Name: a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression
Uploaded: 2018-10-28T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression at JoVE.com

ولاية فيرمونت الزراعية محطة التجربة التنافسية هاتش البرنامج فاتو-HO1609 تمويل البحوث. لين فانغ استخدمت الأسلوب كجزء من بلدها أطروحة ماجستير في جامعة فيرمونت6.

1. إعداد مقدما
<ol><li>الثقافة الفطرية الرئيسية (اختبار الكائن الحي)<ol>
<li>طلب من "جمع نوع الثقافة الأمريكية"، "جمع علم الأحياء الدقيقة"9، تيليومورف كوكوميريس ثاناتيفوروس (فرانك) (ATCC 10154) أو 4031 ميا.</li>
		<li>وبدلاً من ذلك: جمع يعزل المحلية كما فعل صاحبا. شتلة فجل الأحمر (الزعفران ف?...

<ol>
	<li>Gonzalez Garcia, G., Onco, M. A. P., Susan, V. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Review.+Biology+and+systematics+of+the+form+genus+Rhizoctonia.">Review. Biology and systematics of the form genus Rhizoctonia.</a> Spanish Journal of Agricultural Research. 4 (1), 55-79 (2006).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Pane, C., Scala, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+soilborne+fungal+diseases+with+organic+amendments.">Suppression of soilborne fungal diseases with organic amendments.</a> Journal of Plant Pathology. 89, 311-324 (2007).</li><li>Noble, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Risks+and+benefits+of+soil+amendment+with+composts+in+relation+to+plant+pathogens.">Risks and benefits of soil amendment with composts in relation to plant pathogens.</a> Australasian Plant Pathology. 40, 157-167 (2011).</li><li>Wichuk, K. M., McCartney, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compost+stability+and+maturity+evaluation+-+a+literature+review.">Compost stability and maturity evaluation - a literature review.</a> Canadian Journal of Civil Engineering. 37, 1505-1523 (2010).</li><li>Alfano, G., Lustrato, G., Lima, G., Vitullo, D., Ranalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+composted+olive+mill+wastes+to+predict+potential+plant+disease+suppressiveness.">Characterization of composted olive mill wastes to predict potential plant disease suppressiveness.</a> Biological Control. 3, 199-207 (2011).</li><li>Fang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biological indicators of compost-mediated disease suppression against the soilborne plant pathogen Rhizoctonia solani. , (2015).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Capodilupo, M., Scala, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+the+characteristics+of+organic+soil+amendments+that+suppress+soilborne+plant+diseases.">Identifying the characteristics of organic soil amendments that suppress soilborne plant diseases.</a> Soil Biology and Biochemistry. 42, 136-144 (2010).</li><li>Neher, D. A., Fang, L., Weicht, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecoenzymes+as+indicators+of+compost+to+suppress+Rhizoctonia+solani.">Ecoenzymes as indicators of compost to suppress Rhizoctonia solani.</a> Compost Science and Utilization. 25 (4), 251-261 (2017).</li><li>. ATCC&#174; Mycology Culture Guide Available from: <a target="_blank" href="https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx">https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx</a> (2018)</li><li>Berns, A. E., Phillip, H., Narres, H. -. D., Burauel, P., Vereecken, H., Tappe, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+gamma-sterilization+and+autoclaving+on+soil+organic+matter+structure+as+studied+by+solid+state+NMR,+UV+and+fluorescence+spectroscopy.">Effect of gamma-sterilization and autoclaving on soil organic matter structure as studied by solid state NMR, UV and fluorescence spectroscopy.</a> European Journal of Soil Science. 59, (2008).</li></ol>

ونعلم من البحوث السابقة، أن بعض كومبوستس فعالة في قمع سولاني ر. وآثار القمعية بسبب الميكروبات الحية في السماد العضوي، لا الخصائص الأحيائية واللااحيائيه السماد6،8. وقد انتقد استخدام التعقيم كوسيلة 'قتل' الحجمية لأنه يؤثر على كيمياء الكربون وسائل الإعلا...

مرضى يمثل مجموعة معقدة واسعة من الفطريات، من دونك كوكوميريس ثاناتيفوروس (فرانك) الذي (anamorph = Kühn سولاني مرضى ) هو الممرض تسبب تعفن جذور والتثبيط قبالة1. سولاني مرضى هو ممرض عدوانية وسابروفيتي التي يمكن البقاء على قيد الحياة ك sclerotia تحت الظروف البيئية السلبية1. نتيجة لذلك فإنه توزيع عالمي ويمكن أن يسبب المرض على طائفة واسعة من مضيفي النباتات بما في ذلك الباذنجانية وقرنيات و Asteraceae والفصيلة الكرنبيه أسفر عن خسائر اقتصادية جسيمة.
السماد لديه القدرة على إيواء لذالك وكلاء لبعض مسببات الأمراض النباتية2. لكن ليس كل كومبوستس على حد سواء كما أنها تؤثر على جميع مسببات الأمراض وكذلك3. وقد الكربون الخشبية اللجنين أعلى نسب السليلوز من التبن أو القش من الكربون على أساس كومبوستس. سولاني ر. يفضل الكربون متاحة بسهولة في القش. وفي المقابل، فطريات المكافحة البيولوجية، مثل الترايكوديرما spp.، تكون أكثر فعالية عندما الكربون أقل متاحة بسهولة. الفطريات المفيدة والبكتيريا في السماد يمكن منع الأمراض النباتية من خلال المنافسة أو الخصومة أو تنظيم نمو النبات3. يكشف التحليل المقترح أساسا العداء التي تم إنشاؤها بواسطة إنتاج المضادات الحيوية، أو اكوينزيميس، أو تشيلاتورس التي تضر بمسببات المرض.
مصنع المقايسة معيار الذهبي لتحديد ما إذا كان كومبوستس صالح أو ردع نمو النبات4. بيد أن المقايسة النباتية مضيعة للوقت (أسابيع إلى أشهر) لإكمال التي قد تكون أطول من المطلوب، ويتطلب العمل أكثر لاستخراج النباتات ذات الجذور لقياس شدة نظم جذور. قوية نسبيا، ولكن أسرع فحوصات (الأيام) سيكون أمرا مثاليا لبرامج مراقبة الجودة. والهدف من هذه الورقة لإثبات اختبار نسبيا سريعة ودقيقة للتنبؤ بإمكانات القمعية من السماد العضوي. وكان نمط الأسلوب بعد الفانو et al. كانت تضعف 5 مع استثناءين، مقتطفات السماد واستخدمت أجار المياه بدلاً من البطاطا الدكستروز أجار (PDA). سولاني ر ينمو بسرعة في المياه بسيطة أجار وسائل الإعلام حين المساعد الشخصي الرقمي تشجع نمو البكتيريا والفطريات الأخرى الملوثة الثقافة6.
هذا التحليل لوحة يخدم كمؤشر لقمع التي تنطبق على مجموعة من مسببات الأمراض النباتية التي تعيش في التربة سابروفيتيس بما في ذلك سولاني ر7م الآفات المبكرة والذبول مغزلاويه، تعفن جذور لفحة، وتعفن جذور بيثيوم. تحليل المنافسة لوحة مفيد على الشاشة مجموعة من منتجات السماد العضوي لتحتوي على المجتمعات المحلية للميكروبات التي تكون بمثابة عوامل المكافحة البيولوجية للتربة المسببة للأمراض. وكان المقايسة أحد المؤشرات الأكثر اتساقا لقمع المرض في6،منتجات السماد التجاري8. تم اختيار المنتجات على التغيير في وصفه، والنضج، وعملية الإنتاج.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>autoclavable narrow-neck glass conical flask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-040D</td>
			<td>125-mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated granulated agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0145-17-0</td>
			<td>500 g quantity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>heat resistant gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MEMGG1314WL</td>
			<td>several brands available</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm (strips of 2-3 cm wide)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>PM992 13-374-16</td>
			<td>5 or 10 cm widths work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>disposable polystyrene petri dishes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>R80116</td>
			<td>comes in sleeves of 20/ea or cases of 500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated potato dextrose agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0013-15-8</td>
			<td>comes in quantities of 100, 500 and 2000 grams</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>benchtop reciprocal shaker</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1227Y31</td>
			<td>other models will work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water bath</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>S37363</td>
			<td>5L general purpose</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>clear ruler, flat, at least 10 cm</td>
			<td>Any</td>
			<td></td>
			<td>use metric rule</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATCC culture</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 10154</td>
			<td>teleomorph Thanatephorus cucumeris (Frank) (ATCC 10154) or MYA 4031;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>lab tape</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15935</td>
			<td>autoclavable and removable, 1&#34; wide preferred</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water resistant marker</td>
			<td>office or scientific supply</td>
			<td>Sharpie fine tip</td>
			<td>write sample number on tape</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression

والهدف هو تطوير وتحسين بسيط، بأسعار معقولة وفعالة الاختبار الأحيائي للكشف عن المرض القدرة القمعية السماد محددة ضد الفطريات soilborne سولاني مرضى. سولاني ر رض طائفة واسعة من مضيفي النباتات في جميع أنحاء العالم. تعيش في التربة سابروفيتي الفطر وينمو بسرعة في المياه بسيطة أجار وسائط الإعلام. فحص لوحة طريقة سريعة لمقارنة كومبوستس لقدرتها على إبطاء نمو سولاني ر.. كما يرتبط المقايسة جيدا مع قمع لمسببات الأمراض الفطرية الأخرى soilborne البقاء على قيد الحياة سابروفيتيس في التربة مثل الآفات المبكرة م وذبول الفوزاريوم وتعفن جذور لفحة وتعفن جذور بيثيوم.

وينبغي الانتهاء من السماد مستقرة وناضجة، هما المصطلحات التي كثيرا ما تستخدم بالتبادل، حيث يمكن تعبئتها ونقلها بشكل أمن، ولا تسبب آثار ضارة أثناء الاستخدام النهائي في4. الاستقرار هو مقاومة للتحلل، وعادة ما تحدد باستخدام الأرقام القياسية للنشاط الميكرو...

Watch this Scientific Journal Video about A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression at JoVE.com

A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression

قدم هو بروتوكول مقايسة منافسة لوحة تحديد ما إذا كان سماد محددة من المحتمل أن تحتوي على البكتيريا والفطريات التي تقمع نمو سولاني مرضى.

لوح منافسة مقايسة كتقييم أولى سريع لقمع المرض

The goal was to develop and optimize a simple, affordable, and effective bioassay to detect disease suppressive ability of a specific compost against ...

يمكن أن تساعد هذه الطريقة في الإجابة على الأسئلة الرئيسية المتعلقة بالتحكم البيولوجي في مسببات الأمراض النباتية التي تنقلها التربة. المعيار الذهبي لاختبار المواد مثل السماد هو أن يكون لها bioassay النباتية لاختبار ما إذا كان السامة للنباتات. ومع ذلك، يستغرق ذلك ثلاثة أسابيع.يمكن القيام بهذه الطريقة في حوالي يومين إلى ثلاثة أيام. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها بسيطة، وبأسعار معقولة، وفعالة. هذا الفحص هو فحص سريع للسماد محددة لقمع نمو السولاني Rhizoctonia.ومع ذلك، يمكن استخدام هذا المقايسة ضد مسببات الأمراض النباتية الأخرى المنقولة بالتربة، مثل فوساريوم، وبيثيوم، وفيتوفتورا. إن العرض المرئي لهذه الطريقة أمر بالغ الأهمية لأنه يهتم بعزل والحفاظ على ثقافة نقية للفطر مع تجنب التلوث. إثبات إجراء العزل سيكون تايلور Readyhough، وهو طالب دراسات عليا من مختبري.إيما رايت، طالبة جامعية من مختبري، ستبرهن على فحص المنافسة. للبدء ، زرع بذور الفجل الأحمر في التربة المعروفة أن لها تاريخ من المرض الناجم عن R.solani. بعد ثلاثة إلى أربعة أسابيع، قم بإزالة الشتلات من التربة، وشطفها بمياه الصنبور.باستخدام شفرة حلاقة، وقطع شرائح سنتيمتر واحد من hypocotyl والجذر التي لها لون بني. ثم، استخدام ملقط معقمة اللهب لتراجع شرائح في حل 10٪ التبييض لمدة دقيقة واحدة. بعد ذلك، شطف شرائح في الماء المعقم.بعد ذلك، استخدم ملقط معقمة للهب لنقل القطع إلى منشفة ورقية. بات شرائح الجافة، ونقلها إلى طبق بيتري مع أجار الماء. ضع طبق بيتري داخل حاوية مع غطاء، واحتضان الأجزاء في درجة حرارة الغرفة.لإنشاء ثقافة الابنة، نقل واحدة من هذه الأجزاء إلى مركز لوحة طازجة من البطاطا dextrose أجار. بعد ذلك، الأوتوكلاف أنابيب اختبار 25 ملليلتر تحتوي على 10 ملليلتر من الماء. أضف عينتين 0.5 غرام من كل عينة اختبار إلى زوج من أنابيب الاختبار ذات التكفاد التلقائي مع 10 ملليلترات من الماء المعقم، وهز أنابيب الاختبار بين عشية وضحاها.بعد 24 ساعة، إضافة 1.5 غرام من أجار عادي و 90 ملليلتر من الماء المقطر إلى زوج من القارورة المخروطية. بعد الزجاج التلقائي، ضعها في حمام مائي درجة مئوية 45 لمدة 30 دقيقة. بعد ذلك، صب العينة المرجعية autoclaved وعينة المعيشة في أجار المنصهر.صب المخاليط من كل قارورة في خمسة أطباق بيتري. لحماية الميكروبات الأصلية، من المهم عدم إضافة السماد بينما هو حار جداً. لذلك، السماح لأجار لتبرد إلى 45 درجة مئوية قبل إضافة السماد.باستخدام تقنية معقمة، نقل قطعة من R.solani إلى كل زوج من لوحات العينة. ثم، احتضان لوحات في درجة حرارة الغرفة لمدة يوم إلى يومين. وأخيراً، استخدم مسطرة مسطحة واضحة ومجهر ستيريو لقياس نصف قطر الميسيليوم في كل لوحة إلى أقرب ملليمتر.في هذا البروتوكول، مقتطفات من السماد الحي قمعت النمو R.solani بشكل ملحوظ أكثر من عينات autoclaved، مما يدل على أن التأثير كان الميكروبية وليس القائم على المغذيات. يقاس الكبت على أنه انخفاض في النمو مقارنة بالسيطرة التلقائية. ولم يتأثر النمو بمدة نضوج السماد العضوي أو علاجه.تأثر النمو بشكل كبير بطريقة السماد ومكونات الوصفة ، على وجه التحديد مع vermicompost وعمليات windrow ووصفات مع لحاء الخشب الصلب. بعد تطويره، قد تكون هذه التقنية مرشحة للحصول على شهادة تجارية من السماد العضوي لخصائص قمع الأمراض.

Research

JoVE Journal

Biology

Application of a C. elegans Dopamine Neuron Degeneration Assay for the Validation of Potential Parkinson's Disease Genes

تطبيق الفحص جيم ايليجانس الدوبامين العصبية للتحلل من التحقق من صحة جينات مرض باركنسون المحتملة

Improvements to the diagnosis and treatment of Parkinson's disease (PD) are dependent upon knowledge about susceptibility factors that render populations ...

Sigma's Non-specific Protease Activity Assay - Casein as a Substrate

سيجما للنشاط غير محددة البروتياز الفحص -- باعتباره الركيزة الكازين

Proteases break peptide bonds. In the lab, it is often necessary to measure and/or compare the activity of proteases.  Sigma's non-specific protease ...

Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat

استخدام Rotorod كأسلوب للتحليل النوعي من المشي في الجرذ

High speed videoanalysis of the details of movement can provide a source of information about qualitative aspects of walking movements. When walking on a ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

عزلة البروتينية ريبوسوم الوليدة منضم<em&gt; في المختبر</em&gt; لتحديد المواقع وقفة بالحركة على طول مرنا

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

باستخدام SecM تسلسل توقيف كأداة لعزل البروتينية منضم ريبوسوم

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Analysis of Skeletal Muscle Defects in Larval Zebrafish by Birefringence and Touch-evoke Escape Response Assays

Zebrafish (Danio rerio) have become a particularly effective tool for modeling human diseases affecting skeletal muscle, including muscular ...

Monitoring Intraspecies Competition in a Bacterial Cell Population by Cocultivation of Fluorescently Labelled Strains

مراقبة المنافسة داخل الأنواع في مجموعة الخلايا البكتيرية عن طريق Cocultivation من السلالات المسمى Fluorescently

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a ...

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

القيطم المورق نموذجا لتحديد الترجمة انخفاض قيمة

Protein synthesis is a fundamental process to gene expression impacting diverse biological processes notably adaptation to environmental conditions. The ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

تحليل qPCRTag - إنتاجية عالية، في الوقت الحقيقي PCR الفحص لSc2.0 التنميط الجيني

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

Time-Lapse Video Microscopy for Assessment of EYFP-Parkin Aggregation as a Marker for Cellular Mitophagy

الوقت الفاصل بين المجهري الفيديو لتقييم EYFP-باركين تجميع كعلامة الخلوية Mitophagy

Time-lapse video microscopy can be defined as the real time imaging of living cells. This technique relies on the collection of images at different time ...