Name: hox loci focused crispr/sgrna library screening identifying critical ctcf boundaries
Uploaded: 2019-03-31T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about HOX Loci Focused CRISPR/sgRNA Library Screening Identifying Critical CTCF Boundaries at JoVE.com

또한 저자는 원고를 편집 하기 위해 니콜라스 Cesari를 감사 합니다. 작품은 건강의 국립 연구소 (상훈, R01DK110108, R01CA204044)에서 교부 금에 의해 지원 되었다.

1. CTCF sgRNALibrary 온라인 도구를 사용 하 여 디자인
<ol><li>유전 섭 동 (https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design) 플랫폼 (GPP) 디자이너 도구를 사용 하 여 인간 HOX loci에서 CTCF 바인딩 사이트를 대상으로 sgRNA 디자인.</li>
	<li>1070 sgRNAs sgRNAs 303 무작위 대상 유전자, 60 긍정적인 컨트롤, 500 인간 대상으로 컨트롤 및 207 CTCF 요소 또는 lncRNA 유전자 (그림 1, ?...

<ol>
	<li>Dixon, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topological+domains+in+mammalian+genomes+identified+by+analysis+of+chromatin+interactions.">Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions.</a> Nature. 485 (7398), 376-380 (2012).</li><li>Cuddapah, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+analysis+of+the+insulator+binding+protein+CTCF+in+chromatin+barrier+regions+reveals+demarcation+of+active+and+repressive+domains.">Global analysis of the insulator binding protein CTCF in chromatin barrier regions reveals demarcation of active and repressive domains.</a> Genome research. 19 (1), 24-32 (2009).</li><li>Phillips, J. E., Corces, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CTCF:+master+weaver+of+the+genome.">CTCF: master weaver of the genome.</a> Cell. 137 (7), 1194-1211 (2009).</li><li>Tang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CTCF-Mediated+Human+3D+Genome+Architecture+Reveals+Chromatin+Topology+for+Transcription.">CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription.</a> Cell. 163 (7), 1611-1627 (2015).</li><li>Lupianez, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disruptions+of+topological+chromatin+domains+cause+pathogenic+rewiring+of+gene-enhancer+interactions.">Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene-enhancer interactions.</a> Cell. 161 (5), 1012-1025 (2015).</li><li>Dowen, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+cell+identity+genes+occurs+in+insulated+neighborhoods+in+mammalian+chromosomes.">Control of cell identity genes occurs in insulated neighborhoods in mammalian chromosomes.</a> Cell. 159 (2), 374-387 (2014).</li><li>Phillips-Cremins, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architectural+protein+subclasses+shape+3D+organization+of+genomes+during+lineage+commitment.">Architectural protein subclasses shape 3D organization of genomes during lineage commitment.</a> Cell. 153 (6), 1281-1295 (2013).</li><li>Narendra, V., Bulajic, M., Dekker, J., Mazzoni, E. O., Reinberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CTCF-mediated+topological+boundaries+during+development+foster+appropriate+gene+regulation.">CTCF-mediated topological boundaries during development foster appropriate gene regulation.</a> Genes &amp; Development. 30 (24), 2657-2662 (2016).</li><li>Narendra, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CTCF+establishes+discrete+functional+chromatin+domains+at+the+Hox+clusters+during+differentiation.">CTCF establishes discrete functional chromatin domains at the Hox clusters during differentiation.</a> Science. 347 (6225), 1017-1021 (2015).</li><li>Deng, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HoxBlinc+RNA+Recruits+Set1/MLL+Complexes+to+Activate+Hox+Gene+Expression+Patterns+and+Mesoderm+Lineage+Development.">HoxBlinc RNA Recruits Set1/MLL Complexes to Activate Hox Gene Expression Patterns and Mesoderm Lineage Development.</a> Cell Reports. 14 (1), 103-114 (2016).</li><li>Patel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aberrant+TAL1+activation+is+mediated+by+an+interchromosomal+interaction+in+human+T-cell+acute+lymphoblastic+leukemia.">Aberrant TAL1 activation is mediated by an interchromosomal interaction in human T-cell acute lymphoblastic leukemia.</a> Leukemia. 28 (2), 349-361 (2014).</li><li>Luo, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CTCF+boundary+remodels+chromatin+domain+and+drives+aberrant+HOX+gene+transcription+in+acute+myeloid+leukemia.">CTCF boundary remodels chromatin domain and drives aberrant HOX gene transcription in acute myeloid leukemia.</a> Blood. 132 (8), 837-848 (2018).</li><li>Dou, D. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Medial+HOXA+genes+demarcate+haematopoietic+stem+cell+fate+during+human+development.">Medial HOXA genes demarcate haematopoietic stem cell fate during human development.</a> Nature Cell Biology. 18 (6), 595-606 (2016).</li><li>Lawrence, H. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+expression+of+the+Hoxa-9+homeobox+gene+impairs+the+proliferation+and+repopulating+ability+of+hematopoietic+stem+cells.">Loss of expression of the Hoxa-9 homeobox gene impairs the proliferation and repopulating ability of hematopoietic stem cells.</a> Blood. 106 (12), 3988-3994 (2005).</li><li>Deng, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=USF1+and+hSET1A+mediated+epigenetic+modifications+regulate+lineage+differentiation+and+HoxB4+transcription.">USF1 and hSET1A mediated epigenetic modifications regulate lineage differentiation and HoxB4 transcription.</a> PLOS Genetics. 9 (6), e1003524 (2013).</li><li>Rawat, V. P., Humphries, R. K., Buske, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+Hox:+the+role+of+ParaHox+genes+in+normal+and+malignant+hematopoiesis.">Beyond Hox: the role of ParaHox genes in normal and malignant hematopoiesis.</a> Blood. 120 (3), 519-527 (2012).</li><li>Alharbi, R. A., Pettengell, R., Pandha, H. S., Morgan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+HOX+genes+in+normal+hematopoiesis+and+acute+leukemia.">The role of HOX genes in normal hematopoiesis and acute leukemia.</a> Leukemia. 27 (5), 1000-1008 (2013).</li><li>Rice, K. L., Licht, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HOX+deregulation+in+acute+myeloid+leukemia.">HOX deregulation in acute myeloid leukemia.</a> Journal of Clinical Investigation. 117 (4), 865-868 (2007).</li><li>Bassett, A. R., Kong, L., Liu, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+CRISPR+library+for+high-throughput+genetic+screening+in+Drosophila+cells.">A genome-wide CRISPR library for high-throughput genetic screening in Drosophila cells.</a> Journal of Genetics and Genomics. 42 (6), 301-309 (2015).</li><li>Zhu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-scale+deletion+screening+of+human+long+non-coding+RNAs+using+a+paired-guide+RNA+CRISPR-Cas9+library.">Genome-scale deletion screening of human long non-coding RNAs using a paired-guide RNA CRISPR-Cas9 library.</a> Nature Biotechnology. 34 (12), 1279-1286 (2016).</li><li>Kurata, J. S., Lin, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-focused+CRISPR-Cas9+library+screen+reveals+fitness-associated+miRNAs.">MicroRNA-focused CRISPR-Cas9 library screen reveals fitness-associated miRNAs.</a> RNA. 24 (7), 966-981 (2018).</li><li>Collins, C. T., Hess, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+HOXA9+in+leukemia:+dysregulation,+cofactors+and+essential+targets.">Role of HOXA9 in leukemia: dysregulation, cofactors and essential targets.</a> Oncogene. 35 (9), 1090-1098 (2016).</li><li>Kroon, E., Thorsteinsdottir, U., Mayotte, N., Nakamura, T., Sauvageau, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NUP98-HOXA9+expression+in+hemopoietic+stem+cells+induces+chronic+and+acute+myeloid+leukemias+in+mice.">NUP98-HOXA9 expression in hemopoietic stem cells induces chronic and acute myeloid leukemias in mice.</a> The EMBO Journal. 20 (3), 350-361 (2001).</li><li>Koike-Yusa, H., Li, Y., Tan, E. P., Velasco-Herrera Mdel, C., Yusa, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+recessive+genetic+screening+in+mammalian+cells+with+a+lentiviral+CRISPR-guide+RNA+library.">Genome-wide recessive genetic screening in mammalian cells with a lentiviral CRISPR-guide RNA library.</a> Nature Biotechnology. 32 (3), 267-273 (2014).</li><li>Shalem, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-scale+CRISPR-Cas9+knockout+screening+in+human+cells.">Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells.</a> Science. 343 (6166), 84-87 (2014).</li><li>Wang, T., Wei, J. J., Sabatini, D. M., Lander, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+screens+in+human+cells+using+the+CRISPR-Cas9+system.">Genetic screens in human cells using the CRISPR-Cas9 system.</a> Science. 343 (6166), 80-84 (2014).</li><li>Zhou, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dual+sgRNAs+facilitate+CRISPR/Cas9-mediated+mouse+genome+targeting.">Dual sgRNAs facilitate CRISPR/Cas9-mediated mouse genome targeting.</a> The FEBS Journal. 281 (7), 1717-1725 (2014).</li><li>Sanjana, N. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+interrogation+of+functional+elements+in+the+noncoding+genome.">High-resolution interrogation of functional elements in the noncoding genome.</a> Science. 353 (6307), 1545-1549 (2016).</li><li>Rajagopal, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+mapping+of+regulatory+DNA.">High-throughput mapping of regulatory DNA.</a> Nature Biotechnology. 34 (2), 167-174 (2016).</li><li>Korkmaz, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+genetic+screens+for+enhancer+elements+in+the+human+genome+using+CRISPR-Cas9.">Functional genetic screens for enhancer elements in the human genome using CRISPR-Cas9.</a> Nature Biotechnology. 34 (2), 192-198 (2016).</li><li>Rezaei, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FMS-Like+Tyrosine+Kinase+3+(FLT3)+and+Nucleophosmin+1+(NPM1)+in+Iranian+Adult+Acute+Myeloid+Leukemia+Patients+with+Normal+Karyotypes:+Mutation+Status+and+Clinical+and+Laboratory+Characteristics.">FMS-Like Tyrosine Kinase 3 (FLT3) and Nucleophosmin 1 (NPM1) in Iranian Adult Acute Myeloid Leukemia Patients with Normal Karyotypes: Mutation Status and Clinical and Laboratory Characteristics.</a> Turkish Journal of Haematology. 34 (4), 300-306 (2017).</li><li>Yaragatti, M., Basilico, C., Dailey, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+active+transcriptional+regulatory+modules+by+the+functional+assay+of+DNA+from+nucleosome-free+regions.">Identification of active transcriptional regulatory modules by the functional assay of DNA from nucleosome-free regions.</a> Genome Research. 18 (6), 930-938 (2008).</li><li>Wilken, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNase+I+hypersensitivity+analysis+of+the+mouse+brain+and+retina+identifies+region-specific+regulatory+elements.">DNase I hypersensitivity analysis of the mouse brain and retina identifies region-specific regulatory elements.</a> Epigenetics Chromatin. 8, 8 (2015).</li><li>Narlikar, L., Ovcharenko, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+regulatory+elements+in+eukaryotic+genomes.">Identifying regulatory elements in eukaryotic genomes.</a> Briefings in Functional Genomics and Proteomics. 8 (4), 215-230 (2009).</li><li>Hnisz, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activation+of+proto-oncogenes+by+disruption+of+chromosome+neighborhoods.">Activation of proto-oncogenes by disruption of chromosome neighborhoods.</a> Science. 351 (6280), 1454-1458 (2016).</li></ol>

단백질 코딩 유전자 관련 sgRNA 라이브러리 유전자와 sgRNA 농축24,,2526 통해 특정 세포 기능을 통제 하는 네트워크를 식별 하는 기능 심사 시스템에 적용 된 ,2728. 여러 비 코딩 영역 sgRNA 라이브러리 또한 표시 했다 유전자 특정 기능 화면 원심 및 인접 요소, BCL11A, 약물 ?...

최근 게놈 상호 작용 연구 밝혀 인간의 핵 게놈 형태 토폴로지가 연결 도메인 (TADs) 세포 유형 및 종 보존을 안정. 별도 도메인으로 게놈의 조직 촉진 하 고 규제 요소 (예: 강화 및 발기인) 간의 상호 작용을 제한. CCCTC-바인딩 요소 (CTCF) 태 드 경계 한다 이웃 TADs1에 있는 DNA 요소의 제약 상호 작용에서 중요 한 역할을 한다. 그러나, 게놈 넓은 CTCF 바인딩 데이터 CTCF 주로 상호 작용 하는 다른 세포 유형에 동일한 DNA 사이트, 비록 자주 작동 하는지 다른 제안에 한 셀만 특정 사이트에서 chromatin 장벽으로 밝혀 그 CTCF 기능 함께 chromatin 경계2의 형성에 다른 활동. 알 수 없는 남아 여부 경계 요소 (CTCF 바인딩 사이트) 직접 CTCF의 생물학 기능에 연결 되 고 이러한 링크 발생 하는 방법 이다. 따라서, 우리는 게놈에 특정 CTCF 바인딩 사이트 직접 TADs의 형성을 조절 및 이러한 도메인 내에서 또는 이웃 도메인 간에 발기인/증강 상호 작용을 제어 가설. 인간과 마우스 게놈 시퀀싱 프로젝트 후속 epigenetic 분석 완료 게놈의 새로운 분자 및 유전 서명을 발견 했습니다. 그러나, 유전자 규칙 및 세포질 기능을, 뿐만 아니라 그들의 분자 따라 장치를 마더보드에, 특정 서명/수정 역할은 아직 완전히 이해 될.
증거의 여러 줄 CTCF 중재 TADs 기능 chromatin 도메인3,4,5대표 지원 합니다. 비록 CTCF 주로 상호 작용 하는 다른 세포 유형에 동일한 DNA 사이트, 게놈 넓은 CTCF 칩 seq 데이터 CTCF 종종 다른2에 한 셀만 chromatin 장벽 기능 공개 했다. CTCF 게놈 조직4,,67중재 하 여 개발 시 필수적인 역할을 재생 합니다. CTCF 경계의 증강/발기인 상호 작용, 유전자 발현, 발달 방해로 이어지는 손상. 이것은 CTCF TADs 중재 구조 구성 요소 뿐만 아니라 적절 한 증강 행동과 유전자 전사5,,89에 필요한 규정 단위는.
HOX 유전자는 배아 개발 하는 동안 중요 한 역할을 재생 하 고 그들은 일시적으로 그리고 공간 제한 됩니다 그들의 표현 패턴. HOXA 소재 시 두 안정 TADs CTCF 관련 경계 요소 hESCs 및 IMR90 셀1에 의해 앞쪽 및 후부 유전자를 분리 형성 한다. 최근 보고서는 HoxBlinc, HoxB 관련 된 로커 스 lncRNA 중재 CTCF 형성 시연 TADs와 HOXB 소재 시 상호 작용 증강/발기인 감독. 이것은 ESC 헌신과 차별화10중 앞쪽에 HOXB 유전자 활성화. 또한, 특정 유전자 loci HOXA 소재 시를 포함 하 여에 CTCF의 변경 태 드 도메인 변경 계보 특정 유전자 표현 프로필을 중재 하 고 질병 상태11,12의 개발과 관련 된 했다. 증거는 CTCF 유전자 전사를 조정 하 고 기능 도메인으로 게놈을 구성 하 여 셀 정체성 결정에 대 한 기본 기능을 지원 합니다.
조, 중 배아 개발에서의 역할에도 불구 하 고 HOX 유전자 조절 조 혈 줄기와 조상 세포 (HS/PC) 기능. 이것은 확산 및 감 별 법10,13,,1415사이의 균형을 제어 하 여 이루어집니다. HOX 유전자의 표현 사양과 HS에 가장 높은 표정으로 조 혈 모 세포의 분화를 통해 긴밀 하 게 규제 / pc HOX 유전자 발현의 최저 수준으로 성숙 하는 동안 점차 감소 조 혈 모 세포16차별에서 발생. HOX 유전자 dysregulation leukemic 전이17,18선도 HS/Pc의 dysregulating 자체 갱신 및 차별화 속성으로 leukemic 전이의 지배적인 메커니즘입니다. 그러나, 구축 및 유지 관리 관련된 규제 네트워크 HOX 유전자의 종양 식 패턴 대 정상의 기계 장치는 불분명 남아 있습니다.
CRISPR-Cas9 sgRNA 라이브러리 심사 잘으로 비-코딩 유전자, lncRNA20 와 미르21 종 등으로 단백질 코딩 유전자19 가 널리 사용 되었습니다. 그러나, 새로운 게놈 목표를 식별 하는 CRISPR-Cas9 sgRNA 라이브러리를 사용 하는 비용 때문에 높은 처리량 게놈 시퀀싱은 종종 sgRNA 라이브러리 심사 확인, 높은 남아 있습니다. 우리의 sgRNA 시스템 심사 특정 게놈 loci에 집중 하 고 HOXA9같은 마커 유전자 발현에 따라 1 단계 RT-PCR을 통해 대상 sgRNAs를 평가. 또한, 생어 시퀀싱 게놈, 및 Indel 돌연변이에 sgRNA 통합 되었다 확인 사이트를 대상으로 sgRNA를 식별 하기 위해 검색할 수 있습니다. Loci 특정 CRISPR Cas9 유전자 검사를 통해 CBS7/9 chromatin 경계 종양 chromatin 도메인을 설정 하 고 급성 골수성 백혈병의 병 인에서 소성 HOX 유전자 표현 패턴 유지를 위한 중요 한 레 귤 레이 터로 확인 되었습니다. 12. 메서드 CTCF 경계 배아 개발, 조, leukemogenesis, 뿐만 아니라 CTCF 경계에서의 특정 기능 뿐만 아니라 미래의 후 치료에 대 한 잠재적인 치료 대상으로 식별에 널리 적용할 수 있습니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:689px;" width="689">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Lipofectamine 3000 reagent</td>
			<td style="width:155px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">L3000-008</td>
			<td style="width:172px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Proteinase K</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>25530049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Puromycin</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A1113802</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Stbl3 cells&#160;</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>&#160;C737303</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HEK293T</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>CRL-3216</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MOLM-13</td>
			<td>DSMZ</td>
			<td>ACC 554</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">lentiCRISPRv2</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>52961</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pMD2.G</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>12259</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">psPAX2</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>12260</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pGEM&#174;-T Easy Vector Systems&#160;</td>
			<td>Promega</td>
			<td>A137A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T4 ligase&#160;</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>&#160;M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QIAquick Gel Extract kit</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>28706</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QIAuick PCR purification kit</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>28106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SingleShot&#8482; SYBR&#174;&#160;Green One-Step Kit</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories</td>
			<td>1725095</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">QIAGEN Plasmid Maxi Kit</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td style="width:100px;">12163</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dulbecco&#8217;s Modified Eagle Medium&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">&#160;11965084</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RPMI 1640&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">11875093</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fetal bovine serum (FBS)&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">10-082-147</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Penicillin/streptomycin/L-glutamine&#160;</td>
			<td>Life Technologies&#160;</td>
			<td style="width:100px;">10378016</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Lenti-X Concentrator&#160;</td>
			<td style="width:155px;">Clontech</td>
			<td style="width:100px;">631232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Trypan Blue Solution</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">15250061</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Polybrene</td>
			<td style="width:155px;">Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>sc-134220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Phosphate Buffered Saline (PBS)&#160;</td>
			<td style="width:155px;">Genessee Scientific</td>
			<td>&#160;25-507</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">TAE buffer&#160;</td>
			<td style="width:155px;">Thermo Fisher Scientific&#160;</td>
			<td>FERB49</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Surveyor&#174; Mutation Detection Kits</td>
			<td style="width:155px;">Integrated DNA Technologies</td>
			<td style="width:100px;">706020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Biorad Universal Hood II Gel Doc System</td>
			<td style="width:155px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:100px;">170-8126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Centrifuge 5424 R</td>
			<td style="width:155px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:100px;">5404000138</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Digital Dry Baths/Block Heaters</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">88870002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">TSX Series Ultra-Low Freezers</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">TSX40086V</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Forma&#8482; Steri-Cult&#8482; CO2&#160;Incubators</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">3308</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Herasafe&#8482; KS, Class II Biological Safety Cabinet</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">51022484</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Sorvall&#8482; Legend&#8482; XT/XF Centrifuge Series</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">75004506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Fisherbrand&#8482;&#160;Isotemp&#8482; Water Baths</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">FSGPD02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:263px;">Thermo Scientific&#8482;&#160;Locator&#8482; Plus Rack and Box Systems</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">13-762-353</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">CFX96 Touch Real-Time PCR Detection System</td>
			<td style="width:155px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:100px;">1855195</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">MiniAmp&#8482; Thermal Cycler</td>
			<td style="width:155px;">Applied Biosystems technology</td>
			<td style="width:100px;">A37834</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:263px;">Thermo Scientific&#8482;&#160;Owl&#8482; EC300XL2 Compact Power Supply</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">7217581</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:263px;">Thermo Scientific&#8482;&#160;Owl&#8482; EasyCast&#8482; B1 Mini Gel Electrophoresis Systems</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:100px;">09-528-178</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">VWR&#174; Tube Rotator and Rotisseries</td>
			<td style="width:155px;">VWR International</td>
			<td style="width:100px;">10136-084</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">VWR&#174; Incubating Mini Shaker</td>
			<td style="width:155px;">VWR International</td>
			<td style="width:100px;">12620-942</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">Analytical Balance MS104TS/00</td>
			<td style="width:155px;">METTLER TOLEDO</td>
			<td style="width:100px;">30133522</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:263px;">DS-11 FX and DS-11 FX+ Spectrophotometer</td>
			<td style="width:155px;">DeNovix Inc.</td>
			<td style="width:100px;">DS-11 FX</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

hox loci focused crispr/sgrna library screening identifying critical ctcf boundaries

CCCTC-바인딩 요소 (CTCF)-안정적인 도메인 토폴로지가 연결 (TADs) TADs 이웃에 있는 DNA 요소의 제약 상호 작용에 중요 한 역할을 할 중재. CTCF 배아 발달, 신체 모방, 조, 및 leukemogenesis 제어 하는 HOX 유전자의 공간 및 시간 표현 조절에 중요 한 역할을 한다. 그러나, 그것은 크게 알 수 없는 남아 여부와 HOX loci 관련 CTCF 경계 chromatin 조직과 HOX 유전자 발현을 조절 하는 방법. 현재 프로토콜에서 HOXA/B/C/D loci에서 모든 CTCF 바인딩 사이트를 타겟팅 하는 특정 sgRNA 풀링된 라이브러리 생성 CTCF 관련 chromatin 경계 태 드 형성과 HOX 유전자에 방해의 효과 검사 하 식입니다. CRISPR-Cas9를 통해 유전자 검사, HOXA7/HOXA9 유전자 (CBS7/9) 사이 위치한 CTCF 바인딩 사이트 종양 chromatin 도메인으로 소성 HOX 유전자를 유지 하기 위한 중요 하 고 중요 한 레 귤 레이 터로 확인 되었습니다. MLL 재배열 급성 골수성 백혈병 (AML)에 식 패턴. 따라서,이 sgRNA 접근 차단 특정 유전자 loci에서 중재 CTCF 게놈 조직에 새로운 통찰력을 제공 도서관과 또한 두 코딩 주석된 유전 규제 요소 기능 특성에 대 한 기초를 제공 하 고 noncoding 포스트 인간 게놈 프로젝트 시대에 정상적인 생물학 과정.

CRISPR-Cas9 기술은 기능 게놈 연구를 위한 강력한 연구 도구입니다. 그것은 빠르게 편집 기술을 기존의 유전자를 대체 하 고 게놈 전체 및 개별 유전자 중심 애플리케이션 위한 높은 유틸리티 있다. 여기는 첫 번째 개별적으로 복제 loci 특정 CRISPR Cas9 짓고 sgRNA 라이브러리 포함 1070 sgRNAs sgRNAs 303 무작위 대상 유전자, 60 긍정적인 컨트롤, 500 인간 대상으로 컨트롤 및 207 CTCF 요소...

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HOX Loci Focused CRISPR/sgRNA Library Screening Identifying Critical CTCF Boundaries

CRISPR/sgRNA 라이브러리 질의 단백질 코딩 유전자에 적용 되었습니다. 그러나, 유전자 규칙에서 CTCF 경계의 기능을 밝히기 위해 sgRNA 라이브러리의 미개척 남아 있습니다. 여기, 우리는 HOX loci 특정 sgRNA 라이브러리 CTCF 경계 HOX loci의 기능을 명료 하 게 설명 합니다.

HOX Loci Focused CRISPR/sgRNA 라이브러리 심사 식별 중요 CTCF 경계

CCCTC-binding factor (CTCF)-mediated stable topologically associating domains (TADs) play a critical role in constraining interactions of DNA elements ...

라이브러리 스크리닝이라고 불리는 당사의 풀드sgRNA는 게놈 전체의 비코딩 요소의 생물학적 기능을 식별하고 평가하는 강력한 유전적 접근법입니다. 이 기술을 통해 우리는 표적 유전자 발현에 관련된 결합 부위, 색채 경계 또는 기타 규제 요소를 방해하는 효과를 검사할 수 있습니다. 우리의 접근은 초기 배아 발달에 있는 HOX 유전자 규정에서 CTCF, 긴 비 코딩 RNA 및 증강제의 역할을, 뿐만 아니라 비정상적인 HOX 유전자 서명을 가진 특정 백혈병의 역할을 확인하기 위하여 이용될 수 있습니다.CTCF 바인딩 사이트를 대상으로 하는 sgRNA의 설계로 이 절차를 시작합니다. 텍스트 프로토콜에 설명된 바와 같이 세포 제제에서 sgRNA 라이브러리의 복제. 렌티바이러스를 포장하기 위해, cotransfect HEK293 T 세포에 20 마이크로그램의 정제 된 라이브러리 벡터, 포장 된 플라스미드의 15 마이크로 그램, 그리고 봉투 플라스미드의 10 마이크로 그램, 바이러스를 수확하기 전에 48 시간 동안.48 시간 후에, 바이러스 상체를 수집하고 0.45 미크론 저단백질 결합 PVDF 막을 통해 필터링합니다. 다음으로, 농축기사용, 렌티바이러스 상체를 50배 씩 농축한다. 농축 된 바이러스를 알리쿼트와 영하 80도 냉동고에 저장합니다.MOLM13 세포를 농축 렌티바이러스의 다양한 용량과 혼합하여 총 6개의 총 군에 대해 12개의 웰 플레이트의 별도의 우물에서 작업한다. 즉시 33섭씨에서 2시간 동안 1000배 g의 혼합물을 원심분리합니다. 12개의 웰 플레이트를 섭씨 37도, 이산화탄소 5%에서 4시간 동안 인큐베이터로 다시 옮길 수 있습니다.셀 팔레트를 방해하지 않고 슈퍼나탄을 부드럽게 흡인시키고, 신선한 보충 RPMI 1640 배지로 변환된 세포를 다시 중단한다. 그런 다음 다시 중단된 세포를 T25 플라스크로 옮기고 푸오마이신없이 48시간 동안 섭씨 37도에서 배양합니다. 48시간 후에 이 세포를 2개의 플라스크로 분할한 후에, 5일 동안 밀리리터 푸오마이신 당 1개의 마이크로리터로 취급된 실험군 및 5일 동안 푸오마이신 처리 없이 대조군.푸오마이신 처리 없이 세포의 수로 푸오마이신으로 처리된 살아있는 세포의 수를 분할하여 전이에 최적화된 MOI 값을 측정합니다. 풀이 된 라이브러리로 세포를 변환하려면, sgRNA 풀렌티바이러스의 0.3 MOI를 가진 6 웰 플레이트에 150만 MOLM13 세포를 감염시 배지에서 렌티바이러스를 풀로 한다. 렌즈 바이러스 감염없이 세포를 대조군으로 사용하십시오.즉시 세포를 소독하기 위해 섭씨 33도에서 2 시간 동안 1000 배 g에서 6 개의 우물 플레이트를 원심 분리합니다. 그런 다음 플레이트를 섭씨 37도에서 4시간 동안 5%의 이산화탄소로 다시 배양합니다. 셀 팔레트를 방해하지 않고 부드럽게 슈퍼내퍼나탈트를 흡인시키고, 환원된 세포를 신선한 배지로 다시 중단한다.그런 다음 세포를 T25 플라스크로 옮기고 푸오마이신없이 48 시간 동안 섭씨 37도에서 배양하십시오. 48 시간 후에, 5 일 동안 밀리리터 puromycin 당 1 개의 마이크로 그램으로 세포를 치료하십시오. 2 일 후에 신선한 매체를 교환하고 최적의 세포 밀도를 유지합니다.희석 방법을 제한하는 96 웰 플레이트에서 단일 클론을 시드합니다. 이 단일 클론을 섭씨 37도, 이산화탄소 5%에서 배양합니다. 3-4 주 동안 그들을 문화.sgRNA 통합 MOLM13 세포를 0.4%의 Trypan Blue 용액 염색으로 계산한 다음 잘 10, 000 개의 라이브 셀을 96 개의 잘 PCR 플레이트로 전송합니다. 접시를 5분 동안 1000배 g로 원심분리한 다음 피펫으로 상판을 철저히 제거하고 폐기합니다. 셀 팔레트를 방해하지 마십시오.텍스트에 설명된 바와 같이 세포를 세척한 후 각 웰에 셀 리시스 마스터 믹스의 50 마이크로리터를 첨가한다. 파이펫은 셀 팔레트를 다시 일시 중단하기 위해 5번 위아래로 합니다. 상온에서 10분 동안 믹스를 배양합니다.그런 다음 혼합물을 섭씨 37도에서 5분간 옮은 다음, 섭씨 75도를 추가로 5분간 옮김시합니다. 이제 RT qPCR 반응 믹스를 포함하는 PCR 웰에 셀 리세이트의 마이크로리터 1개를 추가합니다. 이러한 혼합에는 마커 유전자가 전방 및 역프라이머, 역실사 및 1단계 반응 믹스를 포함한다.섭씨 50도에서 10분 동안 역전사 반응을 실행하고, 95도에서 1분간 DNA-데니션을 사용한다. 텍스트 프로토콜에 자세히 설명된 대로 40사이클의 PCR 반응으로 RT PCR을 수행합니다. HOXA9감소발클론을 Sanger 시퀀싱을 통해 검증하고 텍스트 프로토콜에 설명된 바와 같이 MOLM13 게놈 DNA로 PCR을 수행한다.PCR 정제 키트로 PCR 제품을 추출하고 정화합니다. 정제된 PCR 제품을 T4 결찰 버퍼, T 벡터 DNA, PCR DNA 및 T4 리구아제로 T 벡터로 리게이트합니다. 하룻밤 사이에 인큐베이터에 리기션 믹스를 넣습니다.LB 암피실린 항생제 한고 판에 DH5 알파 유능한 세포 및 플레이트로 결찰 믹스를 전송합니다. 하룻밤 사이에 접시를 섭씨 37도에서 배양합니다. LB 플레이트에서 단일 클론을 선택하고 지노티핑과 Sanger 시퀀싱으로 확인합니다.200 나노그램의 기준체와 0.2 밀리리터 PCR 튜브에 200 나노그램의 테스트 PCR 앰플리턴을 가진 헤테로두플렉스 혼합물 군을 설정하였다. 대조군으로서 400나노그램의 레퍼런스 PCR 앰플리콘을 가진 호모듀플렉스 혼합물 군을 포함한다. 800 밀리리터의 물로 채워진 1리터 비커로 5분간 95도의 이테로듀플렉스와 호모듀플렉스 혼합물을 별도로 배양합니다.그런 다음 혼합물을 실온으로 점진적으로 냉각하여 음막으로 냉각하고 이종 또는 호모듀플렉스를 형성합니다. 지금, 별도로 소화 400 안열 이테로듀플렉스및 호모두플렉스 혼합물의 1개의 마이크로리터인 인델 돌연변이 검출 뉴클레아제, 그리고 60분 동안 42°C에서 뉴클레아제 반응 완충제의 2개의 마이크로리터. 아가로즈 젤 전기포고증으로 소화된 샘플을 분석한다.이종 혼합물 DNA는 작은 조각으로 절단되어야하며 호모 두플렉스 DNA는 절단되어서는 안됩니다. MOLM13 양성 클론을 표적으로 하는 sgRNA는 대조군 세포와의 비교를 가진 HOXA9 유전자의 발현 수준에 기초하여 RT qPCR 방법으로 확인되었다. 528개의 생존 클론 중 10개의 클론이 HOXA9 수준에서 50% 이상 감소했습니다.HOXA9에 통합된 sgRNA감소, HOXA9 변경 및 HOXA9 증가 클론, SgRNA의 PCR 증폭 및 Sanger 서열에 의한 식별에 의해 더욱 확인되었다. HOXA9 수준이 감소하는 것을 보여주는 10개의 클론 중 6개는 Sanger 시퀀싱에 의해 결정된 바와 같이 CBS79 사이트를 대상으로 sgRNAs를 포함했다. 통합 sgRNA 양성 클론의 인델 돌연변이는 PCR 계 유전화 및 뉴클레아제 소화에 의해 결정되었다.HOXA7과 HOXA9 유전자 사이에 위치한 CTCF 사이트의 이종화구균 삭제는 PCR 기반 의 유전자 인식에 의해 확인되었다. HOXA9 감소 클론 5, 6, 28 및 121 CBS79 경계 위치에서 삭제를 나타냈다. 핵소화 분석에 의해 분석된 CBS79 부위에서 인델 돌연변이에 대해 유사한 결과가 관찰되었다.이 절차를 수행할 때, 핵분석 분석기를 통해 sgRNA 유도 인델 돌연변이를 검출하기 위해 동일한 양의 헤테로듀플렉스 및 호모듀플렉스를 만드는 것이 중요합니다. 우리의 접근은 선택된 마커의 활용을 가능하게 하고, 백혈증에 유전자의 효력을 발견하기 위하여 표적 유전자에 차세대 순서를 실행합니다. 전반적인 우리의 접근은 사후 게놈 프로젝트 오류에 있는 일반적인 생물학 프로세스 및 백혈신생 도중 지적한 유전 불규칙한 요소의 기능적 정확성 그리고 감소를 위한 RPC의 방지합니다.

Research

JoVE Journal

Genetics

HOX Loci Focused CRISPR/sgRNA Library Screening Identifying Critical CTCF Boundaries

A Universal Protocol for Large-scale gRNA Library Production from any DNA Source

대규모 gRNA DNA 소스에서 라이브러리 제작에 대 한 범용 프로토콜

The popularity of the CRISPR/Cas9 system for both genome and epigenome engineering stems from its simplicity and adaptability. An effector (the Cas9 ...

연구

유전학

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: 높은 처리량 시퀀싱 기반 기술을 늦게 게놈의 복제 확인

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

강력한 DNA 고립과 표 본관 표본에 대 한 높은 처리량 시퀀싱 도서관 건축

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...

Retrospective MicroRNA Sequencing: Complementary DNA Library Preparation Protocol Using Formalin-fixed Paraffin-embedded RNA Specimens

회고전 예측에 관한 시퀀싱: 보완 DNA 도서관 준비 프로토콜 포 르 말린 고정 파라핀 포함 RNA 견본을 사용 하 여

&#8211;Archived, clinically classified formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues can provide nucleic acids for retrospective molecular studies of ...

Ultralow Input Genome Sequencing Library Preparation from a Single Tardigrade Specimen

Ultralow 입력된 게놈 시퀀싱 단일 Tardigrade 견본에서 라이브러리 준비

Tardigrades are microscopic animals that enter an ametabolic state called anhydrobiosis when facing desiccation and can return to their original state ...

Bronchoalveolar Lavage Exosomes in Lipopolysaccharide-induced Septic Lung Injury

Bronchoalveolar 게 Exosomes Lipopolysaccharide 유도 정화 조 폐 상해에

Acute lung injury (ALI) and acute respiratory distress syndrome (ARDS) represent a heterogeneous group of lung diseases which continues to have a high ...

Mating-based Overexpression Library Screening in Yeast

효 모에 짝짓기 기반 Overexpression 라이브러리 심사

Budding yeast has been widely used as a model in studying proteins associated with human diseases. Genome-wide genetic screening is a powerful tool ...

Screening Cotton Genotypes for Reniform Nematode Resistance

르니포름 선충 저항을 위한 면 유전자형 검열

A rapid non-destructive reniform nematode (Rotylenchulus reniformis) screening protocol is needed for the development of resistant cotton (Gossypium ...

Identifying Mutations by High Resolution Melting in a TILLING Population of Rice

쌀의 경작 인구에서 고분해능 용융에 의한 돌연변이 식별

Target Induced Local Lesions In Genomes (TILLING) is a strategy of reverse genetics for the high-throughput screening of induced mutations. However, the ...

Screening and Identification of RNA Silencing Suppressors from Secreted Effectors of Plant Pathogens

식물 병원균의 분비 이펙터에서 RNA 침묵 억제제의 스크리닝 및 식별

RNA silencing is an evolutionarily conserved, sequence-specific gene regulation mechanism in eukaryotes. Several plant pathogens have evolved proteins ...