Name: identification of mouse and human antibody repertoires by next-generation sequencing
Uploaded: 2019-03-15T13:30:00
Duration: 8 min 51 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Mouse and Human Antibody Repertoires by Next-Generation Sequencing at JoVE.com

Эта работа была поддержана грант от АМЕДА под Грант номер JP18fk0108011 (KO и SI) и JP18fm0208002 (TS, KO и YO) и субсидий от министерства образования, культуры, спорта, науки и технологии (15K 15159) для KO. Мы благодарим Саюри Ямагучи и Satoko Сасаки за ценную техническую помощь. Мы хотели бы поблагодарить Editage (www.editage.jp) для английского языка редактирования.

<ol>
	<li>Schroeder, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Similarity+and+divergence+in+the+development+and+expression+of+the+mouse+and+human+antibody+repertoires.">Similarity and divergence in the development and expression of the mouse and human antibody repertoires.</a> Developmental &amp; Comparative Immunology. 30 (1-2), 119-135 (2006).</li><li>Tonegawa, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Somatic+generation+of+antibody+diversity.">Somatic generation of antibody diversity.</a> Nature. 302 (5909), 575-581 (1983).</li><li>Georgiou, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+promise+and+challenge+of+high-throughput+sequencing+of+the+antibody+repertoire.">The promise and challenge of high-throughput sequencing of the antibody repertoire.</a> Nature Biotechnology. 32 (2), 158-168 (2014).</li><li>Lees, W. D., Shepherd, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+Antibody+Repertoires+with+Next-Generation+Sequencing.">Studying Antibody Repertoires with Next-Generation Sequencing.</a> Methods in Molecular Biology. 1526, 257-270 (2017).</li><li>Weinstein, J. A., Jiang, N., White, R. A., Fisher, D. S., Quake, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+sequencing+of+the+zebrafish+antibody+repertoire.">High-throughput sequencing of the zebrafish antibody repertoire.</a> Science. 324 (5928), 807-810 (2009).</li><li>Arnaout, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+description+of+antibody+heavy-chain+repertoires+in+humans.">High-resolution description of antibody heavy-chain repertoires in humans.</a> PLoS One. 6 (8), e22365 (2011).</li><li>Boyd, S. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Individual+variation+in+the+germline+Ig+gene+repertoire+inferred+from+variable+region+gene+rearrangements.">Individual variation in the germline Ig gene repertoire inferred from variable region gene rearrangements.</a> Journal of Immunology. 184 (12), 6986-6992 (2010).</li><li>Kono, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deciphering+antigen-responding+antibody+repertoires+by+using+next-generation+sequencing+and+confirming+them+through+antibody-gene+synthesis.">Deciphering antigen-responding antibody repertoires by using next-generation sequencing and confirming them through antibody-gene synthesis.</a> Biochemical and Biophysical Research Communications. 487 (2), 300-306 (2017).</li><li>Jiang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determinism+and+stochasticity+during+maturation+of+the+zebrafish+antibody+repertoire.">Determinism and stochasticity during maturation of the zebrafish antibody repertoire.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (13), 5348-5353 (2011).</li><li>Sun, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distorted+antibody+repertoire+developed+in+the+absence+of+pre-B+cell+receptor+formation.">Distorted antibody repertoire developed in the absence of pre-B cell receptor formation.</a> Biochemical and Biophysical Research Communications. 495 (1), 1411-1417 (2018).</li><li>Olivarius, S., Plessy, C., Carninci, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+verification+of+transcriptional+starting+sites+by+Deep-RACE.">High-throughput verification of transcriptional starting sites by Deep-RACE.</a> Biotechniques. 46 (2), 130-132 (2009).</li><li>Yeku, O., Frohman, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+amplification+of+cDNA+ends+(RACE).">Rapid amplification of cDNA ends (RACE).</a> Methods in Molecular Biology. 703, 107-122 (2011).</li><li>Zhu, Y. Y., Machleder, E. M., Chenchik, A., Li, R., Siebert, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse+transcriptase+template+switching:+a+SMART+approach+for+full-length+cDNA+library+construction.">Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction.</a> Biotechniques. 30 (4), 892-897 (2001).</li><li>Vollmers, C., Sit, R. V., Weinstein, J. A., Dekker, C. L., Quake, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+measurement+of+memory+B-cell+recall+using+antibody+repertoire+sequencing.">Genetic measurement of memory B-cell recall using antibody repertoire sequencing.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (33), 13463-13468 (2013).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> SMARTer RACE 5&#8217;/3&#8217; Kit User Manual (634858, 634859). , (2018).</li><li>. Perl Available from: <a target="_blank" href="https://perldoc.perl.org/">https://perldoc.perl.org/</a> (2018)</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> R: A language and environment for statistical computing. , (2016).</li><li>Ye, J., Ma, N., Madden, T. L., Ostell, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IgBLAST:+an+immunoglobulin+variable+domain+sequence+analysis+tool.">IgBLAST: an immunoglobulin variable domain sequence analysis tool.</a> Nucleic Acids Research. 41 (Web Server issue), W34-W40 (2013).</li><li>. IgBLAST Available from: <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/faq.html">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/faq.html</a> (2018)</li><li>Prabakaran, P., Streaker, E., Chen, W., Dimitrov, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=454+antibody+sequencing+-+error+characterization+and+correction.">454 antibody sequencing - error characterization and correction.</a> BMC Research Notes. 4, 404 (2011).</li><li>Lefranc, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IMGT,+the+international+ImMunoGeneTics+information+system.">IMGT, the international ImMunoGeneTics information system.</a> Nucleic Acids Research. 37 (Database issue), D1006-D1012 (2009).</li><li>Alamyar, E., Duroux, P., Lefranc, M. P., Giudicelli, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IMGT((R))+tools+for+the+nucleotide+analysis+of+immunoglobulin+(IG)+and+T+cell+receptor+(TR)+V-(D)-J+repertoires,+polymorphisms,+and+IG+mutations:+IMGT/V-QUEST+and+IMGT/HighV-QUEST+for+NGS.">IMGT((R)) tools for the nucleotide analysis of immunoglobulin (IG) and T cell receptor (TR) V-(D)-J repertoires, polymorphisms, and IG mutations: IMGT/V-QUEST and IMGT/HighV-QUEST for NGS.</a> Methods in Molecular Biology. 882, 569-604 (2012).</li><li>Glanville, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precise+determination+of+the+diversity+of+a+combinatorial+antibody+library+gives+insight+into+the+human+immunoglobulin+repertoire.">Precise determination of the diversity of a combinatorial antibody library gives insight into the human immunoglobulin repertoire.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (48), 20216-20221 (2009).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> rgl: 3D Visualization Using OpenGL. , (2015).</li><li>Hardy, R. R., Wei, C. J., Hayakawa, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selection+during+development+of+VH11++B+cells:+a+model+for+natural+autoantibody-producing+CD5++B+cells.">Selection during development of VH11+ B cells: a model for natural autoantibody-producing CD5+ B cells.</a> Immunological Reviews. , 60-74 (2004).</li></ol>

Авторы не имеют никаких конфликтов интересов раскрыть.

Метод, описанный здесь NGS использует для антитела РНК, усиливаются с помощью метода 5'-гонки. В отличие от методов, использующих вырожденный 5'-VH гена грунты мРНК каждого антитела класса усиливаются, равномерно с помощью универсальной вперед грунтовки. Кроме того использование антисмысловых грунтовки конкретных для региона константа 1 (CH1) ген антител позволяет репертуар профилирование конкретного иммуноглобулинов классов. Это очень полезно для рассечения класс специфических антител ответ, а также для сравнения наивными и прививки репертуаров8,9.
Наиболее вероятным ловушкой метода является нехватка усиливается иммуноглобулина сообщений. Глубина репертуара антител, полученные этим протоколом существенно зависит от амплификации PCR, описанных в пунктах 3.1 и 3.2. Если глубина репертуар не получается правильно, изменив коэффициенты шаблон cDNA и грунтовки в шагах 3.2.1 и 3.2.2 настоятельно рекомендуется.
Как правило около 20% читает антитела, производимые NGS являются неоднозначной последовательности21. Даже с создана «методы коррекции», остаются неоднозначными35-10%. Мы, таким образом, анализ последовательности и фильтруют сырье читает, содержащий подпись последовательности, соответствующей постоянной регионов иммуноглобулина (CμH1, Cγ1H1, Cγ2cH1 и т.д.). Поэтому анализ соматических гипер мутации потребностей тщательное обследование.
Один из недостатков этого метода является что иммуноглобулин тяжелые и легкие цепи пара может быть выведен. Отсюда представление репертуар, полученные этим методом не является целостный. Однако это возможно для приближенного топ рейтинге пар путем статистического анализа данных10. Кроме того Роман метод последовательности пар иммуноглобулина было недавно сообщено3,4.
Иммуноглобулин последовательностей в выходных данных .fna были извлечены на основании наличия иммуноглобулина геном подписи последовательностей. V, D и J гена, которую сегменты были затем Аннотированная и производительности V (D) J перестановок были оценены. Область определения взаимодополняемости 3 (CDR3) были также аннотированных последовательностях. Эти систематические экзамены иммуноглобулина последовательностей в данных .fna пользой были предоставлены23,22,IMGT/HighV-квест сервера24. Однако строительство трубопровода автоматизированной обработки имеет заслуги для анализа крупных экспериментальных данных. Конвейер, настроенные для каждой цели можно настроить с помощью отдельного протокола IgBLAST19. Этот подход требует программирования грамоте, но очень полезно для подробного анализа системы иммуноглобулин. Трубопроводов, в описанный являются примерами настраиваемого протокола (рис. 2).
Количество антител читает, дается пропорциональна количество антител РНК в образце, отражающие антитела составляющие антитело системы на время точки5,8,25. Метод, описанный здесь дает птичьего полета V (D) J Конституции репертуара антител, с использованием R-программы-8,-18,-26.
Глобальное представление IgM антител репертуаров отдельных наивно мышей показало высоко сохранены VDJ профиля по сравнению с теми IgG1 или IgG2c8. Было сообщено, что VDJ комбинации незрелых данио рерио, весьма стереотипные9. В отличие от человека VDJ комбинации сообщается чрезвычайно неравномерное6. Весьма сохранены детерминированной VDJ-профили в наивный B клетки являются вероятно либо порожденных перекос VDJ-перестановки или отрицательный отбор с авто антигены, представленные в организме. Например IGHV11-2 выражается преференциально в плода IgM репертуар27 и это преобладание приписывается autoreactivity IGHV11-2 против стареющей эритроцитов27. Интересно, что IGHV11-2 было также наиболее распространенных основных репертуар в нашем анализе опубликованных ранее наивных IgM8.
Метод, описанный здесь полезен для расшифровки репертуаров антиген отзывчивым антитела включительно анализируя антитела репертуар пространства, созданного в отдельных органах, избегая непреднамеренное упущение ключевых антитела репертуаров8, 10. Этот метод также позволяет изучение подробных антитела сети динамизм, который облегчит ускорить открытие защитных антител против новых патогенных организмов.

Антитело система является одной из основ приобретенной иммунной системы. Это очень мощный против вторжения патогенных микроорганизмов из-за его огромного разнообразия, тонкой антигена признание специфики и клоновых расширения антиген специфические клетки. Репертуар антител продуцирующие клетки B оценивается в более чем 1015 в одном отдельных1. Это огромное разнообразие генерируется с помощью VDJ рекомбинации генов иммуноглобулинов генетических локусов2. Описание всей клетки B репертуаров и их динамические изменения в ответ на антиген иммунизации поэтому является сложной, но существенно важное значение для полного понимания реакции антитела против вторгаясь патогенов.
Из-за их астрономических разнообразия клетки B репертуаров было рассматривать как черный ящик; Однако появление NGS технологий позволило прорывы для углубленного понимания их сложности3,4. Антитела весь репертуар успешно анализируются сначала в zebrafish5, затем мышей6и люди6,7. Хотя NGS теперь стал мощным инструментом в изучении адаптивного иммунного ответа, отсутствуют основные анализ общих черт и различий в репертуар антитела среди отдельных животных.
В мышей было сообщено, что репертуаров IgM почти идентичны между людьми, в то время как те IgG1 и IgG2c существенно отличаются между лицами8. В дополнение к V-ген профиль использования наблюдаемая частота VDJ-профиля в наивной периферийные клетки B очень похож между лицами8. Анализ аминокислотных последовательностей VDJ-региона также показал возникновение же соединительной последовательностей в разных мышей намного чаще, чем ранее мысли8. Эти результаты показывают, что механизмы для формирования репертуара антител может быть детерминированным, а не стохастические5,8,9. Процесс развития репертуара антител у мышей также успешно проанализирован с помощью NGS для дальнейшего подчеркнуть потенциал NGS для выявления антител иммунной системы в деталях10.
В настоящем докладе мы опишем простой и эффективный метод, чтобы визуализировать и анализировать репертуара антител на глобальном уровне.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.2 mL Strip Tubes</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AB0452</td>
			<td>120 strips</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100 bp DNA Ladder</td>
			<td>TOYOBO</td>
			<td>DNA-035</td>
			<td>0.5 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2100 Bioanalyzer Systems</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G2939BA /2100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic Acid</td>
			<td>Wako</td>
			<td>017-00256</td>
			<td>500 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose, NuSieve GTG</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>50084</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium Chloride</td>
			<td>Wako</td>
			<td>017-02995</td>
			<td>500 g</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Wako</td>
			<td>038-02606</td>
			<td>500 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s PBS (-)&#8220;Nissui&#8221;</td>
			<td>NISSUI&#160;</td>
			<td>08192</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediamine-N,N,N&#39;,N&#39;-tetraacetic Acid Disodium Salt Dihydrate (2NA)</td>
			<td>Wako</td>
			<td>345-01865</td>
			<td>500 g</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon 40 &#181;m Cell Strainer</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352340</td>
			<td>50/Case</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ling lock tube 1.7 mL</td>
			<td>BM EQUIPMENT</td>
			<td>BM-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ling lock tube 2.0 mL</td>
			<td>BM EQUIPMENT</td>
			<td>BM-20</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq Reagent Kit v2</td>
			<td>illumina</td>
			<td>MS-102-2003</td>
			<td>500 cycles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq System</td>
			<td>illumina</td>
			<td>SY-410-1003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop 2000c Spectrophotometer&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Hydrogen Carbonate</td>
			<td>Wako</td>
			<td>166-03275</td>
			<td>500 g</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PureLink RNA Mini Kit</td>
			<td>life technologies</td>
			<td>12183018A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 3.0 Fluorometer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Q33216</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>500 assays</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SMARTer RACE 5&#8217;/3&#8217; Kit&#160;</td>
			<td>Clontech&#160;</td>
			<td>634858</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaKaRa Ex Taq Hot Start Version&#160;</td>
			<td>Takara Bio Inc.&#160;</td>
			<td>RR006A&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trizma base</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T6066</td>
			<td>1 kg</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TRIzol Reagent</td>
			<td>AmbionThermo Fisher Scientific</td>
			<td>15596026</td>
			<td>100 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultra Clear qPCR Caps</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AB0866</td>
			<td>120 strips</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure Ethidium Bromide</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>15585011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System&#160;</td>
			<td>Promega&#160;</td>
			<td>A9282</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of mouse and human antibody repertoires by next-generation sequencing

Огромную приспособляемость признания антигена антитела является основой приобретенной иммунной системы. Несмотря на наше понимание молекулярных механизмов, лежащих в основе производства огромного репертуара антител, приобретенной иммунной системы, он не еще удалось прибыть в глобальное представление о полной антитела репертуар. В частности репертуары клетки B рассматриваются как черный ящик из-за их астрономическое количество антител клонов. Однако секвенирование нового поколения технологии позволяют прорывы увеличить наше понимание клетки B репертуар. В настоящем докладе мы опишем простой и эффективный метод, чтобы визуализировать и анализировать весь отдельных мыши и человеческих антител репертуары. Иммунных органов репрезентивно из селезенки мышей и мононуклеаров периферической крови в организме человека, всего РНК был подготовлен, обратной транскрипции и усиливаются с помощью метода 5'-гонки. Используя универсальный грунт вперед и антисмысловых грунтовки для постоянной доменов класс специфического антитела, антитела mRNAs были равномерно усиливается в пропорциях, отражающие их частоты в популяциях антитела. Ампликонов были упорядочены с помощью следующего поколения последовательности (НГС), давая более 105 антитела последовательности на иммунологические сэмпл. Мы описываем Протоколы антитела последовательности анализов, включая аннотации V (D) J-ген сегмента, птичьего репертуара антител, и наши вычислительные методы.

Репертуар антитела мыши
Перспектива мышиных антител репертуар в целом можно получить от клеток или тканей, таких как селезенки, костного мозга, лимфатических узлов или крови. Рисунок 3 показывает представитель результаты IgM, IgG1, IgG2c и иммуноглобулина лёгкие цепи (IgL) репертуар от Хандра мыши наивными. В таблице 3приводится краткая сводка чтения чисел. Например 166,175/475,144 считывает содержащиеся IgM конкретных подписей последовательности (Таблица 2) и 133,371/166,175 чтений были VDJ-продуктивной выведен на IgBLAST19.
Рисунок 3 показывает репертуар профиль VDJ-перестановка по 3D-VDJ-сюжет, в котором размер каждого мяча представляет относительное количество операций чтения; Иными словами количество антител mRNAs в целом B клеток. 3-D Сетка состоит из 110 IGHV, 12 IGHD и 4 IGHJ, которые выровнены на отражает их порядок в хромосоме. Кроме того гены, неоднозначно присвоенный IgBLAST были собраны отдельно в последней позиции для каждой IGHV, IGHD и IGHJ линии, что привело к 7,215 узлам в кубовидной.
Кроме того показано на рисунке 3 2D-VJ-сюжет показывает профиль VJ-перестановка в репертуаре IgL. Длина каждого бара на этом участке представляет относительное количество считываний. Ось x представляет 101 IGLVκ и 3 IGLVλ генов, а ось y 4 IGLJκ и 3 IGLJλ генов. Unannotated V-J-генов и представлены на правой границе.
Взаимодополняемость определение региона 3 (CDR3) последовательности этих продуктивных чтений, которые дают основания для большинства антиген связывая специфичности, даны в IgBLAST мероприятий. CDR3, которые могут быть статистически проанализированы последовательностей, включая биологические или технических реплицирует, как описано ранее8,10.
Репертуар человека антитела
С точки зрения человеческих антител репертуар в целом могут быть проанализированы из различных тканей, включая мононуклеаров периферической крови (получения) или патологических тканей. Рисунок 4 показывает представительных результатов IgM, IgG (IgG1, IgG2, IgG3 и IgG4) всего, всего IgA (IgA1 и IgA2), IgD, IgE и IgL репертуар от обычных репликацию. Резюме чтения чисел это показано в таблице 3. Например 90,238/1,582,754 считывает содержащиеся IgM конкретных подписи последовательности и 67,896/90,238 читает были VDJ-продуктивной.
Репертуар профиль VDJ перегруппировки показан на 3D-VDJ-сюжет, в котором размер каждого мяча представляет относительное количество операций чтения; Иными словами количество мРНК антитела от всей репликацию (рис. 4). 3-D Сетка состоит из 56 IGHV, 27 IGHD и 6 IGHJ, выравниваются в порядке, в котором они появляются на хромосоме. Кроме того гены, неоднозначно присвоенный IgBLAST представлены отдельно в последней позиции для каждой IGHV, IGHD и IGHJ линии, что привело к 11,172 узлам в кубовидной.
Профиль VJ-перестановка в репертуаре IgL изображен в 2D-VJ-сюжет, в котором длина каждого бара представляет относительное количество операций чтения (рис. 4). Ось x представляет 41 IGLVκ и 32 IGLVλ генов, а ось y представляет 5 IGLJκ и 5 IGLJλ генов. Удаления заметки V-J-генов и представлены на правой границе.
Человека последовательности CDR3 даны в IgBLAST выходы и могут быть проанализированы статистически, как описано ранее,8,10.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Иммуноглобулинов класса</td>
			<td>Чувство</td>
			<td>Antisense</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="2">Тяжелые цепи иммуноглобулинов мыши (C57BL/6)</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>IgM</td>
			<td>AGTCAGTCCTTCCCAAATGTC</td>
			<td>GACATTTGGGAAGGACTGACT</td>
		</tr>
<tr>
<td>IgG1</td>
			<td>AAAACGACACCCCCATCTGTC</td>
			<td>GACAGATGGGGGTGTCGTTTT</td>
		</tr>
<tr>
<td>(IgG1 вариант)</td>
			<td>AAAACAACACCCCCATCAGTC</td>
			<td>GACTGATGGGGGTGTTGTTTT</td>
		</tr>
<tr>
<td>IgG2c</td>
			<td>AAAACAACAGCCCCATCGGTC</td>
			<td>GACCGATGGGGCTGTTGTTTT</td>
		</tr>
<tr>
<td>IgG3</td>
			<td>GTGATCCCGTGATAATCGGCT</td>
			<td>AGCCGATTATCACGGGATCAC</td>
		</tr>
<tr>
<td>IgA</td>
			<td>TCCCTTGGTCCCTGGCTGCAG</td>
			<td>TCCCTTGGTCCCTGGCTGCAG</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="2">Легкие цепи иммуноглобина мыши (C57BL/6)</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Igκ</td>
			<td>CTGTATCCATCTTCCCACCATCCAGTGAGC</td>
			<td>GCTCACTGGATGGTGGGAAGATGGATACAG</td>
		</tr>
<tr>
<td>Igλ1</td>
			<td>TGTTTCCACCTTCCTCTGAAGAGCTCGAG</td>
			<td>CTCGAGCTCTTCAGAGGAAGGTGGAAACA</td>
		</tr>
<tr>
<td>Igλ2</td>
			<td>TGTTTCCACCTTCCTCTGAGGAGCTCAAG</td>
			<td>CTTGAGCTCCTCAGAGGAAGGTGGAAACA</td>
		</tr>
<tr>
<td>Igλ3</td>
			<td>TGTTTCCACCTTCCCCTGAGGAGCTCCAG</td>
			<td>CTGGAGCTCCTCAGGGGAAGGTGGAAACA</td>
		</tr>
<tr>
<td>Igλ4</td>
			<td>TGTTCCCACCTTCCTCTGAAGAGCTCAAG</td>
			<td>CTTGAGCTCTTCAGAGGAAGGTGGGAACA</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="2">Иммуноглобулин человека тяжелые цепи</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>IgM</td>
			<td>GGGAGTGCATCCGCCCCAAC</td>
			<td>GTTGGGGCGGATGCACTCCC</td>
		</tr>
<tr>
<td>IgG</td>
			<td>GCTTCCACCAAGGGCCCATC</td>
			<td>GATGGGCCCTTGGTGGAAGC</td>
		</tr>
<tr>
<td>IgA</td>
			<td>GCATCCCCGACCAGCCCCAA</td>
			<td>GACCGATGGGGCTGTTGTTTT</td>
		</tr>
<tr>
<td>IgD</td>
			<td>GCACCCACCAAGGCTCCGGA</td>
			<td>TCCGGAGCCTTGGTGGGTGC</td>
		</tr>
<tr>
<td>МГЭ</td>
			<td>GCCTCCACACAGAGCCCATC</td>
			<td>GATGGGCTCTGTGTGGAGGC</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="2">Легкие цепи иммуноглобина человека</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Igκ</td>
			<td>ACTGTGGCTGCACCATCTGC</td>
			<td>GCAGATGGTGCAGCCACAGT</td>
		</tr>
<tr>
<td>Igλ1, 2, 6</td>
			<td>GTCACTCTGTTCCCGCCCTC</td>
			<td>GAGGGCGGGAACAGAGTGAC</td>
		</tr>
<tr>
<td>Igλ3, 7</td>
			<td>GTCACTCTGTTCCCACCCTC</td>
			<td>GAGGGTGGGAACAGAGTGAC</td>
		</tr>
</tbody></table>Таблица 2: Краткое изложение иммуноглобулина подпись последовательностей

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Мышь IgH</td>
			<td>Всего читает</td>
			<td>IgM</td>
			<td>IgG1</td>
			<td>IgG2c</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Вход</td>
			<td>475,144</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>МКГР содержащих</td>
			<td></td>
			<td>166,175</td>
			<td>229,671</td>
			<td>36,628</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>VDJ-производственного</td>
			<td></td>
			<td>133,371</td>
			<td>196,583</td>
			<td>31.446</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Мышь IgL</td>
			<td>Всего читает</td>
			<td>IgKappa</td>
			<td>IgLambda</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Вход</td>
			<td>527,668</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>МКГР содержащих</td>
			<td></td>
			<td>178,948</td>
			<td>21,446</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>VJ-производственного</td>
			<td></td>
			<td>160,924</td>
			<td>16,988</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Человека IgH</td>
			<td>Всего читает</td>
			<td>IgM</td>
			<td>IgG</td>
			<td>IgA</td>
			<td>IgD</td>
			<td>МГЭ</td>
		</tr>
<tr>
<td>Вход</td>
			<td>1,582,754</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>МКГР содержащих</td>
			<td></td>
			<td>90,238</td>
			<td>5,298</td>
			<td>94,061</td>
			<td>75,549</td>
			<td>2932</td>
		</tr>
<tr>
<td>VDJ-производственного</td>
			<td></td>
			<td>67,896</td>
			<td>2775</td>
			<td>78,203</td>
			<td>56,495</td>
			<td>3</td>
		</tr>
<tr>
<td>Человека IgL</td>
			<td>Всего читает</td>
			<td>IgKappa</td>
			<td>IgLambda</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Вход</td>
			<td>1,582,754</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>МКГР содержащих</td>
			<td></td>
			<td>120,316</td>
			<td>64,148</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>VJ-производственного</td>
			<td></td>
			<td>97,169</td>
			<td>52,324</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
</tbody></table>Таблица 3: Сводка чтения чисел в экспериментах
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58804/58804fig1.jpg"> Рисунок 1: Схематическое представление sequencing стратегии для анализа антител репертуаров отдельных мышей. (A) Общая РНК от иммунных клеток или тканей была обратной транскрипции и ПЦР усиливается с помощью универсальной вперед грунт и класс специфического иммуноглобулина вспять грунтовки. Ампликонов от каждого класса иммуноглобулинов были объединены и отображается для следующего поколения последовательности. (B) биологического реплицирует такие как селезенки от мышей C57BL/6 относились следующие: Общая RNAs были очищенного от образцов селезёнки, и cDNAs были усилены 5'-гонки, используя универсальный грунт и антитела класса специфического праймера. Затем они были вынесены для виртуализации нового поколения с маркировки Праймеры для отдельных мышей. Части рисунка заимствована из8 с разрешения. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58804/58804fig1large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58804/58804fig2.jpg"> Рисунок 2: схема блок обработки данных для анализа антител репертуаров отдельных мышей. Ампликон читает, полученные после виртуализации нового поколения были обработаны следующим образом: (1) чтения последовательности были проверены на наличие антител подпись класс специфических последовательностей; (2) последовательностей были изучены для V, D, и J гена фрагменты с помощью IMGT/HighV-Quest и/или IgBLAST; (3 последовательностей, содержащих продуктивной VDJ Джанкшен были собраны; и (4) эти последовательности были использованы для анализа общего справочника функций, CDR3, и т.д. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58804/58804fig2large.jpg" target="_blank">пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58804/58804fig3.jpg"> Рисунок 3: глобальные данные визуализации для репертуаров антитела мыши. Общий репертуар профили каждого антитела класса были визуализировать 3D-VDJ-участок. Ось x представляет 110 IGHV гены на хромосоме. Y - и z - оси представляет собой 12 IGHD и 4 IGHJ генов, соответственно. Объем сфер на каждом узле представляет количество считываний. Красные сферы: удаления заметки V, D и J гены. IgL читать дистрибутивы приведены на 2D-VJ-сюжет, в котором длина каждого бара представляет относительное количество считываний. Ось x представляет 101 x 3 генов x IGLVλ и IGLVκ, а ось y представляет 4 x 3 генов x IGLJλ и IGLJκ. Удаления заметки V и J гены представлены на правой границе. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58804/58804fig3large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58804/58804fig4.jpg"> Рисунок 4: Визуализация глобальных данных для человека антитела репертуаров. Общий репертуар профили каждого антитела класса были визуализировать 3D-VDJ-участок. Ось x представляет 56 IGHV гены на хромосоме. Y - и z - оси представляет 27 IGHD и 6 IGHJ генов, соответственно. Объем сфер на каждом узле представляет количество считываний. Красные сферы: удаления заметки V, D и J гены. Читает IgL выстроились на 2D-VJ-сюжет, в котором длина каждого бара представляет относительное количество считываний. Ось x представляет 41 x 32 генов x IGLVλ и IGLVκ, а ось y представляет 5 x 5 генов x IGLJλ и IGLJκ. Удаления заметки V-J-генов и представлены на правой границе. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58804/58804fig4large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Mouse and Human Antibody Repertoires by Next-Generation Sequencing at JoVE.com

Identification of Mouse and Human Antibody Repertoires by Next-Generation Sequencing

Здесь мы описываем протоколы для анализа и визуализации структуры и Конституции репертуаров всего антитела. Это включает в себя приобретение огромные последовательностей РНК антитела, с помощью следующего поколения последовательности.

Идентификация мыши и репертуаров человека антитела путем Sequencing следующего поколения

The immense adaptability of antigen recognition by antibodies is the basis of the acquired immune system. Despite our understanding of the molecular ...

В этом видео мы описываем простой и эффективный метод визуализации и анализа репертуара антител на глобальном уровне. Можно описать весь репертуар В-клеток у людей и их динамические изменения в ответ на иммунную стимуляцию. Этот метод может быть применен для анализа патологических образцов у пациентов возникающих вирусных инфекций и для получения данных с беспрецедентным пониманием патогенеза инфекции.Одной из наиболее интересных областей для применения является контроль вакцины. Эффективность вакцины можно оценить путем анализа динамики глобального репертуара антител у лиц, управляемых вакцинами. Индивидуум нов к этому методу может оптимизировать условия PCR потому что эффективность усиления гена антитела зависит на типах стартовых материалов.Фла-шер для идентификации иммуноглобулинов. Важно продемонстрировать эти действия визуально. Демонстрация процедуры будет мисс Саюри Ямагути и г-н Ханбин Сюэ, техник и аспирант из моей лаборатории.Чтобы начать эту процедуру, вскрыть ткань из восьминедельной C57 черный шесть мыши и передать его через сетку из нержавеющей стали с двумя миллилитров PBS для получения рассеянных клеток. Перенесите подвеску клетки в двухми миллилитровую микроцентрифугную трубку и центрифугу при 600 г и при четырех градусах Цельсия в течение пяти минут. Отбросьте супернатант и добавьте 800 микролитров буфера лизайного ACK к грануле.Инкубировать на льду в течение двух минут, чтобы подысать красные кровяные тельца в ткани. Далее, мыть клетки тканей три раза с помощью трех миллилитров PBS для каждой стирки. Центрифуга снова в 600 раз г и четыре градуса по Цельсию в течение пяти минут.Откажитесь от супернатанта и добавьте 800 микролитров фенола/гуанидина изотиоцианата реагента в гранулы и вихрь тщательно. Инкубировать при 25 градусах по Цельсию в течение пяти минут. Затем добавьте 200 микролитров хлороформа и встряхните вручную в течение 15 секунд.Инкубировать при 25 градусах по Цельсию в течение двух минут. Центрифуга при 12 000 раз г и при 25 градусах по Цельсию, чтобы отделить фазы. Перенесите верхнюю aqueous фазу к свежей пробке.Добавьте один том 70% этанола. Vortex кратко и применить эту смесь к колонке кремнезема спина. Утете РНК с 30 до 100 микролитров воды.После этого используйте флюорометр для количественной оценки начальной концентрации РНК. Храните очищенную РНК при температуре минус 80 градусов по Цельсию. Во-первых, синтезировать первую прядь cDNA от двух до 10 микрограммов общего шаблона РНК с помощью 5'RACE CDS грунтовки и олигонуклеотида SMART-PCR в соответствии с инструкциями производителя.Для мыши иммуноглобулин, ПЦР усиливают cDNA с высокой точностью ДНК полимеразы, используя универсальный вперед грунтовки и иммуноглобулин класса конкретных обратных грунтовки, как указано в текстовом протоколе. Для иммуноглобулина человека, выполнить первый ПЦР с использованием универсального вперед грунтовки и иммуноглобулин класса конкретных обратных грунтовки с тегами последовательностей. Включите последовательности индексов для каждого образца по второму ПЦР с использованием праймеров последовательность индексов.Далее, электрофорез любой из продуктов ПЦР на 2%agarose гель. Визуализуй ДНК-полосы на уф-трансиллюминаторе и вырежьте ломтик геля, содержащий широкую полосу между 600 и 800 базовыми парами. Добавьте 10 микролитров мембранно-связывающего раствора на 10 миллиграммов ломтика геля.Смешайте и инкубировать при 50 до 65 градусов по Цельсию, пока гель ломтики полностью растворяются. Затем перенесите раствор геля на колонку вращения кремнеземной мембраны. Вымойте столбец один раз с помощью буфера для мытья и утехи ДНК с помощью 50 микролитров воды без нуклеазы.Используя флюорометр, количественно очищаемые ампликоны и объединить ампликоны из каждого класса иммуноглобулина в равных количествах для секвенирования NGS. После этого используйте микрокапильярий на основе электрофореза с чипом размеров ДНК для определения размера и концентрации библиотек. Храните библиотеки при температуре минус 20 градусов по Цельсию.Во-первых, создать образец таблицы секвенирования запуска, как указано в текстовом протоколе. Далее оттаивать реагент картриджа и библиотек. Сделайте 0,2 нормального раствора гидроксида натрия и разбавьте библиотеки, чтобы получить желаемые концентрации моляров.Затем прополощите и высушите ячейку потока и добавьте 600 микролитров разбавленного и денатурированного библиотечного раствора в колодец картриджа реагента и начните секвенирование. Перспектива murine антител репертуара в целом могут быть получены из клеток или тканей, таких как селезенка, костный мозг, лимфатический узел, или крови. Здесь показаны репрезентативные результаты репертуаров световой цепи IgM, IgG1, IgG2c и иммуноглобулина из наивной селезенки мыши.В V(D)J перестановки 3D V(D)J участок, размер каждого шара представляет собой относительное количество читает. Другими словами, он представляет собой количество мРНК антител в целых клетках группы В. 3D-сетка состоит из 110 иммуноглобулиных тяжелых генов цепи V, 12 генов иммуноглобулина тяжелой цепи D и четырех иммуноглобулиных тяжелых цепных J генов, которые выровнены, чтобы отразить их порядок на хромосоме.Сюжет 2D VJ показывает профиль перестановки VJ в репертуаре IGL. Длина каждого бара представляет собой относительное количество считых. X-ось представляет 101 иммуноглобулин световой цепи V-каппа генов, и три иммуноглобулина световой цепи V-lambda генов, и Y-оси представляет собой четыре иммуноглобулина световой цепи J-каппа генов, и три иммуноглобулина световой цепи J-lambda генов.Перспектива репертуара антител человека в целом может быть проанализирована из различных тканей, включая периферические моноядерные клетки крови или патологические ткани. Здесь показаны репрезентативные результаты IgM, Total IgG, Total IgA, IgD, IgE и IgL из нормальных периферических моноядерных клеток крови. Как и модель murine, репертуарный профиль перестановки V(D)J отображается на сюжете 3D V(D)J, в котором размер каждого шара представляет собой относительное количество считываний.3D-сетка состоит из 56 генов иммуноглобулина тяжелой цепи V, 27 генов иммуноглобулина тяжелой цепи D и шести генов иммуноглобулина тяжелой цепи J, выровненных в порядке, в каком они появляются на хромосоме. Профиль перестановки VJ в репертуаре IgL изображен в сюжете 2D VJ, в котором длина каждого бара представляет относительное количество считываний. X-ось представляет собой 41 иммуноглобулиновую световую цепь V-каппа генов, и 32 иммуноглобулин световой цепи V-lambda генов, и Y-оси представляет собой пять иммуноглобулин световой цепи J-каппа генов, и пять иммуноглобулин световой цепи J-lambda генов.В материале исследования этого протокола можно ехать небольшое количество отсортированных клеток по цитометрии потока или даже клочья патологических образцов. Однако потребуется тщательная оптимизация условий ПЦР. Поскольку выходная информация этого протокола огромна, грамотность в области биоинформатики поможет найти структуру сети антител.Это приведет к глубокому пониманию иммунной системы.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Invasion of Human Cells by a Bacterial Pathogen

Вторжение клеток человека от бактериальных патогенов

Here we will describe how we study the invasion of human endothelial cells by bacterial pathogen Staphylococcus aureus . The general protocol can be ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Визуализация иммунологических синапсов на двойной цвет времени закрытого вынужденного излучения истощения (STED) Наноскопия

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS

Идентификация редких бактериальными патогенами с 16S рРНК секвенирование гена и MALDI-TOF MS

There are a number of rare and, therefore, insufficiently described bacterial pathogens which are reported to cause severe infections especially in ...

A Semi-automated Approach to Preparing Antibody Cocktails for Immunophenotypic Analysis of Human Peripheral Blood

Полуавтоматический подход к подготовке антител коктейли Иммунофенотипирование периферической крови человека

Immunophenotyping of peripheral blood by flow cytometry determines changes in the frequency and activation status of peripheral leukocytes during disease ...

Developing a Salivary Antibody Multiplex Immunoassay to Measure Human Exposure to Environmental Pathogens

Разработка слюнных антитела Multiplex иммуноанализа для измерения воздействия на человека окружающей среды патогенам

The etiology and impacts of human exposure to environmental pathogens are of major concern worldwide and, thus, the ability to assess exposure and ...

Measuring Influenza Neuraminidase Inhibition Antibody Titers by Enzyme-linked Lectin Assay

Измерение гриппа нейраминидазы ингибирования Титры антител методом ферментативного лектина Пробирной

Antibodies to neuraminidase (NA), the second most abundant surface protein on influenza virus, contribute toward protection against influenza. Traditional ...

Development and Identification of a Novel Subpopulation of Human Neutrophil-derived Giant Phagocytes In Vitro

Development and Identification of a Novel Subpopulation of Human Neutrophil-derived Giant Phagocytes In Vitro

Разработка и идентификация романа субпопуляции человеческого нейтрофилами производного Giant фагоцитов<em&gt; In Vitro</em

Neutrophils (PMN) are best known for their phagocytic functions against invading pathogens and microorganisms. They have the shortest half-life amongst ...

Murine Lymphocyte Labeling by 64Cu-Antibody Receptor Targeting for In Vivo Cell Trafficking by PET/CT

Murine Lymphocyte Labeling by 64Cu-Antibody Receptor Targeting for In Vivo  Cell Trafficking by PET/CT

Мышиные лимфоцит Этикетировочное по<sup&gt; 64</sup&gt; Си-антитело к рецептору Ориентация на<em&gt; В Vivo</em&gt; Cell Торговля ПЭТ / КТ

This protocol illustrates the production of 64Cu and the chelator conjugation/radiolabeling of a monoclonal antibody (mAb) followed by murine lymphocyte ...

Peptide Scanning-assisted Identification of a Monoclonal Antibody-recognized Linear B-cell Epitope

Пептид Сканирование при содействии идентификации моноклональных антител узнаваемым Линейная B-клеточный эпитоп

The identification of an antigenic epitope by the immune system allows for the understanding of the protective mechanism of neutralizing antibodies that ...

Small RNA Transfection in Primary Human Th17 Cells by Next Generation Electroporation

Малые РНК Трансфекция в первичных человеческих Th17 клеток с помощью следующего поколения электропорации

CD4+ T cells can differentiate into several subsets of effector T helper cells depending on the surrounding cytokine milieu. Th17 cells can be generated ...