मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित Proteomics विश्लेषण OpenProt डेटाबेस का उपयोग कर उपन्यास प्रोटीन गैर-विहित ओपन रीडिंग फ्रेम्स से अनुवादित

ओपनप्रोट पहला डेटाबेस है जो यूकेरियोटिक जीनोम के पॉलीसिस्ट्रोनिक एनोटेशन की अनुमति देता है, प्रोटो-जीन की कोडिंग क्षमता को पहचानता है और पहले से अज्ञेय प्रोटीन की खोज को सक्षम बनाता है। हमने इस प्रोटोकॉल को डिज़ाइन किया है ताकि यह व्यापक जैव सूचना कौशल की आवश्यकता के बिना सभी उपयोगकर्ताओं के लिए सुलभ हो, यह अनिवार्य रूप से किसी की समझ के भीतर प्रोटेओमिक खोजों को रखता है। चिकित्सा में आज की चुनौतियों को समझने और ढंग से निपटने के लिए, हमें प्रोटेओमिक परिदृश्य और सभी अभिनेताओं और उनकी गतिशीलता को पूरी तरह से समझने की जरूरत है।

ओपनप्रॉट यह संभावना प्रदान करता है। हालांकि यहां, ओपनप्रोट का उपयोग पैटोनोमिक प्रयोगों के विश्लेषण के लिए किया जाता है, इसका उपयोग अन्य प्रणालियों के साथ भी किया जा सकता है क्योंकि यह केवल प्रोटेम की अधिक स्पष्ट परिभाषा प्रदान करता है। ओपनप्रॉट वेबसाइट खोलकर और डाउनलोड पेज खोलने के लिए शीर्ष पृष्ठ मेनू से लिंक का उपयोग करके शुरू करें।

विश्लेषण के प्रयोगात्मक डेटा और वांछित प्रोटीन प्रकार के आधार पर ब्याज की प्रजातियों पर क्लिक करें। ओपनप्रोट डेटाबेस में मौजूद सभी ज्ञात और उपन्यास प्रोटीन प्रकारों वाली फ़ाइलों को उत्पन्न करने के लिए AllProts, आइसोफॉर्म और रिफप्रोडस पर क्लिक करें और यदि उपलब्ध हो, तो एनोटेशन पर क्लिक करें जिससे प्रोटीन दृश्य तैयार किए जाते हैं। अनुसंधान उद्देश्य के अनुसार प्रोटीन विचार के लिए आवश्यक समर्थन सबूत के स्तर पर क्लिक करें ।

फिर क्लिक करें, सभी ने ओपनप्रॉट भविष्यवाणियों वाली फ़ाइलों को उत्पन्न करने और डाउनलोड करने के लिए वांछित फ़ाइल प्रारूप पर क्लिक करने की भविष्यवाणी की है। प्रोटेओमिक एनेस के लिए, फास्टा प्रोटीन फ़ाइल का चयन करें। रेडमी फाइल में फाइल फॉर्मेट की सभी जरूरी जानकारी होगी।

डेटाबेस हैंडलिंग के लिए, एक उपयुक्त प्रोटेओमिक्स टूल उदाहरण में लॉग इन करें और एक नया इतिहास बनाएं। डाउनलोड किए गए ओपनप्रॉट डेटाबेस को आयात करने के लिए, अपलोड पर क्लिक करें। वर्कफ़्लो से निपटने वाले डेटाबेस को इनपुट करने के लिए, वर्कफ़्लो पेज पर जाएं, फिर से अपलोड पर क्लिक करें और वर्कफ़्लो चलाने पर क्लिक करें।

फिर इनपुट के रूप में आयातित ओपनप्रोट डेटाबेस का चयन करें और प्राप्त फास्टा फ़ाइल को कुछ सार्थक करने के लिए नाम बदलें। डेटाबेस प्रोटेओमिक्स विश्लेषण के लिए उपयोग करने के लिए तैयार है। बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री फ़ाइल तैयारी के लिए, प्रोटेओ जादूगर सुइट से स्वतंत्र रूप से उपलब्ध एमएस कन्वर्ट टूल खोलें और विश्लेषण करने के लिए डेटाफाइल अपलोड करें।

आउटपुट के लिए निर्देशिका का चयन करें और एमजेडएमएल के लिए वांछित फ़ाइल प्रारूप सेट करें फिर एक चोटी चुनने वाले फ़िल्टर का चयन करने और रूपांतरण शुरू करने के लिए बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री स्तर एक और दो पर वेवलेट आधारित एल्गोरिदम का उपयोग करें। प्रोटीन मात्राकरण के लिए, एक नया इतिहास बनाएं और पहले से बनाए गए डेटाबेस को नए इतिहास में खींचें और छोड़ दें। ट्रांसफॉर्म किए गए MzML डेटा फ़ाइल को आयात करने के लिए अपलोड पर क्लिक करें।

वर्कफ़्लो पेज खोलें, वांछित कार्यप्रवाह आयात करने के लिए फिर से अपलोड पर क्लिक करें, और विभिन्न मापदंडों की समीक्षा करने के लिए कार्यप्रवाह चलाने का चयन करें। आयातित mzML डेटा फ़ाइल का चयन करें और डेटाबेस फास्टा फ़ाइल के रूप में पहले से बनाए गए डेटाबेस इनपुट करें। चूंकि वर्कफ़्लो एक्स का उपयोग करता है!

मिलकर खोज इंजन, क्लिक करें एक्स आयात करने के लिए अपलोड! टैंडेम डिफॉल्ट कॉन्फ़िगरेशन फाइल। पूरे ओपनप्रॉर्ट डेटाब्स का उपयोग करते समय आकार में पर्याप्त वृद्धि के लिए एक कठोर झूठी खोज दर का उपयोग करने के लिए।

गुणवत्ता नियंत्रण के लिए, प्रदर्शन के सामान्य मैट्रिक्स प्रदान करने के लिए आईडी फ़िल्टर आउटपुट पर फ़ाइल जानकारी टूल चलाएं, जैसे पेप्टाइड स्पेक्ट्रम मैचों की संख्या या पहचाने गए पेप्टाइड्स और प्रोटीन की संख्या। ओपनप्रॉट डेटाबेस माइनिंग के लिए, ओपनप्रॉट वेबसाइट पर लौटें और खोज पृष्ठ खोलें। ब्याज की प्रजातियों पर क्लिक करें जिसके लिए प्रोटीन की पहचान की गई थी और प्रोटीन क्वेरी बॉक्स में प्रोटीन परिग्रहण संख्या दर्ज करें ।

क्लिक करें वृद्धि और क्वेरी प्रोटीन के लिए बुनियादी जानकारी युक्त एक तालिका दिखाई देगी। इसके बाद, विवरण लिंक पर क्लिक करें। नए खोले गए पृष्ठ में एक जीनोम ब्राउज़र होगा जो क्वेरी प्रोटीन के साथ-साथ अन्य जानकारी पर केंद्रित है।

प्रोटीन या डीएनए दृश्यों को प्राप्त करने के लिए, जानकारी टैब से प्रोटीन या डीएनए लिंक पर क्लिक करें, क्रमशः बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री साक्ष्य राइबोसोम प्रोफाइलिंग डिटेक्शन, और संरक्षण और पहचाने गए प्रोटीन डोमेन के बारे में विस्तृत जानकारी ब्राउज़ करने के लिए टैब पर क्लिक करें। इस प्रतिनिधि एनलिसिस में, मूल पेपर में पहचाने गए अधिकांश प्रोटीन की पहचान ओपनप्रोट 2_pep या OpenProt_all डेटाबेस का उपयोग करके भी की गई थी, जिसमें यह दर्शाया गया था कि ओपनप्रोट डेटाबेस इंटरप्रो केबी डेटाबेस के आधार पर वर्तमान प्रक्रियाओं के बराबर प्रोटीन पहचान और मात्राकरण का उत्पादन करने में सक्षम हैं। 11 अच्छी तरह से समर्थित प्रोटीन अभी तक डेटाबेस में एनोटेट नहीं ओपनप्रोट 2_pep डेटाबेस का उपयोग करके आत्मविश्वास पेप्टाइड्स के साथ सभी डेटासेट में पहचाने गए थे।

OpenProt_all डेटाबेस का उपयोग करके आत्मविश्वास पेप्टाइड्स के साथ सभी डेटासेट में 29 उपन्यास प्रोटीन की खोज की गई थी। अनुशंसित कठोर झूठी खोज दर सबसे अधिक आत्मविश्वास से लबरेज प्रोटीन पहचान को प्रभावित नहीं करती थी, हालांकि इसने पहचाने गए प्रोटीन की कुल संख्या को कम किया । एक उपन्यास प्रोटीन आरएएफ-1 प्रोटीन के एक इंटरएक्टिवेटर के रूप में खोजा गया था ।

इस प्रोटीन को पहले मास स्पेक्ट्रोमेट्री या राइबोसोम प्रोफाइलिंग द्वारा नहीं पाया गया था और एक अच्छी गुणवत्ता वाले स्पेक्ट्रम का प्रदर्शन किया गया था। यह सुनिश्चित करना याद रखें कि चयनित पैरामीटर प्रायोगिक डिजाइन के लिए पर्याप्त हैं और उपन्यास प्रोटीन खोजों की रिपोर्ट करते समय हमेशा खेल साक्ष्य की गुणवत्ता को सत्यापित करते हैं। यह प्रोटोकॉल कार्यात्मक प्रोटेओमिक्स के साथ उपयोग किए जाने पर विशेष रूप से सभी टॉप-डाउन प्रोटेओमिक्स प्रयोगों के लिए अनुकूलनीय है।

यह प्रोटीन इंटरैक्शन और सेलुलर रास्तों की बहुत गहरी स्क्रीनिंग और समझ की अनुमति देगा। ओपनप्रोट वर्तमान जीनोमिक नोटेशन द्वारा रिले किए गए प्रोटोमिक परिदृश्य के पर्याप्त कम अनुमान पर प्रकाश डालता है और यूकेरियोटिक जीन की पॉलीसिस्ट्रोनिक प्रकृति पर जोर देता है। यह अनुसंधान के लिए एक नया अवसर है ।

इस प्रोटोकॉल की सुंदरता यह है कि इसके लिए व्यापक जैव सूचना कौशल की आवश्यकता नहीं है और चूंकि यह दूर के सर्वर का उपयोग करता है, इसलिए इसे किसी भी कंप्यूटर पर चलाया जा सकता है।