Name: semiconductor sequencing for preimplantation genetic testing for aneuploidy
Uploaded: 2019-08-25T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy at JoVE.com

이 연구는 홍콩의 일반 연구 기금 (참조 번호 14162417) 중국 국립 자연 과학 재단 (참조 번호 81860272), 광시 지방 과학 기술 재단의 주요 연구 계획에 의해 지원되었다 (참조 번호) AB16380219), 그리고 중국에서 중국 박사 후 과학 재단 보조금 (참조 번호 2018M630993).

홍콩 공동 중국대학-신계 동쪽 클러스터 임상 연구 윤리위원회(참조 번호: 2010.432)에 의해 윤리적 승인이 부여되었습니다. 연구 라이센스는 홍콩의 인간 생식 기술위원회 (번호 R3004)에 의해 승인되었습니다.
1. 전체 게놈 증폭
<ol><li>시작하기 전에 자기 비드 (재료표)의 부피를 확인하여 각 샘플에 대해 135 μL (20 % 초과)이 없는지 확인하십시오. 자기 비드를 실온(RT...

<ol>
	<li>Balaban, B., Urman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+oocyte+morphology+on+embryo+development+and+implantation.">Effect of oocyte morphology on embryo development and implantation.</a> Reproductive BioMedicine Online. 12 (5), 608-615 (2006).</li><li>Capalbo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Correlation+between+standard+blastocyst+morphology,+euploidy+and+implantation:+An+observational+study+in+two+centers+involving+956+screened+blastocysts.">Correlation between standard blastocyst morphology, euploidy and implantation: An observational study in two centers involving 956 screened blastocysts.</a> Human Reproduction. 29 (6), 1173-1181 (2014).</li><li>Magli, M. C., Gianaroli, L., Ferraretti, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosomal+abnormalities+in+embryos.">Chromosomal abnormalities in embryos.</a> Molecular and Cellular Endocrinology. 183, 29-34 (2001).</li><li>Trussler, J. L., Pickering, S. J., Ogilvie, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+chromosomal+imbalance+in+human+embryos+using+comparative+genomic+hybridization.">Investigation of chromosomal imbalance in human embryos using comparative genomic hybridization.</a> Reproductive BioMedicine Online. 8 (6), 701-711 (2004).</li><li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytogenetic+analysis+of+human+blastocysts+with+the+use+of+FISH,+CGH+and+aCGH:+Scientific+data+and+technical+evaluation.">Cytogenetic analysis of human blastocysts with the use of FISH, CGH and aCGH: Scientific data and technical evaluation.</a> Human Reproduction. 26 (2), 480-490 (2011).</li><li>Calhaz-Jorge, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assisted+reproductive+technology+in+Europe,+2013:+Results+generated+from+European+registers+by+ESHRE.">Assisted reproductive technology in Europe, 2013: Results generated from European registers by ESHRE.</a> Human Reproduction. 32 (10), 1957-1973 (2017).</li><li>Dyer, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=International+committee+for+monitoring+assisted+reproductive+technologies+world+report:+Assisted+reproductive+technology+2008,+2009+and+2010.">International committee for monitoring assisted reproductive technologies world report: Assisted reproductive technology 2008, 2009 and 2010.</a> Human Reproduction. 31 (7), 1588-1609 (2008).</li><li>Dahdouh, E. M., Balayla, J., Garc&#237;a-Velasco, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+chromosome+screening+improves+embryo+selection:+A+meta-analysis.">Comprehensive chromosome screening improves embryo selection: A meta-analysis.</a> Fertility and Sterility. 104 (6), 1503-1512 (2015).</li><li>Chen, M., Wei, S., Hu, J., Quan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Can+Comprehensive+Chromosome+Screening+Technology+Improve+IVF/ICSI+Outcomes?+A+Meta-Analysis.">Can Comprehensive Chromosome Screening Technology Improve IVF/ICSI Outcomes? A Meta-Analysis.</a> PloS One. 10 (10), e0140779 (2015).</li><li>Northrop, L. E., Treff, N. R., Levy, B., Scott, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+microarray-based+24+chromosome+aneuploidy+screening+demonstrates+that+cleavage-stage+FISH+poorly+predicts+aneuploidy+in+embryos+that+develop+to+morphologically+normal+blastocysts.">SNP microarray-based 24 chromosome aneuploidy screening demonstrates that cleavage-stage FISH poorly predicts aneuploidy in embryos that develop to morphologically normal blastocysts.</a> Molecular Human Reproduction. 16 (8), 590-600 (2010).</li><li>Barbash-Hazan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preimplantation+aneuploid+embryos+undergo+self-correction+in+correlation+with+their+developmental+potential.">Preimplantation aneuploid embryos undergo self-correction in correlation with their developmental potential.</a> Fertility and Sterility. 92 (3), 890-896 (2009).</li><li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+cytogenetic+analysis+of+the+human+blastocyst+stage.">Comprehensive cytogenetic analysis of the human blastocyst stage.</a> Fertility and Sterility. 90 (11), S36 (2008).</li><li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+validation+of+a+next-generation+sequencing-based+protocol+for+24-chromosome+aneuploidy+screening+of+embryos.">Development and validation of a next-generation sequencing-based protocol for 24-chromosome aneuploidy screening of embryos.</a> Fertility and Sterility. 101 (5), 1375-1382 (2014).</li><li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+next-generation+sequencing+technology+for+comprehensive+aneuploidy+screening+of+blastocysts+in+clinical+preimplantation+genetic+screening+cycles.">Application of next-generation sequencing technology for comprehensive aneuploidy screening of blastocysts in clinical preimplantation genetic screening cycles.</a> Human Reproduction. 29 (12), 2802-2813 (2014).</li><li>Wells, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+utilisation+of+a+rapid+low-pass+whole+genome+sequencing+technique+for+the+diagnosis+of+aneuploidy+in+human+embryos+prior+to+implantation.">Clinical utilisation of a rapid low-pass whole genome sequencing technique for the diagnosis of aneuploidy in human embryos prior to implantation.</a> Journal of Medical Genetics. 51 (8), 553-562 (2014).</li><li>Quail, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tale+of+three+next+generation+sequencingplatforms:+comparison+of+Ion+Torrent,+PacificBiosciences+and+Illumina+MiSeq+sequencers.">A tale of three next generation sequencingplatforms: comparison of Ion Torrent, PacificBiosciences and Illumina MiSeq sequencers.</a> BMC Genomics. 13 (1), 1-13 (2012).</li><li>Goodwin, S., McPherson, J. D., McCombie, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coming+of+age:+ten+years+of+next-generation+sequencing+technologies.">Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies.</a> Nature Reviews Genetics. 17 (6), 333-351 (2016).</li><li>Bono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+a+semiconductor+next-generation+sequencing-based+protocol+for+preimplantation+genetic+diagnosis+of+reciprocal+translocations.">Validation of a semiconductor next-generation sequencing-based protocol for preimplantation genetic diagnosis of reciprocal translocations.</a> Prenatal Diagnosis. 35 (10), 938-944 (2015).</li><li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ESHRE+PGD+Consortium/Embryology+Special+Interest+Groupbest+practice+guidelines+for+polar+body+and+embryo+biopsy+for+preimplantation+genetic+diagnosis/screening+(PGD/PGS).">ESHRE PGD Consortium/Embryology Special Interest Groupbest practice guidelines for polar body and embryo biopsy for preimplantation genetic diagnosis/screening (PGD/PGS).</a> Human Reproduction. 26 (1), 41-46 (2011).</li><li>Liu, W. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+performance+of+MALBAC+and+MDA+methods+in+the+identification+of+concurrent+mutations+and+aneuploidy+screening+to+diagnose+beta-thalassaemia+disorders+at+the+single-+and+multiple-cell+levels.">The performance of MALBAC and MDA methods in the identification of concurrent mutations and aneuploidy screening to diagnose beta-thalassaemia disorders at the single- and multiple-cell levels.</a> Journal of Clinical Laboratory Analysis. 32 (2), 1-8 (2018).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+comparison+of+the+performance+of+four+whole+genome+amplification+kits+on+ion+proton+platform+in+copy+number+variation+detection.">The comparison of the performance of four whole genome amplification kits on ion proton platform in copy number variation detection.</a> Bioscience Reports. 37 (4), BSR20170252 (2017).</li><li>Munn&#233;, S., Grifo, J., Wells, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mosaicism:+&#8220;survival+of+the+fittest&#8221;+versus+&#8220;no+embryo+left+behind&#8221;.">Mosaicism: &#8220;survival of the fittest&#8221; versus &#8220;no embryo left behind&#8221;.</a> Fertility and Sterility. 105 (5), 1146-1149 (2016).</li><li>Del Carmen Nogales, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Type+of+chromosome+abnormality+affects+embryo+morphology+dynamics.">Type of chromosome abnormality affects embryo morphology dynamics.</a> Fertility and Sterility. 107 (1), 229-235 (2017).</li><li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ESHRE+PGD+consortium+best+practice+guidelines+for+amplification-based+PGD.">ESHRE PGD consortium best practice guidelines for amplification-based PGD.</a> Human Reproduction. 26 (1), 33-40 (2011).</li><li>Deleye, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shallow+whole+genome+sequencing+is+well+suited+for+the+detection+of+chromosomal+aberrations+in+human+blastocysts.">Shallow whole genome sequencing is well suited for the detection of chromosomal aberrations in human blastocysts.</a> Fertility and Sterility. 104 (5), 1276-1285 (2015).</li><li>Bielanska, M., Tan, S. L., Ao, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosomal+mosaicism+throughout+human+preimplantation+development+in+vitro:+incidence,+type,+and+relevance+to+embryo+outcome.">Chromosomal mosaicism throughout human preimplantation development in vitro: incidence, type, and relevance to embryo outcome.</a> Human Reproduction. 17 (2), 413-419 (2002).</li><li>Treff, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+targeted+next-generation+sequencing-based+preimplantation+genetic+diagnosis+of+monogenic+disease.">Evaluation of targeted next-generation sequencing-based preimplantation genetic diagnosis of monogenic disease.</a> Fertility and Sterility. 99 (5), 1377-1384 (2013).</li></ol>

다른 시퀀싱 화학과는 달리, 여기에 설명된 시퀀서는 뉴클레오티드 검출을 위해 반도체를 사용합니다. 칩 자체는 양성자 프로그램의 2−4 시간 시퀀싱 시간을 가능하게 하는 폴리머라제 구동 염기 통합17에의해 수소 이온을 검출하는 전자 장치입니다. 게다가, 칩은 다른 시퀀서 공급자에 의한 유동 세포 시퀀싱 화학과 다른 하나의 표적 분자의 국소화를 허용하는 마이크로웰 칩?...

보조 생식에 있는 전송을 위한 일반적인 염색체 사본 수 (euploid)를 가진 좋은 질 실행 가능한 태아를 선택하는 것은 임신 결과를 향상하는 것을 돕습니다. 전통적으로, 잘 확립 된 형태 학적 등급 시스템은 쉽게 가용성과 비 침습적 특성으로 인해 배아 평가에 널리 사용됩니다. 그러나, 형태학적 평가는 배아 질1 및 이식 잠재력2에대한 제한된 정보만 제공할 수 있는 것으로 나타났다. 한 가지 근본적인 이유는 배아의 염색체 조성을 평가할 수 없기 때문입니다.
염색체 이수성 (염색체의 비정상적인 카피 수)은 배아 발달 체포, 이식 실패 또는 임신 손실로 이어지는 주요 원인 중 하나입니다. 이수성의 발생은 인간 배아에서 잘 문서화되어 있으며, 골반포 낭포제3,4 및 50 %-60 %에서 60 %를차지합니다5. 이는, 어느 정도, 체외 수정 (IVF) 치료의 임신 율을 개선에 병목 현상에 기여하고있다, 이는 약에서 유지하고있다35%-40% 6,7. 그러므로, 전송을 위한 euploid 태아를 선택하는 것은 임신 결과 향상을 위해 유익할 것으로 믿어집니다. 이를 위해, 이수성 (PGT-A)에 대한 착상 전 유전자 검사는 유전 적 접근을 사용하여 배아 생존가능성을 조사하기 위해 추가로 개발되었다. PGT-A의 중요한 역할을 지원하는 무작위 통제 실험 및 코호트 연구의 수가 증가하고 있습니다. PGT-A의 적용은 유산율을 감소시키고 임상 임신율과 이식율 8,진행 중인 임신율 및 출산율9를증가시키는 것으로 입증되었다.
역사적으로, PGT-A에서 다양한 방법이 적용되어 왔으며, 이러한 경우 형광은 체자형화(FISH), 비교 게놈 혼성화(CGH), 어레이-CGH, 및 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)-마이크로어레이이다. 이전 연구는 물고기에 의한 분열 단계 배아에 대한 PGT-A가 59273array-CGH 또는 를 사용하여 해당 배반포의 포괄적 인 염색체 스크리닝 (CCS)에 의해 얻은 것과 제대로 일치하지 않는 결과를 산출한다는 것을 나타났습니다. SNP-마이크로어레이5927310. 이러한 불일치는 개발11동안 염색체 분리 오차의 염색체 모자이크, FISH 기술 적 유물 또는 배아 자기 교정에 기인할 수 있다. 어레이-CGH 또는 SNP-마이크로어레이와 같은 어레이 기반 PGT-A에 대한 배반포 트로프토더(TE) 생검을 사용하는 것이 배아10,12에서염색체 불균형을 식별하는 데 효과적이라는 것이 널리 인식되고 있다. 최근, 단세포 차세대 염기서열 분석(NGS)은 유전자 분석을 위한 높은 처리량과 비용 효율적인 접근법을 제공하며 PGT-A13,14,15에서임상 적 적용성을 보이고 있으며, 이는 현재 사용 가능한 방법에 대한 유망한 대안.
여기에서, 우리는 인간 배아에서 이수성의 검열을 위한 빠르고, 견고하고, 저가의 반도체 염기서열 NGS 방법을 제시합니다. 워크플로우의 첫 번째 단계는 생검된 배아 시편의 전체 게놈 증폭(WGA)이며, 단일 세포 WGA 키트를 사용한 다음 시퀀싱 라이브러리를 시빙하고 반도체 시퀀싱 시스템에서 후속 시퀀싱을 수행합니다.
DNA 가닥 합성 시 각 데옥시리보뉴클레오시드 트리포스페이트 혼입에서 방출되는 H+ 이온을 검출함으로써, 시스템은 반도체 소자로부터 포착된 화학적 신호(pH 변화)를 디지털 데이터를 직접 전달한다. , 이는 DNA 서열 정보로 더 해석된다. 고가의 광학 검출 및 복잡한 시퀀싱 반응에 대한 요구 사항을 제거한 이 간단한 시퀀싱 화학은 총 시약 비용을 줄이고 시퀀싱 실행 시간을 2-4시간16시간으로단축합니다. 더 중요한 것은 제조업체의 성능 사양에 따라 반도체 시퀀싱 플랫폼은 실행당 최대 15GB 의 시퀀싱 데이터(라이브러리 품질에 따라 다름)를 생성할 수 있으며, 이는 다른 시퀀서보다 훨씬 높다는 것입니다. 약 3-4GB 데이터(2 x 75bp 읽기 길이)만 생성합니다17. PGT-A의 임상 적용에서 이 플랫폼은 칩당 24개의 샘플을 생성하여 최대 8,000만 개의 읽기17개 및 각 샘플의 최소 100만 개의 고유 판독을 달성할 수 있습니다. 판독 깊이는 각 샘플이 적어도 0.05x 전체 게놈 커버리지를 가지고 있는지 확인할 수 있습니다. 이 플랫폼의 위의 장점은 이상적인 스크리닝 방법을 만들어 PGT-A18의광범위한 응용 프로그램을 용이하게합니다.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>PCR tubes, 0.2 mL</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>PCR-02D-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure 0.5M EDTA, pH 8.0</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>15575020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS, pH 7.4, Ca2+ and Mg2+ free</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.0 M NaOH (1.0N) solution</td>
			<td>SIGMA-ALDRICH</td>
			<td>S2567</td>
			<td>For Melt-off solution. Molecular grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf LoBind Tubes, 1.5 mL</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-698-791</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ELGA PURELAB Flex 3 Water Purification System or 
			Equivalent 18 M&#937; water system</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4474524</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Amplification buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Amplification enzyme</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Amplification Plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>In kit: Ion OneTouch 2 Supplies (Part No. A26367). Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Annealing Buffer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MyOne Beads Capture Solution</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 2100 Bioanalyzer instrument</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939AA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Breaking Solution (black cap)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>In kit: Ion PI Hi&#8209;Q OT2 Solutions 200 (Part No. A26429). Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>65001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Cell extraction buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-00.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Cell extraction enzyme</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Chip Kit v3</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26771</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Chip Minifuge, 230 V</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4479673</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dATP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dCTP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dGTP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermoQ&#8211;Temperature Dry Bath</td>
			<td>TAMAR</td>
			<td>HB-T2-A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0348L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0348L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dTTP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch 2 Instrument</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>INS1005527</td>
			<td>ThermoFisher Catalog number: 4474778.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion One Touch ES</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>8441-22</td>
			<td>ThermoFisher Catalog number: 4469495. Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>SIGMA-ALDRICH</td>
			<td>51976</td>
			<td>This can be replaced by any brand&#39;s molecular grade absolute ethanol.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Extraction enzyme dilution buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-01.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Extraction enzyme dilution buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-02.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 3.0 Fluorometer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>Q33216</td>
			<td>This model has been replaced by Qubit 4 Fluorometer, Catalog number: Q33226.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit ds DNA HS Assay kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>M2002-02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Assay Tubes</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>Q32856</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Foaming Solution</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Index for barcoding of libraries</td>
			<td>BaseCare</td>
			<td></td>
			<td>this is a in-house prepared index. Users can buy commercial product from ThermoFisher Ion Xpress Barcode Adapters Kits (Cat. No. 4474517)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Loading Buffer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Solid(TM) Buffer Kit-1X Low TE Buffer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4389764</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agencour AMPure XP Kit</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63880</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag-2 magnet (magnetic rack)</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Master Mix PCR buffer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend Micro 17 Microcentrifuge</td>
			<td>Micro 17</td>
			<td>75002430</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-free water</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td><a href="https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AM9922">AM9922</a></td>
			<td>This can be replaced by other brand.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Nuclease-free water</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Oil bottle</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q OT2 Solutions 200 (Part No. A26429). Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>double-strand DNA standard</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>This is a in-house prepared DNA standard for calibration of Qubit before quantification of library.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Preamplification buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Preamplification enzyme</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Library Amplification Primer Mix</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Reaction Filter</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recovery Router</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recovery Tubes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ISP Resuspension Solution</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Proton</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>DA8600</td>
			<td>This model is imported by Da An Gene Co.,LTD. of Sun Yat-Sen University from ThermoFisher and has been certified by China Food and Drug Administration for clinical application. The catalog number in ThermoFisher is 4476610.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q Sequencing Polymerase</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Sequencing Primer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>server for sequencer</td>
			<td>Lenovo</td>
			<td>T260</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Sphere Particles</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Platinum PCR SuperMix High Fidelity</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nalgene 25mm Syringe Filters</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>724-2045</td>
			<td>Pore size: 0.45&#956;m. Specifically for aqueous fluids.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q W2 Solution</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI 1X W3 Solution</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Wash Solution C1</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Ion PGM Hi&#8209;Q View Sequencing Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A30044</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi-Q Sequencing 200 Kit (1 sequencing run per initialization)</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q OT2 200 Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26434</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

semiconductor sequencing for preimplantation genetic testing for aneuploidy

염색체 이수성, 배아 발달 체포, 이식 실패, 또는 임신 손실로 이끌어 내는 주요 원인의 한개는, 인간 적인 태아에서 잘 문서화되었습니다. 이수성 (PGT-A)에 대한 착상 전 유전자 검사는 배아의 염색체 이상을 검출하여 생식 결과를 크게 향상시키는 유전자 검사입니다. 차세대 염기서열 분석(NGS)은 유전자 분석을 위한 높은 처리량과 비용 효율적인 접근 방식을 제공하며 PGT-A에서 임상 적용가능성을 보여주었습니다. 여기서, 우리는 배아에서 이수성 의 스크리닝을 위한 신속하고 저비용 반도체 염기서열 NGS 방법을 제시한다. 워크플로우의 첫 번째 단계는 생검된 배아 시편의 전체 게놈 증폭(WGA)이며, 그 다음에는 시퀀싱 라이브러리의 시딩 및 반도체 시퀀싱 시스템의 후속 시퀀싱이 뒤따릅니다. 일반적으로 PGT-A 애플리케이션의 경우 각 칩에 24개의 샘플을 로드하고 시퀀싱하여 150개의 기본 쌍의 평균 판독 길이에서 60-8000만 개의 판독을 생성할 수 있습니다. 이 방법은 시퀀싱 라이브러리의 템플릿 증폭 및 보강을 수행하기 위한 정교한 프로토콜을 제공하여 PGT-A 감지를 재현 가능, 높은 처리량, 비용 효율적이고 시간 절약으로 만듭니다. 이 반도체 시퀀서의 실행 시간은 2-4 시간이며 샘플 수신에서 보고서 발행까지 소요 시간이 5 일로 단축됩니다. 이 모든 이점은 이 분석법을 배아에서 염색체 이수성을 검출하고, 따라서 PGT-A에 있는 그것의 넓은 응용을 촉진하는 이상적인 방법합니다.

이 수정된 프로토콜에 기초하여, 반도체 염기서열 분석 플랫폼은 처음으로 PGT-A에 적용되었다. 우리는 분열 단계 배반및 배반포 단계 태아 둘 다에서 생검에 시험했습니다. 생검 된 세포는 DNA의 저하를 방지하기 위해 가능한 한 빨리 WGA를 겪는 것이 좋습니다. 이전 연구는 상이한 WGA 방법의 성능을 비교하고 우리가 여기서 설명한 방법은 100 KB20의빈 크기?...

Watch this Scientific Journal Video about Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy at JoVE.com

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

여기서는 짧은 처리 시간, 낮은 비용 및 높은 처리량의 장점을 가진 이수성 (PGT-A)에 대한 착상 전 유전자 검사를위한 반도체 염기서열 분석 방법을 소개합니다.

이류성 에 대한 착상 전 유전자 검사를위한 반도체 시퀀싱

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

우리가 여기에서 제시하는 프로토콜은 배아에 있는 무분비의 검열을 위한 신속하고 저가적인 반도체, 시퀀싱 기지를 둔 방법입니다. 템플릿 증폭을 수행하기 위한 정제 프로토콜과 시퀀싱 라이브러리의 배열로 인해 PGTA 감지를 재현가능하고 높은 처리량, 비용 효율적이고 시간 절약할 수 있습니다. 이 반도체 시퀀서의 런타임은 2~4시간밖에 되지 않습니다.샘플 수신에서 보고서 발급까지 소요 시간을 5일로 단축합니다. 이 방법은 무분비 선별, 복사 번호 변형 및 단일 뉴클레오티드 다형성 호출을 위한 게놈 시퀀싱을 제공한다. 다른 시퀀싱 화학으로 인해 이 프로토콜에 의해 준비된 라이브러리는 다른 시퀀싱 시스템에서 직접 시퀀싱할 수 없습니다.그러나 동일한 시퀀서이지만 다른 라이브러리 준비는 비침습적 산전 검사를 할 수 있습니다. 절차를 시연하는 것은 우리의 실험실에서 기술자 인 샹춘 궈 (Xiangchun Guo)가 될 것입니다. 시퀀싱을 시작하려면 각 라이브러리를 희석하고 매번 3초 동안 미니 원심분리기에서 4회 회전합니다.그런 다음 각 라이브러리의 5 개의 마이크로 리터를 가져 가서 핵이없는 1 점 5 밀리리터 튜브로 풀을 짜십시오. 혼합 된 라이브러리를 소용돌이하고 3 초 동안 미니 원심 분리기를 잠시 회전시합니다. 두 개의 새로운 복구 튜브에 150 마이크로리터를 브레이킹 솔루션에 추가합니다.새로운 복구 튜브, 복구 라우터 및 증폭 플레이트를 설치합니다. 오일 병을 세 번 반전시켜 섞는다. 오일 및 복구 솔루션이 모두 3분의 2 이상 가득 차 있는지 확인합니다.마스터 믹스 PCR 버퍼를 30초 동안 소용돌이쳐 미니 원심분리기에서 3초 간 간략하게 회전합니다. 구 입자와 혼합 라이브러리를 1분 동안 소용돌이쳐 미니 원심분리기에서 3초 간 간략하게 회전합니다. 다음으로, 2400 마이크로리터 결찰 믹스를 준비하여, 뉴클레아제 없는 물 172마이크로리터, 혼합 라이브러리의 8마이크로리터, 효소 믹스의 120마이크로리터, 구입자의 100마이크로리터를 마스터 믹스 PCR 버퍼의 2000 마이크로리터를 함유하는 튜브에 첨가하여 제조한다.파이펫을 800 마이크로리터로 설정하고 샘플 포트를 통해 반응 필터에 계합 믹스를 로드합니다. 오일 병을 세 번 반전시키고 P1000 파이펫을 사용하여 반응 필터에 반응 오일의 200 마이크로리터를 추가합니다. 프로그램 Proton을 선택한 다음 보조 버튼을 선택하여 모니터의 지침을 따라 장치가 올바르게 설정되었는지 확인합니다.그런 다음 다음을 클릭하여 프로그램을 시작합니다. 에멀젼 PCR 제품 샘플 100마이크로리터, 세척된 구슬 130마이크로리터, ES 세척 용액 300마이크로리터, 용융용 300마이크로리터를 8개의 튜브 스트립에 적재한다. 8개의 튜브 스트립을 농축 시스템에 배치합니다.파이펫 팁과 새로운 제로 포인트 2 밀리 리터 튜브를 설치하고 프로그램을 시작합니다. 원심 분리는 5 분 동안 15, 500 배 G에서 제로 포인트 2 밀리리터 튜브. 상체를 버리고 농축 제품의 10 마이크로리터를 유지하십시오.200 마이크로리터의 뉴클레아제 없는 물을 튜브에 넣고 소용돌이에 섞습니다. 원심 분리제로 2 밀리리터 튜브를 다시 원심 분리합니다. 상체를 버리고 농축 제품의 10 마이크로 리터를 유지하십시오.90 마이크로리터의 뉴클레아제 없는 물을 튜브에 넣고 소용돌이에 섞습니다. 템플릿을 준비하려면 양수 컨트롤을 소용돌이쳐 간략하게 회전합니다. 농축 제품의 100 마이크로리터에 양수 제어의 5 마이크로리터를 추가합니다.소용돌이와 원심분리기는 15, 500배 G로 5분간. 상체를 버리고 템플릿의 마이크로리터 10을 유지합니다. 다음으로, 시퀀싱 프라이머의 마이크로리터 20개, 어닐링 버퍼 15마이크로리터를 템플릿 튜브에 추가합니다.튜브를 소용돌이쳐 미니 원심분리기에서 3초 간 간단히 회전합니다. 가열 된 뚜껑열 사이클러에 튜브를 배양. 그런 다음 튜브에 로딩 버퍼의 마이크로리터 10을 추가합니다.위아래로 파이프를 통해 섞는다. 시료 55마이크로리터를 위아래로 피펫팅하여 혼합하여 샘플을 칩의 하중 우물에 로드합니다. 사용된 파이펫 팁과 제로 포인트 2 밀리리터 PCR 튜브를 유지합니다.일부 샘플이 칩에 들어갈 때 칩을 칩 미니 원심분리기에 놓습니다. 위치를 확인하고 칩을 원심분리기를 10분 동안 확인합니다. 500 마이크로리터의 아닐링 버퍼와 500마이크로리터의 뉴클레아제 프리 워터를 1점 5밀리리터 튜브에 추가하여 50% 아닐링 버퍼를 준비합니다.1점 5밀리리터 튜브에 100%2프로판올의 500마이크로리터와 500마이크로리터를 추가하여 플러싱 솔루션을 준비합니다. 이어서, 발포 혼합물을 준비하여, 50%의 안어 버퍼의 49마이크로리터와 발포용액 1개를 2개의 새로운 1점 5밀리리터 튜브에 첨가하였다. 파이펫 공기는 발포 혼합물 중 하나에 공기를 넣고, 거품의 120 마이크로리터를 하중에 잘 적재합니다.출구에서 잘 배출된 액체를 잘 로딩으로 옮기고 칩 미니 원심분리기에서 30초 동안 칩을 원심분리합니다. 제2 발포 혼합물에 대한 과정을 반복합니다. 50% 아닐링 버퍼55마이크로리터를 제로포인트 2밀리리터 튜브에 넣습니다.유지 된 파이펫 팁을 사용하여 위아래로 파이펫을 사용합니다. 어닐링 버퍼의 55마이크로리터를 모두 적재에 잘 로드합니다. 지정된 칩 미니 원심분리기에서 칩을 30초 동안 원심분리합니다.플러싱 용액 100마이크로리터를 칩 로딩에 잘 적재하고 출구에서 배출된 액체를 잘 폐기합니다. 이 로딩 단계를 한 번 반복합니다. 50% 아닐링 버퍼의 100 마이크로리터를 칩 로딩에 잘 넣습니다.총 세 번이 로드 단계를 반복합니다. 50% 아닐링 버퍼60 마이크로리터와 시퀀싱 효소 6개를 새로운 1점 5밀리리터 튜브에 넣습니다. 위아래로 파이프를 통해 섞는다.이 혼합 용액의 65 마이크로리터를 칩 로딩에 천천히 파이펫하여 거품을 피합니다. 칩을 빛으로부터 멀리 하고 실온에서 5분간 배양하십시오. 마지막으로 인큐베이션 후 칩을 시퀀서에 즉시 로드하고 화면에서 시퀀싱 실행 시작을 클릭하여 시퀀싱을 시작합니다.186개의 분열 단계와 1135개의 배반성 단계 배아에 대한 회고적 통계 분석은 두 가지 유형의 샘플모두에서 95% WGA 성공률이상을 초래했습니다. 시퀀싱 품질 관리 실패율은 분열 단계 그룹에서 3.4%, 배반구 단계 그룹에서는 1.9%에 불과했습니다. 분석 외에도 시퀀싱 데이터는 다른 분석에 사용할 수 있습니다.예를 들어, 시퀀싱 깊이 및 품질에 따라 5메가베이스 미만의 크기 또는 mycondrial DNA 분석을 가진 숫자 변형을 복사합니다. 복사 번호 호출의 개선으로, 연구원은 인간 초기 단계 배아에 있는 염색체 모자이즘의 미래를 더 조사할 수 있습니다.

Research

JoVE Journal

Genetics

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

환자 조직에 대한 메틸 결합 DNA 캡처 시퀀싱

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

연구

유전학

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

단일 셀 시퀀싱을 사용하여 복사 번호 수선의 검출

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

네이티브 Chromatin Immunoprecipitation Nucleosome 밀도 분석을 위한 라이브러리를 시퀀싱의 세대

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

다음-세대 시퀀싱과 생물 정보학 파이프라인 헌법 질병의 유전 결정 요인 평가 대상

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing

드문 이벤트 감지 오류 수정 DNA와 RNA 시퀀싱을 사용 하 여

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been ...

Ultralow Input Genome Sequencing Library Preparation from a Single Tardigrade Specimen

Ultralow 입력된 게놈 시퀀싱 단일 Tardigrade 견본에서 라이브러리 준비

Tardigrades are microscopic animals that enter an ametabolic state called anhydrobiosis when facing desiccation and can return to their original state ...

Amplification of Near Full-length HIV-1 Proviruses for Next-Generation Sequencing

다음-세대 시퀀싱에 대 한 전체 길이 HIV-1 Proviruses 근처의 증폭

The Full-Length Individual Proviral Sequencing (FLIPS) assay is an efficient and high-throughput method designed to amplify and sequence single, near ...

A Deep-sequencing-assisted, Spontaneous Suppressor Screen in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe

A Deep-sequencing-assisted, Spontaneous Suppressor Screen in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe

분열 효 모 Schizosaccharomyces pombe 에 깊은 시퀀싱 지원, 자발적인 억압 화면

A genetic screen for mutant alleles that suppress phenotypic defects caused by a mutation is a powerful approach to identify genes that belong to closely ...

Pooled CRISPR-Based Genetic Screens in Mammalian Cells

포유류 세포에 있는 풀린 CRISPR 기지를 둔 유전 스크린

Genome editing using the CRISPR-Cas system has vastly advanced the ability to precisely edit the genomes of various organisms. In the context of mammalian ...

Universal and Efficient Electroporation Protocol for Genetic Engineering of Gastrointestinal Organoids

위장 유기 체의 유전 공학에 대 한 보편적이 고 효율적인 전기 기광 프로토콜

Electroporation is a common method for transfection with different kinds of molecules by electrical permeabilization of the plasma membrane. With the ...