Name: looking outwards: isolation of cyanobacterial released carbohydrate polymers and proteins
Uploaded: 2019-05-27T13:00:00
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Questo lavoro è stato finanziato dai fondi di Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER) attraverso il COMPETE 2020 - Programma Operacional per la competitività e l'internazionalizzazione (POCI), Portogallo 2020, e da fondi portoghesi attraverso FCT - a Tecnologia/Ministério da Cioncia, Tecnologia e Ensino Superior nell'ambito del progetto POCI-01-0145-FEDER-028779 e della sovvenzione SFRH/BD/99715/2014 (CF).

1. Cianobacterial rilasciato isolamento polimero di carboidrati
<ol><li>
Isolamento e rimozione di polimeri e rimozione dei contaminanti
	<ol>
<li>Coltivare la varietà cianobatterica in condizioni standard [ad esempio, 30 gradi sotto una luce di 12 h (50 e2 s2s )/12 h regime scuro, con scosse orbitali a 150 rpm]. Misurare la crescita utilizzando protocolli standard [ad esempio, densità ottica a 730 nm (OD730nm), clorofilla un, peso secco, ecc.], quindi misura...

<ol>
	<li>Pereira, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complexity+of+cyanobacterial+exopolysaccharides:+composition,+structures,+inducing+factors+and+putative+genes+involved+in+their+biosynthesis+and+assembly.">Complexity of cyanobacterial exopolysaccharides: composition, structures, inducing factors and putative genes involved in their biosynthesis and assembly.</a> FEMS Microbiology Reviews. 33 (5), 917-941 (2009).</li><li>Kanekiyo, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+an+Antiviral+Polysaccharide,+Nostoflan,+from+a+Terrestrial+Cyanobacterium,+Nostoc+flagelliforme.">Isolation of an Antiviral Polysaccharide, Nostoflan, from a Terrestrial Cyanobacterium, Nostoc flagelliforme.</a> Journal of Natural Products. 68 (7), 1037-1041 (2005).</li><li>L&#248;bner, M., Walsted, A., Larsen, R., Bendtzen, K., Nielsen, C. 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J., Liu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+polysaccharides+from+cyanobacteria+Nostoc+commune+and+their+antioxidant+activities.">Preparation of polysaccharides from cyanobacteria Nostoc commune and their antioxidant activities.</a> Carbohydrate Polymers. 99, 553-555 (2014).</li><li>Ozturk, S., Aslim, B., Suludere, Z., Tan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metal+removal+of+cyanobacterial+exopolysaccharides+by+uronic+acid+content+and+monosaccharide+composition.">Metal removal of cyanobacterial exopolysaccharides by uronic acid content and monosaccharide composition.</a> Carbohydrate Polymers. 101, 265-271 (2014).</li><li>Han, P. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emulsifying,+flocculating,+and+physicochemical+properties+of+exopolysaccharide+produced+by+cyanobacterium+Nostoc+flagelliforme.">Emulsifying, flocculating, and physicochemical properties of exopolysaccharide produced by cyanobacterium Nostoc flagelliforme.</a> Applied Biochemistry and Biotechnology. 172 (1), 36-49 (2014).</li><li>Leite, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyanobacterium&#8208;Derived+Extracellular+Carbohydrate+Polymer+for+the+Controlled+Delivery+of+Functional+Proteins.">Cyanobacterium&#8208;Derived Extracellular Carbohydrate Polymer for the Controlled Delivery of Functional Proteins.</a> Macromolecular Bioscience. 17 (2), 1600206 (2017).</li><li>Estevinho, B. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+a+cyanobacterial+extracellular+polymeric+substance+in+the+microencapsulation+of+vitamin+B12.">Application of a cyanobacterial extracellular polymeric substance in the microencapsulation of vitamin B12.</a> Powder Technology. 343, 644-651 (2019).</li><li>Klock, J. H., Wieland, A., Seifert, R., Michaelis, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extracellular+polymeric+substances+(EPS)+from+cyanobacterial+mats:+characterisation+and+isolation+method+optimisation.">Extracellular polymeric substances (EPS) from cyanobacterial mats: characterisation and isolation method optimisation.</a> Marine Biology. 152 (5), 1077-1085 (2007).</li><li>Delattre, C., Pierre, G., Laroche, C., Michaud, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Production,+extraction+and+characterization+of+microalgal+and+cyanobacterial+exopolysaccharides.">Production, extraction and characterization of microalgal and cyanobacterial exopolysaccharides.</a> Biotechnology Advances. 34 (7), 1159-1179 (2016).</li><li>Costa, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Secretion+systems+in+gram-negative+bacteria:+structural+and+mechanistic+insights.">Secretion systems in gram-negative bacteria: structural and mechanistic insights.</a> Nature Reviews Microbiology. 13 (6), 343-359 (2015).</li><li>Roier, S., Zingl, F. G., Cakar, F., Schild, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+outer+membrane+vesicle+biogenesis:+a+new+mechanism+and+its+implications.">Bacterial outer membrane vesicle biogenesis: a new mechanism and its implications.</a> Microbial Cell. 3 (6), 257-259 (2016).</li><li>Sergeyenko, T. V., Los, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+secreted+proteins+of+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC+6803.">Identification of secreted proteins of the cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC 6803.</a> FEMS Microbiology Letters. 193 (2), 213-216 (2000).</li><li>Oliveira, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+versatile+TolC-like+Slr1270+in+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+PCC+6803.">The versatile TolC-like Slr1270 in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Environmental Microbiology. 18 (2), 486-502 (2016).</li><li>Flores, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+alternative+sigma+factor+SigF+is+a+key+player+in+the+control+of+secretion+mechanisms+in+Synechocystis+sp.+PCC+6803.">The alternative sigma factor SigF is a key player in the control of secretion mechanisms in Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Environmental Microbiology. 21 (1), 343-359 (2018).</li><li>Dubois, M., Gilles, K. A., Hamilton, J. K., Rebers, P. 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S., Kannaujiya, V. K., Sinha, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyanobacterial+extracellular+polysaccharide+sheath+pigment,+scytonemin:+A+novel+multipurpose+pharmacophore.">Cyanobacterial extracellular polysaccharide sheath pigment, scytonemin: A novel multipurpose pharmacophore.</a> Marine Glycobiology. , 343-358 (2016).</li><li>Nguyen, A. T. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Performances+of+different+protocols+for+exocellular+polysaccharides+extraction+from+milk+acid+gels:+Application+to+yogurt.">Performances of different protocols for exocellular polysaccharides extraction from milk acid gels: Application to yogurt.</a> Food Chemistry. 239, 742-750 (2018).</li><li>Jamshidian, H., Shojaosadati, S. A., Mousavi, S. M., Soudi, M. R., Vilaplana, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implications+of+recovery+procedures+on+structural+and+rheological+properties+of+schizophyllan+produced+from+date+syrup.">Implications of recovery procedures on structural and rheological properties of schizophyllan produced from date syrup.</a> International Journal of Biological Macromolecules. 105, 36-44 (2017).</li><li>Couto, N., Schooling, S. R., Dutcher, J. R., Barber, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteome+profiles+of+outer+membrane+vesicles+and+extracellular+matrix+of+Pseudomonas+aeruginosa+biofilms.">Proteome profiles of outer membrane vesicles and extracellular matrix of Pseudomonas aeruginosa biofilms.</a> Journal of Proteome Research. 14 (10), 4207-4222 (2015).</li></ol>

Per comprendere meglio i meccanismi di secrezione batterica e studiare i prodotti rilasciati, è di estrema importanza dimostrare l'isolamento efficiente e l'analisi delle biomolecole presenti nell'ambiente batterico extracellulare (come polimeri di carboidrati e proteine).
I polimeri di carboidrati extracellulari cianobatterici sono estremamente complessi, principalmente a causa del numero e della proporzione di monosaccori diversi che costituiscono la loro composizione1</su...

I cianobatteri sono ampiamente riconosciuti come fonti prolifiche di prodotti naturali con promettenti applicazioni biotecnologiche/biomediche. Pertanto, la comprensione dei meccanismi di secrezione cianobatterici e l'ottimizzazione dei metodi di estrazione/recupero sono essenziali per implementare i cianobatteri come fabbriche di cellule microbiche efficienti.
Molti ceppi cianobatterici sono in grado di produrre sostanze polimeriche extracellulari (EPS), formate principalmente da eteropolisidi, che rimangono associate alla superficie cellulare o vengono rilasciate nel mezzo1. Questi polimeri di carboidrati rilasciati hanno caratteristiche distinte rispetto a quelle di altri batteri, che li rendono adatti per una vasta gamma di applicazioni (ad esempio, antivirali2, immunostimolatori3 , antiossidanti4, chelazione metallica5, emulsionando6e agenti di somministrazione di farmaci7,8). La metodologia per l'isolamento di questi polimeri contribuisce in gran parte non solo al miglioramento della resa, ma anche ad una maggiore purezza e alle proprietà fisiche specifiche del polimero ottenute9. La stragrande maggioranza di questi metodi per l'isolamento dei polimeri si basa su strategie di precipitazione del mezzo di coltura che sono facilmente realizzabili a causa della forte natura anionica del polimero9,10. Inoltre, la rimozione dei solventi utilizzati nella fase di precipitazione può essere rapidamente ottenuta mediante evaporazione e/o liofilizzazione. A seconda dell'applicazione prevista, è possibile associare diversi passaggi dopo o prima della precipitazione polimerica per personalizzare il prodotto finale, che includono il trattamento dell'acido tricloroacetico (TCA), la filtrazione o la cromatografia di esclusione delle dimensioni (SEC) purificazione colonna10.
I cianobatteri sono anche in grado di secernere una vasta gamma di proteine attraverso percorsi dipendenti da trasportatori di membrana (classica)11 o mediati da vescicoli (non classici)12. Pertanto, l'analisi dell'esoproteoma cianobatterico costituisce uno strumento essenziale, sia per comprendere/manipolare i meccanismi di secrezione delle proteine cianobatteriche e comprendere la specifica funzione extracellulare di queste proteine. L'isolamento affidabile e l'analisi degli esoproteomi richiedono la concentrazione dell'ambiente extracellulare, poiché l'abbondanza di proteine secrete è relativamente bassa. Inoltre, altri passaggi fisici o chimici (ad esempio, centrifugazione, filtrazione o precipitazioni proteiche) possono ottimizzare la qualità dell'esoproteoma ottenuto, arricchendo il contenuto proteico13,ed evitando la presenza di contaminanti (ad esempio, pigmenti, carboidrati, ecc. 14 Del sistema , 15 o la predominanza delle proteine intracellulari nei campioni. Tuttavia, alcuni di questi passaggi possono anche limitare l'insieme di proteine che possono essere rilevate, portando ad un'analisi di parte.
Questo lavoro descrive protocolli efficienti per l'isolamento dei polimeri di carboidrati rilasciati e degli esoproteomi dai media di coltura dei cianobatteri. Questi protocolli possono essere facilmente adattati agli obiettivi specifici dello studio e alle esigenze degli utenti, pur mantenendo i passaggi di base presentati qui.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1393px;" width="1392">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Dialysis membranes</td>
			<td style="width:191px;">Medicell Membranes Ltd&#160;</td>
			<td style="width:119px;">DTV.12000.07</td>
			<td style="width:777px;">Visking Tubing Size 7, Dia 23.8 mm, Width 39-41 mm 30m Roll&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:307px;">Ethanol 96%</td>
			<td style="width:191px;">AGA - &#193;lcool e G&#233;neros Alimentares, S.A.</td>
			<td style="width:119px;">4.000.02.02.00</td>
			<td>Fermentation ethyl alcohol 96% AGA</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">PES Filter 0.2 &#956;m</td>
			<td style="width:191px;">Fisher Scientific, Lda</td>
			<td style="width:119px;">15206869</td>
			<td>Syringe filter polystyrene 33MM 0.2&#181;M STR&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Amicon Ultra-15, Ultracel-3K</td>
			<td style="width:191px;">Merck Millipore Ltd.</td>
			<td style="width:119px;">UFC900324</td>
			<td>Centrifugal filters with a nominal molecular weight cut-off of 3 kDa</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Thermo Scientific&#160;Pierce BCA Protein Assay</td>
			<td style="width:191px;">Fisher Scientific, Lda</td>
			<td style="width:119px;">10741395</td>
			<td>Green-to-blue, precise, detergent-compatible assay reagent to measure total protein concentration</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Brillant Blue G Colloidal Concentrate&#160;</td>
			<td style="width:191px;">Sigma Aldrich Qu&#237;mica SL</td>
			<td style="width:119px;">B2025-1EA</td>
			<td>Coomassie blue&#160;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

looking outwards: isolation of cyanobacterial released carbohydrate polymers and proteins

I cianobatteri possono secernere attivamente una vasta gamma di biomolecole nell'ambiente extracellulare, come eteropolisaccaridi e proteine. L'identificazione e la caratterizzazione di queste biomolecole può migliorare la conoscenza delle loro vie di secrezione e contribuire a manipolarle. Inoltre, alcune di queste biomolecole sono interessanti anche in termini di applicazioni biotecnologiche. Qui sono descritti due protocolli per un facile e rapido isolamento di polimeri e proteine di carboidrati rilasciati acinobatteri. Il metodo per l'isolamento dei polimeri di carboidrati rilasciati si basa su tecniche convenzionali di precipitazione di polisaccarides in soluzioni acquose che utilizzano solventi organici. Questo metodo conserva le caratteristiche del polimero ed evita contemporaneamente la presenza di contaminanti da detriti cellulari e mezzi di coltura. Alla fine del processo, il polimero lofilofilizzato è pronto per essere utilizzato o caratterizzato o può essere sottoposto a ulteriori cicli di purificazione, a seconda dell'uso previsto finale. Per quanto riguarda l'isolamento dell'esoprotema cianobatterico, la tecnica si basa sulla concentrazione del mezzo privo di cellule dopo la rimozione dei principali contaminanti mediante centrifugazione e filtrazione. Questa strategia consente un isolamento affidabile delle proteine che raggiungono l'ambiente extracellulare tramite trasportatori di membrana o vesciche di membrana esterne. Queste proteine possono essere successivamente identificate utilizzando tecniche standard di spettrometria di massa. I protocolli qui presentati possono essere applicati non solo a una vasta gamma di cianobatteri, ma anche ad altri ceppi batterici. Inoltre, queste procedure possono essere facilmente adattate in base all'uso finale dei prodotti, al grado di purezza richiesto e alla deformazione batterica.

Una rappresentazione schematica del metodo descritto per estrarre i polimeri di carboidrati rilasciati dalle colture cianobatteriche è illustrata nella Figura 1. Polimeri precipitati dal moderato produttore EPS cianobatterio Synechocystis sp. PCC 6803 e l'efficiente produttore di EPS Cyanothece sp. CCY 0110 sono mostrati figura 2. Nella Figura 3sono mostrati polimeri lofilizzati con diversi gradi di contaminazione...

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Looking Outwards: Isolation of Cyanobacterial Released Carbohydrate Polymers and Proteins

Guardando verso l'esterno: Isolamento dei polimeri e delle proteine di carboidrati rilasciati in cianobatteria

Qui, vengono descritti i protocolli per l'isolamento dei polimeri di carboidrati rilasciati cianobatterici e l'isolamento dei loro esoproteomi. Entrambe le procedure incorporano i passaggi chiave per ottenere polimeri o proteine con gradi di elevata purezza che possono essere utilizzati per ulteriori analisi o applicazioni. Possono anche essere facilmente adattati in base alle esigenze specifiche dell'utente.

Cyanobacteria can actively secrete a wide range of biomolecules into the extracellular environment, such as heteropolysaccharides and proteins. The ...

Questi protocolli che abbiamo sviluppato sono importanti per studiare i meccanismi di secrezione nei cianobatteri e nei loro prodotti rilasciati, vale a dire i polimeri e le proteine dei carboidrati extracellulari. Le conoscenze generate ci permetteranno di personalizzare questi prodotti per diverse applicazioni, ovvero applicazioni biotecnologiche e biomediche. Questi protocolli sono molto semplici.Possono essere personalizzati in base all'organismo produttore, alle esigenze dell'utente e all'applicazione finale del prodotto. Il vantaggio principale di questi protocolli è che possono essere facilmente adattati ad altri sistemi viventi, in particolare ad altri batteri. Questi protocolli sono facili.Tuttavia, potrebbe essere necessario introdurre alcuni cambiamenti a seconda del ceppo batterico o del grado di purezza richiesto. Per iniziare, coltivare il ceppo cianobatterico in condizioni standard. Misurare la crescita utilizzando protocolli standard.Successivamente, trasferire la coltura in membrane dialisi e dializzare contro un minimo di 10 volumi di acqua deionizzata per 24 ore con agitazione continua. Centrifugare la coltura a 15.000 volte g a quattro gradi Celsius per 15 minuti. Trasferire il supernatante in una nuova fiala e scartare il pellet.Centrifugare di nuovo a 20.000 volte g a quattro gradi Celsius per 15 minuti per rimuovere i contaminanti, come detriti della parete cellulare o lipopaccaridi. Dopo la centrifugazione, trasferire il supernatante in un bicchiere di vetro e scartare il pellet. Per far precipitare il polimero, aggiungere due volumi di 96% di etanolo al supernatante e incubare la sospensione a quattro gradi Celsius durante la notte.Per piccole o non visibili quantità di polimero precipitato, centrifugare la sospensione a 13.000 volte g a quattro gradi Celsius per 25 minuti. Scartare delicatamente il supernatante e rimescolare il pellet in uno o due millilitri di acqua deionizzata autoclavata. Trasferire la sospensione acquosa su una fiala.Per le grandi quantità visibili di polimero precipitato, raccogliere il polimero precipitato con forceli metallici sterili su una fiala. Spremere il polimero e scartare l'etanolo in eccesso. Per eseguire il processo di liofilizzazione altrimenti noto come liofilizzazione, mantenere le fiale con il polimero precipitato a meno 80 gradi Celsius durante la notte.Licofilizzare il polimero per almeno 48 ore. Quindi, conservare il polimero essiccato in un essiccatore a temperatura ambiente fino a un ulteriore utilizzo. Per concentrare il mezzo, prima coltivare i cianobatteri in condizioni standard.Monitorare la crescita del cianobatterio utilizzando procedure standard. Quindi, centrifugare le colture a 4.000 volte g a temperatura ambiente per 10 minuti. Trasferire il supernatante in un pallone e scartare il pellet cellulare.Quindi, filtrare il mezzo decantato attraverso un filtro di dimensioni dei pori da 0,2 micron. Per concentrare il mezzo circa 500 volte, utilizzare concentratori centrifughe con un taglio nominale del peso molecolare di tre kilodalton per centrifugare 4.000 volte g e 15 gradi Celsius per un massimo di un'ora per tondo di centrifugazione. Dopo la centrifugazione, sciacquare le pareti del serbatoio del campione del dispositivo filtrante con il campione concentrato e trasferire il contenuto in un tubo di microcentrifugo.Eseguire una fase di lavaggio aggiuntiva del serbatoio del campione del dispositivo filtrante con il mezzo di coltura autoclavato per garantire il massimo recupero dell'esoproteoma. Quindi, conservare i campioni di esoproteoma a meno 20 gradi Celsius fino a un ulteriore utilizzo. L'etanolo deve essere aggiunto vigorosamente per ottimizzare la precipitazione e la resa del polimero.Dopo aver centrifugato il polimero precipitato, lo scarto del supernatante deve essere fatto con attenzione al fine di evitare la resuspensione del pellet che può essere attaccato liberamente sulla parete del pallone. Se viene eseguita la filtrazione manuale, dovrebbe essere delicato per evitare di rompere la membrana del filtro. Alcuni polimeri precipitati possono essere visibili solo dopo la centrifugazione, principalmente sulle pareti dei contenitori, come il caso dell'EPS di Synechocystis.In altri casi, come il polimero di cianoteca, è possibile vedere i grumi polimerici galleggiare nel becher di vetro subito dopo le precipitazioni. Alcune contaminazioni possono essere facilmente rilevate macroscopicamente dopo la liofilizzazione dei polimeri poiché altereranno la pigmentazione polimerica, di solito bianca o marrone chiaro. I polimeri arancioni sono contaminati da carotenoidi o strutture contenenti questi pigmenti.Ad esempio, i polimeri verdi sono contaminati da detriti cellulari e clorofilla. Gli esoproteomi possono variare in modo significativo a seconda del ceppo batterico. Vedi, ad esempio, l'esoproteoma di un cianobatterio unicellulare e quello di un ceppo filamentoso.L'elevata quantità di polisaccaridi nei campioni concentrati di esoproteoma può ostacolare l'analisi dell'esoproteoma. Ad esempio, può ritardare la separazione proteica e mascherare proteine meno abbondanti. L'utente può caratterizzare il polimero in termini di composizione, proprietà fisiche/chimiche, attività biologica del polimero di prova o componenti polimerici modificati.Per l'identificazione delle proteine, è possibile eseguire la separazione delle proteine in gel e spettrometria di massa. E per la separazione delle vescicole, deve essere eseguita l'ultracentrifugazione dell'esoproteoma. Nel nostro gruppo, questi protocolli hanno già spianato la strada a svelare meccanismi di secrezione cianobatterica o applicazioni dei polimeri di carboidrati extracellulari in diversi campi, come nel bioremediazione o come antitumore o agenti di somministrazione di farmaci.

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Biochemistry of the Cell

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Interfacial Molecular-level Structures of Polymers and Biomacromolecules Revealed via Sum Frequency Generation Vibrational Spectroscopy

Strutture a livello molecolare interfacciale di polimeri e biomacromolecole rivelate tramite spettroscopia vibrazionale di generazione della frequenza di somma

As a second-order nonlinear optical spectroscopy, sum frequency generation (SFG) vibrational spectroscopy has widely been used in investigating various ...

Localization of SUMO-modified Proteins Using Fluorescent Sumo-trapping Proteins

Localizzazione delle proteine di SUMO-modificate utilizzando proteine di cattura di Sumo fluorescente

Here we are presenting a novel method to study the sumoylation of proteins and their sub-cellular localization in mammalian cells and nematode oocytes. ...

Preparation of High-Quality Fermented Fish Product

Preparazione di prodotti di pesce fermentato di alta qualità

This protocol provides a method for preparation of industrialized fermented fish product with sturgeon (Aquilaria sinensis) meat product. The procedures ...