Name: a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression
Uploaded: 2018-10-28T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression at JoVE.com

Vermont tarımsal deney istasyonu rekabetçi Hatch Program VT-HO1609 araştırma finanse. Lynn Fang M.S. tezini Vermont Üniversitesi6parçası olarak kullanılan yöntem.

1. önceden hazırlamak
<ol><li>Ana mantar kültürü (test organizma)<ol>
<li>Amerikan tipi kültür Collection, Mikrobiyoloji koleksiyonu9, onun teleomorph Thanatephorus cucumeris (Frank) (ATCC 10154) veya MYA 4031 tarafından sipariş.</li>
		<li>Alternatif olarak: yerel yalıtır yazarlar tarafından yapılan olarak toplamak. Kırmızı turp (Raphanus sativus) fidan iyi bir yem bitkisi olarak iş; toprak sönümleme-off veya kök çürüklüğü R. solanitarafında...

<ol>
	<li>Gonzalez Garcia, G., Onco, M. A. P., Susan, V. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Review.+Biology+and+systematics+of+the+form+genus+Rhizoctonia.">Review. Biology and systematics of the form genus Rhizoctonia.</a> Spanish Journal of Agricultural Research. 4 (1), 55-79 (2006).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Pane, C., Scala, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+soilborne+fungal+diseases+with+organic+amendments.">Suppression of soilborne fungal diseases with organic amendments.</a> Journal of Plant Pathology. 89, 311-324 (2007).</li><li>Noble, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Risks+and+benefits+of+soil+amendment+with+composts+in+relation+to+plant+pathogens.">Risks and benefits of soil amendment with composts in relation to plant pathogens.</a> Australasian Plant Pathology. 40, 157-167 (2011).</li><li>Wichuk, K. M., McCartney, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compost+stability+and+maturity+evaluation+-+a+literature+review.">Compost stability and maturity evaluation - a literature review.</a> Canadian Journal of Civil Engineering. 37, 1505-1523 (2010).</li><li>Alfano, G., Lustrato, G., Lima, G., Vitullo, D., Ranalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+composted+olive+mill+wastes+to+predict+potential+plant+disease+suppressiveness.">Characterization of composted olive mill wastes to predict potential plant disease suppressiveness.</a> Biological Control. 3, 199-207 (2011).</li><li>Fang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biological indicators of compost-mediated disease suppression against the soilborne plant pathogen Rhizoctonia solani. , (2015).</li><li>Bonanomi, G., Antignani, V., Capodilupo, M., Scala, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+the+characteristics+of+organic+soil+amendments+that+suppress+soilborne+plant+diseases.">Identifying the characteristics of organic soil amendments that suppress soilborne plant diseases.</a> Soil Biology and Biochemistry. 42, 136-144 (2010).</li><li>Neher, D. A., Fang, L., Weicht, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecoenzymes+as+indicators+of+compost+to+suppress+Rhizoctonia+solani.">Ecoenzymes as indicators of compost to suppress Rhizoctonia solani.</a> Compost Science and Utilization. 25 (4), 251-261 (2017).</li><li>. ATCC&#174; Mycology Culture Guide Available from: <a target="_blank" href="https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx">https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Culture%20Guides/Mycology_Guide.ashx</a> (2018)</li><li>Berns, A. E., Phillip, H., Narres, H. -. D., Burauel, P., Vereecken, H., Tappe, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+gamma-sterilization+and+autoclaving+on+soil+organic+matter+structure+as+studied+by+solid+state+NMR,+UV+and+fluorescence+spectroscopy.">Effect of gamma-sterilization and autoclaving on soil organic matter structure as studied by solid state NMR, UV and fluorescence spectroscopy.</a> European Journal of Soil Science. 59, (2008).</li></ol>

Biliyoruz önceki araştırma, belirli kompost R. solani bastırmak etkili ve baskılayıcı etkileri kompost içinde yaşayan mikroplar nedeniyle değil kompost6,8abiyotik özellikleri vardır. Media10karbon kimya etkilediğinden ısıyla kullanımı microbiota ' öldürmeye ' aracı olarak eleştirilmiştir. Isıyla Whatman No 1 kağıt üzerinden vakum filtrasyonu için kullanımı ile karşılaştırıldığında. Ne süzülm?...

Rhizoctonia temsil eden mantarlar, hangi Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk, geniş bir kompleks (Galatasaray Rhizoctonia solani Kühn =) olan kök çürüklüğü ve sönümleme kapalı1neden olan patojen. Rhizoctonia solani agresif bir patojen ve olumsuz çevre koşulları1altında sclerotia olarak yaşayabilir bir cimri olduğunu. Sonuç olarak, bu bir genel dağıtım ve hastalık çeşitli bitki ana Solanaceae, baklagiller, bitki ve ciddi ekonomik kayıplar sonucu turpgiller gibi birine neden olabilir.
Kompost biyolojik maddeler, bazı bitki patojenleri2için liman kapasitesine sahiptir. Ancak, tüm kompost birbirine ne de onlar tüm patojenler etkiler benzer şekilde3. Ahşap tabanlı karbon saman veya saman-karbon kompost tabanlı daha yüksek lignin selüloz oranlarına sahiptir. R. solani hazır karbon saman bulundu tercih ediyor. Buna ek olarak, karbon hazır daha az olduğunda Trichoderma spp. gibi biyolojik mücadele mantarlar daha etkilidir. Faydalı mantar ve bakteri kompost içine bitki hastalık ile rekabet, husumet veya bitki büyüme3düzenleyen gizle. Önerilen tahlil öncelikle üretim antibiyotikler, ecoenzymes veya patojen için zararlıdır şelatörlerin yarattığı husumet algılar.
Bitki biyoanalizler kompost lehine veya bitki büyüme4caydırmak olup olmadığını belirlemek için bir altın standarttır. Ancak, çoğu bitki biyoanalizler ay için zaman alıcı (hafta) hangi-ebilmek var olmak istenen ve bitki kök sistemleri şiddetini ölçmek için kökleri ile ayıklamak için daha fazla emek gerektiren daha uzun tamamlamak için. Nispeten sağlam, ama daha hızlı (gün) deneyleri kalite kontrol programları için ideal olacaktır. Bu kağıt amacı kompost süpresif potansiyel tahmin etmek için nispeten hızlı ve doğru bir test göstermektir. Yöntem Alfano et al. sonra desenli 5 iki istisna dışında kompost özleri seyreltilmiş ve su agar patates dekstroz agar (PDA) yerine kullanılmıştır. PDA bakteri ve kültür6kontamine diğer mantar büyüme terfi ise R. solani basit su agar medyada hızla büyür.
Bu plaka tahlil toprakta R. solani7, Alternaria erken korumalılar, Fusarium solgunluğu, Phytophthora kök çürüklüğü ve Pythium kök çürüklüğü gibi saprophytes hayatta bitki patojenleri bir dizi uygulandığı bastırma bir göstergesi olarak hizmet vermektedir. Plaka rekabet tahlil bir toprak patojenlerin biyolojik mücadele etmeni hizmet mikroplar toplulukların içeren için kompost ürün yelpazesi ekrana yararlıdır. Tahlil hastalık bastırma ticari kompost ürünler6,8' en tutarlı göstergeleri biriydi. Ürünler kendi varyasyon tarifi, olgunluk ve üretim süreci için seçilmiştir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>autoclavable narrow-neck glass conical flask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-040D</td>
			<td>125-mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated granulated agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0145-17-0</td>
			<td>500 g quantity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>heat resistant gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MEMGG1314WL</td>
			<td>several brands available</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm (strips of 2-3 cm wide)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>PM992 13-374-16</td>
			<td>5 or 10 cm widths work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>disposable polystyrene petri dishes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>R80116</td>
			<td>comes in sleeves of 20/ea or cases of 500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dehydrated potato dextrose agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>DF0013-15-8</td>
			<td>comes in quantities of 100, 500 and 2000 grams</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>benchtop reciprocal shaker</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1227Y31</td>
			<td>other models will work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water bath</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>S37363</td>
			<td>5L general purpose</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>clear ruler, flat, at least 10 cm</td>
			<td>Any</td>
			<td></td>
			<td>use metric rule</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATCC culture</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 10154</td>
			<td>teleomorph Thanatephorus cucumeris (Frank) (ATCC 10154) or MYA 4031;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>lab tape</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15935</td>
			<td>autoclavable and removable, 1&#34; wide preferred</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>water resistant marker</td>
			<td>office or scientific supply</td>
			<td>Sharpie fine tip</td>
			<td>write sample number on tape</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a plate competition assay as a quick preliminary assessment of disease suppression

Geliştirmek ve hastalık süpresif yetenek soilborne mantar Rhizoctonia solanikarşı belirli bir kompost algılamak için bir basit, uygun fiyatlı ve etkili bioassay en iyi duruma getirmek için hedefi oldu. R. solani bitki ana bilgisayarlar dünya çapında geniş bir patojen var. Mantar ve topraklarda bir cimri hayatta basit su agar medyada hızla büyür. Plaka tahlil onların yetenek R. solanibüyümesini yavaşlatmak kompost karşılaştırmak için hızlı bir yöntemdir. Tahlil de Alternaria erken korumalılar, Fusarium solgunluğu, Phytophthora kök çürüklüğü ve Pythium kök çürüklüğü gibi toprakta saprophytes olarak hayatta diğer soilborne fungal patojenlerin bastırılması ile karşılıklı olarak ilişkilendirir.

Bitmiş kompost istikrarlı ve Olgun, iki o güvenli bir şekilde paketlenmiş taşınan ve sık sık birbirinin yerine geçebilir, kullanılan terimler ve olumsuz etkilere neden sırasında son kullanım4. İstikrar ayrışma bir direnci ve genellikle mikrobiyal aktivite endeksi kullanılarak belirlenir. Genel önlemler mikrobiyal solunum kompost istikrar şart değil hastalık bastırma bir saldırgan patojen ve cimri R. solani...

Watch this Scientific Journal Video about A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression at JoVE.com

A Plate Competition Assay As a Quick Preliminary Assessment of Disease Suppression

Sunulan belirli bir kompost bakteri ve mantar büyüme Rhizoctonia solanibastırmak bulunma olasılığı olup olmadığını belirlemek bir plaka rekabet tahlil için bir protokoldür.

Bir plaka rekabet tahlil olarak hastalık bastırma hızlı bir ön değerlendirme

The goal was to develop and optimize a simple, affordable, and effective bioassay to detect disease suppressive ability of a specific compost against ...

Bu yöntem toprak kaynaklı bitki patojenlerinin biyolojik kontrolü ile ilgili anahtar soruların cevaplarına yardımcı olabilir. Kompost gibi malzemeleri test etmek için altın standart bitkiler için toksik olup olmadığını test etmek için bir bitki bioassay sahip olmaktır. Ancak, bu üç hafta sürer.Bu yöntem yaklaşık iki ila üç gün içinde yapılabilir. Bu tekniğin en büyük avantajı basit, uygun fiyatlı ve etkili olmasıdır. Bu titrer Rhizoctonia solani büyümesini bastırmak için özel kompost hızlı bir tarama.Ancak, bu töz de fusariums, Pythiums ve Fitophthoras gibi diğer toprak kaynaklı bitki patojenler karşı kullanılabilir. Bu yöntemin görsel gösterimi çok önemlidir, çünkü kontaminasyonu önlerken bir mantarın saf kültürünü izole etmeye ve korumaya özen göstermektedir. Tecrit prosedürünü gösteren Taylor Readyhough, laboratuvarımdan yüksek lisans öğrencisi olacak.Emma Wright, benim laboratuvarımdan bir lisans öğrencisi, yarışma testini gösterecektir. Başlamak için, r.solani neden hastalık öyküsü olduğu bilinen toprağa kırmızı turp tohumları ekmek. Üç ila dört hafta sonra, topraktan fide kaldırmak ve musluk suyu ile durulayın.Bir jilet kullanarak, hipokotil ve kök kahverengi bir renge sahip bir santimetre segmentleri kesti. Daha sonra, bir dakika boyunca% 10 çamaşır suyu çözeltisi içine segmentleri daldırma için alev sterilize forseps kullanın. Bundan sonra, steril suda segmentleri durulayın.Daha sonra, bir kağıt havlu segmentleri aktarmak için alev sterilize forceps kullanın. Pat parçaları kuru, ve su agar ile bir Petri kabına aktarın. Petri kabını kapaklı bir kabın içine yerleştirin ve segmentleri oda sıcaklığında kuluçkaya yatırın.Bir kız kültürü kurmak için, patates dekstroz agar taze bir tabak merkezine segmentlerinden birini aktarın. Bundan sonra, otoklav 25 mililitrelik test tüpleri içeren 10 mililitre su. Her test numunesinin iki 0,5 gramlık örneğini 10 mililitre steril su içeren bir çift otoklaved test tüpüne ekleyin ve test tüplerini bir gecede sallayın.24 saat sonra, konik şişeler bir çift düz agar ve distile su 90 mililitre 1,5 gram ekleyin. Şişeleri otoklavladıktan sonra, 30 dakika boyunca 45 derecelik bir su banyosuna yerleştirin. Daha sonra, erimiş agar içine otoklav referans örneği ve canlı örnek dökün.Beş Petri yemekleri içine her şişe karışımları dökün. Yerli mikropları korumak için, agar çok sıcak iken kompost eklemek için değil önemlidir. Bu nedenle, kompost eklemeden önce 45 santigrat derece ye kadar agar soğumasını bekleyin.Aseptik tekniği kullanarak, R.solani parçalarını her bir numune plakasına aktarın. Daha sonra, 1-2 gün oda sıcaklığında plakalar kuluçka. Son olarak, en yakın milimetreye kadar her plaka daki misel yarıçapını ölçmek için net, düz bir cetvel ve stereo mikroskop kullanın.Bu protokolde, yaşayan kompostlardan elde edilen özler R.solani büyümesini otoklavlı örneklerden önemli ölçüde daha fazla bastırarak, etkisinin besin bazlı değil mikrobiyal olduğunu göstermiştir. Baskılayıcılık otoklavkontrolüne göre büyümede bir azalma olarak ölçülür. Büyüme kompost olgunlaşma veya kür süresi etkilenmedi.Büyüme önemli ölçüde kompost yöntemi ve tarifi malzemeler, özellikle vermikompost, windrow süreçleri ve parke kabuğu ile yemek tarifleri ile etkilenmiştir. Gelişiminden sonra, bu teknik hastalık bastırıcı özellikleri için kompost ticari sertifikasyon için bir aday olabilir.

Research

JoVE Journal

Biology

Application of a C. elegans Dopamine Neuron Degeneration Assay for the Validation of Potential Parkinson's Disease Genes

Potansiyel Parkinson Hastalığı Genler Doğrulama için C. elegans Dopamin Nöron Dejenerasyonu Testi Uygulama

Improvements to the diagnosis and treatment of Parkinson's disease (PD) are dependent upon knowledge about susceptibility factors that render populations ...

Sigma's Non-specific Protease Activity Assay - Casein as a Substrate

Sigma&#39;nın Non-spesifik proteaz Aktivitesi Testi - Kazein bir substrat olarak

Proteases break peptide bonds. In the lab, it is often necessary to measure and/or compare the activity of proteases.  Sigma's non-specific protease ...

Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat

Rotorod Rat Yürüyüş Kalitatif Analiz için bir yöntem olarak kullanımı

High speed videoanalysis of the details of movement can provide a source of information about qualitative aspects of walking movements. When walking on a ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Ribozom Bağlı Doğan Polipeptitler İzolasyonu<em&gt; In vitro</em&gt; MRNA boyunca Translasyonel Duraklat Siteleri Belirleme

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Ribozom Ciltli Polipeptitler izole bir aracı olarak SECM Tutuklanma sırası kullanılarak

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Analysis of Skeletal Muscle Defects in Larval Zebrafish by Birefringence and Touch-evoke Escape Response Assays

Zebrafish (Danio rerio) have become a particularly effective tool for modeling human diseases affecting skeletal muscle, including muscular ...

Monitoring Intraspecies Competition in a Bacterial Cell Population by Cocultivation of Fluorescently Labelled Strains

Floresan Etiketli Suşların Cocultivation'ı ile Bakteri Hücre Popülasyonunda İntraspecies Rekabetini İzleme

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a ...

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Ksenopus Translation Düşüklüğü Belirlemek için Bir Model Olarak laevis

Protein synthesis is a fundamental process to gene expression impacting diverse biological processes notably adaptation to environmental conditions. The ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag Analizi - A Yüksek Verimli, Sc2.0 Genotiplendirme için Real Time PCR Testi

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

Time-Lapse Video Microscopy for Assessment of EYFP-Parkin Aggregation as a Marker for Cellular Mitophagy

Hücresel Mitophagy için bir Marker olarak EYFP-Parkin Toplama Değerlendirme Time-Lapse video Mikroskopi

Time-lapse video microscopy can be defined as the real time imaging of living cells. This technique relies on the collection of images at different time ...