Name: a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues
Uploaded: 2019-02-19T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues at JoVE.com

Vi takke Alexander Horswill til PsarAP1- tdTomato fusion, og Karen Creswell gave til hjælp med flow flowcytometri analyse. Vi takker også Alyssa King for rådgivning om statistisk analyse. Dette arbejde var delvis finansieret af en NIH sonderende/udviklingsmæssige Research Award (grant AI123708) og Fakultet start midler til SRB. Finansieringskilderne spillede ingen rolle i undersøgelse design, dataindsamling og fortolkning eller beslutningen om at sende arbejdet for publikation.

Alle metoder beskrevet her er blevet godkendt af institutionelle Animal Care og brug udvalg (IACUC) af Georgetown University.
1. generation af fluorescerende Reporter stamme
<ol><li>Fordøje genom Integrativ pRB4 vektor sekventielt med EcoRI og SmaI-restriktionsenzymer. Efter fabrikantens protokol, oprette en overnight fordøjelse med SmaI ved hjælp af 1 µg for pRB4 ved 25 ° C, og derefter fortsætte med den anden fordøjelse i 1 timer ved 37 ° C ved at føje EcoRI til reaktionsblandinge...

Bakteriel smitsomme sygdomme er et stigende sundhedsproblem over hele verden på grund af erhvervelse af antibiotikaresistens determinanter46. Fordi tilpasning til værtsmiljøer er afgørende for vækst og overlevelse under infektion, strategier rettet mod gen udtryk programmer, der øger patogen fitness kan vise sig nyttige terapeutisk. Et sådant program er sæt af gener kontrolleret af SaeR/S to komponent system (TCS), vist tidligere at spille en afgørende rolle i immunforsvaret unddragelse<s...

Bakterier reagere på ændrede fysiologiske forhold og ændringer i deres miljø ernæringsmæssige tilstand af varierende udtrykker gener kræves for tilpasning og overlevelse. For eksempel, kolonisere opportunistiske patogener krop overflader på relativt lav tæthed, og er ofte uskadelig. Men når bakterien har trængt fysiske og kemiske barrierer, skal det slås med værten immun celle Counter forsvar og kun næringsstoftilgængelighed1. Som et eksempel, Staphylococcus aureus koloniserer ca. en tredjedel af befolkningen asymptomatically, men er også årsag til ødelæggende hud og bløddele infektioner, osteomyelitis, endocarditis og bakteriæmi2. Succesen med S. aureus som en patogen ofte tillægges dets metaboliske fleksibilitet samt et arsenal af overflade-associerede og udskilles virulens faktorer, der aktiverer bakterie kan slippe ud i blodbanen og replikere i perifert væv 3,4,5. Da værten dødsfald som følge af stafylokok sygdom er en evolutionær blindgyde og grænser transmission til nye værter6, skal forpligtelse til virulens faktor produktion kontrolleres omhyggeligt.
En komplekse regulerende netværk af proteiner og ikke-kodende RNA'er svarer til en lang række miljømæssige stimuli, herunder celle tæthed, vækstfase, neutrofile-associerede faktorer og næringsstoftilgængelighed, at sikre at virulens gener er udtrykt ved den præcise tidspunkt og sted inden for værten væv7,8,9,10,11,12,13. For eksempel, regulerer SaeR/S to komponent system (TCS) udtryk for flere virulens faktorer via sensor kinase (SLV) og svar regulator (SaeR)14. SLV er autophosphorylated på en bevaret histidin rester i svar til værten signaler (f.eks., menneskelige neutrofile peptider [HNPs], calprotectin)8,15,16. Gruppen phosphoryl overføres derefter til en aspartat rester på SaeR, aktivere det som en DNA-bindende protein (SaeR ~ P)17. SaeR/S TCS regulerer over 20 gener, at bidrager til patogenesen herunder fibronektin bindende proteiner (FnBPs), leukocidins og coagulase14,18,19,20. Mål kan inddeles i høj-affinitet og lav-affinitet gen mål, som sandsynligvis induceret som niveauet for SaeR ~ P stiger når de udsættes for dens stikord21. SaeR/S aktivitet er kontrolleret af andre regulatorer af genekspression såsom Agr quorum sensing system, repressor toksiner protein (Rot), og alternative sigma faktor B (SigB)22,23,24.
NUK er en Sae-afhængige virulens gen i Staphylococcus aureus og koder thermonuclease (NUK), som er afgørende for flygter fra neutrophilic extracellular trapper (net) og formidling under den løbet af infektion25,26. Udtryk for NUK er også stærkt indirekte undertrykt af CodY forgrenede aminosyrer og GTP27, og direkte undertrykt af stafylokokker tilbehør regulator protein SarA28,29 , hvis aktiviteter er påvirket af ilt (redox stat) og pH30. I betragtning af at sæ og nuc mutanter er svækket i musemodeller af infektion, er der interesse i at udvikle kemiske interventioner, der hæmmer deres tilsvarende aktiviteter26,31. Trods dette er der ingen oplysninger om deres forordning under infektion.
Fluorescerende journalister har været brugt til at overvåge og kvantificere genekspression på enkelt celle-niveau. Heri, præsenterer vi en metode til kvantificering af S. aureus genekspression under infektion, når parret med in vitro-transkriptom analyse og kraftfulde Billeddannende teknikker som magnetisk resonans imaging (MR) og magnetisk resonans-spektroskopi (MRS), kan afsløre hvordan bakteriel fysiologi er reguleret i vivo og de relative mængder af næringsstoffer i visse nicher. Metoden kan anvendes på enhver bakteriel patogen med en tractable genetiske system.
Oversigt over genom Integrativ vektor.
Genom Integrativ vektor pRB4 indeholder 500 basepar hver fra de opstrøms og nedstrøms regioner af S. aureus USA300 SAUSA300_0087 pseudogene lette homologe rekombination. pRB4 er afledt af den temperatur-følsomme pMAD vektor rygraden indeholdende erythromycin modstand kassette (ermC) og termostabil beta-galactosidase gen bgaB for blå/hvid screening af recombinants32. Manipuleret reporter konstruktion indeholder også en chloramphenicol modstand markør (kat) for udvælgelse efter genom integration og plasmid elimination, samt EcoRI og SmaI steder at sammensmelte de regulerende region af interesse for superfolder grøn fluorescerende proteiner (sGFP) (figur 1). Det er kendt, at valget af ribosomet bindingssted (RBS) påvirker aktiviteten af journalisten, og ofte kræver empiriske optimering33. En RBS leveres således ikke. Her, native ribosomet bindingssted bruges til at give en mere naturlig mønster af genekspression, men andre websteder kan anvendes.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1015px;" width="1014">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">5% sheep blood</td>
			<td style="width:343px;">Hardy Diagnostics (Santa Maria, CA)</td>
			<td style="width:139px;">A10</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:367px;">5-bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-galactopyranoside (X-Gal)</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>R0402</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Ampicillin</td>
			<td style="width:343px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">BP1760-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">C57Bl/6 Mice</td>
			<td style="width:343px;">Charles River</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Chloramphenicol</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">C-0378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">confocal laser scanning microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">cryostat microtome</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Culture, Cap</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>2005-02512</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">D+2:25NA Oligo</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Coralville, Iowa)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA Ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Erythromycin</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">E5389</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Flow Analyzer</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">glass beads</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z273627</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Miniprep, plasmid</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A1220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">orbital shaking water bath</td>
			<td>New Brunswick Innova</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PCR purification</td>
			<td>QIagen</td>
			<td>28106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Phosphate Buffer Saline (PBS)</td>
			<td style="width:343px;">Cellgrow</td>
			<td style="width:139px;">46-013-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plate reader</td>
			<td style="width:343px;">Tecan</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Precellys 24 homogenizer</td>
			<td>Bertin Laboratories</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pUC57-Kan</td>
			<td>GenScript (Piscataway, NJ)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Q5 Taq DNA Polymerase</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">M0491S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:367px;">Restriction Enzymes</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">R0150S (PvuI), R3136S (BamHI), R0144S (BglII), R3131S (NheI), R0101S (EcoRI), R0141S (SmaI).</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reverse transcriptase</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>E6300L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Sanger Sequencing</td>
			<td>Genewiz (Germantown, MD)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sub Xero clear tissue freezing medium</td>
			<td>Mercedes Medical</td>
			<td style="width:139px;">MER5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Superfrost Plus microscope slides</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">12-550-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">superloop</td>
			<td>GE Lifesciences</td>
			<td>18111382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syringe, Filter</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>28145-481</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syto 40</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">S11351</td>
			<td>Membrane permeant nucleic acid stain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tetracycline</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">T7660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tryptic Soy Broth</td>
			<td style="width:343px;">VWR</td>
			<td style="width:139px;">90000-376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">UV-visible spectrophotometer</td>
			<td>Beckman Coulter-DU350</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vectashield Antifade Mounting medium with DAPI</td>
			<td>Vector Laboratories</td>
			<td style="width:139px;">H-1500</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues

Bakteriel virulens gener er ofte reguleret på transkriptionel niveau af flere faktorer, der reagerer på forskellige miljømæssige signaler. Nogle faktorer handle direkte på virulens gener; andre styre patogenesen ved at justere udtryk for downstream tilsynsmyndigheder eller ophobning af signaler, der påvirker regulator aktivitet. Mens forordningen er blevet undersøgt udførligt under in vitro- vækst, er relativt lidt kendt om hvordan genekspression reguleres under infektion. Sådanne oplysninger er vigtige, når et bestemt gen produkt er en kandidat til terapeutisk intervention. Transkriptionel tilgange som kvantitative, real-time RT-PCR og RNA-Seq er effektive måder at undersøge Gen-ekspression på globalt plan, men lider af mange tekniske udfordringer, herunder lav overflod af bakterielle RNA sammenlignet med værten RNA, og prøven nedbrydning af RNases. Evaluering af forordningen ved hjælp af fluorescerende journalister er relativt let og kan være multipleksede med fluorescerende proteiner med unikke spektrale egenskaber. Metoden giver mulighed for enkelt-celle, spatiotemporelle analyse af genekspression i væv, der udviser komplekse tredimensionale arkitektur og lægemiddels gradienter, der påvirker bakteriel regulerende net. Sådanne oplysninger går tabt, når data er gennemsnit over befolkningens bulk. Heri, beskriver vi en metode til kvantificering af genekspression i bakterielle patogener in situ. Metoden er baseret på enkle væv forarbejdning og direkte observation af fluorescens fra reporter proteiner. Vi påvise nytten af dette system ved at undersøge udtryk for Staphylococcus aureus thermonuclease (NUK), hvis genet produkt er nødvendig for immun unddragelse og fuld virulens ex vivo og in vivo. Vi viser at nuc-normal god landbrugspraksis er stærkt udtrykt i nyre bylder og afsløre heterogene genekspression skyldes delvis tilsyneladende rumlige regulering af nuc promotor aktivitet i bylder fuldt engageret med immunrespons. Metoden kan anvendes på enhver bakterie med et manipulatable genetiske system og enhver infektion model, at give værdifulde oplysninger til prækliniske undersøgelser og udvikling af lægemidler.

Vi udviklede et plasmid, afledt af pMAD32 , der kan levere en reporter fusion konstruktion i kromosom af dobbelt crossover homologe rekombination (figur 1). Denne konstruktion giver mulighed for kvantitativ analyse af enhver regulerende region, der understøtter produktionen af normal god landbrugspraksis protein og fluorescerende signal over baggrunden. Plasmidet giver ampicillin-resistens (Apr) for vedligeholdelse og forme...

Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues at JoVE.com

A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues

Et fluorescens-baseret metode til at studere bakteriel RIBOREGULATION i smittet væv

Beskrevet her er en metode til at analysere bakteriel genekspression i animalsk væv på et cellulært niveau. Denne metode giver en ressource for at studere fænotypiske mangfoldigheden indtræffer inden for en bakteriel befolkning i svar til væv miljø under en infektion.

Bacterial virulence genes are often regulated at the transcriptional level by multiple factors that respond to different environmental signals. Some ...

Denne metode kan afsløre rumlige mønstre af bakterielle genekspression og strategier for fysiologisk tilpasning til vært væv mikro-miljøer, der går tabt, når gennemsnit på tværs af hele befolkningen i væv. Med denne teknik potentielle heterogeniteter kan påvises, der skal overvejes, når identificere nye bakterielle veje og proteiner, der skal målrettes af antivirulens eller antibakterielle forbindelser. Begynd med at stribe S.aureus-stammer af interesse på blodgarplader fra et frosset glycerollager og inkubering af pladerne ved 37 grader Celsius i 16 til 24 timer for at bekræfte deres hæmolytiske fænotyper baseret på deres evne til at lyse røde blodlegemer og danne klare gennemsigtige zoner.Isoler enkelte koloniis isolater af hver stamme i fire milliliter tryptisk sokbouillon, eller TSB, i sterile glasrør og rotere rørene ved 37 grader Celsius i 16 til 24 timer i et rør rulle i en ca 70 graders vinkel og 70 rotationer i minuttet. Næste morgen måles kulturernes optiske massetæthed ved 600 nanometer eller OD 600 på et spektrofotometer, og cellerne fortyndes til en OD 600 på 0,05 i 25 milliliter steril TSB ved et forhold mellem fem og en kolbe i volumen i 125 milliliter Delongsk kolber. Inkuber kulturerne i et 37 grader Celsius vandbad ved 280 rotationer i minuttet og høst cellerne i den eksponentielle fase.Pellet cellerne ved centrifugering og vask cellerne to gange i et tilsvarende volumen af steril PBS. Derefter opslænket cellerne i frisk PBS til en gange 10 til den ottende koloni danner enheder pr milliliter koncentration for deres efterfølgende injektion i en modtager dyr. På passende eksperimentelle endepunkt, høste nyre, hjerte, lever, lunger, og milt i 15 milliliter polypropylen rør, der indeholder 10% buffered formalin for en 24 til 48 timers inkubation i mørke ved stuetemperatur med blid omrystning eller rotation.Ved afslutningen af fikseringen skal organerne integreres i det klare vævsfrysningsmedium til opbevaring ved minus 80 grader Celsius. Brug en kryostat til at erhverve 10 mikrometer tykke væv sektioner og tør sektioner på de enkelte forrensede opladet glas dias i 20 minutter i mørke, før du anvender hård montering medium suppleret med DAPI. Derefter anvende dække glider og helbrede dias ved stuetemperatur natten før overførsel af prøverne til langtidsopbevaring ved fire grader Celsius.For at identificere læsioner i prøverne skal du placere et dias på scenen af et konfokalt laserscanningsmikroskop og bruge et passende mål for at visualisere individuelle celler for at få billeder af læsionerne. Hvis du vil måle fluorescensintensiteten i konfokale billeder, skal du åbne et billede i ImageJ og justere lysstyrken og kontrasten for at visualisere læsions fluorescenssignalet korrekt. Definer interesseområdet ved hjælp af værktøjet til polygonmarkemarke, og føj investeringsafkastet til roi-lederen under fanen Rediger i ImageJ.Vælg Rediger, derefter markering, og føj til endelig til leder. Derefter skal du omdøbe investeringsafkastet og mærke det pågældende billede. Hvis du vil definere centroiden, skal du åbne fanen Analysér og vælge Område, Middel grå værdi, Centroid og Grænse til tærskel.Centroid fluorescensintensitetsværdien udvindes, eller den gennemsnitlige fluorescensintensitet måles i et givet læsionsområde pr. enhed. Dette kan opnås ved at bruge tærskelfunktionen til at indstille de nedre og øvre fluorescensgrænser efter behov. Eksporter dataene til en Excel-fil, og forbered en kolonne, der angiver den gennemsnitlige fluorescensintensitet pr. enhedsområde for periferien og kernen.For at beregne de gennemsnitlige fluorescensintensiteter pr. enhedsområde i periferien og kernen skal du manuelt definere de øvre og nedre grænser for tærskelværdier. Staphylococcus aureus thermonuclease GFP fusion fluorescens er i gennemsnit næsten nidoblet højere i celler, der bærer fusion genet end i celler, der ikke bærer reporter fusion. Tilsvarende tandem dimeric Tomat fusion fluorescens er omkring seksdobling højere end null reporter kontrol.Mønsteret af reporter aktiviteter kan bekræftes ved flow cytometri med væv homogenater. Selv om folden forskelle i fluorescens er typisk lavere. Variationer i fluorescensmålingerne kan skyldes de heterogene udtryk for journalisterne.For eksempel blev det i disse repræsentative prøver observeret, at nogle læsioner udtrykte enten den ene eller begge af journalisterne inden for ca. 100 mikrometer afstand i samme vævsprøve. Undersøgelse af reporter aktivitet til en enkelt celle opløsning i stafylokok abcess samfund afslører en rumlig regulering af staphylococcus aureus termonuklease udtryk i absceser afgrænset med stærk DAPI farvning, sandsynligvis forbundet med dannelse og frigivelse af neutroil ekstracellulære fælder. For eksempel, betydeligt højere stafylokokker aureus termonuklease GFP fusion fluorescens er observeret i den indvendige kerne af stafylokok abcess samfund i forhold til lokaliseret til periferien.I samme abcess, mønsteret for tandem dimeric Tomat fusion fluorescens synes at være omvendt. Mønsteret i dette eksperiment var imidlertid ikke statistisk signifikant. Opnåelse intakt kryo-indlejrede dissektioner er afgørende for fluorescens billede analyse og bør gøres omhyggeligt.Sortering af bakterieceller til at fange sub-populationer udtrykke fusion i varierende omfang, kombineret med RNA-Seq analyse kunne belyse genom brede ændringer i transcriptome. Vær forsigtig, når du arbejder med formalin, da det er kræftfremkaldende og kan forårsage hudirritation, allergiske reaktioner eller øjenskader ved direkte eksponering. Generering af mutante derivater af stammer, der bærer fluorescerende journalister af interesse, kan hjælpe med at afsløre det genetiske grundlag for de observerede rumlige reguleringsmønstre.

Research

JoVE Journal

Genetics

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

Retroviral Scanning: Kortlægning af MLV Integration Sites til at definere Cell-specifikke Regulatory Regions

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Bestemmelse af Optimal kromosomale placering for en DNA Element i Escherichia coli ved hjælp af en roman Transposon-medieret tilgang

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells

En standardmetode til at undersøge ejendommen mutagenicitet som en funktion af punkt Mutation reparation katalyseret af CRISPR/Cas9 og SsODN i humane celler

Combinatorial gene editing using CRISPR/Cas9 and single-stranded oligonucleotides is an effective strategy for the correction of single-base point ...

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation at studere In Vivo cellulære svar til Simple og komplekse DNA-skader

DNA damage induces specific signaling and repair responses in the cell, which is critical for protection of genome integrity. Laser microirradiation ...

An Optogenetic Method to Control and Analyze Gene Expression Patterns in Cell-to-cell Interactions

En Optogenetic metode til at styre og analysere gen Expression mønstre i celle-til-celle interaktioner

Cells should respond properly to temporally changing environments, which are influenced by various factors from surrounding cells. The Notch signaling ...

A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene

En metode til at studere C924T polymorfi af tromboxan A2 Receptor genet

The thromboxane A2 receptor (TBXA2R) gene is a member of the G-protein coupled superfamily with seven-transmembrane regions. It is involved in ...

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

At udforske Root Microbiome: udtrække bakteriel Fællesskabets Data fra jord, rhizosfære og rod Endosphere

The intimate interaction between plant host and associated microorganisms is crucial in determining plant fitness, and can foster improved tolerance to ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

Høj overførselshastighed identifikation af regulerende gensekvenser ved hjælp af næste generations sekventering af cirkulære kromosom kropsbygning Capture (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Manipulation of Gene Function in Mexican Cavefish

Manipulation af genfunktioner i mexicansk Cavefish

Cave animals provide a compelling system for investigating the evolutionary mechanisms and genetic bases underlying changes in numerous complex traits, ...

Lentiviral Mediated Gene Silencing in Human Pseudoislet Prepared in Low Attachment Plates

Lentiviral medieret genhæmning i humant Pseudoø fremstillet i lave fastgørelses plader

Various genetic tools are available to modulate genes in pancreatic islets of rodents to dissect function of islet genes for diabetes research. However, ...