Name: analysis of protein folding, transport, and degradation in living cells by radioactive pulse chase
Uploaded: 2019-02-12T13:30:00
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Les auteurs remercient tous les membres du laboratoire Braakman, passés et présent, pour leurs discussions fructueuses et aident à développer les méthodes présentées dans cet article. Ce projet a été financé par le Conseil européen de la recherche au titre septième Programme-cadre (7e PC/2007-2013) N ° de l’Union européenne 235649 tant l’organisation pays-bas de la recherche scientifique (NWO) en vertu de l’ECHO-programme N ° 711.012.008.

Tous les réactifs radioactifs et les procédures ont été traitées conformément aux règlements et les règles locales de rayonnement de l’Université d’Utrecht.
1. pulse Chase
<ol><li>
Pulse-Chase pour les cellules adhérentes NOTE : Les volumes donnés ici sont basées sur les boîtes de culture cellulaire 60 mm. Pour 35 mm ou 100 mm plats, multiplier les volumes de 1/2 ou 2, respectivement. Ce protocole utilise un temps d’impulsion des temps 10 min et chase ...

<ol>
	<li>Ellgaard, L., McCaul, N., Chatsisvili, A., Braakman, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Co-+and+Post-Translational+Protein+Folding+in+the+ER.">Co- and Post-Translational Protein Folding in the ER.</a> Traffic. 17 (6), 615-638 (2016).</li><li>Pisoni, G. B., Molinari, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Five+Questions+(with+their+Answers)+on+ER-Associated+Degradation.">Five Questions (with their Answers) on ER-Associated Degradation.</a> Traffic. 17 (4), 341-350 (2016).</li><li>Lamriben, L., Graham, J. B., Adams, B. M., Hebert, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-Glycan-based+ER+Molecular+Chaperone+and+Protein+Quality+Control+System:+The+Calnexin+Binding+Cycle.">N-Glycan-based ER Molecular Chaperone and Protein Quality Control System: The Calnexin Binding Cycle.</a> Traffic. 17 (4), 308-326 (2016).</li><li>Snapp, E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+topology+around+the+cleavage+site+regulate+post-translational+cleavage+of+the+HIV-1+gp160+signal+peptide.">Structure and topology around the cleavage site regulate post-translational cleavage of the HIV-1 gp160 signal peptide.</a> Elife. 6, 26067 (2017).</li><li>Braakman, I., Hoover-Litty, H., Wagner, K. R., Helenius, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Folding+of+influenza+hemagglutinin+in+the+endoplasmic+reticulum.">Folding of influenza hemagglutinin in the endoplasmic reticulum.</a> Journal of Cell Biology. 114 (3), 401-411 (1991).</li><li>Jansens, A., van Duijn, E., Braakman, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coordinated+nonvectorial+folding+in+a+newly+synthesized+multidomain+protein.">Coordinated nonvectorial folding in a newly synthesized multidomain protein.</a> Science. 298 (5602), 2401-2403 (2002).</li><li>Land, A., Braakman, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Folding+of+the+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+glycoprotein+in+the+endoplasmic+reticulum.">Folding of the human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein in the endoplasmic reticulum.</a> Biochimie. 83 (8), 783-790 (2001).</li><li>Singh, Y., Garden, O. A., Lang, F., Cobb, B. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Retroviral+Transduction+of+Helper+T+Cells+as+a+Genetic+Approach+to+Study+Mechanisms+Controlling+their+Differentiation+and+Function.">Retroviral Transduction of Helper T Cells as a Genetic Approach to Study Mechanisms Controlling their Differentiation and Function.</a> Journal of Visualized Experiments. (117), e54698 (2016).</li><li>Das, A. T., Land, A., Braakman, I., Klaver, B., Berkhout, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+evolves+into+a+nonsyncytium-inducing+virus+upon+prolonged+culture+in+vitro.">HIV-1 evolves into a nonsyncytium-inducing virus upon prolonged culture in vitro.</a> Virology. 263 (1), 55-69 (1999).</li><li>Chen, W., Helenius, J., Braakman, I., Helenius, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cotranslational+folding+and+calnexin+binding+during+glycoprotein+synthesis.">Cotranslational folding and calnexin binding during glycoprotein synthesis.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 92 (14), 6229-6233 (1995).</li><li>Daniels, R., Kurowski, B., Johnson, A. E., Hebert, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-linked+glycans+direct+the+cotranslational+folding+pathway+of+influenza+hemagglutinin.">N-linked glycans direct the cotranslational folding pathway of influenza hemagglutinin.</a> Molecular Cell. 11 (1), 79-90 (2003).</li><li>Ferreira, L. R., Norris, K., Smith, T., Hebert, C., Sauk, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Association+of+Hsp47,+Grp78,+and+Grp94+with+procollagen+supports+the+successive+or+coupled+action+of+molecular+chaperones.">Association of Hsp47, Grp78, and Grp94 with procollagen supports the successive or coupled action of molecular chaperones.</a> Journal of Cellular Biochemistry. 56 (4), 518-526 (1994).</li><li>Hoelen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+primary+folding+defect+and+rescue+of+DeltaF508+CFTR+emerge+during+translation+of+the+mutant+domain.">The primary folding defect and rescue of DeltaF508 CFTR emerge during translation of the mutant domain.</a> PLoS One. 5 (11), 15458 (2010).</li><li>Kleizen, B., van Vlijmen, T., de Jonge, H. R., Braakman, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Folding+of+CFTR+is+predominantly+cotranslational.">Folding of CFTR is predominantly cotranslational.</a> Molecular Cell. 20 (2), 277-287 (2005).</li><li>Hagiwara, M., Ling, J., Koenig, P. A., Ploegh, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Posttranscriptional+Regulation+of+Glycoprotein+Quality+Control+in+the+Endoplasmic+Reticulum+Is+Controlled+by+the+E2+Ub-Conjugating+Enzyme+UBC6e.">Posttranscriptional Regulation of Glycoprotein Quality Control in the Endoplasmic Reticulum Is Controlled by the E2 Ub-Conjugating Enzyme UBC6e.</a> Molecular Cell. 63 (5), 753-767 (2016).</li><li>Copeland, C. S., Doms, R. W., Bolzau, E. M., Webster, R. G., Helenius, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assembly+of+influenza+hemagglutinin+trimers+and+its+role+in+intracellular+transport.">Assembly of influenza hemagglutinin trimers and its role in intracellular transport.</a> Journal of Cell Biology. 103 (4), 1179-1191 (1986).</li></ol>

Les méthodes Pulse-chase ont été essentiels pour développer la compréhension des scientifiques de protéine pliage dans les cellules intactes. Alors que nous avons tenté de fournir une méthode qui est aussi générale que possible, cette approche a le potentiel pour des variations presque infinies étudier les divers processus qui se produisent pendant le pliage, le transport et la vie des protéines à l’intérieur de la cellule.
Lors d’une poursuite de l’impulsion à l’aide de...

Le repliement des protéines de même relativement simple implique plusieurs différentes enzymes pliants, chaperons moléculaires et modifications covalentes1. Une reconstitution complète de ces processus in vitro est pratiquement impossible, étant donné le grand nombre de différents composants impliqués. Par conséquent, il est hautement souhaitable, pour étudier le repliement in vivo, dans des cellules vivantes des protéines. Techniques de chasse radioactifs s’avérer un outil puissant pour l’étude de la synthèse, pliage, transport et la dégradation des protéines dans leur environnement naturel.
Le métabolisme d’étiquetage de protéines au cours d’une brève impulsion avec 35S-labeled méthionine/cystéine, suivie d’une course-poursuite en l’absence d’un marqueur radioactif, permet un suivi spécifique d’une population de protéines nouvellement synthétisées dans le milieu cellulaire la plus large. Ensuite les protéines cibles peuvent être isolée par immunoprécipitation et analysés par SDS-PAGE ou autres techniques. Pour beaucoup de protéines, leur périple à travers la cellule est marquée par des modifications visibles sur gel SDS-PAGE. Par exemple, le transport des protéines glycosylées du réticulum endoplasmique (ER) à l’appareil de Golgi est souvent accompagné par des modifications de N-glycanes ou l’addition de O-glycanes2,3. Ces modifications provoquent des augmentations importantes dans la masse moléculaire apparente, qui peut être vu par les changements de mobilité en SDS-PAGE. Maturation peut également être marquée par des clivages protéolytiques, tels que le clivage du peptide signal ou l’enlèvement de pro-peptides, entraînant des changements dans la masse moléculaire apparente que l'on peut suivre facilement sur de gel SDS-PAGE4. La radioactivité a des avantages considérables sur des techniques comparables tels que les poursuites de cycloheximide, où elle empêche la synthèse de nouvelles protéines, comme les traitements plus longs sont toxiques pour les cellules et n’excluent pas la majorité des protéines âgées, équilibre de la analyse, que certaines protéines ont des demi-vies de jours. La comparaison des protéines sous les deux non réductrice et conditions réductrices permet l’analyse de formation de la liaison disulfure, une étape importante dans le pliage de nombreuses protéines sécrétoires4,5,6, 7.
Nous décrivons ici une méthode générale d’analyse de repliement des protéines et de transport dans les cellules intactes, en utilisant une approche radioactifs pulse-chase. Alors que nous avons visant à assurer l’application de la méthode détaillée que possible, le protocole a un potentiel presque illimité pour adaptabilité et permettra l’optimisation pour l’étude des protéines spécifiques de chaque lecteur.
Deux protocoles alternatifs pulse-chase, un pour les cellules adhérentes (étape 1.1 du protocole présenté ici) et l’autre pour les cellules en suspension (étape 1.2 du protocole présenté ici) sont fournis. Les conditions prévues ici suffisent visualiser une protéine exprimée avec moyen - à haut-niveau d’expression. Si le lecteur ne fonctionne pas avec les protéines mal exprimées ou diverses conditions après le traitement, comme plusieurs d’immunoprécipitation, il est nécessaire d’augmenter la taille du plat ou le nombre de cellules de façon appropriée.
Pour chase de suspension de pouls, les échantillons de chase prélevés à chaque instant sont tirées d’un seul tube de cellules. Les étapes de lavage après l’impulsion sont omises ; au lieu de cela, plus l’incorporation de 35S est empêchée par dilution avec un excès élevé de non étiqueté méthionine et la cystéine.
Les protocoles présentés utilisent radioactifs 35S-labeled cystéine et méthionine pour suivre le processus de repliement des protéines cellulaires. Toutes les opérations avec des réactifs radioactifs doivent être effectuées à l’aide de mesures de protection appropriées afin de minimiser toute exposition de l’opérateur et l’environnement aux rayonnements radioactifs et être effectuée dans un laboratoire désigné. Comme le pulse-chase étiquetage technique est relativement inefficace en temps de pulsation courte (< 15 min), moins de 1 % du montant de départ de la radioactivité est incorporé dans les protéines nouvellement synthétisées. Après l’enrichissement de la protéine par immunoprécipitation de la cible, l’échantillon pour SDS-PAGE contient moins de 0,05 % du montant de départ de la radioactivité.
Bien que le 35S méthionine et la cystéine étiquetage mix est stabilisé, une décomposition, produisant des composés radioactifs volatils, se produira. Pour protéger le chercheur et l’appareil, certaines précautions doivent être prises. Le chercheur doit toujours obéir aux règles de sécurité de rayonnement local et peut porter un charbon masque, outre une blouse et des gants (doubles) de soins infirmiers. Flacons stocks avec 35S méthionine et la cystéine devraient toujours être ouvert dans une hotte aspirante ou sous un point d’aspiration locale. Taches de contamination connue de laboratoire sont centrifugeuses, pipettes, bains-marie, incubateurs et dispositifs trembleurs. La contamination de ces zones est réduite à l’aide de pointes de pipette avec un filtre à charbon actif, positif-seal microtubes à centrifuger (voir Table des matières), éponges aquarium charbon de bois dans l’eau bains, charbon filtre papiers collés dans les plats de chasse, renfort en charbon de bois dans le système d’aspiration et le placement des plats contenant des grains de charbon de bois dans des incubateurs ou des récipients de stockage.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:707px;" width="707">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">1.5 mL safeseal microcentrifuge tubes</td>
			<td style="width:71px;">Sarstedt</td>
			<td style="width:119px;">72.706.400</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Acetic Acid</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>A6283</td>
			<td style="width:301px;">glacial acetic acid</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">BAS Storage phosphor screen 20x25 cm</td>
			<td style="width:71px;">GE Life Sciences</td>
			<td align="right" style="width:119px;">28956475</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Bromophenol Blue</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>B8026</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Carestream Biomax MR films</td>
			<td style="width:71px;">Kodak</td>
			<td>Z350370-50EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Cell-culture media</td>
			<td style="width:71px;">Various</td>
			<td>N/A</td>
			<td style="width:301px;">Normal cell culture media for specific cell-lines used</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Cell-culture media, no methionine/cysteine</td>
			<td style="width:71px;">Various</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td style="width:301px;">Same media formulation as normal culture media e.g DMEM/MEM/RPMI, lacking methionine and cysteine</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Charcoal filter paper</td>
			<td style="width:71px;">Whatman</td>
			<td align="right" style="width:119px;">1872047</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">Charcoal filtered pipette tips</td>
			<td style="width:71px;">Molecular bioproducts</td>
			<td>5069B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Charcoal vacu-guard</td>
			<td style="width:71px;">Whatman</td>
			<td align="right" style="width:119px;">67221001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Coomassie Brilliant Blue R250</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>112,553</td>
			<td style="width:301px;">for electrophoresis</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Cysteine</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>C7352</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade, Make 500 mM stock, store at -20&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>10197777001</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">EasyTag Express35S Protein Labeling Mix</td>
			<td style="width:71px;">Perkin Elmer</td>
			<td>NEG772014MC</td>
			<td style="width:301px;">Other size batches of label are available depending on useage</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">EDTA</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>E1644</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Gel-drying equipment</td>
			<td style="width:71px;">Various</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glycerol</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>G5516</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Grade 3 chromatography paper</td>
			<td style="width:71px;">GE Life Sciences</td>
			<td style="width:119px;">3003-917</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Hank&#39;s Balanced Salt Solution (HBSS)</td>
			<td style="width:71px;">Gibco</td>
			<td>24020117</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">HEPES</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>H4034</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade, Make 1M stock pH 7.4, store at 4&#730;C</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Kimwipes delicate task wipes</td>
			<td style="width:71px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">21905-026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">MES</td>
			<td style="width:71px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:119px;">M3671</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Methanol</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>MX0490&#160;</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Methionine</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>M5308</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade, Make 250 mM stock, store at -20</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Minigel casting/running equipment</td>
			<td style="width:71px;">Various</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">NaCl</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>S7653</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">N-ethylmaleimide</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>E3876</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade, Make 1M stock in 100% ethanol, store at -20</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">PBS</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">P5368</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Protein-A Sepharose fastflow beads</td>
			<td style="width:71px;">GE health-care</td>
			<td style="width:119px;">17-5280-04</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>L3771</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Triton X-100</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>T8787</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Trizma base (Tris)</td>
			<td style="width:71px;">Sigma</td>
			<td>T6066</td>
			<td style="width:301px;">Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Typhoon IP Biomolecular imager</td>
			<td style="width:71px;">Amersham</td>
			<td align="right" style="width:119px;">29187194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Unwire Test Tube Rack 20 mm for waterbath</td>
			<td style="width:71px;">Nalgene</td>
			<td>5970-0320PK</td>
			<td style="width:301px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of protein folding, transport, and degradation in living cells by radioactive pulse chase

Marquage radioactif pulse-chase est un outil puissant pour l’étude de la maturation conformationnelle, le transport vers leur localisation cellulaire fonctionnelle et la dégradation des protéines cibles dans des cellules vivantes. En utilisant les radiolabeling temps courts (impulsion) (< 30 min) et étroitement contrôlé fois chase, il est possible d’étiqueter seulement une petite fraction de la piscine de protéines totales et suivre son pliage. Lorsqu’il est combiné avec non-réducteurs/réduire l’électrophorèse sur gel SDS-polyacrylamide (SDS-PAGE) et immunoprécipitation avec des anticorps (conformation spécifique), processus de pliage peut être examiné en détail. Ce système a été utilisé pour analyser le repliement des protéines avec une énorme variation de propriétés telles que des protéines solubles, des protéines transmembranaires simples et multi-pass, fortement protéines N - et O-glycosylées et des protéines avec ou sans une vaste disulfure collage. Méthodes de chasse sont à la base des études cinétiques dans une gamme de fonctionnalités supplémentaires, notamment des co - et des modifications post-traductionnelles oligomérisation et polymérisation, essentiellement en permettant l’analyse d’une protéine de la naissance à la mort. Études de Pulse-chase sur le repliement des protéines sont complémentaires avec d’autres méthodes biochimiques et biophysiques pour l’étude des protéines in vitro en offrant une résolution temporelle accrue et des informations physiologiques. Les méthodes décrites dans cet article sont facilement adaptés pour étudier le repliement des presque toute protéine qui peut être exprimé dans les systèmes de mammifères ou des insectes-cellule.

Le repliement et la sécrétion de la gp120 du VIH-1 d’un chase impulsion adhérentes est illustré à la Figure 2. Le gel non réductrice (NR de cellules dans la figure) montre le repliement oxydatif de gp120. Immédiatement après la pulsion d’étiquetage de gp120 5 min (0 min chase) apparaît comme une bande diffuse plus élevée dans le gel, et à mesure que progresse la chase, la bande migre vers le bas le gel grâce à encore plus diffus pliage inte...

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Analysis of Protein Folding, Transport, and Degradation in Living Cells by Radioactive Pulse Chase

Analyse de repliement des protéines, des transports et dégradation dans les cellules vivantes par radioactifs Pulse Chase

Nous décrivons ici un protocole pour une méthode de chasse générale qui permet l’analyse cinétique de pliage, le transport et la dégradation des protéines qui doivent être suivies dans des cellules vivantes.

Radioactive pulse-chase labeling is a powerful tool for studying the conformational maturation, the transport to their functional cellular location, and ...

La chasse aux impulsions radioactives à l’aide de 35 méthionine et cystéine étiquetées S est toujours la seule méthode biochimique pour étudier la biosynthèse protéique avec le temps dans les cellules vivantes. La biosynthèse protéique couvre à la fois la traduction, le pliage et l’assemblage, ainsi que le trafic et la dégradation. La combinaison de la chasse aux impulsions radioactives avec l’analyse des modifications des protéines co-et post-traduction, telles que la formation de liaisons de disulfide et l’acétylation fournit un essai sensible et quantitatif pour étudier la foi de la protéine avec le temps.Une bonne concentration et une manipulation expérimentale sont nécessaires pour cette procédure. Une bonne préparation est cruciale, comme les tampons, votre espace de travail radioactif et un calendrier clair. Cette vidéo fournit une vue claire sur l’épaule du protocole radioactif de chasse aux impulsions.La démonstration de la procédure sera Hui Ying Yeoh, un candidat pHd de notre laboratoire. Pour commencer cette procédure, les cellules transfect et de culture des semences telles qu’décrites dans le protocole textuel. Avant la chasse aux impulsions, inspectez vos cellules au microscope.Ensuite, lavez la vaisselle avec deux millilitres de tampon de lavage. Et deux millilitres de moyenne de famine aux cellules et placer les plats dans un incubateur humidifié à 37 degrés Celsius avec 5% de dioxyde de carbone pendant 15 minutes. Assurez-vous que votre chasse au pouls mise en place est en ordre.Transférer la vaisselle sur les grilles du bain d’eau, préchauffé à 37 degrés Celsius. Assurez-vous que la vaisselle est en contact avec l’eau, mais ne flottez pas. Ensuite, démarrez une insurrateur.À 40 secondes, aspirer le milieu de famine. À l’aide d’un micro pipet, dessinez 600 microlitres de solution d’impulsion. À exactement une minute, ajouter délicatement la solution d’impulsion au centre du plat.Répétez ce processus d’élimination du milieu de famine et d’ajout de la solution d’impulsion pour les plats restants à intervalles d’une minute. À exactement 11 minutes et pour tous les plats suivants, selon le schéma de chasse au pouls, à l’exception de l’échantillon de chasse de zéro minute, ajouter deux millilitres de milieu de chasse directement au plat. Aspirez le milieu de chasse et remplacez-le par deux millilitres de milieu de chasse frais.Répétez ce processus pour tous les plats restants à intervalles d’une minute. Lorsque la minuterie lit exactement 16 minutes, ajouter deux militers de milieu de chasse directement au plat de chasse de zéro minute, sur le dessus du support d’impulsion, pour arrêter l’étiquetage. Aspirez immédiatement le milieu.Transférer le plat dans une plaque d’aluminium refroidi et ajouter deux militers de tampon d’arrêt froid de glace. Transférer tous les autres plats dans un incubateur à 37 degrés Celsius. Transférer chaque plat de chasse de l’incubateur au bain d’eau deux minutes avant la fin de chaque temps de chasse.À l’heure exacte de la chasse pour chaque plat, aspirer le milieu de chasse et transférer le plat dans une plaque d’aluminium refroidi. Ajouter deux millilitres de tampon d’arrêt froid de glace. Laissez tous les plats sur la glace et arrêtez le tampon jusqu’à ce qu’il y ait le temps de lyse les cellules.Ensuite, aspirez la solution d’arrêt et lavez toute la vaisselle. Trois en même temps avec deux millilitres de solution d’arrêt froid de glace. Aspirez complètement la solution d’arrêt et ajoutez 600 microlitres de tampon de lyse à deux plats à la fois.À l’aide d’un grattoir cellulaire, racler la surface du plat à fond, mais doucement pour mélanger le lysate. Transférer le lysate de chaque plat dans un tube de micro centrifugeuse frais de 1,5 millilitre. Centrifugeuse à 15 000 à 20 000 G à 4 degrés Celsius pendant 10 minutes pour pelleter les noyaux.Pour la chasse aux impulsions sur les cellules de suspension, collectez cinq millions de cellules par point de temps dans un tube de 50 millilitres. Effectuez la procédure de famine telle que décrite dans le texte. Après la procédure de famine dans le bain d’eau pendant 15 minutes, démarrez la minuterie.À exactement une minute, ajouter 275 microcuries d’étiquette non diluée directement au tube contenant des cellules et tourbillonner pour mélanger. À exactement 11 minutes, ajouter quatre millilitres de supports de chasse pour arrêter l’étiquetage. Et transférez immédiatement un millilitre dans un tube de 15 millilitres sur la glace qui contient neuf millilitres de solution d’arrêt froid de glace pour arrêter l’étiquetage.Répétez ce processus de transfert d’un millilitre de poursuite à un tube sur glace contenant neuf millilitres de solution d’arrêt pour chaque point de temps de poursuite successif. Après l’immunoprécipice, aspirer complètement le dernier lavage. Suspendre à nouveau les perles dans 20 microlitres de tampon TE et vortex.Ajouter 20 microlitres de deux tampons d’échantillon X sans l’agent réducteur. Vortex les échantillons, puis les chauffer à 95 degrés Celsius pendant cinq minutes. Vortex les échantillons à nouveau.Centrifugeuse à 12 000 fois G à température ambiante pendant une minute. Transférer 19 microlitres du supernatant non réduit dans un tube de microcentrifugeuse frais qui contient un microlitre de 500 millimolaires DDT. Si nécessaire, centrifugez l’échantillon rapidement afin que tous les liquides soient au fond.Et chauffer à 95 degrés Celsius pendant cinq minutes. Laisser refroidir l’échantillon réduit, puis vortex. Centrifugeuse les échantillons réduits et non réduits à 12 000 fois G à température ambiante pendant une minute, puis ajouter 1,1 microlitre d’un NEM molaire à tous les échantillons.Dans cette étude, une approche radioactive de chasse aux impulsions est utilisée pour analyser le pliage et le transport des protéines dans les cellules intactes. Le pliage et la sécrétion du VIH un GP120 d’une chasse aux impulsions adhérente est montré ici. Le gel non réductur montre le pliage oxydatif du GP120.Immédiatement après l’étiquetage des impulsions, il apparaît comme une bande diffuse plus élevée dans le gel. Au fur et à mesure que la poursuite progresse, la bande migre vers le bas du gel à travers des intermédiaires pliants encore plus diffus jusqu’à ce qu’il s’accumule dans la bande serrée qui représente nativement plié à GP120. Cela se produit lorsque la formation de liaisons de disulfide augmente la compacité de la protéine, ce qui la fait migrer plus rapidement que la protéine entièrement réduite.Sur le gel réducteur, les liaisons de disulfide et toutes les molécules ont été réduites et n’affectent pas la mobiilité. En tant que tel, les différences de mobilité ne sont que le résultat de changements dans la masse moléculaire. Le passage au fil du temps de la forme réduite du peptide de signal uncleaved à la forme fendée réduite de peptide de signal représente le clivage peptidique de signal post-translationnel de GP120.La mobilité augmente en raison de la perte du peptide de signal qui augmente pendant la chasse que plus de protéines atteignent le pli indigène et perdent leur peptide de signal. Tant sur le gel non réductible que sur le gel réductur, le signal commence à diminuer d’environ une heure en raison de la sécrétion de GP120. Cela peut être surveillé en analysant les médias.Cette méthode s’applique à toute lignée cellulaire, y compris les modèles de cellules organoïdes. Mais le succès dépend grandement du niveau d’expression de la protéine d’intérêt. Avant de commencer cette procédure, marquez vos plats et gardez cet ordre tout au long de l’expérience.Assurez-vous que tout est préparé avant d’ajouter le milieu de famine. C’est le début de l’expérience. Et votre temps de laboratoire est votre ami, mais peut être votre plus grand ennemi quand vous n’êtes pas préparé.La chasse de Bill peut être combinée avec une protéolyse limitée pour étudier la succession complète des protéines avec le temps. De plus, différentes méthodes de congélation élues permettront d’analyser les différences de rinçage ou de rigormorisation ou de charge. Pour protéger le chercheur et l’appareil, toutes les règles locales de radioprotentité doivent être respectées.Et les mesures de protection doivent être prises conformément au protocole. Notez que votre acrylamide, utilisé pour votre page STH est neurotoxique.

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