Name: looking outwards: isolation of cyanobacterial released carbohydrate polymers and proteins
Uploaded: 2019-05-27T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Looking Outwards: Isolation of Cyanobacterial Released Carbohydrate Polymers and Proteins at JoVE.com

Эта работа была профинансирована Фондом Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER) в рамках программы COMPETE 2020 - Operacional Program for Competitiveness and Internationalisation (POCI), Португалия 2020, а также португальскими фондами через FCT - Funda'o para a Ci'ncia e Текнология/Минстерио да Сьенсия, Tecnologia e Ensino Superior в рамках проекта POCI-01-0145-FEDER-028779 и грант SFRH/BD/99715/2014 (CF).

1. Цианобактериальная высвобождение углеводной полимерной изоляции
<ol><li>
Полимерная изоляция и удаление загрязняющих веществ
	<ol>
<li>Культивировать цианобактериальный штамм в стандартных условиях , например, 30 градусов по Цельсию при освещении 12 ч (50 мЭм 2с1)/12 г тем?...

<ol>
	<li>Pereira, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complexity+of+cyanobacterial+exopolysaccharides:+composition,+structures,+inducing+factors+and+putative+genes+involved+in+their+biosynthesis+and+assembly.">Complexity of cyanobacterial exopolysaccharides: composition, structures, inducing factors and putative genes involved in their biosynthesis and assembly.</a> FEMS Microbiology Reviews. 33 (5), 917-941 (2009).</li><li>Kanekiyo, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+an+Antiviral+Polysaccharide,+Nostoflan,+from+a+Terrestrial+Cyanobacterium,+Nostoc+flagelliforme.">Isolation of an Antiviral Polysaccharide, Nostoflan, from a Terrestrial Cyanobacterium, Nostoc flagelliforme.</a> Journal of Natural Products. 68 (7), 1037-1041 (2005).</li><li>L&#248;bner, M., Walsted, A., Larsen, R., Bendtzen, K., Nielsen, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhancement+of+human+adaptive+immune+responses+by+administration+of+a+high-molecular-weight+polysaccharide+extract+from+the+cyanobacterium+Arthrospira+platensis.">Enhancement of human adaptive immune responses by administration of a high-molecular-weight polysaccharide extract from the cyanobacterium Arthrospira platensis.</a> Journal of Medicinal Food. 11 (2), 313-322 (2008).</li><li>Wang, H. B., Wu, S. J., Liu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+of+polysaccharides+from+cyanobacteria+Nostoc+commune+and+their+antioxidant+activities.">Preparation of polysaccharides from cyanobacteria Nostoc commune and their antioxidant activities.</a> Carbohydrate Polymers. 99, 553-555 (2014).</li><li>Ozturk, S., Aslim, B., Suludere, Z., Tan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metal+removal+of+cyanobacterial+exopolysaccharides+by+uronic+acid+content+and+monosaccharide+composition.">Metal removal of cyanobacterial exopolysaccharides by uronic acid content and monosaccharide composition.</a> Carbohydrate Polymers. 101, 265-271 (2014).</li><li>Han, P. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emulsifying,+flocculating,+and+physicochemical+properties+of+exopolysaccharide+produced+by+cyanobacterium+Nostoc+flagelliforme.">Emulsifying, flocculating, and physicochemical properties of exopolysaccharide produced by cyanobacterium Nostoc flagelliforme.</a> Applied Biochemistry and Biotechnology. 172 (1), 36-49 (2014).</li><li>Leite, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyanobacterium&#8208;Derived+Extracellular+Carbohydrate+Polymer+for+the+Controlled+Delivery+of+Functional+Proteins.">Cyanobacterium&#8208;Derived Extracellular Carbohydrate Polymer for the Controlled Delivery of Functional Proteins.</a> Macromolecular Bioscience. 17 (2), 1600206 (2017).</li><li>Estevinho, B. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+a+cyanobacterial+extracellular+polymeric+substance+in+the+microencapsulation+of+vitamin+B12.">Application of a cyanobacterial extracellular polymeric substance in the microencapsulation of vitamin B12.</a> Powder Technology. 343, 644-651 (2019).</li><li>Klock, J. H., Wieland, A., Seifert, R., Michaelis, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extracellular+polymeric+substances+(EPS)+from+cyanobacterial+mats:+characterisation+and+isolation+method+optimisation.">Extracellular polymeric substances (EPS) from cyanobacterial mats: characterisation and isolation method optimisation.</a> Marine Biology. 152 (5), 1077-1085 (2007).</li><li>Delattre, C., Pierre, G., Laroche, C., Michaud, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Production,+extraction+and+characterization+of+microalgal+and+cyanobacterial+exopolysaccharides.">Production, extraction and characterization of microalgal and cyanobacterial exopolysaccharides.</a> Biotechnology Advances. 34 (7), 1159-1179 (2016).</li><li>Costa, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Secretion+systems+in+gram-negative+bacteria:+structural+and+mechanistic+insights.">Secretion systems in gram-negative bacteria: structural and mechanistic insights.</a> Nature Reviews Microbiology. 13 (6), 343-359 (2015).</li><li>Roier, S., Zingl, F. G., Cakar, F., Schild, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+outer+membrane+vesicle+biogenesis:+a+new+mechanism+and+its+implications.">Bacterial outer membrane vesicle biogenesis: a new mechanism and its implications.</a> Microbial Cell. 3 (6), 257-259 (2016).</li><li>Sergeyenko, T. V., Los, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+secreted+proteins+of+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+strain+PCC+6803.">Identification of secreted proteins of the cyanobacterium Synechocystis sp. strain PCC 6803.</a> FEMS Microbiology Letters. 193 (2), 213-216 (2000).</li><li>Oliveira, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+versatile+TolC-like+Slr1270+in+the+cyanobacterium+Synechocystis+sp.+PCC+6803.">The versatile TolC-like Slr1270 in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Environmental Microbiology. 18 (2), 486-502 (2016).</li><li>Flores, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+alternative+sigma+factor+SigF+is+a+key+player+in+the+control+of+secretion+mechanisms+in+Synechocystis+sp.+PCC+6803.">The alternative sigma factor SigF is a key player in the control of secretion mechanisms in Synechocystis sp. PCC 6803.</a> Environmental Microbiology. 21 (1), 343-359 (2018).</li><li>Dubois, M., Gilles, K. A., Hamilton, J. K., Rebers, P. A., Smith, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+method+for+determination+of+sugars+and+related+substances.">Colorimetric method for determination of sugars and related substances.</a> Analytical Chemistry. 28 (3), 350-356 (1956).</li><li>Parikh, A., Madamwar, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Partial+characterization+of+extracellular+polysaccharides+from+cyanobacteria.">Partial characterization of extracellular polysaccharides from cyanobacteria.</a> Bioresource Technology. 97 (15), 1822-1827 (2006).</li><li>R&#252;hmann, B., Schmid, J., Sieber, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+to+identify+the+unexplored+diversity+of+microbial+exopolysaccharides.">Methods to identify the unexplored diversity of microbial exopolysaccharides.</a> Frontiers in Microbiology. 6, 565 (2015).</li><li>Pathak, J., Rajneesh, R., Sonker, A. S., Kannaujiya, V. K., Sinha, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyanobacterial+extracellular+polysaccharide+sheath+pigment,+scytonemin:+A+novel+multipurpose+pharmacophore.">Cyanobacterial extracellular polysaccharide sheath pigment, scytonemin: A novel multipurpose pharmacophore.</a> Marine Glycobiology. , 343-358 (2016).</li><li>Nguyen, A. T. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Performances+of+different+protocols+for+exocellular+polysaccharides+extraction+from+milk+acid+gels:+Application+to+yogurt.">Performances of different protocols for exocellular polysaccharides extraction from milk acid gels: Application to yogurt.</a> Food Chemistry. 239, 742-750 (2018).</li><li>Jamshidian, H., Shojaosadati, S. A., Mousavi, S. M., Soudi, M. R., Vilaplana, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implications+of+recovery+procedures+on+structural+and+rheological+properties+of+schizophyllan+produced+from+date+syrup.">Implications of recovery procedures on structural and rheological properties of schizophyllan produced from date syrup.</a> International Journal of Biological Macromolecules. 105, 36-44 (2017).</li><li>Couto, N., Schooling, S. R., Dutcher, J. R., Barber, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteome+profiles+of+outer+membrane+vesicles+and+extracellular+matrix+of+Pseudomonas+aeruginosa+biofilms.">Proteome profiles of outer membrane vesicles and extracellular matrix of Pseudomonas aeruginosa biofilms.</a> Journal of Proteome Research. 14 (10), 4207-4222 (2015).</li></ol>

Чтобы лучше понять механизмы бактериальной секреции и изучить высвобожденные продукты, крайне важно продемонстрировать эффективную изоляцию и анализ биомолекул, присутствующих в внеклеточной бактериальной среде (например, выпущенных углеводных полимеров и белков).
Ц?...

Цианобактерии широко признаны в качестве плодовитых источников натуральных продуктов с перспективными биотехнологическими/биомедицинскими применениями. Поэтому понимание механизмов секреции цианобактерий и оптимизация методов извлечения/восстановления необходимы для внедрения цианобактерий как эффективных фабрик микробных клеток.
Многие цианобактериальные штаммы способны производить внеклеточные полимерные вещества (EPS), в основном образованные гетерополисахаридов, которые остаются связаны с поверхностью клетки или высвобождаются в среду1. Эти выпущенные углеводные полимеры имеют различные особенности по сравнению с другими бактериями, которые делают их пригодными для широкого спектра применений (например, противовирусные2, иммуностимулятор3, антиоксидант4, металл-хелатирование5, эмульгирующий6,и агенты доставки лекарств7,8). Методология изоляции этих полимеров во многом способствует не только повышению урожайности, но и повышению чистоты и специфических физических свойств полученного9полимера. Подавляющее большинство из этих методов для изоляции полимеров полагаться на осадки стратегии из культуры среды, которые легко достигается из-за сильной анионической природы полимера9,10. Кроме того, удаление растворителей, используемых в шаге осадков, может быть быстро достигнуто путем испарения и/или лиофилизации. В зависимости от предполагаемого применения, различные шаги могут быть соединены либо после или до выпадения полимера для того, чтобы адаптировать конечный продукт, который включает в себя трихлороацетической кислоты (TCA) лечение, фильтрация, или размер исключения хроматографии (SEC) очистка столбца10.
Цианобактерии также способны выделять широкий спектр белков через пути, зависящие от мембранных транспортеров (классические)11 или опосредованных пузырьками (неклассическими)12. Таким образом, анализ цианобактериального экзопротеома представляет собой важный инструмент, как понять / манипулировать механизмами секреции цианобактерий белка и понять специфическую внеклеточную функцию этих белков. Надежная изоляция и анализ экзопротеомов требуют концентрации внеклеточной среды, так как обилие выделяемых белков относительно низкое. Кроме того, другие физические или химические шаги (например, центрифугация, фильтрация или протеиновые осадки) могут оптимизировать качество полученного экзопротеома, обогащая содержание белка13и избегая присутствия загрязняющих веществ (например, пигменты, углеводы и т.д.. . 14 Год , 15 или преобладание внутриклеточных белков в образцах. Тем не менее, некоторые из этих шагов могут также ограничить набор белков, которые могут быть обнаружены, что приводит к предвзятому анализу.
Эта работа описывает эффективные протоколы для изоляции выпущенных углеводных полимеров и экзопротеомов от цианобактерий культуры средств массовой информации. Эти протоколы могут быть легко адаптированы к конкретным целям и потребностям пользователей исследования, сохраняя при этом основные шаги, представленные здесь.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1393px;" width="1392">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Dialysis membranes</td>
			<td style="width:191px;">Medicell Membranes Ltd&#160;</td>
			<td style="width:119px;">DTV.12000.07</td>
			<td style="width:777px;">Visking Tubing Size 7, Dia 23.8 mm, Width 39-41 mm 30m Roll&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:307px;">Ethanol 96%</td>
			<td style="width:191px;">AGA - &#193;lcool e G&#233;neros Alimentares, S.A.</td>
			<td style="width:119px;">4.000.02.02.00</td>
			<td>Fermentation ethyl alcohol 96% AGA</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">PES Filter 0.2 &#956;m</td>
			<td style="width:191px;">Fisher Scientific, Lda</td>
			<td style="width:119px;">15206869</td>
			<td>Syringe filter polystyrene 33MM 0.2&#181;M STR&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Amicon Ultra-15, Ultracel-3K</td>
			<td style="width:191px;">Merck Millipore Ltd.</td>
			<td style="width:119px;">UFC900324</td>
			<td>Centrifugal filters with a nominal molecular weight cut-off of 3 kDa</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Thermo Scientific&#160;Pierce BCA Protein Assay</td>
			<td style="width:191px;">Fisher Scientific, Lda</td>
			<td style="width:119px;">10741395</td>
			<td>Green-to-blue, precise, detergent-compatible assay reagent to measure total protein concentration</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Brillant Blue G Colloidal Concentrate&#160;</td>
			<td style="width:191px;">Sigma Aldrich Qu&#237;mica SL</td>
			<td style="width:119px;">B2025-1EA</td>
			<td>Coomassie blue&#160;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

looking outwards: isolation of cyanobacterial released carbohydrate polymers and proteins

Цианобактерии могут активно выделять широкий спектр биомолекул во внеклеточной среде, таких как гетерополисачхариды и белки. Идентификация и характеристика этих биомолекул может улучшить знания об их путях секреции и помочь манипулировать ими. Кроме того, некоторые из этих биомолекул также интересны с точки зрения биотехнологических применений. Описаны два протокола для легкой и быстрой изоляции цианобактериальных высвобождаемых углеводных полимеров и белков. Метод изоляции высвобожденных углеводных полимеров основан на обычных методах осадков полисахаридов в вацвовых растворах с использованием органических растворителей. Этот метод сохраняет характеристики полимера и одновременно позволяет избежать присутствия загрязняющих веществ из клеточного мусора и культуры среды. В конце процесса лиофилизированный полимер готов к использованию или характеристике или может быть подвергнут дальнейшим раундам очистки, в зависимости от конечного предназначенного использования. Что касается изоляции цианобактериального экзопротеома, метод основан на концентрации среды, свободной от клеток, после удаления основных загрязнителей путем центрифугации и фильтрации. Эта стратегия позволяет обеспечить надежную изоляцию белков, которые достигают внеклеточной среды через мембранные транспортеры или внешние мембранные пузырьки. Эти белки могут быть впоследствии идентифицированы с помощью стандартных методов масс-спектрометрии. Представленные здесь протоколы могут применяться не только к широкому спектру цианобактерий, но и к другим бактериальным штаммам. Кроме того, эти процедуры могут быть легко с учетом окончательного использования продуктов, степень чистоты требуется, и бактериальный штамм.

Схематическое представление метода, описанного для извлечения освобожденных углеводных полимеров из цианобактериальных культур, изображено на рисунке 1. Осажденные полимеры от умеренного производителя EPS цианобактерий Synechocystis sp. PCC 6803 и эффективного производител...

Watch this Scientific Journal Video about Looking Outwards: Isolation of Cyanobacterial Released Carbohydrate Polymers and Proteins at JoVE.com

Looking Outwards: Isolation of Cyanobacterial Released Carbohydrate Polymers and Proteins

Взгляд наружу: Изоляция цианобактериальных высвобождаемых углеводных полимеров и белков

Здесь описаны протоколы изоляции цианобактериальных высвобождаемых углеводных полимеров и изоляции их экзопротеомов. Обе процедуры воплощают ключевые шаги для получения полимеров или белков с высокой степенью чистоты, которые могут быть использованы для дальнейшего анализа или применения. Они также могут быть легко адаптированы в соответствии с конкретными потребностями пользователей.

Cyanobacteria can actively secrete a wide range of biomolecules into the extracellular environment, such as heteropolysaccharides and proteins. The ...

Эти протоколы, которые мы разработали, важны для изучения механизмов секреции в цианобактериях и их выпущенных продуктах, а именно внеклеточных углеводных полимеров и белков. Полученные знания позволят нам настроить эти продукты для нескольких приложений, а именно биотехнологических и биомедицинских приложений. Эти протоколы очень просты.Они могут быть адаптированы в соответствии с организмом-производителем, потребностями пользователя и окончательным применением продукта. Основным преимуществом этих протоколов является то, что они могут быть легко адаптированы к другим живым системам, в частности к другим бактериям. Эти протоколы просты.Тем не менее, возможно, потребуется ввести некоторые изменения в зависимости от бактериального штамма или степень чистоты требуется. Для начала возделывите цианобактериальный штамм в стандартных условиях. Измерьте рост с помощью стандартных протоколов.Затем перенесите культуру в диализные мембраны и облизойте как минимум 10 томов деионизированной воды в течение 24 часов с непрерывным перемешиванием. Центрифуга культуры при 15 000 раз г при четырех градусах Цельсия в течение 15 минут. Перенесите супернатант на новый флакон и отбросьте гранулы.Центрифуга снова при 20 000 раз г при четырех градусах по Цельсию в течение 15 минут для удаления загрязняющих веществ, таких как клеточный стенок мусора или липополисахариды. После центрифугации перенесите супернатант в стеклянный стакан и отбросьте гранулы. Чтобы вызвать полимер, добавьте два тома 96% этанола к супернатанту и инкубировать суспензию при четырех градусах Цельсия за ночь.Для небольших или не видимых количеств осажденного полимера центрифуга суспензии при 13 000 раз г при четырех градусах Цельсия в течение 25 минут. Аккуратно отбросьте супернатант и повторно посовелите гранулы в один-два миллилитра автоматической деионизированной воды. Перенесите аквеозную подвеску на флакон.Для видимых, большое количество осажденного полимера, собирать осажденный полимер со стерильными металлическими типсами на флакон. Сожмите полимер, и отказаться от избыточного этанола. Для выполнения процесса лиофилизации иначе известный как замораживание сушки, держать флаконы с осажденным полимером при температуре минус 80 градусов по Цельсию на ночь.Лиофилизировать полимер, по крайней мере 48 часов. Затем храните высушенный полимер в децикаторе при комнатной температуре до дальнейшего использования. Чтобы сконцентрировать среду, сначала культивируйте цианобактерии в стандартных условиях.Мониторинг роста цианобактерий с помощью стандартных процедур. Затем центрифуга культур в 4000 раз г при комнатной температуре в течение 10 минут. Перенесите супернатант в колбу и выбросьте клеточные гранулы.Затем отфильтруй декантированную среду через фильтр размером 0,2 микрона. Чтобы сконцентрировать среду примерно в 500 раз, используйте центробежные концентраторы с номинальным молекулярным весом, разрезанным на три килодалтона, чтобы центрифуга в 4 000 раз g и 15 градусов по Цельсию в течение максимум одного часа центрифугации раунда. После центрифугации промыть стенки фильтровальной устройства образцом резервуара с концентрированным образцом, а содержимое перенести в микроцентрифугную трубку.Выполните дополнительный шаг мытья резервуара образца фильтра с автоматической средой культуры для обеспечения максимального восстановления экзопротеома. Затем храните образцы экзопротеом при температуре минус 20 градусов по Цельсию до дальнейшего использования. Этанол необходимо энергично добавить для оптимизации полимерных осадков и урожайности.После центрифугирования осажденного полимера следует тщательно сделать выброс супернатанта, чтобы избежать повторного незаменимости гранул, которые могут быть слабо прикреплены к стене колбы. Если ручная фильтрация выполняется, она должна быть мягкой, чтобы избежать нарушения мембраны фильтра. Некоторые осажденные полимеры могут быть видны только после центрифугации, в основном на стенах колб, таких как случай ЭПС от Synechocystis.В других случаях, таких как полимер Cyanothece, можно увидеть полимерные сгустки, плавающие в стеклянном стакане сразу после осадков. Некоторые загрязнения могут быть легко обнаружены макроскопически после лиофилизации полимера, поскольку они изменят пигментацию полимера, как правило, белый или светло-коричневый. Оранжевые полимеры загрязнены каротиноидами или структурами, содержащими эти пигменты.Например, зеленые полимеры загрязнены клеточным мусором и хлорофиллом. Экзопротеомы могут значительно варьироваться в зависимости от бактериального штамма. См., например, экзопротеом из одноклеточного цианобактерия и один из нити штамма.Большое количество полисахаридов в экзопротеомно-концентрированных образцах может препятствовать анализу экзопротеомы. Например, он может задержать разделение белка и маскировать менее обильные белки. Пользователь может охарактеризовать полимер с точки зрения состава, физических/химических свойств, тестовой полимерной биологической активности или модифицированных полимерных компонентов.Для идентификации белка может быть выполнено разделение белков на гель и масс-спектрометрию. А для разделения пузырьков следует проводить ультрацентрифугирование экзопротеомы. В нашей группе эти протоколы уже проложили путь к распутыванию цианобактериальных механизмов секреции или применения внеклеточных углеводных полимеров в различных областях, таких как биовосстановление или в качестве противоопухолевых или лекарственных средств.

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Cell Biology

Biochemistry

Unit 1

Biochemistry of the Cell

SCIENTISTS IN ACTION

High-throughput Screening of Carbohydrate-degrading Enzymes Using Novel Insoluble Chromogenic Substrate Assay Kits

Высокопроизводительный скрининг углеводного-разрушающие ферменты Использование Роман Нерастворимые хромогенного субстрата Пробирной Kits

Carbohydrates active enzymes (CAZymes) have multiple roles in vivo and are widely used for industrial processing in the biofuel, textile, detergent, paper ...

Identification of Plant Ice-binding Proteins Through Assessment of Ice-recrystallization Inhibition and Isolation Using Ice-affinity Purification

Идентификация растений ледово-связывающих белков путем оценки льда рекристаллизации ингибирования и выделение с помощью льда-аффинной очистки

Ice-binding proteins (IBPs) belong to a family of stress-induced proteins that are synthesized by certain organisms exposed to subzero temperatures. In ...

Isolation of Intermediate Filament Proteins from Multiple Mouse Tissues to Study Aging-associated Post-translational Modifications

Выделение промежуточных белков-нитей из множественных мышечных тканей для изучения связанных со старением пост-трансляционных модификаций

Intermediate filaments (IFs), together with actin filaments and microtubules, form the cytoskeleton &#8211; a critical structural element of every cell. ...

Biochemical and Structural Characterization of the Carbohydrate Transport Substrate-binding-protein SP0092

Биохимических и структурных характеристик углеводный транспорта субстрата белок-SP0092

Development of new antimicrobials and vaccines for Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are necessary to halt the rapid rise in multiple resistant ...

Analyzing Dynamic Protein Complexes Assembled On and Released From Biolayer Interferometry Biosensor Using Mass Spectrometry and Electron Microscopy

Анализ динамических белковых комплексов монтируется на и освобождены от Biolayer интерферометрии биосенсора с использованием масс-спектрометрии и электронной микроскопии

In vivo, proteins are often part of large macromolecular complexes where binding specificity and dynamics ultimately dictate functional outputs. In this ...

Isolation of Glomeruli and In Vivo Labeling of Glomerular Cell Surface Proteins

Isolation of Glomeruli and In Vivo Labeling of Glomerular Cell Surface Proteins

Изоляция клубочков и в естественных условиях маркировки клубочковых клеток поверхности белков

Proteinuria results from the disruption of the glomerular filter that is composed of the fenestrated endothelium, glomerular basement membrane, and ...

Fluorescent Silver Staining of Proteins in Polyacrylamide Gels

Люминесцентные серебряные пятная белков в полиакриламидных гелей

Silver staining is a colorimetric technique widely used to visualize protein bands in polyacrylamide gels following sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide ...

Interfacial Molecular-level Structures of Polymers and Biomacromolecules Revealed via Sum Frequency Generation Vibrational Spectroscopy

Межфамальные молекулярные структуры полимеров и биомакромолекул, выявленные с помощью вибрационной спектроскопии генерации Sum

As a second-order nonlinear optical spectroscopy, sum frequency generation (SFG) vibrational spectroscopy has widely been used in investigating various ...

Localization of SUMO-modified Proteins Using Fluorescent Sumo-trapping Proteins

Локализация сумо-модифицированных белков с использованием флуоресцентного сумо-улавливания белков

Here we are presenting a novel method to study the sumoylation of proteins and their sub-cellular localization in mammalian cells and nematode oocytes. ...

Preparation of High-Quality Fermented Fish Product

Приготовление высококачественного ферментированного рыбного продукта

This protocol provides a method for preparation of industrialized fermented fish product with sturgeon (Aquilaria sinensis) meat product. The procedures ...