Name: a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression
Uploaded: 2018-10-28T15:00:00
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버몬트 농업 실험 역 경쟁 해치 프로그램 VT-HO1609 연구 자금. 린 팡 버몬트 대학6에서 그녀의 석사 학위 논문의 일환으로 방법을 사용.

1. 사전에 준비
<ol><li>마스터 곰 팡이 문화 (시험 체)<ol>
<li>미국 유형 문화 수집, 미생물학 컬렉션9, teleomorph Thanatephorus cucumeris (프랭크) (ATCC 10154) 또는 MYA 4031에서에서 주문.</li>
		<li>또는: 저자에 의해 수행으로 지역 격리를 수집 합니다. 빨간 무 (Raphanus sativus)의 모 종 잘 작동 미끼 식물; R. solani에 의해 발생 하는 댐핑-오프 또는 루트 썩 어의 역사를가지고 알...

<ol>
	<li>Gonzalez Garcia, G., Onco, M. A. P., Susan, V. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Review.+Biology+and+systematics+of+the+form+genus+Rhizoctonia.">Review. Biology and systematics of the form genus Rhizoctonia.</a> Spanish Journal of Agricultural Research. 4 (1), 55-79 (2006).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Pane, C., Scala, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+soilborne+fungal+diseases+with+organic+amendments.">Suppression of soilborne fungal diseases with organic amendments.</a> Journal of Plant Pathology. 89, 311-324 (2007).</li><li>Noble, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Risks+and+benefits+of+soil+amendment+with+composts+in+relation+to+plant+pathogens.">Risks and benefits of soil amendment with composts in relation to plant pathogens.</a> Australasian Plant Pathology. 40, 157-167 (2011).</li><li>Wichuk, K. M., McCartney, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compost+stability+and+maturity+evaluation+-+a+literature+review.">Compost stability and maturity evaluation - a literature review.</a> Canadian Journal of Civil Engineering. 37, 1505-1523 (2010).</li><li>Alfano, G., Lustrato, G., Lima, G., Vitullo, D., Ranalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+composted+olive+mill+wastes+to+predict+potential+plant+disease+suppressiveness.">Characterization of composted olive mill wastes to predict potential plant disease suppressiveness.</a> Biological Control. 3, 199-207 (2011).</li><li>Fang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biological indicators of compost-mediated disease suppression against the soilborne plant pathogen Rhizoctonia solani. , (2015).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Capodilupo, M., Scala, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+the+characteristics+of+organic+soil+amendments+that+suppress+soilborne+plant+diseases.">Identifying the characteristics of organic soil amendments that suppress soilborne plant diseases.</a> Soil Biology and Biochemistry. 42, 136-144 (2010).</li><li>Neher, D. A., Fang, L., Weicht, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecoenzymes+as+indicators+of+compost+to+suppress+Rhizoctonia+solani.">Ecoenzymes as indicators of compost to suppress Rhizoctonia solani.</a> Compost Science and Utilization. 25 (4), 251-261 (2017).</li><li>. ATCC&#174; Mycology Culture Guide Available from: <a target="_blank" href="https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx">https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx</a> (2018)</li><li>Berns, A. E., Phillip, H., Narres, H. -. D., Burauel, P., Vereecken, H., Tappe, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+gamma-sterilization+and+autoclaving+on+soil+organic+matter+structure+as+studied+by+solid+state+NMR,+UV+and+fluorescence+spectroscopy.">Effect of gamma-sterilization and autoclaving on soil organic matter structure as studied by solid state NMR, UV and fluorescence spectroscopy.</a> European Journal of Soil Science. 59, (2008).</li></ol>

우리 알고 이전 연구에서 특정 퇴 비는 R. solani 억제에 효과적 진압 효과 퇴 비에 살고 있는 미생물 퇴 비6,8의 비 생물 적인 속성이 아닌 때문입니다. ' 죽 일 ' microbiota 수단으로 압력가 마로 소독의 사용 미디어10의 탄소 화학에 영향을 받아왔다. 우리는 압력가 마로 소독 Whatman No. 1 종이 통해 진공 여과를 사용 비교. 필터링도 압?...

Rhizoctonia 나타냅니다는 Thanatephorus cucumeris (프랭크) Donk의 버섯의 광범위 한 복잡 한 (anamorph Rhizoctonia solani Kühn =) 루트 썩 음 및 감쇠 떨어져1을 일으키는 병원 체 이다. Rhizoctonia solani 적극적인 병원 체 이며 sclerotia 불리 한 환경 조건1로 살아남을 수 있는 saprophyte. 그 결과, 글로벌 유통 있으며 Solanaceae, 등 Fabaceae, 국화과, 심각한 경제적 손실을 인 십자화과 식물 호스트의 넓은 범위에 질병을 일으킬 수 있습니다.
퇴 비는 특정 식물 병원 체2biocontrol 대리인 항구 용량이. 그러나, 모든 퇴 비는 모두도 할 그들은 모든 병원 균을 영향을 마찬가지로3. 나무 기반 탄소는 건초 또는 밀 짚-탄소 근거한 퇴 비 보다는 셀 루 로스 비율에 더 높은 리그 닌. R. solani 밀 짚에서 쉽게 사용할 수 있는 탄소를 좋아한다. 반면, Trichoderma 종 등 생물 학적 제어 버섯 탄소 덜 쉽게 사용할 수 있을 때 더 효과적입니다. 유익한 균 류 및 박테리아 퇴 비로 경쟁, 적개심 또는 식물 성장3규제를 통해 식물 질병을 억제 수 있습니다. 제안 된 분석 결과 주로 항생제, ecoenzymes 또는 병원 체에 해로운 chelators의 생산에 의해 만들어진 적개심을 감지 합니다.
식물 생물 검정 composts 부탁 또는 식물 성장4억제 여부를 결정 하는 황금 표준입니다. 그러나, 식물 생물 검정 개월 소요 (주)는 보다 더 많은 노동 루트 시스템의 척도를 뿌리로 식물을 추출 하며 원하는 수 있는 완료. 대 등 하 게 강력 하 고, 그러나 빨리 (일) 분석 품질 관리 프로그램에 대 한 이상적인 것입니다. 이 문서의 목표는 퇴 비의 진압 가능성을 예측 하는 상대적으로 신속 하 고 정확한 테스트를 보여 줍니다. 메서드가는 Alfano 외. 후에 모방 되었다 두 개의 예외, 퇴 비 추출 물 5 희석 했다 그리고 물 천 감자 포도 당 한 천 (PDA) 대신 사용 되었다. R. solani PDA 승진 박테리아와 오염 문화6다른 곰 팡이의 성장을 하는 반면 간단한 물 한 미디어에 급속 하 게 성장.
이 플레이트 분석 결과 무기물 R. solani7, 강했다 초기 blights, Fusarium 윌 트, Phytophthora 뿌리 썩 음, Pythium 루트 부패 등으로 토양에서 생존 하는 식물 병원 균의 범위에 적용 되는 억제의 지표 역할을 합니다. 격판덮개 경쟁 분석 결과 토양 병원 균의 생물학 통제 대리인으로 봉사 하는 미생물의 포함을 위해 퇴 비 제품의 범위에 유용 합니다. 분석 결과 상업 퇴 비 제품6,8에서 질병 억제의 가장 일관 된 지표 중 하나 였다. 제품은 조리법, 성숙, 그리고 생산 과정에서 그들의 변이 대 한 선정 됐다.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>autoclavable narrow-neck glass conical flask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-040D</td>
			<td>125-mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated granulated agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0145-17-0</td>
			<td>500 g quantity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>heat resistant gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MEMGG1314WL</td>
			<td>several brands available</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm (strips of 2-3 cm wide)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>PM992 13-374-16</td>
			<td>5 or 10 cm widths work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>disposable polystyrene petri dishes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>R80116</td>
			<td>comes in sleeves of 20/ea or cases of 500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated potato dextrose agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0013-15-8</td>
			<td>comes in quantities of 100, 500 and 2000 grams</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>benchtop reciprocal shaker</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1227Y31</td>
			<td>other models will work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water bath</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>S37363</td>
			<td>5L general purpose</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>clear ruler, flat, at least 10 cm</td>
			<td>Any</td>
			<td></td>
			<td>use metric rule</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATCC culture</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 10154</td>
			<td>teleomorph Thanatephorus cucumeris (Frank) (ATCC 10154) or MYA 4031;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>lab tape</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15935</td>
			<td>autoclavable and removable, 1&#34; wide preferred</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water resistant marker</td>
			<td>office or scientific supply</td>
			<td>Sharpie fine tip</td>
			<td>write sample number on tape</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression

목표는 개발 하 고 최적화 solani Rhizoctoniasoilborne 균에 대 한 특정 퇴 비의 병 진압 능력을 감지 하는 간단 하 고, 저렴 하 고 효과적인 검정 이었다. R. solani 다양 한 식물 호스트 전세계의 병원 체 이다. 곰 팡이 saprophyte로 토양에서 살아 난다 그리고 간단한 물 한 천 매체에 급속 하 게 성장. 플레이트 분석 결과 R. solani의 성장을 느리게 하는 그들의 기능에 대 한 퇴 비를 비교 하는 빠른 방법입니다. 분석 결과 또한 강했다 초기 blights, Fusarium 윌 트, Phytophthora 뿌리 썩 음, 등 Pythium 루트 썩 어 토양에서 무기물으로 살아 나는 다른 soilborne 곰 팡이 병원 균의 억제와 잘 상관 한다.

완성 된 퇴 비 안정 되 고 성숙, 두 용어는 종종 혼용 하는, 그래서 수 있습니다 안전 하 게 포장, 수송 그리고 하지 원인 불리 한 효과는 최종 사용4동안 해야 합니다. 안정성 분해 저항 이며 일반적으로 미생물 활동의 인덱스를 사용 하 여 결정 됩니다. 미생물 호흡의 일반 조치는 적극적인 병원 체 및 saprophyte R. solani7등의 ?...

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A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression

제시는 특정 퇴 비 포함 박테리아와 균 류 Rhizoctonia solani의 성장을 억제 하는 것 인지를 식별 하는 접시 경쟁 분석 결과 대 한 프로토콜.

질병 억제의 빠른 예비 평가로 격판덮개 경쟁 분석 결과

The goal was to develop and optimize a simple, affordable, and effective bioassay to detect disease suppressive ability of a specific compost against ...

이 방법은 토양 식물 병원체의 생물학적 통제와 관련된 주요 질문에 대답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 퇴비와 같은 시험 재료의 금 본위제는 식물에 독성이 있는지 여부를 테스트하기 위해 식물 바이오애세이가 있는 것입니다. 그러나, 그 3 주가 걸립니다.이 방법은 약 2 ~3 일 이내에 수행 할 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 간단하고 저렴하며 효과적이라는 것입니다. 이 분석은 리조토니아 솔라니의 성장을 억제하기 위해 특정 퇴비의 신속한 검사입니다.그러나, 이 분석은 또한 푸사리움, 피티움 및 피토프토라스와 같은 그밖 토양 식물 병원체에 대하여 이용될 수 있습니다. 이 방법의 시각적 데모는 오염을 피하면서 곰팡이의 순수한 문화를 분리하고 유지하는 데 주의를 기울이기 때문에 중요합니다. 격리 절차를 시연하는 것은 내 실험실에서 대학원생 인 테일러 레디호프가 될 것입니다.내 실험실에서 학부 생 엠마 라이트, 경쟁 분석시연할 것입니다. 먼저, R.solani에 의한 질병의 역사를 가진 것으로 알려진 토양에 붉은 무 씨앗을 뿌리는 것입니다. 3~4주 후에는 묘목을 토양에서 제거하고 수돗물로 헹구십시오.면도날을 사용하여 갈색이 있는 고체코틸과 뿌리의 1센티미터 세그먼트를 잘라냅니다. 그런 다음 화염 멸균 된 집게를 사용하여 세그먼트를 10 % 표백액용액으로 1 분 동안 담급하십시오. 그 후, 멸균 물에 세그먼트를 헹구는 다.다음으로, 화염 멸균 된 집게를 사용하여 세그먼트를 종이 타월로 옮김하십시오. 세그먼트를 말리고 물 한천으로 페트리 접시에 옮기십시오. 페트리 접시를 뚜껑이 달린 용기 안에 놓고 실온에서 세그먼트를 배양합니다.딸 문화를 확립하기 위해, 감자 덱스트로스 천의 신선한 접시의 중심으로 세그먼트 중 하나를 전송합니다. 그 후, 10 밀리리터의 물을 포함하는 25 밀리리터 테스트 튜브를 오토클레이브합니다. 각 테스트 샘플의 0.5그램 샘플 2개를 멸균수 10밀리리터가 있는 오토클레이브 테스트 튜브에 추가하고 밤새 테스트 튜브를 흔들어 줍니다.24시간 후, 일반 한천 1.5그램과 증류수 90밀리리터를 원추형 플라스크한 켤레에 넣습니다. 플라스크를 오토클레이브한 후 30분 동안 섭씨 45도의 수조에 넣습니다. 다음으로, 용융 된 한고에 오토 클레이브 참조 샘플과 살아있는 샘플을 붓습니다.각 플라스크의 혼합물을 5개의 페트리 요리에 붓습니다. 토착 미생물을 보호하기 위해, 한천이 너무 뜨거울 때 퇴비를 추가하지 않는 것이 중요합니다. 따라서 퇴비를 추가하기 전에 한천이 섭씨 45도까지 식힙니다.무균 기술을 사용하여 R.solani 조각을 각 샘플 플레이트로 옮길 수 있습니다. 그런 다음 실온에서 1 ~2 일 동안 플레이트를 배양합니다. 마지막으로, 명확하고 평평한 눈금자와 스테레오 현미경을 사용하여 각 플레이트의 균사체 반경을 가장 가까운 밀리미터로 측정합니다.이 프로토콜에서, 살아있는 퇴비에서 추출은 효과가 미생물이고 영양 기반이 아니라는 것을 보여주는, 자동 분해 견본 보다는 훨씬 더 많은 R.solani 성장을 억압했습니다. 억제는 오토클레이브 제어에 비해 성장의 감소로 측정된다. 성장은 퇴비의 성숙 또는 경화기간에 의해 영향을받지 않았다.성장은 특히 vermicompost, 바람 과정 및 나무 껍질 조리법, 퇴비 방법과 조리법 재료에 의해 크게 영향을 받았다. 개발 후,이 기술은 질병 억제 특성에 대한 퇴비의 상업적 인증 후보가 될 수 있습니다.

Research

JoVE Journal

Biology

Application of a C. elegans Dopamine Neuron Degeneration Assay for the Validation of Potential Parkinson's Disease Genes

잠재적인 파킨슨병의 유전자 검증을위한 C. 엘레간스 도파민 신경 세포의 변성 분석의 응용

Improvements to the diagnosis and treatment of Parkinson's disease (PD) are dependent upon knowledge about susceptibility factors that render populations ...

연구

생물학

Sigma's Non-specific Protease Activity Assay - Casein as a Substrate

시그마의 비 특정 프로 테아제의 활동 분석 - 카제인 기판으로

Proteases break peptide bonds. In the lab, it is often necessary to measure and/or compare the activity of proteases.  Sigma's non-specific protease ...

Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat

쥐에서 도보의 질적 분석 방법으로 Rotorod의 사용

High speed videoanalysis of the details of movement can provide a source of information about qualitative aspects of walking movements. When walking on a ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Ribosome 바운드 초기 Polypeptides의 분리<em&gt; 체외에서</em&gt; mRNA 함께 Translational 일시 중지 사이트를 식별하려면

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Ribosome 바운드 Polypeptides을 파악하는 도구로 SecM 체포 시퀀스를 사용하여

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Analysis of Skeletal Muscle Defects in Larval Zebrafish by Birefringence and Touch-evoke Escape Response Assays

Zebrafish (Danio rerio) have become a particularly effective tool for modeling human diseases affecting skeletal muscle, including muscular ...

Monitoring Intraspecies Competition in a Bacterial Cell Population by Cocultivation of Fluorescently Labelled Strains

형광표균의 세균세포 인구에 대한 종 내 경쟁 모니터링

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a ...

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