Name: identification of coding and non-coding rna classes expressed in swine whole blood
Uploaded: 2018-11-28T14:30:00
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यह काम मुख्य रूप से usda निफा आफरी 2013-67015-21236 द्वारा समर्थित था, और भाग में usda निफा आफरी 2015-67015-23216 द्वारा । इस अध्ययन के भाग में कृषि अनुसंधान सेवा अनुसंधान भागीदारी ओक रिज संस्थान द्वारा प्रशासित विज्ञान और शिक्षा (ORISE) के लिए अमेरिका के ऊर्जा विभाग के बीच एक समझौता समझौते के माध्यम से प्रबंध कार्यक्रम के लिए एक नियुक्ति द्वारा समर्थित किया गया था ( डो) और अमेरिका के कृषि विभाग । ORISE द्वारा प्रबंधित किया जाता है ओक रिज संबद्ध विश्वविद्यालयों के तहत डो अनुबंध सं. DE-AC05-06OR2310 ।
हम HP-PRRSV संक्रामक क्लोन के लिए dr. Kay Faaberg शुक्रिया अदा करना चाहूंगा, डॉ Susan Brockmeier प्रयोग में शामिल पशुओं के साथ उसकी मदद के लिए, और मुकदमा Ohlendorf पांडुलिपि की तैयारी में सचिवीय सहायता के लिए ।

पशु प्रोटोकॉल राष्ट्रीय पशु रोग केंद्र (USDA-ARS-NADC) पशु देखभाल और उपयोग समिति द्वारा अनुमोदित किया गया ।
1. स्वाइन रक्त नमूनों का संग्रह
<ol><li>आरएनए ट्यूब में रक्त के नमूने ले लीजिए । इकट्ठा ~ २.५ मिली?...

<ol>
	<li>Finotello, F., Di Camillo, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+differential+gene+expression+with+RNA-seq:+challenges+and+strategies+for+data+analysis.">Measuring differential gene expression with RNA-seq: challenges and strategies for data analysis.</a> Briefings in Functional Genomics. 14 (2), 130-142 (2015).</li><li>Coble, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-seq+analysis+of+broiler+liver+transcriptome+reveals+novel+responses+to+high+ambient+temperature.">RNA-seq analysis of broiler liver transcriptome reveals novel responses to high ambient temperature.</a> BMC Genomics. 15, 1084 (2014).</li><li>Koltes, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+putative+quantitative+trait+nucleotide+in+guanylate+binding+protein+5+for+host+response+to+PRRS+virus+infection.">Identification of a putative quantitative trait nucleotide in guanylate binding protein 5 for host response to PRRS virus infection.</a> BMC Genomics. 16, 412 (2015).</li><li>Miller, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+signature+genes+in+PRRSV-infected+porcine+monocyte-derived+cells+to+different+stimuli.">Comparative analysis of signature genes in PRRSV-infected porcine monocyte-derived cells to different stimuli.</a> PLoS One. 12 (7), 0181256 (2017).</li><li>Head, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Library+construction+for+next-generation+sequencing:+overviews+and+challenges.">Library construction for next-generation sequencing: overviews and challenges.</a> Biotechniques. 56 (2), 61-64 (2014).</li><li>Wang, Z., Gerstein, M., Snyder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq:+a+revolutionary+tool+for+transcriptomics.">RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.</a> Nature reviews. Genetics. 10 (1), 57-63 (2009).</li><li>Dominic, O. N., Heike, G., Martin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomal+RNA+Depletion+for+Efficient+Use+of+RNA-Seq+Capacity.">Ribosomal RNA Depletion for Efficient Use of RNA-Seq Capacity.</a> Current Protocols in Molecular Biology. 103 (1), 11-14 (2013).</li><li>Fleming, D. S., Miller, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+small+non-coding+RNA+classes+expressed+in+swine+whole+blood+during+HP-PRRSV+infection.">Identification of small non-coding RNA classes expressed in swine whole blood during HP-PRRSV infection.</a> Virology. 517, 56-61 (2018).</li><li>Fleming, D. S., Miller, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+non-coding+RNA+expression+status+in+animals+faced+with+highly+pathogenic+porcine+reproductive+and+respiratory+syndrome+virus+(HP-PRRSV).">Small non-coding RNA expression status in animals faced with highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus (HP-PRRSV).</a> Proceedings of the World Congress on Genetics Applied to Livestock Production. (11), (2018).</li><li>Bivens Nathan, J., Zhou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq+Library+Construction+Methods+for+Transcriptome+Analysis.">RNA-Seq Library Construction Methods for Transcriptome Analysis.</a> Current Protocols in Plant Biology. 1 (1), 197-215 (2016).</li><li>Cui, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+between+ribo-minus+RNA-sequencing+and+polyA-selected+RNA-sequencing.">A comparison between ribo-minus RNA-sequencing and polyA-selected RNA-sequencing.</a> Genomics. 96 (5), 259-265 (2010).</li><li>Guo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNAseq+by+Total+RNA+Library+Identifies+Additional+RNAs+Compared+to+Poly(A)+RNA+Library.">RNAseq by Total RNA Library Identifies Additional RNAs Compared to Poly(A) RNA Library.</a> BioMed Research International. 2015, 9 (2015).</li><li>Choi, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increasing+gene+discovery+and+coverage+using+RNA-seq+of+globin+RNA+reduced+porcine+blood+samples.">Increasing gene discovery and coverage using RNA-seq of globin RNA reduced porcine blood samples.</a> BMC Genomics. 15, 954 (2014).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TruSeq&#174;+Stranded+Total+RNA+Sample+Preparation+Guide.">TruSeq&#174; Stranded Total RNA Sample Preparation Guide.</a> Illumina. , (2018).</li><li>. New England Biolabs Inc. Protocol for use with NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Kit for Illumina (Index Primers 1-48) (E7560) Available from: <a target="_blank" href="https://www.neb.com/~/media/Catalog/All-Protocols/758F75A29CDE4D03954E1EF75E78EA3D/Content/manualE7560_Figure_1.jpg">https://www.neb.com/~/media/Catalog/All-Protocols/758F75A29CDE4D03954E1EF75E78EA3D/Content/manualE7560_Figure_1.jpg</a> (2018)</li><li>Shin, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variation+in+RNA-Seq+transcriptome+profiles+of+peripheral+whole+blood+from+healthy+individuals+with+and+without+globin+depletion.">Variation in RNA-Seq transcriptome profiles of peripheral whole blood from healthy individuals with and without globin depletion.</a> PLoS One. 9 (3), 91041 (2014).</li><li>Costa, V., Angelini, C., De Feis, I., Ciccodicola, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uncovering+the+complexity+of+transcriptomes+with+RNA-Seq.">Uncovering the complexity of transcriptomes with RNA-Seq.</a> Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2010, 853916 (2010).</li><li>Martens-Uzunova, E. S., Olvedy, M., Jenster, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+microRNA--novel+RNAs+derived+from+small+non-coding+RNA+and+their+implication+in+cancer.">Beyond microRNA--novel RNAs derived from small non-coding RNA and their implication in cancer.</a> Cancer Letters. 340 (2), 201-211 (2013).</li></ol>

प्रोटोकॉल में पहला महत्वपूर्ण कदम है कि यह बनाया अनुकूलित जोड़ा ग्लोबिन कमी कदम है, जो यह संभव गुणवत्ता प्राप्त करने के लिए पूरे रक्त के नमूनों से पढ़ता शामिल थे । sequencing अध्ययन में पूरे रक्त का उपयोग करन?...

अगली पीढ़ी के sequencing (NGS) जैविक जीवों के जीनोमिक स्तर पर होने वाले परिवर्तनों की जांच के लिए एक शक्तिशाली उपकरण के रूप में उभरा है । NGS तरीकों के लिए नमूना तैयारी जीव, ऊतक प्रकार, और अधिक महत्वपूर्ण बात यह शोधकर्ताओं को संबोधित करने के लिए उत्सुक हैं सवालों के आधार पर विविध किया जा सकता है । कई अध्ययनों से ऐसे स्वस्थ और बीमार व्यक्तियों के रूप में राज्यों के बीच जीन अभिव्यक्ति में मतभेदों का अध्ययन करने के एक साधन के रूप में NGS करने के लिए बदल गया है1,2,3,4। अनुक्रमण एक पूरे जीनोम के आधार पर जगह ले और एक शोधकर्ता सबसे अधिक कब्जा करने के लिए अनुमति देता है, नहीं तो सब, एक समय बिंदु पर एक विशेष आनुवंशिक मार्कर के लिए जीनोमिक जानकारी के ।
मनाया अभिव्यक्ति का सबसे आम मार्करों मैसेंजर RNAs (mRNAs) हैं । आरएनए-seq के लिए prepping पुस्तकालयों के लिए सबसे अधिक इस्तेमाल किया प्रक्रियाओं शुद्धिकरण, विखंडन, और ligations5,6की एक श्रृंखला के उपयोग के माध्यम से mRNA अणुओं की वसूली के लिए अनुकूलित कर रहे हैं । हालांकि, कैसे एक प्रोटोकॉल प्रदर्शन किया जा रहा है पर निर्णय नमूना प्रकार पर भारी निर्भर करता है और सवाल के बारे में पेश किया जा रहा नमूना कहा । अधिकांश मामलों में कुल आरएनए निकाला जाता है; फिर भी, नहीं सभी आरएनए अणुओं ब्याज की और ऐसे मामलों में mRNA अभिव्यक्ति अध्ययन पीढ़ी प्रचुर मात्रा में आरएनए प्रजातियों के रूप में, राइबोसोमल RNAs (rRNA) की तरह mRNAs के साथ जुड़े जासूसी टेप की संख्या में वृद्धि करने के लिए हटा दिया जाना चाहिए. प्रचुर मात्रा में rRNA अणुओं को हटाने के लिए सबसे लोकप्रिय और व्यापक रूप से इस्तेमाल विधि polyadenylated आरएनए की कमी है polyA घट7के रूप में निर्दिष्ट टेप । यह दृष्टिकोण mRNA अभिव्यक्ति के विश्लेषण के लिए अच्छी तरह से काम करता है क्योंकि यह mRNA टेप को प्रभावित नहीं करता है । हालांकि, पढ़ाई में जो नॉन कोडिंग या वायरल RNAs की दिलचस्पी है, polyA घट भी इन अणुओं को हटा देता है ।
कई अध्ययनों या तो mRNA अभिव्यक्ति (कोडिंग) या छोटे या बड़े गैर कोडिंग आरएनए के एक विशेष वर्ग की जांच करने के लिए आरएनए अनुक्रम पुस्तकालय तैयारी पर ध्यान केंद्रित करने के लिए चुनते हैं । हालांकि वहां हमारे जैसे अंय प्रक्रियाओं8 है कि दोहरी नमूना तैयारी के लिए अनुमति देते हैं, कई अध्ययनों से अलग अध्ययन के लिए अलग नमूनों से पुस्तकालयों तैयार जब उपलब्ध है । हमारे जैसे एक अध्ययन के लिए, यह आम तौर पर कई रक्त के नमूने समय, उपभोग्य, और पशुओं के तनाव में वृद्धि की आवश्यकता होगी । हमारे अध्ययन के लक्ष्य को जानवरों से पूरे रक्त का उपयोग करने के लिए पहचान करने के लिए और दोनों mRNA और गैर कोडिंग आरएनए के विभिन्न वर्गों स्वस्थ और अत्यधिक रोगजनक सुअर का प्रजनन और श्वसन सिंड्रोम वायरस (HP-PRRSV) के बीच व्यक्त करने में सक्षम होना था चुनौती9सूअरों,10 केवल एक ही पूरे रक्त का नमूना (प्रत्येक सुअर से २.५ मिलीलीटर) होने के बावजूद । आदेश में ऐसा करने के लिए, हम ठेठ निष्कर्षण और पुस्तकालय निर्माण प्रोटोकॉल का अनुकूलन करने के लिए उचित डेटा उत्पंन करने के लिए दोनों mRNA और गैर कोडिंग आरएनए (ncRNA) अभिव्यक्ति11 के विश्लेषण के लिए एक एकल नमूना से अनुमति देने की जरूरत है ।
यह एक प्रोटोकॉल है कि mRNA और गैर कोडिंग आरएनए विश्लेषण के लिए अनुमति दी के लिए एक की जरूरत है क्योंकि उपलब्ध मानक किट और आरएनए के लिए तरीके-निष्कर्षण और पुस्तकालय निर्माण mRNA के लिए मुख्य रूप से इरादा थे और एक पाली-एक कमी चरण12का उपयोग करें । इस कदम के नमूने से गैर कोडिंग आरएनए या वायरल टेप को ठीक करने के लिए यह असंभव बना दिया होता । इसलिए, एक अनुकूलित विधि की जरूरत थी कि नमूना polyA कमी के बिना कुल आरएनए निष्कर्षण के लिए अनुमति दी । इस पांडुलिपि में प्रस्तुत विधि एक नमूना प्रकार के रूप में पूरे रक्त के उपयोग के लिए अनुमति देने के लिए और दोनों mRNA और छोटे और बड़े आकार के ncRNAs के लिए अनुक्रमण पुस्तकालयों का निर्माण करने के लिए अनुकूलित किया गया है । विधि सभी detectable गैर के विश्लेषण के लिए अनुमति देने के लिए अनुकूलित किया गया है RNAs कोडिंग के रूप में के रूप में अच्छी तरह से बाद में जांच13के लिए वायरल RNAs बनाए रखने । सभी में, हमारे अनुकूलित पुस्तकालय तैयारी प्रोटोकॉल एक ही पूरे रक्त नमूना से कई आरएनए अणुओं की जांच के लिए अनुमति देता है ।
इस विधि के उपयोग के पीछे समग्र लक्ष्य एक प्रक्रिया है कि दोनों गैर कोडिंग आरएनए और पूरे रक्त का एक नमूना से mRNA के संग्रह के लिए अनुमति विकसित करने के लिए किया गया था । यह हमें mRNA, ncRNA, और हमारे अध्ययन में प्रत्येक जानवर के लिए वायरल आरएनए एक एकल नमूना9से स्रोत के लिए अनुमति देता है । यह, अंततः, अतिरिक्त पशु लागत के बिना अधिक वैज्ञानिक खोज के लिए अनुमति देता है और प्रत्येक व्यक्ति के नमूने की अभिव्यक्ति की एक और पूरी तस्वीर देता है । वर्णित विधि जीन अभिव्यक्ति के नियामकों की परीक्षा के लिए अनुमति देता है और साथ ही correlative दोनों mRNA और गैर कोडिंग आरएनए एक पूरे रक्त के नमूने का उपयोग कर अभिव्यक्ति की तुलना अध्ययन के पूरा होने की अनुमति के रूप में । हमारे अध्ययन इस प्रोटोकॉल का इस्तेमाल किया वायरल संक्रमित 9 सप्ताह पुराने पुरुष वाणिज्यिक सूअरों में जीन अभिव्यक्ति और संभव epigenetic नियामकों में परिवर्तन की जांच ।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:775px;" width="775">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">PAXgene Tubes</td>
			<td style="width:159px;">PreAnalytix</td>
			<td style="width:131px;">762165</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Molecular Biology Grade Water</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">mirVana miRNA Isolation Kit</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">AM1560</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Rneasy MinElute Clean Up Kit</td>
			<td style="width:159px;">QIAGEN</td>
			<td style="width:131px;">74204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">100% Ethanol</td>
			<td style="width:159px;">Decon Labs, Inc.</td>
			<td style="width:131px;">2716</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">0.2 mL thin-walled tubes</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">98010540</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">1.5 mL RNase/DNase - free tubes</td>
			<td style="width:159px;">Any supplier</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Veriti 96-well Thermocycler</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">4375786R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Globin Reduction Oligo (&#945; 1)</td>
			<td style="width:159px;">Any supplier</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td>Sequence GAT CTC CGA GGC TCC AGC TTA ACG GT</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Globin Reduction Oligo (&#945; 2)</td>
			<td style="width:159px;">Any supplier</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td>Sequence TCA ACG ATC AGG AGG TCA GGG TGC AA</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Globin Reduction Oligo (&#946; 1)</td>
			<td style="width:159px;">Any supplier</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td>Sequence AGG GGA ACT TAG TGG TAC TTG TGG GT</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Globin Reduction Oligo (&#946; 2)</td>
			<td style="width:159px;">Any supplier</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td>Sequence GGT TCA GAG GAA AAA GGG CTC CTC CT</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">10X Oligo Hybridization Buffer</td>
			<td style="width:159px;"></td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">-Tris-HCl, pH 7.6</td>
			<td style="width:159px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:131px;">BP1757-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">-KCl</td>
			<td style="width:159px;">Millipore Sigma</td>
			<td style="width:131px;">60142-100ML-F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">10X RNase H Buffer</td>
			<td style="width:159px;"></td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">&#160;-Tris-HCl, pH 7.6</td>
			<td style="width:159px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:131px;">BP1757-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">&#160;-DTT</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">Y00147</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:319px;">&#160;-MgCl2</td>
			<td style="width:159px;">Promega</td>
			<td style="width:131px;">A351B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">&#160;-Molecular Biology Grade Water</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">RNase H</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">AM2292</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">SUPERase-IN</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">AM2694</td>
			<td>Rnase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">EDTA</td>
			<td style="width:159px;">Millipore Sigma</td>
			<td style="width:131px;">E7889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Microcentrifuge</td>
			<td style="width:159px;">Any supplier</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">&#160;2100 Electrophoresis BioAnalyzer Instrument</td>
			<td style="width:159px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:131px;">G2938C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Agilent RNA 6000 Nano Kit</td>
			<td style="width:159px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:131px;">5067-1511</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">Agilent High Sensitivity DNA&#160; Kit</td>
			<td style="width:159px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:131px;">5067-4626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit with Ribo-Zero&#160;</td>
			<td style="width:159px;">Illumina</td>
			<td style="width:131px;">RS-122-2201</td>
			<td>mRNA kit; Human/Mouse/Rat Set A&#160; (48 samples, 12 indexes)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">TruSeq Stranded Total RNA Sample Preparation Guide</td>
			<td style="width:159px;">Illumina</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td>Available on-line</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">RNAClean XP Beads</td>
			<td style="width:159px;">BeckmanCoulter</td>
			<td style="width:131px;">A63987</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">AMPure XP Beads</td>
			<td style="width:159px;">BeckmanCoulter</td>
			<td style="width:131px;">A63880</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">MicroAmp Optical 8-tube Strip</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">N8010580</td>
			<td>0.2 ml thin-walled tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">MicroAmp Optical 8-tube Strip Cap</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">N801-0535</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">RNase/DNase - free reagent reservoirs</td>
			<td style="width:159px;">Any supplier</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">SuperScript II Reverse Transcriptase</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">18064-014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">MicroAmp Optical 96 well plates</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">N8010560</td>
			<td>These were used in place of .3mL plates as needed</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">MicroAmp Optical adhesive film</td>
			<td style="width:159px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:131px;">4311971</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:319px;">NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina&#174; (Set 1)&#160;</td>
			<td style="width:159px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:131px;">E73005</td>
			<td>small RNA kit</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:319px;">NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina&#174; (Set 2)&#160;</td>
			<td style="width:159px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:131px;">E75805</td>
			<td>small RNA kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">QIAQuick PCR Purification Kit</td>
			<td style="width:159px;">QIAGEN</td>
			<td style="width:131px;">28104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:319px;">96S Super Magnet Plate</td>
			<td style="width:159px;">ALPAQUA</td>
			<td style="width:131px;">A001322</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of coding and non-coding rna classes expressed in swine whole blood

अभिनव और तेजी से शक्तिशाली अगली पीढ़ी sequencing तकनीक के आगमन के लिए अंतर्निहित जीन ब्याज की जैविक प्रक्रियाओं से संबंधित अभिव्यक्ति की जांच करने की क्षमता में नए रास्ते खोल दिया है । इन नवाचारों न केवल शोधकर्ताओं mRNA अनुक्रम से अभिव्यक्ति का निरीक्षण करने की अनुमति है कि जीन के लिए कोड है कि प्रभाव सेलुलर समारोह, लेकिन यह भी गैर कोडिंग आरएनए (ncRNA) अणु है कि untranslated रहते हैं, लेकिन अभी भी विनियामक कार्य किया है । हालांकि शोधकर्ताओं ने दोनों mRNA और ncRNA अभिव्यक्ति का निरीक्षण करने की क्षमता है, यह एक अध्ययन के लिए एक या दूसरे पर ध्यान केंद्रित करने के लिए किया गया है । हालांकि, जब अध्ययन दोनों mRNA और ncRNA अभिव्यक्ति में रुचि रखते हैं, कई बार वे अलग नमूनों का उपयोग करने के लिए या तो कोडिंग या गैर कोडिंग पुस्तकालय की तैयारी में अंतर के कारण RNAs । यह समय, उपभोग्य सामग्रियों, और जानवरों के तनाव को बढ़ा सकते हैं जो अधिक नमूनों के लिए की जरूरत के लिए नेतृत्व कर सकते हैं । इसके अतिरिक्त, यह शोधकर्ताओं के लिए केवल एक विश्लेषण के लिए नमूने तैयार करने का फैसला करने के लिए कारण हो सकता है, आमतौर पर mRNA, जैविक प्रश्नों की संख्या सीमित है कि जांच की जा सकती है । हालांकि, ncRNAs mRNA अभिव्यक्ति प्रभाव नियामक भूमिकाओं के साथ एकाधिक क्लासेस अवधि । क्योंकि ncRNA में संक्रमण के दौरान इन प्रक्रियाओं के मौलिक जीवविज्ञान प्रक्रियाओं और विकार के लिए महत्वपूर्ण हैं, वे कर सकते हैं, इसलिए, चिकित्सकीय के लिए आकर्षक लक्ष्य बनाते हैं । इस पांडुलिपि पीढ़ी mRNA और गैर कोडिंग आरएनए अभिव्यक्ति पुस्तकालयों के लिए एक संशोधित प्रोटोकॉल, वायरल आरएनए सहित पूरे खून का एक नमूना से प्रदर्शित करता है । इस प्रोटोकॉल का अनुकूलन, बेहतर आरएनए शुद्धता, methylated RNAs की वसूली के लिए वृद्धि हुई बंधाव, और अधिक आरएनए प्रजातियों पर कब्जा करने की अनुमति देने के लिए आकार चयन छोड़ दिया ।

हमारे अध्ययन में प्रतिनिधि नमूने ग्लोबिन और राइबो-समाप्त पूरे रक्त के नमूने हैं । प्रोटोकॉल के प्रतिनिधि परिणाम 7 से ऊपर एक आरएनए अखंडता संख्या (रिन) के साथ एक ग्लोबिन समाप्त पुस्तकालय नमू?...

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Identification of Coding and Non-coding RNA Classes Expressed in Swine Whole Blood

यहां, हम एक एकल पूरे रक्त नमूना से ग्लोबिन कम आरएनए-seq पुस्तकालयों के कोडिंग (mRNA) और गैर कोडिंग (ncRNA) के प्रसंस्करण के लिए अनुकूलित एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं ।

स्वाइन पूरे रक्त में व्यक्त कोडिंग और गैर कोडिंग आरएनए कक्षाओं की पहचान

The advent of innovative and increasingly powerful next generation sequencing techniques has opened new avenues into the ability to examine the underlying ...

यह विधि मेजबान अमीनो प्रतिक्रिया में शामिल कोडिंग, गैर-कोडिंग और वायरल आरएनए अभिव्यक्ति की जांच की अनुमति देकर मेजबान-रोगजनक इंटरैक्शन के अध्ययन में महत्वपूर्ण प्रश्नों का उत्तर देने में मदद कर सकती है और साथ ही साथ एक रोगजनक मेजबान के जैविक कार्यों को कैसे प्रभावित कर सकता है। इस तकनीक का मुख्य लाभ यह एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है जो एक पूरे रक्त नमूने से ग्लोबिन-कम आरएनएक्यू पुस्तकालयों से एमआरएनए और गैर-कोडिंग आरएनए के प्रसंस्करण के लिए अनुकूलित है। तकनीक का प्रदर्शन सारा एंडरसन, मेरी प्रयोगशाला से एक तकनीशियन होगा ।कमरे के तापमान पर 10 मिनट के लिए ५० 20 बार जी पर रक्त ट्यूबों अपकेंद्रित्र द्वारा शुरू करें । एक जैविक सुरक्षा कैबिनेट में काम करना, सुपरनैंट को हटाने के बाद, गोली में आठ मिलीलीटर RNase-मुक्त पानी जोड़ें। ट्यूबों को बंद करें और पेट को तब तक भंवर से घोलें, फिर गोली को ठीक करने के लिए कमरे के तापमान पर 10 मिनट के लिए 50 20 बार जी पर ट्यूबों को अपकेंद्रित्र करें।एक जैविक सुरक्षा कैबिनेट में काम करना, सुपरनैंट को त्यागें और गोली को बचाएं। कुल आरएनए को अलग करने के लिए, पैलेट के लिए लाइसिस बाइंडिंग बफर के 300 माइक्रोलीटर को पाइपिंग करके शुरू करें। भंवर के बाद, मिश्रण को प्रत्येक ट्यूब से एक नए लेबल 1.5 मिलीलीटर सेंट्रलाइज ट्यूब में स्थानांतरित करें।मिरना आइसोलेशन किट से समरूप योजक के 30 माइक्रोलीटर जोड़ें। भंवर ट्यूब और बर्फ पर 10 मिनट के लिए जगह है। एक धूम हुड में काम करते हुए, बर्फ से ट्यूबों को हटा दें और किट और भंवर से फिर से मिश्रण करने के लिए एसिड फिनोल क्लोरोफॉर्म रिएजेंट के 300 माइक्रोलीटर जोड़ें।कमरे के तापमान पर पांच मिनट के लिए 10, 000 बार जी पर अपकेंद्री के बाद, ध्यान से एक नई ट्यूब के लिए जलीय चरण को हटा दें । पिछले चरण से जलीय वसूली की मात्रा के आधार पर, मिश्रण करने के लिए प्रत्येक ट्यूब और पिपेट में जलीय फाज में 100% इथेनॉल की मात्रा 1.25 गुना जोड़ें। प्रत्येक नमूने के लिए एक फिल्टर कारतूस युक्त ताजा संग्रह ट्यूब तैयार करें।पिपेट फिल्टर कारतूस पर लिसेट-इथेनॉल मिश्रण के लगभग 675 माइक्रोलीटर। फिल्टर के माध्यम से तरल पारित करने के लिए 10, 000 बार जी पर संक्षेप में अपकेंद्रित्र। प्रवाह के माध्यम से त्यागें।lysate-इथेनॉल मिश्रण फिल्टर और अपकेंद्रित्र को जोड़ने दोहराएं जब तक कि यह पूरी तरह से इस्तेमाल किया गया है । किट से फिल्टर कारतूस में वॉश सॉल्यूशन वन के 700 माइक्रोलीटर जोड़ें। अपकेंद्रित्र संक्षेप में फिल्टर के माध्यम से समाधान खींचने के लिए।प्रवाह के माध्यम से त्यागें और एक ही फिल्टर कारतूस और संग्रह ट्यूब रखने के लिए। प्रत्येक फिल्टर कारतूस में वॉश सॉल्यूशन के 500 माइक्रोलीटर दो-तीन जोड़ें। फिर से अपकेंद्री के बाद, प्रवाह के माध्यम से त्यागें और धोने के कदम को दोहराएं।फिल्टर कारतूस से किसी भी अवशिष्ट तरल को हटाने के लिए, उन्हें एक अतिरिक्त 60 सेकंड स्पिन। ताजा संग्रह ट्यूबों के लिए कारतूस स्थानांतरित करें। प्रत्येक फिल्टर कारतूस के केंद्र में 95 डिग्री सेल्सियस के 100 माइक्रोलीटर प्रीहीटेड न्यूक्लियेज-फ्री पानी जोड़ें।अधिकतम गति से टेबलटॉप अपकेंद्रित्र पर लगभग 20 से 30 सेकंड के लिए कारतूस अपकेंद्रित्र। ग्लोबिन रिडक्शन ओलिगोस के साथ संकरण को प्रीफॉर्म करने के लिए, पहले प्रत्येक निकाले गए नमूने को 0.2 मिलीलीटर पतली दीवारों वाले नाभिक-मुक्त प्रतिक्रिया ट्यूब में जोड़कर आरएनए को विकृत करें। ट्यूबों को थर्मल साइकिलर में दो मिनट के लिए 70 डिग्री सेल्सियस पर रखें।उसके बाद, इष्टतम आरएनए गुणवत्ता प्राप्त करने के लिए तुरंत बर्फ पर ट्यूब रखें। जबकि ट्यूब ठंडा कर रहे हैं, एक दो मिलीलीटर ट्यूब में 10X ग्लोबिन कमी ओलिगो मिश्रण और 10X ओलिगो संकरण बफर के ४०० माइक्रोलीटर तैयार करते हैं । संकरण मिश्रण बनाने के लिए, आरएनए नमूने के छह माइक्रोग्राम, 10X ग्लोबिन रिडक्शन ओलिगो मिक्स के दो माइक्रोलीटर, 10X ओलिगो हाइब्रिडाइजेशन बफर का एक माइक्रोलीटर, और न्यूक्लियेज फ्री वॉटर को प्रत्येक ०.२ मिलीलीटर पतली दीवारों, नाभिक मुक्त प्रतिक्रिया ट्यूब में 10 माइक्रोलीटर की अंतिम मात्रा में जोड़ें ।ट्यूबों को थर्मल साइकिलर में दो मिनट के लिए 70 डिग्री सेल्सियस पर रखें। उसके बाद तुरंत ट्यूबों को बर्फ पर रखें। RNase एच पाचन प्रदर्शन करने के लिए, पहले एक एक्स RNase एच बफर के साथ एक एक्स RNase एच को पतला 10X RNase एच ।10X RNase बफर के दो माइक्रोलीटर, RNase अवरोधक के एक माइक्रोलीटर, और एक एक्स RNase H के दो माइक्रोलीटर, और नाभिक मुक्त पानी के पांच माइक्रोलीटर 10 माइक्रोलीटर की कुल मात्रा के संयोजन से RNase एच प्रतिक्रिया मिश्रण तैयार करें । ग्लोबिन कमी संकरण नमूनों के लिए RNase एच प्रतिक्रिया मिश्रण के 10 माइक्रोलीटर जोड़ें और अच्छी तरह से मिश्रण । इस प्रतिक्रिया को 10 मिनट के लिए 37 डिग्री सेल्सियस पर पचा लें और फिर चार डिग्री सेल्सियस तक ठंडा करें।ट्यूब में 0.5 मोलर ईडीटीए के एक माइक्रोलीटर जोड़कर पाचन बंद करें, और ट्यूब की पूरी सामग्री को एक ताजा 1.5 मिलीलीटर ट्यूब में स्थानांतरित करें। इसके तुरंत बाद, आरएनएसई-मुक्त पानी के 80 माइक्रोलीटर, लाइसिस बफर के 350 माइक्रोलीटर, फिर प्रत्येक ट्यूब में 100% इथेनॉल के 250 माइक्रोलीटर जोड़ें और पाइपिंग करके अच्छी तरह से मिलाएं। प्रवाह के माध्यम से इकट्ठा करने के लिए दो मिलीलीटर संग्रह ट्यूब में रखा एक अलग elution फिल्टर कारतूस के लिए प्रत्येक 700 माइक्रोलीटर नमूना स्थानांतरित करें।8, 000 बार जी या उससे अधिक पर 15 सेकंड के लिए अपकेंद्रित्र और फिर प्रवाह के माध्यम से त्यागें। नए दो मिलीलीटर संग्रह ट्यूबों में एक ही एल्यूशन फिल्टर कारतूस रखें। फिल्टर कारतूस झिल्ली धोने के लिए, फिल्टर कारतूस और अपकेंद्रित्र के लिए हल्के धोने बफर के 500 माइक्रोलीटर 8, 000 बार जी या अधिक पर 15 सेकंड के लिए जोड़ें।प्रवाह के माध्यम से त्यागें। फिर, एक ही संग्रह ट्यूब का उपयोग करके, फिल्टर कारतूस में 80% इथेनॉल के 500 माइक्रोलीटर जोड़ें। 8, 000 बार जी और अधिक से अधिक पर दो मिनट के लिए अपकेंद्रित्र।दोनों प्रवाह के माध्यम से और संग्रह ट्यूबों को त्यागें, और एल्यूशन स्पिन कॉलम को बचाएं। प्रत्येक एल्यूशन स्पिन कॉलम को एक नए दो मिलीलीटर संग्रह ट्यूब में रखें। स्पिन कॉलम झिल्ली को सुखाने और इथेनॉल कैरीओवर को रोकने के लिए फिल्टर कारतूस पर खुले ढक्कन के साथ पांच मिनट के लिए पूरी गति से सेंट्रलाइज करें।संग्रह ट्यूबों को त्यागने के बाद, प्रत्येक सूखे फिल्टर कारतूस को एक ताजा 1.5 मिलीलीटर संग्रह ट्यूब में रखें। फिल्टर कारतूस झिल्ली के केंद्र में सीधे RNase मुक्त पानी के 14 माइक्रोलीटर जोड़ें। आरएनए को elute करने के लिए, पूरी गति से ६० सेकंड के लिए ट्यूबों अपकेंद्रित्र और फिर आगे आरएनए मूल्यांकन और तैयारी के साथ जारी है ।ग्लोबिन-समाप्त नमूना अब विभाजित किया जा सकता है और छोटे, गैर कोडिंग आरएनए पुस्तकालयों के साथ ही ribo-समाप्त mRNA और लंबे, गैर कोडिंग आरएनए पुस्तकालयों को तैयार करने के लिए इस्तेमाल किया । इस प्रोटोकॉल का उपयोग करके ग्लोबिन-समाप्त और राइबो-समाप्त पूरे रक्त नमूनों के अभिव्यक्ति पुस्तकालयों को तैयार करने के बाद, इलेक्ट्रोफोरेसिस फाइल रन सारांश ने आरएनए अखंडता संख्या के साथ एक ग्लोबिन-समाप्त पुस्तकालय नमूना दिखाया जो 6.3 से 9.2 तक था। यह अन्य अध्ययनों की तुलना में एक सुधार साबित हुआ जो ग्लोबिन कमी विधियों का उपयोग करता था और केवल छह या उसके पास आरआईआईएन संख्या प्राप्त करने में सक्षम था।प्री-ग्लोबिन-रिडक्शन और पोस्ट-ग्लोबिन-एक पोर्सिन पूरे रक्त नमूने की कमी से पता चला है कि २६० से २८० नैनोमीटर एकाग्रता अनुपात दो या उससे ऊपर हैं । इस प्रोटोकॉल का उपयोग करके, पूलिंग और अनुक्रमण से पहले ग्लोबिन-और राइबो-समाप्त पूरे रक्त एमआरएनए पुस्तकालय नमूनों के चिप-आधारित इलेक्ट्रोफेरोग्राम प्राप्त किए गए थे। एमआरएनए पुस्तकालयों के लिए, प्रतिनिधि इलेक्ट्रोफेरोग्राम में लगभग 280 आधार जोड़े हैं।छोटे एनसीआरएनए प्रतिनिधि चिप-आधारित इलेक्ट्रोफेरोग्राम के लिए लगभग 100 से 400 बेस जोड़े तक चोटियों की एक श्रृंखला होती है। लगभग 143 आधार जोड़े पर चोटियां मियार्ना के अनुरूप हैं, और लगभग 153 बेस जोड़े पर चोटियां पिRNAs के अनुरूप हैं। इस प्रक्रिया का प्रयास करते समय, यह बर्फ ट्यूबों को तुरंत याद रखने के लिए महत्वपूर्ण है, जहां उल्लेख किया ।इस प्रक्रिया के बाद, अंतर अभिव्यक्ति, एपिजेनेटिक परिवर्तन, और जैविक रास्तों और प्रक्रियाओं पर उनके प्रभाव जैसे अतिरिक्त सवालों के जवाब देने के लिए अगली पीढ़ी अनुक्रमण जैसे अन्य तरीकों का प्रदर्शन किया जाना चाहिए। यह न भूलें कि फिनॉल-क्लोरोफॉर्म रिएजेंट के साथ काम करना बेहद खतरनाक है और धुएं के हुड में काम करने जैसी सावधानियां बरतनी चाहिए। इसके अलावा, पूरे रक्त या संक्रामक जीवों को संभालते समय, संक्रामक जीव की सक्रियता से पहले जैविक सुरक्षा कैबिनेट में काम किया जाना चाहिए।

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

की पहचान के लिए एक 1.5 घंटो प्रक्रिया Enterococcus प्रजाति सीधे रक्त संस्कृतियों से

Enterococci are a common cause of bacteremia with E. faecalis being the predominant species followed by E. faecium.  Because resistance to ampicillin and ...

Enumeration of Major Peripheral Blood Leukocyte Populations for Multicenter Clinical Trials Using a Whole Blood Phenotyping Assay

मेजर multicenter चिकित्सीय परीक्षण के लिए परिधीय रक्त ल्युकोसैट आबादी एक पूरे रक्त phenotyping परख का उपयोग कर की गणना

Cryopreservation of peripheral blood leukocytes is widely used to preserve cells for immune response evaluations in clinical trials and offers many ...

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

MALDI-TOF मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग रक्त संस्कृति शोरबा से ग्राम नकारात्मक जीवाणुओं की तेजी से पहचान

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

Preparation of a Blood Culture Pellet for Rapid Bacterial Identification and Antibiotic Susceptibility Testing

रैपिड बैक्टीरियल पहचान और एंटीबायोटिक संवेदनशीलता परीक्षण के लिए एक रक्त संस्कृति गोली की तैयारी

Bloodstream infections and sepsis are a major cause of morbidity and mortality. The successful outcome of patients suffering from bacteremia depends on a ...

A Novel In vitro Model for Studying the Interactions Between Human Whole Blood and Endothelium

A Novel In vitro Model for Studying the Interactions Between Human Whole Blood and Endothelium

एक उपन्यास<em&gt; इन विट्रो</em&gt; मानव पूरे रक्त और endothelium के बीच बातचीत का अध्ययन करने के लिए आदर्श

The majority of all known diseases are accompanied by disorders of the cardiovascular system. Studies into the complexity of the interacting pathways ...

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis (NAME) Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis NAME Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucleocapsid एनीलिंग की मध्यस्थता वैद्युतकणसंचलन (नाम) परख एचआईवी -1 nucleocapsid inhibitors का तेजी से पहचान की अनुमति देता है

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral ...

Flow Cytometric Analysis of Natural Killer Cell Lytic Activity in Human Whole Blood

मानव पूरे रक्त में प्राकृतिक हत्यारा सेल Lytic गतिविधि का प्रवाह cytometric विश्लेषण

NK cell cytotoxicity is a widely used measure to determine the effect of outside intervention on NK cell function. However, the accuracy and ...

Generation of Human Monocyte-derived Dendritic Cells from Whole Blood

पूरे रक्त से मानव monocyte व्युत्पन्न वृक्ष के समान कोशिकाओं की पीढ़ी

Dendritic cells (DCs) recognize foreign structures of different pathogens, such as viruses, bacteria, and fungi, via a variety of pattern recognition ...

Dextran Enhances the Lentiviral Transduction Efficiency of Murine and Human Primary NK Cells

Dextran Murine और मानव प्राथमिक NK कोशिकाओं की Lentiviral Transduction क्षमता को बढ़ाता है

The efficient transduction of specific genes into natural killer (NK) cells has been a major challenge. Successful transductions are critical to defining ...

Single-cell Analysis of Immunophenotype and Cytokine Production in Peripheral Whole Blood via Mass Cytometry

Immunophenotype और परिधीय पूरे रक्त में Cytokine उत्पादन का एकल सेल विश्लेषण के माध्यम से मास Cytometry

Cytokines play a pivotal role in the pathogenesis of autoimmune diseases. Hence, the measurement of cytokine levels has been the focus of multiple studies ...