Name: high-throughput siderophore screening from environmental samples: plant tissues, bulk soils, and rhizosphere soils
Uploaded: 2019-02-09T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils at JoVE.com

लेखकों को प्रयोगशाला प्रक्रियाओं में सहायता के लिए कल्याणी Muhunthan, गेहूं जीनोटाइप संचयन के लिए ली Opdahl, वाशिंगटन राज्य Concord अंगूर अनुसंधान परिषद, और कृषि को बनाए रखने के लिए वाशिंगटन राज्य विश्वविद्यालय केंद्र का शुक्रिया अदा करना चाहते हैं और एक BIOAg अनुदान के लिए प्राकृतिक संसाधनों के लिए इस काम का समर्थन । अतिरिक्त धन USDA द्वारा प्रदान की गई थी/

नोट: फ़ील्ड साइट का स्थान: वाशिंगटन राज्य विश्वविद्यालय, संयंत्र पैथोलॉजी फार्म (46 ° 46 ' 38.0 "N 117 ° 04 ' 57.4" W). बीज 19 अक्टूबर, २०१७ पर एक यांत्रिक बागान का उपयोग कर बोया गया था । प्रत्येक गेहूं जीनोटाइप headrows में लगाया ग...

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	<li>Butaite, E., Baumgartner, M., Wyder, S., Kummerli, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Siderophore+cheating+and+cheating+resistance+shape+competition+for+iron+in+soil+and+freshwater+Pseudomonas+communities.">Siderophore cheating and cheating resistance shape competition for iron in soil and freshwater Pseudomonas communities.</a> Nature Communications. 8, (2017).</li><li>Ghirardi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+Traits+Shared+by+Rhizosphere-Competent+Strains+of+Fluorescent+Pseudomonads.">Identification of Traits Shared by Rhizosphere-Competent Strains of Fluorescent Pseudomonads.</a> Microbial Ecology. 64 (3), 725-737 (2012).</li><li>Hider, R. C., Kong, X. 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K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+growth-promoting+rhizobacteria+(PGPR):+emergence+in+agriculture.">Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR): emergence in agriculture.</a> World Journal of Microbiology, Biotechnology. 28 (4), 1327-1350 (2012).</li><li>Lewis, R. W., Islam, A., Opdahl, L., Davenport, J. R., Sullivan, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetics,+Siderophore+Production,+and+Iron+Scavenging+Potential+of+Root+Zone+Soil+Bacteria+Isolated+from+&#39;Concord&#39;+Grape+Vineyards.">Phylogenetics, Siderophore Production, and Iron Scavenging Potential of Root Zone Soil Bacteria Isolated from &#39;Concord&#39; Grape Vineyards.</a> Microbial Ecology. , (2018).</li><li>Li, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+opportunistic+human+fungal+pathogen+Candida+albicans+promotes+the+growth+and+proliferation+of+commensal+Escherichia+coli+through+an+iron-responsive+pathway.">The opportunistic human fungal pathogen Candida albicans promotes the growth and proliferation of commensal Escherichia coli through an iron-responsive pathway.</a> Microbiological Research. 207, 232-239 (2018).</li><li>Lorenz, N., Shin, J. Y., Jung, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activity,+Abundance,+and+Localization+of+Quorum+Sensing+Receptors+in+Vibrio+harveyi.">Activity, Abundance, and Localization of Quorum Sensing Receptors in Vibrio harveyi.</a> Frontiers in Microbiology. 8, (2017).</li><li>O'Brien, S., Fothergill, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+multispecies+social+interactions+in+shaping+Pseudomonas+aeruginosa+pathogenicity+in+the+cystic+fibrosis+lung.">The role of multispecies social interactions in shaping Pseudomonas aeruginosa pathogenicity in the cystic fibrosis lung.</a> Fems Microbiology Letters. 364 (15), (2017).</li><li>Ozkaya, O., Balbontin, R., Gordo, I., Xavier, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cheating+on+Cheaters+Stabilizes+Cooperation+in+Pseudomonas+aeruginosa.">Cheating on Cheaters Stabilizes Cooperation in Pseudomonas aeruginosa.</a> Current Biology. 28 (13), (2018).</li><li>Popat, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+modification+via+a+quorum+sensing+molecule+influences+the+social+landscape+of+siderophore+production.">Environmental modification via a quorum sensing molecule influences the social landscape of siderophore production.</a> Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences. 284 (1852), (2017).</li><li>Schwyn, B., Neilands, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+chemical+assay+for+the+detection+and+determination+of+siderophores.">Universal chemical assay for the detection and determination of siderophores.</a> Analytical Biochemistry. 160 (1), 47-56 (1987).</li><li>Sullivan, T. S., Ramkissoon, S., Garrison, V. H., Ramsubhag, A., Thies, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Siderophore+production+of+African+dust+microorganisms+over+Trinidad+and+Tobago.">Siderophore production of African dust microorganisms over Trinidad and Tobago.</a> Aerobiologia. 28 (3), 391-401 (2012).</li><li>Buyer, J. S., DeLorenzo, V., Neilands, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Production+of+the+siderophore+aerobactin+by+a+halophilic+Pseudomonad.">Production of the siderophore aerobactin by a halophilic Pseudomonad.</a> Applied and Environmental Microbiology. 57 (8), 2246-2250 (1991).</li><li>Perez-Miranda, S., Cabirol, N., George-Tellez, R., Zamudio-Rivera, L., Fernandez, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=O-CAS,+a+fast+and+universal+method+for+siderophore+detection.">O-CAS, a fast and universal method for siderophore detection.</a> Journal of Microbiological Methods. 70 (1), 127-131 (2007).</li><li>Nakouti, I., Hobbs, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+approach+to+studying+ion+uptake+by+actinomycetes.">A new approach to studying ion uptake by actinomycetes.</a> Journal of Basic Microbiology. 53 (11), 913-916 (2013).</li><li>Wang, L. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diisonitrile+Natural+Product+SF2768+Functions+As+a+Chalkophore+That+Mediates+Copper+Acquisition+in+Streptomyces+thioluteus.">Diisonitrile Natural Product SF2768 Functions As a Chalkophore That Mediates Copper Acquisition in Streptomyces thioluteus.</a> Acs Chemical Biology. 12 (12), 3067-3075 (2017).</li><li>Retamal-Morales, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+arsenic-binding+siderophores+in+arsenic-tolerating+Actinobacteria+by+a+modified+CAS+assay.">Detection of arsenic-binding siderophores in arsenic-tolerating Actinobacteria by a modified CAS assay.</a> Ecotoxicology and Environmental Safety. 157, 176-181 (2018).</li><li>Desai, A., Archana, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Role of Siderophores in Crop Improvement. , (2011).</li><li>Dertz, E. 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K., Varma, A., Tuteja, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emergence+of+plant+and+rhizospheric+microbiota+as+stable+interactomes.">Emergence of plant and rhizospheric microbiota as stable interactomes.</a> Protoplasma. 254 (2), 617-626 (2017).</li><li>Lakshmanan, V., Castaneda, R., Rudrappa, T., Bais, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+transcriptome+analysis+of+Arabidopsis+thaliana+exposed+to+beneficial+Bacillus+subtilis+FB17+rhizobacteria+revealed+genes+for+bacterial+recruitment+and+plant+defense+independent+of+malate+efflux.">Root transcriptome analysis of Arabidopsis thaliana exposed to beneficial Bacillus subtilis FB17 rhizobacteria revealed genes for bacterial recruitment and plant defense independent of malate efflux.</a> Planta. 238 (4), 657-668 (2013).</li><li>Sasaki, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+wheat+gene+encoding+an+aluminum-activated+malate+transporter.">A wheat gene encoding an aluminum-activated malate transporter.</a> The Plant Journal. 37 (5), 645-653 (2004).</li><li>Mahoney, A. K., Yin, C., Hulbert, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Community+Structure,+Species+Variation,+and+Potential+Functions+of+Rhizosphere-Associated+Bacteria+of+Different+Winter+Wheat+(Triticum+aestivum)+Cultivars.">Community Structure, Species Variation, and Potential Functions of Rhizosphere-Associated Bacteria of Different Winter Wheat (Triticum aestivum) Cultivars.</a> Frontiers in Plant Science. 8 (132), (2017).</li><li>Rayburn, A. L., Wetzel, J., Baligar, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitotic+analysis+of+sticky+chromosomes+in+aluminum+tolerant+and+susceptible+wheat+lines+grown+in+soils+of+differing+aluminum+saturation.">Mitotic analysis of sticky chromosomes in aluminum tolerant and susceptible wheat lines grown in soils of differing aluminum saturation.</a> Euphytica. 127 (2), 193-199 (2002).</li><li>McPherson, M. R., Wang, P., Marsh, E. L., Mitchell, R. B., Schachtman, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+Analysis+of+Microbial+Communities+in+Soil,+Rhizosphere,+and+Roots+in+Perennial+Grass+Experiments.">Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments.</a> Journal of Visualized Experiments. (137), 57932 (2018).</li><li>Mirleau, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fitness+in+soil+and+rhizosphere+of+Pseudomonas+fluorescens+C7R12+compared+with+a+C7R12+mutant+affected+in+pyoverdine+synthesis+and+uptake.">Fitness in soil and rhizosphere of Pseudomonas fluorescens C7R12 compared with a C7R12 mutant affected in pyoverdine synthesis and uptake.</a> FEMS Microbiology Ecology. 34 (1), 35-44 (2000).</li><li>Visca, P., Imperi, F., Lamont, I. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyoverdine+siderophores:+from+biogenesis+to+biosignificance.">Pyoverdine siderophores: from biogenesis to biosignificance.</a> Trends in Microbiology. 15 (1), 22-30 (2007).</li><li>Louden, B. C., Haarmann, D., Lynne, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+Blue+Agar+CAS+Assay+for+Siderophore+Detection.">Use of Blue Agar CAS Assay for Siderophore Detection.</a> Journal of Microbiology, Biology Education. 12 (1), 51-53 (2011).</li></ol>

इस काम का प्राथमिक परिणाम एक नई पद्धति है कि तेजी से siderophore के लिए समृद्ध इस्तेमाल किया जा सकता है रोगाणुओं का उत्पादन करते हुए मात्रात्मक siderophore उत्पादन को मापने और पर्यावरण नमूने में गतिविधि है । कार्यप्?...

Siderophores जैव उपलब्धता के लिए मुख्य रूप से लौह-केलेशनथेरेपी में शामिल हैं, लेकिन अतिरिक्त प्रयोजनों की एक विस्तृत सरणी के साथ एक माइक्रोबियल कोरम संवेदन से लेकर स्थलीय और जलीय पारिस्थितिकी प्रणालियों, माइक्रोबियल संयंत्र-मेजबानों को संकेत, संयंत्र विकास संवर्धन, सहयोग और जटिल माइक्रोबियल समुदायों के भीतर प्रतियोगिता1,2। Siderophores मोटे तौर पर अपने सक्रिय साइटों और संरचनात्मक सुविधाओं के अनुसार वर्गीकृत किया जा सकता है, चार बुनियादी प्रकार बनाने: carboxylate, hydroxamate, catecholate, और मिश्रित प्रकार3,4। कई सूक्ष्मजीवों siderophore5 और जटिल समुदायों में से एक से अधिक प्रकार के उत्सर्जन, झिल्ली रिसेप्टर्स के एक विशाल बहुमत siderophores1की एक भी व्यापक विविधता के ऊपर उठाने की अनुमति देने के लिए सक्षम हैं, 6. हाल के काम इंगित करता है कि siderophores समुदाय के स्तर पर विशेष रूप से महत्वपूर्ण हैं, और यहां तक कि अंतर किंगडम संचार और biogeochemical स्थानांतरण में7,8,9,10 ,11.
क्रोम azurol sulphonate (कैस) के लिए एक chelating एजेंट के रूप में 30 से अधिक वर्षों के लिए इस्तेमाल किया गया है लोहे (fe) इस तरह से बांध के रूप में है कि लाइगैंडों के अलावा (यानी, siderophores) कैस-Fe परिसर के पृथक्करण में परिणाम कर सकते हैं, एक आसानी से पहचाने बनाने के माध्यम में रंग परिवर्तन 12. जब कैस fe के साथ ही बंधे है, डाई एक शाही नीले रंग के रूप में प्रकट होता है, और कैस-fe जटिल dissociates के रूप में, मध्यम परिवर्तन ligand के प्रकार के अनुसार रंग fe13सफ़ाई के लिए इस्तेमाल किया । प्रारंभिक, तरल आधारित १९८७ में Schwyn और Neilands द्वारा स्थापित माध्यम, कई मायनों में संशोधित किया गया है बदलने के लिए माइक्रोबियल14लक्ष्यों को समायोजित, विकास वाला और सीमाएं15, साथ ही साथ Fe के अलावा धातुओं की एक किस्म, सहित एल्यूमिनियम, मैंगनीज, कोबाल्ट, कैडमियम निकेल, लिथियम, जिंक16, कॉपर17, और यहां तक कि आर्सेनिक18।
कई मानव रोगजनकों, साथ ही संयंत्र विकास को बढ़ावा देने के सूक्ष्मजीवों (PGPM) siderophore उत्पादक जीवों के रूप में पहचान की गई है3,19,20, और महत्वपूर्ण rhizosphere और endophytic PGPM अक्सर परीक्षण siderophore-उत्पादन के लिए सकारात्मक4. पारंपरिक Fe आधारित तरल विधि siderophore उत्पादन21के लिए खेती में अलग के microtiter परीक्षण के लिए अनुकूलित किया गया है । हालांकि, इन तकनीकों को एक पूरे के रूप में माइक्रोबियल समुदाय के महत्व को पहचानने में विफल (microbiome), सहयोग और मिट्टी और संयंत्र22प्रणालियों में siderophore उत्पादन के संभावित विनियमन में । कि कारण के लिए, हम एक उच्च प्रवाह siderophore उत्पादन के समुदाय स्तर का आकलन एक दिया पर्यावरण से विकसित किया है, पारंपरिक कैस परख पर आधारित है, लेकिन प्रतिकृति के साथ, माप की आसानी, विश्वसनीयता, और एक microplate में दोहराव परख.
इस अध्ययन में, एक लागत प्रभावी, उच्च प्रवाह siderophore उत्पादन का पता लगाने के लिए कैस-Fe परख के लिए जटिल नमूनों से siderophore उत्पादन के संवर्धन का आकलन प्रस्तुत किया है (यानी, मिट्टी और संयंत्र ऊतक homogenates) । थोक, लचर बंधे, और कसकर बंधे rhizosphere मिट्टी (कैसे मिट्टी जड़ से बंधे थे के संदर्भ में) अनाज, गोली मार, और चार अलग गेहूं (Triticum aestivum एल) पादी: Lewjain, Madsen, PI561725, और जड़ से ऊतकों के साथ प्राप्त किया गया PI561727 । यह परिकल्पना की गई थी कि गेहूं पादी में बुनियादी मतभेदों की भर्ती में मतभेद और siderophore उत्पादन समुदायों के चयन में परिणाम सकता है । विशेष रूप से ब्याज की PI561725 isogenic लाइन है, जो एल्यूमीनियम सहिष्णु है क्योंकि यह ALMT1 (एल्यूमीनियम सक्रिय Malate ट्रांसपोर्टर 1), एल्यूमीनियम के साथ तुलना के साथ जुड़े माइक्रोबियल समुदायों के बीच अंतर है संवेदनशील PI561727 isogenic लाइन, जो जीन, almt123,24,25,26के एक गैर एल्यूमीनियम उत्तरदायी रूप के पास । अध्ययन के मुख्य उद्देश्य के लिए एक सरल, मात्रात्मक जटिल नमूना प्रकार के siderophore संवर्धन संस्कृतियों में siderophore उत्पादन का आकलन करते हुए भविष्य के काम के लिए संस्कृतियों के संरक्षण के एक सीधी, तेजी से विधि का विकास किया गया ।

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agarose</td>
			<td>Apex</td>
			<td>LF451320014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aluminum Baking Pan</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aluminum Foil</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium chloride, granular</td>
			<td>Fiesher Scientific</td>
			<td>152315A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclave and Sterilizer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride dihydrate</td>
			<td>Fiesher Scientific</td>
			<td>171428</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CAS (Chrome Azurol S)</td>
			<td>Chem-Impex Int&#39;l Inc)</td>
			<td>000331-27168</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dextrose Monohydrate (glucose), crystalline powder</td>
			<td>Fiesher Scientific</td>
			<td>1521754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA, disodium salt, dihydrate, Crystal</td>
			<td>J.T.Baker</td>
			<td>JI2476</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol, Anhydrous</td>
			<td>Baker Analyzed</td>
			<td>C22634</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HDTMA (Cetyltrimethylammomonium Bromide</td>
			<td>Reagent World</td>
			<td>FZ0941</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloride acid</td>
			<td>ACROS Organic</td>
			<td>B0756767</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Infinite M200 PRO plate reader</td>
			<td>TECAN</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iron (III) chloride hexahydrate, 99%</td>
			<td>ACROS Organic</td>
			<td>A0342179</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Laboratory Fume Hood</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Laboratory Incubator</td>
			<td>VWR Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Sulfate</td>
			<td>Fiesher Scientific</td>
			<td>27855</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Niric Acid, (69-70)%</td>
			<td>J.T.Baker</td>
			<td>72287</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PIPES buffer, 98.5%</td>
			<td>ACROS Organic</td>
			<td>A0338723</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate, dibaisc,powder</td>
			<td>J.T.Baker</td>
			<td>J48594</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyoverdine</td>
			<td>SIGMA-ALDRICH</td>
			<td>078M4094V</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sand</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SI-600R Shaker</td>
			<td>Lab Companion</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride, granular</td>
			<td>Fiesher Scientific</td>
			<td>136539</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide, pellets</td>
			<td>J.T.Baker</td>
			<td>G48K53</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphate, dibasic heptahydrate, 99%</td>
			<td>ACROS Organic</td>
			<td>A0371705</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput siderophore screening from environmental samples: plant tissues, bulk soils, and rhizosphere soils

Siderophores (कम आणविक वजन धातु chelating यौगिकों) लोहे से लेकर विभिंन पारिस्थितिक घटना में महत्वपूर्ण है (Fe) मिट्टी में biogeochemical सायक्लिंग, रोगज़नक़ प्रतियोगिता, संयंत्र विकास संवर्धन, और पार राज्य संकेतन । इसके अलावा, siderophores भी कर रहे है वाणिज्यिक ब्याज में और अधिक के साथ-साथ और अधिक धातु-असर खनिज और अयस्कों का अपक्षय । एक तेजी से, लागत प्रभावी, और मात्रात्मक जटिल नमूनों में siderophore उत्पादन का आकलन के मजबूत साधन siderophore गतिविधि के पारिस्थितिक असर, सहित, उपंयास siderophore उत्पादन रोगाणुओं के महत्वपूर्ण पहलुओं की पहचान करने के लिए महत्वपूर्ण है । यहां प्रस्तुत विधि में चालबाज microbiome समुदायों की siderophore गतिविधि का आकलन करने के लिए विकसित किया गया था, पर्यावरणीय नमूनों में, जैसे मिट्टी या पौधों के ऊतकों । नमूनों homogenized थे और एक संशोधित M9 मध्यम (Fe के बिना) में पतला, और संवर्धन संस्कृतियों 3 दिनों के लिए मशीन थे । Siderophore उत्पादन में नमूनों में मूल्यांकन किया गया था 24, ४८, और ७२ घंटे (एच) एक उपंयास का उपयोग ९६-अच्छी तरह से microplate कैस (क्रोम azurol sulphonate)-Fe आगर परख, पारंपरिक थकाऊ और समय लेने वाली वर्णमिति विधि के एक अनुकूलन का आकलन Siderophore गतिविधि, व्यक्तिगत खेती माइक्रोबियल अलग पर प्रदर्शन किया । हम गेहूं की 4 अलग पादी/लाइनों (Triticum aestivum एल), Lewjain, Madsen, और PI561725 सहित के लिए हमारे विधि लागू है, और आमतौर पर अंतर्देशीय प्रशांत नॉर्थवेस्ट में हो PI561727 । Siderophore उत्पादन गेहूं की जीनोटाइप द्वारा स्पष्ट रूप से प्रभावित किया गया था, और संयंत्र के ऊतकों के विशिष्ट प्रकार में मनाया । हम सफलतापूर्वक siderophore उत्पादन, स्थलीय और जलीय पारिस्थितिकी प्रणालियों में एक महत्वपूर्ण समारोह पर संयंत्र जीनोटाइप के प्रभाव के लिए तेजी से स्क्रीन करने के लिए हमारे विधि का इस्तेमाल किया । हम कई तकनीकी दोहराने का उत्पादन किया, बहुत विश्वसनीय मिट्टी में सांख्यिकीय अंतर उपज और संयंत्र के ऊतकों के भीतर । महत्वपूर्ण बात, परिणाम दिखाने के प्रस्तावित विधि तेजी से विश्वसनीयता के एक उच्च स्तर के साथ जटिल नमूनों में siderophore उत्पादन की जांच करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, एक तरह से है कि समुदायों को बाद में काम के लिए संरक्षित करने के लिए taxa और कार्यात्मक जीन की पहचान की अनुमति देता है ।

एक pyoverdine मिश्रण Pseudomonas fluorescens द्वारा संश्लेषित एक मानक के रूप में व्याख्या करने के लिए इस्तेमाल किया गया था और अवशोषण (४२० एनएम पर) नमूनों के रूप में pyoverdine समकक्ष के संदर्भ में µ मी. चित्र?...

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High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils

हम siderophore संभावित सूक्ष्मपोषक जैव उपलब्धता और स्थलीय प्रणालियों में कारोबार के लिए योगदान के लिए पर्यावरणीय नमूनों की तेजी से जांच के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं ।

पर्यावरण के नमूनों से उच्च प्रवाह Siderophore स्क्रीनिंग: संयंत्र के ऊतकों, थोक मिट्टी, और Rhizosphere मिट्टी

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling ...

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

उच्च Throughput Microplate assays का उपयोग जल, मिट्टी, और तलछट में माइक्रोबियल कोशिकी एंजाइम गतिविधि का निर्धारण

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

Integrated Field Lysimetry and Porewater Sampling for Evaluation of Chemical Mobility in Soils and Established Vegetation

एकीकृत फील्ड Lysimetry और Porewater सैम्पलिंग मिट्टी में रासायनिक गतिशीलता के मूल्यांकन के लिए और स्थापित वनस्पति

Potentially toxic chemicals are routinely applied to land to meet growing demands on waste management and food production, but the fate of these chemicals ...

Measurement of Greenhouse Gas Flux from Agricultural Soils Using Static Chambers

स्टेटिक मंडलों का प्रयोग कृषि मिट्टी से ग्रीनहाउस गैस प्रवाह का मापन

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the ...

Physical Isolation of Endospores from Environmental Samples by Targeted Lysis of Vegetative Cells

वनस्पति कोशिकाओं के लक्षित lysis द्वारा पर्यावरण के नमूनों से endospores के भौतिक अलगाव

Endospore formation is a survival strategy found among some bacteria from the phylum Firmicutes. During endospore formation, these bacteria enter a ...

A Bending Test for Determining the Atterberg Plastic Limit in Soils

मिट्टी में Atterberg प्लास्टिक सीमा निर्धारण के लिए एक झुकने परीक्षण

The thread rolling test is the most commonly used method to determine the plastic limit (PL) in soils. It has been widely criticized, because a ...

Extraction and Analysis of Microbial Phospholipid Fatty Acids in Soils

निष्कर्षण और मिट्टी में माइक्रोबियल Phospholipid फैटी एसिड का विश्लेषण

Phospholipid fatty acids (PLFAs) are key components of microbial cell membranes. The analysis of PLFAs extracted from soils can provide information about ...

Methods of Soil Resampling to Monitor Changes in the Chemical Concentrations of Forest Soils

मृदा Resampling के तरीके वन मिट्टी के रासायनिक सांद्रता में परिवर्तन की निगरानी

Recent soils research has shown that important chemical soil characteristics can change in less than a decade, often the result of broad environmental ...

A 3-dimensional (3D)-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

A 3-dimensional 3D-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

एक 3 आयामी (3 डी)-उच्च प्रवाह Zebrafish भ्रूण सरणी के लिए टेंपलेट मुद्रित

The zebrafish is a globally recognized fresh water organism frequently used in developmental biology, environmental toxicology, and human disease related ...

Sampling Soils in a Heterogeneous Research Plot

नमूना एक विषम अनुसंधान साजिश में मिट्टी

Soils are highly heterogeneous. In general, the number of soil samples required for soil research has always been determined arbitrarily and the ...

Combined Size and Density Fractionation of Soils for Investigations of Organo-Mineral Interactions

संयुक्त आकार और Organo-खनिज बातचीत की जांच के लिए मिट्टी के घनत्व अंश

Combined size and density fractionation (CSDF) is a method used to physically separate soil into fractions differing in particle size and mineralogy. CSDF ...