Name: semiconductor sequencing for preimplantation genetic testing for aneuploidy
Uploaded: 2019-08-25T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy at JoVE.com

Bu çalışma Hong Kong, Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (Ref No. 81860272), Guangxi İl Bilim ve Teknoloji Vakfı (Ref No) Büyük Araştırma Planı Genel Araştırma Fonu (Ref No. 14162417) tarafından desteklenmiştir. AB16380219) ve Çin Doktora Sonrası Bilim Vakfı Hibe (Ref No. 2018M630993) Çin.

Etik onay, Hong Kong Ortak Çin Üniversitesi―Yeni Bölgeler Doğu Küme Klinik Araştırma Etik Komitesi (Referans Numarası: 2010.432) tarafından verilmiştir. Araştırma lisansı Hong Kong İnsan Üreme Teknolojisi Konseyi (Sayı R3004) tarafından onaylanmıştır.
1. Tüm genom amplifikasyonu
<ol><li>Başlamadan önce, her numune için enaz 135 μL (%20 fazlalık) olduğundan emin olmak için manyetik boncukların (Malzeme Tablosu) hacmini kontrol edin. Manyetik bon...

<ol>
	<li>Balaban, B., Urman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+oocyte+morphology+on+embryo+development+and+implantation.">Effect of oocyte morphology on embryo development and implantation.</a> Reproductive BioMedicine Online. 12 (5), 608-615 (2006).</li><li>Capalbo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Correlation+between+standard+blastocyst+morphology,+euploidy+and+implantation:+An+observational+study+in+two+centers+involving+956+screened+blastocysts.">Correlation between standard blastocyst morphology, euploidy and implantation: An observational study in two centers involving 956 screened blastocysts.</a> Human Reproduction. 29 (6), 1173-1181 (2014).</li><li>Magli, M. C., Gianaroli, L., Ferraretti, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosomal+abnormalities+in+embryos.">Chromosomal abnormalities in embryos.</a> Molecular and Cellular Endocrinology. 183, 29-34 (2001).</li><li>Trussler, J. L., Pickering, S. J., Ogilvie, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+chromosomal+imbalance+in+human+embryos+using+comparative+genomic+hybridization.">Investigation of chromosomal imbalance in human embryos using comparative genomic hybridization.</a> Reproductive BioMedicine Online. 8 (6), 701-711 (2004).</li><li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytogenetic+analysis+of+human+blastocysts+with+the+use+of+FISH,+CGH+and+aCGH:+Scientific+data+and+technical+evaluation.">Cytogenetic analysis of human blastocysts with the use of FISH, CGH and aCGH: Scientific data and technical evaluation.</a> Human Reproduction. 26 (2), 480-490 (2011).</li><li>Calhaz-Jorge, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assisted+reproductive+technology+in+Europe,+2013:+Results+generated+from+European+registers+by+ESHRE.">Assisted reproductive technology in Europe, 2013: Results generated from European registers by ESHRE.</a> Human Reproduction. 32 (10), 1957-1973 (2017).</li><li>Dyer, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=International+committee+for+monitoring+assisted+reproductive+technologies+world+report:+Assisted+reproductive+technology+2008,+2009+and+2010.">International committee for monitoring assisted reproductive technologies world report: Assisted reproductive technology 2008, 2009 and 2010.</a> Human Reproduction. 31 (7), 1588-1609 (2008).</li><li>Dahdouh, E. M., Balayla, J., Garc&#237;a-Velasco, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+chromosome+screening+improves+embryo+selection:+A+meta-analysis.">Comprehensive chromosome screening improves embryo selection: A meta-analysis.</a> Fertility and Sterility. 104 (6), 1503-1512 (2015).</li><li>Chen, M., Wei, S., Hu, J., Quan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Can+Comprehensive+Chromosome+Screening+Technology+Improve+IVF/ICSI+Outcomes?+A+Meta-Analysis.">Can Comprehensive Chromosome Screening Technology Improve IVF/ICSI Outcomes? A Meta-Analysis.</a> PloS One. 10 (10), e0140779 (2015).</li><li>Northrop, L. E., Treff, N. R., Levy, B., Scott, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+microarray-based+24+chromosome+aneuploidy+screening+demonstrates+that+cleavage-stage+FISH+poorly+predicts+aneuploidy+in+embryos+that+develop+to+morphologically+normal+blastocysts.">SNP microarray-based 24 chromosome aneuploidy screening demonstrates that cleavage-stage FISH poorly predicts aneuploidy in embryos that develop to morphologically normal blastocysts.</a> Molecular Human Reproduction. 16 (8), 590-600 (2010).</li><li>Barbash-Hazan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preimplantation+aneuploid+embryos+undergo+self-correction+in+correlation+with+their+developmental+potential.">Preimplantation aneuploid embryos undergo self-correction in correlation with their developmental potential.</a> Fertility and Sterility. 92 (3), 890-896 (2009).</li><li>Fragouli, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+cytogenetic+analysis+of+the+human+blastocyst+stage.">Comprehensive cytogenetic analysis of the human blastocyst stage.</a> Fertility and Sterility. 90 (11), S36 (2008).</li><li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+validation+of+a+next-generation+sequencing-based+protocol+for+24-chromosome+aneuploidy+screening+of+embryos.">Development and validation of a next-generation sequencing-based protocol for 24-chromosome aneuploidy screening of embryos.</a> Fertility and Sterility. 101 (5), 1375-1382 (2014).</li><li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+next-generation+sequencing+technology+for+comprehensive+aneuploidy+screening+of+blastocysts+in+clinical+preimplantation+genetic+screening+cycles.">Application of next-generation sequencing technology for comprehensive aneuploidy screening of blastocysts in clinical preimplantation genetic screening cycles.</a> Human Reproduction. 29 (12), 2802-2813 (2014).</li><li>Wells, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+utilisation+of+a+rapid+low-pass+whole+genome+sequencing+technique+for+the+diagnosis+of+aneuploidy+in+human+embryos+prior+to+implantation.">Clinical utilisation of a rapid low-pass whole genome sequencing technique for the diagnosis of aneuploidy in human embryos prior to implantation.</a> Journal of Medical Genetics. 51 (8), 553-562 (2014).</li><li>Quail, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tale+of+three+next+generation+sequencingplatforms:+comparison+of+Ion+Torrent,+PacificBiosciences+and+Illumina+MiSeq+sequencers.">A tale of three next generation sequencingplatforms: comparison of Ion Torrent, PacificBiosciences and Illumina MiSeq sequencers.</a> BMC Genomics. 13 (1), 1-13 (2012).</li><li>Goodwin, S., McPherson, J. D., McCombie, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coming+of+age:+ten+years+of+next-generation+sequencing+technologies.">Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies.</a> Nature Reviews Genetics. 17 (6), 333-351 (2016).</li><li>Bono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+a+semiconductor+next-generation+sequencing-based+protocol+for+preimplantation+genetic+diagnosis+of+reciprocal+translocations.">Validation of a semiconductor next-generation sequencing-based protocol for preimplantation genetic diagnosis of reciprocal translocations.</a> Prenatal Diagnosis. 35 (10), 938-944 (2015).</li><li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ESHRE+PGD+Consortium/Embryology+Special+Interest+Groupbest+practice+guidelines+for+polar+body+and+embryo+biopsy+for+preimplantation+genetic+diagnosis/screening+(PGD/PGS).">ESHRE PGD Consortium/Embryology Special Interest Groupbest practice guidelines for polar body and embryo biopsy for preimplantation genetic diagnosis/screening (PGD/PGS).</a> Human Reproduction. 26 (1), 41-46 (2011).</li><li>Liu, W. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+performance+of+MALBAC+and+MDA+methods+in+the+identification+of+concurrent+mutations+and+aneuploidy+screening+to+diagnose+beta-thalassaemia+disorders+at+the+single-+and+multiple-cell+levels.">The performance of MALBAC and MDA methods in the identification of concurrent mutations and aneuploidy screening to diagnose beta-thalassaemia disorders at the single- and multiple-cell levels.</a> Journal of Clinical Laboratory Analysis. 32 (2), 1-8 (2018).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+comparison+of+the+performance+of+four+whole+genome+amplification+kits+on+ion+proton+platform+in+copy+number+variation+detection.">The comparison of the performance of four whole genome amplification kits on ion proton platform in copy number variation detection.</a> Bioscience Reports. 37 (4), BSR20170252 (2017).</li><li>Munn&#233;, S., Grifo, J., Wells, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mosaicism:+&#8220;survival+of+the+fittest&#8221;+versus+&#8220;no+embryo+left+behind&#8221;.">Mosaicism: &#8220;survival of the fittest&#8221; versus &#8220;no embryo left behind&#8221;.</a> Fertility and Sterility. 105 (5), 1146-1149 (2016).</li><li>Del Carmen Nogales, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Type+of+chromosome+abnormality+affects+embryo+morphology+dynamics.">Type of chromosome abnormality affects embryo morphology dynamics.</a> Fertility and Sterility. 107 (1), 229-235 (2017).</li><li>Harton, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ESHRE+PGD+consortium+best+practice+guidelines+for+amplification-based+PGD.">ESHRE PGD consortium best practice guidelines for amplification-based PGD.</a> Human Reproduction. 26 (1), 33-40 (2011).</li><li>Deleye, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shallow+whole+genome+sequencing+is+well+suited+for+the+detection+of+chromosomal+aberrations+in+human+blastocysts.">Shallow whole genome sequencing is well suited for the detection of chromosomal aberrations in human blastocysts.</a> Fertility and Sterility. 104 (5), 1276-1285 (2015).</li><li>Bielanska, M., Tan, S. L., Ao, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosomal+mosaicism+throughout+human+preimplantation+development+in+vitro:+incidence,+type,+and+relevance+to+embryo+outcome.">Chromosomal mosaicism throughout human preimplantation development in vitro: incidence, type, and relevance to embryo outcome.</a> Human Reproduction. 17 (2), 413-419 (2002).</li><li>Treff, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+targeted+next-generation+sequencing-based+preimplantation+genetic+diagnosis+of+monogenic+disease.">Evaluation of targeted next-generation sequencing-based preimplantation genetic diagnosis of monogenic disease.</a> Fertility and Sterility. 99 (5), 1377-1384 (2013).</li></ol>

Diğer sıralama kimyalarından farklı olarak, burada açıklanan sıralayıcı nükleotitlerin tespiti için yarı iletken kullanır. Çipin kendisi polimeraz tahrikli baz birleşme17ile hidrojen iyonlarını algılayan elektronik bir cihazdır, bu da Proton programının 2−4 saat sıralama süresini sağlar. Ayrıca, çip diğer sıralayıcı sağlayıcıları tarafından akış hücresi sıralama kimyası farklı bir hedef molekül, lokalizasyonu sağlayan bir microwell çip. Bu protokol, PG...

Yardımlı üreme transferi için normal kromozom kopya numaraları (euploid) ile kaliteli canlı embriyoların seçilmesi gebelik sonuçlarını iyileştirmeye yardımcı olur. Geleneksel olarak, köklü morfolojik derecelendirme sistemi yaygın kolay kullanılabilirliği ve non-invaziv doğası nedeniyle embriyo değerlendirme için kullanılır. Ancak, morfolojik değerlendirmenin sadece embriyo kalitesi1 ve implantasyon potansiyeli2hakkında sınırlı bilgi sağlayabileceği gösterilmiştir. Bir temel nedeni embriyoların kromozom bileşimi değerlendirilmesinde yetersizlik olduğunu.
Kromozom alofoidi (kromozomların anormal kopya sayısı) embriyonik gelişim durmasına, implantasyon yetmezliğine veya gebelik kaybına yol açan başlıca nedenlerden biridir. Aneuploidin in oluşumu insan embriyolarında iyi belgelenmiştir, dekolte evresi embriyolarda %60−%70,blastosistlerde %3,4 ve %50−%60'ı blastosistlerde%50-60'dır. Bu, bir dereceye kadar, yaklaşık% 35−40%6,7korumuştur in-vitro fertilizasyon (IVF) tedavisi, gebelik oranının iyileştirilmesinde darboğaz katkıda bulunmuştur. Bu nedenle, transfer için euploid embriyoların seçilmesi gebelik sonuçlarını iyileştirmek için yararlı olduğuna inanılmaktadır. Bu amaçla, aneuploidi için preimplantasyon genetik test (PGT-A) daha genetik yaklaşımlar kullanılarak embriyo canlılığı araştırmak için geliştirilmiştir. PGT-A'nın önemli rolünü destekleyen randomize kontrollü çalışmalar ve kohort çalışmaları giderek artmaktadır. PGT-A uygulamasının düşük oranını azalttığı ve klinik gebelik oranını ve implantasyon oranını artırdığı kanıtlanmıştır8, devam eden gebelik oranı ve canlı doğum oranı9.
Tarihsel olarak PGT-A'da floresan in situ hibridizasyon (FISH), karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH), dizi-CGH ve tek nükleotid polimorfizm (SNP)-mikrodizi gibi farklı yöntemler uygulanmıştır. Daha önceki çalışmalar, FISH tarafından dekolte evresi embriyoları için PGT-A'nın 59273array-CGH veya SNP-microarray5927310. Bu tutarsızlıklar kromozom mozaisiliğine, FISH teknik eserlerine veya gelişim sırasında kromozom elayrımı hatalarının embriyonik kendini düzeltmesine bağlanabilir11. Bu yaygın olarak dizi tabanlı PGT-A dizi-CGH veya SNP-mikrodizi için blastosist trophectoderm (TE) biyopsikullanarak embriyolarda kromozom dengesizliği tanımlamak için etkili olduğu kabul edilmiştir10,12. Son zamanlarda, tek hücreli yeni nesil sıralama (NGS) genetik analiz için yüksek iş ve maliyet-etkin bir yaklaşım sağlar ve PGT-A klinik uygulanabilirlik göstermiştir13,14,15, hangi bir yapmak şu anda mevcut yöntemlere umut verici bir alternatif.
Burada, insan embriyolarında aneuploidi taraması için hızlı, sağlam ve düşük maliyetli yarı iletken dizilime tabanlı NGS yöntemisi saiyoruz. İş akışının ilk adımı, biyopsi yapılan embriyo örneğinin tüm genom amplifikasyonu (WGA) olup, tek hücreli WGA kiti kullanılarak, ardından sıralama kütüphanesinin inşası ve ardından yarı iletken sıralama sistemi üzerinde sıralama dır.
DNA iplikçik sentezi sırasında her deoksiribonükleoside trifosfatdan salınan H+ iyonlarının tespit edilmesi yle sistem, yarı iletken elementler tarafından yakalanan kimyasal sinyalleri (pH değişimi) doğrudan dijital verilere aktarır. , daha fazla DNA dizisi bilgi olarak yorumlanır. Pahalı optik algılama ve karmaşık sıralama reaksiyonları gereksinimini ortadan kaldıran bu basit sıralama kimyası toplam reaktif maliyetini azaltır vesıralama çalışma süresini 2−4 saat 16'ya kadar kısaltır. Daha da önemlisi, üreticinin performans özelliklerine göre, yarı iletken sıralama platformu çalıştıran başına 15 GB'a kadar sıralama verisi (kitaplığın kalitesine bağlıdır) üretebilir ve bu da diğer sıralayıcılardan önemli ölçüde daha yüksektir. sadece yaklaşık 3−4 GB veri üreten (2 x 75 bp okuma uzunluğu ile)17. PGT-A'nın klinik uygulamalarında, bu platform 80 milyon adede kadar okuma17 ve her numunenin en az bir milyon benzersiz okuması üreten çip başına 24 örnek elde edebilir. Okuma derinliği, her numunenin en az 0,05x tüm genom kapsama alanına sahip olmasını sağlayabilir. Bu platformun yukarıdaki avantajları ideal bir tarama yöntemi yapmak ve böylece, PGT-A18geniş uygulamaları kolaylaştırmak.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>PCR tubes, 0.2 mL</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>PCR-02D-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure 0.5M EDTA, pH 8.0</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>15575020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS, pH 7.4, Ca2+ and Mg2+ free</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.0 M NaOH (1.0N) solution</td>
			<td>SIGMA-ALDRICH</td>
			<td>S2567</td>
			<td>For Melt-off solution. Molecular grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf LoBind Tubes, 1.5 mL</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-698-791</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ELGA PURELAB Flex 3 Water Purification System or 
			Equivalent 18 M&#937; water system</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4474524</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Amplification buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Amplification enzyme</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Amplification Plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>In kit: Ion OneTouch 2 Supplies (Part No. A26367). Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Annealing Buffer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MyOne Beads Capture Solution</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 2100 Bioanalyzer instrument</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939AA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Breaking Solution (black cap)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>In kit: Ion PI Hi&#8209;Q OT2 Solutions 200 (Part No. A26429). Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>65001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Cell extraction buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-00.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Cell extraction enzyme</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Chip Kit v3</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26771</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Chip Minifuge, 230 V</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4479673</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dATP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dCTP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dGTP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermoQ&#8211;Temperature Dry Bath</td>
			<td>TAMAR</td>
			<td>HB-T2-A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0348L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0348L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI dTTP</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch 2 Instrument</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>INS1005527</td>
			<td>ThermoFisher Catalog number: 4474778.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion One Touch ES</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>8441-22</td>
			<td>ThermoFisher Catalog number: 4469495. Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>SIGMA-ALDRICH</td>
			<td>51976</td>
			<td>This can be replaced by any brand&#39;s molecular grade absolute ethanol.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Extraction enzyme dilution buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-01.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Extraction enzyme dilution buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-02.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 3.0 Fluorometer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>Q33216</td>
			<td>This model has been replaced by Qubit 4 Fluorometer, Catalog number: Q33226.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit ds DNA HS Assay kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>M2002-02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Assay Tubes</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>Q32856</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Foaming Solution</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Index for barcoding of libraries</td>
			<td>BaseCare</td>
			<td></td>
			<td>this is a in-house prepared index. Users can buy commercial product from ThermoFisher Ion Xpress Barcode Adapters Kits (Cat. No. 4474517)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Loading Buffer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Solid(TM) Buffer Kit-1X Low TE Buffer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4389764</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agencour AMPure XP Kit</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63880</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag-2 magnet (magnetic rack)</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Master Mix PCR buffer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend Micro 17 Microcentrifuge</td>
			<td>Micro 17</td>
			<td>75002430</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-free water</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td><a href="https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AM9922">AM9922</a></td>
			<td>This can be replaced by other brand.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Nuclease-free water</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Oil bottle</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q OT2 Solutions 200 (Part No. A26429). Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>double-strand DNA standard</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>This is a in-house prepared DNA standard for calibration of Qubit before quantification of library.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Preamplification buffer</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Preamplification enzyme</td>
			<td>Rubicon Genomics</td>
			<td>R30050</td>
			<td>This can be replaced by SurePlex DNA Amplification System,catalog number: PR-40-415101-03.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Library Amplification Primer Mix</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Reaction Filter</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recovery Router</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recovery Tubes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ISP Resuspension Solution</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Proton</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>DA8600</td>
			<td>This model is imported by Da An Gene Co.,LTD. of Sun Yat-Sen University from ThermoFisher and has been certified by China Food and Drug Administration for clinical application. The catalog number in ThermoFisher is 4476610.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q Sequencing Polymerase</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Sequencing Primer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>server for sequencer</td>
			<td>Lenovo</td>
			<td>T260</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Sphere Particles</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Platinum PCR SuperMix High Fidelity</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nalgene 25mm Syringe Filters</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>724-2045</td>
			<td>Pore size: 0.45&#956;m. Specifically for aqueous fluids.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q W2 Solution</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI 1X W3 Solution</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion OneTouch Wash Solution C1</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Ion PGM Hi&#8209;Q View Sequencing Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A30044</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Plus Fragment Library Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>4471252</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi-Q Sequencing 200 Kit (1 sequencing run per initialization)</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26772</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi&#8209;Q OT2 200 Kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A26434</td>
			<td>Extended kit component in Sheet 5</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

semiconductor sequencing for preimplantation genetic testing for aneuploidy

Kromozomal aneuploi, embriyonik gelişim durmasına yol açan ana nedenlerinden biri, implantasyon yetmezliği, veya gebelik kaybı, iyi insan embriyolarında belgelenmiştir. Aneuploidi için preimplantasyon genetik test (PGT-A) önemli ölçüde embriyoların kromozomanomalileri tespit ederek üreme sonuçlarını iyileştirir genetik bir testtir. Yeni nesil sıralama (NGS) genetik analiz için yüksek iş artışı ve maliyet-etkin bir yaklaşım sağlar ve PGT-A klinik uygulanabilirlik göstermiştir. Burada embriyolarda aneuploidi taraması için hızlı ve düşük maliyetli yarı iletken dizilime tabanlı NGS yöntemini salıyoruz. İş akışının ilk adımı biyopsi yapılan embriyo örneğinin tüm genom amplifikasyonu (WGA) ve ardından sıralama kütüphanesinin inşası ve ardından yarı iletken sıralama sistemi üzerinde sıralamadır. Genellikle, bir PGT-A uygulaması için, ortalama okuma uzunluğu 150 baz çifti olan 60−80 milyon okuma üreten her yongaya 24 örnek yüklenebilir ve sıralanabilir. Yöntem, PGT-A algılamasını tekrarlanabilir, yüksek verimli, maliyet açısından verimli ve zaman tasarrufu sağlayan şablon amplifikasyonu ve sıralama kitaplığını zenginleştirme işlemi için zarif bir protokol sağlar. Bu yarı iletken sıralayıcının çalışma süresi sadece 2−4 saattir ve numune almaktan rapor verme süresini 5 güne kısaltır. Tüm bu avantajlar bu töşeyi, embriyolardan kromozomal aneuploidies tespit etmek ve böylece PGT-A geniş uygulama kolaylaştırmak için ideal bir yöntem yapmak.

Bu modifiye protokole dayanarak, yarı iletken sıralama platformu ilk kez PGT-A için uygulandı. Hem de dekolte-evre blastomerlerden biyopsiler ve blastosist evresi embriyoları üzerinde test ettik. Biyopsi yapılan hücrelerin DNA'nın bozulmasını önlemek için mümkün olan en kısa sürede WGA'ya tabi tutulması önerilmektedir. Bir önceki çalışmada farklı WGA yöntemlerinin performansı karşılaştırıldığında ve burada açıklanan yöntem 100 KB20</s...

Watch this Scientific Journal Video about Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy at JoVE.com

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

Burada, kısa dönüş süresi, düşük maliyet ve yüksek iş elde etme avantajları ile aneuploidy (PGT-A) için preimplantasyon genetik test için bir yarı iletken sıralama yöntemi sokulmaktadır.

Aneuploidi için Preimplantasyon Genetik Test için Yarı iletken Sıralama

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Burada sunduğumuz protokol, embriyolarda aneuploidin taranması için hızlı ve düşük maliyetli yarı iletken, sıralama tabanlı yöntemlerdir. Şablon amplifikasyonu gerçekleştirmek için geliştirilmiş protokol ve sıralama kitaplığı düzenlemeleri PGTA algılamayı yeniden dönüştürülebilir, yüksek iş elde etme, maliyet etkin ve zaman tasarrufu sağlar. Bu yarı iletken sıralayıcının çalışma süresi sadece 2-4 saattir.Örneklerin alınmasından rapor verme süresinin beş güne çıkarılması. Bu yöntem aneuploigrafi taraması, kopya numarası değişimi ve tek nükleotit polimorfizm aramaları için genom dizilimi sağlar. Farklı sıralama kimyası nedeniyle, bu protokol tarafından hazırlanan kütüphane doğrudan diğer sıralama sistemlerinde sıralanamaz.Ama aynı sıralayıcı, ama farklı kütüphane hazırlık, non invaziv prenatal tarama yapmak için yeteneğine sahiptir. Prosedürü gösteren Xiangchun Guo, laboratuarımızdan bir teknisyen olacak. Sıralamaya başlamak için, girdap her seyreltilmiş kütüphane ve kısaca üç saniye her zaman için mini santrifüj üzerinde dört kez spin.Sonra, her kütüphanenin beş mikrolitre almak, çekirdeksiz içine havuz, bir nokta beş mililitre tüp. Girdap karışık kütüphane ve kısaca üç saniye için bir mini santrifüj üzerinde spin. İki yeni kurtarma tüpüne 150 mikrolitre kırma çözeltisi ekleyin.Yeni kurtarma tüplerini, kurtarma yönlendiricisini ve amplifikasyon plakasını töyikurun. Yağ şişesini üç kez ters çevirerek karıştırın. Hem yağ hem de geri kazanım çözeltisinin en az üçte ikisinin dolu olduğundan emin olun.Vortex ana karışımı PCR tampon 30 saniye ve kısaca üç saniye için bir mini santrifüj üzerinde spin. Girdap küre parçacıkları ve bir dakika için karışık kütüphane ve kısaca üç saniye için bir mini santrifüj üzerinde spin. Daha sonra, 172 mikrolitre nükleaz içermeyen su, karışık kütüphanenin sekiz mikrolitresi, enzim karışımının 120 mikrolitresi ve küre parçacıklarının 100 mikrolitresini ana karışım PCR tamponunun 2000 mikrolitresini içeren tüpe ekleyerek 2400 mikrolitrelik bir ligasyon karışımı hazırlayın.Bir pipeti 800 mikrolitreye ayarlayın ve ligasyon karışımını numune portundan reaksiyon filtresine yükleyin. Yağ şişesini üç kez ters çevirin ve reaksiyon filtresine 200 mikrolitre reaksiyon yağı eklemek için P1000 pipeti kullanın. Program Proton'u seçin ve monitördeki talimatları izleyerek aygıtın doğru şekilde ayarlandığından emin olmak için destekli düğmeyi seçin.Ardından programı başlatmak için İleri'yi tıklatın. Emülsiyon PCR ürün numunesinin 100 mikrolitresini, yıkanmış boncukların 130 mikrolitresini, ES yıkama çözeltisinin 300 mikrolitresini ve erime çözeltisinin 300 mikrolitresini sekiz tüp şeridine yükleyin. Zenginleştirme sistemi üzerine sekiz tüp şerit yerleştirin.Bir pipet ucu ve yeni bir sıfır noktası iki mililitretüp yükleyin ve programı başlatın. Sıfır noktası iki mililitrelik tüpü 15, 500 kez G'yi beş dakika lığına santrifüj edin. Supernatant atın ve zenginleştirme ürünü on mikrolitre tutun.Tüpe 200 mikrolitre nükleaz içermeyen su ekleyin ve girdap ile karıştırın. Sıfır noktası iki mililitrelik tüpü tekrar santrifüj edin. Supernatant atın ve zenginleştirme ürünü 10 mikrolitre tutun.Tüpe 90 mikrolitre nükleaz içermeyen su ekleyin ve girdap ile karıştırın. Şablonu hazırlamak için, pozitif kontrolü girdap ve kısa bir süre spin. Zenginleştirme ürününün 100 mikrolitresine beş mikrolitre pozitif kontrol ekleyin.Girdap ve santrifüj 15, 500 kez G beş dakika. Supernatant atın ve şablonun 10 mikrolitre tutun. Ardından, şablon tüpüne sıralama astarının 20 mikrolitresini ve 15 mikrolitre annealing arabelleği ekleyin.Tüp girdap ve kısa bir süre üç saniye için bir mini santrifüj üzerinde spin. Tüpü ısıtılmış kapaklı bir termal döngüiçinde kuluçkaya yatırın. Daha sonra tüpyükleme tampon 10 mikrolitre ekleyin.Yukarı ve aşağı boru lar karıştırarak karıştırın. 55 mikrolitre numuneyi yukarı ve aşağı borularla karıştırın ve numuneyi çipin yükleme kuyusuna yükleyin. Kullanılan pipet ucunu ve sıfır noktası iki mililitre PCR tüp tutun.Bazı numune çipe girdiğinde çipi mini santrifüjün üzerine yerleştirin. Pozisyonunu kontrol edin ve çipi 10 dakika santrifüj edin. Bir nokta beş mililitrelik tüp içine 500 mikrolitre tavustampon ve 500 mikrolitre nükleaz içermeyen su ekleyerek %50 annealing tamponu hazırlayın.Bir nokta beş mililitrelik tüp içine 500 mikrolitre annealing tampon ve % 100 2-propanol 500 mikrolitre ekleyerek, yıkama çözeltisi hazırlayın. Daha sonra, iki yeni bir nokta beş mililitre tüpler için% 50 annealing tampon ve köpük çözeltisi bir mikrolitre 49 mikrolitre ekleyerek, köpük karışımı hazırlayın. Pipet havaköpük karışımlarından birine, ve yükleme kuyusu içine kabarcıklar 120 mikrolitre yükleyin.Aşırı çıkarılan sıvıyı çıkış kuyusu yükleme kuyuya aktarın ve çipi mini santrifüjüzerinde 30 saniye santrifüj edin. İkinci köpük karışımı için işlemi tekrarlayın. Sıfır noktasında tutulan iki mililitrelik tüp e%50'lik tamponun 55 mikrolitresini ekleyin.Pipet yukarı ve aşağı için tutulan pipet ucunu kullanın. Ekleyici tamponun 55 mikrolitresinin tümlerini yükleme kuyuya yükleyin. Belirlenen çip mini santrifüj üzerinde 30 saniye boyunca çip santrifüj.Yıkama çözeltisinin 100 mikrolitresini iyi yüklenen yongaya yükleyin ve çıkarılan sıvıyı çıkış kuyunundan atın. Bu yükleme adımLarını bir kez tekrarlayın. %50'lik tamponun 100 mikrolitresini talaş yükleme kuyuya yükleyin.Bu yükleme adımını toplam üç kez tekrarlayın. Yeni bir nokta beş mililitre tüp içine% 50 annealing tampon ve sıralama enzimaltı mikrolitre 60 mikrolitre ekleyin. Yukarı ve aşağı boru lar karıştırarak karıştırın.Yavaş yavaş pipet 65 mikrolitre bu karışık çözeltiyi yongaya iyi yükleyerek kabarcıklardan kaçınArak. Çipi ışıktan uzak tutun ve oda sıcaklığında beş dakika kuluçkaya yatırın. Son olarak, kuluçkadan sonra, fişi hemen sıralayıcıya yükleyin ve sıralamaya başlamak için ekranda Sıralama Çalıştır'ı başlat'ı tıklatın.186 dekolte evresi ve 1135 blastosist evre embriyoları üzerinde retrospektif istatistiksel analiz her iki tip örnekte de %95'in üzerinde WGA başarı oranı ile sonuçlandı. Sıralama kalite kontrol başarısızlık oranları dekolte evre grubunda %3.4, blastosist evre grubunda ise sadece %1.9 idi. Aneuploidi yanında, sıralama verileri diğer analizler için kullanılabilir.Örneğin, sıralama derinliğine ve kalitesine bağlı olarak, beş megabazdan daha küçük bir boyuta veya mycondrial DNA analizine sahip kopya numarası varyasyonları. Kopya numarası aramasındaki iyileşme ile araştırmacılar, insan erken evre embriyolarında kromozommozizmin geleceğini daha da araştırabilirler.

Research

JoVE Journal

Genetics

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

Hasta Dokularda metil-bağlayıcı DNA yakalama Dizi

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

Tek Hücre sıralama kullanarak Kopya sayısı Değişmeler Algılama

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Nucleosome yoğunluk analiz için kitaplıklarına sıralama yerli Kromatin Immunoprecipitation nesil

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

Hedef yeni nesil sıralama ve Biyoinformatik boru hattı anayasal hastalığı genetik belirleyicileri değerlendirmek için

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing

Nadiren de olsa algılama hatası düzeltildi DNA ve RNA sıralama

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been ...

Ultralow Input Genome Sequencing Library Preparation from a Single Tardigrade Specimen

Ultralow giriş genom Kütüphane hazırlık bir tek Tardigrade örnekten sıralama

Tardigrades are microscopic animals that enter an ametabolic state called anhydrobiosis when facing desiccation and can return to their original state ...

Amplification of Near Full-length HIV-1 Proviruses for Next-Generation Sequencing

Amplifikasyon tam uzunlukta HIV-1 Proviruses yakınındaki yeni nesil sıralama için

The Full-Length Individual Proviral Sequencing (FLIPS) assay is an efficient and high-throughput method designed to amplify and sequence single, near ...

A Deep-sequencing-assisted, Spontaneous Suppressor Screen in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe

A Deep-sequencing-assisted, Spontaneous Suppressor Screen in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe

Fisyon mayası Schizosaccharomyces pombe derin sıralama yoluyla, kendiliğinden bastırıcı ekran

A genetic screen for mutant alleles that suppress phenotypic defects caused by a mutation is a powerful approach to identify genes that belong to closely ...

Pooled CRISPR-Based Genetic Screens in Mammalian Cells

Memeli Hücrelerinde Havuzlu CRISPR Tabanlı Genetik Ekranlar

Genome editing using the CRISPR-Cas system has vastly advanced the ability to precisely edit the genomes of various organisms. In the context of mammalian ...

Universal and Efficient Electroporation Protocol for Genetic Engineering of Gastrointestinal Organoids

Gastrointestinal Organoidlerin Genetik Mühendisliği için Evrensel ve Etkili Elektroporasyon Protokolü

Electroporation is a common method for transfection with different kinds of molecules by electrical permeabilization of the plasma membrane. With the ...