Name: chromatin immunoprecipitation of murine brown adipose tissue
Uploaded: 2018-11-21T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue at JoVE.com

De animalske håndtering trin i protokollen er blevet godkendt af Boston Universitys institutionelle Animal Care og brug udvalg (IACUC).
1. dag 1: Dissektion og forberedelse af BAT for kromatin Immunoprecipitation (ChIP)
<ol><li>Aflive mus ved hjælp af en kuldioxid (CO2) kammer, og udføre dissektion umiddelbart bagefter. Spray mus pels med 70% ethanol før indsnit. Placer musen med ryggen opad, derefter skåret åben huden langs halsen. Find BATTET direkte under huden mellem sku...

<ol>
	<li>Cannon, B., Nedergaard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brown+adipose+tissue:+function+and+physiological+significance.">Brown adipose tissue: function and physiological significance.</a> Physiological Reviews. , (2004).</li><li>Cardamone, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitochondrial+Retrograde+Signaling+in+Mammals+Is+Mediated+by+the+Transcriptional+Cofactor+GPS2+via+Direct+Mitochondria-to-Nucleus+Translocation.">Mitochondrial Retrograde Signaling in Mammals Is Mediated by the Transcriptional Cofactor GPS2 via Direct Mitochondria-to-Nucleus Translocation.</a> Molecular Cell. 69, (2018).</li><li>Emmett, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+deacetylase+3+prepares+brown+adipose+tissue+for+acute+thermogenic+challenge.">Histone deacetylase 3 prepares brown adipose tissue for acute thermogenic challenge.</a> Nature. , (2017).</li><li>Harms, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PRDM16+binds+MED1+and+controls+chromatin+architecture+to+determine+a+brown+fat+transcriptional+program.">PRDM16 binds MED1 and controls chromatin architecture to determine a brown fat transcriptional program.</a> Genes &amp; Development. , (2015).</li><li>Shapira, S. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EBF2+transcriptionally+regulates+brown+adipogenesis+via+the+histone+reader+DPF3+and+the+BAF+chromatin+remodeling+complex.">EBF2 transcriptionally regulates brown adipogenesis via the histone reader DPF3 and the BAF chromatin remodeling complex.</a> Genes &amp; Development. , (2017).</li><li>Landt, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq+guidelines+and+practices+of+the+ENCODE+and+modENCODE+consortia.">ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.</a> Genome Research. 22, 1813-1831 (2012).</li><li>Liisberg Aune, U., Ruiz, L., Kajimura, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+Differentiation+of+Stromal+Vascular+Cells+to+Beige/Brite+Cells.">Isolation and Differentiation of Stromal Vascular Cells to Beige/Brite Cells.</a> Journal of Visualized Experiments. , e50191 (2013).</li><li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trimmomatic:+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data.">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30, 2114-2120 (2014).</li><li>. Genome Browser Gateway Available from: <a target="_blank" href="https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=mm10">https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=mm10</a> (2018)</li><li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2.">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nature Methods. , 357-359 (2012).</li><li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Sequence+alignment/map+(SAM)+format+and+SAMtools.">The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools.</a> Bioinformatics. 25 (16), 2078-2079 (2009).</li><li>Kharchenko, P. V., Tolstorukov, M. Y., Park, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+analysis+of+ChIP-seq+experiments+for+DNA-binding+proteins.">Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins.</a> Nature Biotechnology. 26, 1351-1359 (2008).</li><li>Carroll, T. S., Liang, Z., Salama, R., Stark, R., de Santiago, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+artifact+removal+on+ChIP+quality+metrics+in+ChIP-seq+and+ChIP-exo+data.">Impact of artifact removal on ChIP quality metrics in ChIP-seq and ChIP-exo data.</a> Frontiers in Genetics. 5, 75 (2014).</li><li>Ram&#237;rez, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=deepTools2:+A+next+Generation+Web+Server+for+Deep-Sequencing+Data+Analysis.">deepTools2: A next Generation Web Server for Deep-Sequencing Data Analysis.</a> Nucleic Acids Research. , (2016).</li><li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Model-based+Analysis+of+ChIP-Seq+(MACS).">Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biology. 9, R137 (2008).</li><li>ENCODE Project Consortium. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+integrated+encyclopedia+of+DNA+elements+in+the+human+genome.">An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome.</a> Nature. 489 (7414), 57-74 (2012).</li><li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BEDTools:+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features.">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26, 841-842 (2010).</li><li>Li, Q., Brown, J. B., Huang, H., Bickel, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+reproducibility+of+high-throughput+experiments.">Measuring reproducibility of high-throughput experiments.</a> Annals of Applied Statistics. 5 (3), 1752-1779 (2011).</li><li>. Irreproducible Discovery Rate (IDR) Available from: <a target="_blank" href="https://github.com/nboley/idr">https://github.com/nboley/idr</a> (2018)</li><li>The Gene Ontology Consortium. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expansion+of+the+Gene+Ontology+Knowledgebase+and+Resources.">Expansion of the Gene Ontology Knowledgebase and Resources.</a> Nucleic Acids Research. 45, D331-D338 (2017).</li><li>Ashburner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Ontology:+tool+for+the+unification+of+biology.">Gene Ontology: tool for the unification of biology.</a> Nature Genetics. 25, 25-29 (2000).</li><li>Boeva, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Genomic+Sequence+Motifs+for+Deciphering+Transcription+Factor+Binding+and+Transcriptional+Regulation+in+Eukaryotic+Cells.">Analysis of Genomic Sequence Motifs for Deciphering Transcription Factor Binding and Transcriptional Regulation in Eukaryotic Cells.</a> Frontiers in Genetics. 7, 24 (2016).</li></ol>

Protokollen beskrevet her repræsenterer et værdifuldt redskab til at udføre ChIP fra murine væv, specielt optimeret til brunt fedtvæv. En af de større udfordringer i at udføre ChIP fra væv er at inddrive et tilstrækkeligt antal celler under forberedelse af prøver. Klipning BAT ved hjælp af en væv homogeniseringsapparat blender kombineret med rustfrit stål perler i stedet for en kanonisk glas pistil betydeligt reducerer antallet celler tabt på grund af ubrudt væv. Derudover hjælper homogenisering væv dire...

Mens hvidt fedtvæv (WAT) er specialiseret for energilagring, afleder brunt fedtvæv (BAT) energi i form af varme på grund af dens evne til at omdanne kulhydrater og lipider til termisk energi via mitokondrie frakobling1. På grund af denne specialiserede funktion er BAT depot påkrævet til vedligeholdelse af kropstemperaturen i fysiologiske forhold og som svar til koldt eksponering. Mens gen expression ændringer i BAT differentiering og termogeniske stress har været grundigt undersøgt in vivo og in vitro-, har de molekylære mekanismer bag disse ændringer været mest dissekeret i udødeliggjort cellelinjer og primære før adipocytter, med undtagelse af flere in vivo-undersøgelser2,3,4,5.
Regulering af bestemte gen expression programmer gennem transkriptionel regulering er opnået ved koordineret ændringer i kromatin struktur via forskellige transskription faktorer og co faktorer handlinger. Kromatin immunoprecipitation (ChIP) er en værdifuld Molekylærbiologi tilgang for at undersøge ansættelse af disse faktorer til DNA og til profilering de tilknyttede ændringer i kromatin landskab. Nøglefaktorer for succes af ChIP eksperimenter omfatter optimeringer af crosslinking betingelser og kromatin klipning sammenhæng i hele forskellige prøver, tilgængelighed af tilstrækkelig råvare, og, især, kvaliteten af antistoffer. Når du udfører ChIP fra hele væv, det er også vigtigt at overveje heterogenitet af prøverne og optimere protokol for at forbedre effektiviteten af kerner isolation, med sidstnævnte at være et særligt følsomme skridt, når du arbejder med fedtvæv skyldes forhøjet lipid indhold. I virkeligheden, Molekylær isolation teknikker fra hele fedt depoter er kompliceret af tilstedeværelsen af høje niveauer af triglycerider og protokoller skal optimeres for at øge mængden af kromatin isolation. Endelig, når høj overførselshastighed sekventering udføres efter ChIP-DNA isoleret, sekventering dybde er afgørende for fastsættelsen af antallet af toppe, der opdages trygt.
Her henviser vi til arbejdsstandarder og generelle retningslinjer for ChIP-seq eksperimenter anbefalet af den INDKODE og modENCODE konsortier6 for bedste praksis, og vi fokuserer på en trinvis beskrivelse af en protokol optimeret til ChIP-seq fra BAT. Den beskrevne protokol giver mulighed for effektiv isolering af kromatin fra fedtvæv at foretage genome-wide sekventering af DNA-bindende faktorer med veldefinerede toppe samt Histon mærker med mere diffuse signaler.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:637px;" width="638">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:239px;">Bullet Blender Tissue Homogenizer&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Next Advence&#160;</td>
			<td style="width:119px;">BBX24</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Stainless Steel Beads 3.2mm Diameter</td>
			<td style="width:113px;">Next Advence&#160;</td>
			<td>SSB32</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bioruptor Sonicator</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1.5 ml Micro Tube TPX Plastic&#160;</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">C30010010-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:239px;">Complete-Protease inhibitor</td>
			<td style="width:113px;">Roche&#160;</td>
			<td>11836145001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Protein A Agarose Slurry&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Invitrogen&#160;</td>
			<td style="width:119px;">101041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:239px;">GPS2 antibody</td>
			<td style="width:113px;">In house</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Rabbit polyclonal, Ct antibody (Cardamone et al., Mol Cell 2018)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:239px;">Pol2 antibody&#160;</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td style="width:119px;">C15100055</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:239px;">h3K9me3 antibody</td>
			<td style="width:113px;">Millipore&#160;</td>
			<td style="width:119px;">05-1242</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:239px;">Fast Syber Green Master Mix</td>
			<td style="width:113px;">Aplied Biosytem</td>
			<td style="width:119px;">4385612</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:239px;">ViiA7</td>
			<td style="width:113px;">Aplied Biosytem</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TruSeq ChIP Library Preparation Kit</td>
			<td style="width:113px;">Illumina&#160;</td>
			<td>IP-202-1012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:239px;">HiSeq 2000&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Illumina&#160;</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

chromatin immunoprecipitation of murine brown adipose tissue

Mest cellulære processer er reguleret af transcriptional graduering af bestemte gen programmer. Sådan graduering er opnået gennem en bred vifte af transkriptionsfaktorer (TFs) og cofaktorer mægle transcriptional aktivering eller undertrykkelse via ændringer i kromatin struktur kombineret handlinger. Kromatin immunoprecipitation (ChIP) er en nyttig Molekylærbiologi tilgang til kortlægning Histon ændringer og profilering transskription faktorer/cofaktorer binding til DNA, hvilket giver et øjebliksbillede af de dynamiske nukleare forandringer under forskellige biologiske processer.
For at studere transkriptionel regulering i fedtvæv, prøver stammer fra in vitro- cellekulturer af udødeliggjort eller primære cellelinjer er ofte foretrukket i ChIP assays på grund af overfloden af starter materiale og nedsat biologisk variation. Men disse modeller repræsenterer en begrænset øjebliksbillede af de faktiske kromatin stat i levende organismer. Således, der er et kritisk behov for optimerede protokoller til at udføre ChIP på fedtvæv prøver udledes fra dyremodeller.
Her beskriver vi en protokol for effektiv ChIP-FF. i både Histon ændringer og ikke-Histon proteinerne i brunt fedtvæv (BAT) isoleret fra en mus. Protokollen er optimeret for at undersøge genome-wide lokalisering af proteiner af interesse og epigenetiske markører i BAT, som er en morfologisk og fysiologisk forskellige væv blandt fedt depoter.

<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58682/58682fig1.jpg"> Figur 1: ChIP validering af qPCR. ChIP-qPCR analyse af repræsentant GPS2 målrette gener NDUFV1 (venstre) og TOMM20 (til højre) i BAT af WT og GPS2-AKO mus, viser relative ændringer i niveauet af H3K9 methylering og binding, GPS2 og Pol2. Bar grafer repræsenterer stikprøvens middelværdi af 3 flergangsbestemmelser med * p < 0,05 og ** p < 0,01 beregnet med Student's ...

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue

Kromatin Immunoprecipitation af Murine brunt fedtvæv

Her beskriver vi en protokol for effektiv kromatin immunoprecipitation (ChIP) efterfulgt af høj overførselshastighed DNA-sekventering (ChIP-seq) af brunt fedtvæv (BAT) isoleret fra en mus. Denne protokol er velegnet til både kortlægning Histon ændringer og undersøge genome-wide lokalisering af ikke-Histon proteiner af interesse in vivo.

Most cellular processes are regulated by transcriptional modulation of specific gene programs. Such modulation is achieved through the combined actions of ...

Den målte det bruges til at udføre effektive ChIP sekventering af både ester og ikke-ester proteiner i brun lipidvæv isoleret fra musen. Den største fordel ved teknikken er, at protokollen er blevet optimeret til effektiv immunoprecipitation af kromatin-associeret kompleks fra lipidvæv. Før snit, spray den aflivede mus med 70% ethanol.Placer musen med ryggen opad, og lav derefter et snit langs halsen. Dernæst placeret BAT direkte under huden mellem skuldrene og forsigtigt fjerne det tynde lag af hvidt fedt. Krydskoem hver BAT pad i 10 milliliter PBS, der indeholder 1% formaldehyd i 15 minutter ved 150 omdr./min. ved stuetemperatur.Efter 15 minutter, dæmp krydsbinding ved at tilføje 2,5 molar glycin til BAT, hvilket resulterer i en endelig koncentration på 125 millimolar. Placer den på en shaker i fem minutter og drejes ved 150 omdr./min. ved stuetemperatur. Overfør derefter BAT-puden til 500 mikroliter af hypotonisk lysisbuffer, og tilsæt to perler i rustfrit stål til hver BAT pad.Brug derefter en perle-baseret væv homogenisator til at makulere vævet. Start med fem minutter ved maksimal effekt. Hvis det er nødvendigt, forlænges tiden, indtil vævet er homogeniseret, og enkelte celler adskilles.Prøven overføres til et nyt rør, og centrifugeres ved fire grader Celsius ved 16.000 G i 10 minutter. Efter 10 minutter overføres supernatanten til et nyt rør, og cellepellet opbevares på is. Centrifuge supernatant ved fire grader Celsius ved 16, 000 G i 10 minutter for at forhindre tab af flydende celler.Derefter kasseres den endelige supernatant og re-suspendere begge celle pellets sammen i 300 mikroliter af SDS lysis buffer med en gang protease hæmmer. Inkuber på is i 10 minutter. Dernæst sonikere lysates at generere DNA fragmenter 200 til 500 base par lang.Efter sonikering fjernes snavs ved centrifugering i 10 minutter ved 16.000 G ved fire grader celsius. For at udføre immunoprecipation skal 1% af kromatinopløsningen være til side som ChIP-input og holde indgangene natten over ved fire grader Celsius. Dernæst tilsættes ChIP antistof til en milliliter kromatinopløsning og udføres parallel immunoprecipation med tilsvarende præ-immun IgG eller normal IgG af samme art.Alternativt kan du gemme en milliliter kromatinopløsning for en ingen antistofkontrol. Inkubere natten over ved fire grader Celsius med rotation. For at indsamle immunkomplekser, tilsæt 50 mikroliter af protein A agarose 50% gylle til immunkomplekser og inkubere i en time ved fire grader Celsius med rotation ved 150 RPM.Efter en time pellet perlerne ved centrifugering i et minut ved 1000 gange G ved fire grader Celsius. Udfør sekventielle vaske af perlerne på 0,45 mikrometer PVDF centrifugalfilter kolonner med buffere for at øge stringens ved først at overføre perlerne i kolonnerne med 500 mikroliter af lav salt vask buffer. Derefter pellet perlerne i kolonnerne i tre minutter ved 2500 G.Kassér flow-through.Vasken gentages med høj saltvaskbuffer i henhold til procedurerne for vask med lavt saltindhold. Gentag derefter procedurerne med lithiumchlorid og endelig med en gang TE. Når vaskene er afsluttet, eluter immunkomplekser ved at tilføje 300 mikroliter af eluering buffer til pelleteret perler i kolonnerne. Inkuber dem ved stuetemperatur i 30 minutter på en shaker ved 400 omdr./min.Derefter indsamles elut ved at dreje ned kolonnerne i tre minutter ved 2500 G i et frisk rør. Vend krydslinkene ved at inkubere elutten og indgange indsamlet ved 65 grader Celsius natten over. For at inddrive DNA, tilsæt 300 mikroliter af phenolchloroform IAS til elute og indgange på en en-til-en forhold og vortex i 10 sekunder.Dernæst spin ned på 21, 000 G ved fire grader Celsius i 20 minutter. Hold pellet og kassér supernatant. Vask pellet med en milliliter kold 70% ethanol.Så drej ned på 21, 000 G ved fire grader Celsius i fem minutter. Kassér supernatanten, og lufttørrepellen. Pelleten skal suspenderes igen i 70 mikroliter DNAse-frit vand til yderligere procedurer.Her er et eksempel på ChIP Q PCR ved hjælp af BAT isoleret fra wildtype eller GPS2-A knockout mus. Da GPS2 har vist sig at være nødvendig for ekspression af nukleare koderede mitokondrielle gener i forskellige cellelinjer, blev rekrutteringen af GPS2 testet på to specifikke nukleare koderede mitokondrielle gener. NDUFV1 og TOMM20 i BAT fra mus som eksempler på et væv, der er stærkt beriget med mitokondrier.GPS2 promotor belægning blev sammenlignet i GPS2-A knockout mus og vilde type brev hjælpere. Et forventet fald blev observeret i GPS2 binding på selektive målgener i BAT fra GPS2-A knockout mus. Ved hjælp af den protokol, der er beskrevet her, en øget binding af RNA polymerase to og undertrykkende histon mærke, H3K9ME3, blev registreret i BAT fra GPS2-A knockout mus i forhold til vilde type brev hjælpere.Disse resultater bekræfter rekrutteringen af GPS2 på udvalgte nukleare kodede mitokondrielle gener og viser, at GPS2 er nødvendig for at forhindre akkumulering af H3K9ME3 og dermed nødvendig for at bremse pole to transskriptionelle aktivitet på målpromotorer. Den protokol, der er beskrevet her, selv om det er specielt optimeret til det brune fedtvæv, repræsenterer et værdsat værktøj til at udføre ChIP fra andre murin og humant væv. Glem ikke, at arbejde med fænochlorform kan være yderst farligt.Derfor er det ekstremt vigtigt altid at operere under røghætten, mens du bruger dette reagens.

Research

JoVE Journal

Genetics

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

Analyse af c-KIT ligand-promotoren ved anvendelse af chromatinimmunpræcipitation

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

Chromatin-immunpræcipitation (ChIP) i mus-T-cellelinier

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Generation af indfødte kromatin Immunoprecipitation sekventering biblioteker for Nucleosome tæthed analyse

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Kromatin Immunoprecipitation (ChIP) protokol for lav-overflod embryonale prøver

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Kromatin Immunoprecipitation (ChIP) af Histon ændringer fra Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

Kromatin Immunoprecipitation assay ved hjælp af Mikrococcal-nukleaser i pattedyrsceller

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (ChIP-seq)

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing ChIP-seq

Opdagelse af CsgD-regulatoriske mål i salmonella biofilm ved hjælp af kromatin Immunopræcipitation og High-gennemløb Sequencing (ChIP-SEQ)

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a technique that can be used to discover the regulatory targets of transcription ...

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo

Kortlægning i høj opløsning af protein-DNA-interaktioner i mus stamcelle-afledte neuroner ved hjælp af Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

Identification of specific protein-DNA interactions on the genome is important for understanding gene regulation. Chromatin immunoprecipitation coupled ...

Isolation of Adipose Tissue Nuclei for Single-Cell Genomic Applications

Isolering af fedtvævskerner til enkeltcellegenroriske anvendelser

Brown and beige fat are specialized adipose tissues that dissipate energy for thermogenesis by UCP1 (Uncoupling Protein-1)-dependent and independent ...

Genome-wide Analysis of Histone Modifications Distribution using the Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Method in Magnaporthe oryzae

Genome-wide Analysis of Histone Modifications Distribution using the Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Method in Magnaporthe oryzae

Genom-dækkende Analyse af Histone Modifications Distribution ved hjælp af Chromatin Immunprecipitation Sekventering Metode i Magnaporthe oryzae

Chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) is a powerful and widely used molecular technique for mapping whole genome locations of transcription ...