Name: a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues
Uploaded: 2019-02-19T15:00:00
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교류 cytometry 분석에 대 한 PsarAP1-tdTomato 퓨전, 그리고 카 렌 크레스 웰의 선물에 감사 알렉산더 Horswill 하 고. 우리는 또한 통계 분석에 대 한 조언을 Alyssa 킹을 감사합니다. 이 작품은 NIH 탐사/발달 연구 상 (그랜트 AI123708) 및 교직원 시작 자금 연료 부스터 부분에 투자 되었다. Funders 연구 설계, 데이터 수집 및 해석, 또는 게시에 대 한 작품을 제출 하도록 결정에 역할을 했다.

여기에 설명 된 모든 메서드는 기관 동물 관리 및 사용 위원회 (IACUC)의 조지타운 대학에 의해 승인 되었습니다.
1입니다. 형광 기자 스트레인의 발생
<ol><li>게놈 통합 pRB4 벡터 순차적으로 EcoRI 및 SmaI 금지 효소로 소화. 제조 업체의 프로토콜을 따르고 25 ° C에서 1 µ g의 pRB4 사용 하 여 SmaI와 하룻밤 소화를 설정 하 고 37 ° C에서 1 시간에 대 한 두 번째 소화 EcoRI 반응 혼합물에 ?...

세균 감염 증은 항생제 내성 결정 요인46의 수집으로 인해 전세계 증가 건강 문제. 호스트 환경에 적응 성장과 감염 동안 생존을 위해 필수적 이다, 때문에 병원 체 적당을 증가 하는 유전자 식 프로그램을 대상으로 전략 therapeutically 유용한 증명할 수 있습니다. 하나는 이러한 프로그램이 SaeR/S 두 구성 요소 시스템 (TCS), 면역 회피47에 필수적인 역할을 이전 표시?...

박테리아는 차동 적응과 생존에 필요한 유전자를 표현 하 여 생리 적 조건 및 그들의 환경에의 영양 상태에 변경 변경에 응답 합니다. 예를 들어, 기회 주의 병원 체는 몸 표면에 상대적으로 낮은 밀도, 그리고 자주 무해 한 식민지. 그러나, 박테리아는 물리적, 화학적 장벽을 침투 하 고, 일단 그것은 호스트 면역 세포 카운터 방어와 제한 된 양분 가용성1맞설 까 해야 합니다. 예를 들어, 황색 포도상구균 인구의 약 1/3를 asymptomatically colonizes 하지만 치명적인 피부 및 연 조직 감염, 도왔습니다, 심장 내 막 염, 그리고 bacteremia2의 원인입니다. S. 구 균 병원 체로 서의 성공은 종종 대사 유연성 뿐만 아니라 혈 류를 탈출 하 고 주변 조직 에서에서 복제에 박테리아 수 있도록 표면에 연결 하 고 분 비 독성 요인의 특성을 사용합니다 3,,45. 호스트 죽음 포도 질병 때문 이며 진화 막다른 한계 전송 새 호스트6, 때문에 독성 요소 생산 하겠다는 신중 하 게 제어 해야 합니다.
밀도, 성장 단계, neutrophil 관련 요인, 및 독성 유전자가에 표현 되도록 양분 가용성 단백질 및 비 코딩 RNAs 응답 다양 한 환경 자극의 복잡 한 규제 네트워크, 세포 등에서 정확한 시간과 위치 호스트 조직7,8,9,10,11,,1213. 예를 들어, SaeR/S 두 구성 요소 시스템 (TCS) 조절 센서 키 (SaeS)와 응답 레 귤 레이 터 (SaeR)14를 통해 여러 독성 요인의 표현. SaeS는 호스트 신호 (예:, 인간 호 중구 펩 티 드 [HNPs] calprotectin)8,,1516응답에서 보존된 히스티딘 잔류물에 autophosphorylated입니다. Phosphoryl 그룹은 다음 aspartate 잔류물에 전송 SaeR, DNA 묶는 단백질으로 활성화 (SaeR ~ P)17. SaeR/S TCS fibronectin 의무적인 단백질 (FnBPs), coagulase14,18,,1920, leukocidins, 등 병 인에 기여 하는 20 개 이상의 유전자를 통제 한다. 대상 SaeR의 수준으로 유발 확률이 높은 친 화력과 낮은 선호도 유전자 대상으로 분류 될 수 있다 ~ P 상승의 신호21에 노출 되 면. SaeR/S 활동 Agr 쿼럼 감지 시스템 같은 유전자 발현의 다른 레 귤 레이 터, 독 소 단백질 (썩 음), 그리고 대체 시그마 요인 B (SigB)22,,2324의 진압에 의해 제어 됩니다.
nuc 황색 포도상구균 에 성폭력 종속 독성 유전자 이며 neutrophilic extracellular t비난 (그물)에서 탈출 한 동안 보급을 위한 필수적 이다 thermonuclease (Nuc)를 인코딩하는 감염25,26의 과정. Nuc 의 식은 강하게 직접 측 쇄 사슬 아미노산, GTP27, 존재 코디에 의해 하지 억압 이며 직접 포도 액세서리 레 귤 레이 터 단백질 사라28,29에 의해 억압 , 그의 활동이 산소 (산화 환 원 상태)와 산도30에 의해 좌우 된다. 성폭력 및 nuc 돌연변이 감염 마우스 모델에서 감쇠는, 그에 주어진 그들의 해당 활동26,31을 억제 하는 화학 개입 개발에 관심이 있다. 그럼에도 불구 하 고, 감염 시 그들의 규제에 관한 어떠한 정보도가 있다.
형광 기자 모니터링 하 고 단일 세포 수준에서 유전자 발현을 정량 사용 되었습니다. 여기, 우리는 S를 측정 하는 방법 제시. 감염 시 균 유전자 발현,와 결합 될 때 체 외 transcriptome 분석 및 자기 공명 영상 (MRI) 및 자기 공명 음 분광학 (MRS) 같은 강력한 이미징 기술을 계시 할 수 있다 어떻게 세균 생리학은 vivo 및 특정 틈새에서 영양소의 상대적 나타났는데에서 통제 된다. 메서드는 그러므로 유전 시스템과 어떤 세균성 병원 체에 적용할 수 있습니다.
게놈 통합 벡터의 개요입니다.
게놈 통합 벡터 pRB4 500 기본 쌍 각 동종 재결합을 촉진 하기 위하여 S. 구 균 USA300 SAUSA300_0087 pseudogene의 상류와 하류 지역에서 포함 되어 있습니다. pRB4는 리스로 마이 신 저항 카세트 (ermC)와 recombinants32의 블루/화이트 심사에 대 한 내 베타-galactosidase 유전자 bgaB 를 포함 하는 온도 민감한 pMAD 벡터 등뼈에서 파생 됩니다. 조작된 기자 구문 또한 들어 페니 저항 마커 (고양이) 게놈 통합 및 플라스 미드 제거 뿐만 아니라 관심 superfolder 녹색 규제 영역을 융합 EcoRI와 SmaI 사이트 후 선택 형광 성 단백질 (sGFP) (그림 1). 그것은 알려져 그 리보솜 바인딩 사이트 (RBS)의 기자의 활동에 영향을 하며 종종 경험적 최적화33. 따라서,는 RBS는 제공 되지. 여기, 네이티브 리보솜 바인딩 사이트는 유전자 발현의 좀 더 자연 스러운 패턴에 대 한 제공 하는 데 사용 됩니다 하지만 다른 사이트를 사용할 수 있습니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1015px;" width="1014">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">5% sheep blood</td>
			<td style="width:343px;">Hardy Diagnostics (Santa Maria, CA)</td>
			<td style="width:139px;">A10</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:367px;">5-bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-galactopyranoside (X-Gal)</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>R0402</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Ampicillin</td>
			<td style="width:343px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">BP1760-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">C57Bl/6 Mice</td>
			<td style="width:343px;">Charles River</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Chloramphenicol</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">C-0378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">confocal laser scanning microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">cryostat microtome</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Culture, Cap</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>2005-02512</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">D+2:25NA Oligo</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Coralville, Iowa)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA Ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Erythromycin</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">E5389</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Flow Analyzer</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">glass beads</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z273627</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Miniprep, plasmid</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A1220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">orbital shaking water bath</td>
			<td>New Brunswick Innova</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PCR purification</td>
			<td>QIagen</td>
			<td>28106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Phosphate Buffer Saline (PBS)</td>
			<td style="width:343px;">Cellgrow</td>
			<td style="width:139px;">46-013-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plate reader</td>
			<td style="width:343px;">Tecan</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Precellys 24 homogenizer</td>
			<td>Bertin Laboratories</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pUC57-Kan</td>
			<td>GenScript (Piscataway, NJ)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Q5 Taq DNA Polymerase</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">M0491S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:367px;">Restriction Enzymes</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">R0150S (PvuI), R3136S (BamHI), R0144S (BglII), R3131S (NheI), R0101S (EcoRI), R0141S (SmaI).</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reverse transcriptase</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>E6300L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Sanger Sequencing</td>
			<td>Genewiz (Germantown, MD)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sub Xero clear tissue freezing medium</td>
			<td>Mercedes Medical</td>
			<td style="width:139px;">MER5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Superfrost Plus microscope slides</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">12-550-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">superloop</td>
			<td>GE Lifesciences</td>
			<td>18111382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syringe, Filter</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>28145-481</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syto 40</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">S11351</td>
			<td>Membrane permeant nucleic acid stain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tetracycline</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">T7660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tryptic Soy Broth</td>
			<td style="width:343px;">VWR</td>
			<td style="width:139px;">90000-376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">UV-visible spectrophotometer</td>
			<td>Beckman Coulter-DU350</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vectashield Antifade Mounting medium with DAPI</td>
			<td>Vector Laboratories</td>
			<td style="width:139px;">H-1500</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues

세균성 독성 유전자는 다른 환경 신호에 응답 하는 여러 요인에 의해 종종 transcriptional 수준에서 통제 된다. 몇 가지 요인을 행동 직접 독성 유전자; 다른 다운스트림 레 귤 레이 터의 식이나 레 귤 레이 터 활동에 영향을 주는 신호의 축적을 조정 하 여 병을 제어 합니다. 레 귤 레이 션 생체 외에 성장 하는 동안 광대 하 게 공부 하고있다, 동안 상대적으로 작은 유전자 발현은 감염 시 조정 하는 방법에 대 한 알려져 있다. 이러한 정보는 특정 유전자 제품은 치료 적 개입에 대 한 후보 때 중요 하다. Transcriptional 접근 같은 양적, 실시간 RT-PCR 및 RNA-Seq는 글로벌 수준에 유전자 발현 검사 하지만 호스트 RNA 및 샘플에 비해 세균 RNA의 낮은 풍부를 포함 하 여 많은 기술 문제에서 고통 하는 강력한 방법을 RNases에 의해 저하입니다. 평가 규칙 형광 기자를 사용 하 여 상대적으로 쉽게 하 고 독특한 스펙트럼 특성을 가진 형광 성 단백질으로 다중화 될 수 있다. 메서드는 복잡 한 3 차원 건축과 physiochemical 그라디언트 세균성 규제 네트워크에 영향을 주는 조직에서 유전자 발현의 단일 셀, spatiotemporal 분석 할 수 있습니다. 이러한 정보는 데이터 대량 인구 이상 평균 하는 때 손실 됩니다. 여기, 세균성 병원 체 제자리에서 유전자 발현을 측정 하는 방법을 설명 합니다. 메서드를 사용 하면 간단한 조직 처리 및 기자 단백질에서 형광의 직접 관찰을 기반으로 합니다. 우리는 포도 상 구 균 thermonuclease (nuc), 유전자 제품 면역 회피 및 전 비보, vivo에서 전체 독성은의 식을 검사 하 여이 시스템의 유틸리티를 보여 줍니다. 우리는 nuc gfp 신장 농 양 표현 하는 표시 완전히 면역 응답에와 함께 종사 하는 농에 nuc 발기인 활동의 명백한 공간 규정에 인해 이질적인 유전자 발현을 일부 공개. 까지의 유전자 시스템 어떤 박테리아와 감염 모델, 전 임상 연구 및 신약 개발에 대 한 귀중 한 정보를 제공 하는 메서드를 적용할 수 있습니다.

우리는 어떤 기자를 제공할 수 있는 pMAD32 에서 파생 된 플라스 미드를 개발 더블 크로스 오버 동종 재결합 (그림 1)에 의해 염색체에 퓨전 구문. 이 구조는 GFP 단백질 생산 배경 위에 형광 신호를 지 원하는 어떤 규제 지역의 정량 분석에 대 한 수 있습니다. 플라스 미드 암 피 실린 저항 (Apr) 유지 보수 및 대장균 에서 ?...

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A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues

감염 된 조직에서 세균 유전자 규칙을 공부 하는 형광 기반 방법

여기에 설명 된 세포 수준에서 동물의 조직에서 세균 유전자 발현을 분석 하기 위한 방법이입니다. 이 메서드는 감염 동안 조직 환경에 대 한 응답에서 세균성 인구 내에서 발생 하는 phenotypic 다양성을 공부에 대 한 리소스를 제공 합니다.

Bacterial virulence genes are often regulated at the transcriptional level by multiple factors that respond to different environmental signals. Some ...

이 방법은 조직의 전체 인구에 걸쳐 평균 될 때 손실되는 조직 마이크로 환경을 호스트하는 생리적 적응을위한 세균성 유전자 발현 및 전략의 공간 패턴을 공개 할 수 있습니다. 이 기술로 잠재적이기적인 이질성은 항보성 또는 항균 화합물에 의해 표적으로 하는 새로운 세균성 통로 및 단백질을 확인할 때 고려되어야 한다는 것을 검출될 수 있습니다. 냉동 글리세롤 육수에서 혈액 천서 판에 대한 관심의 S.aureus 균주를 줄이고 적혈구를 lyse와 명확한 투명 영역을 형성하는 능력에 따라 자신의 용혈 표현형을 확인하기 위해 16 ~ 24 시간 동안 37 섭씨 37도에서 플레이트를 배양하여 시작합니다.살균 대두 국물, 또는 TSB의 4 밀리리터에 각 변형의 각 변형을 접종하고 약 70도 각도에서 튜브 롤러에서 16 ~ 24 시간 동안 섭씨 37도에서 튜브를 회전약 70도 각도와 분당 70 회전. 다음날 아침 분광계의 배양600 나노미터 또는 OD 600의 광학 밀도를 측정하고 125 밀리리터 Delong 플라스크에서 5 대 1 플라스크대 부피 비율로 멸균 TSB의 25 밀리리터에서 0.05의 OD 600으로 세포를 희석시. 분당 280회전에서 37도의 섭씨 수조에서 배양물을 배양하고 기하급수적인 단계에서 세포를 수확한다.원심분리에 의해 세포를 펠렛하고 멸균 PBS의 동등한 부피로 세포를 두 번 세척한다. 그런 다음 신선한 PBS에서 세포를 수신자 동물로 후속 주입을 위해 밀리리터 농도당 밀리리터 농도당 8번째 식민지 형성 단위로 1배씩 재연한다. 적절한 실험 종점에서 신장, 심장, 간, 폐 및 비장을 15 밀리리터 폴리 프로필렌 튜브로 수확하여 10% 완충된 포르말린 튜브를 실내 온도에서 24~48시간 배양하여 부드러운 흔들림이나 회전을 합니다.고정의 끝에서, 영하 80도에서 저장을위한 명확한 조직 동결 배지에 장기를 포함. 저온측정기를 사용하여 10마이크로미터 두께의 조직 섹션을 획득하고 DAPI로 보충된 단단한 장착 매체를 적용하기 전에 어둠 속에서 20 분 동안 미리 청소 된 충전 유리 슬라이드의 섹션을 건조시키십시오. 그런 다음 덮개 전표를 적용하고 하룻밤 동안 실온에서 슬라이드를 치료한 후 샘플을 섭씨 4도에서 장기 보관으로 옮깁니다.샘플 내병변을 식별하려면 레이저 스캐닝 공초점 현미경의 단계에 슬라이드를 배치하고 개별 세포를 시각화하여 병변의 이미지를 획득하는 적절한 목표를 사용합니다. 공초점 이미지 내에서 형광 강도를 측정하려면 ImageJ에서 이미지를 열고 밝기와 대비를 조정하여 병변의 형광 신호를 적절하게 시각화합니다. 다각형 선택 도구를 사용하여 관심 영역을 정의하고 ImageJ의 편집 탭 에서 ROI 관리자에 ROI를 추가합니다.편집을 선택한 다음 선택한 다음 마지막으로 관리자에 추가합니다. 다음으로 ROI의 이름을 변경하여 각 이미지에 레이블을 지정합니다. 센트로이드를 정의하려면 분석 탭을 열고 영역, 평균 회색 값, 센트로이드 및 임계값으로 제한을 선택합니다.원중형형광 강도 값을 추출하거나 단위 영역당 주어진 병변에서 평균 형광 강도를 측정한다. 이는 임계값 을 사용하여 필요에 따라 하부 및 상부 형광 제한을 설정함으로써 달성 될 수 있습니다. 데이터를 Excel 파일로 내보내고 주변 및 코어에 대한 단위 영역당 평균 형광 강도를 나타내는 열을 준비합니다.주변 및 코어의 단위 영역당 평균 형광 강도를 계산하려면 임계값의 상한 및 하한을 수동으로 정의합니다. 황색포도상구균 열핵증 GFP 융합 형광은 기자 융합을 운반하지 않는 세포보다 융합 유전자를 운반하는 세포에서 평균 거의 9배 더 높다. 마찬가지로, 탠덤 디메릭 토마토 융합 형광은 null 리포터 제어보다 약 6배 높다.리포터 활동의 패턴은 조직 균질화로 세포측정을 유동하여 확인할 수 있다. 형광의 접이식 차이는 일반적으로 낮습니다. 형광 측정의 변화는 기자의 이기종 발현 때문일 수 있다.예를 들어, 이들 대표적인 샘플에서 일부 병변은 동일한 조직 샘플에서 약 100 마이크로미터 의 거리 내에서 기자 중 하나 또는 둘 다 발현되는 것을 관찰하였다. 황색포도상구균 abcess 지역 사회에서 단일 세포 해상도로 기자 활동을 검사하면 강한 DAPI 염색으로 외딴 농양에서 포도상 구균 오레우스 열뉴클레인 발현의 공간 적 조절이 밝혀지며 호중구 외세포 트랩의 형성 및 방출과 관련이 있습니다. 예를 들어, 상당히 높은 포도상구균 아우레우스 열핵증 GFP 융합 형광은 주변 지역에 국한된 것에 비해 포도상 구균 abcess 커뮤니티의 내부 코어에서 관찰된다.같은 abcess에서, 탠덤 희미한 토마토 융합 형광에 대한 패턴은 반전 된 것으로 보인다. 그러나, 본 실험의 패턴은 통계적으로 유의하지 않았다. 동결에 내장된 해부를 얻는 것은 형광 이미지 분석에 필수적이며 신중하게 수행해야 합니다.RNA-Seq 분석과 결합하여 다양한 범위로 융합을 발현하는 하위 집단을 포착하기 위해 세균 세포의 분류는 전사에 있는 게놈 넓은 변화를 조명할 수 있었다. 발암 물질이기 때문에 포르말린으로 작업할 때주의해야 하며 직접 노출시 피부 자극, 알레르기 반응 또는 눈 손상을 일으킬 수 있습니다. 관심있는 형광 기자를 운반하는 균주의 돌연변이 유도체를 생성하는 것은 관찰 된 공간 조절 패턴에 대한 유전 적 기초를 밝히는 데 도움이 될 수 있습니다.

Research

JoVE Journal

Genetics

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

레트로 바이러스 스캐닝 : MLV 통합 사이트 맵핑으로 세포 특정 규제 지역 정의

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

연구

유전학

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

소설 Transposon 중재 방식을 사용 하 여 대장균 의 DNA 요소에 대 한 최적의 염색체 위치 결정

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells

점 돌연변이 수리 CRISPR/Cas9 및 SsODN 인간 세포에 의해 촉매의 기능으로 현지 변이 검사 하는 표준 방법론

Combinatorial gene editing using CRISPR/Cas9 and single-stranded oligonucleotides is an effective strategy for the correction of single-base point ...

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

간단 하 고 복잡 한 DNA 손상에 세포질 응답 Vivo에서 공부 레이저 Microirradiation

DNA damage induces specific signaling and repair responses in the cell, which is critical for protection of genome integrity. Laser microirradiation ...

An Optogenetic Method to Control and Analyze Gene Expression Patterns in Cell-to-cell Interactions

제어 하 고 셀 상호 작용에서 유전자 표현 패턴을 분석 하는 Optogenetic 메서드

Cells should respond properly to temporally changing environments, which are influenced by various factors from surrounding cells. The Notch signaling ...

A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene

Thromboxane A2 수용 체 유전자의 C924T 다형성을 공부 하는 방법

The thromboxane A2 receptor (TBXA2R) gene is a member of the G-protein coupled superfamily with seven-transmembrane regions. It is involved in ...

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

루트 미생물 탐색: 토양, Rhizosphere, 및 루트 Endosphere에서 세균성 지역 사회 데이터 추출

The intimate interaction between plant host and associated microorganisms is crucial in determining plant fitness, and can foster improved tolerance to ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

차세대 시퀀싱의 원형 염색체 구조를 사용 하 여 유전자 규제 시퀀스의 높은 처리량 Id (4 C-seq)를 캡처

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Manipulation of Gene Function in Mexican Cavefish

멕시코 Cavefish에서 유전자 기능 조작

Cave animals provide a compelling system for investigating the evolutionary mechanisms and genetic bases underlying changes in numerous complex traits, ...

Lentiviral Mediated Gene Silencing in Human Pseudoislet Prepared in Low Attachment Plates

렌티 바이러스는 낮은 부착 플레이트에 준비 인간의 의사에 유전자 침묵 중재

Various genetic tools are available to modulate genes in pancreatic islets of rodents to dissect function of islet genes for diabetes research. However, ...