Name: characterizing histone post-translational modification alterations in yeast neurodegenerative proteinopathy models
Uploaded: 2019-03-24T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Characterizing Histone Post-translational Modification Alterations in Yeast Neurodegenerative Proteinopathy Models at JoVE.com

ونحن نشكر رينا طناز وهدى يوسف تاسين صديقى للحصول على مساعدة تقنية. ونحن ممتنون جداً للبروفيسور جيمس أقصر لتوفير الكواشف والفكرية المساعدة في تصميم تجارب ضبط السكروز سخية. والبلازميدات الخميرة كانت هدية سخية من البروفيسور آرون جيتلير (بما في ذلك غال 303-فوس؛ بلازميد # 29614 من أدجيني). كلية بروكلين ومتقدمة علوم بحوث مركز (CUNY)، فضلا عن المعاهد الوطنية للصحة NINDS المتقدمة بعد الدكتوراه مرحلة انتقالية جائزة (K22NS09131401) تدعم M.P.T.

1-تحويل S. cerevisiae مع ثوابت البروتينات المرتبطة بروتينوباثي الأعصاب
<ol><li>تنمو الخميرة البرية نوع (WT) 303 في الخميرة استخراج ببتون مرق سكر العنب (YPD) بين عشية وضحاها بالهز (200 لفة في الدقيقة) في 30 درجة مئوية.</li>
	<li>بعد 12−16 ح من النمو، يؤدي إلى تمييع الخميرة إلى بكثافة بصرية في 600 نانومتر (OD600</...

<ol>
	<li>Landgrave-G&#243;mez, J., Mercado-G&#243;mez, O., Guevara-Guzm&#225;n, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+mechanisms+in+neurological+and+neurodegenerative+diseases.">Epigenetic mechanisms in neurological and neurodegenerative diseases.</a> Frontiers in Cellular Neuroscience. 9, 58 (2015).</li><li>Paez-Colasante, X., Figueroa-Romero, C., Sakowski, S. A., Goutman, S. A., Feldman, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amyotrophic+lateral+sclerosis:+mechanisms+and+therapeutics+in+the+epigenomic+era.">Amyotrophic lateral sclerosis: mechanisms and therapeutics in the epigenomic era.</a> Nature Reviews Neurology. 11 (5), 266-279 (2015).</li><li>Beitz, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Parkinson's+Disease:+a+Review.">Parkinson's Disease: a Review.</a> Frontiers in Bioscience. 6, 65-74 (2014).</li><li>Kim, H. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+prion-like+domains+in+hnRNPA2B1+and+hnRNPA1+cause+multisystem+proteinopathy+and+ALS.">Mutations in prion-like domains in hnRNPA2B1 and hnRNPA1 cause multisystem proteinopathy and ALS.</a> Nature. 495 (7442), 467-473 (2013).</li><li>Poewe, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Parkinson+disease.">Parkinson disease.</a> Nature Reviews Disease Primers. 3, 17013 (2017).</li><li>Robberecht, W., Philips, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+changing+scene+of+amyotrophic+lateral+sclerosis.">The changing scene of amyotrophic lateral sclerosis.</a> Nature Reviews Neuroscience. 14 (4), 248-264 (2013).</li><li>Chen-Plotkin, A. S., Lee, V. M. Y., Trojanowski, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TAR+DNA-binding+protein+43+in+neurodegenerative+disease.">TAR DNA-binding protein 43 in neurodegenerative disease.</a> Nature Reviews Neurology. 6 (4), 211-220 (2010).</li><li>Couthouis, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+yeast+functional+screen+predicts+new+candidate+ALS+disease+genes.">A yeast functional screen predicts new candidate ALS disease genes.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 108 (52), 20881-20890 (2011).</li><li>Da Cruz, S., Cleveland, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+the+role+of+TDP-43+and+FUS/TLS+in+ALS+and+beyond.">Understanding the role of TDP-43 and FUS/TLS in ALS and beyond.</a> Current Opinion in Neurobiology. 21 (6), 904-919 (2011).</li><li>King, O. D., Gitler, A. D., Shorter, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+tip+of+the+iceberg:+RNA-binding+proteins+with+prion-like+domains+in+neurodegenerative+disease.">The tip of the iceberg: RNA-binding proteins with prion-like domains in neurodegenerative disease.</a> Brain Research. 1462, 61-80 (2012).</li><li>Neumann, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FET+proteins+TAF15+and+EWS+are+selective+markers+that+distinguish+FTLD+with+FUS+pathology+from+amyotrophic+lateral+sclerosis+with+FUS+mutations.">FET proteins TAF15 and EWS are selective markers that distinguish FTLD with FUS pathology from amyotrophic lateral sclerosis with FUS mutations.</a> Brain. 134 (9), 2595-2609 (2011).</li><li>Neumann, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ubiquitinated+TDP-43+in+Frontotemporal+Lobar+Degeneration+and+Amyotrophic+Lateral+Sclerosis.">Ubiquitinated TDP-43 in Frontotemporal Lobar Degeneration and Amyotrophic Lateral Sclerosis.</a> Science. 314 (5796), 130-133 (2006).</li><li>Baba, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aggregation+of+alpha-synuclein+in+Lewy+bodies+of+sporadic+Parkinson's+disease+and+dementia+with+Lewy+bodies.">Aggregation of alpha-synuclein in Lewy bodies of sporadic Parkinson's disease and dementia with Lewy bodies.</a> The American Journal of Pathology. 152 (4), 879-884 (1998).</li><li>Lotharius, J., Brundin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathogenesis+of+parkinson's+disease:+dopamine,+vesicles+and+&#945;-synuclein.">Pathogenesis of parkinson's disease: dopamine, vesicles and &#945;-synuclein.</a> Nature Reviews Neuroscience. 3 (12), 932-942 (2002).</li><li>Spillantini, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=&#945;-Synuclein+in+Lewy+bodies.">&#945;-Synuclein in Lewy bodies.</a> Nature. 388 (6645), 839-840 (1997).</li><li>Probst, A. V., Dunleavy, E., Almouzni, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+inheritance+during+the+cell+cycle.">Epigenetic inheritance during the cell cycle.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 10 (3), 192-206 (2009).</li><li>Luger, K., M&#228;der, A. W., Richmond, R. K., Sargent, D. F., Richmond, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystal+structure+of+the+nucleosome+core+particle+at+2.8+&#197;+resolution.">Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 &#197; resolution.</a> Nature. 389 (6648), 251-260 (1997).</li><li>Mazzio, E. A., Soliman, K. F. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+concepts+of+epigenetics.">Basic concepts of epigenetics.</a> Epigenetics. 7 (2), 119-130 (2012).</li><li>Struhl, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+acetylation+and+transcriptional+regulatory.">Histone acetylation and transcriptional regulatory.</a> Genes &amp; Development. 12 (5), 599-606 (1998).</li><li>Garcia, B. A., Shabanowitz, J., Hunt, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+histones+and+their+post-translational+modifications+by+mass+spectrometry.">Characterization of histones and their post-translational modifications by mass spectrometry.</a> Current Opinion in Chemical Biology. 11 (1), 66-73 (2007).</li><li>Strahl, B. D., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+language+of+covalent+histone+modifications.">The language of covalent histone modifications.</a> Nature. 403 (6765), 41-45 (2000).</li><li>Jovicic, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modifiers+of+C9orf72+dipeptide+repeat+toxicity+connect+nucleocytoplasmic+transport+defects+to+FTD/ALS.">Modifiers of C9orf72 dipeptide repeat toxicity connect nucleocytoplasmic transport defects to FTD/ALS.</a> Nature Neuroscience. 18 (9), 1226-1229 (2015).</li><li>Sanchez, Y., Lindquist, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HSP104+required+for+induced+thermotolerance.">HSP104 required for induced thermotolerance.</a> Science. 248 (4959), 1112 (1990).</li><li>Outeiro, T. F., Lindquist, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yeast+Cells+Provide+Insight+into+Alpha-Synuclein+Biology+and+Pathobiology.">Yeast Cells Provide Insight into Alpha-Synuclein Biology and Pathobiology.</a> Science. 302 (5651), 1772 (2003).</li><li>Johnson, B. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TDP-43+Is+Intrinsically+Aggregation-prone,+and+Amyotrophic+Lateral+Sclerosis-linked+Mutations+Accelerate+Aggregation+and+Increase+Toxicity.">TDP-43 Is Intrinsically Aggregation-prone, and Amyotrophic Lateral Sclerosis-linked Mutations Accelerate Aggregation and Increase Toxicity.</a> Journal of Biological Chemistry. 284 (30), 20329 (2009).</li><li>Sun, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Determinants+and+Genetic+Modifiers+of+Aggregation+and+Toxicity+for+the+ALS+Disease+Protein+FUS/TLS.">Molecular Determinants and Genetic Modifiers of Aggregation and Toxicity for the ALS Disease Protein FUS/TLS.</a> PLOS Biology. 9 (4), e1000614 (2011).</li><li>Elden, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ataxin-2+intermediate-length+polyglutamine+expansions+are+associated+with+increased+risk+for+ALS.">Ataxin-2 intermediate-length polyglutamine expansions are associated with increased risk for ALS.</a> Nature. 466 (7310), 1069-1075 (2010).</li><li>Wijayanti, I., Watanabe, D., Oshiro, S., Takagi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+functional+analysis+of+yeast+ubiquitin+ligase+Rsp5+variants+that+alleviate+the+toxicity+of+human+&#945;-synuclein.">Isolation and functional analysis of yeast ubiquitin ligase Rsp5 variants that alleviate the toxicity of human &#945;-synuclein.</a> The Journal of Biochemistry. 157 (4), 251-260 (2015).</li><li>Tardiff, D. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yeast+Reveal+a+&#8220;Druggable&#8221;+Rsp5/Nedd4+Network+that+Ameliorates+&#945;-Synuclein+Toxicity+in+Neurons.">Yeast Reveal a &#8220;Druggable&#8221; Rsp5/Nedd4 Network that Ameliorates &#945;-Synuclein Toxicity in Neurons.</a> Science. 342 (6161), 979 (2013).</li><li>Chen, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neurodegenerative+Disease+Proteinopathies+Are+Connected+to+Distinct+Histone+Post-translational+Modification+Landscapes.">Neurodegenerative Disease Proteinopathies Are Connected to Distinct Histone Post-translational Modification Landscapes.</a> ACS Chemical Neuroscience. 9 (4), 838-848 (2018).</li><li>Flick, J. S., Johnston, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+systems+of+glucose+repression+of+the+GAL1+promoter+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Two systems of glucose repression of the GAL1 promoter in Saccharomyces cerevisiae.</a> Molecular and Cellular Biology. 10 (9), 4757 (1990).</li><li>Fernandez-Santiago, R., Ezquerra, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+Research+of+Neurodegenerative+Disorders+Using+Patient+iPSC-Based+Models.">Epigenetic Research of Neurodegenerative Disorders Using Patient iPSC-Based Models.</a> Stem Cells International. 2016, 9464591 (2016).</li><li>Armakola, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibition+of+RNA+lariat+debranching+enzyme+suppresses+TDP-43+toxicity+in+ALS+disease+models.">Inhibition of RNA lariat debranching enzyme suppresses TDP-43 toxicity in ALS disease models.</a> Nature Genetics. 44 (12), 1302-1309 (2012).</li><li>Tibshirani, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytoplasmic+sequestration+of+FUS/TLS+associated+with+ALS+alters+histone+marks+through+loss+of+nuclear+protein+arginine+methyltransferase+1.">Cytoplasmic sequestration of FUS/TLS associated with ALS alters histone marks through loss of nuclear protein arginine methyltransferase 1.</a> Human Molecular Genetics. 24 (3), 773-786 (2015).</li><li>Masala, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+Changes+Associated+with+the+Expression+of+Amyotrophic+Lateral+Sclerosis+(ALS)+Causing+Genes.">Epigenetic Changes Associated with the Expression of Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) Causing Genes.</a> Neuroscience. 390, 1-11 (2018).</li><li>Eryilmaz, I. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+approach+to+early-onset+Parkinson&#8217;s+disease:+low+methylation+status+of+SNCA+and+PARK2+promoter+regions.">Epigenetic approach to early-onset Parkinson&#8217;s disease: low methylation status of SNCA and PARK2 promoter regions.</a> Neurological Research. 39 (11), 965-972 (2017).</li><li>Daniele, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+Modifications+of+the+&#945;-Synuclein+Gene+and+Relative+Protein+Content+Are+Affected+by+Ageing+and+Physical+Exercise+in+Blood+from+Healthy+Subjects.">Epigenetic Modifications of the &#945;-Synuclein Gene and Relative Protein Content Are Affected by Ageing and Physical Exercise in Blood from Healthy Subjects.</a> Oxidative Medicine and Cellular Longevity. 2018, 3740345 (2018).</li></ol>

ينص البروتوكول على وصف هنا بطريقة مباشرة ومناسبة وفعالة من حيث التكلفة لتصنيف التغيرات PTM هيستون على نطاق الجينوم يرتبط مع بروتينوباثيس الأعصاب. بينما هناك نماذج أخرى من المرض، وشعبة المشتريات، مثل في المختبر خطوط الخلايا البشرية والفاري نماذج32, S. cerevisiae تظل جذابة ب...

أمراض الأعصاب أمراض مدمرة مع قليل من لا خيارات العلاج المتاحة. ومن بين هذه، التصلب العضلي الجانبي (المرض) ومرض باركنسون (PD) مروعة خاصة. وتعتبر حوالي 90% حالات المرض و PD المتفرقة، التي تحدث دون تاريخ عائلي للمرض، في حين أن الحالات المتبقية تشغيل في الأسر وترتبط عموما بتحور جينات محددة1،2. من المثير للاهتمام، كل هذه الأمراض المرتبطة بالبروتين ميسلوكاليزيشن وتجميع3،4،،من56. على سبيل المثال، تنصهر في ساركومه (فوس) و "القطران الحمض النووي" ملزم بروتين 43 (ماساتشوستس-43) هي بروتينات ملزمة الجيش الملكي النيبالي أن ميسلوكاليزي إلى السيتوبلازم وتجميعها في المرض7،،من89،10، 11،12، بينما α-سينوكلين هو المبدأ المكون من المجاميع البروتينية ووصف الهيئات ليوى في PD5،13،،من1415.
على الرغم من جهود مكثفة على نطاق الجينوم الرابطة في إعداد كبيرة من السكان المريض، تظل الغالبية العظمى من حالات المرض والمشتريات غير المبررة وراثيا. يمكن التخلق تلعب دوراً في أمراض الأعصاب؟ التخلق يشمل تغييرات في الجينات التي تحدث دون تغيير تسلسل الحمض النووي الأساسية16. إليه جينية رئيسية تنطوي على التعديلات متعدية وظيفة (بتمس) من البروتينات هستون16. في الخلايا حقيقية النواة، يتم تغليف المواد الجينية محكم في الكروماتين. وحدة قاعدة من الكروماتين نوكليوسومي، يتألف من 146 أزواج قاعدة الحمض النووي الملتفة حول أوكتامير هستون، يتألف من أربعة أزواج من histones (نسختين كل من histones H2A، H2B و H3 و H4)17. وقد كل هستون ذيل الطرفي ن أن يبرز من أصل نوكليوسومي ويمكن تعديله بإضافة مويتيس الكيميائية المختلفة، عادة على بقايا يسين وارجينين18. هذه بتمس بالدينامية، مما يعني أنها يمكن بسهولة إضافة وإزالة، وتشمل مجموعات مثل acetylation ومثلايشن الفسفرة. بتمس التحكم في إمكانية الحصول على الحمض النووي لآلية النسخي، ومن ثم تساعد مراقبة الجينات التعبير18. على سبيل المثال، acetylation هيستون يقلل من قوة التفاعل الكهربائي بين هيستون الأساسية عالية البروتين والحمض النووي مشحونة سلبا على العمود الفقري، السماح للجينات وجبات من هيستونيس أسيتيلاتيد لتكون في متناول أكثر وبالتالي درجة عالية وأعرب19. في الآونة الأخيرة، أدى خصوصية بيولوجية ملحوظة بتمس هيستون خاصة وتشكيلاتها إلى هستون رمز الفرضية20،21 في البروتينات التي أن كتابة ومسح وقراءة هيستون بتمس جميعا أن نعمل يدا واحدة تعدل التعبير الجيني.
الخميرة نموذج مفيد جداً لدراسة نيوروديجينيريشن. الأهم من ذلك، يتم المحافظة عليها العديد من مسارات الخلايا العصبية من الخميرة للبشر22،،من2324. تلخيص الخميرة تعمل سيتوتوكسيسيتي وتضمينات البروتين عند overexpression فوس، ماساتشوستس-43، أو α-سينوكلين22،،من2324،،من2526. وفي الواقع، قد استخدمت نماذج Saccharomyces cerevisiae المرض لتحديد عوامل الخطر الجينية في البشر27. وعلاوة على ذلك، الخميرة overexpressing البشري α-سينوكلين يسمح لتوصيف الشبكة Rsp5 كهدف دروجابل للتخفيف من سمية α-سينوكلين في الخلايا العصبية،من2829.
هنا، يمكننا وصف بروتوكول استغلال Saccharomyces cerevisiae للكشف عن التغييرات PTM هيستون الجينوم المنظومة المرتبطة بالاعصاب بروتينوباثيس (الشكل 1). استخدام S. cerevisiae جذابة للغاية بسبب سهولة الاستخدام، منخفضة التكلفة، والسرعة مقارنة بنماذج أخرى في المختبر والحيوان من نيوروديجينيريشن. تسخير سابقا وضع المرض و PD نماذج22،23،،من2526، وإننا قد overexpressed البشرية فوس، ماساتشوستس-43 و α-سينوكلين في الخميرة وكشفت هيستون متميزة PTM التغيرات التي تحدث في اتصال مع كل بروتينوباثي30. يمكن إكمال البروتوكول الذي يصف لنا هنا في أقل من أسبوعين من التحول إلى تحليل البيانات.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>-His DO Supplement</td>
			<td>Clontech</td>
			<td>630415</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10x Running Buffer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Mix: 141.65 g glycine (ThermoFisher BP381-1), 30.3 g Tizma base (Sigma-Aldrich T6066), 10 g sodium dodecyl sulfate (Sigma-Aldrich L3771), and 1 L deionized water, pH 8.8.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12% Polyacrylamide Gels</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>456-1041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mercaptoethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M3148</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-acetyl-Histone H3 (Lys14) Primary Antibody</td>
			<td>MilliporeSigma</td>
			<td>07-353 (Lot No. 2762291)</td>
			<td>Dilution: 1/1000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-acetyl-Histone H4 (Lys 16) Primary Antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab109463 (Lot No. GR187780)</td>
			<td>Dilution: 1/2000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-acetyl-Histone H4 (Lys12) Primary Antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab46983 (Lot No. GR71882)</td>
			<td>Dilution: 1/5000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-dimethyl-Histone H3 (Lys36) Primary Antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab9049 (Lot No. GR266894, GR3236147)</td>
			<td>Dilution: 1/1000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Histone H3 Primary Antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab24834 (Lot No. GR236539, GR174196, GR3194335)</td>
			<td>Nuclear Loading Control; Dilution: 1/2000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-phospho-Histone H2B (Thr129) Primary Antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab188292 (Lot No. GR211874)</td>
			<td>Dilution: 1/1000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-phospho-Histone H3 (Ser10) Primary Antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab5176 (Lot No. GR264582, GR192662, GR3217296)</td>
			<td>Dilution: 1/1000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioPhotometer D30</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>6133000010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell Culture Dish (100 x 20 mm)</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30702118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell Culture Plate, 96 well</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30730011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge 5804/5804 R/5810/5810 R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22625501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey Anti-Mouse IRDye 800 CW</td>
			<td>LI-COR</td>
			<td>926-32212 (Lot No. C60301-05, C61116-02, C80108-05)</td>
			<td>Dilution: 1/5000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey Anti-Rabbit IRDye 860 RD</td>
			<td>LI-COR</td>
			<td>926-68073 (Lot No. C60217-06, C70323-06, C70601-05, C80116-07)</td>
			<td>Dilution: 1/2500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Extra thick blot paper (filter paper)</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>1703968</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Galactose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G0750</td>
			<td>Prepare 20% w/v stock solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glucose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8270</td>
			<td>Prepare 20% w/v stock solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G5516</td>
			<td>Prepare 50 % w/v solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Immobilon-FL Transfer Membranes</td>
			<td>MilliporeSigma</td>
			<td>IPFL00010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lithium acetate dihydrate (LiAc)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>L4158</td>
			<td>Prepare a 1 M solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Loading Dye</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Mix: 1.2 g sodium dodecyl sulfate, 6 mg bromophenol blue (Sigma-Aldrich B8026), 4.7 mL glycerol, 1.2 mL 0.5M Trizma base pH 6.8, 0.93 g DL-Dithiothreitol (Sigma-Aldrich D0632), and 2.1 mL deionized water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A412-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Tetra Vertical Electrophoeresis Cell</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>1658004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multichannel pipet</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>2231300045</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEB Restriction Enzyme Buffer 2.1, 10x</td>
			<td>New England Bio Labs</td>
			<td>102855-152</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nhe I Restriction Enzyme</td>
			<td>New England Bio Labs</td>
			<td>101228-710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease Free Water</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>129114</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Odyssey Fc Imaging System</td>
			<td>LI-COR Biosciences</td>
			<td>2800-03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OmniTray Cell Culture Treated w/Lid Sterile, PS (86 x 128 mm)</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>165218</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pAG303GAL-a-synuclein-GFP</td>
			<td>Gift from A. Gitler</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pAG303GAL-ccdB</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>14133</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pAG303Gal-FUS</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>29614</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pAG303GAL-TDP-43</td>
			<td>Gift from A. Gitler</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Poly(ethylene glycol) (PEG)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P4338</td>
			<td>Prepare a 50% w/v solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ponceau S Stain</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P3504</td>
			<td>Mix: 0.5 g 0.1% w/w Ponceau S dye, 5 mL 1% v/v acetic acid (Sigma-Aldrich 320099), and 500 mL deionized water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PowerPac Basic Power Supply</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>164-5050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Raffinose pentahydrate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R7630</td>
			<td>Prepare 10% w/v stock solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmon Sperm DNA</td>
			<td>Agilent Tech</td>
			<td>201190</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SD-His plates</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Mix: 20 g Agar (Sigma-Aldrich A1296), 0.77 g -His DO supplement, 6.7 g yeast Nitrogen Base w/o amino acids (ThermoFisher 291920), and 900 mL deionized water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SGal-His plates</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Mix: 20 g Agar, 0.77 g -His DO supplement, 6.7 g yeast Nitrogen Base w/o amino acids, 100 mL galactose solution, and 900 mL deionized water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate Loading Buffer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Store at -20 oC. 6X, Mix: 1.2 g sodium dodecyl sulfate, 6 mg bromophenol blue, 0.93 g DL-Dithiothreitol, 2.1 mL deionized water, 4.7 mL glycerol, and 1.2 mL 0.5 M Trizma base, pH 6.8.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>221465</td>
			<td>Prepare 0.2 M solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>84097</td>
			<td>Prepare 20% w/v stock solution.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TBS + 0.1% Tween 20 (TBST)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Mix: 100 mL 10X TBS, 1 mL Tween 20 (Sigma-Aldrich P7949), and 900 mL deionized water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TBS Blocking Buffer</td>
			<td>LI-COR</td>
			<td>927-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trans-Blot SD Semi-Dry Electrophoretic Transfer Cell</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>170-3940</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Transfer Buffer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Mix: 22.5 g glycine, 4.84 g Tizma base, 400 mL methanol, 1 g sodium dodecyl sulfate, and 1.6 L deionized water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-Buffered Saline (TBS)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>10X, 7.6 pH, Solution: Mix 24 g Trizma base, and 88 g sodium chloride (Sigma-Aldrich S7653). Fill to 1 L with deionized water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>WT 303 S. cerevisiae yeast</td>
			<td>Gift from J. Shorter</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract Peptone Dextrose (YPD)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y1375</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

characterizing histone post-translational modification alterations in yeast neurodegenerative proteinopathy models

أمراض الأعصاب مثل التصلب العضلي الجانبي (المرض) ومرض باركنسون (PD)، يؤدي ذلك إلى فقدان مئات الآلاف من الأرواح كل عام. لا توجد خيارات العلاج فعالة قادرة على وقف تطور المرض. على الرغم من جهود تسلسل واسعة في إعداد كبيرة من السكان المريض، تظل معظم حالات المرض والمشتريات غير المبررة بالطفرات الوراثية وحدها. قد تكون ضالعة في مسببات أمراض الأعصاب وتطور آليات التخلق، مثل تعديل بوستترانسلاشونال من البروتينات هستون، وتؤدي إلى أهدافا جديدة للتدخل الصيدلانية. نماذج في المختبر والمجراه في الثدييات من المرض و PD مكلفة وغالباً ما تتطلب البروتوكولات التجريبية طويلة وشاقة. هنا، فإننا مخطط اتباع نهج عملي وسريع وفعال من حيث التكلفة لتحديد التعديلات على نطاق الجينوم هستون تعديل مستويات استخدام Saccharomyces cerevisiae كنظام نموذجي. يسمح هذا البروتوكول لإجراء تحقيقات شاملة في تغييرات جينية متصلاً بروتينوباثيس الأعصاب التي تؤكد النتائج السابقة في نظم نموذجية مختلفة أثناء توسيع معرفتنا بدرجة كبيرة ابيجينومي أمراض الأعصاب.

لتوضيح هذا الأسلوب، سوف نستفيد من النتائج المنشورة مؤخرا30. كانت overexpressed WT البشرية فوس و، ماساتشوستس-43 ح 5، بينما كان overexpressed WT α-سينوكلين ح 8. بنية ككدب كعنصر تحكم ناقل سلبية. ويبين الشكل 2 قمع النمو في الثقافات الصلبة والسائلة. وكان حصاد الخميرة...

Watch this Scientific Journal Video about Characterizing Histone Post-translational Modification Alterations in Yeast Neurodegenerative Proteinopathy Models at JoVE.com

Characterizing Histone Post-translational Modification Alterations in Yeast Neurodegenerative Proteinopathy Models

هذا البروتوكول يحدد الإجراءات التجريبية لوصف التغييرات على نطاق الجينوم في مستويات هيستون تعديلات بوستترانسلاشونال (PTM) التي تحدث بصدد overexpression البروتينات المرتبطة بالمرض ومرض باركنسون في نماذج saccharomyces cerevisiae . بعد الانفصال الحزب الديمقراطي الصربي صفحة، وقد تم اكتشاف مستويات PTM هيستون الفردية مع الأجسام المضادة الخاصة بالتعديل عن طريق النشاف الغربية.

يصف هستون تعديل بوستترانسلاشونال التعديلات في نماذج بروتينوباثي الأعصاب الخميرة

Neurodegenerative diseases, such as amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and Parkinson&#39;s disease (PD), cause the loss of hundreds of thousands of lives ...

هذا البروتوكول يسمح لنا لاستكشاف بسهولة السمات اللاجينية للمرض العصبي. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هو أنه يستغل الخميرة كنظام نموذجي، بالمقارنة مع النماذج الخلوية والحيوانية الأخرى من الأمراض العصبية، الخميرة هو مناسب وفعالة من حيث التكلفة. هذه التقنية تسمح لنا لرسم خريطة للتغيرات اللاجينية التي تنشأ في الأمراض العصبية، والتي قد تؤدي إلى علامات جديدة للتشخيص، فضلا عن أهداف جديدة للعلاج.تسمح هذه الطريقة بمزيد من البحث في دور العلامات اللاجينية في الأمراض العصبية التنكسية ويمكن تعديلها لتقييم الخلايا الليفية البشرية والخلايا الجذعية المستحثة متعددة القدرات. هذه الطريقة بالذات تحتوي على عدد من التفاصيل التي تحتاج إلى أن تكون مرئية، مثل التحميل السليم من جهاز لطخة الغربية. سيكون من بين الفحوصات إجراء هذا الإجراء ميشيل فاله ونافران رنا، وكلاهما باحثان في مختبر تورنت.تبدأ من خميرة restreaking من الأسهم الجلسرين المجمدة على الهستيدين 2٪ الجلوكوز agar لوحات متوسطة انتقائية, لحضانة يومين إلى ثلاثة أيام في 30 درجة مئوية. في نهاية الحضانة، تلقيح خميرة ريستيد لكل أكثر من نموذج التعبير والسيطرة في خمسة ملليلترات من الهستيدين الوسيط السائل انتقائية. تكمل مع 2٪ رافينوز في 30 درجة مئوية و 200 التناوب في الدقيقة الواحدة، بين عشية وضحاها.في صباح اليوم التالي، تنمو 100 ملليلتر من الثقافة السائلة لكل من نماذج فرط التعبير والضوابط في وسائل انتقائية تكمل مع 2٪ galactose بين عشية وضحاها. وقياس الكثافة البصرية في 600 نانومتر أو OD600 لتحديد حجم ثقافة بين عشية وضحاها اللازمة لتقديم أكثر من ثقافات التعبير في بدء OD600 من 0.3. للحث على فرط التعبير عن البروتين ، تنمو الخميرة على وسط galactose مع اهتزاز في 30 درجة مئوية لفترة زمنية تجريبية مناسبة.ثم قياس OD600 من كل ثقافة في نهاية فترة التعريفي. وتوحيد جميع من التهم الخلية إلى أدنى قيمة OD600. حصاد الثقافات في أنابيب أجهزة الطرد المركزي 50 ملليلتر عن طريق الطرد المركزي وإعادة تعليق الكريات في ملليلتر واحد من المياه المعقمة لا تزال ثابتة لكل 10 ملليلتر من الثقافة نمت.Aliquot ملليلتر واحد من إعادة دمج الخلية في أنابيب الطرد الدقيق الفردية للطرد المركزي الإضافي والتعرق للماكرين. ثم المفاجئة تجميد الكريات الخلية في النيتروجين السائل لتخزين في ناقص 80 درجة مئوية. لتحلل الخلايا لتحليل البقعة الغربية ، ذوبان كريات خلايا الخميرة على الجليد قبل إعادة النيادس في 100 ميكرولترات من الماء المقطر.إضافة 300 ميكرولترات من هيدروكسيد الصوديوم 0.2-المولار و 20 ميكرولترات من 2-Mercaptoethanol لكل عينة الخلية. وإعادة تعليق الكريات عن طريق الأنابيب. بعد 10 دقيقة حضانة على الجليد، بيليه الخلايا عن طريق الطرد المركزي وإعادة تعليق العينات في 100 ميكرولترات من صبغة التحميل.ثم تغلي العينات لمدة 10 دقائق على كتلة التدفئة. في حين يجري عينات lysed، وضع اثنين من المواد الهلامية في حامل هلام وملء الغرفة الداخلية إلى الأعلى مع تشغيل العازلة وغرفة خارج لعلامة خط هلام اثنين. عندما عينات جاهزة، تحميل 15 ميكرولترات لكل من، حل تحلل الخلية، في كل بئر من 10 جيدا، 12٪ هلام بولياكريلاميد وإضافة خمسة ميكرولترات من سلم البروتين إلى مسار سلم البروتين جيدا.تشغيل هلام لمدة 45 دقيقة تقريبا في 150 فولت أو حتى تحميل صبغة الجبهة تصل إلى الجزء السفلي من هلام. في حين أن هلام هو تشغيل، نقع اثنين من منصات الألياف لكل هلام في نقل العازلة وفلوريد واحد بوليفينيدين، أو PVDF، غشاء لكل هلام في الميثانول. عندما يكون الجل جاهزًا ، شطف الغشاء في مخزن النقل المؤقت ووضع وسادة ألياف واحدة مسبقة على الجزء السفلي من خلية جهاز نقل شبه جافة.تليها غشاء PVDF، والهلام وسادة الألياف المُسبقة الثانية. ثم تعيين السلطة إلى 150 مللي امبير لمدة ساعة واحدة. في نهاية نقل البروتين، وإزالة الغشاء من جهاز نقل لشطف قصيرة مع الماء المقطر.وضع الغشاء المشطف، الجانب البروتين حتى في مربع تلطيخ صغيرة وتغطية الغشاء مع المالحة تريس المخزنة أو TBS، ومنع العازلة لمدة ساعة واحدة حضانة في درجة حرارة الغرفة مع هزاز لطيف. في نهاية الحضانة منع، احتضان الغشاء بين عشية وضحاها مع هيستون مضاد للخميرة ومضادة للتعديل محددة في TBS في أربع درجات مئوية. و جسم مضاد مناسب للتحكم في التحميل النوويفي صباح اليوم التالي، وغسل الغشاء أربع مرات في TBS، تستكمل مع 0.1٪ بوليسوربات 20 لمدة خمس دقائق مع هزاز في درجة حرارة الغرفة في غسل. بعد الغسيل الأخير ، احتضان البقعة مع الأجسام المضادة الثانوية المناسبة لمدة ساعة واحدة في درجة حرارة الغرفة. تليها أربعة، خمس دقائق يغسل في TBST وواحد خمس دقائق غسل في TBS وحدها مع هزاز.ثم صورة وصمة عار على نظام التخيل لطخة الغربية الفلورسنت لمدة دقيقتين. هنا، يظهر قمع النمو في الثقافات الصلبة والسائلة مع آثار كبيرة على نمو الخميرة لوحظ في وجود galactose غرست في نماذج الساركوما فرط التعبير. انخفاض كبير في مستويات هيستون واضحة في تنصهر في نموذج فرط التعبير الساركوما والزيادات الكبيرة في مستويات الأسيتيل histone في بروتين TAR ملزمة 43 نموذج overexpression, ويلاحظ أن لا ينظر في أي من تنصهر في ساركوما أو ألفا synuclein نموذج فرط التعبير.وهناك أيضا انخفاض كبير في مستويات هيستون في نموذج overexpression سينوكلين ألفا. في هذه التجربة sucrose ضبط، وانخفاض كمية من galactose المستخدمة للحث على تنصهر في السركوما overexpression، سمية أقل التي لوحظت في كل من الثقافة الصلبة والسائلة. الأهم من ذلك، وانخفاض مستوى تنصهر في السركوما overexpression، أصغر حجم الانخفاض في مستويات هيستون.أثناء تنفيذ هذا البروتوكول ، لا بد من توحيد كمية الخميرة في كل عينة لتمكين المقارنة السليمة في مستويات التعديل اللاحقة للحجر. 2-يجب استخدام ميركابتوتاينول تحت غطاء محرك السيارة لتجنب الاستنشاق. إذا تم استخدام وصمة بونساو، يجب التخلص منها بشكل صحيح.

Research

JoVE Journal

Genetics

Optogenetic Random Mutagenesis Using Histone-miniSOG in C. elegans

Optogenetic Random Mutagenesis Using Histone-miniSOG in C. elegans

علم البصريات الوراثي الطفرات عشوائية عن طريق هيستون-miniSOG في<em&gt; C. ايليجانس</em

Forward genetic screening in model organisms is the workhorse to discover functionally important genes and pathways in many biological processes. In most ...

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

الكشف عن نسخة عدد التعديلات عن طريق التسلسل خلية واحدة

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Targeted in Situ Mutagenesis of Histone Genes in Budding Yeast

Targeted in Situ Mutagenesis of Histone Genes in Budding Yeast

المستهدفة<em&gt; في الموقع</em&gt; الطفرات من هيستون الجينات في مهدها الخميرة

We describe a PCR- and homologous recombination-based system for generating targeted mutations in histone genes in budding yeast cells. The resulting ...

Constitutive and Inducible Systems for Genetic In Vivo Modification of Mouse Hepatocytes Using Hydrodynamic Tail Vein Injection

Constitutive and Inducible Systems for Genetic In Vivo Modification of Mouse Hepatocytes Using Hydrodynamic Tail Vein Injection

نظم التأسيسي وإيندوسيبلي للتعديل الوراثي في فيفو من خلايا الكبد الماوس باستخدام حقن الوريد ذيل هيدرودينامية

In research models of liver cancer, regeneration, inflammation, and fibrosis, flexible systems for in vivo gene expression and silencing are highly ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

إيمونوبريسيبيتيشن الكروماتين (رقاقة) من "التعديلات هستون" من Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Gene-targeted Random Mutagenesis to Select Heterochromatin-destabilizing Proteasome Mutants in Fission Yeast

استهداف الجين الطفرات العشوائية لتحديد طفرات بروتوزوم هيتيروتشروماتين-زعزعة الاستقرار في انشطار الخميرة

Random mutagenesis of a target gene is commonly used to identify mutations that yield the desired phenotype. Of the methods that may be used to achieve ...

A Fast and Quantitative Method for Post-translational Modification and Variant Enabled Mapping of Peptides to Genomes

طريقة سريعة والكمية لتعديل بوستترانسلاشونال والخيار تمكين تعيين الببتيدات للجينوم

Cross-talk between genes, transcripts, and proteins is the key to cellular responses; hence, analysis of molecular levels as distinct entities is slowly ...

Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization (smFISH) Analysis in Budding Yeast Vegetative Growth and Meiosis

Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization smFISH Analysis in Budding Yeast Vegetative Growth and Meiosis

التهجين في الموقع Fluorescence جزيء واحد (سمفيش) التحليل في مهدها الخميرة النمو الخضري والانقسام الاختزالي

Single molecule fluorescence in situ hybridization (smFISH) is a powerful technique to study gene expression in single cells due to its ability to detect ...

Mating-based Overexpression Library Screening in Yeast

فحص مكتبة Overexpression المستندة إلى التزاوج في الخميرة

Budding yeast has been widely used as a model in studying proteins associated with human diseases. Genome-wide genetic screening is a powerful tool ...

Preparation and Gene Modification of Nonhuman Primate Hematopoietic Stem and Progenitor Cells

إعداد وتعديل الجينات الرئيسيات نونومان الجذعية المكونة للدم والخلايا السلف

Hematopoietic stem and progenitor cell (HSPC) transplantation has been a cornerstone therapy for leukemia and other cancers for nearly half a century, ...