Name: a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues
Uploaded: 2019-02-19T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues at JoVE.com

Vi tackar Alexander Horswill för gåvan av PsarAP1- tdTomato fusion och Karen Creswell för hjälp med flödescytometri Flödesanalys. Vi tackar också Alyssa King för råd om statistisk analys. Detta arbete finansierades delvis av en NIH undersökande/utvecklings Research Award (grant AI123708) och start fakultetsmedel till SRB. Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och tolkning eller beslutet att lämna arbetet för publikation.

Alla metoderna som beskrivs här har godkänts av den institutionella djur vård och användning kommittén (IACUC) av Georgetown University.
1. generation fluorescerande Reporter stam
<ol><li>Smälta genomet integrativ pRB4 vector sekventiellt med mina och Bruno restriktionsenzym. Efter tillverkarens protokollet, ställa in en övernattning matsmältningen med Bruno använder 1 µg av pRB4 vid 25 ° C, och fortsätt sedan med den andra matsmältningen för 1h vid 37 ° C genom att lägga ti...

Bakteriella infektionssjukdomar är ett ökande hälsoproblem över hela världen på grund av förvärvet av antibiotikaresistens bestämningsfaktorer46. Eftersom anpassning till värdmiljöer är viktigt för tillväxt och överlevnad under infektion, strategier inriktning gen uttryck program som ökar patogen fitness kan visa sig användbar terapeutiskt. Ett sådant program är uppsättningen av gener som kontrolleras av den SaeR/S tvåkomponentssystem (TCS), visat tidigare att spela en viktig ...

Bakterier reagera på förändrade fysiologiska förhållanden och förändringar i den näringsmässiga delstaten sin omgivning genom att differentially uttrycka gener som krävs för anpassning och överlevnad. Exempelvis kolonisera opportunistiska patogener kropp ytor vid relativt låga tätheter, och är ofta ofarliga. Men när bakterien har trängt in fysiska och kemiska hinder, måste det brottas med värd immunceller Counter försvar och begränsade näringsämnen tillgänglighet1. Som ett exempel, Staphylococcus aureus colonizes ungefär en tredjedel av befolkningen asymptomatiskt men är också orsaken till förödande hud och mjukdelsinfektioner, osteomyelit, endokardit och bakteriemi2. Framgången för S. aureus som en patogen är ofta tillskrivas dess metaboliska flexibilitet samt en arsenal av surface-associerade och utsöndrade virulensfaktorer som gör att bakterien att fly i blodomloppet och replikera i perifera vävnader 3,4,5. Eftersom värd dödsfall på grund av staphylococcal sjukdom är en evolutionär återvändsgränd och gränser överföring till nya värdar6, måste åtagandet att virulens factor produktion kontrolleras noga.
Ett komplext regulatoriska nätverk av proteiner och icke-kodande RNAs svarar på en mängd stimuli från omgivningen, inklusive cell densiteten, tillväxtfas, neutrofila-associerade faktorer och näringsämnen tillgänglighet, att säkerställa att virulensgener uttrycks på den exakt tid och plats inom värd vävnader7,8,9,10,11,12,13. Exempelvis reglerar SaeR/S tvåkomponentssystem (TCS) uttryck för flera virulensfaktorer via den sensorn kinase (SAE: er) och svar regulator (SaeR)14. Kapacitetsminskningen är autophosphorylated på ett bevarat histidin rester i svar till värd signaler (t.ex., humana neutrofila peptider [HNPs], calprotectin)8,15,16. Phosphorylen gruppen överförs sedan till en aspartat rester på SaeR, aktivera den som en DNA-bindande protein (SaeR ~ P)17. SaeR/S TCS reglerar över 20 gener som bidrar till patogenes inklusive Fibronektin bindande proteiner (FnBPs), leukocidins och koagulas14,18,19,20. Mål kan klassificeras till hög affinitet och låg affinitet gen mål, vilket sannolikt induceras som nivån på SaeR ~ P stiger när de utsätts för sina ledtrådar21. SaeR/S verksamhet styrs av andra regulatorer av genuttryck som Agr quorum sensing systemet, repressor gifter proteinkälla (röta), och den alternativa sigma faktor B (SigB)22,23,24.
NUC är en Sae-beroende virulens gen i Staphylococcus aureus och kodar thermonuclease (Nuc), som är nödvändig för att fly från neutrophilic extracellular trappar (nät) och för spridning under de Kursen infektion25,26. Uttrycket av nuc är också starkt indirekt förträngas av CodY i närvaro av grenade aminosyror och GTP27, och direkt förträngas av proteinet staphylococcal tillbehöret regulator SarA28,29 , vars verksamhet påverkas av syre (redox staten) och pH30. Med tanke på att sae och nuc mutanter är försvagade i musmodeller av infektion, finns det intresse att utveckla kemiska interventioner som hämmar deras motsvarande aktiviteter26,31. Trots detta finns det ingen information angående deras reglering under infektion.
Fluorescerande reportrar har använts för att övervaka och kvantifiera genuttryck på enstaka cellnivå. Häri, presenterar vi en metod för att kvantifiera S. aureus genuttryck under infektion som, när det paras ihop med in vitro-transkriptom analys och kraftfulla avbildningstekniker som magnetisk resonanstomografi (MRT) och magnetisk resonans spektroskopi (MRS), kan avslöja hur bakteriell fysiologi är reglerade i vivo och de relativa förekomsten av näringsämnen i vissa nischer. Metoden kan tillämpas på alla bakteriella patogener med ett fogligt genetiska system.
Översikt av genomet integrativ vektorn.
Den genomet integrativ vektor pRB4 innehåller 500 baspar varje från uppströms och nedströms regioner av det S. aureus USA300 SAUSA300_0087 pseudogene att underlätta homolog rekombination. pRB4 härstammar från temperaturkänsliga pMAD vector ryggraden som innehåller erytromycin resistance kassett (ermC) och termostabila beta-galaktosidas gen bgaB blå/vit screening av rekombinanter32. Den bakåtkompilerade reporter konstruktionen innehåller kloramfenikol motstånd markör (katt) för urval efter genomet integration och plasmid eliminering, liksom mina och Bruno platser till säkring regionen föreskrivande av intresse för superfolder grön fluorescerande protein (sGFP) (figur 1). Det är känt att valet av Ribosomen bindningsstället (RBS) påverkar aktiviteten av reportern, och kräver ofta empiriska optimering33. Således tillhandahålls en RBS inte. Här webbplatsen infödda ribosom bindning används för att ge för ett mer naturligt mönster av genuttryck, men andra platser får användas.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1015px;" width="1014">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">5% sheep blood</td>
			<td style="width:343px;">Hardy Diagnostics (Santa Maria, CA)</td>
			<td style="width:139px;">A10</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:367px;">5-bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-galactopyranoside (X-Gal)</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>R0402</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Ampicillin</td>
			<td style="width:343px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">BP1760-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">C57Bl/6 Mice</td>
			<td style="width:343px;">Charles River</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Chloramphenicol</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">C-0378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">confocal laser scanning microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">cryostat microtome</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Culture, Cap</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>2005-02512</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">D+2:25NA Oligo</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Coralville, Iowa)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA Ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Erythromycin</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">E5389</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Flow Analyzer</td>
			<td>Becton Dickinson</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">glass beads</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z273627</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Miniprep, plasmid</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A1220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">orbital shaking water bath</td>
			<td>New Brunswick Innova</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PCR purification</td>
			<td>QIagen</td>
			<td>28106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Phosphate Buffer Saline (PBS)</td>
			<td style="width:343px;">Cellgrow</td>
			<td style="width:139px;">46-013-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Plate reader</td>
			<td style="width:343px;">Tecan</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Precellys 24 homogenizer</td>
			<td>Bertin Laboratories</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pUC57-Kan</td>
			<td>GenScript (Piscataway, NJ)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Q5 Taq DNA Polymerase</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">M0491S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:367px;">Restriction Enzymes</td>
			<td>New England Biolabs (Ipswich, MA)</td>
			<td style="width:139px;">R0150S (PvuI), R3136S (BamHI), R0144S (BglII), R3131S (NheI), R0101S (EcoRI), R0141S (SmaI).</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Reverse transcriptase</td>
			<td>New England BioLabs</td>
			<td>E6300L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Sanger Sequencing</td>
			<td>Genewiz (Germantown, MD)</td>
			<td style="width:139px;">NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sub Xero clear tissue freezing medium</td>
			<td>Mercedes Medical</td>
			<td style="width:139px;">MER5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Superfrost Plus microscope slides</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">12-550-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">superloop</td>
			<td>GE Lifesciences</td>
			<td>18111382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syringe, Filter</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>28145-481</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syto 40</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">S11351</td>
			<td>Membrane permeant nucleic acid stain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tetracycline</td>
			<td style="width:343px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">T7660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">Tryptic Soy Broth</td>
			<td style="width:343px;">VWR</td>
			<td style="width:139px;">90000-376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">UV-visible spectrophotometer</td>
			<td>Beckman Coulter-DU350</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vectashield Antifade Mounting medium with DAPI</td>
			<td>Vector Laboratories</td>
			<td style="width:139px;">H-1500</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a fluorescence-based method to study bacterial gene regulation in infected tissues

Bakteriella virulensgener är ofta reglerade på transkriptionell nivå av flera faktorer som svarar på olika Miljösignaler. Vissa faktorer verkar direkt på virulensgener; andra styr patogenes genom att justera uttrycket av nedströms tillsynsmyndigheter eller ansamling av signaler som påverkar aktiviteten av regulator. Medan förordning har studerats ingående under in vitro- tillväxt, är relativt lite känt om hur genuttrycket justeras under infektion. Sådan information är viktigt när en särskild gen produkt är en kandidat för terapeutisk intervention. Transkriptionell metoder som kvantitativa, real-time RT-PCR och RNA-Seq är kraftfulla sätt att undersöka genuttryck på global nivå men lider många tekniska utmaningar inklusive låg överflöd av bakteriell RNA jämfört värd RNA, och prov nedbrytning av RNaser. Utvärdera förordning med hjälp av fluorescerande reportrar är relativt lätt och kan vara multiplexade med fluorescerande proteiner med unika spektrala egenskaper. Metoden möjliggör encelliga, spatiotemporal analys av genuttryck i vävnader som uppvisar komplexa tredimensionella arkitektur och fysiokemiska övertoningar som påverkar bakteriella regulatoriska nätverk. Sådan information går förlorad när data är i genomsnitt under bulk befolkningen. Häri, beskriver vi en metod för att kvantifiera genuttryck i bakteriella patogener i situ. Metoden bygger på enkla vävnad behandling och direkt observation av fluorescens från reporter proteiner. Vi visar nyttan av detta system genom att undersöka uttrycket av Staphylococcus aureus thermonuclease (nuc), vars gen produkt krävs för immun skatteflykt och full virulens ex vivo och in vivo. Vi visar att nuc-gfp är starkt uttryckt i nedsatt bölder och avslöja heterogena genuttryck på grund delvis skenbara rumsliga förordning nuc arrangören aktivitet i bölder engagerade med immunsvaret. Metoden kan tillämpas på någon bakterie med en manipulatable genetiska system och någon infektion modell, att ge värdefull information för prekliniska studier och läkemedelsutveckling.

Vi utvecklade en plasmid som härrör från pMAD32 som kan leverera någon reporter fusion konstruera i kromosomen av dubbla crossover homolog rekombination (figur 1). Denna konstruktion möjliggör kvantitativ analys av någon reglerande region som stöder produktionen av GFP protein och fluorescerande signal ovanför bakgrund. Plasmiden ger ampicillin-resistens (Apr) för underhåll och förökning i E. coli och g...

Watch this Scientific Journal Video about A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues at JoVE.com

A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues

En fluorescens-baserad metod för att studera bakteriell genreglering i infekterade vävnader

Beskrivs här är en metod för att analysera bakteriell genuttryck i djurvävnader på cellnivå. Denna metod ger en resurs för att studera den fenotypiska mångfald som inträffar inom en bakteriepopulation svar på vävnad miljön under en infektion.

Bacterial virulence genes are often regulated at the transcriptional level by multiple factors that respond to different environmental signals. Some ...

Denna metod kan avslöja rumsliga mönster av bakteriell genuttryck och strategier för fysiologisk anpassning till värdvävnad mikro-miljöer som går förlorade när genomsnittet över hela befolkningen i vävnader. Med denna teknik potential heterogeniteter kan detekteras som måste beaktas vid identifiering av nya bakteriella vägar och proteiner som skall riktas genom antivirulence eller antibakteriella föreningar. Börja med strimmor S.aureus stammar av intresse på blod agar plattor från en frusen glycerol lager och inkubera plattorna på 37 grader Celsius i 16 till 24 timmar för att bekräfta sina hemolytiska fenotyper baserat på deras förmåga att lyse röda blodkroppar och att bilda tydliga genomskinliga zoner.Inokulera enkoloniisolat av varje stam i fyra milliliter tryptisk sojabuljong, eller TSB, i sterila glasrör och rotera rören i 37 grader Celsius i 16 till 24 timmar i en rörrulle i en cirka 70 graders vinkel och 70 rotationer per minut. Nästa morgon mäter den optiska densiteten vid 600 nanometer, eller OD 600, av kulturerna på en spektrofot och späd cellerna till en OD 600 av 0,05 i 25 milliliter sterila TSB vid en fem till en kolv till volym förhållandet i 125 milliliter Delong kolvar. Inkubera kulturerna i ett 37 graders Celsius vattenbad vid 280 rotationer per minut och skörda cellerna under den exponentiella fasen.Pellet cellerna genom centrifugering och tvätta cellerna två gånger i en lika stor volym av steril PBS. Sedan återanvänder cellerna i färska PBS till en en gånger 10 till den åttonde kolonin bildar enheter per milliliter koncentration för deras efterföljande injektion i ett mottagardjur. Vid lämplig experimentell slutpunkt, skörda njure, hjärta, lever, lungor, och mjälte i 15 milliliter polypropylenrör som innehåller 10%buffrad formalin för en 24 till 48 timmars inkubering i mörker vid rumstemperatur med varsam skakning eller rotation.I slutet av fixeringen, bädda in organen i klart vävnadsfrysningsmedium för lagring vid minus 80 grader Celsius. Använd en kryostat för att förvärva 10 mikrometer tjocka vävnadssektioner och torka sektionerna på enskilda förrensade laddade glasglasglas under 20 minuter i mörker innan du applicerar hårt monteringsmedium kompletterat med DAPI. Applicera sedan täcksli och bota rutschkanorna i rumstemperatur över natten innan du överför proverna till långtidsförvaring vid fyra grader Celsius.För att identifiera skador inom proverna, placera en bild på scenen av en laserscanning confocal mikroskop och använda ett lämpligt mål för visualisera enskilda celler att förvärva bilder av skador. För att mäta fluorescensintensiteterna inom de konfokala bilderna, öppna en bild i ImageJ och justera ljusstyrkan och kontrasten för att korrekt visualisera lesionens fluorescenssignal. Definiera den region av intresse genom att använda verktyget för val av polygon och lägg till avkastningen på investeringen i roi-hanteraren under fliken Redigera i ImageJ.Välj Redigera, sedan Markering och slutligen Lägg till i hanteraren. Därefter byter du namn på avkastningen på investeringen och märker respektive bild. Om du vill definiera centroiden öppnar du fliken Analysera och väljer Område, Medelvärdet gråvärde, Centroid och Gräns till tröskelvärde.Extrahera centroidfluorescensintensitetsvärdet eller mät medelvärdet av fluorescensintensiteten i en given lesion per område med enhet. Detta kan uppnås genom att använda thresholding-funktionen för att ställa in de nedre och övre fluorescensgränserna vid behov. Exportera data till en Excel-fil och förbered en kolumn som anger medelvärdet fluorescens intensitet per enhet område för periferin och kärna.För att beräkna medelvärdet för fluorescensintensiteter per enhetsområde i periferin och kärnan, definiera manuellt de övre och nedre gränserna för tröskelvärden. Staphylococcus aureus thermonuclease GFP fusion fluorescens är i genomsnitt nästan niofaldigt högre i celler som bär fusion genen än i celler som inte bär reporter fusion. På samma sätt är tandem dimeric Tomato fusion fluorescens ungefär sexfaldigt högre än null reporter kontroll.Mönstret för reporter aktiviteter kan bekräftas av flödescytometri med vävnadshomogenater. Även om de veckiga skillnaderna i fluorescens är typiskt lägre. Variationer i fluorescensmätningarna kan vara tack vare heterogent uttryck av reportern.I dessa representativa prover observerades till exempel att vissa lesioner uttryckte antingen en eller båda av reportrarna inom cirka 100 mikrometer avstånd i samma vävnadsprov. Undersöka reportern verksamhet till en enda cell upplösning i staphylococcal abcess samhällen avslöjar en rumslig reglering av staphylococcus aureus termonukleeras uttryck i bölder omskriven med starka DAPI färgning, sannolikt i samband med bildandet och frisättning av neutrophil extracellulära fällor. Till exempel observeras betydligt högre staphylococcus aureus thermonuclease GFP fusion fluorescens i den inre kärnan i stafylokocken abcess samhället jämfört med lokaliserade till periferin.I samma abcess, mönstret för tandem dimeric Tomato fusion fluorescens verkar vara inverterad. Mönstret i detta experiment var dock inte statistiskt signifikant. Att få intakta kryoinbäddade dissektioner är avgörande för fluorescensbildanalysen och bör göras noggrant.Sortering av bakteriecellerna för att fånga delpopulationer som uttrycker fusion i varierande utsträckning, tillsammans med RNA-Seq-analys skulle kunna belysa genomet stora förändringar i transkriptomet. Var försiktig när du arbetar med formalin eftersom det är cancerframkallande och kan orsaka hudirritation, allergiska reaktioner, eller ögonskador vid direkt exponering. Generera muterade derivat av stammar som bär fluorescerande reportrar av intresse kan hjälpa avslöja den genetiska grunden för de observerade rumsliga regleringsmönster.

Research

JoVE Journal

Genetics

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

Retroviral Scanning: Kartläggning av MLV-integrationswebbplatser för att definiera cellspecifika reglerande regioner

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Bestämning av optimala kromosomala belägenheten för ett DNA-Element i Escherichia coli använder en ny metod för Transposon-medierad

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Standard Methodology to Examine On-site Mutagenicity As a Function of Point Mutation Repair Catalyzed by CRISPR/Cas9 and SsODN in Human Cells

En standardmetod att undersöka Hotellets mutagenicitet som en funktion av punktmutation reparation katalyseras av CRISPR/Cas9 och SsODN i mänskliga celler

Combinatorial gene editing using CRISPR/Cas9 and single-stranded oligonucleotides is an effective strategy for the correction of single-base point ...

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation to Study In Vivo Cellular Responses to Simple and Complex DNA Damage

Laser Microirradiation att studera In Vivo cellulära svar till enkla och komplexa DNA-skador

DNA damage induces specific signaling and repair responses in the cell, which is critical for protection of genome integrity. Laser microirradiation ...

An Optogenetic Method to Control and Analyze Gene Expression Patterns in Cell-to-cell Interactions

En Optogenetic metod för att kontrollera och analysera gen uttrycksmönster i Cell-till-cell interaktioner

Cells should respond properly to temporally changing environments, which are influenced by various factors from surrounding cells. The Notch signaling ...

A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene

En metod att studera den C924T polymorfism av tromboxan A2 receptorn gen

The thromboxane A2 receptor (TBXA2R) gene is a member of the G-protein coupled superfamily with seven-transmembrane regions. It is involved in ...

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

Utforska den roten mikrobiomet: extrahera bakteriell gemenskapen Data från jord, odlingsbädden och rot Endosphere

The intimate interaction between plant host and associated microorganisms is crucial in determining plant fitness, and can foster improved tolerance to ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

Hög genomströmning identifiering av reglerande gensekvenser som använder nästa generations sekvensering av cirkulär kromosom konformation fånga (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Manipulation of Gene Function in Mexican Cavefish

Manipulation av geners funktion i mexikanska släktet

Cave animals provide a compelling system for investigating the evolutionary mechanisms and genetic bases underlying changes in numerous complex traits, ...

Lentiviral Mediated Gene Silencing in Human Pseudoislet Prepared in Low Attachment Plates

Lentiviral medierad gen ljuddämpning i humant Pseudoholmen beredd i låga fästplattor

Various genetic tools are available to modulate genes in pancreatic islets of rodents to dissect function of islet genes for diabetes research. However, ...