Name: monitoring bacterial colonization and maintenance on arabidopsis thaliana roots in a floating hydroponic system
Uploaded: 2019-05-28T09:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Monitoring Bacterial Colonization and Maintenance on Arabidopsis thaliana Roots in a Floating Hydroponic System at JoVE.com

이 작품은 에너지 생물 환경 연구부 (DOE-BER 0000217519에서 E.A.S.), 국립 과학 재단 (INSPIRE IOS-1343020 - E.A.S)에서 제공하는 연구 기금에 의해 지원되었습니다. SLH는 또한 국립 과학 재단 대학원 연구 펠로우십 프로그램에 의해 지원되었다. 제프리 당들 박사님은 세균균과 귀중한 통찰력을 제공해 주신 것에 대해 감사드립니다. 앤드류 클라인 박사와 매튜 제이 파워스 박사에게 실험적인 제안에 감사드립니다. 마지막으로, SLH는 과학을 전파하는 것은 특권과 책임, 특히 창의적이고 접근 가능한 수단을 통해 우리에게 상기시켜 준 소셜 미디어의 연결에 감사드립니다.

참고: 실험 설정은 명확성을 위해 설명되며 이 보고서에 포함된 대표적인 결과를 생성하는 데 사용되지만 조건은 원하는 대로 수정할 수 있습니다. 모든 단계는 PPE를 사용 하 여 수행 해야 하 고 안전에 대 한 기관 및 연방 reccomations 다음, 사용 하는 박테리아의 BSL 상태에 따라.
1. 박테리아의 특성화
<ol><li>성장 매체 한천 판에 박테리아의 형태를 결정합니다. 대략적인 OD60...

<ol>
	<li>Strange, R. N., Scott, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+disease:+a+threat+to+global+food+security.">Plant disease: a threat to global food security.</a> Annual Review of Phytopathology. 43, 83-116 (2005).</li><li>Cook, A. 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모든 환경에서 식물은 다른 박테리아와 곰팡이의수백만에 수천 상호 작용 5,7. 이러한 상호 작용 은 작물 수확량 과 식품 생산에 잠재적 인 영향과 함께, 식물 건강에 부정적인 긍정적 인 영향을 미칠 수 있습니다. 최근 연구는 또한 PGPBs에 의한 작물의 가변 식민지화가 현장 실험22에서예측할 수없는 식물 크기와 작물 수확량을 설명 할 ...

세균 및 곰팡이 질병에 의한 작물 파괴는 식량 생산을저하시키고 심각하게 글로벌 안정성을 방해 할 수 있습니다 1. 억제 토양에 있는 미생물이 식물 건강을 증가시키는 책임있다는 발견에 근거하여 2, 과학자는 식물 microbiome가 특정의 존재 그리고 풍부를 수정해서 식물 성장을 지원하기 위하여 이용될 수 있는지 물었습니다 세균 종3. 식물 성장 또는 개발에 도움이 발견 하는 박테리아는 집합적으로 식물 성장 촉진 박테리아 라고 (PGPB). 최근에는 잠재적인 PGPB를 식별하는 것에서 부터 토양, 뿌리 주변 또는 뿌리줄기(뿌리 표면을 직접 둘러싸고 포함)에서 왕국 간 상호 작용이 PGPB에 영향을 미칠 수 있는 방법을 이해하는 것으로 연구가 전환되었습니다. 활동4.
PGPB에 의한 뿌리줄기 식민지화는 식민지화되지 않은 식물에 비해 다양한 스트레스에 반응하여 숙주 식물의 건강 또는 발달을 증가시킬 수있다5. 그러나, 결과는 종종 밀접하게 제어 온실 및 실험실 설정에서 관찰 된것과 비교하여 네이티브 토양 조건에서 더 많은 변수 6. 이러한 차이에 대한 하나의 가설은 PGPB의 성장 또는 행동이 필드7,8에서토착 토양 박테리아 또는 곰팡이에 의해 억제될 수 있다는 것이다. 근위대권 박테리아에 의한 유익한 효과는 일반적으로 1) 박테리아의 능력에 따라 달라집니다 1) 뿌리를 찾아 이동, 2) 생물막 형성을 통해 뿌리를 식민지화, 3) 소분자의 생산을 통해 숙주 식물 이나 병원체와 상호 작용 대사 산물7,9. 이러한 식민지화 동작 중 어느 것이든 인접 미생물10의존재 및 활성에 의해 영향을 받을 수 있다.
우리는 뿌리 골격의 이러한 뚜렷한 세균 식민지화 단계를 정량화하고시각화하는 시스템을 설계했습니다(그림 1). 이 접근법은 사전 접종 된 묘목을 심는 동안과 같은 새로운 환경으로 식물을 옮긴 후 장기 PGPB 유지 보수가 때때로 관찰되지 않는 이유를 조사하는 연구를 용이하게합니다. 애기장대는 실험실 연구에서의 광범위한 사용뿐만 아니라 미생물 상호작용에 대해 이용 가능한 충분한 데이터로 인해 식물 모델로 선택되었다11. 시스템에는 3단계가 있습니다: 1) A. 탈리아나 성장, 2) 세균 식민지화 및 3) 세균 유지(도 1참조). A. 탈리아나는 육상 식물이기 때문에 수경 시스템에서 과도한 물 스트레스를 받지 않도록 하는 것이 중요했습니다12. Haney et al.13에서사용하는 방법에서 영감을 얻은 모종은 플라스틱 메쉬상에서 재배되어 액체 성장 배지로부터 촬영을 분리합니다. 이 시스템은 식물 숙주들의 건강과 발달을 손상시키는 것으로 보이지 않으며, 액체11에서 A. 탈리아나 성장을 향상시킨다. 식물 촬영 표면 위에 떠, 뿌리는 완전히 액체 세균 성장 매체에 접종 박테리아에 의해 식민지에 노출. 이 성장에 가장 도움이 되는 영양소에 식민지에 대 한 검사 관심의 박테리아를 허용, 다음 식물의 성장을 지원 하도록 설계 된 영양소 매체에서 성장을 계속 할 수 있도록 조건을 이동 하는 동안. 두 단계 모두 루트13의무산소증을 방지하기 위해 꾸준한 흔들림을 포함합니다. 박테리아는 식민지 배지 또는 유지 매체로부터의 전달 에 따른 식물 뿌리로부터 가시화 또는 정량화될 수 있다. 이 수경 시스템은 매우 유연하여 실험 조건과 적용 된 응력을 연구자의 관심사에 따라 쉽게 변경할 수 있습니다.
이 설명 된 방법은 식물-미생물 상호 작용에 대 한 문학의 큰 몸의 맥락에서 중요 한 또한 성장 환경 설정에 사용자 지정 되 고 있는 동안 루트 표면에서 이러한 상호 작용을 공부 하기 위한 강력한 시스템을 제공 하기 때문에 다른 박테리아. 식물 생물학 실험실은 종종 고체 한천에 식물 미생물 식민지 화 실험을 수행, 또한 후속 전송 하는 동안 식물의 잠재적으로 파괴적인 조작을 요구 하는 동안 박테리아의 평면 운동 (그 경우)에 대 한 허용. 대조적으로, 미생물학 실험실은 수시로 식물14,15의해로, 그들의 실험 내의 박테리아의 건강을 우선순위를 정했습니다. 식물-미생물학 중심의 실험실의 이러한 상이한 우선순위는 역사적으로 이들 그룹 들 간의 결과를 비교하는 것을 어렵게 만들었는데, 이는 각 그룹이 전형적으로 관심 있는 유기체를 최적화하기 위해 실험 조건을 최적화하기 때문이다15. 여기에 설명된 플로팅-메쉬-식물-성장 시스템은 이전 미생물학 지향 연구에서 주목할 만한 이점인 전체 식물 침수를 방지하는 동시에 일시적으로 박테리아의 성장과 생존을 최적화하여 식민지화를 용이하게 합니다. 따라서, 우리가 여기에 제시하는 분석은 미생물학자의 기준을 만족시키면서 (식물의 과잉 수화 및 촉각 조작에 대한) 두 식물 생물학자의 우려를 해결할 수 있습니다 (다른 세균 성장 조건 및 다중 허용) 종 '상호 작용)7. 이 프로토콜은 다양한 박테리아, 식물 및 환경 조건에 맞게 조정할 수 있도록 설계되었습니다.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Required Materials</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5 mL eppendorf tubes</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>24-well plates</td>
			<td>BD Falcon</td>
			<td>1801343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aeraseal</td>
			<td>Excel Scientific</td>
			<td>BE255A2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclave</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacteria of Interest</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Stored at -80&#730;C in 40% glycerol preferred</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BactoAgar</td>
			<td>BD</td>
			<td>2306428; REF 214010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>bleach</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Conviron</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Short Day Light-Dark Cycles: 460-600 &#181;moles/m&#178;/s set at 9/15 hours light/dark at 18/21&#730;C, with inner power outlet</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dessicator Jar: glass or heavy plastic</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flame</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>At optimal temperature for growth of specified bacteria</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lennox LB Broth</td>
			<td>RPI</td>
			<td>L24066-1000.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipetters</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Volumes 5 &#181;L to 1000 &#181;L</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope (preferably fluorescence)</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Could be light if best definition not important</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MS Salts + MES</td>
			<td>RPI</td>
			<td>M70300-50.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Orbital Plate Shaker</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Capable of running at 220 rpm for at least 96 hours</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri Dishes</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>50 mL total volume</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reservoirs</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spectrophotometer</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Standard Hole Punch</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Approximately 7mm punch diameter</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile water</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Surgical Tape</td>
			<td>3M</td>
			<td>MMM1538-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Teflon Mesh</td>
			<td>McMaster-Carr</td>
			<td>1100t41</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonicator</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Mixer</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>X-gal</td>
			<td>GoldBio</td>
			<td>x4281c</td>
			<td>other vendors available</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Suggested Materials</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>24 Prong Ultrasonicator attachment</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For sonicating multiple samples at once. Can be done individually</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alumaseal II</td>
			<td>Excel Scientific</td>
			<td>FE124F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multipetter/Repetter</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 96-well plates</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>For serial dilutions. Can be replaced by eppendorf tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biological Materials Used</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Arabidopsis thaliana seeds</td>
			<td>any</td>
			<td>N/A</td>
			<td>We recommend Arabidopsis Biological Resource Center for seed stocks</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Arthrobacter nicotinovorans</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Levy, et al. 2018</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Curtobacterium oceanosedimentum</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Levy, et al. 2018</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microbacterium oleivorans</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Levy, et al. 2018</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pseudomonas simiae WCS417r</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Published in a similar system in Haney, et al. 2015. Strain used developed in Cole, et al. 2017</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

monitoring bacterial colonization and maintenance on arabidopsis thaliana roots in a floating hydroponic system

박테리아는 미생물, 더 큰 유기체 및 비생물적 환경을 상호 작용하여 형성된 복잡한 뿌리 구 미생물군유전체를 형성합니다. 실험실 조건 하에서, 식물 성장 촉진 박테리아에 의해 뿌리 구 식민지 (PGPB) 건강 또는 식민지화 되지 않은 식물에 비해 호스트 식물의 개발을 증가 시킬 수 있습니다. 그러나, 필드 설정에서, PGPB와 세균 성 치료 종종 작물에 상당한 혜택을 제공 하지 않습니다. 한 가지 설명은 이것이 식물의 수명 동안 내인성 토양 미생물과의 상호 작용 중에 PGPB의 손실때문일 수 있다는 것입니다. 대부분의 연구는 뿌리 구 지역 사회 내에서 PGPB의 유지 보수보다는 초기 식민지에 초점을 맞추고 있기 때문에이 가능성을 확인하기 가 어려웠습니다. 세균 공동체의 어셈블리, 공존 및 유지보수는 뿌리구 미세 환경의 결정적 특징에 의해 형성되며, 이러한 상호 작용이 네이티브 설정에서 PGPB 생존에 영향을 미칠 수 있다는 가설이 있습니다. 이러한 행동을 연구하기 위해, 수경 식물 성장 분석은 애기장대 탈리아나를 사용하여 식물 뿌리의 초기 식민지화 및 다른 성장으로 이동 한 후 박테리아의 공간 분포를 정량화하고 시각화하도록 최적화됩니다. 환경. 이 시스템의 재현성과 유틸리티는 잘 연구 된 PGPB 슈도모나스 시미아에로검증됩니다. 여러 세균 종의 존재가 식물 뿌리에 식민지 및 유지 보수 역학에 영향을 미칠 수있는 방법을 조사하기 위해, 세 가지 세균 균주에서 모델 커뮤니티 (관절염, Curtobacterium,및 Microbacterium 종) 원래 A. 탈리아나 뿌리 줄기에서 분리된다. 이 다양한 세균 종의 존재는 시퀀싱 기반 의 세균 공동체 연구에 대한 대안을 제공하는이 수경 식물 - maintanence 분석기를 사용하여 측정 할 수 있음을 보여준다. 이 시스템을 사용 하 여 미래 연구 시간이 지남에 따라 및 변화 하는 환경 조건에서 다종 식물 미생물군유전체에서 세균 행동의 이해를 향상 시킬 수 있습니다.

잘 특징지어진 PGPB P. simiae WCS417r는 수경 재배 배양에서 A. 탈리아나의 뿌리를 식민지화하는 것으로 알려져 있다. 이 자연적으로 형광 박테리아는 쉽게 식민지 다음 모종의 뿌리에 현미경 검사를 사용하여시각화 할 수 있습니다 (그림 2). 이 A. 탈리아나 모종의 전체 길이를 이미지 할 수 있지만 (4-6 mm 길이) 뿌리, 많은 식물에 대해 ?...

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Monitoring Bacterial Colonization and Maintenance on Arabidopsis thaliana Roots in a Floating Hydroponic System

여기에서 우리는 종의 존재를 정량화하고 식물 뿌리의 초기 식민지 동안 다른 성장 환경으로의 전송 후 박테리아의 공간 분포를 시각화하는 수경 식물 성장 분석방법을 설명합니다.

부동 수경 시스템에서 애기장대 뿌리에 세균 식민지화 및 유지 보수 모니터링

Bacteria form complex rhizosphere microbiomes shaped by interacting microbes, larger organisms, and the abiotic environment. Under laboratory conditions, ...

대부분의 실험은 식민지화에 초점을 맞추어 식물 세균 상호 작용을 연구하지만, 우리의 프로토콜은 식민지화와 뿌리에 박테리아의 유지 보수를 모두 볼 수 있도록 설계되었습니다. 우리는 다른 박테리아와 식물에 맞게 실험을 변경할 수 있습니다, 우리는 각 24 웰 플레이트에 여러 박테리아를 테스트 할 수 있습니다. 먼저 표준 구멍 펀처를 사용하여 플라스틱 메시 디스크를 만듭니다.유리 용기에 디스크를 수집하고 느슨하게 덮습니다. 20분 건조 사이클로 설정된 오토클레이브세트를 사용하여 멸균합니다. 화염 멸균 핀셋을 사용하여 이전에 준비된 식물 성장 매체 한정판의 표면에 약 40개의 멸균 메쉬 디스크를 단일 층으로 분배합니다.이전에 살균된 씨앗 2개를 각 메시의 중앙에 놓습니다. 수술 용 테이프로 접시를 밀봉하고 어둠 속에서 섭씨 4도에서 2 ~ 6 일 동안 배양하여 씨앗을 구사합니다. 그런 다음, 접시 한천을 식물 성장 챔버에 8~10일 동안 식물 성장 챔버에 내려놓고, 섭씨 21도에서 9시간의 빛의 짧은 낮 설정과 18°C에서 15시간 동안 어두워서 묘목을 발아하고 성장시합니다.멸균 24웰 플레이트의 각 웰에 세균 성장 배지 1밀리리터를 넣습니다. 메쉬에 내장된 발아 모종을 옮기려면 화염 멸균 된 집게를 사용하여 발아, 동등하게 크기 및 손상되지 않은 모종을 받은 두 개의 메시를 부드럽게 벗겨냅니다. 묘목으로 플로트 1개를 세균 성장 액의 각 우물로 옮기고 뿌리쪽을 아래로 옮길 수 있습니다.다음으로, 액체 세균 성 성장 매체에 있는 천 접시에 하룻밤 재배 하는 박테리아를 다시 일시 중단. 10 마이크로리터의 세균 현탁액을 각 우물에 추가하여 미디어 전용 제어 우물을 제외하고, 우물당 100만 개의 식민지 형성 단위의 최종 농도를 제공합니다. 멸균 성장을 위해 플레이트를 밀봉하려면 끈적끈적한 면을 건드리지 않고 플레이트 를 가로 질러 가스 투과성 필름을 조심스럽게 누릅니다.각 우물이 개별적으로 밀봉되었는지 확인하기 위해 우물에서 만든 각 고리 주위에 압력을 가하십시오. 그런 다음 플라스틱 뚜껑으로 가스 투과성 필름 위로 접시를 가두어 닫습니다. 220 rpm으로 설정된 궤도 플레이트 셰이커에 식물 성장 챔버에 플레이트를 놓고 모종과 동일한 조건에서 18 시간 동안 배양하십시오.모든 수레를 식물로 헹구려면 새로운 24웰 플레이트의 각 웰에 멸균 수분 1밀리리터를 넣습니다. 식물과 접시에서 가스 투과성 필름을 제거하고, 물과 우물에 수레를 전송하기 위해 멸균 집게 를 사용하고, 동요없이 실온에서 10 분 동안 배양. 그런 다음, 식물 성장 매체의 1 밀리리터와 새로운 24 웰 플레이트의 각 우물을 채웁니다.하나의 메쉬를 각 웰로 옮기고 가스 투과성 씰로 덮습니다. 식물 성장 챔버에서 220 rpm에서 궤도 플레이트 셰이커에 72 시간 동안 배양하십시오. 인큐베이션 후, 이전에 했던 대로 식물을 헹구는 다.헹구후 메시의 잎 면 아래에 화염 멸균 포셉을 부드럽게 배치하여 메시에서 모종을 제거합니다. 줄기를 가볍게 꼬집어 메시에서 모종을 흔들어 뿌리를 깨지 않고 빼내도록 합니다. 식물 뿌리에서 박테리아를 제거하기 위해 각 메쉬에서 모종을 이중 증류수 1밀리리터를 포함하는 24웰 초음파 플레이트의 개별 우물로 옮기습니다.원고에 설명된 다중 소닉레이터를 사용하여 플레이트 내의 모든 샘플을 한 번에 초음파 처리합니다. 박테리아를 정량화하기 위해 세균 성장 배지에서 초음파 처리된 시료의 10배 희석을 연속적으로 수행합니다. 멸균 유리 구슬을 사용하여 확산하고, 개별 식민지가 계산 될 때까지 박테리아에 대한 최적의 온도에서 배양.그대로 식물 루트를 수집하려면 집게를 사용하여 메시에서 모종을 제거합니다. 그런 다음 각 식물을 슬라이드에 루트 의 끝을 배치하고 팁에서 드래그하여 슬라이드로 플러시를 내려 놓아 최상의 이미징을 위한 직선 루트를 보장하여 현미경 슬라이드로 옮겨넣습니다. 각 샘플에 물 또는 멸균 식물 성장 매체를 추가하여 커버립과 슬라이드 사이의 인터페이스를 수화합니다.유리 커버슬립을 루트 크라운 바로 위와 촬영 잎 아래에 놓고 덮개 슬립의 기울기를 피하고 부드럽게 누릅니다. 그런 다음 적절한 여기/방출 필터를 사용하여 박테리아를 이미지하여 박테리아를 서로 구별하고 식물 뿌리가 분화합니다. 슈도모나스 시미아, 자연적으로 형광균, 식민지 아라비도시스 탈리아나 뿌리 및 식물 성장 매체로의 이송 후 뿌리에 유지되었다.뿌리 크라운, 중간 길이 및 팁은 슈도모나스 시미아의 식민지화로 인한 형광을 보여줍니다. 박테리아 가 없는 부정적인 대조군 식민지를 보였다. 아라비도시스 탈리아나 뿌리에 대한 슈도모나스 시미아가 18시간의 식민지화 또는 72시간의 유지 보수 후에 정량화되었을 때, 어느 시점에서 모종당 콜로니 형성 단위의 총 수는 다른 날에 수행된 생물학적 복제에 걸쳐 양호한 재현성을 보였다.콜로니엄 후 18시간 시점에서 관찰된 수치에 비해 72시간 후 모종당 콜로니형성 유닛의 수가 증가하여, 유지보수 단계에서 식민지화된 박테리아의 활성 성장이 발생했음을 나타낸다. 실험실 조건하에서 자연 토양에서 자란 아라비도시스 탈리아나에서 분리된 3종의 박테리아가 식물 뿌리에 대한 여러 종의 연관성을 모니터링하는 데 사용되었습니다. 그들은 식민지 형태와 색상의 차이로 인해 X-gal을 함유 하는 미디어에 명확 하 게 분화 되었다, 항생제 선택 없이 각 종의 모종 당 식민지 형성 단위를 계산 허용, 심지어 다종 공동 문화에서.박테리아의 이 3종은 모두 식민지화되었고, 단독으로든 세균성 공동문화이든 루트에서 유지되었다. 각 종은 다른 생물학적 및 기술적 복제에 걸쳐 유사한 추세를 보여 주었다, 이 프로토콜은 각 종의 뿌리 당 상대적 또는 총 식민지 형성 단위를 측정하는 데 사용할 수 있음을 보여주는. 혼자 성장할 때, 개별 종은 유지 보수 단계 도중 풍부하게 상당한 증가를 보여주지 않았습니다, 그러나 결합된 지역 사회의 근원 당 전반적인 식민지 형성 단위는 다른 긴장의 식민지화를 금지하지 않는다는 것을 나타내는 결합된 지역 사회의 뿌리 당 증가했습니다.가장 어려운 단계는 메시 디스크에서 그대로 식물을 제거해야하는 단계입니다. 인내심이 있고 온화하면 이것이 가능해집니다. 세균성 세포가 형광인 경우에, 견본은 세포의 상대적인 수를 결정하기 위하여 혈류 세포측정에 의해 분류될 수 있었습니다.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Monitoring Bacterial Colonization and Maintenance on Arabidopsis thaliana Roots in a Floating Hydroponic System

An Orthotopic Model of Serous Ovarian Cancer in Immunocompetent Mice for in vivo Tumor Imaging and Monitoring of Tumor Immune Responses

An Orthotopic Model of Serous Ovarian Cancer in Immunocompetent Mice for in vivo Tumor Imaging and Monitoring of Tumor Immune Responses

에 대한 면역 적격 마우스에 묽은 난소암의 Orthotopic 모델 생체내에</em종양 면역 응답> 종양 이미징 및 모니터링

Background: Ovarian cancer is generally diagnosed at an advanced stage where the case/fatality ratio is high and thus remains the most lethal of all ...

연구

면역학 및 감염병학

Investigating the Effects of Probiotics on Pneumococcal Colonization Using an In Vitro Adherence Assay

Investigating the Effects of Probiotics on Pneumococcal Colonization Using an In Vitro Adherence Assay

를 사용하여 폐렴 구균 식민지에서 생균제의 효과를 조사<em&gt; 체외</em&gt; 준수의 분석

Adherence of Streptococcus pneumoniae (the pneumococcus) to the epithelial lining of the nasopharynx can result in colonization and is considered a ...

Monitoring the Assembly of a Secreted Bacterial Virulence Factor Using Site-specific Crosslinking

This article describes a method to detect and analyze dynamic interactions between a protein of interest and other factors in vivo. Our method is based on ...

Assessing Bacterial Invasion of Cardiac Cells in Culture and Heart Colonization in Infected Mice Using Listeria monocytogenes

Assessing Bacterial Invasion of Cardiac Cells in Culture and Heart Colonization in Infected Mice Using Listeria monocytogenes

리스테리아 단세포 유전자를 사용하여 감염된 마우스에 있는 문화와 심혼 식민지에 있는 심장 세포의 세균성 침략 평가

Listeria monocytogenes is a Gram-positive facultative intracellular pathogen that is capable of causing serious invasive infections in immunocompromised ...

Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem

Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem

을 사용해서 식물 방어 응답의 미세 특성에 대한 세균성 잎 침투 분석<em&gt; 애기 장대-슈도모나스 시린 개 (Pseudomonas syringae)</em&gt; Pathosystem

In the absence of specialized mobile immune cells, plants utilize their localized programmed cell death and Systemic Acquired Resistance to defend ...

Implementation of a Permeable Membrane Insert-based Infection System to Study the Effects of Secreted Bacterial Toxins on Mammalian Host Cells

투과성 막 삽입 기반 감염 시스템의 구현은 포유 동물 숙주 세포에서 분비 세균 독소의 효과를 연구하기

Many bacterial pathogens secrete potent toxins to aid in the destruction of host tissue, to initiate signaling changes in host cells or to manipulate ...

Detection of Enterohemorrhagic Escherichia Coli Colonization in Murine Host by Non-invasive In Vivo Bioluminescence System

Detection of Enterohemorrhagic Escherichia Coli Colonization in Murine Host by Non-invasive In Vivo Bioluminescence System

생물 발광 시스템 비-침략 적 비보에 의해 Murine 호스트에서 Enterohemorrhagic 대장균 식민지의 검출

Enterohemorrhagic E. coli (EHEC) O157:H7, which is a foodborne pathogen that causesdiarrhea, hemorrhagic colitis (HS), and hemolytic uremic syndrome ...

A High-throughput Shigella-specific Bactericidal Assay

A High-throughput Shigella-specific Bactericidal Assay

높은 처리량 Shigella-특정 살 균 시험

Serum bactericidal assays (SBAs) measure the functional activity of antibodies and have been used for many decades. SBAs directly measure antibody killing ...

Pattern-Triggered Oxidative Burst and Seedling Growth Inhibition Assays in Arabidopsis thaliana

Pattern-Triggered Oxidative Burst and Seedling Growth Inhibition Assays in Arabidopsis thaliana

애기장대에서 패턴 트리거 산화 버스트와 모종 성장 억제 어세

Plants have evolved a robust immune system to perceive pathogens and protect against disease. This paper describes two assays that can be used to measure ...

High-throughput Screening of Chemical Compounds to Elucidate Their Effects on Bacterial Persistence

세균성 지속성에 미치는 영향을 밝히기 위해 화학 화합물의 높은 처리량 선별

Bacterial persisters are defined as a small subpopulation of phenotypic variants with the capability of tolerating high concentrations of antibiotics. ...