organellar Barriers in Plants

Peptit kaynaklı Yöntem Bitkiler Genler ve Proteinler Hücresel karşısında ve Organel Engeller Transport

The capacity to introduce exogenous proteins and express (or down-regulate) specific genes in plants provides a powerful tool for fundamental research as ...

Using a GFP-tagged TMEM184A Construct for Confirmation of Heparin Receptor Identity

Bir GFP etiketli TMEM184A kullanarak Heparin Reseptör Kimliğinin Onay için Construct

When novel proteins are identified through affinity-based isolation and bioinformatics analysis, they are often largely uncharacterized. Antibodies ...

Targeted in Situ Mutagenesis of Histone Genes in Budding Yeast

Targeted in Situ Mutagenesis of Histone Genes in Budding Yeast

Hedeflenen<em&gt; In situ</emBudding Maya&gt; Mutajenezis Histon ve Genler

We describe a PCR- and homologous recombination-based system for generating targeted mutations in histone genes in budding yeast cells. The resulting ...

Detection of microRNA Expression in Peritoneal Membrane of Rats Using Quantitative Real-time PCR

Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR Kullanarak Sıçanların Periton Membranındaki MikroRNA İfadesinin Saptanması

MicroRNAs (miRNAs) are small noncoding RNAs that regulate messenger RNA expression post-transcriptionally. The miRNA expression profile has been ...

Transient Expression of Foreign Genes in Insect Cells (sf9) for Protein Functional Assay

Transient Expression of Foreign Genes in Insect Cells sf9 for Protein Functional Assay

Geçici ifade, yabancı genlerin Protein fonksiyonel tahlil için böcek hücrelerindeki (sf9)

The transient gene expression system is one of the most important technologies for performing protein functional analysis in the baculovirus in vitro cell ...

A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene

Thromboxane A2 reseptör gen C924T polimorfizmi çalışmak için bir yöntem

The thromboxane A2 receptor (TBXA2R) gene is a member of the G-protein coupled superfamily with seven-transmembrane regions. It is involved in ...

An In Vitro Protocol for Evaluating MicroRNA Levels, Functions, and Associated Target Genes in Tumor Cells

Tümör hücrelerinde MicroRNA seviyeleri, fonksiyonları ve Ilişkili hedef genler değerlendirmek için bir In vitro protokol

MicroRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs which are recognized to modulate numerous intracellular signaling pathways in several diseases including ...

In Vivo Forward Genetic Screen to Identify Novel Neuroprotective Genes in Drosophila melanogaster

In Vivo Forward Genetic Screen to Identify Novel Neuroprotective Genes in Drosophila melanogaster

In vivo Ileri genetik ekran Drosophila melanogaster yeni Nörokoruyucu genler tanımlamak için

There is much to understand about the onset and progression of neurodegenerative diseases, including the underlying genes responsible. Forward genetic ...