Name: high throughput in vitro assessment of latency reversing agents on hiv transcription and splicing
Uploaded: 2019-01-22T14:10:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High Throughput In Vitro Assessment of Latency Reversing Agents on HIV Transcription and Splicing at JoVE.com

इस काम को ऑस्ट्रेलिया के NHMRC से प्रोजेक्ट ग्रांट APP1129320 और प्रोग्राम ग्रांट APP1052979 ने सपोर्ट किया था । हम आवश्यक निर्माण और इस काम के सफल समापन के लिए सलाह प्रदान करने के लिए डॉ एडम Wheatley, डॉ मरीना अलेक्जेंडर, डॉ जेनी एल एंडरसन और मिशेल Y. Lee धंयवाद । हम भी उनकी सलाह और इस अध्ययन में इस्तेमाल किया प्रवाह cytometer बनाए रखने में उदार सहायता के लिए DMI प्रवाह सुविधा कर्मचारियों का शुक्र है ।

नोट: क्लोनिंग, परिवर्तन और अनुक्रमण के लिए प्रक्रियाओं कहीं18,19पर चर्चा कर रहे हैं । प्रोटोकॉल यहां स्तनधारी अभिव्यक्ति वैक्टर (चित्रा 3) के अभिकर्मक से शुरू करते ...

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	<li>Siliciano, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+follow-up+studies+confirm+the+stability+of+the+latent+reservoir+for+HIV-1+in+resting+CD4++T+cells.">Long-term follow-up studies confirm the stability of the latent reservoir for HIV-1 in resting CD4+ T cells.</a> Nature Medicine. 9 (6), 727-728 (2003).</li><li>Khoury, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ch.+8.">Ch. 8.</a> HIV vaccine and cure - The Path Towards Finding an Effective Cure and Vaccine. 1075, (2018).</li><li>Van Lint, C., Bouchat, S., Marcello, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+transcription+and+latency:+an+update.">HIV-1 transcription and latency: an update.</a> Retrovirology. 10, 67 (2013).</li><li>Archin, N. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+Expression+Within+Resting+CD4++T+Cells+After+Multiple+Doses+of+Vorinostat.">HIV-1 Expression Within Resting CD4+ T Cells After Multiple Doses of Vorinostat.</a> Journal of Infectious Diseases. 210, 728-735 (2014).</li><li>Elliott, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activation+of+HIV+Transcription+with+Short-Course+Vorinostat+in+HIV-Infected+Patients+on+Suppressive+Antiretroviral+Therapy.">Activation of HIV Transcription with Short-Course Vorinostat in HIV-Infected Patients on Suppressive Antiretroviral Therapy.</a> PLoS Pathogens. 10, (2014).</li><li>Leth, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combined+effect+of+Vacc-4x,+recombinant+human+granulocyte+macrophage+colony-stimulating+factor+vaccination,+and+romidepsin+on+the+HIV-1+reservoir+(REDUC):+a+single-arm,+phase+1B/2A+trial.">Combined effect of Vacc-4x, recombinant human granulocyte macrophage colony-stimulating factor vaccination, and romidepsin on the HIV-1 reservoir (REDUC): a single-arm, phase 1B/2A trial.</a> The Lancet HIV. 3, e463-e472 (2016).</li><li>Rasmussen, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Panobinostat,+a+histone+deacetylase+inhibitor,+for+latent-virus+reactivation+in+HIV-infected+patients+on+suppressive+antiretroviral+therapy:+a+phase+1/2,+single+group,+clinical+trial.">Panobinostat, a histone deacetylase inhibitor, for latent-virus reactivation in HIV-infected patients on suppressive antiretroviral therapy: a phase 1/2, single group, clinical trial.</a> The Lancet HIV. 1, e13-e21 (2014).</li><li>S&#248;gaard, O. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Depsipeptide+Romidepsin+Reverses+HIV-1+Latency+In+Vivo.">The Depsipeptide Romidepsin Reverses HIV-1 Latency In Vivo.</a> PLoS Pathogens. 11, (2015).</li><li>Bartholomeeusen, K., Xiang, Y., Fujinaga, K., Peterlin, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bromodomain+and+extra-terminal+(BET)+bromodomain+inhibition+activate+transcription+via+transient+release+of+Positive+Transcription+Elongation+Factor+b+(P-TEFb)+from+7SK+small+nuclear+ribonucleoprotein.">Bromodomain and extra-terminal (BET) bromodomain inhibition activate transcription via transient release of Positive Transcription Elongation Factor b (P-TEFb) from 7SK small nuclear ribonucleoprotein.</a> Journal of Biological Chemistry. 287, 36609-36616 (2012).</li><li>Boehm, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BET+bromodomain-targeting+compounds+reactivate+HIV+from+latency+via+a+Tat-independent+mechanism.">BET bromodomain-targeting compounds reactivate HIV from latency via a Tat-independent mechanism.</a> Cell Cycle. 12, 452-462 (2013).</li><li>Contreras, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suberoylanilide+hydroxamic+acid+reactivates+HIV+from+latently+infected+cells.">Suberoylanilide hydroxamic acid reactivates HIV from latently infected cells.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (11), 6782-6789 (2009).</li><li>Rasmussen, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+HDAC+inhibitors+in+clinical+development:+effect+on+HIV+production+in+latently+infected+cells+and+T-cell+activation.">Comparison of HDAC inhibitors in clinical development: effect on HIV production in latently infected cells and T-cell activation.</a> Human Vaccines &amp; Immunotherapeutics. 9 (5), 993-1001 (2013).</li><li>Wei, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+deacetylase+inhibitor+romidepsin+induces+HIV+expression+in+CD4+T+cells+from+patients+on+suppressive+antiretroviral+therapy+at+concentrations+achieved+by+clinical+dosing.">Histone deacetylase inhibitor romidepsin induces HIV expression in CD4 T cells from patients on suppressive antiretroviral therapy at concentrations achieved by clinical dosing.</a> PLoS Pathogens. 10 (4), e1004071 (2014).</li><li>Blazkova, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+histone+deacetylase+inhibitors+on+HIV+production+in+latently+infected,+resting+CD4(+)+T+cells+from+infected+individuals+receiving+effective+antiretroviral+therapy.">Effect of histone deacetylase inhibitors on HIV production in latently infected, resting CD4(+) T cells from infected individuals receiving effective antiretroviral therapy.</a> Journal of Infectious Diseases. 206 (5), 765-769 (2012).</li><li>Bullen, C. K., Laird, G. M., Durand, C. M., Siliciano, J. D., Siliciano, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+ex+vivo+approaches+distinguish+effective+and+ineffective+single+agents+for+reversing+HIV-1+latency+in+vivo.">New ex vivo approaches distinguish effective and ineffective single agents for reversing HIV-1 latency in vivo.</a> Nature Medicine. 20 (4), 425-429 (2014).</li><li>Yukl, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV+latency+in+isolated+patient+CD4+T+cells+may+be+due+to+blocks+in+HIV+transcriptional+elongation,+completion,+and+splicing.">HIV latency in isolated patient CD4+T cells may be due to blocks in HIV transcriptional elongation, completion, and splicing.</a> Science Translational Medicine. 10, (2018).</li><li>Lassen, K. G., Ramyar, K. X., Bailey, J. 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S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+non-productive+HIV-1+infection+in+a+T-cell+line+is+driven+by+cellular+activation+state+and+NFkappaB.">Direct non-productive HIV-1 infection in a T-cell line is driven by cellular activation state and NFkappaB.</a> Retrovirology. 11, 17 (2014).</li><li>Calvanese, V., Chavez, L., Laurent, T., Ding, S., Verdin, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dual-color+HIV+reporters+trace+a+population+of+latently+infected+cells+and+enable+their+purification.">Dual-color HIV reporters trace a population of latently infected cells and enable their purification.</a> Virology. 446 (1-2), 283-292 (2013).</li><li>Chavez, L., Calvanese, V., Verdin, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV+Latency+Is+Established+Directly+and+Early+in+Both+Resting+and+Activated+Primary+CD4+T+Cells.">HIV Latency Is Established Directly and Early in Both Resting and Activated Primary CD4 T Cells.</a> PLoS Pathogens. 11 (6), e1004955 (2015).</li><li>Hunninghake, G. 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S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NF-kappa+B+activation+of+the+cytomegalovirus+enhancer+is+mediated+by+a+viral+transactivator+and+by+T+cell+stimulation.">NF-kappa B activation of the cytomegalovirus enhancer is mediated by a viral transactivator and by T cell stimulation.</a> EMBO Journal. 8 (13), 4251-4258 (1989).</li><li>Kula, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+the+HIV-1+RNA+associated+proteome+identifies+Matrin+3+as+a+nuclear+cofactor+of+Rev+function.">Characterization of the HIV-1 RNA associated proteome identifies Matrin 3 as a nuclear cofactor of Rev function.</a> Retrovirology. 8, 60 (2011).</li><li>Kula, A., Marcello, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+Post-Transcriptional+Regulation+of+HIV-1+Gene+Expression.">Dynamic Post-Transcriptional Regulation of HIV-1 Gene Expression.</a> Biology (Basel). 1 (2), 116-133 (2012).</li><li>Yedavalli, V. S., Jeang, K. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rev-ing+up+post-transcriptional+HIV-1+RNA+expression.">Rev-ing up post-transcriptional HIV-1 RNA expression.</a> RNA Biology. 8 (2), 195-199 (2011).</li><li>Zolotukhin, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PSF+acts+through+the+human+immunodeficiency+virus+type+1+mRNA+instability+elements+to+regulate+virus+expression.">PSF acts through the human immunodeficiency virus type 1 mRNA instability elements to regulate virus expression.</a> Molecular and Cellular Biology. 23 (18), 6618-6630 (2003).</li><li>Laird, G. M., Rosenbloom, D. I., Lai, J., Siliciano, R. F., Siliciano, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+Frequency+of+Latent+HIV-1+in+Resting+CD4(+)+T+Cells+Using+a+Limiting+Dilution+Coculture+Assay.">Measuring the Frequency of Latent HIV-1 in Resting CD4(+) T Cells Using a Limiting Dilution Coculture Assay.</a> Methods in Molecular Biology. 1354, 239-253 (2016).</li><li>Cary, D. C., Peterlin, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+the+latent+reservoir+to+achieve+functional+HIV+cure.">Targeting the latent reservoir to achieve functional HIV cure.</a> F1000Res. 5, (2016).</li><li>Han, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resting+CD4++T+cells+from+human+immunodeficiency+virus+type+1+(HIV-1)-infected+individuals+carry+integrated+HIV-1+genomes+within+actively+transcribed+host+genes.">Resting CD4+ T cells from human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)-infected individuals carry integrated HIV-1 genomes within actively transcribed host genes.</a> Journal of Virology. 78 (12), 6122-6133 (2004).</li><li>Laird, G. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ex+vivo+analysis+identifies+effective+HIV-1+latency+-+reversing+drug+combinations.">Ex vivo analysis identifies effective HIV-1 latency - reversing drug combinations.</a> Journal of Clinical Investigation. 125, 1901-1912 (2015).</li><li>Lenasi, T., Contreras, X., Peterlin, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+interference+antagonizes+proviral+gene+expression+to+promote+HIV+latency.">Transcriptional interference antagonizes proviral gene expression to promote HIV latency.</a> Cell Host Microbe. 4 (2), 123-133 (2008).</li></ol>

वायरस के सक्रियकरण को मापने में कठिनाई को देखते हुए पूर्व vivo, में इन विट्रो मॉडल की एक विस्तृत श्रृंखला समय पर विकसित किया गया था क्रम में अव्यक्त रूप से संक्रमित टी कोशिका लाइनों (जंमू-लाटों, ACH2, U1) सहित एच...

प्रभावी दीर्घकालिक एंटीरेट्रोवाइरल चिकित्सा के बावजूद, एचआईवी स्मृति CD4 + टी कोशिकाओं1में एक एकीकृत वायरस के रूप में एक अव्यक्त राज्य में बनी हुई है । एचआईवी के क्रोमेटिन संरचना-१ ५ ' लांग टर्मिनल दोहराने (बाएं) प्रमोटर और epigenetic संशोधन जैसे हिस्टोन मिथाइल और deacetylation द्वारा डीएनए methyltransferases (DNMT) और हिस्टोन deacetylases (HDAC) महत्वपूर्ण तंत्र के लिए अग्रणी है transcriptional दमन और इस प्रकार के बाद एकीकरण विलंबता2,3। विलंबता reversing एजेंटों (LRAs) की एक बड़ी विविधता के लिए अपने प्रभावकारिता के लिए जांच की गई है इन विट्रो में वायरस उत्पादन प्रेरित और अव्यक्त रूप से संक्रमित आराम CD4 + टी कोशिकाओं4,5,6,7 से vivo में ,8. LRAs परीक्षण के अलावा, HDACi (HDAC अवरोधकों) और बेट bromodomain अवरोधकों (बेटिओं) क्रोमेटिन और सकारात्मक प्रतिलेखन बढ़ाव फैक्टर बी (पी-TEFb) क्रमशः के रिलीज के लिए प्रेरित transcriptional के बाद राहत देने के लिए अग्रणी 5 ' लीटर और एचआईवी अभिव्यक्ति9,10,11,12,13के सक्रियकरण पर दमन । हालांकि, इन LRAs द्वारा प्राप्त पुनर्क्रियाशीलता की भयावहता केवल सेल में एक मामूली वृद्धि से जुड़े ब्याह एचआईवी mRNA (अमेरिकी आरएनए), वायरल प्रतिलेखन का संकेत के रूप में सीमित था, पूर्व vivo14,15मनाया गया था । महत्वपूर्ण रूप से, इन LRAs भी अव्यक्त रूप से संक्रमित कोशिकाओं की आवृत्ति में कमी पैदा करने में विफल रहा है ।
एचआईवी अभिव्यक्ति आगे अकुशल ब्याह16 के रूप में के रूप में अच्छी तरह से गुणा के परमाणु निर्यात में दोष से प्रतिबंधित किया जा सकता है ब्याह एचआईवी आरएनए (सुश्री आरएनए)17। इस प्रकार, LRAs की नई कक्षाओं की पहचान है कि अधिक शक्तिशाली है और वायरस के उत्पादन के बाद के विभिंन पहलुओं को प्रभावित कर सकते है एकीकरण की जरूरत है । इसके अलावा, उपंयास परख का विकास है कि इष्टतम यौगिकों कुशलतापूर्वक रिवर्स विलंबता को परिभाषित करने में मदद की आवश्यकता है ।
यहां, एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया है, जो एचआईवी से अधिक पर हस्तक्षेप के प्रभाव के कार्यात्मक आकलन के लिए एक उच्च प्रवाह दृष्टिकोण का उपयोग करता है, प्रतिलेखन और ब्याह चालित । संक्षेप में, एक नया बाएं से दाएं चालित दोहरी रंग रिपोर्टर प्रणाली pLTR. gp140/EGFP । RevΔ38/DsRed (चित्रा 1) प्रवाह cytometry द्वारा एचआईवी पुनर्क्रियाशीलता का आकलन करने के लिए प्रयोग किया जाता है । इस फ्लोरोसेंट रिपोर्टर में, ब्याह एचआईवी mRNA की अभिव्यक्ति (4 केबी) बढ़ाया ग्रीन फ्लोरोसेंट प्रोटीन (EGFP) अभिव्यक्ति की ओर जाता है, जबकि ब्याह mRNA की अभिव्यक्ति (2 केबी) Discosoma सपा का नेतृत्व करेंगे । लाल (DsRed) फ्लोरोसेंट प्रोटीन अभिव्यक्ति । संक्षेप में, हम एक फ्लोरोसेंट Env-EGFP फ्यूजन प्रोटीन, gp140unc का इस्तेमाल किया । EGFP, जहां EGFP के कोडन अनुक्रम फ्रेम में एक संयुक्त राष्ट्र के साथ रखा गया था और लिफाफा के छोटे फार्म का (Env) । परिवर्तन gp120 और gp41-EGFP में Env के पृथक्करण को रोकने के लिए दरार साइट ablate पेश किया गया, और gp160 प्रोटीन से पहले transmembrane एक घुलनशील Env अनुरूप है, जो सही तह की सुविधा बनाने डोमेन से कटने और EGFP की अभिव्यक्ति. एक सेल के भीतर अभिव्यक्ति पर, rev नाभिक को स्थानीयकरण जहां यह cytoplasmic Rev उत्तरदायी तत्व (RRE) के साथ बातचीत के माध्यम से 4 केबी env mRNA के परमाणु-निर्यात मध्यस्थता । Env के जनचेतना RRE, जो gp120 और gp41, और A7 3 ' ब्याह साइट के बीच निहित है समझौता नहीं करता है । इस प्रणाली में, एचआईवी पर ब्याह-1 ब्याह दाता 4 (SD4) और ब्याह स्वीकार 7 (SA7) के उत्पादन में एक 2 केबी mRNA एक गैर कार्यात्मक Rev प्रोटीन एमिनो एसिड ३८ में काट दिया एंकोडिंग DsRed फ्लोरोसेंट प्रोटीन से जुड़े, revδ ३८-DsRed । संक्षेप में, DsRed अमीनो एसिड ३८ में Rev के 2एन डी एक्सॉन में डाला गया था ओवरलैप एक्सटेंशन18। को ब्याह mRNA के परमाणु निर्यात की सुविधा, एक स्तनधारी अभिव्यक्ति वेक्टर एंकोडिंग rev (pCMV-revnl 4.3) फ्लोरोसेंट रिपोर्टर का निर्माण (चित्रा 2) के साथ सह transfected था । इस अनूठी रिपोर्टर का निर्माण यहां एचआईवी प्रतिलेखन और ब्याह के उच्च प्रवाह मूल्यांकन में उपयोगी है, वायरल वैक्टर उपयोग की आवश्यकता के बिना ।

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Cell culture</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEK293T cells (Human Embryonic Kidney cells)</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>CRL-3216</td>
			<td>Replicates vectors carrying the SV40 region of replication.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s Modified Eagle&#39;s Medium (DMEM 1x + GlutaMAX-I)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>10569-010</td>
			<td>+ 4.5 g/L D-Glucose + 110 mg/L Sodium Pyruvate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal Bovine serum</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>10099-141</td>
			<td>Origin Australia</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-Streptomycin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P4458</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s phosphate buffered saline (DPBS), no calcium, no magnesium</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>14190-136</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypan blue Stain, 0.4%</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>15250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin-EDTA (0.05%), phenol red</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>25300054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipofectamine 2000</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11668-019</td>
			<td>Lipid transfection reagent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Opti-MEM I (1x) reduced serum medium</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>31985-070</td>
			<td>Serum free medium</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NucleoBond Xtra Maxi</td>
			<td>Marcherey-Nagel</td>
			<td>740414.50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pEGFP-N1 plasmid</td>
			<td>Clontech (TaKaRa)</td>
			<td>6085-1</td>
			<td>Expression of EGFP in mammalian cells, CMVIE promoter.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pDsRed-Express-N1</td>
			<td>Clontech (TaKaRa)</td>
			<td>632429</td>
			<td>Expression of DsRed-Express in mammalian cells, CMVIE promoter.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pLTR.gp140/EGFP.RevD38/DsRed</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>115775</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pCMV-RevNL4.3</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>115776</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pCMV-Tat101AD8-Flag</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>115777</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dimethyl sulfoxide (DMSO)</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>67-68-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JQ1(+)</td>
			<td>Cayman Chemical</td>
			<td>11187</td>
			<td>Stock at 10 mM in DMSO; working concentration 1 &#956;M</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>JQ1(-)</td>
			<td>Cayman Chemical</td>
			<td>11232</td>
			<td>Stock at 10 mM in DMSO; working concentration 1 &#956;M</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phorbol Myristate Acetate (PMA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>16561-29-8</td>
			<td>Stock at 100 &#956;g/mL in DMSO; working concentration 10 nM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phytohaemagglutinin (PHA)</td>
			<td>Remel</td>
			<td>HA15/R30852701</td>
			<td>Stock at 1 &#956;g/&#956;L in PBS; working concentration 10 &#956;g/mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vorinostat (VOR)</td>
			<td>Cayman Chemical</td>
			<td>10009929</td>
			<td>Stock at 10 mM in DMSO; working concentration 0.5 &#956;M</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Panobinostat (PAN)</td>
			<td>TRC</td>
			<td>P180500</td>
			<td>Stock at 10 mM in DMSO; working concentration 30 nM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CellTiter 96 AQueous One Solution Cell Proliferation Assay</td>
			<td>Promega</td>
			<td>63581</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Venor GeM Classic</td>
			<td>Minerva Biolabs</td>
			<td>11-1100</td>
			<td>Mycoplasma Detection Kit, PCR-based</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flow cytometry reagents</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LSR Fortessa</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td></td>
			<td>Flow cytometer (4 lasers-blue, red, violet and yellow)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LSR II</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td></td>
			<td>Flow cytometer (3 lasers-blue, red and violet)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LIVE/DEAD Fixable Near-IR Dead Cell Stain Kit</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>L34976</td>
			<td>Viability dye: for 633 or 635 nm excitation, 400 assays. Component A and B are both provided in the kit.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A2153</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA 0.5M pH8</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>15575-038</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde Solution 37/10 (37%)</td>
			<td>Chem-Supply</td>
			<td>FA010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BD FACS Diva CS&#38;T Research Beads</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>655050</td>
			<td>Calibration beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sphero Rainbow Calibration Particles (8 peaks)</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>559123</td>
			<td>3.0 - 3.4 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sheath solution</td>
			<td>Chem-Supply</td>
			<td>SA046</td>
			<td>90 g NaCl in 10 L water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HAZ-Tabs</td>
			<td>Guest Medical</td>
			<td>H8801</td>
			<td>Chlorine release tablets for disinfection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Decon 90</td>
			<td>Decon Laboratories Limited</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Concentrated cleaning agents of flow cytometer. Working solution Decon 90 5%.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Hypochlorite (12-13% Solution)</td>
			<td>Labco</td>
			<td>SODHYPO-5L</td>
			<td>Concentrated cleaning agents of flow cytometer. Working solution bleach 1%.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>7x</td>
			<td>MPBio</td>
			<td>IM76670</td>
			<td>Concentrated cleaning agents of flow cytometer. Working solution 7x 1%.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Materials</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue culture flasks (75 cm2, canted neck, cap vented)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430641U</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue culture plates (96 well flat bottom with lid)</td>
			<td>Costar</td>
			<td>3599</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue culture plates (96 well V-bottom without lid)</td>
			<td>Costar</td>
			<td>3896</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge tubes (10 mL)</td>
			<td>SARSTEDT</td>
			<td>62.9924.284</td>
			<td>100x16 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge tubes (50 mL)</td>
			<td>CellStar</td>
			<td>227261</td>
			<td>30x115 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tubes (1.5 mL)</td>
			<td>Corning Axygen</td>
			<td>MCT-150-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serological Pipette (25 mL), sterile</td>
			<td>Corning</td>
			<td>CLS4489-200EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serological Pipette (10 mL), sterile</td>
			<td>Corning</td>
			<td>CLS4488-200EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serological Pipette (5 mL), sterile</td>
			<td>Corning</td>
			<td>CLS4487-200EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagent reservoirs (50 mL), sterile</td>
			<td>Corning</td>
			<td>CLS4470-200EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL Round-Bottom polystyrene test tube, with cell-strainer cap</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352235</td>
			<td>12 x 75 mm style, 70 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nylon Mesh</td>
			<td>SEFAR</td>
			<td>03-100/32</td>
			<td>100 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Titertube Micro test tubes, bulk</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>2239391</td>
			<td>microfacs tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL Round-Bottom polystyrene test tube, without cap</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352008</td>
			<td>12x75 mm style</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Snap Caps for 12x75 mm Test Tubes</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352032</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Counting chamber, Neubauer improved double net ruling, bright-line (Haemocytometer, LO-Laboroptik)</td>
			<td>ProSciTech</td>
			<td>SVZ4NIOU</td>
			<td>3x3 large squares of 1 mm2; Depth 0.100 mm; volume 0.1 mL; area minimum 0.0025 mm2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coverslips (Menzel-Gl&#228;ser)</td>
			<td>Grale Scientific</td>
			<td>HCS2026</td>
			<td>20 x 26 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope</td>
			<td>Nikon TMS</td>
			<td>310528</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge 5810R refrigerated</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5811000487</td>
			<td>with rotor A-4-81 including adapters for 15/50 mL conical tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FLUOstar Omega microplate reader</td>
			<td>BMG Labtech</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Plate reader for cell proliferation assay. Filter 490 nm.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Softwares</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FACS Diva</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td></td>
			<td>Flow cytometer data acquisition and analysis program, version 8.0.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FlowJo</td>
			<td>FlowJo</td>
			<td>FlowJo 10.4.2</td>
			<td>Flow cytometer data analysis program, FlowJo Engine v3.05481</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Omega</td>
			<td>BMG Labtech</td>
			<td></td>
			<td>FLUOstar multi-user reader control, version 5.11</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Omega - Data Analysis</td>
			<td>BMG Labtech</td>
			<td>MARS</td>
			<td>FLUOstar data analysis, version 3.20R2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microsoft Excel</td>
			<td>Microsoft</td>
			<td>Excel:mac 2011</td>
			<td>version 14.0.0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prism</td>
			<td>GraphPad</td>
			<td>Prism 7</td>
			<td>version 7.0c</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high throughput in vitro assessment of latency reversing agents on hiv transcription and splicing

एचआईवी कोशिकाओं है कि वायरस, जो प्रतिरक्षा प्रणाली के लिए अदृश्य रहता है और वर्तमान एंटीरेट्रोवाइरल थेरेपी (गाड़ी) द्वारा लक्षित नहीं है की स्थिर और अव्यक्त रूप बंदरगाह के एक जलाशय के अस्तित्व के कारण लाइलाज बनी हुई है । प्रतिलेखन और ब्याह CD4 + टी कोशिकाओं आराम में एचआईवी-1 विलंबता को सुदृढ़ करने के लिए दिखाया गया है । विलंबता उलटा एजेंटों (LRAs) "सदमे में और मार" दृष्टिकोण के उपयोग से विलंबता का उलटा इस जलाशय को शुद्ध करने की कोशिश में बड़े पैमाने पर अध्ययन किया गया है, लेकिन इस प्रकार अब तक नैदानिक परीक्षणों में कोई सफलता पर्याप्त छोटे के विकास की कमी के कारण नहीं दिखाया गया है अणु है कि कुशलता से इस जलाशय perturb कर सकते हैं । प्रोटोकॉल यहां प्रस्तुत की मज़बूती से और कुशलता से एचआईवी प्रतिलेखन और ब्याह पर विलंबता उलटा एजेंटों (LRAs) का आकलन करने के लिए एक विधि प्रदान करता है । यह दृष्टिकोण एक लीटर के उपयोग पर आधारित है दोहरी रंग रिपोर्टर है कि एक साथ प्रतिलेखन पर एक LRA के प्रभाव को मापने के लिए और प्रवाह cytometry से ब्याह कर सकते है संचालित है । यहां वर्णित प्रोटोकॉल अनुयाई कोशिकाओं के लिए पर्याप्त है और साथ ही निलंबन में कोशिकाओं । यह एक उच्च प्रवाह प्रणाली में दवाओं की एक बड़ी संख्या के परीक्षण के लिए उपयोगी है । विधि को लागू करने और लागत प्रभावी तकनीकी रूप से सरल है । इसके अलावा, प्रवाह cytometry का उपयोग सेल व्यवहार्यता के आकलन और इस प्रकार एक ही समय में दवा विषाक्तता की अनुमति देता है ।

प्रतिनिधि परिणाम एचआईवी की अभिव्यक्ति के लिए चित्रा 5 में दिखाया गया है-1 ब्याह (EGFP) और ब्याह (DsRed) bromodomain अवरोधक JQ1 के साथ उपचार के बाद उत्पादों । दोनों JQ1 (+) और जैसे काफी EGFP व्यक्त कोशिकाओं...

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High Throughput In Vitro Assessment of Latency Reversing Agents on HIV Transcription and Splicing

इन विट्रो में उच्च प्रवाह एचआईवी प्रतिलेखन और ब्याह पर विलंबता reversing एजेंटों के मूल्यांकन

एचआईवी कुशल पुनर्सक्रियन और अव्यक्त वायरस की निकासी के कार्यात्मक आकलन के लिए एक उच्च प्रवाह प्रोटोकॉल वर्णित है और एचआईवी प्रतिलेखन और ब्याह पर हस्तक्षेप के प्रभाव का परीक्षण करके लागू किया जाता है । बाएं से दाएं पर विलंबता एजेंट के प्रभाव के प्रतिनिधि परिणाम-संचालित प्रतिलेखन और ब्याह प्रदान की जाती हैं ।

HIV remains incurable due to the existence of a reservoir of cells that harbors stable and latent form of the virus, which stays invisible to the immune ...

इस प्रक्रिया का समग्र लक्ष्य इन विट्रो का आकलन करना है, एचआईवी एमआरएनए प्रसंस्करण पर विलंबता उलट एजेंटों का प्रभाव। प्रोटोकॉल का आकलन करने के लिए एक सरल कुशल और विश्वसनीय विधि प्रदान करते हैं, साथ ही एचआईवी प्रतिलेखन और स्प्लिसिंग पर एलआरए का प्रभाव। इस तकनीक ने वायरस पुनः सक्रियता और अव्यक्त जलाशय की निकासी को प्रेरित करने के लिए एलआरए की क्षमता पर एक अंतर्दृष्टि प्रदान की।कोशिकाओं की खेती के बाद, डीएमईएम माध्यम के 100 माइक्रोलीटर में उनमें से 20, 000 रखें, 10% एफबीएस के साथ पूरक, और 24 घंटे के लिए 96-अच्छी तरह से फ्लैट बॉटम प्लेट के कुओं में एंटीबायोटिक दवाओं के बिना। अगले दिन ड्यूल कलर रिपोर्टर का निर्माण पतला। सीरम मुक्त माध्यम के 50 माइक्रोलीटर में Tat और रेव डीएनए, और धीरे मिलाएं।धीरे-धीरे लिपिड रिएजेंट मिलाएं, और फिर सीरम मुक्त माध्यम के 50 माइक्रोलीटर में प्रति प्रतिक्रिया 0.65 माइक्रोलीटर को पतला करें। धीरे-धीरे मिलाएं, और पांच मिनट के लिए कमरे के तापमान पर इनक्यूबेट करें। पतला लिपिड रिएजेंट को पतला डीएनए के साथ मिलाएं और धीरे-धीरे मिलाएं।20 मिनट के लिए कमरे के तापमान पर इनक्यूबेट। फिर, प्रत्येक कुएं में कोशिकाओं के शीर्ष पर, इस लिपिड रिएजेंट डीएनए कॉम्प्लेक्स ड्रॉप वार के 100 माइक्रोलीटर वितरित करें। मिश्रण करने के लिए प्लेट को धीरे-धीरे आगे-पीछे रॉक करें।और एक आर्द्र इनक्यूबेटर में थाली इनक्यूबेट, पांच घंटे के लिए 5% कार्बन डाइऑक्साइड के साथ ३७ डिग्री सेल्सियस पर । इसके बाद, मुआवजे के उद्देश्यों के लिए सीएमवी संचालित ईजीएफपी और डीएसरेड एक्सप्रेस डीएनए प्लाज्मिड के 100 नैनोग्राम के साथ अतिरिक्त कुओं को स्थानांतरित करें। शुरू करने के लिए, प्रत्येक विलंबता उलट एजेंट को विकास माध्यम के साथ उचित कामकाजी स्थिति में पतला करें।एक मल्टी-चैनल पाइप हेड का उपयोग करके, ट्रांसफेक्शन माध्यम को सावधानीपूर्वक एस्पिरेट करें, और इसे उचित विलंबता रिवर्सिंग एजेंट युक्त माध्यम के 100 माइक्रोलीटर के साथ बदलें। 48 घंटे के लिए 5% कार्बन डाइऑक्साइड के साथ 37% सेल्सियस पर एक आर्द्रीकृत इनक्यूबेटर में इनक्यूबेट। कोशिकाओं को धुंधला करना शुरू करने के लिए, प्रत्येक अच्छी तरह से पीबीएस के 100 माइक्रोलीटर जोड़ने के लिए एक मल्टी-चैनल पाइप हेड का उपयोग करें।धीरे पाइप सिर ऊपर और नीचे लगभग पांच बार । जबकि मीडिया में कोशिकाओं को अलग करने के लिए झाग से बचने के लिए सुनिश्चित कर रही है । इसके बाद, कोशिकाओं को 96-अच्छी तरह से वी-बॉटम प्लेट के कुओं में स्थानांतरित करें।सेंट्रलाइज 500 गुना गुरुत्वाकर्षण पर और पांच मिनट के लिए चार डिग्री सेल्सियस पर। कोशिकाओं को छूने के बिना माध्यम और पीबीएस को एस्पिरेट करें। कोशिकाओं को कम से कम एक बार प्रोटीन और सीरम मुक्त पीबीएस के 200 माइक्रोलीटर से धोएं।सेंट्रलाइज 500 गुना गुरुत्वाकर्षण पर और पांच मिनट के लिए चार डिग्री सेल्सियस पर। प्लेट को सुपरनेट को त्यागने के लिए झुकाएं और कोशिकाओं को छुए बिना वॉश बफर को हटा दें। इसके बाद एक कामकाजी समाधान तैयार करने के लिए 1 से 1000 के अनुपात में प्रोटीन और सीरम मुक्त पीबीएस में निश्चित व्यवहार्यता डाई को पतला करें।प्रत्येक अच्छी तरह से पतला डाई के 50 माइक्रोलीटर जोड़ें, और मिश्रण करने के लिए ऊपर और नीचे पाइप सिर। चार डिग्री सेल्सियस पर इनक्यूबेट । जबकि 10 से 15 मिनट के लिए पन्नी का उपयोग कर प्रकाश से संरक्षित।फिर कोशिकाओं को एक या दो बार वॉश बफर के 150 माइक्रोलीटर से धोएं। इसके बाद, 500 गुना गुरुत्वाकर्षण पर सेंट्रलाइज, और पांच मिनट के लिए चार डिग्री सेल्सियस, और सुपरनैंट को त्याग दें। कोशिकाओं को ठीक करने के लिए, हौसले से तैयार 1% फॉर्मलडिहाइड के 100 माइक्रोलीटर जोड़ें और बफर धोएं।और 10 से 15 मिनट के लिए प्रकाश से सुरक्षित रहते हुए चार डिग्री सेल्सियस पर इनक्यूबेट । इसके बाद, कोशिकाओं को एक या दो बार वॉश बफर के 100 माइक्रोलीटर से धोएं। सेंट्रलाइज 500 गुना गुरुत्वाकर्षण पर और पांच मिनट के लिए चार डिग्री सेल्सियस पर।सुपरनेट को त्यागें, और वॉश बफर के 70 माइक्रोलीटर में सेल पेलेट को फिर से खर्च करें। अंशांकन मोती चलाकर साइटोमीटर सेटिंग्स प्रदर्शन और संवेदनशीलता की जांच करने के बाद, आगे और साइड स्कैटर वोल्टेज को अन दागदार नमूने के साथ समायोजित करें, ताकि मुख्य आबादी स्क्रीन पर हो और स्पष्ट रूप से प्रत्यक्ष हो। एकल दाग वाले नमूनों का उपयोग करके मैनुअल या स्वचालित मुआवजा करें, डीएसरेड डिटेक्टर में ईजीएफपी सकारात्मक आबादी के न्यूनतम रिसाव को सुनिश्चित करें और इसके विपरीत।फ्लोरेसेंस माइनस एक नियंत्रण का उपयोग करना, भूखंडों का निर्माण और फाटक ों को सेट करें। इसके बाद, अन दाग नमूने के साथ आगे और साइड स्कैटर वोल्टेज को समायोजित करें, ताकि मुख्य आबादी स्क्रीन पर हो और स्पष्ट रूप से प्रत्यक्ष हो। प्रति नमूना न्यूनतम 10, 000 व्यवहार्य सेल घटनाओं का अधिग्रहण और रिकॉर्ड करें।इसके बाद, टेक्स्ट प्रोटोकॉल में उल्लिखित डेटा का विश्लेषण करने के लिए फ्लो साइटोमेट्री डेटा विश्लेषण सॉफ्टवेयर का उपयोग करें। ब्रोमोडॉमेन अवरोधक JQ1 के साथ उपचार के बाद एचआईवी-1, बिना पेट और कटा हुआ उत्पादों की अभिव्यक्ति के लिए प्रतिनिधि परिणाम बताते हैं कि JQ1 सकारात्मक और Tat दोनों, ईजीएफपी व्यक्त करने वाली कोशिकाओं के प्रतिशत में काफी वृद्धि करते हैं। जो बिना लाइसेंस के टेप का संकेत है।JQ1 सकारात्मक भी काफी DsRed व्यक्त कोशिकाओं के प्रतिशत में वृद्धि करने के लिए देखा जाता है । और टैट के समान स्तर पर कटा हुआ उत्पाद के अनुपात में वृद्धि करें। यह एचआईवी ट्रांसक्रिप्शन और स्प्लिसिंग को चालू करने के लिए JQ1 पॉजिटिव की क्षमता की पुष्टि करता है।हालांकि, एक स्टीरियोोइसोमर नियंत्रण JQ1 नकारात्मक के साथ उपचार, एचआईवी प्रतिलेखन और स्प्लिसिंग पर JQ1 सकारात्मक प्रभाव को समाप्त करता है। एक बार महारत हासिल होने के बाद, इस विधि को व्यक्तिगत रूप से या संयोजन में दवाओं का उपयोग करके किया जा सकता है। कुशलता से तालमेल करने की उनकी क्षमता के लिए परीक्षण।जिससे दवा और विषाक्तता की मात्रा कम हो जाएगी। प्रत्येक विकास के बाद, इस तकनीक ने पूर्व वीवो रोगी नमूनों में विलंबता के प्राथमिक मॉडलों में कुशल दवा संयोजनों के परीक्षण का मार्ग प्रशस्त किया।

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

V3 के एचआईवी -1 tropism के genotypic निष्कर्ष का प्रयोग जनसंख्या आधारित अनुक्रमण

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Determination of Molecular Structures of HIV Envelope Glycoproteins using Cryo-Electron Tomography and Automated Sub-tomogram Averaging

क्रायो - इलेक्ट्रॉन टोमोग्राफी और स्वचालित उप - tomogram औसत का उपयोग एचआईवी लिफाफा glycoproteins की आणविक संरचना के निर्धारण

Since its discovery nearly 30 years ago, more than 60 million people have been infected with the human immunodeficiency virus (HIV) (www.usaid.gov). The ...

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

एचआईवी-1 कोर की इन विट्रो Uncoating में

The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

Imaging of HIV-1 Envelope-induced Virological Synapse and Signaling on Synthetic Lipid Bilayers

के इमेजिंग एचआईवी -1 लिफाफा प्रेरित virological Synapse और सिंथेटिक लिपिड bilayers पर संकेतन

Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infection occurs most efficiently via cell to cell transmission2,10,11. This cell to cell transfer between ...

In Vitro Assay to Evaluate the Impact of Immunoregulatory Pathways on HIV-specific CD4 T Cell Effector Function

In Vitro Assay to Evaluate the Impact of Immunoregulatory Pathways on HIV-specific CD4 T Cell Effector Function

इन विट्रो परख में एचआईवी विशिष्ट सीडी 4 टी सेल effector समारोह पर immunoregulatory रास्ते के प्रभाव का मूल्यांकन करने के लिए

T cell exhaustion is a major factor in failed pathogen clearance during chronic viral infections. Immunoregulatory pathways, such as PD-1 and IL-10, are ...

Rapid Screening of HIV Reverse Transcriptase and Integrase Inhibitors

एचआईवी रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस और इंटिग्रेस inhibitors की तेजी से जांच

Although a number of anti HIV drugs have been approved, there are still problems with toxicity and drug resistance. This demonstrates a need to identify ...

High Throughput Fluorometric Technique for Assessment of Macrophage Phagocytosis and Actin Polymerization

बृहतभक्षककोशिका Phagocytosis और actin polymerization के आकलन के लिए उच्च Throughput Fluorometric तकनीक

The goal of fluorometric analysis is to serve as an efficient, cost effective, high throughput method of analyzing phagocytosis and other cellular ...

High Throughput Measurement of Extracellular DNA Release and Quantitative NET Formation in Human Neutrophils In Vitro

High Throughput Measurement of Extracellular DNA Release and Quantitative NET Formation in Human Neutrophils In Vitro

कोशिकी डीएनए रिलीज के उच्च throughput मापन और मानव न्यूट्रोफिल में मात्रात्मक नेट गठन<em&gt; इन विट्रो</em

Neutrophil granulocytes are the most abundant leukocytes in the human blood. Neutrophils are the first to arrive at the site of infection. Neutrophils ...

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

उच्च throughput जीन टैगिंग में<em&gt; Trypanosoma ब्रुसे</em

Improvements in mass spectrometry, sequencing and bioinformatics have generated large datasets of potentially interesting genes. Tagging these proteins ...

Measurement of In Vitro Integration Activity of HIV-1 Preintegration Complexes

Measurement of In Vitro Integration Activity of HIV-1 Preintegration Complexes

का नाप<em&gt; इन विट्रो</em&gt; एचआईवी -1 Preintegration परिसर की एकता गतिविधि

HIV-1 envelope proteins engage cognate receptors on the target cell surface, which leads to viral-cell membrane fusion followed by the release of the ...