OpenProt er den første databasen som tillater en polysystronic merknad av eukaryotiske genomer, gjenkjenner kodingspotensialet til proto-gener og muliggjør oppdagelsen av tidligere umulige proteiner. Vi har designet denne protokollen slik at den er tilgjengelig for alle brukere uten å kreve omfattende bioinformatiske ferdigheter Det plasserer i hovedsak proteomiske funn innenfor noens rekkevidde. For å forstå og takle dagens utfordringer innen medisin, må vi fullt ut forstå det proteomiske landskapet og alle aktørene og deres dynamikk.
OpenProt gir den muligheten. Selv om openprot her brukes til analyse av patonomiske eksperimenter, kan den også brukes med andre systemer, da det bare gir en klarere definisjon av proteomet. Begynn med å åpne OpenProt-webområdet og bruke koblingen fra menyen for øverste side for å åpne nedlastingssiden.
Klikk på arten av interesse basert på analysenes eksperimentelle data og ønsket proteintype. Klikk AllProts, Isoforms og RefProds for å generere filer som inneholder alle kjente og nye proteintyper som finnes i OpenProt-databasen, og hvis tilgjengelig klikker du på merknaden som proteinsekvensene tegnes fra. Klikk på nivået av støtte bevis som er nødvendig for protein vurdering i henhold til forskningsmålet.
Klikk deretter, alle spådd å generere filer som inneholder alle OpenProt spådommer og klikk ønsket filformat for å laste ned. For proteomiske anayser velger du FASTA-proteinfilen. Viktig-filen vil inneholde all nødvendig informasjon om filformatet.
For databasehåndtering logger du på en passende proteomikkverktøyforekomst og oppretter en ny logg. Hvis du vil importere den nedlastede OpenProt-databasen, klikker du Last opp. Hvis du vil skrive inn arbeidsflyten for databasebehandling, går du til arbeidsflytsiden, klikker Last opp på nytt og klikker kjør arbeidsflyten.
Velg deretter den importerte OpenProt-databasen som inndata og gi nytt navn til den oppnådde Fasta-filen til noe meningsfylt. Databasen er klar til bruk for proteomics analyser. For massespektrometri fil forberedelse, åpne fritt tilgjengelig MS konvertere verktøyet fra proteo veiviseren suite og Last opp datafilen som skal analyseres.
Velg katalogen for utdataene, og sett ønsket filformat til mzML, og bruk deretter bølgebasert algoritme på massespektrometrinivåer en og to for å velge et toppplukkingsfilter og starte konverteringen. For protein kvantifisering, opprette en ny historie og dra og slippe den tidligere opprettede databasen inn i den nye historien. Klikk Last opp for å importere den transformerte mzML-datafilen.
Åpne arbeidsflytsiden, klikk Last opp på nytt for å importere den ønskede arbeidsflyten, og velg kjør arbeidsflyten for å se gjennom de ulike parameterne. Velg den importerte mzML-datafilen, og skriv inn den tidligere opprettede databasen som hurtigafilen for databasen. Siden arbeidsflyten bruker X!
Tandem søkemotor, klikk Last opp for å importere X! Tandem standard konfigurasjonsfil. For å ta høyde for den betydelige økningen i størrelse når du bruker hele OpenProt-databse, bruk en streng falsk oppdagelsesfrekvens.
For kvalitetskontroll kjører du filinformasjonsverktøyet på ID-filterutdataene for å gi vanlige beregninger av ytelse, for eksempel antall peptidspektrumkamper eller antall identifiserte peptider og proteiner. For Gruvedrift av OpenProt-databasen går du tilbake til OpenProt-webområdet og åpner søkesiden. Klikk på arten av interesse som proteinet ble identifisert og skriv inn protein tiltredelsesnummeret i proteinspørringsboksen.
Klikk overspenning og en tabell som inneholder grunnleggende informasjon for det spurte proteinet vises. Klikk deretter på detaljkoblingen. Den nyåpnede siden vil inneholde en genomnettleser som er sentrert på det spurte proteinet, samt annen informasjon.
For å få protein eller DNA sekvenser, klikk protein eller DNA koblinger fra info kategoriene, henholdsvis Klikk på fanene for å bla gjennom detaljert informasjon om massespektrometri bevis ribosom profilering deteksjon, og bevaring og identifisert protein domener. I denne representative anlysen ble de fleste proteinene som er identifisert i originaldokumentet også identifisert ved hjelp av enten OpenProt 2_pep- eller OpenProt_all-databasen, som viser at OpenProt-databaser er i stand til å produsere proteinidentifikasjon og kvantifisering som kan sammenlignes med gjeldende prosedyrer basert på InterPro KB-databasene. 11 godt støttede proteiner som ennå ikke er kommentert i databaser, ble identifisert på tvers av alle datasettene med selvsikre peptider ved hjelp av OpenProt 2_pep databasen.
29 nye proteiner ble oppdaget på tvers av alle datasettene med selvsikre peptider ved hjelp av OpenProt_all databasen. Den anbefalte strenge falske oppdagelsesraten påvirket ikke de mest selvsikre proteinidentifikasjonene, selv om det reduserte det totale antallet identifiserte proteiner. Et nytt protein ble oppdaget som en interager av Raf-1-proteinet.
Disse proteinene hadde ikke tidligere blitt oppdaget av massespektrometri eller ribosomprofilering og demonstrert et spektrum av god kvalitet. Husk å sikre at de valgte parametrene er tilstrekkelige til eksperimentell design og alltid verifisere kvaliteten på sportslige bevis når du rapporterer nye proteinoppdagse funn. Denne protokollen kan tilpasses alle proteomikkeksperimenter på topp og ned, spesielt når den brukes med funksjonelle proteomikk.
Dette vil tillate mye dyp screening og forståelse av protein interaksjoner og cellulære veier. OpenProt fremhever den betydelige undervurderingen av det protomiske landskapet videresendt av nåværende genomiske notasjoner og understreker den polysystroniske naturen til eukaryotiske gener. Det er en helt ny vei for forskning.
Det fine med denne protokollen er at den ikke krever omfattende bioinformatiske ferdigheter, og at siden den bruker fjerne servere, kan den kjøres på hvilken som helst datamaskin.