Name: multi-locus variable-number tandem-repeat analysis of the fish-pathogenic bacterium yersinia ruckeri by multiplex pcr and capillary electrophoresis
Uploaded: 2019-06-17T14:00:00
Duration: 10 min 33 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis of the Fish-pathogenic Bacterium Yersinia ruckeri by Multiplex PCR and Capillary Electrophoresis at JoVE.co

本研究は、ノルウェーの水産類研究基金(プロジェクトno.901119および901505)によって資金提供されました。私たちは、方法開発中に使用される細菌分離物とサンプルのすべての貢献者に感謝したいと思います。

注意:プロトコル全体について、ラボコート、使い捨て手袋、滅菌試薬および機器を使用して、すべてのウェットラボ手順を無菌で行うことをお勧めします。また、PCR製品(ポストPCR)のPCR増幅および/または取り扱いに使用されない別の部屋(PCR前)でPCR反応を調製することをお勧めします。製造元の推奨どおりにすべての試薬を保管してください。使用する試薬、機器、ソフトウェアの詳細については、材料の表を参照してください。
1. 細菌培養とゲノムDNAの抽出
<ol><li>任意の適切な寒天タイプにY.ラッケリ純粋な培養物を種まき(著者は5%ウシの血寒天を使用)、1〜2日間、または3〜4日間15°Cでインキュベートします。</li>
	<li>各寒天プレートから、接種ループを持つ単一の代表的なコロニーを選択し、50 μLの超精製水を含む1.5 mL遠心管に移します。100°Cの加熱ブロックで7分間中断、渦、インキュベートします。</li>
	<li>3分間16 000 x gの遠心分離機を使用し、ピペットを使用して上清を空の1.5 mL遠心管に慎重に移します。テンプレートDNAとして上清を用いて次の工程に進むか、そのような時まで-20°Cで保存する。</li>
</ol>2. 多重PCRセットアップとサイクリング条件
注:各多重PCR反応(Y.ラッケリ単離物につき2個)は、2x多重PCRプラスマスターミックスの12.5 μL、各適切なプライマーペアの0.1〜0.2 μM(表1)およびテンプレートDNAの3μLを含むべきであり、25 μLの最終反応体積に調整する。RNaseフリー水の添加。蛍光ラベルのフォワードプライマーの光暴露を最小限に抑えることを目指します(例えば、貯蔵チューブをアルミホイルで包むことによって)。
<ol><li>2つの多重PCRアッセイ(表1)のそれぞれについて、サンプル数にプラス1つの陽性および1つの負の対照に従って、上記のように(テンプレートDNAを含まない)マスターミックスを調出す。さらに、10%の余剰ボリュームを許可します。調製されたマスターは、低速で穏やかに混合する渦。</li>
	<li>各マスターミックスの22 μLを、サンプル数に応じてPCRストリップまたはプレート上の個々のウェルに別々に分配し、各ウェルに3μLのテンプレートを追加します(正対照および陰性コントロールの場合は、それぞれ検証済みのY.ラッケリのDNAを使用します)ひずみと超精製水)。シールと遠心分離機を簡単に。</li>
	<li>次のプログラムでPCRサーマルサイクラー上のすべてのサンプルを実行します:(i)95°C(ii)で0.5分、60°Cで1.5分、72°Cで1分、(iii)68°Cで60分、次に4°Cに冷却します。プログラムは3時間未満で完了します。</li>
</ol>3. ゲル電気泳動によるPCRアンプリコン確認
<ol><li>メーカーの勧告に従って、テストされるPCR反応の数に適した1xトリスボレートEDTA(TBE)バッファーに1.5%(w/v)のアガロースゲルの体積を調製する。鋳造する前に、ゲル溶液の50μLあたりの蛍光核酸色素の5μLを加え、混合する。鋳造に適したトレイと櫛を使用し、適切な数の井戸をDNAリファレンスラダーに自由に残します。</li>
	<li>設定後、GEシステムの1x TBEバッファにゲルを沈めます。PCR製品の5 μLを2μLの荷重色素と一緒に混合し、ゲルウェルに移します。参考のために空の井戸に5 μLのDNAはしごを追加します。</li>
	<li>約 15 cm あたり 110 V でゲルを約 1 時間実行し、UV ベースのゲルイメージング/視覚化システムを使用して、PCR アンプリコンを表す複数の (最大 5 つ) バンドの存在を確認します (図 1の例を参照)。ゲルを捨てます。次の工程に進むか、残りのPCR製品を4°Cで保存し、さらに処理します。</li>
</ol>4. 毛細血管電気泳動セットアップと実行条件
<ol><li>PCRアンプリコンの確認後、精製水中のPCR製品1:10(v/v)を希釈する。シール、ミックス、遠心分離機を簡単に。</li>
	<li>ヒューム食器棚で作業し、PCR製品あたり9 μLのホルムアミドと0.5 μLのサイズ標準からなるマスターミックスのボリュームを準備します(10%の余剰容積を可能にします)。渦は、希釈されたPCR製品の0.5 μLを追加する前に、利用可能なCEシステムに適したプレート上のウェルに9.5 μLを簡単に分配します。シール、ミックス、遠心分離機を簡単に。 注意:取り扱いは注意して。ホルムアミドと水を混合すると、有毒であるギ酸が生成されます。</li>
	<li>PCRサーマルサイクラーを使用して、4°Cに無期限に冷却する前に3分間95°Cでサンプルを変性させます。遠心分離機を簡単に取り付け、製造元の指示に従って校正されたCEシステムにプレートをロードします。</li>
	<li>選択した装置および次の設定のために適当に試薬を使用してフラグメント分析CEを実行する:60 °C;1.6 kV(cmあたり32 V)で5 s注射。15 kV(cmあたり300V)で32分の走行時間。24毛細血管(50 cm)上の24ウェルのCE断片分析は、通常、約50分かかります。</li>
</ol>5. VNTRサイズの呼び出し、繰り返しカウント計算とMLVAプロファイリング
注:ステップ 5.1 では、材料の表に記載されている特定のソフトウェアを使用して、エレクトロフェログラム ファイルから呼び出すY. ラッケリVNTR CE サイズについて説明します。その他の詳細とトラブルシューティングについては、ソフトウェアマニュアルを参照してください。その他のソフトウェアを使用する場合は、適切なマニュアルを参照してください。
<ol><li>
CE 結果ファイルをインポートします(Y. ラッケリ分離ごとに 2 つ)。分析方法をマイクロサテライトデフォルトに設定し、[分析]ボタンを押す前に、サイズ標準で適切な製品選択を選択します。サイズ一致エディターを使用してサイズ標準フラグメントを正しく識別し、目に見える誤った割り当てを修正します。
	<ol>
<li>読み取るサンプルを選択した後、[プロットの表示]ボタンを押し、Ctrlキーを押しながら Aキーを押して、サイズ変更テーブルの表示を有効にします。トップパネルで、VNTRアンプリコンを表す5つのピークをクリックしながらCtrlを押したままにします(必要に応じてズームツールを使用します)。 注:多重PCR産物のそれぞれについて、エレクトロフェログラムは、採用された3つの染料の間に分布する5つのピークを示します(表1のフォワードプライマーの5'色素標識と図2の2つの例を参照)。</li>
		<li>Ctrl キーを押しながら G キーを押して、5 つのハイライト表示されたピークの特性のみを表示するサイジング テーブルをフィルタリングし、ダウンストリーム アプリケーションの各 VNTR 軌跡 (表1を参照)の CE サイズコールを記録します。</li>
	</ol>
</li>
	<li>CE中の偏ったアンプリコン移動パターンを考慮するために、以下に示す式に従って正確なVNTR繰り返しカウントを計算し、軌跡特異的変数と共にVNTR CEサイズ呼び出しを採用する(表1参照)。効率を上めるには、このプロセスを自動化することをお勧めします (例えば、スプレッドシートテンプレートを使用して)。 <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/59455/59455eq1.jpg">
</li>
	<li>ラウンド計算された VNTR 繰り返しは、最も近い整数にカウントされ、10 桁の文字列に連結され、それぞれが単一の Y.ラッケリ分離の MLVA プロファイルを表します。</li>
</ol>6. MLVAデータの最小スパニングツリークラスタ分析
注:ステップ 6 では、材料の表に記載されている特定のソフトウェアを使用して、Y.ラッケリMLVA データから MST ダイアグラムを作成する方法について説明します。その他の詳細とトラブルシューティングについては、ソフトウェアマニュアルを参照してください。その他のソフトウェアを使用する場合は、適切なマニュアルを参照してください。
<ol><li>新しいデータベースを作成し、MLVA プラグインをアクティブにすることを選択します。</li>
	<li>Y. ラッケリMLVA プロファイルとメタデータをインポートする文字タイプのデータを選択し、その後にインポート フィールドと文字が続きます (ストレージ形式に応じてさらにサブ選択します)。プロンプトが表示された場合は、インポート ファイルの内容に従ってインポート ルールを指定します:宛先タイプ列で、VNTR 繰り返しを文字値として分類します: VNTR、およびその他のメタデータをエントリ情報: エントリ情報フィールド. 注:比較およびコンテキストについては、現在の MLVA プロトコル14を採用した元のペーパーと共に、パブリッシュされたデータセット全体 (オープン アクセス) をインポートすることもできます。Y.ラッケリ分離物(n = 484)の多様なコレクションに関するMLVAプロファイルとメタデータは、その研究で精査され、その補足材料(表S1およびS2)から次のリンクを通じて入手可能https://aem.asm.org/content/84/16/e00730-18/figures-only#fig-data-additional-files</li>
	<li>実験タイプパネルで、VNTRエントリを開き、各VNTR軌跡の最小値と最大値をそれぞれ0と100に設定します。[全般設定]で、小数点以下の桁数を0に設定し、[データ型]で[数値]を選択します。不在値をゼロと見なすように確認します。</li>
	<li>
MST クラスター分析用にインポートされたサンプルを選択し、[新しい比較の作成] ボタン (比較パネル) をクリックします。
	<ol>
<li>MST の視覚的な表示が必要な場合は、[グループ] パネルで使用できるさまざまなオプションを使用して、サンプルを色付きのグループ (特定のメタデータ特性に従ってなど) に割り当てます。 注:グループは、次の手順の後に遡及的に作成または変更することもできます。</li>
		<li>選択したサンプルに基づいて MST ダイアグラムを生成するには、カテゴリ データの [高度なクラスター分析]と[MST]を選択します。</li>
		<li>さらに、MST の視覚的な表示を優先として変更します (例えば、パーティションパラメータ、ノード/ブランチ ラベリング、架面、凡例などを追加するなど)。図 3の例を参照してください。 注:クラスター(クローン複合体)のパーティション分割しきい値 ≤4/10 非同一VNTR lociは、>5/10 非同一VNTR lociを表す分岐接続の隠蔽に加えて、以前に生成されたMLVAデータに基づくMSTクラスター分析に採用されていた。このプロトコル14 を使用します。前述の 484 Y. ラッケリMLVA プロファイルのデータセットがインポートされた場合、これらのサンプルは MST クラスター分析 (前述のように) に含めて、グローバルおよび履歴コンテキストを提供することもできます。これは、例えば、前述のクローン複合体と関連するサンプル、ならびにまだ説明されていない系統を表すサンプルの同定を容易にする。使用可能なメタデータに応じて、結果として得られる MST ダイアグラムは、特定の特性 (地理、ホスト、時間など) にリンクされた最終的なクラスタリング パターンを検出するなど、さまざまな方法で精査できます。</li>
		<li>必要に応じて、[画像のエクスポート] 選択を使用して、ファイナライズされた MST を必要な形式でエクスポートします。</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Barnes, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enteric+redmouth+disease+(ERM)+(Yersinia+ruckeri).">Enteric redmouth disease (ERM) (Yersinia ruckeri).</a> Fish Diseases and Disorders, Vol 3: Viral, Bacterial and Fungal Infections. 3, 484-511 (2011).</li><li>Barnes, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+genome+analysis+of+Yersinia+ruckeri+isolated+over+27+years+in+Australia+and+New+Zealand+reveals+geographical+endemism+over+multiple+lineages+and+recent+evolution+under+host+selection.">Whole genome analysis of Yersinia ruckeri isolated over 27 years in Australia and New Zealand reveals geographical endemism over multiple lineages and recent evolution under host selection.</a> Microbial Genomics. 2 (11), 000095 (2016).</li><li>Calvez, S., Mangion, C., Douet, D. G., Daniel, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pulsed-field+gel+electrophoresis+and+multi+locus+sequence+typing+for+characterizing+genotype+variability+of+Yersinia+ruckeri+isolated+from+farmed+fish+in+France.">Pulsed-field gel electrophoresis and multi locus sequence typing for characterizing genotype variability of Yersinia ruckeri isolated from farmed fish in France.</a> Veterinary Research. 46, 73 (2015).</li><li>Bastardo, A., Ravelo, C., Romalde, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multilocus+sequence+typing+reveals+high+genetic+diversity+and+epidemic+population+structure+for+the+fish+pathogen+Yersinia+ruckeri.">Multilocus sequence typing reveals high genetic diversity and epidemic population structure for the fish pathogen Yersinia ruckeri.</a> Environmental Microbiology. 14 (8), 1888-1897 (2012).</li><li>Wheeler, R. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yersinia+ruckeri+biotype+2+isolates+from+mainland+Europe+and+the+UK+likely+represent+different+clonal+groups.">Yersinia ruckeri biotype 2 isolates from mainland Europe and the UK likely represent different clonal groups.</a> Diseases of Aquatic Organisms. 84 (1), 25-33 (2009).</li><li>Eyre, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+multilocus+variable-number+tandem-repeat+analysis+and+whole-genome+sequencing+for+investigation+of+Clostridium+difficile+transmission.">Comparison of multilocus variable-number tandem-repeat analysis and whole-genome sequencing for investigation of Clostridium difficile transmission.</a> Journal of Clinical Microbiology. 51 (12), 4141-4149 (2013).</li><li>Sun, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+Locus+Variable-Number+Tandem-Repeat+and+Single-Nucleotide+Polymorphism-Based+Brucella+Typing+Reveals+Multiple+Lineages+in+Brucella+melitensis+Currently+Endemic+in+China.">Multiple Locus Variable-Number Tandem-Repeat and Single-Nucleotide Polymorphism-Based Brucella Typing Reveals Multiple Lineages in Brucella melitensis Currently Endemic in China.</a> Frontiers in Veterinary Science. 4, (2017).</li><li>Bouchouicha, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+performances+of+MLVA+vs.+the+main+other+typing+techniques+for+Bartonella+henselae.">Comparison of the performances of MLVA vs. the main other typing techniques for Bartonella henselae.</a> Clinical Microbiology and Infection. 15, 104-105 (2009).</li><li>Dahyot, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Locus+Variable+Number+Tandem+Repeat+Analysis+(MLVA)+and+Tandem+Repeat+Sequence+Typing+(TRST),+helpful+tools+for+subtyping+Staphylococcus+lugdunensis.">Multiple-Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis (MLVA) and Tandem Repeat Sequence Typing (TRST), helpful tools for subtyping Staphylococcus lugdunensis.</a> Scientific Reports. 8 (1), (2018).</li><li>Elberse, K. E. M., Nunes, S., S&#225;-Le&#227;o, R., van der Heide, H. G. J., Schouls, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-locus+variable+number+tandem+repeat+analysis+for+Streptococcus+pneumoniae:+Comparison+with+PFGE+and+MLST.">Multiple-locus variable number tandem repeat analysis for Streptococcus pneumoniae: Comparison with PFGE and MLST.</a> PLoS ONE. 6 (5), (2011).</li><li>Matejusova, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multilocus+variable-number+tandem-repeat+genotyping+of+Renibacterium+salmoninarum,+a+bacterium+causing+bacterial+kidney+disease+in+salmonid+fish.">Multilocus variable-number tandem-repeat genotyping of Renibacterium salmoninarum, a bacterium causing bacterial kidney disease in salmonid fish.</a> BMC microbiology. 13, 285 (2013).</li><li>Duodu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+multiple-locus+variable-number+of+tandem+repeat+analysis+(MLVA)+for+the+fish+pathogen+Francisella+noatunensis+using+capillary+electrophoresis.">An improved multiple-locus variable-number of tandem repeat analysis (MLVA) for the fish pathogen Francisella noatunensis using capillary electrophoresis.</a> BMC Veterinary Research. 9, 252 (2013).</li><li>Abayneh, T., Colquhoun, D. J., Austin, D., S&#248;rum, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multilocus+variable+number+tandem+repeat+analysis+of+Edwardsiella+piscicida+isolates+pathogenic+to+fish.">Multilocus variable number tandem repeat analysis of Edwardsiella piscicida isolates pathogenic to fish.</a> Journal of Fish Diseases. 37 (11), 941-948 (2014).</li><li>Gulla, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multilocus+variable-number+tandem-repeat+analysis+of+Yersinia+ruckeri+confirms+the+existence+of+host+specificity,+geographic+endemism,+and+anthropogenic+dissemination+of+virulent+clones.">Multilocus variable-number tandem-repeat analysis of Yersinia ruckeri confirms the existence of host specificity, geographic endemism, and anthropogenic dissemination of virulent clones.</a> Applied and Environmental Microbiology. 84 (16), (2018).</li><li>Pasqualotto, A. C., Denning, D. W., Anderson, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+cautionary+tale:+Lack+of+consistency+in+allele+sizes+between+two+laboratories+for+a+published+multilocus+microsatellite+typing+system.">A cautionary tale: Lack of consistency in allele sizes between two laboratories for a published multilocus microsatellite typing system.</a> Journal of Clinical Microbiology. 45 (2), 522-528 (2007).</li><li>Lista, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotyping+of+Bacillus+anthracis+strains+based+on+automated+capillary+25-loci+multiple+locus+variable-number+tandem+repeats+analysis.">Genotyping of Bacillus anthracis strains based on automated capillary 25-loci multiple locus variable-number tandem repeats analysis.</a> BMC Microbiology. 6, 33 (2006).</li><li>. Thermo Fisher Scientific DNA Fragment Analysis by Capillary Electrophoresis Available from: <a target="_blank" href="https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/fragment-analysis-chemistry-guide.pdf">https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/fragment-analysis-chemistry-guide.pdf</a> (2014)</li></ol>

著者は何も開示していない。

ここで提示される多重PCRはいずれも、テンプレートDNA品質が悪い面で比較的堅牢に見えたが、非常に高いDNA濃度のテンプレートを使用する場合、PCR増幅の欠如が時折観察された。これらの問題は、PCR の前にテンプレートを希釈することで容易に解決されました。ここで採用されるものよりもDNA抽出のための他の方法も使用されてもよい(例えば、市販キット)。
各多重PCR反応から5つのアンプリコンが期待されますが、同じ反応内の一部の(異なるラベル付き)VNTR遺伝子座はサイズ範囲が重複しているので、5つの視覚的に区別可能なバンドがGEから常に期待されるとは限りません。最終的なPCR延長時間は60分短縮される可能性がありますが、その後のCEエレクトロフェログラムにおける分割ピークの発生が増加する可能性があります(下記参照)。特に、GEステップの目的は純粋にPCRアンプリコンの定性検証のためであるので、ランタイム、電圧および/またはゲルレシピは好ましいように調整され得る。GEによって特に弱いバンドが観察される場合は、CEの前にそれらのサンプルの希釈係数を減少させるのが望ましいかもしれません。
ここで説明するCEプロトコルは、特定の市販の毛細血管電気泳動装置(材料の表を参照)上で実行されましたが、異なるCEシステムは異なるサンプル要件を有する可能性があり、プロトコルにいくつかの変更を促す可能性があります。.フラグメント分析の適切な試薬/機器、キャリブレーション等の説明については、各CEシステムメーカーのマニュアルを参照してください。また、CE中に観察される偏ったアンプリコン移動パターンは、他のMLVAプロトコル15、16について以前に文書化されているように、CEシステムおよび/またはマシン間で比較的異なる可能性があります。最終的な(丸められた)VNTR繰り返しカウントが影響を受ける程度に発生する場合、これは、VNTR繰り返しカウントを決定するために使用される軌跡特異的変数sおよびi(表1)を再キャリブレーションする必要があることを意味します。 これには、Gulla et al. 201814で説明されているように、正確なシーケンス サイズと CE サイズ呼び出しを比較するプロットの線形回帰が含まれます。
スプリットピークおよびスタッターピークは、CEベースのMLVAタイピング17における既知のアーティファクトの両方が、サイズ呼び出し中のエレクトロフェログラムで観察されてもよい(図4)。スタッターピークは無視する必要がありますが、単一のベースペアで区切られた分割ピークの場合、ダウンストリームアプリケーションでは長いピークを一貫して選択する必要があります。さらに、特定のVNTR遺伝子座の欠如を示す不存在のピークはまれであるが、その場合、繰り返しカウント'0'を割り当てる必要があります。DNAが抽出される開始培養物が純粋でない場合(すなわち、複数のY.ラッケリサブタイプを含む)、同じ遺伝子座/遺伝子座の異なるアレルに対応する複数の背の高いピークがCEの後に観察されてもよい。二次栽培は、再タイピングのための新しいDNA抽出の前に、単一のコロニーから行う必要があります。
プロトコルで述べたように、PCRのテンプレートDNAは、デフォルトでY.ラッケリの純粋な培養物から抽出されるべきである。しかし、いくつかのケースでは、qPCR(Ct値<27)によるY.ラッケリに陽性の卵液試料を試験し、事前培養を行わずに直接MLVAを直接入力し、増加量のゲノムDNA(市販キットで抽出)をテンプレートとして使用することに成功した。このアプローチは広範囲にテストも検証もされていないが、Y.ラッケリに加えて、様々な生物のDNAを含む複雑な生物学的マトリックスを調べるためのこのMLVAアッセイの可能性を示している。
ここで提示されるMLVAタイピング手順全体は、DNA抽出から精巣学的評価まで、1営業日で完了してもよい。しかし、検査されたサンプルの数は、DNA抽出、PCRおよびCEに必要な時間との線形関係にあり、したがって、複数のサンプルを同時に実行する場合、この方法ははるかに時間効率が高くなります。これは、ほとんどのラボベースの方法の場合であり、Y.ラッケリの疫学的サブタイピングのためのツールとして、高解像度、シンプルさと移植性の組み合わせとして、このMLVAアッセイは、以前に公開されたプロトコルよりも優れています4 、5.また、Y.ラッケリ血清14の限られた疫学的関連性を検証するためにも使用されている。
484 Y.ラッケリ分離物を含む包括的なMLVAベースの人口調査を通じて、様々な時空間起源と生息地(宿主魚、環境など)から回収され、エピゾチオロジーと人口に関する我々の理解この重要な魚の病原体の構造は実質的に14増加した。MLVAタイピングは、おそらく魚の輸送を通じて、おそらく数十年にわたって人類学的に広まったクローンのトレースだけでなく、局所的に限定された株の同定を可能にしました。さらに、細菌のいくつかのクローン複合体は、特定の魚の宿主(それぞれ虹マスと大西洋サーモン)の病気に明らかに関連している可能性がありますが、他のものは、環境源および/または臨床的に影響を受けていない魚からしか回収されませんでした。標本。したがって、この方法の適用性は感染トレースに限定されるものではなく、ワクチンの開発、リスク評価、国家バイオセキュリティの維持など、潜在的な関連性に関する情報を提供する可能性もある。現在、ノルウェーの水産養殖におけるY.ラッケリ診断を調査するためのツールとして、ノルウェー獣医学研究所で積極的に使用されています。

ヤルシニア・ラッケリは、グラム陰性細菌であり、ヤスニア科科のメンバーであり、世界中の養殖サケド魚でエルシニオシスを引き起こす。多くの種類の寒天培地で培養することで感染魚から容易に診断されるが、最近まで、世界中のY.ラッケリの集団構造や上獣学について、また異なる生息地(宿主種など)についてはほとんど知られていなかった。Y.ラッケリのための既存の血清入力システムは一貫性がなく、相互互換性を欠き、低い疫学的分解能を提供する。細菌に関するいくつかの分子研究が行われており、マルチロカス配列タイピング(MLST)、パルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)または全ゲノム配列(WGS)解析2、3、4などの技術を用いて行われている。 、5.しかし、MLSTは日常的な感染トレースに十分な高分解能を提供しませんが、PFGEは手間がかかり、ラボ間で容易に移植できない結果を生み出します。WGS分析は、ほぼ究極の解決策を提供しますが、そのような分析の確立と実装は、比較的少数の研究所に制限されたままの技術的およびバイオインフォマティクス機能を前提としています。
マルチ遺伝子座変数数の連動分析(MLVA)は、WGS分析6、7とほぼ一致する場合に遺伝的分解能を提供する、シンプルで簡単にアクセス可能な分子タイピングツールを表します。この手法は、選択した変数番号の連動性 (VNTR) 遺伝子座の繰り返し数の変動に基づいており、転送性の高い出力データが得られ、オンライン データベースやラボ間でのプロファイリングされた分離の比較が簡単になります。MLSTは、多くの細菌病原体の疫学的タイピングのゴールドスタンダードのままですが、研究の増加は、MLVA8、9、10の有意に高い判別力を識別します。また、フランセシエラ・ノアチュネンシス、エドワージエラ・ピシチダ、レニバクテリウム・サモニナラム11、12などの魚病原性細菌を標的にしたいくつかのプロトコルも発表されている。 13.
ここで提示された10遺伝子座MLVAプロトコルは、最近広範なY.ラッケリ集団研究14の基礎を形成し、寒天栽培コロニー、多重PCRおよび毛細血管電気泳動(CE)からのDNAの抽出を含む。シリコアプリケーションで下流に続きます。各調べた単離物について、2つの多重PCRは、それぞれ個々のVNTR領域を標的とする5つの蛍光標識プライマーペア(6FAM、NEDまたはVIC)を含み、同一の条件下で並列に実行される。ゲル電気泳動(GE)によるPCRアンプリコンの検証に続いて、PCR産物はCE分析の前に希釈され、それぞれのVNTR遺伝子座を表すピークは、得られたエレクトロフェログラムファイルからサイズ呼び出されます。CE の渡り点パターンの小さなシーケンス固有の不一致を考慮した軌跡固有の数式と共に、VNTR CE サイズ呼び出しは、10 桁の MLVA プロファイルに連結された VNTR 繰り返しカウントを計算するために使用されます。これらは、エピゾーチロジー評価の入力として使用されます(例えば、最小スパニングツリー(MST)ダイアグラムにおけるクラスター解析による)。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >22&#176;C/15&#176;C incubator</td>
			<td >As preferred.</td>
			<td >NA</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5&#39; Labeled Primer, 10K PMOL, Desalted, Dry</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>450007</td>
			<td>Sequences and labelling in Table 1. Prepare working aliquouts in TE-buffer.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Agarose, universal, peqGOLD</td>
			<td>VWR</td>
			<td>732-2789P/732-2788</td>
			<td>Used during gel electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Avant 3500xL Genetic Analyzer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A30469</td>
			<td>Used for capillary electrophoresis fragment analysis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >BioNumerics7 modules</td>
			<td>Applied Maths</td>
			<td>NA</td>
			<td>Used for generating Minimum spanning trees from MLVA data.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Centrifuge(s)</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Custom DNA Oligo, 25N, Desalted, Dry</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A15612</td>
			<td>Sequences in Table 1. Prepare working aliquouts in TE-buffer.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Gel Loading Dye (6X)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>R0611</td>
			<td>Loading dye used during gel electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Eppendorf Safe-Lock Tubes, 1.5 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30120086</td>
			<td>Centrifuge tubes used during DNA extraction.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Freezer</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fume cupboard</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gel electrophoresis system</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GelRed Nucleic Acid Stain, 10,000X in water</td>
			<td>Biotium</td>
			<td>41003</td>
			<td>Fluorescent nucleic acid dye used during gel electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GeneMapper Software 5</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4475073</td>
			<td>Used for reading electropherograms from capillary electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GeneRuler 50 bp DNA Ladder, ready-to-use</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>SM0373</td>
			<td>DNA ladder used during gel electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GeneScan 600 LIZ dye Size Standard v2.0</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4408399</td>
			<td>Size standard used during capillary electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Heating block</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hi-Di Formamide</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4311320/4440753</td>
			<td>Deionized formamide used during capillary electrophoresis. Prepare working aliquouts.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Milli-Q water</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>Purified water used during PCR and capillary electrophoresis. Standard recipe; produced in-house.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multiplex PCR&#160;Plus&#160;Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>206151/206152</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PCR thermal cycler</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >POP-7 Polymer for 3500 Dx/3500xL Dx Genetic Analyzers</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A26077/4393713/4393709</td>
			<td>Separation matrix used during capillary electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Pure culture Yersinia ruckeri</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>E.g. cryopreserved or fresh.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >RNase-free water</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>NA</td>
			<td>In: Multiplex PCR&#160;Plus&#160;Kit</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Tris-borate-EDTA (TBE)&#160; buffer</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>Standard recipe; produced in-house.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trypsine soy agar/bovine blood agar</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>Standard recipe; produced in-house.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >UV-based gel imaging/visualisation system</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Vortexer</td>
			<td>As preferred.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

multi-locus variable-number tandem-repeat analysis of the fish-pathogenic bacterium yersinia ruckeri by multiplex pcr and capillary electrophoresis

ユルシニア・ラッケリは、世界中の養殖サケの重要な病原体であるが、この細菌の精巣学的調査(感染追跡等)に適した単純なツールが欠けている。したがって、マルチローカス可変数タンデムリピート分析(MLVA)アッセイは、回収された分離物の高解像度ジェノタイピングのための簡単にアクセス可能で明確なツールとして開発されました。ここで提示されるMLVAアッセイでは、培養Y.ラッケリサンプルから細菌細胞を水中で沸騰させることによりDNAを抽出し、続いてPCRのテンプレートとして上清を使用する。Y.ラッケリゲノム全体に散在する10個の可変数連動性(VNTR)遺伝子座を標的とするプライマーペアは、同一のサイクリング条件下で実行される2つの5プレックスPCR反応の間で均等に分布する。前方プライマーは、3つの蛍光色素のいずれかで標識されています。ゲル電気泳動によるアンプリコン確認に続いて、PCR製品を希釈し、毛細血管電気泳動を行う。得られたエレクトロフェログラムプロファイルから、VNTR遺伝子座のそれぞれを表すピークは、サイズと呼ばれ、シリコにおけるVNTRリピートカウントを計算するために使用される。結果として得られる 10 桁の MLVA プロファイルを使用して、クラスター分析によるエピゾーチロジー評価を可能にする最小スパニング ツリーを生成します。非常にポータブルな出力データは、数値 MLVA プロファイルの形式で、ラボ間で迅速に比較し、時空間コンテキストに配置できます。培養コロニーからエピゾチロジー評価までの全手順は、1営業日以内に最大48 Y.ラッケリ単離物で完了することができる。

ここで説明するマルチプレックス PCR に続いて、各 PCR 反応から複数のアンプリコンの存在を検証する典型的な GE イメージを図 1に示します。検証済みPCR産物に対して行われた下流CEフラグメント解析は、検査したY.ラッケリ分離液ごとに、それぞれのVNTR遺伝子座のサイズ呼び出しに使用される2つのエレクトロフェログラムファイルをもたらす(図2)。484種のY.ラッケリ単離物の分析から、同じ多重反応で同じ色素で標識されたVNTR遺伝子座間でアンプリコンサイズ範囲の重複は認められなかった(表1)14。したがって、各電気泳動ピークは、色によって明確に識別することができます。
MLVAプロファイルと関連メタデータを優先ソフトウェアにインポートした後、MSTダイアグラムは、材料に関心のある疫学的パターンを精査するために記述されているように構築することができます。それぞれのソフトウェアで利用可能な追加オプションについては、適切なマニュアルを参照してください。例として、図3は、ノルウェーの5つの異なるサケ農場に関連する魚から回収されたY.ラッケリ分離物のMLVAプロファイルのMSTによる比較を示しています。
10個のVNTR遺伝子座の一貫した繰り返しサイズ、ならびにそのインビトロおよび生体内安定性は、このプロトコル14に基づく元の研究で以前に検証されている。簡単に言えば、これはサンガーシーケンシング(リピートサイズ)を使用して行われ、MLVAは、連続した通路(インビトロ)に続く複数の単離物をMLVAタイピングし、個々の疾患の発生内(インビボ)から行いました。さらに、大西洋サケの永続的に感染した淡水生産地から数年にわたって回収された複数の「ハウス株」を入力して、時間の経過とともに遺伝子座の環境安定性を調べた。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59455/59455fig1.jpg"> 図 1:複数のPCR製品の存在を確認するゲル電気泳動。画像は、サンプルを含むすべての12レーンに複数のPCRアンプリコンの存在を確認し、使用されるDNAはしごを表す最初のレーンを使用しています。選択されたはしご断片のサイズは、PCRアッセイと歪みを持っているように示されています(Gulla et al. 201814の表S1を参照)各レーンの所属。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59455/59455fig1large.jpg" target="_blank">この図のより大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59455/59455fig2.jpg"> 図 2: VNTRアンプリコンに対応するピークを示すエレクトロフェログラム。異なるVNTR遺伝子座の名前が示され、色素ラベル(VIC = 緑;NED = 黒;6FAM = 青) を括弧内に入れ。2つの電気フェログラム(PCRアッセイ1トップ;PCRアッセイ2ボトム)は、単一のY.ラッケリ分離のタイピングに由来する。オレンジピーク(色素LIZ)は、採用されるサイズ基準を表します。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59455/59455fig2large.jpg" target="_blank">この図のより大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59455/59455fig3.jpg"> 図 3: 疫学的評価のための最小スパニングツリーの例。この図は、5つの異なるノルウェーの農場(1-5;伝説を参照)で大西洋サケから回収されたY.ラッケリ分離物からのMLVAプロファイルに基づいており、再発性のイリニスオシスの発生を経験しています。農場の起源にリンクされた明確なクラスタリング傾向が観察される。架線は、≤1/10 非同一VNTR遺伝子座を含むすべての可能な接続を示しています(凡例を参照)。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59455/59455fig3large.jpg" target="_blank">この図のより大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/59455/59455fig4.jpg"> 図 4: スタッターとスプリットピークを可視化するエレクトロフェログラム。この場合、両方が同時に発生しますが、必ずしもそうであるとは限りません。YR1070 VNTR軌跡を表す長くて背の高いピークは、容易に区別することができる。ディスプレイは拡大され、青色染料のピークのみが表示されます。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/59455/59455fig4large.jpg" target="_blank">この図のより大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Table 1" src="/files/ftp_upload/59455/59455table1.jpg"> 表 1: VNTR イナカス特性.本MLVAプロトコルで標的とされた10 Y.ラッケリVNTR領域の関連特性。

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Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis of the Fish-pathogenic Bacterium Yersinia ruckeri by Multiplex PCR and Capillary Electrophoresis

ここで提示されるマルチローカス可変数のたてがみ分析(MLVA)アッセイは、魚病原性細菌エルシニアラッケリの安価で堅牢でポータブルな高解像度ジェノタイピングを可能にします。純粋な培養から始まり、アッセイは多重PCRおよび毛細血管電気泳動を採用し、下流の適用のための10遺伝子座MLVAプロフィールを作り出す。

多重PCRと毛細血管電気泳動による魚病原性細菌エルシニアラッケリの多軌変動数のカンデム繰り返し分析

Yersinia ruckeri is an important pathogen of farmed salmonids worldwide, but simple tools suitable for epizootiological investigations (infection tracing, ...

このMLBジェノタイピングプロトコルは、国際的に重要な魚病原細菌であるエルシニア・ラッケリの疫学と世界的な人口構造に対する理解を大幅に高めています。以前に確立されたエルシニアラッケリタイピングスキームと比較して、それは非常に高い歪み解像度を提供しています。プロシージャは実験室間で容易に比較することができる簡単で、安く、そして賞の携帯用の結果である。この技術は診断の特異性を大幅に改善し、感染のトレースを可能にする。例えば、非有害な環境株を背景に、有害なエルシニア・ラッケリクローンを区別することが多くなっています。この手順のデモンストレーションは、研究室の技術者であるサイマ・ナスリン・モハマドです。まず、無菌接種ループを使用して、ペトリ料理の適切な寒天タイプにエルシニア・ラッケリ純粋な文化をまき出します。摂氏22度で1~2日、摂氏15度で3~4日間インキュベートします。その後、接種ループを使用して、各ペトリ皿から1つの代表的なコロニーを選び、再中断する50マイクロリットルの超精製水を含む1.5ミリリットルの遠心管に移します。渦を短時間、摂氏100度の暖房ブロックで7分間インキュベートします。次いで、16,000 gで3分間遠心分離機を使用し、ピペットを使用して上清テンプレートDNAを空の1.5ミリリットル遠心管に慎重に移します。次のステップに進むか、20°CでDNAを保存します。マスターミックスを調製するために、まず、分析される細菌サンプルの数に応じて試薬の量を計算し、また、原稿に詳述されているように、1つの陰性および1つの正の対照、および最終的な10%余剰体積を考慮する。異なるプライマー濃度が使用されることに注意してください。PCRアッセイごとに1本の別々の遠心分離管で、マルチプレックスPCRプラスマスターミックス、プライマー、およびRNaseフリーウォーターを加えます。ボルテックスは、調製されたマスターが低速で穏やかに混合し、各マスターミックスの22マイクロリットルを、PCRストリップまたはプレート上の個々のウェルに個別に分配します。次に、調製したDNAテンプレートの3マイクロリットルをマスターミックスを含む各ウェルに加え、細菌サンプルあたり2つのウェルを、アッセイごとに1つずつ加えます。確認されたエルシニア・ラッケリ株のDNAを正の対照に使用し、超精製水を使用して陰性対照を行います。シールと遠心分離機を簡単に。準備した反応をPCRサーモサイクラーにロードし、原稿に従ってプログラムを設定します。プログラムは3時間以内に完了します。メーカーの推奨事項に従って、アガロースゲルパウダーをTBEバッファーに1回加えて1.5重量/体積%に達し、熱を溶かします。鋳造する前に、溶存したゲル溶液を流水下で短時間冷やし、50マイクロリットルのゲル溶液と混合につき5マイクロリットルの蛍光核酸染料を加える。鋳造トレイを組み立て、レベル付けします。サンプル数に合わせてコーンを追加します。ゲル溶液をキャストに注ぎ、固めるのを待ちます。その後、ゲルを含むキャストをゲル電気泳動システムにTBEバッファーを1回に沈水する。新しい PCR ストリップに 2 マイクロリットルの PCR 製品と 2 マイクロリットルの負荷染料を混合します。5マイクロリットルの混合物をゲル内のウェルに移す。少なくとも 1 つの空を保存します。参照のために空の井戸にDNAの梯子の5マイクロリットルを加える。電極を差し込み、ゲルを15センチメートル当たり110ボルトで約1時間動かします。PRCアンプリコンを表す複数のバンドの存在を確認するには、UVベースのゲルイメージングシステムを使用します。PCR アンプリコンの確認後、新しい PCR ストリップまたはプレートを使用して、PCR 製品を精製水に 1 ~ 10 まで希釈します。渦と遠心分離機を簡単に。ヒューム食器棚で作業しながら、フォームアミドとリファレンスサイズの標準溶液からなる遠心分離管にマスターミックスを準備します。分析するPCR産物の数に応じて、原稿に詳述されている試薬量を使用する。10%の余剰ボリュームを許可します。ボルテックスは、利用可能なキャピラリー電気泳動システムに適したPCRプレート上の個々のウェルに9.5マイクロリットルを簡単に分配します。その後、希釈PCR産物を0.5マイクロリットル加えます。シールと遠心分離機を簡単に。次に、サンプルを含むプレートをPCRサーモサイクラーにロードし、サンプルを摂氏95度で3分間変性させてから、無期限に摂氏4度まで冷却します。1000 g で 1 分間遠心分離機を使用し、シールを慎重に取り外し、メーカーの指示に従ってプレートをキャピラリー電気泳動システムに積み込みます。フラグメント分析キャピラリー電気泳動を実行し、選択した装置に適した試薬を用いて、原稿の説明に従って実行条件を調整する。YersiniaラッカリVNTR毛管電気泳動サイズの呼び出しのために、最初のインポート毛細血管電気泳動の結果ファイルは、ジーンマッパー5ソフトウェアに。解析方法を「マイクロサテライトのデフォルト」に設定し、サイズ標準で適切な製品を選択してから、「分析」ボタンを押します。サイズマッチエディタを使用して、サイズ標準フラグメントの正しい識別を確認し、目に見えて誤った割り当てを修正します。次に、読み取るサンプルを選択し、[印刷を表示]ボタンを押し、[コントロール A]を押してサイズ変更テーブルのビューを有効にします。上部パネルで、コントロールを押しながら、VNTRアンプリコンを表す5つのピークをクリックします。Control G を押して、5 つの強調表示されたピークの特性のみを表示してサイズ変更テーブルをフィルタリングし、ダウンストリーム アプリケーションの各 VNTR 軌跡のサイズコールを記録します。キャピラリー電気泳動時の偏ったアンプリコン移動パターンを考慮するために、取得したサイズコールを軌跡固有の変数と組み合わせて使用して、正確なVNTR繰り返し回数を計算します。数式は、自動化用のスプレッドシート テンプレートに実装できます。スプレッドシートでは、計算された VNRT のラウンドの繰り返しは、ダウンストリーム解析の前に最も近い整数にカウントオフされます。BioNumerics ソフトウェアで新しいデータベースを作成し、MLVA プラグインをアクティブにすることを選択します。実験タイプパネルで、[新しい実験タイプの作成] を押し、[文字タイプ] を選択し、質問時にデフォルト設定を使用します。次に、新しい実験を選択し、値範囲としてゼロから100を使用して、10 VNTR loci のそれぞれに新しい文字を追加します。メインパネルに戻って、インポートフィールドと文字を選択して、Yersinia ruckeri VNTR繰り返しカウントとメソッドデータをインポートします。このファイルが保存されているファイルを見つけ、[変換先の種類] 列で選択します。VNtrs の場合、これは適切な文字値を選択し、その他のメタデータは入力情報フィールドとして分類されるということを意味します。後で行ったプロセスを容易にするために、選択をテンプレートとして保存することができます。MST クラスタ分析用にインポートされたサンプルを選択し、[比較] パネルの [新しい比較の作成] ボタンをクリックします。MST のビジュアル プレゼンテーションに必要な場合は、特定のメタデータ機能に従って、サンプルを色付きグループに割り当てます。次に、カテゴリ データの [高度なクラスター分析] と [MST] を選択して、選択したサンプルに基づいて MST ダイアグラムを生成します。さらに、パーティションパラメータ、クロス長、ノードブランチラベリングなどを追加して、MSTの視覚的な表示を変更します。必要に応じて、[イメージのエクスポート] を使用して、確定した MST を目的の形式でエクスポートします。多重PCRに続いて、ゲル電気泳動画像は、サンプルを含む全12レーンに複数のアンプリコンの存在を確認し、最初のレーンはDNAラダーを表します。毛細管電気泳動に起因する電気フェログラムでは、サイズと色素の標識の組み合わせに従って異なるVNTR遺伝子座を同定することができる。オレンジ色のピークは、使用されるサイズ標準を表します。5つの異なるノルウェーの農場で大西洋サケから回収されたエルシニア・ラッケリ分離株からのMLVAプロファイルに基づく最小スパニングツリーの例が示されています。ファームの起源に関連する明確なクラスタリング傾向を観察することができます。例えば、魚種の地理的領域など、支配する異なるエルシニア・ラッケリクローンのMLVAによる同定は、この病原体に対するワクチン接種戦略を改善するために既に利用されている。

Research

JoVE Journal

Genetics

Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis of the Fish-pathogenic Bacterium Yersinia ruckeri by Multiplex PCR and Capillary Electrophoresis

Using a Fluorescent PCR-capillary Gel Electrophoresis Technique to Genotype CRISPR/Cas9-mediated Knockout Mutants in a High-throughput Format

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Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer by CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

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急性骨髄性白血病細胞におけるCRISPR/Cas9リボヌクレオタンパク質によるRUNX1イントロニックサイレンサーの転写役割の調査

The bulk of the human genome (~98%) is comprised of non-coding sequences. Cis-regulatory elements (CREs) are non-coding DNA sequences that contain binding ...

Detection of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) Antisense Protein (ASP) RNA Transcripts in Patients by Strand-Specific RT-PCR

Detection of Human Immunodeficiency Virus Type 1 HIV-1 Antisense Protein ASP RNA Transcripts in Patients by Strand-Specific RT-PCR

鎖特異的RT-PCRによる患者におけるヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)アンチセンスタンパク質(ASP)RNA転写物の検出

In retroviruses, antisense transcription has been described in both human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and human T-lymphotropic virus 1 (HTLV-1). ...

Characterization of In Vitro Differentiation of Human Primary Keratinocytes by RNA-Seq Analysis

RNA-Seq解析によるヒト原発性角化細胞のインビトロ分化の特徴

Human primary keratinocytes are often used as in vitro models for studies on epidermal differentiation and related diseases. Methods have been reported ...