Name: using the open-source maldi tof-ms idbac pipeline for analysis of microbial protein and specialized metabolite data
Uploaded: 2019-05-15T13:00:00
Duration: 9 min 29 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data at JoVE.com

यह काम राष्ट्रीय सामान्य चिकित्सा विज्ञान अनुदान R01 GM125943, नेशनल ज्योग्राफिक अनुदान CP-044R-17 द्वारा समर्थित किया गया था; आइसलैंडिक अनुसंधान कोष अनुदान 152336-051; और शिकागो स्टार्टअप फंड में इलिनोइस विश्वविद्यालय. इसके अलावा, हम निम्नलिखित योगदानकर्ताओं को धन्यवाद: डॉ अमांडा Bulman MALDI-TOF एमएस प्रोटीन अधिग्रहण मानकों के साथ सहायता के लिए; अल्फा-साइनो-4-हाइड्रोक्सीसिनमिक एसिड मैट्रिक्स (सीएचसीए) को पुन: क्रिस्टलीकृत करने के लिए डॉ टेरी मूर और डॉ अतुल जैन।

<ol>
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लेखकों को खुलासा करने के लिए कुछ भी नहीं है.

IDBac प्रोटोकॉल विवरण जीवाणु प्रोटीन और विशेष चयापचय डेटा अधिग्रहण और अप करने के लिए 384 जीवाणु अलग 4 एच में एक एकल शोधकर्ता द्वारा विश्लेषण. IDBac के साथ जीवाणु अलग से डीएनए निकालने या तरल किण्वन शोरबा से विशेष चयापचय अर्क उत्पन्न करने और उन्हें क्रोमैटोग्राफी तरीकों का उपयोग कर विश्लेषण करने की कोई जरूरत नहीं है। इसके बजाय, प्रोटीन और विशेष चयापचय डेटा बस एक MALDI लक्ष्य प्लेट पर सीधे जीवाणु कालोनियों से सामग्री के प्रसार के द्वारा इकट्ठा कर रहे हैं. इससे वैकल्पिक तकनीकों जैसे 16S आरएनए जीन अनुक्रमण और एलसीएमएस 9 के साथ जुड़े समय और लागत को बहुत कम कर देताहै.
यह MALDI प्लेट के लिए एक मैट्रिक्स खाली और अंशांकन स्पॉट जोड़ने के लिए महत्वपूर्ण है, और हम reproducibility और सांख्यिकीय विश्वास सुनिश्चित करने के लिए प्रतिकृति की एक उचित संख्या का उपयोग करने की सलाह देते हैं. प्रतिकृतियां की संख्या प्रयोग-निर्भर होगी। उदाहरण के लिए, यदि कोई उपयोगकर्ता हजारों कालोनियों को पर्यावरणविविधता प्लेटों के संग्रह से अलग करना चाहता है, तो कम प्रतिकृतियां आवश्यक हो सकती हैं (हमारी प्रयोगशाला प्रति कॉलोनी तीन तकनीकी प्रतिकृति एकत्र करती है)। वैकल्पिक रूप से, यदि कोई उपयोगकर्ता विशिष्ट जीवाणु टैक्सा से उपभेदों का एक कस्टम डेटाबेस बनाना चाहता है ताकि अज्ञात आइसॉल के उप-जाति वर्गीकरणों को तेजी से निर्धारित किया जा सके, तो अधिक प्रतिकृतियां उपयुक्त हैं (हमारी प्रयोगशाला प्रति आठ जैविक प्रतिकृतियां एकत्र करती है तनाव)।
IDBac putative वर्गीकरण जानकारी और विशेष चयापचय उत्पादन के आधार पर उच्च से संबंधित जीवाणु अलग तेजी से अलग करने के लिए एक उपकरण है। यह पूरक या इस तरह के में गहराई से आनुवंशिक विश्लेषण के रूप में orthogonal तरीकों के लिए एक अग्रदूत के रूप में सेवा कर सकते हैं, चयापचय उत्पादन और समारोह से जुड़े अध्ययन, या परमाणु चुंबकीय अनुनाद स्पेक्ट्रोस्कोपी द्वारा विशेष चयापचय संरचना की विशेषता और / एलसी-एमएस/
विशेष चयापचय उत्पादन (IDBac MANs) जीवाणु विकास की स्थिति के लिए अत्यधिक संवेदनशील है, विशेष रूप से विभिन्न मीडिया का उपयोग कर, जो विधि की एक संभावित सीमा है. हालांकि इन लक्षणों उपयोगकर्ता द्वारा शोषण किया जा सकता है, के रूप में IDBac आसानी से विकास की स्थिति की एक किस्म के तहत विशेष चयापचय उत्पादन में मतभेद दिखा MANs उत्पन्न कर सकते हैं. यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि जबकि विशेष मेटाबोलाइट उंगलियों के निशान विकास की स्थिति से भिन्न हो सकते हैं, हमने पहले से पता चला है कि प्रोटीन उंगलियों के निशान इन चरभर में अपेक्षाकृत स्थिर रहते हैं (देखें क्लार्क एट अल.6)। जब पर्यावरण विविधता प्लेटों के साथ काम, हम विश्लेषण से पहले जीवाणु अलग शुद्ध करने के क्रम में पड़ोसी जीवाणु पार से बात संभव योगदान को कम करने की सलाह देते हैं.
अंत में, प्रोटीन एमएस उंगलियों के निशान के एक खोजा सार्वजनिक डेटाबेस की कमी अज्ञात पर्यावरण बैक्टीरिया वर्गीकृत करने के लिए इस विधि के उपयोग में एक प्रमुख कमी है. हम मन में इस के साथ IDBac बनाया है, और एक समुदाय में डेटा की स्वचालित रूपांतरण शामिल मुक्त स्रोत प्रारूप (mzML)10,11,12 और सॉफ्टवेयर डिजाइन खोज, साझा करने की अनुमति है, और के निर्माण की अनुमति कस्टम डेटाबेस. हम एक बड़े सार्वजनिक डेटाबेस बनाने की प्रक्रिया में हैं (gt; 10,000 पूरी तरह से विशेषता उपभेदों), जो प्रजातियों के स्तर के लिए कुछ अलग के वर्गीकरण के लिए अनुमति देगा, GenBank accession संख्या के लिए लिंक सहित जब उपलब्ध है.
IDBac खुला स्रोत है और कोड किसी को भी अपने डेटा विश्लेषण और दृश्य आवश्यकताओं को अनुकूलित करने के लिए उपलब्ध है. हम अनुशंसा करते हैं कि उपयोगकर्ताओं को साहित्य का एक व्यापक शरीर से परामर्श (Sauer एट अल.7, सिल्वा एट अल.5) मदद करने के लिए समर्थन और उनके प्रयोगात्मक लक्ष्यों को डिजाइन. हम पर चर्चा के लिए एक मंच की मेजबानी: https://groups.google.com/forum/#!forum/idbac और एक पर सॉफ्टवेयर के साथ मुद्दों की रिपोर्ट करने का एक साधन: https://github.com/chasemc/IDBacApp/issues.

बैक्टीरिया समारोह का अध्ययन करने वाले शोधकर्ताओं के लिए एक प्रमुख बाधा जल्दी और एक साथ एक सूक्ष्मजीव की वर्गीकरण पहचान और विशेष चयापचयों का उत्पादन करने की क्षमता का आकलन करने की क्षमता है। यह जीवाणु phylogeny और पर्यावरण से अलग बैक्टीरिया के बहुमत में विशेष चयापचय उत्पादन के बीच संबंधों को समझने में महत्वपूर्ण प्रगति को रोका गया है. हालांकि एमएस आधारित तरीकों है कि समूह और बैक्टीरिया की पहचान करने के लिए प्रोटीन उंगलियों के निशान का उपयोग अच्छी तरह से वर्णित हैं1,2,3,4, इन अध्ययनों को आम तौर पर अलग के छोटे समूहों पर प्रदर्शन किया गया है, एक प्रजाति-विशिष्ट तरीके से। महत्वपूर्ण बात, विशेष मेटाबोलाइट उत्पादन, पर्यावरण में माइक्रोबियल समारोह का एक प्रमुख चालक के बारे में जानकारी, इन अध्ययनों में शामिल नहीं किया गया है. सिल्वा एट अल.5 हाल ही में एक व्यापक विशेष चयापचयों और वर्तमान bioinformatics बाधाओं को दूर करने के लिए सॉफ्टवेयर की कमी का विश्लेषण करने के लिए MALDI-TOF एमएस के underuse विवरण इतिहास प्रदान की है. इन कमियों को दूर करने के लिए, हमने आईडीबीएसी, एक जैव सूचना विज्ञान पाइपलाइन बनाई जो मालदी-टीओएफ एमएस6के रैखिक और रिफ्लेकरॉन दोनों तरीकों को एकीकृत करती है। यह उपयोगकर्ताओं को क्रमशः प्रोटीन और विशेष मेटाबोलाइट एमएस उंगलियों के निशान के आधार पर बैक्टीरियल आइसोलेट को तेजी से कल्पना और अंतर करने की अनुमति देता है।
IDBac लागत प्रभावी, उच्च throughput है, और आम उपयोगकर्ता के लिए बनाया गया है. यह स्वतंत्र रूप से उपलब्ध है (chasemc.github.io/IDBac), और केवल एक MALDI-TOF बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमीटर के लिए उपयोग की आवश्यकता है (रिफ्रैक्ट्रॉन मोड विशेष चयापचय विश्लेषण के लिए आवश्यक हो जाएगा). नमूना तैयारी सरल पर निर्भर करता है "विस्तृत प्रत्यक्ष हस्तांतरण" विधि7,8 और डेटा लगातार रैखिक के साथ एकत्र कर रहे हैं और एक एकल MALDI-लक्ष्य स्थान पर reflectron अधिग्रहण. IDBac के साथ, नमूना तैयारी, डेटा अधिग्रहण, और डेटा दृश्य सहित चार घंटे के तहत कालोनियों के सैकड़ों के putative phylogeny और विशेष चयापचय उत्पादन का विश्लेषण करने के लिए संभव है। यह बैक्टीरिया की पहचान करने के पारंपरिक तरीकों पर एक महत्वपूर्ण समय और लागत लाभ प्रस्तुत करता है (जैसे जीन अनुक्रमण के रूप में), और चयापचय उत्पादन का विश्लेषण (तरल क्रोमैटोग्राफी-मास स्पेक्ट्रोमेट्री [LCMS] और इसी तरह के क्रोमैटोग्राफी तरीकों).
रैखिक मोड विश्लेषण में प्राप्त डेटा का उपयोग करना, IDBac प्रोटीन स्पेक्ट्रम की संबंधितता का प्रतिनिधित्व करने के लिए पदानुक्रम क्लस्टरिंग कार्यरत हैं. चूंकि स्पेक्ट्रम ज्यादातर आयनित राइबोसोमल प्रोटीन का प्रतिनिधित्व करते हैं, वे एक नमूने में मौजूद जातिवृत् तीय विविधता का एक प्रतिनिधित्व प्रदान करते हैं। इसके अलावा, IDBac विशेष मेटाबोलाइट उंगलियों के निशान मेटाबोलाइट एसोसिएशन नेटवर्क (एमएन) के रूप में प्रदर्शित करने के लिए रिफ्लेकरॉन मोड डेटा को शामिल किया गया। MANs द्विपक्षीय नेटवर्क है कि जीवाणु अलग के बीच साझा और अद्वितीय चयापचय उत्पादन के आसान दृश्य के लिए अनुमति देते हैं. IDBac मंच शोधकर्ताओं दोनों प्रोटीन और विशेष चयापचय डेटा अग्रानुक्रम में विश्लेषण करने के लिए अनुमति देता है, लेकिन यह भी व्यक्तिगत रूप से अगर केवल एक डेटा प्रकार का अधिग्रहण किया है. महत्वपूर्ण बात, IDBac ब्रूकर और ज़ियामेन उपकरणों से कच्चे डेटा प्रक्रियाओं, साथ ही txt, टैब, सीएसवी, mzXML, और mzML. यह मैन्युअल रूपांतरण और डेटा सेट के स्वरूपण की आवश्यकता समाप्त, और काफी उपयोगकर्ता त्रुटि या एमएस डेटा के mishandling के जोखिम को कम कर देता है.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>60-002-65</td>
			<td>LC-MS Ultra CHROMASOLV</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoflex Speed LEF MALDI-TOF instrument</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker Daltonics Bacterial test standard</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>NC0884024</td>
			<td>Bruker Daltonics 8604530</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker Peptide Calibration standard</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>NC9846988</td>
			<td>Bruker Daltonics 8206195</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A117-50</td>
			<td>99.5+%, Optima LC/MS Grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI-TOF target Plate</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A456-500</td>
			<td>Optima LC/MS Grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Toothpicks</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>any is ok</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>AC293810010</td>
			<td>99.5%, for biochemistry, ACROS Organics</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water</td>
			<td>VWR</td>
			<td>7732-18-5</td>
			<td>LC-MS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#945;-Cyano-4-hydroxycinnamic acid</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>28166-41-8</td>
			<td>(C2020-25G) &#8805;98% (TLC), powder</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

using the open-source maldi tof-ms idbac pipeline for analysis of microbial protein and specialized metabolite data

जीवाणु phylogeny और पोषक तत्व agar पर बढ़ रही बैक्टीरियल कालोनियों के विशेष चयापचय उत्पादन के बीच संबंधों की कल्पना करने के लिए, हम IDBac-एक कम लागत और उच्च throughput मैट्रिक्स की मदद से लेजर desorption/ समय के उड़ान मास स्पेक्ट्रोमेट्री (मालदी-TOF एमएस) bioinformatics पाइप लाइन. IDBac सॉफ्टवेयर गैर विशेषज्ञों के लिए बनाया गया है, स्वतंत्र रूप से उपलब्ध है, और जीवाणु कालोनियों के हजारों करने के लिए कुछ का विश्लेषण करने में सक्षम. यहाँ, हम MALDI-TOF एमएस विश्लेषण, एमएस साधन आपरेशन, और आईडीबीसी में डेटा प्रसंस्करण और दृश्य के लिए जीवाणु कालोनियों की तैयारी के लिए प्रक्रियाओं को प्रस्तुत करते हैं। विशेष रूप से, हम उपयोगकर्ताओं को निर्देश कैसे प्रोटीन एमएस उंगलियों के निशान के आधार पर dendrograms में बैक्टीरिया क्लस्टर और interactively चयापचय एसोसिएशन नेटवर्क (MANs) विशेष चयापचय डेटा से बनाने के लिए.

हम Micromonospora chokoriensis के छह उपभेदों और बैसिलस subtilisके दो उपभेदों का विश्लेषण किया, जो पहले6विशेषता थे , DOI पर उपलब्ध डेटा का उपयोग कर: 10.5281/ Raw Data Tab के साथ प्रारंभ करने में निर्देशों का अनुसरण करते हुए, हमने ब्रूकर फ़ाइलों को कनवर्ट करने के लिए यहाँ क्लिक करें विकल्प का चयन किया और प्रत्येक डेटासेट के लिए IDBac-प्रदत्त निर्देशों का पालन किया ( चित्र14).
स्वचालित रूपांतरण और प्रीप्रोसेसिंग/पीक-पीक चरणों के पूरा होने के बाद, हमने दो प्रयोगों से नमूने को एक ही प्रयोग में स्थानांतरित करके एक नया संयुक्त IDBac प्रयोग बनाने के लिए आगे बढ़ाया जिसमें बैसिलस और माइक्रोमोनोसोपोरा नमूने (चित्र 15)। परिणामस्वरूप विश्लेषण दर्पण भूखंडों का उपयोग प्रोटीन स्पेक्ट्रम की तुलना शामिल, चित्र 16में चित्र के रूप में, जो स्पेक्ट्रम की गुणवत्ता का मूल्यांकन और शिखर उठा सेटिंग्स का समायोजन करने के लिए उपयोगी था. चित्र 17 चयनित डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स के साथ प्रोटीन क्लस्टरिंग परिणामों का स्क्रीनशॉट प्रदर्शित करता है. डेन्ड्रोग्राम प्लॉट पर थ्रेशोल्ड का समायोजन करके रंगीन किया गया था (एक डॉटेड लाइन के रूप में प्रकट होता है)। नोट की जीन के बीच स्पष्ट जुदाई है, दोनों एम chokoriensis और बी subtilis अलग क्लस्टरिंग अलग से के साथ.
चित्र 18, चित्र 19, और चित्र 20 प्रोटीन डेन्ड्रोग्राम पर क्लिक करके और खींचकर उपयोगकर्ता-चयनित क्षेत्रों के एमएन उत्पन्न करने की क्षमता पर प्रकाश डालते हैं। इसके साथ ही हम केवल बी सबटिलिस उपभेदों की तुलना करने के लिए एमएन को तेजी से बना पाए (चित्र 18), केवल एम चोकोरिएन्सिस उपभेदों (चित्र 19) और सभी उपभेदों को एक साथ (चित्र 20) . इन नेटवर्कों के प्राथमिक समारोह के लिए विशेष चयापचय की डिग्री की डिग्री का एक व्यापक सिंहावलोकन के साथ शोधकर्ताओं प्रदान करने के लिए है बैक्टीरिया के बीच ओवरलैप. हाथ में इन आंकड़ों के साथ, शोधकर्ताओं को अब एक जीवाणु कॉलोनी से स्क्रैप सामग्री की केवल एक छोटी राशि से सूचित निर्णय लेने की क्षमता है.
<img alt="Figure 14" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig14v2.jpg"> चित्र 14: स्पेक्ट्रा प्रसंस्करण. डाउनलोड ब्रूकर ऑटोफ्लेक्स स्पेक्ट्रम परिवर्तित कर दिया और IDBac का उपयोग कर संसाधित किया गया. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig14v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस चित्र का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 15" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig15v2.jpg"> चित्र 15: संयुक्त IDBac प्रयोग. क्योंकि Micromonospora और बैसिलस स्पेक्ट्रा अलग MALDI लक्ष्य प्लेटों पर एकत्र किए गए थे, दो प्रयोगों के बाद एक ही प्रयोग में संयुक्त थे-"Bacillus-Micromonsopora". यह "पिछले प्रयोगों के साथ काम" टैब में किया गया था, मेनू के भीतर निर्देशों का पालन "पिछले प्रयोगों से नए/अन्य प्रयोगों के लिए नमूने स्थानांतरित करें". <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig15v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस चित्र का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 16" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig16v2.jpg"> चित्र 16: तुलना. Micromonspora और बैसिलस स्पेक्ट्रा "प्रोटीन डेटा विश्लेषण" पृष्ठ के भीतर दर्पण भूखंडों का उपयोग कर तुलना की गई. अंततः, डिफ़ॉल्ट पीक सेटिंग्स चुने गए थे। <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig16v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस चित्र का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 17" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig17v2.jpg"> चित्र 17: पदानुक्रमिक क्लस्टरिंग. डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स का उपयोग करके पदानुक्रमिक क्लस्टरिंग, सही रूप से बैसिलस और माइक्रोमोनोस्पोरा आइसोलेट को समूहीकृत किया गया है। डेन्ड्रोग्राम एक मनमाना ऊंचाई पर डेन्ड्रोग्राम "काटने" द्वारा रंग का था (एक डैश्ड लाइन के रूप में प्रदर्शित) और 100 बूटस्ट्रैप्स शाखाओं में विश्वास दिखाने के लिए इस्तेमाल किया। <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig17v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस चित्र का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 18" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig18v2.jpg"> चित्र 18: प्रोटीन डेन्ड्रोग्राम से बैसिलस एसपी उपभेदों का चयनकरके बनाया गया मनुष्य विशेष चयापचयों के अंतर से पता चला। <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig18v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस चित्र का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 19" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig19v2.jpg"> चित्र 19: प्रोटीन डेन्ड्रोग्राम से छह माइक्रोमोनोस्पोरा एसपी उपभेदों का चयन करके बनाया गया आदमी विशेष चयापचयों के अंतर उत्पादन से पता चला। <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig19v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस चित्र का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 20" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59219/59219fig20v2.jpg"> चित्र 20: बैसिलस एसपी और माइक्रोमोनोस्पोरा के मैन विशेष चयापचयों के एक अंतर उत्पादन दिखा उपभेदों। <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59219/59219fig20v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस चित्र का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.</a>

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Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

IDBac एक खुला स्रोत मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित bioinformatics पाइप लाइन है कि दोनों बरकरार प्रोटीन और विशेष चयापचय स्पेक्ट्रम से डेटा एकीकृत, जीवाणु कालोनियों से स्क्रैप सेल सामग्री पर एकत्र है. पाइप लाइन शोधकर्ताओं को तेजी से putative वर्गीकरण समूहों में जीवाणु कालोनियों के हजारों करने के लिए सैकड़ों को व्यवस्थित करने की अनुमति देता है, और आगे उन्हें विशेष चयापचय उत्पादन के आधार पर अंतर.

माइक्रोबायल प्रोटीन और विशेष मेटाबोलाइट डेटा के विश्लेषण के लिए ओपन-स्रोत MALDI TOF-MS IDBac पाइपलाइन का उपयोग करना

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एक न्यूक्लियोटाइड विस्तार और मालदी-तोफ मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण का उपयोग कर ठीक करना और डीएनए मरंमत परख

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

अंशांकन-मुक्त इन विट्रो ठहराव में प्रोटीन होमो-oligomerization का उपयोग कर वाणिज्यिक इंस्ट्रूमेंटेशन और नि: शुल्क, खुला स्रोत चमक विश्लेषण सॉफ्टवेयर

Number and brightness is a calibration-free fluorescence fluctuation spectroscopy (FFS) technique for detecting protein homo-oligomerization. It can be ...

A Sample Preparation Pipeline for Microcrystals at the VMXm Beamline

वीएमएक्सएम बीमलाइन में माइक्रोक्रिस्टल के लिए एक नमूना तैयारी पाइपलाइन

The mounting of microcrystals (&#60;10 &#181;m) for single crystal cryo-crystallography presents a non-trivial challenge. Improvements in data quality ...

Making Precise and Accurate Single-Molecule FRET Measurements using the Open-Source smfBox

ओपन-सोर्स smfBox का उपयोग कर सटीक और सटीक एकल-अणु FRET माप बनाना

The smfBox is a recently developed cost-effective, open-source instrument for single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET), which makes ...

Shotgun Proteomics Sample Processing Automated by an Open-Source Lab Robot

शॉटगन प्रोटिओमिक्स नमूना प्रसंस्करण एक ओपन-सोर्स लैब रोबोट द्वारा स्वचालित

Mass spectrometry-based shotgun proteomics experiments require multiple sample preparation steps, including enzymatic protein digestion and clean-up, ...

Single-Particle Cryo-EM Data Collection with Stage Tilt using Leginon

लेगिनन का उपयोग करके स्टेज टिल्ट के साथ सिंगल-पार्टिकल क्रायो-ईएम डेटा संग्रह

Single-particle analysis (SPA) by cryo-electron microscopy (cryo-EM) is now a mainstream technique for high-resolution structural biology. Structure ...