Name: a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues
Uploaded: 2019-02-19T15:00:00
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Agradecemos a Alexander Horswill para el regalo de la fusión de PsarAP1- tdTomato y Karen Creswell para ayuda con análisis de citometría de flujo. También agradecemos a Alyssa King para asesoramiento en análisis estadístico. Este trabajo fue financiado en parte por fondos de inicio de Facultad a SRB y un premio de investigación exploratorios/desarrollo de NIH (grant AI123708). Los fundadores no tenían ningún papel en el diseño del estudio, recopilación de datos e interpretación o la decisión de enviar el trabajo para su publicación.

Todos los métodos aquí descritos han sido aprobados por el institucional cuidado Animal y el Comité uso (IACUC) de la Universidad de Georgetown.
1. generación de la cepa de reportero fluorescente
<ol><li>Digerir el vector de pRB4 integradora de genoma secuencialmente con enzimas de restricción EcoRI y SmaI. Siguiendo el protocolo del fabricante, configurar una digestión durante la noche con SmaI con 1 μg de pRB4 a 25 ° C y luego proceder con la segunda digestión por 1h a 37 ° C med...

Enfermedades infecciosas bacterianas son un problema de salud creciente en todo el mundo debido a la adquisición de los determinantes de resistencia antibiótica46. Porque la adaptación a entornos de host es esencial para el crecimiento y supervivencia durante la infección, estrategias dirigidas a programas de expresión génica que aumentan la aptitud del patógeno pueden resultar útiles terapéuticamente. Un tal programa es el conjunto de genes controlados por el sistema de dos componentes d...

Las bacterias responden a cambiar condiciones fisiológicas y las alteraciones en el estado nutricional de su entorno expresando diferencialmente genes necesarios para la adaptación y supervivencia. Por ejemplo, patógenos oportunistas colonizan cuerpo superficies en relativamente bajas densidades y suelen ser inofensivos. Sin embargo, una vez que la bacteria ha penetrado las barreras físicas y químicas, deben lidiar con el anfitrión célula inmune contra defensas y restringida la disponibilidad de nutrientes1. Por ejemplo, Staphylococcus aureus coloniza aproximadamente un tercio de la población de forma asintomática pero también es la causa de la piel devastador e infecciones de tejidos blandos, osteomielitis, endocarditis y bacteremia2. El éxito de S. aureus como patógeno a menudo se atribuye a su flexibilidad metabólica, así como un arsenal de factores de virulencia asociados a superficie y secretada que permiten a la bacteria escapar el torrente sanguíneo y replicar en tejidos periféricos 3,4,5. Porque la muerte del anfitrión debido a la enfermedad estafilocócica es un callejón sin salida evolutivo y límites de transmisión a nuevos anfitriones6, debe controlarse cuidadosamente el compromiso con la producción del factor de virulencia.
Una compleja red de regulación de proteínas y no-codificación RNAs responde a una variedad de estímulos ambientales, incluyendo la célula densidad, fase de crecimiento, factores asociados del neutrófilo y la disponibilidad de nutrientes, para asegurar que los genes de virulencia se expresan en la hora exacta y la ubicación en host tejidos7,8,9,10,11,12,13. Por ejemplo, el sistema de dos componentes de SaeR/S (TCS) regula la expresión de varios factores de virulencia a través de la cinasa del sensor (SaeS) y la respuesta de regulador (SaeR)14. SaeS es autophosphorylated en un residuo conservado de histidina en respuesta a señales (e.g., humano neutrófilos péptidos [HNPs], calprotectina) de host8,15,16. El grupo fosforilo es entonces transferido a un residuo de aspartato en SaeR, activarlo como una proteína de unión al ADN (SaeR ~ P)17. El TCS SaeR/S regula más de 20 genes que contribuyen a la patogénesis, incluyendo proteínas de unión de fibronectina (FnBPs), leukocidins y coagulasa14,18,19,20. Objetivos se pueden clasificar en objetivos gene de alta afinidad y baja afinidad, que son probablemente inducida como el nivel de SaeR ~ P se levanta cuando se exponen a sus señales21. La actividad de SaeR/S es controlada por otros reguladores de expresión génica como el sistema de detección de quórum de Agr, represor de las toxinas proteínas (putrefacción) y el factor sigma alternativo B (SigB)22,23,24.
NUC es un gen de virulencia dependientes de la Sae en Staphylococcus aureus y codifica thermonuclease (Nuc), que es esencial para escapar de neutrophilic extracellular traps (redes) y para su difusión durante la curso de la infección25,26. La expresión de nuc es también fuertemente indirectamente reprimida por CodY en presencia de los aminoácidos de cadena ramificada y GTP27y directamente reprimida por la proteína estafilocócica regulador accesorio SarA28,29 , cuya actividad está influenciada por el oxígeno (estado redox) y pH30. Dado que sae y nuc mutantes se atenúan en modelos de ratón de la infección, hay interés en el desarrollo de intervenciones químicas que inhiben sus correspondientes actividades26,31. A pesar de esto, no hay información con respecto a su regulación durante la infección.
Reporteros fluorescentes se han utilizado para controlar y cuantificar la expresión génica a nivel unicelular. Adjunto, presentamos un método para cuantificar el S. aureus expresión génica durante la infección, cuando se combina con análisis de transcriptoma en vitro y potentes técnicas de imagen como resonancia magnética (MRI) y espectroscopia de resonancia magnética (MRS), puede revelar cómo bacteriana Fisiología está regulada in vivo y la relativa abundancia de nutrientes en ciertos nichos. El método puede aplicarse a cualquier patógeno bacteriano con un manejable sistema de genético.
Resumen del vector integrador de genoma.
El pRB4 vector integrador de genoma contiene 500 pares de bases cada uno de las regiones de aguas arriba y aguas abajo del pseudogene S. aureus USA300 SAUSA300_0087 para facilitar la recombinación homóloga. pRB4 se deriva de la columna vertebral de vector pMAD sensibles a la temperatura que contiene el cassette de resistencia a eritromicina (ermC) y beta-galactosidasa termoestable gene bgaB para azul/blanco cribado de recombinantes32. La construcción de ingeniería reportero también contiene un marcador de resistencia a cloranfenicol (cat) para la selección después de la integración del genoma y eliminación de plásmido, así como sitios de EcoRI y SmaI fusionar la región reguladora de interés verde superfolder proteína fluorescente (sGFP) (figura 1). Se sabe que la elección del sitio de unión a ribosoma (RBS) influye en la actividad del reportero y a menudo requiere optimización empírica33. Por lo tanto, no se suministra un RBS. Aquí, el sitio de unión del ribosoma nativa se utiliza para proporcionar un patrón natural de la expresión génica, pero pueden utilizarse otros sitios.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1015px;" width="1014">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">5% sheep blood</td>
			<td style="width:343px;">Hardy Diagnostics (Santa Maria, CA)</td>
			<td style="width:139px;">A10</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:367px;">5-bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-galactopyranoside (X-Gal)</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>R0402</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Ampicillin</td>
			<td style="width:343px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">BP1760-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">C57Bl/6 Mice</td>
			<td style="width:343px;">Charles River</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Chloramphenicol</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">C-0378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">confocal laser scanning microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">cryostat microtome</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Culture, Cap</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>2005-02512</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">D+2:25NA Oligo</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Coralville, Iowa)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA Ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Erythromycin</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">E5389</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Flow Analyzer</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">glass beads</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z273627</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Miniprep, plasmid</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A1220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">orbital shaking water bath</td>
			<td>New Brunswick Innova</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PCR purification</td>
			<td>QIagen</td>
			<td>28106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Phosphate Buffer Saline (PBS)</td>
			<td style="width:343px;">Cellgrow</td>
			<td style="width:139px;">46-013-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plate reader</td>
			<td style="width:343px;">Tecan</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Precellys 24 homogenizer</td>
			<td>Bertin Laboratories</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pUC57-Kan</td>
			<td>GenScript (Piscataway, NJ)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Q5 Taq DNA Polymerase</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">M0491S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:367px;">Restriction Enzymes</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">R0150S (PvuI), R3136S (BamHI), R0144S (BglII), R3131S (NheI), R0101S (EcoRI), R0141S (SmaI).</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reverse transcriptase</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>E6300L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Sanger Sequencing</td>
			<td>Genewiz (Germantown, MD)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sub Xero clear tissue freezing medium</td>
			<td>Mercedes Medical</td>
			<td style="width:139px;">MER5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Superfrost Plus microscope slides</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">12-550-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">superloop</td>
			<td>GE Lifesciences</td>
			<td>18111382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syringe, Filter</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>28145-481</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syto 40</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">S11351</td>
			<td>Membrane permeant nucleic acid stain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tetracycline</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">T7660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tryptic Soy Broth</td>
			<td style="width:343px;">VWR</td>
			<td style="width:139px;">90000-376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">UV-visible spectrophotometer</td>
			<td>Beckman Coulter-DU350</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vectashield Antifade Mounting medium with DAPI</td>
			<td>Vector Laboratories</td>
			<td style="width:139px;">H-1500</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues

Genes de virulencia bacteriana a menudo están regulados a nivel transcripcional por múltiples factores que responden a señales ambientales diferentes. Algunos factores que actúan directamente sobre los genes de virulencia; otros controlan patogenesia ajustando la expresión de los reguladores de aguas abajo o la acumulación de señales que afectan la actividad de regulador. Mientras que el Reglamento ha sido estudiado ampliamente durante el crecimiento en vitro , relativamente poco se sabe sobre cómo se ajusta la expresión génica durante la infección. Dicha información es importante cuando el producto de un gen particular es un candidato para la intervención terapéutica. Enfoques transcripcionales como RT-PCR cuantitativa en tiempo real, y RNA-Seq son poderosas formas de examinar la expresión génica a nivel global pero sufren muchos problemas técnicos incluyendo la baja abundancia de RNA bacteriana en comparación con el RNA del anfitrión y muestra degradación por RNasas. Evaluación de regulación utilizando reporteros fluorescentes es relativamente fácil y puede ser multiplexado con proteínas fluorescentes con propiedades espectrales únicas. El método permite el análisis unicelular, espacio-temporal de la expresión génica en los tejidos que presentan complejas tridimensionales gradientes arquitectura y fisicoquímicos que afectan redes de regulación bacterianas. Dicha información se pierde cuando se calcula el promedio de los datos sobre la población a granel. Adjunto, describimos un método para cuantificar la expresión génica en bacterias patógenas in situ. El método se basa en el procesamiento de tejido simple y directa observación de la fluorescencia de proteínas de reportero. Demostramos la utilidad de este sistema mediante el examen de la expresión de la thermonuclease de Staphylococcus aureus (nuc), cuyo producto del gene es necesario para la evasión inmune y la virulencia completo ex vivo e in vivo. Mostramos que nuc-gfp se expresa fuertemente en abscesos renales y revelar expresión génica heterogénea debido en parte a la aparente regulación espacial de la actividad de promotor de nuc en abscesos comprometidos plenamente con la respuesta inmune. El método puede aplicarse a cualquier bacteria con un sistema de genético manipulable y cualquier modelo de la infección, proporcionando información valiosa para los estudios preclínicos y desarrollo de fármacos.

Hemos desarrollado un plásmido derivado pMAD32 que puede ofrecer cualquier reportero construcción de fusión en el cromosoma por recombinación homóloga doble cruce (figura 1). Esta construcción permite el análisis cuantitativo de cualquier región reguladora que apoya la producción de la proteína GFP y la señal fluorescente sobre fondo. El plásmido confiere resistencia a la ampicilina (Apr) para el mantenimiento y ...

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A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues

Un método basado en la fluorescencia para el estudio de regulación de los genes bacterianos en los tejidos infectados

Se describe aquí es un método para el análisis de expresión génica bacteriana en los tejidos animales a nivel celular. Este método proporciona un recurso para el estudio de la diversidad fenotípica que ocurre dentro de una población bacteriana en respuesta al ambiente de tejido durante una infección.

Bacterial virulence genes are often regulated at the transcriptional level by multiple factors that respond to different environmental signals. Some ...

Este método puede revelar patrones espaciales de expresión génica bacteriana y estrategias para la adaptación fisiológica a los microambientes del tejido huésped que se pierden cuando se promedian en toda la población en los tejidos. Con esta técnica se pueden detectar heterogenidades potenciales que deben ser consideradas al identificar nuevas vías bacterianas y proteínas a ser objetivo de antivirulencia o compuestos antibacterianos. Comience por rayar cepas de S.aureus de interés en las placas de agar de sangre de una población de glicerol congelado e incubar las placas a 37 grados Celsius durante 16 a 24 horas para confirmar sus fenotipos hemolíticos basados en su capacidad para linsear glóbulos rojos y formar zonas transparentes claras.Inocular aislados de colonia única de cada cepa en cuatro mililitros de caldo de soja tríptico, o TSB, en tubos de vidrio estériles y rotar los tubos a 37 grados Celsius durante 16 a 24 horas en un rodillo de tubo en un ángulo de aproximadamente 70 grados y 70 rotaciones por minuto. A la mañana siguiente medir la densidad óptica a 600 nanómetros, o OD 600, de los cultivos en un espectrofotómetro y diluir las células a un OD 600 de 0.05 en 25 mililitros de TSB estéril a una relación de entre dos y un volumen en matraces Delong de 125 mililitros. Incubar los cultivos en un baño de agua celsius de 37 grados a 280 rotaciones por minuto y cosechar las células durante la fase exponencial.Pele el Plículo de las células por centrifugación y lavar las células dos veces en un volumen igual de PBS estéril. Luego resuspendir las células en PBS fresco a una por 10 a la octava colonia formando unidades por mililitro de concentración para su posterior inyección en un animal receptor. En el punto final experimental apropiado, cosecha el riñón, el corazón, el hígado, los pulmones y el bazo en tubos de polipropileno de 15 mililitros que contienen 10% de formalina tamponada durante una incubación de 24 a 48 horas en la oscuridad a temperatura ambiente con suave temblor o rotación.Al final de la fijación, incruste los órganos en un medio de congelación de tejido transparente para almacenarlos a menos 80 grados centígrados. Utilice un criostato para adquirir secciones de tejido de 10 micrómetros de espesor y secar las secciones en diapositivas de vidrio cargadas pre-limpiadas individuales durante 20 minutos en la oscuridad antes de aplicar el medio de montaje duro complementado con DAPI. A continuación, aplique los resbalones de cubierta y cure los portaobjetos a temperatura ambiente durante la noche antes de transferir las muestras a un almacenamiento a largo plazo a cuatro grados centígrados.Para identificar lesiones dentro de las muestras, coloque una diapositiva en el escenario de un microscopio confocal de escaneo láser y utilice un objetivo adecuado para visualizar células individuales para adquirir imágenes de las lesiones. Para medir las intensidades de fluorescencia dentro de las imágenes confocales, abra una imagen en ImageJ y ajuste el brillo y el contraste para visualizar correctamente la señal de fluorescencia de la lesión. Defina la región de interés mediante la herramienta de selección de polígonos y añada el ROI al gestor de ROI en la pestaña Editar de ImageJ.Seleccione Editar, luego Selección y, finalmente, Agregar al administrador. A continuación, cambie el nombre del ROI y etiquete la imagen respectiva. Para definir el centroide, abra la pestaña Analizar y seleccione Area, Valor gris medio, Centroide y Límite a umbral.Extraiga el valor de intensidad de fluorescencia centroide o mida la intensidad media de fluorescencia en una lesión dada por unidad de área. Esto se puede lograr utilizando la función de umbral para establecer los límites de fluorescencia inferior y superior según sea necesario. Exporte los datos a un archivo de Excel y prepare una columna que indique la intensidad media de fluorescencia por unidad de área para la periferia y el núcleo.Para calcular las intensidades medias de fluorescencia por unidad de área en la periferia y el núcleo, defina manualmente los límites superior e inferior del umbral. La fluorescencia de fusión staphylococcus aureus thermonucleasa GFP es en promedio casi nueve veces mayor en las células que en las células que en las células que no llevan la fusión del reportero. Del mismo modo, la fluorescencia de fusión de tomate dimerico tándáctico es aproximadamente seis veces mayor que el control de reportero nulo.El patrón de las actividades del reportero se puede confirmar mediante citometría de flujo con homogeneizatos tisulares. Aunque las diferencias de pliegue en la fluorescencia son típicamente más bajas. Las variaciones en las mediciones de fluorescencia pueden deberse a la expresión heterogénea de los reporteros.Por ejemplo, en estas muestras representativas se observó que algunas lesiones expresan uno o ambos de los reporteros dentro de aproximadamente 100 micrómetros de distancia en la misma muestra de tejido. El examen de la actividad del reportero a una resolución de una sola célula en comunidades de abcesas estafilocócicas revela una regulación espacial de la expresión de estafilococo aureus thermonucleasa en abscesos circunscritos con una fuerte tinción DAPI, probablemente asociada con la formación y liberación de trampas extracelulares de neutrófilos. Por ejemplo, se observa una fluorescencia de fusión de la fluorescencia de la RFP estafilococo auresa significativamente mayor en el núcleo interior de la comunidad de abcesas estafilocócicas en comparación con la localización en la periferia.En la misma abcesa, el patrón para la fluorescencia de fusión de tomate dimerico tándúrico parece invertirse. Sin embargo, el patrón de este experimento no fue estadísticamente significativo. La obtención de disecciones crio-integradas intactas es vital para el análisis de la imagen de fluorescencia y debe hacerse cuidadosamente.La clasificación de las células bacterianas para capturar submociones que expresan la fusión en diferentes medidas, junto con el análisis de ARN-Seq podría iluminar los cambios anchos del genoma en el transcriptoma. Tenga cuidado al trabajar con formalina, ya que es un carcinógeno y puede causar irritación de la piel, reacciones alérgicas o daño ocular tras la exposición directa. Generar derivados mutantes de cepas que llevan reporteros fluorescentes de interés puede ayudar a revelar la base genética para los patrones regulatorios espaciales observados.

Research

JoVE Journal

Genetics

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

Escaneo Retroviral: Mapeo de sitios de integración MLV para definir regiones reguladoras específicas de células

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

Investigación

Genética

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determinación de la óptima Localización cromosómica de un elemento de DNA en Escherichia coli utilizando un nuevo enfoque mediada por transposones

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells

Una metodología estándar para examinar in situ mutagenicidad en función de la mutación de punto reparación catalizada por CRISPR/Cas9 y SsODN en células humanas

Combinatorial gene editing using CRISPR/Cas9 and single-stranded oligonucleotides is an effective strategy for the correction of single-base point ...

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Microirradiation láser para estudiar In Vivo las respuestas celulares al daño en el ADN Simple y complejo

DNA damage induces specific signaling and repair responses in the cell, which is critical for protection of genome integrity. Laser microirradiation ...

An Optogenetic Method to Control and Analyze Gene Expression Patterns in Cell-to-cell Interactions

Un método de Optogenetic para controlar y analizar patrones de expresión génica en las interacciones célula a célula

Cells should respond properly to temporally changing environments, which are influenced by various factors from surrounding cells. The Notch signaling ...

A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene

Un método para el estudio del polimorfismo C924T del gen Receptor tromboxano A2

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Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

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High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

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Captura de alto rendimiento identificación de secuencias reguladoras de genes utilizando secuenciación de próxima generación de conformación Circular cromosoma (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

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Cave animals provide a compelling system for investigating the evolutionary mechanisms and genetic bases underlying changes in numerous complex traits, ...

Lentiviral Mediated Gene Silencing in Human Pseudoislet Prepared in Low Attachment Plates

Silenciamiento de genes mediado por Lentiviral en pseudoislet humano preparado en placas de baja fijación

Various genetic tools are available to modulate genes in pancreatic islets of rodents to dissect function of islet genes for diabetes research. However, ...