OpenProt ökaryotik genomların polisystronic açıklama sağlayan ilk veritabanı, proto-genlerin kodlama potansiyelini tanır ve daha önce tespit edilemeyen proteinlerin keşfini sağlar. Bu protokolü, kapsamlı biyoinformatik becerilere ihtiyaç duymadan tüm kullanıcıların erişebileceği şekilde tasarladık. Tıpta günümüzün zorluklarını kavrayabilmek ve üstesinden gelmek için proteomik manzarayı ve tüm aktörleri ve dinamiklerini tam olarak anlamamız gerekir.
OpenProt bu imkanı sağlar. Burada, OpenProt patonomik deneylerin analizi için kullanılmasına rağmen, proteomun daha net bir tanımını sağladığı ndan diğer sistemlerle de kullanılabilir. OpenProt web sitesini açarak ve indirme sayfasını açmak için üst sayfa menüsünden bağlantıyı kullanarak başlayın.
Analizlerin deneysel verilerine ve istenilen protein türüne göre ilgi türlerine tıklayınız. OpenProt veritabanında bulunan bilinen ve yeni protein türlerinin tümünün dosyalarını içeren dosyalar oluşturmak için AllProts, Izoforms ve RefProds'u tıklatın ve varsa, protein dizilerinin çizildiği ek açıklamayı tıklatın. Araştırma amacına göre protein indadına varmak için gerekli olan destekleyici kanıt düzeyine tıklayın.
Ardından, tüm OpenProt tahminlerini içeren dosyaları oluşturmak için öngörülen tüm dosyaları tıklatın ve indirmek için istenen dosya biçimini tıklatın. Proteomik anayses için FASTA protein dosyasını seçin. Readme dosyası, dosya biçiminde gerekli tüm bilgileri içerir.
Veritabanı işleme için uygun bir proteomik araç örneğine giriş yapın ve yeni bir geçmiş oluşturun. İndirilen OpenProt veritabanını almak için Yükle'yi tıklatın. Veritabanı işleme iş akışını girmek için iş akışı sayfasına gidin, yeniden Yükle'yi tıklatın ve iş akışını çalıştır'ı tıklatın.
Sonra giriş olarak içe aktarılan OpenProt veritabanını seçin ve elde edilen Fasta dosyasını anlamlı bir şeyle yeniden adlandırın. Veritabanı proteomik analizler için kullanılmaya hazırdır. Kütle spektrometresi dosya hazırlama için, proteo sihirbazı paketinden serbestçe kullanılabilen MS dönüştürme aracını açın ve analiz edilecek veri dosyasını yükleyin.
Çıktı için dizin seçin ve mzML için istenen dosya biçimini ayarlayın sonra bir ve iki kütle spektrometresi düzeyleri bir ve iki dalgalet tabanlı algoritmasını kullanarak bir tepe çekme filtresi seçmek ve dönüştürme başlatmak için. Protein nicelemesi için, yeni bir tarih oluşturun ve daha önce oluşturulmuş veritabanını yeni tarihe sürükleyin ve bırakın. Dönüştürülmüş mzML veri dosyasını almak için Yükle'yi tıklatın.
İş akışı sayfasını açın, istenen iş akışını almak için yeniden Yükle'yi tıklatın ve farklı parametreleri gözden geçirmek için iş akışını çalıştır'ı seçin. İçe aktarılan mzML veri dosyasını seçin ve daha önce oluşturulan veritabanını veritabanı Fasta dosyası olarak girdi. İş akışı X'i kullandığından beri!
Tandem arama motoru, X almak için Upload tıklayın! Tandem varsayılan yapılandırma dosyası. OpenProt databse'nin tamamını kullanırken boyutundaki önemli artışı hesaba katmak için sıkı bir yanlış bulma oranı kullanın.
Kalite kontrol için, peptit spektrum eşleşmelerinin sayısı veya tanımlanan peptit ve protein sayısı gibi ortak performans ölçümlerini sağlamak için kimlik filtresi çıkışındaki dosya bilgi aracını çalıştırın. OpenProt veritabanı madenciliği için OpenProt web sitesine dönün ve arama sayfasını açın. Proteinin tanımlandığı ilgi türlerine tıklayın ve protein sorgu kutusuna protein katılım numarasını girin.
Dalgalanma'yı tıklatın ve sorgulanmış protein için temel bilgileri içeren bir tablo görüntülenir. Ardından, ayrıntılar bağlantısını tıklatın. Yeni açılan sayfada sorgulanan proteinin yanı sıra diğer bilgiler üzerinde odaklanmış bir genom tarayıcısı bulunur.
Protein veya DNA dizileri elde etmek için, bilgi sekmelerinden protein veya DNA bağlantılarına tıklayın, sırasıyla sonra kitle spektrometresi kanıt ribozom profilleme tespiti hakkında ayrıntılı bilgilere göz atmak için sekmeleri tıklatın ve koruma ve protein etki alanları tespit. Bu temsili andiste, orijinal kağıtta tanımlanan proteinlerin çoğu openprot 2_pep veya OpenProt_all veritabanı kullanılarak tespit edilmiştir ve OpenProt veritabanlarının InterPro KB veritabanlarına dayalı mevcut prosedürlerle karşılaştırılabilir protein tanımlama ve nicelleştirme üretebildiğini göstermiştir. Henüz veritabanlarında açıklamalı olmayan 11 iyi desteklenen protein, OpenProt 2_pep veritabanı kullanılarak kendinden emin peptidlere sahip tüm veri kümelerinde tanımlanmıştır.
OpenProt_all veritabanı kullanılarak güvenli peptidler ile tüm veri kümelerinde 29 yeni protein keşfedildi. Önerilen sıkı yanlış keşif oranı en güvenli protein tanımlamalarını etkilemedi, ancak tanımlanan proteinlerin toplam sayısını azalttı. Bir yeni protein Raf-1 proteininin etkicisi olarak keşfedildi.
Bu proteinler daha önce kütle spektrometresi veya ribozom profilleme ile tespit edilmemişve kaliteli bir spektrum göstermiş. Seçilen parametrelerin deneysel tasarım için yeterli olduğundan emin olmayı unutmayın ve yeni protein keşiflerini rapor ederken her zaman sportif kanıtların kalitesini doğrulayın. Bu protokol, özellikle fonksiyonel proteomiklerle kullanıldığında yukarıdan aşağıya proteomik tüm deneylere uyarlanabilir.
Bu çok derin tarama ve protein etkileşimleri ve hücresel yollar anlayış sağlayacaktır. OpenProt, mevcut genomik gösterimlerle aktarılan protomik manzaranın önemli ölçüde hafife alındığını vurgular ve ökaryotik genlerin polisystronic doğasını vurgular. Bu araştırma için yepyeni bir cadde.
Bu protokolün güzelliği, kapsamlı biyoinformatik beceriler gerektirmemesi ve uzak sunucular kullandığı için herhangi bir bilgisayarda çalıştırılabiliyor olmasıdır.
