OpenProt är den första databasen som tillåter en polysystronisk annotering av eukaryota genom, erkänner proto-genernas kodningspotential och möjliggör upptäckten av tidigare omätbara proteiner. Vi har utformat detta protokoll så att det är tillgängligt för alla användare utan att kräva omfattande bioinformatiska färdigheter Det placerar i huvudsak proteomiska upptäckter inom någons grepp. För att förstå och ta itu med dagens utmaningar inom medicinen måste vi till fullo förstå det proteomiska landskapet och alla aktörer och deras dynamik.
OpenProt ger den möjligheten. Även om här, Är OpenProt används för analys av patonomic experiment, det kan också användas med andra system som det helt enkelt ger en mer tydlig definition av proteom. Börja med att öppna Webbplatsen OpenProt och använda länken från toppsidan menyn för att öppna sidan för nedladdningar.
Klicka på art av intresse utifrån analyserna'experimentella data och önskad proteintyp. Klicka på AllProts, Isoforms och RefProds för att generera filer som innehåller alla kända och nya proteintyper som finns i OpenProt-databasen och om det finns tillgängligt, klicka på den anteckning som proteinsekvenserna ritas från. Klicka på nivån av stödjande bevis som är nödvändiga för proteinet övervägande enligt forskningssyftet.
Klicka sedan, alla förutspådde att generera filer som innehåller alla De OpenProt förutsägelser och klicka på önskat filformat att ladda ner. För proteomiska anayser väljer du filen FASTA protein. Readme-filen kommer att innehålla all nödvändig information på filformatet.
För databashantering loggar du in i en lämplig proteomikverktygsinstans och skapar en ny historik. Om du vill importera den hämtade OpenProt-databasen klickar du på Ladda upp. Om du vill mata in arbetsflödet för databashantering går du till arbetsflödessidan, klickar på Överför igen och klickar på kör arbetsflödet.
Välj sedan den importerade OpenProt-databasen som indata och byt namn på den erhållna Fasta-filen till något meningsfullt. Databasen är klar att användas för proteomikanalyser. För masspektrometri filförberedelse, öppna fritt tillgängliga MS konvertera verktyg från proteo guiden svit och Ladda upp datafile som ska analyseras.
Välj katalog för utdata och ställa in önskat filformat till MZML sedan använda wavelet baserad algoritm på masspektrometri nivåer ett och två för att välja en topp plockfilter och starta konverteringen. För proteinkvantifiering, skapa en ny historia och dra och släppa den tidigare skapade databasen i den nya historiken. Klicka på Överför om du vill importera den transformerade mzML-datafilen.
Öppna arbetsflödessidan, klicka på Överför igen för att importera önskat arbetsflöde och markera kör arbetsflödet för att granska de olika parametrarna. Välj den importerade mzML-datafilen och mata in den tidigare skapade databasen som databasen Fasta-fil. Eftersom arbetsflödet använder X!
Tandem sökmotor, klicka på Ladda upp för att importera X! Tandem standardkonfigurationsfil. För att ta hänsyn till den betydande ökningen i storlek när du använder hela OpenProt databse använda en strikt falsk upptäcktsfrekvens.
För kvalitetskontroll, kör verktyget filinfo på ID-filterutdata för att ge vanliga mätvärden för prestanda, till exempel antalet peptidspektrummatchningar eller antalet identifierade peptider och proteiner. För OpenProt-databasbrytning, återgå till Webbplatsen OpenProt och öppna söksidan. Klicka på den art av intresse som proteinet identifierades för och ange proteinanslutningsnumret i proteinfrågerutan.
Klicksvall och en tabell som innehåller grundläggande information för det efterfrågade proteinet kommer att visas. Därefter klickar du på informationslänken. Den nyöppnade sidan kommer att innehålla en genom webbläsare som är centrerad på det efterfrågade proteinet, liksom annan information.
För att få protein eller DNA-sekvenser, klicka på protein eller DNA länkar från info flikarna, respektive Klicka sedan på flikarna för att bläddra i detaljerad information om massa spektrometri bevis ribosom profilering upptäckt, och bevarande och identifierade protein domäner. I denna representativa anlys identifierades de flesta av de proteiner som identifierades i det ursprungliga papperet också med hjälp av antingen OpenProt 2_pep eller OpenProt_all-databasen, som visar att OpenProt-databaser kan producera identifiering och kvantifiering av protein som är jämförbara med den för aktuella förfaranden som bygger på InterPro KB-databaserna. 11 väl understödda proteiner som ännu inte för närvarande kommenterats i databaser identifierades över alla dataset med självsäkra peptider med hjälp av OpenProt 2_pep databas.
29 nya proteiner upptäcktes i alla dataset med självsäkra peptider med hjälp av OpenProt_all databas. Den rekommenderade stränga falska upptäcktsfrekvensen påverkade inte de mest självsäkra proteinidentifieringarna, även om den minskade det totala antalet identifierade proteiner. Ett nytt protein upptäcktes som en interactor av Raf-1 proteinet.
Detta proteiner hade inte tidigare upptäckts av massa spectrometry eller ribosom profilering och visat en god kvalitet spektrum. Kom ihåg att säkerställa att de valda parametrarna är tillräckliga för den experimentella designen och verifiera alltid kvaliteten på idrottsliga bevis när du rapporterar nya proteinupptäckter. Detta protokoll är anpassningsbart till alla top-down proteomik experiment särskilt när de används med funktionella proteomik.
Detta kommer att möjliggöra mycket djup screening och förståelse av protein interaktioner och cellulära vägar. OpenProt belyser den betydande underskattningen av det protomiska landskapet som förmedlas av nuvarande genomiska notationer och betonar de eukarystronikiska genernas polysystronik. Det är en helt ny väg för forskning.
Det fina med detta protokoll är att det inte kräver omfattande bioinformatiska färdigheter och att eftersom den använder avlägsna servrar, kan det köras på vilken dator som helst.
