Name: a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression
Uploaded: 2018-10-28T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression at JoVE.com

Вермонт сельскохозяйственной опытной станции конкурентных Люк программы VT-HO1609 финансирование исследований. Линн Fang используется метод как часть защитила диссертацию магистра в университете штата Вермонт6.

1. Подготовьте заранее
<ol><li>Мастер грибковые культуры (тест организма)<ol>
<li>Заказ от американского типа культуры коллекции, коллекции микробиологии9, teleomorph Thanatephorus cucumeris (Франк) (ATCC 10154) или Мья 4031.</li>
		<li>В качестве альтернативы: Соберите местные изолятов, как авторы. Саже?...

<ol>
	<li>Gonzalez Garcia, G., Onco, M. A. P., Susan, V. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Review.+Biology+and+systematics+of+the+form+genus+Rhizoctonia.">Review. Biology and systematics of the form genus Rhizoctonia.</a> Spanish Journal of Agricultural Research. 4 (1), 55-79 (2006).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Pane, C., Scala, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+soilborne+fungal+diseases+with+organic+amendments.">Suppression of soilborne fungal diseases with organic amendments.</a> Journal of Plant Pathology. 89, 311-324 (2007).</li><li>Noble, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Risks+and+benefits+of+soil+amendment+with+composts+in+relation+to+plant+pathogens.">Risks and benefits of soil amendment with composts in relation to plant pathogens.</a> Australasian Plant Pathology. 40, 157-167 (2011).</li><li>Wichuk, K. M., McCartney, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compost+stability+and+maturity+evaluation+-+a+literature+review.">Compost stability and maturity evaluation - a literature review.</a> Canadian Journal of Civil Engineering. 37, 1505-1523 (2010).</li><li>Alfano, G., Lustrato, G., Lima, G., Vitullo, D., Ranalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+composted+olive+mill+wastes+to+predict+potential+plant+disease+suppressiveness.">Characterization of composted olive mill wastes to predict potential plant disease suppressiveness.</a> Biological Control. 3, 199-207 (2011).</li><li>Fang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biological indicators of compost-mediated disease suppression against the soilborne plant pathogen Rhizoctonia solani. , (2015).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Capodilupo, M., Scala, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+the+characteristics+of+organic+soil+amendments+that+suppress+soilborne+plant+diseases.">Identifying the characteristics of organic soil amendments that suppress soilborne plant diseases.</a> Soil Biology and Biochemistry. 42, 136-144 (2010).</li><li>Neher, D. A., Fang, L., Weicht, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecoenzymes+as+indicators+of+compost+to+suppress+Rhizoctonia+solani.">Ecoenzymes as indicators of compost to suppress Rhizoctonia solani.</a> Compost Science and Utilization. 25 (4), 251-261 (2017).</li><li>. ATCC&#174; Mycology Culture Guide Available from: <a target="_blank" href="https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx">https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx</a> (2018)</li><li>Berns, A. E., Phillip, H., Narres, H. -. D., Burauel, P., Vereecken, H., Tappe, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+gamma-sterilization+and+autoclaving+on+soil+organic+matter+structure+as+studied+by+solid+state+NMR,+UV+and+fluorescence+spectroscopy.">Effect of gamma-sterilization and autoclaving on soil organic matter structure as studied by solid state NMR, UV and fluorescence spectroscopy.</a> European Journal of Soil Science. 59, (2008).</li></ol>

Из предыдущих исследований, мы знаем, что некоторые компостов являются эффективными на подавление R. Солани и что подавляющее воздействие благодаря микробов, живущих в компост, не абиотических свойства компоста6,8. Использование автоклавирования ка?...

Ризоктониоза представляет собой широкий комплекс грибов, из которых Thanatephorus cucumeris (Франк) Донк (анаморфа = ризоктониоза Солани Кюна) является патогена, вызывая корневым гнилям и затухания от1. Ризоктониоза Солани является агрессивным возбудителя и сапрофитные, которые могут выжить как склероции при неблагоприятных условий окружающей среды1. В результате он имеет глобальное распространение и может вызвать заболевания на широкий спектр узлов растений, включая пасленовых, бобовые, сложноцветных и капустные, что привело к серьезным экономическим потерям.
Компост имеет способность питать биоконтроля агентов для определенных патогенов растений2. Однако, не все компостов так ни они влияют на все патогенов аналогично3. На основе древесины углерода имеет выше лигнина целлюлозы коэффициенты, чем сена или соломы углерода на основе компостов. R. Солани предпочитает легко доступны углерода в солому. В отличие от биологического контроля грибов, таких как Trichoderma spp., являются более эффективными, когда углерода менее доступными. Полезных грибов и бактерий в компост может подавлять болезни растений через конкурс, антагонизм или регулирование роста растений3. Главным образом предлагаемого анализа обнаруживает антагонизм, созданные производства антибиотиков, ecoenzymes или энтеросорбенты, которые наносят ущерб возбудителя.
Bioassays растений являются золотым стандартом для определения компостов пользу или сдерживать рост растений4. Однако, завод bioassays являются длительным (недель до месяцев) для завершения, который может быть больше, чем желаемого и требует больше труда для извлечения растения с корнями для количественного определения тяжести корневых систем. Соответствующе надежные, но быстрее (дней) анализов будет идеально подходит для контроля качества программ. Целью этой статьи является продемонстрировать относительно быстрый и точный тест, чтобы предсказать подавляющих потенциал компоста. Метод был рисунком после Альфано и др. 5 с двумя исключениями, экстракты компост разводили и агар воды был использован вместо картофеля декстроза агар (PDA). R. Солани растет быстрыми темпами на простой воды агар СМИ, тогда как КПК способствовало росту бактерий и других грибков, которые загрязнены культуры6.
Этот assay пластина служит индикатором подавления, которое применяется к ряду патогенов растений, которые выживают в почве как развернёт, включая р. Солани7, Alternaria ранних губит, фузариозному увяданию, фитофторозом корневым гнилям и Pythium корневой гнили. Assay конкуренции плита является полезным для экран ряд продуктов компоста для содержащих сообществ микробов, которые служат в качестве биоконтролирующих агентов почвенными патогеннами. Assay был одним из наиболее последовательных показателей заболевания подавления в коммерческих компост продукты6,8. Продукты были выбраны для их изменения в рецепт, зрелости и производственного процесса.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>autoclavable narrow-neck glass conical flask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-040D</td>
			<td>125-mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated granulated agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0145-17-0</td>
			<td>500 g quantity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>heat resistant gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MEMGG1314WL</td>
			<td>several brands available</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm (strips of 2-3 cm wide)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>PM992 13-374-16</td>
			<td>5 or 10 cm widths work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>disposable polystyrene petri dishes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>R80116</td>
			<td>comes in sleeves of 20/ea or cases of 500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated potato dextrose agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0013-15-8</td>
			<td>comes in quantities of 100, 500 and 2000 grams</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>benchtop reciprocal shaker</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1227Y31</td>
			<td>other models will work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water bath</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>S37363</td>
			<td>5L general purpose</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>clear ruler, flat, at least 10 cm</td>
			<td>Any</td>
			<td></td>
			<td>use metric rule</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATCC culture</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 10154</td>
			<td>teleomorph Thanatephorus cucumeris (Frank) (ATCC 10154) or MYA 4031;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>lab tape</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15935</td>
			<td>autoclavable and removable, 1&#34; wide preferred</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water resistant marker</td>
			<td>office or scientific supply</td>
			<td>Sharpie fine tip</td>
			<td>write sample number on tape</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression

Целью было разработать и оптимизировать простой, доступной и эффективной биопроб для обнаружения болезни подавляющих способности конкретной компоста против soilborne гриб ризоктониоза Солани. R. Солани является патогеном широкого круга растения узлов во всем мире. Гриб сохраняется в почве как сапрофитные и растет быстрыми темпами на простой воды агар СМИ. Assay плита является быстрый метод для сравнения компостов для их способность замедлить рост R. Солани. Assay также хорошо коррелирует с подавления других soilborne грибковых патогенов, которые выживают как развернёт в почвах Alternaria ранних губит, фузариозному увяданию, фитофторозом корневым гнилям и Pythium корневой гнили.

Законченный компост должен быть стабильным и зрелые, двух терминов, которые часто используются как взаимозаменяемые, поэтому он может безопасно упакованы и доставлены, а не причиной неблагоприятных эффектов во время ее конечного использования4. Стабил...

Watch this Scientific Journal Video about A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression at JoVE.com

A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression

Представлено — это протокол для конкуренции assay пластины для идентификации ли конкретные компост может содержать бактерии и грибки, которые подавляют рост Солани ризоктониоза.

Assay конкуренции плита как быстрой предварительной оценки заболевания подавления

The goal was to develop and optimize a simple, affordable, and effective bioassay to detect disease suppressive ability of a specific compost against ...

Этот метод может помочь ответить на ключевые вопросы, связанные с биологическим контролем патогенных микроорганизмов почвенных растений. Золотой стандарт для тестирования материалов, таких как компост, чтобы иметь биоанализ растений, чтобы проверить, является ли это токсичным для растений. Тем не менее, это занимает три недели.Этот метод может быть сделано примерно за два-три дня. Основным преимуществом этой техники является то, что она проста, доступна и эффективна. Этот анализ является быстрый скрининг конкретного компоста для подавления роста Rhizoctonia solani.Тем не менее, этот анализ также может быть использован против других патогенных микроорганизмов почвенных растений, таких как Fusariums, Питиумы, и Phytophthoras. Визуальная демонстрация этого метода имеет решающее значение, поскольку он заботится, чтобы изолировать и поддерживать чистую культуру гриба, избегая загрязнения. Демонстрацией процедуры изоляции будет Тейлор Readyhough, аспирант из моей лаборатории.Эмма Райт, студентка моей лаборатории, продемонстрирует конкурсный анализ. Для начала, сеять семена красной редьки в почве, как известно, история болезни, вызванной R.solani. Через три-четыре недели удалите саженцы из почвы и промойте их водопроводной водой.Используя лезвие бритвы, вырезать один сантиметр сегментов гипокотила и корня, которые имеют коричневый цвет. Затем используйте стерилизованные пламенем типсы, чтобы окунуть сегменты в 10%bleach раствор в течение одной минуты. После этого промыть сегменты в стерильной воде.Затем используйте стерилизованные пламенем типсы для переноса сегментов на бумажное полотенце. Пэт сегменты сухой, и передать их в чашку Петри с водой агар. Поместите чашку Петри внутрь контейнера с крышкой и инкубировать сегменты при комнатной температуре.Чтобы создать дочернюю культуру, перенесите один из сегментов в центр свежей тарелки картофельного декстрозы агара. После этого автоклав 25-миллилитровые пробирки, содержащие 10 миллилитров воды. Добавьте два 0,5-граммовых образца каждого образца теста в пару автоклавных пробирок с 10 миллилитров стерильной воды и встряхните пробирки на ночь.Через 24 часа добавьте 1,5 грамма простого агара и 90 миллилитров дистиллированной воды в пару конических колб. После автоматической облавы колбы, поместите их в 45-градусный по Цельсию водяной бане в течение 30 минут. Затем налейте автоклавный эталонный образец и живой образец в расплавленный агар.Налейте смеси из каждой колбы в пять чашек Петри. Для защиты местных микробов, важно не добавлять компост в то время как агар слишком жарко. Поэтому дайте агару остыть до 45 градусов по Цельсию перед добавлением компоста.Используя асептическую технику, перенесите кусочки R.solani на каждую пару образцов пластин. Затем инкубировать пластины при комнатной температуре в течение одного-двух дней. Наконец, используйте четкий плоский линейку и стерео микроскоп для измерения радиуса мицелия в каждой пластине до ближайшего миллиметра.В этом протоколе экстракты из живых компостов подавляли рост R.solani значительно больше, чем автоклавные образцы, демонстрируя, что эффект был микробным, а не на основе питательных веществ. Подавление измеряется как снижение роста по сравнению с автоматическим управлением. На рост не повлияла продолжительность созревания или лечения компоста.Рост был значительно повлиян на методом компоста и ингридиентами рецепта, специфически с vermicompost, процессами windrow, и рецептами с корой твёрдой древесины. После его разработки этот метод может стать кандидатом на коммерческую сертификацию компоста на противоукоренные свойства.

Research

JoVE Journal

Biology

Application of a C. elegans Dopamine Neuron Degeneration Assay for the Validation of Potential Parkinson's Disease Genes

Применение допамина Элеганс C. Анализ дегенерация нейронов для проверки потенциальных болезни Паркинсона Гены

Improvements to the diagnosis and treatment of Parkinson's disease (PD) are dependent upon knowledge about susceptibility factors that render populations ...

Sigma's Non-specific Protease Activity Assay - Casein as a Substrate

Неспецифические Сигма активность протеаз Пробирной - казеин, как субстрата

Proteases break peptide bonds. In the lab, it is often necessary to measure and/or compare the activity of proteases.  Sigma's non-specific protease ...

Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat

Использование Rotorod как метод Качественный анализ Прогулка по Крыса

High speed videoanalysis of the details of movement can provide a source of information about qualitative aspects of walking movements. When walking on a ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Выделение Рибосома связанных стадии становления Полипептиды<em&gt; В пробирке</em&gt;, Чтобы определить Поступательное сайтов Пауза Наряду мРНК

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Использование МЭСМ последовательности арест как средство изолировать Рибосома связанных полипептидов

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Analysis of Skeletal Muscle Defects in Larval Zebrafish by Birefringence and Touch-evoke Escape Response Assays

Анализ скелетных мышц дефектов в личинок данио рерио по двулучепреломления и сенсорный вызывают Побег реагирования Анализы

Zebrafish (Danio rerio) have become a particularly effective tool for modeling human diseases affecting skeletal muscle, including muscular ...

Monitoring Intraspecies Competition in a Bacterial Cell Population by Cocultivation of Fluorescently Labelled Strains

Мониторинг внутривидовой конкуренции в бактериальной популяции клеток путем кокултивации флуоресцентно маркированных штаммов

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a ...

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Xenopus Laevis как модель для идентификации перевода Обесценение

Protein synthesis is a fundamental process to gene expression impacting diverse biological processes notably adaptation to environmental conditions. The ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag анализ - Высокая пропускная способность, ПЦР в реальном времени Анализ на Sc2.0 Генотипирование

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

Time-Lapse Video Microscopy for Assessment of EYFP-Parkin Aggregation as a Marker for Cellular Mitophagy

Замедленная видеомикроскопия для оценки EYFP-Паркин агрегирование в качестве маркера для сотовых Mitophagy

Time-lapse video microscopy can be defined as the real time imaging of living cells. This technique relies on the collection of images at different time ...