Name: lipidomics and transcriptomics in neurological diseases
Uploaded: 2022-03-18T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Lipidomics and Transcriptomics in Neurological Diseases at JoVE.com

Bu makaleyi Dr. Ermelinda Lomazzo'ya ithaf ediyoruz. Bu makalenin son uzaması sırasında Dr. Ermelinda Lomazzo vefat etti. Bilime olan tutkunun ve anlamlı bir araştırma amacını yerine getirmek için ekip çalışmasına özverili katılımın vücut bulmuş halidir. Her zaman insanların daha iyi olmasına anlamlı bir şekilde katkıda bulunmayı hayal etti. Onun iyi kalpli doğası, bilimin ve yaşamın yorucu yollarından asla ödün vermedi. Paha biçilmez ve sonsuza dek kalbimizde kalacak.
Julia M. Post, Johannes Gutenberg Üniversitesi Mainz Üniversitesi Tıp Merkezi'nde Çevirisel Sinirbilim Için Odak Programı (FTN) tarafından finanse edildi ve şu anda LB'ye SPP-2225 EXIT projesi tarafından finanse ediliyor Raissa Lerner, DZHK projesi 81X2600250 tarafından LB ve Lipidomics Çekirdek Tesisi'ne kısmen finanse edildi. Bu çalışmalar için kısmi finansman, Johannes Gutenberg Üniversitesi Mainz Üniversitesi Tıp Merkezi'nden Lipidomics Çekirdek Tesisi, Fizyolojik Kimya Enstitüsü ve Intramural fonlar (LB'ye) tarafından sağlanmıştır.

Burada açıklanan tüm deneysel prosedürler, Avrupa Topluluğu Konseyi'nin 22 Eylül 2010 (2010/63EU) direktifine uygundur ve Almanya'nın Rheinland-Palatinate eyaletinin yerel hayvan komitesi tarafından onaylanmıştır (dosya referansı: 23 177-07/G16-1-075).
1. Akut ve profilaktik olarak tedavi edilen KA kaynaklı epilepsinin hayvan modeli
<ol><li>Nöbet indüksiyonu, tedavisi ve davranışsal puanlama gerçekleştirin.<ol>
<li>Fareleri (grup başına minimum n = 6 fare) tek kafeslerde...

<ol>
	<li>Aronica, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuroinflammatory+targets+and+treatments+for+epilepsy+validated+in+experimental+models.">Neuroinflammatory targets and treatments for epilepsy validated in experimental models.</a> Epilepsia. 58, 27-38 (2017).</li><li>Lerner, R., Post, J., Loch, S., Lutz, B., Bindila, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+brain+and+peripheral+plasticity+of+the+lipidome+in+acute+kainic+acid-induced+epileptic+seizures+in+mice+via+quantitative+mass+spectrometry.">Targeting brain and peripheral plasticity of the lipidome in acute kainic acid-induced epileptic seizures in mice via quantitative mass spectrometry.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1862 (2), 255-267 (2017).</li><li>Schuhmann, K., Almeida, R., Baumert, M., Herzog, R., Bornstein, S. R., Shevchenko, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+lipidomics+on+a+LTQ+Orbitrap+mass+spectrometer+by+successive+switching+between+acquisition+polarity+modes.">Shotgun lipidomics on a LTQ Orbitrap mass spectrometer by successive switching between acquisition polarity modes.</a> Journal of Mass Spectrometry. 47 (1), 96-104 (2012).</li><li>Puppolo, M., Varma, D., Jansen, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+review+of+analytical+methods+for+eicosanoids+in+brain+tissue.">A review of analytical methods for eicosanoids in brain tissue.</a> Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences. 964, 50-64 (2014).</li><li>Blewett, A. J., Varma, D., Gilles, T., Libonati, J. R., Jansen, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+validation+of+a+high-performance+liquid+chromatography-electrospray+mass+spectrometry+method+for+the+simultaneous+determination+of+23+eicosanoids.">Development and validation of a high-performance liquid chromatography-electrospray mass spectrometry method for the simultaneous determination of 23 eicosanoids.</a> Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 46 (4), 653-662 (2008).</li><li>Lerner, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+lipidomic+and+transcriptomic+profiling+in+mouse+brain+punches+of+acute+epileptic+seizure+model+compared+to+controls.">Simultaneous lipidomic and transcriptomic profiling in mouse brain punches of acute epileptic seizure model compared to controls.</a> Journal of Lipid Research. 59, 283-297 (2017).</li><li>Lerner, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+lipidomic+and+transcriptomic+profiling+in+mouse+brain+punches+of+acute+epileptic+seizure+model+compared+to+controls.">Simultaneous lipidomic and transcriptomic profiling in mouse brain punches of acute epileptic seizure model compared to controls.</a> Journal of Lipid Research. , 1-48 (2018).</li><li>L&#233;vesque, M., Avoli, M., Bernard, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Animal+models+of+temporal+lobe+epilepsy+following+systemic+chemoconvulsant+administration.">Animal models of temporal lobe epilepsy following systemic chemoconvulsant administration.</a> Journal of Neuroscience Methods. 260, (2016).</li><li>Eyo, U. B., Murugan, M., Wu, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microglia-Neuron+Communication+in+Epilepsy.">Microglia-Neuron Communication in Epilepsy.</a> Glia. 65 (1), 5-18 (2017).</li><li>Zhu, J., Zheng, X. Y., Zhang, H. L., Luo, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kainic+acid-induced+neurodegenerative+model:+Potentials+and+limitations.">Kainic acid-induced neurodegenerative model: Potentials and limitations.</a> Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2011, 457079 (2011).</li><li>Park, S. H., Sim, Y. B., Kim, C. H., Lee, J. K., Lee, J. H., Suh, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+&#945;-CGRP+in+the+regulation+of+neurotoxic+responses+induced+by+kainic+acid+in+mice.">Role of &#945;-CGRP in the regulation of neurotoxic responses induced by kainic acid in mice.</a> Peptides. 44, 158-162 (2013).</li><li>Lerner, R., Cuadrado, D. P., Post, J. M., Lutz, B., Bindila, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broad+lipidomic+and+transcriptional+changes+of+prophylactic+PEA+administration+in+control+mice.">Broad lipidomic and transcriptional changes of prophylactic PEA administration in control mice.</a> Frontiers in Neuroscience. 13, 527 (2019).</li><li>Post, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antiepileptogenic+Effect+of+Subchronic+Palmitoylethanolamide+Treatment+in+a+Mouse+Model+of+Acute+Epilepsy.">Antiepileptogenic Effect of Subchronic Palmitoylethanolamide Treatment in a Mouse Model of Acute Epilepsy.</a> Frontiers in Molecular Neuroscience. 11, (2018).</li><li>Schauwecker, P. E., Steward, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+determinants+of+susceptibility+to+excitotoxic+cell+death:+Implications+for+gene+targeting+approaches.">Genetic determinants of susceptibility to excitotoxic cell death: Implications for gene targeting approaches.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 94 (8), 4103-4108 (2002).</li><li>Monory, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Endocannabinoid+System+Controls+Key+Epileptogenic+Circuits+in+the+Hippocampus.">The Endocannabinoid System Controls Key Epileptogenic Circuits in the Hippocampus.</a> Neuron. 51 (4), 455-466 (2006).</li><li>Konsman, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mouse+Brain+in+Stereotaxic+Coordinates.">The mouse Brain in Stereotaxic Coordinates.</a> Psychoneuroendocrinology. 28 (6), (2003).</li><li>Spijker, S., Li, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissection+of+Rondent+Brain+Regions.">Dissection of Rondent Brain Regions.</a> Neuroproteomics. 57, 13-27 (2011).</li><li>Gross, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolution+of+lipidomics+through+space+and+time.">The evolution of lipidomics through space and time.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1862 (8), 731-739 (2017).</li><li>Wang, M., Wang, C., Han, R. H., Han, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+advances+in+shotgun+lipidomics+for+biology+and+medicine.">Novel advances in shotgun lipidomics for biology and medicine.</a> Progress in Lipid Research. 61, 83-108 (2016).</li><li>Abbott, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+high-throughput+lipid+extraction+method+for+the+analysis+of+human+brain+lipids.">An improved high-throughput lipid extraction method for the analysis of human brain lipids.</a> Lipids. 48 (3), 307-318 (2013).</li><li>Matyash, V., Liebisch, G., Kurzchalia, T. V., Shevchenko, A., Schwudke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+extraction+by+methyl-tert-butyl+ether+for+high-throughput+lipidomics.">Lipid extraction by methyl-tert-butyl ether for high-throughput lipidomics.</a> Journal of Lipid Research. 49 (5), 1137-1146 (2008).</li></ol>

Burada açıklanan nörolipidomik ve transkriptomik metodoloji, beyin ve periferik organlarda yüksek ve düşük mekansal çözünürlükte herhangi bir hastalığı veya sağlıklı gelişimi araştırmak için uygun bir ortalamadır. Optimize edilmiş plazma örnekleme ve elleçleme prosedürleri nedeniyle, doku lipidomik ve transkriptomik için kurban edilen aynı hayvanlardan plazma lipidomik analizi de yapılabilir, böylece doku kanı moleküler korelasyonlarının ve biyobelirteç keşfinin güvenilirliği artır...

Lipitlerin işlevindeki son gelişmeler ve nörolojik hastalıkların başlangıcında ve ilerlemesinde rolleri, yeni terapötik hedeflerin ve hastalık mekanizmasının yeni araştırma ve geliştirme mekanlarını açmaktadır1. Kitle spektrometresi görüntüleme ve gelişmiş kütle spektrometresi profilleme gibi modern moleküler görüntüleme teknikleri ile vurgulanan farklı beyin bölgelerindeki lipid bileşimindeki belgelenmiş farklılıklar, lipid araştırması paradigmasını tüm beyinden fonksiyonel olarak farklı ve ayrık beyin bölgelerine kaydırır. Lipid bileşiminin farklı beyin bölgelerinde farklılık göstermesi, fonksiyonel olarak farklı beyin bölgelerinde bir beyin hakaretine veya uyaranlarına yanıt olarak hem membran lipid duyarlılığının hem de aşağı akış lipid sinyalinin yeni kavramsallaştırılmasına neden olmaktadır. Bu nedenle, lipid protokolleri, daha yüksek uzamsal çözünürlük tespiti ve nicelleştirme için düşük doku miktarlarının zorluğunu ele almak için yeni gelişmeler ve eş zamanlı olarak hücre zarlarının ve sinyal yollarının birden fazla lipit bileşeninin analizini gerektirir. Ayrıca, seviyelerinin ve işlevlerinin düzenlenmesinde rol oynayan enzimlerin, lipid ligandlarının ve reseptörlerin belirlenmesi, nörolojik bir hastalıkta etkilenen sinyal yollarını aydınlatmak ve patofizyolojik bağlamda yeni mekanistik araştırmalara rehberlik etmek için çok önemlidir.
Artan beyin mekansal çözünürlüğüne ek olarak, yeni nörolipidomik yaklaşımların geliştirilmesine meydan okuyan iki büyük zorluk vardır. İlk olarak, lipid sinyal molekülleri tipik olarak membran constitutive lipits ile karşılaştırıldığında çok düşük bolluğa sahip. İkincisi, lipidom yüksek yapısal heterojenlik sergiler, tek bir analitik yaklaşım kullanarak incelenerek zor. Bu nedenle, ekstraksiyon ve analitik yöntemler farklı lipit kategorilerine göre uyarlanır ve genellikle farklı doku örneklerinde gerçekleştirilir.2. Av tüfeği lipidomik yöntemleri3 membran lipitlerin geniş bir profilini hızla ortaya çıkarmak için mükemmel araçlardır, hedeflenen keşif ve nicelik kütle spektrometrik yöntemlerinin sağladığı artan duyarlılık ve seçicilik, aşağıdakiler de dahil olmak üzere düşük bol sinyal lipitlerinin araştırılması için sermayelendirilir: i) enflamatuar lipitler ve ii) endocannabinoidler (eBB'ler), amino asit bağlantılı lipitler gibi nöronal aktivitenin modülasyonunda yer alan lipitler, ve saire.4,5. Nörolojik hastalık modellerinin beyin bölgelerinde meydana gelen hem hücre zarındaki hem de sinyalizasyon seviyesindeki lipit değişikliklerini kapsamak için, tipik olarak lipid ekstraksiyonu ve analizi, farklı hayvan partilerinden veya farklı yarımkürelerden elde edilen veya daha büyük bir doku bölgesini birden fazla parçaya ayırarak farklı doku örneklerinde gerçekleştirilir. Enzim reseptörlerinin mRNA seviyeleri de ilgi çekici olduğunda, incelemeleri tipik olarak farklı bir doku örneğinin tedarikini gerektirir. Örneğin, membran lipitleri, endojen kannabinoidler ve mRNA'nın araştırılması üç farklı doku örneği gerektirir (örneğin, iki lipid ekstraksiyon yöntemi için iki örnek-membran lipitleri ve sinyal lipitleri- ve sonraki iki lipid analiz yöntemi- ve mRNA analizi için bir örnek). İnflamatuvar lipitlerin ve endojen kannabinoidlerin araştırılması sırasıyla iki farklı doku örneği, ekstraksiyon yöntemleri ve analiz yöntemleri gerektirir. Başka bir örnek, mRNA'nın ve bir beyin yumruğu veya lazer mikrodiseksiyon örneğindeki herhangi bir lipit kategorisinin araştırılmasıdır, bu da sonuç olarak beyin (alt) bölgesi başına iki farklı hayvanın iki örnek temin etmesini gerektirir. Biyolojik değişkenlik ve/veya doku heterojenliğinden kaynaklanan bu gibi durumlarda sonuçların değişkenliğinin ve/veya zayıf tekrarlanabilirliğinin önemli ölçüde sıklıkla ortaya çıkar. Özellikle beyindeki yüksek uzamsal çözünürlükte meydana gelen bu pratik multimoleküler analiz sınırlamaları tarafından yönlendirilen üç modüllü bir nörolipidomik protokol, şunları kapsayacak şekilde tasarlanmıştır: 1) enflamatuar lipitlerin (örneğin, eikosanoidler (eiCs)) ve eB'ler gibi nöronal aktivitenin modülasyonunda rol oynayan lipitlerin LC/MRM tarafından birlikte çıkarılması ve birlikte analiz2; 2) fosfolipidlerin (PL'ler) ve eB'lerin sonraki multiscan LC /MRM ve öncül/nötr kayıp tarama analizi ile birlikte çıkarılması2; ve 3) membran (fosfo)lipitler ve eB'lerin yanı sıra mRNA'nın çift ekstraksiyonu, sonraki LC / MRM ve qPCR veya RNA dizileme analizi ile6. Nörolojik bir hastalıkta ele alınacak biyolojik soruya ve ilgi çekici beyin bölgesine bağlı olarak, birinci ve ikinci protokolün veya birinci ve üçüncü protokolün bir kombinasyonu, yaklaşık 4 mg ağırlığındaki dokular için aynı doku örneğine uygulanabilir. Birinci ve üçüncü protokoller 2 mg civarındaki dokular için bağımsız olarak uygulanabilir. İkinci protokol 0,5 mg kadar hafif dokular için uygulanabilir. Seçilen nörolipidomik protokol modülünden bağımsız olarak, doku örneklemesi ve ön analitik işleme, beyin izolasyonu ve bölge diseksiyonu ve hayvan modelinden ödün vermek için prosedür protokolün üç modülü için de standartlaştırılmış ve aynıdır. Nörolojik hastalıkları araştırmamızda, hastalığın patolojik sonuçlarıyla ilgili periferik organlar da her zaman bu modüler protokoller kullanılarak toplanır ve analiz edilir. Ek olarak, plazma lipidomik için düzenli olarak kan örneklenerek, prospektif çeviri uygulamalarına yönelik nörolojik hastalıkların okuma aracı olarak hizmet edilir. Burada sunulan modüler lipidomik protokolü çok yönlüdür: daha büyük doku miktarlarına ölçeklendirilebilir ve hemen hemen her doku tipi ve hastalığı için kolayca uygulanabilir. Modüler protokolün uygulanması için (Şekil 1) nörolojik hastalıklarda, travmatik beyin hasarı, Parkinson hastalığı, Alzheimer hastalığı veya epilepsi gibi nörolojik bozuklukların standartlaştırılmış kemirgen başlangıç ve ilerleme modeli uygundur.
 Bu protokoller, insan temporal lob epilepsisine (TLE)8,9,10,11 benzerliği nedeniyle klinik öncesi çalışmalarda yaygın olarak kullanılan bir model olan epilepsinin kainik asit (KA) kaynaklı fare modelinde epilepsinin akut fazında doku lipidomu ve/veya transkriptom değişiklikleri üzerinde çalışmak için kapsamlı bir şekilde uygulanmıştır. Bu protokoller kullanılarak, Palmitoylethanolamide (PEA)12,13 gibi ilaçların terapötik potansiyeli aynı epilepsi fare modelinde değerlendirildi. Çalışmada, beyin ve periferde yüksek ve düşük mekansal çözünürlükte, maksimal akut nöbet yoğunluklarının zaman noktasında (60 dk posteizür indüksiyonunda) ve PEA ile subkronik ve akut tedavide dört farklı zaman noktasında (20, 60, 120 ve 180 dk) lipid ve mRNA değişiklikleri belirlendi. Tedavi edilmemiş KA enjekte edilmiş farelerin plazma, beyin ve periferik organları, akut ve subkronik olarak BEZELYE ile tedavi edilen farelerin yanı sıra araç ve BEZELYE aracı kontrol fareleri her zaman 12,13 noktasında toplanmış ve bu moleküler analiz ile araştırılmıştır. Moleküler veriler, akut epilepsi evresinin ilerlemesini ve PEA'nın hafifletme potansiyelini çözmek için nöbet skorlamasıyla elde edilen davranışsal fenotiplerin yanı sıra nörodejeneratif süreçler hakkında immünhistokinetri türetilmiş verilerle ilişkiliydi.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>12(S)-HETE</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay10007248-25</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12(S)-HETE-d8</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay334570-25</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1200 series LC System</td>
			<td>Agilent</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2100 Bioanalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/qPCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5(S)-HETE-d8</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay 334230</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ABI 7300 Real-Time PCR cycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/qPCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile LC-MS Chroma Solv</td>
			<td>Honeywell</td>
			<td>9814920</td>
			<td>Solvent/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>amber eppendorf tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td></td>
			<td>Sample Prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analyst 1.6.2 Software</td>
			<td>AB SCIEX, Darmstadt</td>
			<td></td>
			<td>Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical balance</td>
			<td>Mettler Toledo</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Arachidonic Acid-d8 MS Standard</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay-10007277</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bessmann Tissue Pulverizer</td>
			<td>Spectrum Laboratories, Inc. (Breda, Netherlands)</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bino</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td></td>
			<td>Microscopy</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cleaved Caspase 3 antibody</td>
			<td>Cellsignaling</td>
			<td>9661S</td>
			<td>Microscopy</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cryostat, Leica CM3050 S</td>
			<td>Leica Biosystems</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CTC HTC PAL autosampler</td>
			<td>CTC Analytics AG</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dumont Curved Forceps Dumoxel #7</td>
			<td>FST</td>
			<td>11271-30</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dumont Forceps Super fine tip #5SF (x2)</td>
			<td>FST</td>
			<td>11252-00</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA 1000 A R&#246;hrchen</td>
			<td>Kabe Labortechnik</td>
			<td>078001</td>
			<td>Sample Prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EP-1 EconoPump</td>
			<td>BioRAD</td>
			<td>700BR07757</td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fine Forceps Mirror Finish</td>
			<td>FST</td>
			<td>11412-11</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fine Iris Scissors straight sharp</td>
			<td>FST</td>
			<td>14094-11</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fine Scissor Tungsten Carbide straight</td>
			<td>FST</td>
			<td>14568-09</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iris Spatulae</td>
			<td>FST</td>
			<td>10094-13</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kainic acid</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab120100</td>
			<td>Epileptic drug</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipid View software</td>
			<td>AB SCIEX, Darmstadt</td>
			<td></td>
			<td>Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LPC 17:0</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>855676P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LPC 18:0</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>855775P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luna 2,5&#181;m C18(2)- HAST 100A LC column</td>
			<td>Phenomenex</td>
			<td>00D-4446-B0</td>
			<td>Instrumentation/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnifying lamp</td>
			<td>Maul GmbH</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol LC-MS Chroma Solv 99.9%</td>
			<td>Honeywell</td>
			<td>9814920</td>
			<td>Solvent/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Motic Camara</td>
			<td>Motic</td>
			<td></td>
			<td>Microscopy</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MTBE</td>
			<td>Honeywell</td>
			<td>34875-1L</td>
			<td>Solvent/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MultiQuant 3.0 quantitation software package</td>
			<td>AB SCIEX, Darmstadt</td>
			<td></td>
			<td>Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop 2000c Spectrophotometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/qPCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PA 16:0-18:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>840857P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PA 17:0-14:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>LM-1404</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Palmitoyl Ethanolamide</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay90350-100</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Palmitoyl Ethanolamide-d5</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay9000573-5</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PC 16:0-18:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>850457P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PC 16:0-18:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>850457P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PC 17:0-14:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>LM-1004</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PE 16:0-18:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>850757P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PE 17:0-14:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>LM-1104</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PG 16:0-18:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>840457P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PG 17:0-14:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>LM-1204</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PI 17:0-14:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>LM-1504</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Precelleys 24</td>
			<td>Peqlab</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Precellys Keramik-K&#252;gelchen</td>
			<td>Peqlab</td>
			<td>91-pcs-ck14p</td>
			<td>Sample Prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Precellys Stahlkugeln 2,8mm</td>
			<td>Peqlab</td>
			<td>91-PCS-MK28P</td>
			<td>Sample Prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Precellys-keramik-kit 1,4 mm</td>
			<td>VWR</td>
			<td>91-PCS-CK14</td>
			<td>Sample Prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prostaglandin D2</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay 12010</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prostaglandin D2-d4</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay 312010</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prostaglandin E2</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay10007211-1</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prostaglandin E2-d9</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay10581-50</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PS 17:0-14:1</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>LM-1304</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q Trap 5500 triple-quadrupole linear ion trap MS</td>
			<td>AB SCIEX</td>
			<td>AU111609004</td>
			<td>Instrumentation/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Real Time PCR System</td>
			<td>Appliert Biosystem</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/qPCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Resolvin D1</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay10012554-11</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rneasy Mini Kit - RNAase-Free DNase Set (50)</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>79254</td>
			<td>Sample Prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Security Guard precolumn</td>
			<td>Phenomenex</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/LCMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shandon coverplates</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>72110017</td>
			<td>Microscopy</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shandon slide rack and lid</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>73310017</td>
			<td>Microscopy</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SM 18:0</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>860586P</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SM d18:1/12:0</td>
			<td>Avanis Polaris</td>
			<td>LM-2312</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Standard Forceps straight Smooth</td>
			<td>FST</td>
			<td>11016-17</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Surgical Scissor ToughCut Standard Pattern</td>
			<td>FST</td>
			<td>14130-17</td>
			<td>Surgical Tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T3000 Thermocycler</td>
			<td>Biometra</td>
			<td></td>
			<td>Instrumentation/qPCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thromboxane B2</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay19030-5</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thromboxane B2-d4</td>
			<td>Biomol</td>
			<td>Cay319030-25</td>
			<td>Lipid Std</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue Lyser II</td>
			<td>Qiagen/ Retsch</td>
			<td>12120240804</td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue Tek</td>
			<td>Sakura Finetek</td>
			<td>4583</td>
			<td>Microscopy</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Toluidinblau</td>
			<td>Roth</td>
			<td>0300.2</td>
			<td>Microscopy</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vapotherm</td>
			<td>Barkey</td>
			<td>4004734</td>
			<td>Instrumentation/Sample prep.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wasser LC-MS Chroma Solv</td>
			<td>VWR</td>
			<td>9814920</td>
			<td>Solvent/LCMS</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

lipidomics and transcriptomics in neurological diseases

Lipitler, nörolojik hastalıklara elverişli beyin hakaretleri veya uyaranlar için birincil arayüz görevi görür ve hastalıkların başlangıcını ve ilerlemesini altı çizebilecek çeşitli sinyal veya ligand işlevine sahip lipitlerin sentezi için bir rezervuardır. Genellikle presemptomatik düzeyde değişen lipitler, ortaya çıkan bir ilaç hedefi ve biyobelirteç kaynağıdır. Birçok nörolojik hastalık, kısmen spesifik lipid sinyal sistemleri tarafından modüle edilen yaygın ayırt edici özellikler olarak nöroinflamatikasyon, nörodejenerasyon ve nöronal uyarılabilirlik sergiler. Çeşitli lipitlerin sentezinin birbirine bağımlılığı ve birbiriyle olan ilgisi, nörolojik bağlamların ortak yönlerini ve özgüllüklerini türetmek ve hastalığın başlangıç ve ilerlemesinin mekanistik yönlerinin çözülmesini hızlandırmak için çok yıllı, multienzim ve multireceptor bir analize neden olur. Lipid rollerinin farklı beyin bölgelerine abone olmak, nörolojik bir hastalıkla ilişkili lipid moleküler fenotip ve morfolojinin belirlenmesini ilerletir.
Burada sunulan, belirli bir nörolojik hastalık ve/veya durumla ilgili ayrı beyin bölgelerinden çıkarılan, işlevselliğinin altında bulunan enzimlerin ve mediatörlerin mRNA'sı ile birlikte membran lipitlerinin ve aşağı akış lipit sinyallerinin analizi için uygun modüler bir protokoldür. Doğru karşılaştırmalı lipidomik profilleme sağlamak için, iş akışları ve çalışma kriterleri aşağıdakiler için optimize edilmiş ve standartlaştırılmıştır: i) ilgi alanlarının beyin örneklemesi ve diseksiyonu, ii) birden fazla lipit sinyalinin ve membran lipitlerinin birlikte çıkarılması, iii) çift lipid/mRNA ekstraksiyonu, iv) sıvı kromatografisi çoklu reaksiyon izleme (LC/MRM) ve v) standart mRNA profilleme ile niceleme. Bu iş akışı, fonksiyonel olarak ayrı beyin alt bölgelerinin örneklemesi (yani beyin delme yoluyla) ile elde edilen düşük doku miktarları için elverişlidir, böylece doku heterojenliği ve/ veya hayvan değişkenliği nedeniyle multimoleküler analizde önyargıyı önler. Nörolojik hastalıkların periferik sonuçlarını ortaya çıkarmak ve nörolojik hastalık durumlarının çevirisel moleküler okumalarını oluşturmak, periferik organ örneklemesi, işleme ve bunların sonraki lipidomik analizlerinin yanı sıra plazma lipidomikleri de takip edilir ve açıklanır. Protokol akut epilepsi fare modelinde gösterilmiştir.

Açıklanan protokoller kümesi, hayvan modeli seçimi, örnekleme rotası, ekstraksiyon yöntemi ve profil oluşturma gibi amace özgü bir şekilde farklı düzeylerde birleştirilebilir (Şekil 1).
Akut epileptik nöbet durumu boyunca beyin ve periferde lipid düzeyi değişikliklerini belirlemek ve PEA'nın potansiyel antiepileptik etkisini ve beyin ve periferdeki lipidom...

Watch this Scientific Journal Video about Lipidomics and Transcriptomics in Neurological Diseases at JoVE.com

Lipidomics and Transcriptomics in Neurological Diseases

Bu makalede doku lipidomik ve transkriptomik için modüler bir protokol ve inflamasyon ve nöronal aktivitenin altında kalan lipitleri, membran lipitlerini, aşağı akış habercilerini ve lipid fonksiyonu altında bulunan mRNA kodlayıcı enzimleri/reseptörleri hedefleyen nörolojik hastalık fare modellerinde plazma lipidomikleri sunulmaktadır. Örnekleme, numune işleme, ekstraksiyon ve nicelik prosedürleri özetlenmiştir.

Nörolojik Hastalıklarda Lipidomik ve Transkriptomik

Lipids serve as the primary interface to brain insults or stimuli conducive to neurological diseases and are a reservoir for the synthesis of lipids with ...

Bu modüler protokol, örnek numune başına gelişmiş nicel ve nitel veri çıkışı ile ketum doku bölgelerinde ve kanda yapısal ve sinyal lipitleri ve/veya RNA'lar tarafından işlenen birden fazla moleküler olayı keşfetmeyi mümkün kılar. Yöntem herhangi bir deneysel model için geçerlidir ve insan doku örneklerine ve kana da uygulanabilir. Prosedürü gösterenler bir teknisyen olan Claudia Schwitter, yüksek lisans öğrencisi Julia Post ve grubumdaki bir postdoc olan Raissa Lerner olacak.Başlamak için, akut ve profilaktik olarak tedavi edilmiş kainik asit kaynaklı epilepsili farelerin daha önce izole edilmiş, bütün, donmuş beyinlerini alın. Beyinleri kriyostatın montaj sistemine monte edin. Kalınlığı 50 mikrometreye ayarlayın ve beyni ilgi çekici bölgeye yakın kırpma modunda dilimleyin.İlgi alanına yaklaşırken kalınlığı 18 ila 20 mikrometre olarak ayarlayın. İlginin alt kısmını lokalize etmek için, toluidin mavisi kullanarak beyin dilimlerini lekeleyin. Delik delmenin ilgi çekici bölgelerini belirlemek için lekeli dilimleri incelemek için bir mikroskop kullanın ve uygun beyin anatomik bölgelerini bulmak için referans olarak bir fare atlası kullanın.0,8 ila 1,0 milimetre çapında yumruklar almak için örnek corers kullanın. Endocannabinoidler ve eikosanoidler için yumrukları, tüp başına yedi önceden soğutulmuş çelik bilyeli önceden soğutulmuş 2 mililitrelik kehribar tüplere aktarın. Fosfolipidler ve endokannabinoidlerin birlikte çıkarılması, çift lipid ve RNA ortak ekstraksiyonu için, yumrukları seramik boncuklu 2 mililitre RNase içermeyen ekstraksiyon tüplerine aktarın.Soğuk odada donmuş zımbaları tartın ve hemen ekstraksiyona devam edin veya 80 santigrat derecede dondurun. Endocannabinoidlerin ve eikosanoidlerin beyin parçalarından, yumruklardan veya doku tozu örneklerinden sıvı-sıvı lipid birlikteliğini gerçekleştirmek için, doku örneklerini ve yedi çelik topu içeren ekstraksiyon tüplerini buza yerleştirin. İç standartları içeren 600 mikrolitre buz gibi MTBE ve 50 mikrolitre asetonitril su ekleyin.400 mikrolitre 0.1 molar formik asit ekledikten sonra, 30 saniye ila 1 dakika homojenleşmek için bir doku likörü kullanın. Bu homojenliği 15 dakika boyunca 5,000 kez g 4 santigrat derecede santrifüjleyin. Üst organik fazın transferini kolaylaştıracak sulu alt fazı dondurmak için 80 santigrat derecede 10 dakika dondurucuya yerleştirin.Üst organik fazı yeni 1,5 mililitrelik kehribar tüplere aktarın, 10 dakika boyunca 37 santigrat derecede hafif bir azot akışı altında buharlaşın ve daha fazla analiz için 50 mikrolitre asetonitril suda yeniden inşa edin. Daha fazla protein içeriği analizi için sulu fazı 20 veya 80 santigrat derecede saklayın. Plazma örneklerinden endokannabinoidleri ve eikosanoidleri bir arada çıkarmak için donmuş plazma örneklerini buza yerleştirin ve tamamen çözülmelerini bırakın.Referans plazma örnekleri kullanılarak spiking için optimize edilmiş iç standartları içeren 800 mikrolitre MTBE ve 50 mikrolitre asetonitril su ekleyin. 2 dakika boyunca 4 santigrat derecede 0,1 molar formik asit ve girdap 600 mikrolitre ekleyin. Örnekleri 4 santigrat derecede 15 dakika boyunca 4.000 kez g'da santrifüjleyin.Organik fazı yeni tüplere aktarın. 37 santigrat derecede hafif bir azot akışı altında buharlaştır ve sıvı kromatografi çoklu reaksiyon izleme analizi için 50 mikrolitre asetonitril su ile yeniden inşa edin. Fosfolipidlerin ve endokannabinoidlerin beyin bölgelerinden, yumruklardan veya diğer doku tozu örneklerinden birlikte çıkarılmasını gerçekleştirmek için, doku örneklerini ve seramik boncukları içeren ekstraksiyon tüplerini buza yerleştirin.800 mikrolitre metil tert-butil eter ve metanol karışımı ve iç standartları içeren 10 mikrolitre metanol ekleyin. Daha sonra, 25 mikromoler tetrahidrolipstatin / URB597 ve BHT mililitre başına 50 mikrogram içeren% 0.1 formik asit 200 mikrolitre ekleyin. Bir doku homojenizatör ile homojenizasyon yaptıktan sonra, 15 dakika boyunca 5.000 kez g ve 4 santigrat derecede santrifüj.Üst organik fazı yeni tüplere aktarın, 37 santigrat derecede hafif bir azot akışı altında buharlaşın ve ardından bu lipid ekstresini 90 mikrolitre metanol ile yeniden inşa edin. Hemen devam ediyorsanız, lipit ekstresinin bir aliquot'una% 10 su ekleyin ve fosfolipid analizi için LC / MS'ye 10 mikrolitre enjekte edin. Daha fazla endokannabinoid analizi için bir sonraki adıma geçin.Lipid özünden bir aliquot alın, kuruluğa buharlaşın ve asetonitril suda yeniden inşa edin. RNA ve lipitlerin çift ekstraksiyonu ve doku örneklerinden fosfolipidlerin ve endokannabinoidlerin birlikte çıkarılması, 4 santigrat derecede doku tozu aliquots veya beyin demetlerinin çözülmesini gerçekleştirmek. Mendili seramik boncuklu ekstraksiyon tüplerine ekleyin.Daha sonra 200 mikrolitre kloroform ile birlikte 600 mikrolitre RLT tamponu ekleyin. Fosfolipid ve endokannabinoid birlikteliği için, 10 mikrolitre iç standart karışıma sahip çivi örnekleri ve 20 saniye boyunca yüksek hızda homojenize edin. Homojenize edilmiş numuneleri yeni santrifüj tüplerine ve santrifüjene tam hızda beş dakika ve faz ayrımını sağlamak için 4 santigrat derece aktarın.Üst fazı standart bir kit kullanarak RNA ekstraksiyonu için yeni bir tüpe aktarın. Elute, RNA'yı toplam 50 mikrolitre RNase içermeyen su hacminde çıkardı ve 80 santigrat derecede depoladı. Lipid ekstraksiyonu için alt kloroform içeren faza 800 mikrolitre MTBE/metanol ve %0,1 formik asit 200 mikrolitre ekleyin.4 santigrat derecede 45 dakika boyunca girdap. Üst organik fazı yeni bir tüpe aktarın. 37 santigrat derecede hafif bir nitrojen akışı altında buharlaştır.Daha fazla LC/MS analizi için, numuneyi 90 mikrolitre metanol içinde yeniden oluşturmak ve 20 veya 80 santigrat derecede saklamak veya hemen analize devam etmek. Daha fazla endokannabinoid analizi için bir sonraki adıma geçin. Lipid özünden bir aliquot alın, kuruluğa buharlaşın ve asetonitril suda yeniden inşa edin.Daha sonra endokannabinoid analizi için LC/MS'e 20 mikrolitre enjekte edin. Akut epileptik nöbetlerin kainik asit indüksiyonu, enjeksiyondan bir saat sonra maksimum nöbet yoğunluğuna yol açtı. Endokannabinoidlerin ve eikosanoidlerin yanı sıra fosfolipidler ve endokannabinoidlerin lipidomik profillemeleri, serebral korteks, striatum, talamik bölge, hipokampus, hipotalamus, serebellumun yanı sıra kainic asit kaynaklı epileptik farelerde ve kontrollerde kalp ve akciğer dokusunda lipid seviyesi değişikliklerini göstermektedir.Fare beyin yumruklarının nicel profillemesi için fosfolipidler ve endokannabinoidler ve RNA'nın çift ekstraksiyonu yapıldıktan sonra, hipotalamus, bazolateral amigdala ve ventral ve dorsal hipokampustaki lipitlerin nicel dağılımı analiz edildi. Lipid sinyalinde yer alan endojen enzimlerin ve reseptörlerin göreceli ekspresyon düzeylerinin yanı sıra farklı beyin bölgelerinde mRNA düzeyinde araştırılan beyin aktivitesi belirteçleri ve kainik asit kaynaklı epileptik nöbet ve kontrollere maruz kalan farelerden alt bölgeler. Kainik asit kaynaklı epilepsi, çoğunlukla hipokampüsün CA1, CA3 ve hilus bölgesinde, kontrol salin enjekte edilen farelere kıyasla caspase-3 sinyali ile belirtilen apoptotik olaylar eşliğinde büyük NeuN sinyali kaybına neden oldu.Subkronik palmitoylethanolamid ile tedavi edildikten sonra nöronal çekirdek protein sinyali belirgin bir şekilde korundu ve CASP3 sinyali zar zor tespit edildi. Gizli beyin bölgelerinin beyin delme ve diseksiyonu oldukça zordur ve birden fazla kohort arasında tutarlı örnekleme elde etmek için ince beceriler gerektirir. Bu nedenle, test organları üzerinde pratik yapmak ve beyin morfolojisi hakkında iyi bilgi sahibi olmak şiddetle tavsiye edilir.

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Dissection and Culture of Commissural Neurons from Embryonic Spinal Cord

Embriyonik Omurilik Commissural Nöronlar Diseksiyon ve Kültür

Commissural neurons have been widely used to investigate the mechanisms underlying axon guidance during embryonic spinal cord development. The cell bodies ...

Systemic and Local Drug Delivery for Treating Diseases of the Central Nervous System in Rodent Models

Kemirgen Modeller Merkezi Sinir Sistemi Hastalıkları Tedavisinde Sistemik ve Yerel İlaç Taşıyıcı

Thorough preclinical testing of central nervous system (CNS) therapeutics includes a consideration of routes of administration and agent biodistribution ...

Measurement of Total Calcium in Neurons by Electron Probe X-ray Microanalysis

Elektron Probe X-ışını Mikroanaliz tarafından Nöronlar Toplam Kalsiyum Ölçümü

In this article the tools, techniques, and instruments appropriate for quantitative measurements of intracellular elemental content using the technique ...

Optogenetic Functional MRI

Optogenetic Fonksiyonel MRI

The investigation of the functional connectivity of precise neural circuits across the entire intact brain can be achieved through optogenetic functional ...

Measuring Progressive Neurological Disability in a Mouse Model of Multiple Sclerosis

Multipl Skleroz Fare Modeli Progressive Nörolojik Engellilik Ölçümü

After intracerebral infection with the Theiler's Murine Encephalomyelitis Virus (TMEV), susceptible SJL mice develop a chronic-progressive demyelinating ...

Measuring Synaptic Vesicle Endocytosis in Cultured Hippocampal Neurons

Sinaptik vezikül endositoz kültürlü Hipokampal nöronlar içinde ölçme

During endocytosis, fused synaptic vesicles are retrieved at nerve terminals, allowing for vesicle recycling and thus the maintenance of synaptic ...

Establishing Mouse Models for Zika Virus-induced Neurological Disorders Using Intracerebral Injection Strategies: Embryonic, Neonatal, and Adult

İntraserebral enjeksiyon stratejileri kullanarak Zika virüs kaynaklı nörolojik bozukluklar için fare modelleri oluşturma: embriyonik, Yenidoğan ve yetişkin

The Zika virus (ZIKV) is a flavivirus currently endemic in North, Central, and South America. It is now established that the ZIKV can cause microcephaly ...

An Objective and Reproducible Test of Olfactory Learning and Discrimination in Mice

Koku öğrenme ve ayrımcılık farelerde bir objektif ve tekrarlanabilir testi

Olfaction is the predominant sensory modality in mice and influences many important behaviors, including foraging, predator detection, mating, and ...

Time-lapse Live Imaging and Quantification of Fast Dendritic Branch Dynamics in Developing Drosophila Neurons

Time-lapse Live Imaging and Quantification of Fast Dendritic Branch Dynamics in Developing Drosophila Neurons

Drosophila Nöronlarının Geliştirilmesinde Hızlı Dendritik Dal Dinamiğinin Hızlandırılmış Canlı Görüntüleme ve Nicelleştirilmesi

Highly motile dendritic filopodia are widely present in neurons at early developmental stages. These exploratory dynamic branches sample the surrounding ...

In vitro Modeling for Neurological Diseases using Direct Conversion from Fibroblasts to Neuronal Progenitor Cells and Differentiation into Astrocytes

Fibroblastlardan Nöronal Progenitör Hücrelere Doğrudan Dönüşüm ve Astrositlere Farklılaşma Kullanarak Nörolojik Hastalıklar için İn vitro Modelleme

Research on neurological disorders focuses primarily on the impact of neurons on disease mechanisms. Limited availability of animal models severely ...