Name: a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues
Uploaded: 2019-02-19T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues at JoVE.com

Vi takker Alexander Horswill for gave PsarAP1- tdTomato fusion og Karen Creswell hjelp med flyt cytometri analyse. Vi takker også Alyssa King for råd om statistisk analyse. Dette arbeidet ble finansiert delvis av en NIH utforskende/utviklingsmessige forskning Award (stipend AI123708) og fakultetet oppstart fond til SRB. Fond ikke hadde noen rolle i studien design, innsamling og tolkning eller beslutningen om å sende arbeidet for publikasjonen.

Alle metodene som er beskrevet her er godkjent av institusjonelle Animal Care og bruk Committee (IACUC) fra Georgetown University.
1. generasjon fluorescerende Reporter belastningen
<ol><li>Fordøye genomet integrerende pRB4 vektoren sekvensielt med EcoRI og SmaI begrensning enzymer. Etter produsentens protokoll, sette opp en overnatting fordøyelsen med SmaI bruker 1 µg av pRB4 ved 25 ° C, og deretter fortsette med andre fordøyelsen 1t på 37 ° C ved å legge EcoRI til reaksjonsblanding...

Bakteriell infeksjonssykdommer er et økende helseproblem over hele verden på grunn av oppkjøpet av antibiotikaresistens determinanter46. Tilpasning til vertsmiljøer er avgjørende for vekst og overlevelse under infeksjon, kan strategier målretting gene expression programmer som øker patogen fitness være nyttig therapeutically. Et slikt program er et sett av gener som er kontrollert av tidlig/S to komponent system (TCS), vist tidligere å spille en viktig rolle i immunforsvaret evasion<sup c...

Bakterier reagerer på endre fysiologiske forhold og endringer i miljøet ernæringsmessige staten ved narkotikalovgivningen uttrykke genene kreves for tilpasning og overlevelse. For eksempel koloniser opportunistiske patogener overflater ved relativt lav tetthet, og er ofte harmløse. Men når bakterien har trengt fysiske og kjemiske barrierer, må det kjempe med verten immun cellen mot forsvar og begrenset næringsstoffer tilgjengelighet1. Som et eksempel, Staphylococcus aureus colonizes omtrent en tredjedel av befolkningen asymptomatically men er også årsaken til ødeleggende huden og bløtvevet infeksjoner, osteomyelitt, endokarditt og bacteremia2. Suksess for S. aureus som en patogen er ofte knyttet til metabolske fleksibiliteten samt et arsenal av knyttet til overflaten, utskilles virulens faktorer som aktiverer bakterien rømme blodet og gjenskape i perifere vev 3,4,5. Verten død på grunn av stafylokokk sykdom er en evolusjonær blindspor og grenser overføring til nye verter6, må forpliktelse til virulens faktor produksjon bli nøye kontrollert.
En kompleks regulatoriske nettverk av proteiner og ikke-koding RNAs svarer til et utvalg av miljømessige stimuli, inkludert celle tetthet, vekstfase, nøytrofile-assosiert faktorer og næringsstoffer tilgjengelighet, slik at virulens gener som er uttrykt i den nøyaktig tid og sted i vert vev7,8,9,10,11,12,13. For eksempel regulerer tidlig/S to komponent systemet (TCS) uttrykk for virulens faktorer via sensor kinase (SaeS) og svar regulator (tidlig)14. SaeS er autophosphorylated på en bevart histidin rester svar til verten signaler (f.eks, menneskelige nøytrofile peptider [HNPs], calprotectin)8,15,16. Gruppen phosphoryl deretter overført til en aspartate rester tidlig aktivere det som en DNA-bindende protein (tidlig ~ P)17. Tidlig/S TCS regulerer over 20 gener som bidrar til patogenesen inkludert fibronectin binding proteiner (FnBPs), leukocidins og coagulase14,18,19,20. Mål kan klassifiseres i høy affinitet og lav-affinitet genet mål, som trolig indusert som tidlig ~ P stiger når de utsettes for sine signaler21. Tidlig/S aktiviteten er kontrollert av andre regulatorer av genuttrykk som tok quorum sensing systemet, repressor av giftstoffer protein (Rot) og alternativ sigma faktor B (SigB)22,23,24.
NUC er en Sae-avhengige virulens genet i Staphylococcus aureus og koder thermonuclease (Nuc), som er avgjørende for rømmer fra neutrophilic extracellular trapper (nett) og formidling under den løpet av infeksjon25,26. Uttrykk for nuc er også sterkt indirekte undertrykt av CodY i nærvær av forgrenede-kjeden aminosyrer og GTP27, og direkte undertrykt av stafylokokk tilbehør regulator protein SarA28,29 , der aktiviteten påvirkes av oksygen (redoks tilstand) og pH30. Gitt at sae og nuc mutanter er svekket i musen modeller av infeksjon, er det interesse for å utvikle kjemiske intervensjoner som hemmer deres tilsvarende aktiviteter26,31. Til tross for dette er det ingen informasjon om deres regulering under infeksjon.
Fluorescerende journalister har blitt brukt til å overvåke og kvantifisere genuttrykk på enkeltcelle nivå. Her presenterer vi en metode for å kvantifisere S. aureus genuttrykk under infeksjon, da sammen med i vitro transcriptome analyse og kraftig Bildeteknikker som magnetisk resonans imaging (MRI) og magnetisk resonans spektroskopi (MRS), kan avsløre hvordan bakteriell fysiologi er regulert i vivo og den relative abundances av næringsstoffer i enkelte nisjer. Metoden kan brukes på alle bakteriell patogen med en tett genetisk.
Oversikt over genomet integrerende vektoren.
Genomet integrerende vektor pRB4 inneholder 500 base parene hver fra oppstrøms og nedstrøms for S. aureus USA300 SAUSA300_0087 pseudogene å lette homologe rekombinasjon. pRB4 er avledet fra temperatur-sensitive pMAD vektor ryggraden som inneholder erythromycin motstand kassett (ermC) og thermostable beta-galactosidase gene bgaB for blå/hvit screening av recombinants32. Foretatt reporter Konstruer inneholder også en chloramphenicol motstand markør (katten) for valg etter genomet integrering og plasmider eliminering, samt EcoRI og SmaI områder å fusjonere regulatoriske regionen rundt superfolder Green fluorescerende protein (sGFP) (figur 1). Det er kjent at valg av ribosom bindende nettsted (RBS) påvirker aktiviteten til reporteren, og ofte krever empirisk optimalisering33. Dermed er en RBS ikke levert. Her, innfødt ribosom binding området brukes til å gi en mer naturlig mønsteret av genuttrykk, men andre steder kan brukes.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1015px;" width="1014">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">5% sheep blood</td>
			<td style="width:343px;">Hardy Diagnostics (Santa Maria, CA)</td>
			<td style="width:139px;">A10</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:367px;">5-bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-galactopyranoside (X-Gal)</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>R0402</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Ampicillin</td>
			<td style="width:343px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">BP1760-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">C57Bl/6 Mice</td>
			<td style="width:343px;">Charles River</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Chloramphenicol</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">C-0378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">confocal laser scanning microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">cryostat microtome</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Culture, Cap</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>2005-02512</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">D+2:25NA Oligo</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Coralville, Iowa)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA Ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Erythromycin</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">E5389</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Flow Analyzer</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">glass beads</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z273627</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Miniprep, plasmid</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A1220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">orbital shaking water bath</td>
			<td>New Brunswick Innova</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PCR purification</td>
			<td>QIagen</td>
			<td>28106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Phosphate Buffer Saline (PBS)</td>
			<td style="width:343px;">Cellgrow</td>
			<td style="width:139px;">46-013-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plate reader</td>
			<td style="width:343px;">Tecan</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Precellys 24 homogenizer</td>
			<td>Bertin Laboratories</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pUC57-Kan</td>
			<td>GenScript (Piscataway, NJ)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Q5 Taq DNA Polymerase</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">M0491S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:367px;">Restriction Enzymes</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">R0150S (PvuI), R3136S (BamHI), R0144S (BglII), R3131S (NheI), R0101S (EcoRI), R0141S (SmaI).</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reverse transcriptase</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>E6300L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Sanger Sequencing</td>
			<td>Genewiz (Germantown, MD)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sub Xero clear tissue freezing medium</td>
			<td>Mercedes Medical</td>
			<td style="width:139px;">MER5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Superfrost Plus microscope slides</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">12-550-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">superloop</td>
			<td>GE Lifesciences</td>
			<td>18111382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syringe, Filter</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>28145-481</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syto 40</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">S11351</td>
			<td>Membrane permeant nucleic acid stain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tetracycline</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">T7660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tryptic Soy Broth</td>
			<td style="width:343px;">VWR</td>
			<td style="width:139px;">90000-376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">UV-visible spectrophotometer</td>
			<td>Beckman Coulter-DU350</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vectashield Antifade Mounting medium with DAPI</td>
			<td>Vector Laboratories</td>
			<td style="width:139px;">H-1500</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues

Bakteriell virulens gener er ofte regulert på transcriptional nivå av flere faktorer som svarer til ulike Miljøsignaler. Noen faktorer handle direkte på virulens gener; andre kontrollere patogenesen ved å justere uttrykk for nedstrøms regulatorer eller akkumulering av signaler som påvirker regulator aktivitet. Mens regulering har vært studert under i vitro vekst, er relativt lite kjent om hvordan genuttrykk justeres under infeksjon. Slik informasjon er viktig når en bestemt gen er en kandidat for terapeutisk intervensjon. Transcriptional tilnærminger som kvantitative, real-time RT PCR og RNA-Seq er effektive måter å undersøke genuttrykk på globalt nivå men lider mange tekniske utfordringer, inkludert lav overflod av bakteriell forhold til verten RNA og utvalg degradering av RNases. Evaluere regulering med fluorescerende journalister er relativt lett og kan være multiplekset med fluorescerende proteiner med unike spectral egenskaper. Metoden gir encellede, spatiotemporal analyse av genuttrykk i vev som viser komplekse tredimensjonale arkitektur og physiochemical forløpninger som påvirker bakteriell regulatoriske nettverk. Slik informasjon er tapt når dataene er gjennomsnitt over bulk befolkningen. Her, beskriver vi en metode for å kvantifisere byggkorn under bakteriell patogener i situ. Metoden er basert på enkel vev behandling og direkte observasjon av fluorescens fra reporter proteiner. Vi viser nytten av dette systemet ved å undersøke uttrykket av Staphylococcus aureus thermonuclease (nuc), med gene produktet kreves for immun evasion og full virulens ex vivo og in vivo. Vi viser at nuc-gfp er sterkt uttrykt i nyre abscesser og avsløre heterogene genuttrykk grunn delvis til tilsynelatende romlige regulering av nuc promoter aktivitet i abscesser blir engasjert i immunforsvaret. Metoden kan brukes på alle bakterie med manipulatable genetisk system og noen infeksjon modell, gir verdifull informasjon for prekliniske studier og narkotika utvikling.

Vi utviklet en plasmider avledet fra pMAD32 som kan levere en reporter fusion konstruksjon i kromosomet av double crossover homologe rekombinasjon (figur 1). Denne konstruksjonen gir kvantitativ analyse av noen regulerende område som støtter produksjon av GFP protein og fluorescerende signalet over bakgrunnen. Plasmider gir ampicillin motstand (Apr) for vedlikehold og forplantning i E. coli og gir erythromycin mot...

Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues at JoVE.com

A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues

En fluorescens-basert metode å studere bakteriell Gene regulering i infiserte vev

Beskrevet her er en metode for å analysere bakteriell genuttrykk dyr vev på cellenivå. Denne metoden gir en ressurs for å studere fenotypiske mangfoldet innenfor en bakteriell befolkning svar på vev miljøet under en infeksjon.

Bacterial virulence genes are often regulated at the transcriptional level by multiple factors that respond to different environmental signals. Some ...

Denne metoden kan avsløre romlige mønstre av bakteriell genuttrykk og strategier for fysiologisk tilpasning for å være vert for vev mikro-miljøer som går tapt når gjennomsnittet over hele befolkningen i vev. Med denne teknikken kan potensielle heterogeniteter oppdages som må vurderes når du identifiserer nye bakterielle veier og proteiner som skal målrettes mot antivirulens eller antibakterielle forbindelser. Begynn med å stripe S.aureus stammer av interesse på blod agar plater fra en frossen glyserol lager og inkubere platene på 37 grader Celsius i 16 til 24 timer for å bekrefte sine hemolytiske fenotyper basert på deres evne til å lyse røde blodlegemer og å danne klare gjennomsiktige soner.Inokuler enkeltkoloniisoler av hver stamme i fire milliliter tryptisk soybuljong, eller TSB, i sterile glassrør og roter rørene ved 37 grader Celsius i 16 til 24 timer i en rørvalse i en ca. 70 graders vinkel og 70 rotasjoner per minutt. Neste morgen måler den optiske tettheten ved 600 nanometer, eller OD 600, av kulturene på et spektrofotometer og fortynner cellene til en OD 600 av 0,05 i 25 milliliter steril TSB ved en fem til en kolbe til volumforhold i 125 milliliter Delong kolber. Inkuber kulturene i et 37 graders Celsius vannbad ved 280 rotasjoner per minutt og høst cellene i eksponentiell fase.Pellet cellene ved sentrifugering og vask cellene to ganger i et likt volum av steril PBS. Deretter gjenbruker cellene i fersk PBS til en gang 10 til den åttende kolonien danner enheter per milliliter konsentrasjon for deres påfølgende injeksjon i en mottaker dyr. Ved riktig eksperimentell sluttpunkt, høst nyre, hjerte, lever, lunger, og milt i 15 milliliter polypropylen rør som inneholder 10% bufret formalin for en 24 til 48 timers inkubasjon i mørket ved romtemperatur med mild risting eller rotasjon.På slutten av fikseringen, legg inn organene i klart vevfrysingsmedium for lagring ved minus 80 grader Celsius. Bruk en kryostat til å skaffe 10 mikrometer tykke vevsseksjoner og tørke seksjonene på individuelle forhåndsrengjorte ladede glasssklier i 20 minutter i mørket før du bruker hardt monteringsmedium supplert med DAPI. Påfør deretter dekkslips og herd lysbildene ved romtemperatur over natten før du overfører prøvene til langtidslagring ved fire grader Celsius.For å identifisere lesjoner i prøvene, plasser et lysbilde på scenen av et laserskanningskonferansemikroskop og bruk et passende mål for å visualisere individuelle celler for å skaffe bilder av lesjonene. For å måle fluorescensintensitetene i de konokale bildene, åpne et bilde i ImageJ og juster lysstyrken og kontrasten for å visualisere fluorescenssignalet fra lesjonen på riktig måte. Definer interesseområdet ved hjelp av verktøyet for mangekantvalg, og legg til avkastningen i ROI-lederen under kategorien Rediger i ImageJ.Velg Rediger, deretter Valg, og til slutt Legg til i Manager. Deretter gir du nytt navn til avkastningen og merker det respektive bildet. Hvis du vil definere centroid, åpner du analyser-fanen og velger Område, Gjennomsnittlig grå verdi, Centroid og Grense til terskel.Trekk ut centroid fluorescensintensitetsverdien eller mål gjennomsnittlig fluorescensintensitet i en gitt lesjon per enhetsområde. Dette kan oppnås ved å bruke terskelfunksjonen til å angi nedre og øvre fluorescensgrenser etter behov. Eksporter dataene til en Excel-fil og klargjør en kolonne som angir gjennomsnittlig fluorescensintensitet per enhetsområde for periferien og kjernen.Hvis du vil beregne gjennomsnittlig fluorescensintensitet per enhetsområde i periferien og kjernen, definerer du manuelt de øvre og nedre grensene for tersering. Staphylococcus aureus termonuklease GFP fusion fluorescens er i gjennomsnitt nesten nidoblet høyere i celler som bærer fusjonsgenet enn i celler som ikke bærer reporterfusjonen. På samme måte er tandem dimeric Tomato fusion fluorescens omtrent seksdoblet høyere enn null reporter kontroll.Mønsteret av reporter aktiviteter kan bekreftes ved flyt cytometri med vev homogenater. Selv om foldeforskjellene i fluorescens vanligvis er lavere. Variasjoner i fluorescensmålingene kan skyldes heterogent uttrykk for journalistene.For eksempel, i disse representative prøvene ble det observert at noen lesjoner uttrykte enten en eller begge av reporterne innen ca 100 mikrometer avstand i samme vevsprøve. Undersøke reporter aktivitet til en enkelt celle oppløsning i stafylokokk abcess samfunn avslører en romlig regulering av staphylococcus aureus termonuklease uttrykk i abscesser omskrevet med sterk DAPI farging, sannsynligvis forbundet med dannelsen og utgivelsen av nøytrofile ekstracellulære feller. For eksempel observeres betydelig høyere stafylokokker aureus termonuklease GFP fusjonsfluorescens i den indre kjernen av stafylokokk-abcesssamfunnet sammenlignet med lokalisert til periferien.I samme abcess ser mønsteret for tandem dimeric Tomato fusion fluorescens ut til å være invertert. Mønsteret i dette eksperimentet var imidlertid ikke statistisk signifikant. Å oppnå intakte kryo-innebygde disseksjoner er avgjørende for fluorescensbildeanalysen og bør gjøres nøye.Sortering av bakteriecellene for å fange opp underpopulasjoner som uttrykker fusjonen i varierende grad, kombinert med RNA-Seq-analyse, kan belyse genom brede endringer i transkripsjonen. Vær forsiktig når du arbeider med formalin, da det er et kreftfremkallende og kan forårsake hudirritasjon, allergiske reaksjoner eller øyeskader ved direkte eksponering. Generering av muterte derivater av stammer som bærer fluorescerende journalister av interesse, kan bidra til å avsløre det genetiske grunnlaget for de observerte romlige regulatoriske mønstrene.

Research

JoVE Journal

Genetics

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

Retroviral skanning: Mapping MLV Integrering Sites for å definere Cell-spesifikke Regulatory Regioner

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Bestemmelse av den optimale Chromosomal plassering(er) gir et DNA i Escherichia coli bruker en ny Transposon-mediert tilnærming

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells

En Standard metode for å undersøke stedet genetisk virkning som en funksjon av punkt mutasjon reparasjon katalysert av CRISPR/Cas9 og SsODN i menneskeceller

Combinatorial gene editing using CRISPR/Cas9 and single-stranded oligonucleotides is an effective strategy for the correction of single-base point ...

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation å studere i Vivo mobilnettet Svar å enkle og komplekse DNA skade

DNA damage induces specific signaling and repair responses in the cell, which is critical for protection of genome integrity. Laser microirradiation ...

An Optogenetic Method to Control and Analyze Gene Expression Patterns in Cell-to-cell Interactions

En Optogenetic metode for å styre og analysere Gene Expression mønstre i celle til celle interaksjoner

Cells should respond properly to temporally changing environments, which are influenced by various factors from surrounding cells. The Notch signaling ...

A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene

En metode for å studere C924T polymorfisme av Thromboxane A2 reseptor genet

The thromboxane A2 receptor (TBXA2R) gene is a member of the G-protein coupled superfamily with seven-transmembrane regions. It is involved in ...

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

Utforske rot Microbiome: utpakking bakterielle samfunnet Data fra jord, Rhizosphere og rot Endosphere

The intimate interaction between plant host and associated microorganisms is crucial in determining plant fitness, and can foster improved tolerance to ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

Høy gjennomstrømming identifikasjon av regulatoriske gensekvenser med neste generasjons sekvensering av runde kromosom konformasjon fange (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Manipulation of Gene Function in Mexican Cavefish

Manipulering av gen funksjon i meksikansk Cavefish

Cave animals provide a compelling system for investigating the evolutionary mechanisms and genetic bases underlying changes in numerous complex traits, ...

Lentiviral Mediated Gene Silencing in Human Pseudoislet Prepared in Low Attachment Plates

Lentiviral mediert gen demping i Human Pseudoislet forberedt på lav Vedleggs plater

Various genetic tools are available to modulate genes in pancreatic islets of rodents to dissect function of islet genes for diabetes research. However, ...