Name: construction of crispr plasmids and detection of knockout efficiency in mammalian cells through a dual luciferase reporter system
Uploaded: 2020-12-05T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Construction of CRISPR Plasmids and Detection of Knockout Efficiency in Mammalian Cells through a Dual Luciferase Reporter System at JoVE.com

تم تمويل هذا المشروع من قبل الدرجة الأولى برنامج العلوم في الأراضي العشبية من مقاطعة شاندونغ (الصين)، المؤسسة الوطنية للعلوم الطبيعية في الصين (31301936، 31572383)، الصندوق الخاص للبحوث الزراعية العلمية في المصلحة العامة (201403071)، وتقييم المخاطر الوطنية المشروع الخاص الرئيسي لجودة وسلامة منتجات الحليب (GJFP201800804) ومشاريع تشينغداو سبل العيش للشعب العلم والتكنولوجيا (19-6-1-68-nsh، 14-2-3-45-nsh، 13-1-3-88-nsh).

1. SGRNA oligonucleotide تصميم
<ol><li>تصميم sgRNAs باستخدام أدوات على الإنترنت مثل أداة Cas-Designer عبر الإنترنت (http://www.rgenome.net/cas-designer/). تسلسل PAM مهم استناداً إلى Cas9 قيد الاستخدام. لxCas9 ، وتسلسل PAM ذات الصلة هي NG والسابق المشار إليها كاس مصمم أداة على الانترنت يمكن أن تولد xCas9 sgRNAs ذات الصلة.<ol>
<li>استخدام أدوات تصمي...

<ol>
	<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+surrogate+reporter+system+for+multiplexable+evaluation+of+CRISPR/Cas9+in+targeted+mutagenesis.">A surrogate reporter system for multiplexable evaluation of CRISPR/Cas9 in targeted mutagenesis.</a> Scientific Reports. 8 (1), 1042 (2018).</li><li>Nageshwaran, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR+Guide+RNA+Cloning+for+Mammalian+Systems.">CRISPR Guide RNA Cloning for Mammalian Systems.</a> Journal of Visualized Experiments. (140), (2018).</li><li>Dang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimizing+sgRNA+structure+to+improve+CRISPR-Cas9+knockout+efficiency.">Optimizing sgRNA structure to improve CRISPR-Cas9 knockout efficiency.</a> Genome Biology. 16, 280 (2015).</li><li>Doench, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+sgRNA+design+to+maximize+activity+and+minimize+off-target+effects+of+CRISPR-Cas9.">Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9.</a> Nature Biotechnology. 34 (2), 184-191 (2016).</li><li>Moreno-Mateos, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPRscan:+designing+highly+efficient+sgRNAs+for+CRISPR-Cas9+targeting+in+vivo.">CRISPRscan: designing highly efficient sgRNAs for CRISPR-Cas9 targeting in vivo.</a> Nature Methods. 12 (10), 982-988 (2015).</li><li>Joung, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-scale+CRISPR-Cas9+knockout+and+transcriptional+activation+screening.">Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout and transcriptional activation screening.</a> Nature Protocols. 12 (4), 828-863 (2017).</li><li>Yang, L., Yang, J. L., Byrne, S., Pan, J., Church, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR/Cas9-Directed+Genome+Editing+of+Cultured+Cells.">CRISPR/Cas9-Directed Genome Editing of Cultured Cells.</a> Current Protocols in Molecular Biology. 107, 1-17 (2014).</li><li>Yang, L., Mali, P., Kim-Kiselak, C., Church, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR-Cas-mediated+targeted+genome+editing+in+human+cells.">CRISPR-Cas-mediated targeted genome editing in human cells.</a> Methods in Molecular Biology. 1114, 245-267 (2014).</li><li>Vidigal, J. A., Ventura, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+and+efficient+one-step+generation+of+paired+gRNA+CRISPR-Cas9+libraries.">Rapid and efficient one-step generation of paired gRNA CRISPR-Cas9 libraries.</a> Nature Communications. 6, 8083 (2015).</li><li>Mazon, G., Mimitou, E. P., Symington, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SnapShot:+Homologous+recombination+in+DNA+double-strand+break+repair.">SnapShot: Homologous recombination in DNA double-strand break repair.</a> Cell. 142 (4), 646 (2010).</li><li>Doench, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rational+design+of+highly+active+sgRNAs+for+CRISPR-Cas9-mediated+gene+inactivation.">Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9-mediated gene inactivation.</a> Nature Biotechnology. 32 (12), 1262-1267 (2014).</li><li>Lee, J. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Directed+evolution+of+CRISPR-Cas9+to+increase+its+specificity.">Directed evolution of CRISPR-Cas9 to increase its specificity.</a> Nature Communications. 9 (1), 3048 (2018).</li><li>Sung, Y. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+efficient+gene+knockout+in+mice+and+zebrafish+with+RNA-guided+endonucleases.">Highly efficient gene knockout in mice and zebrafish with RNA-guided endonucleases.</a> Genome Research. 24 (1), 125-131 (2014).</li><li>Ran, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Double+nicking+by+RNA-guided+CRISPR+Cas9+for+enhanced+genome+editing+specificity.">Double nicking by RNA-guided CRISPR Cas9 for enhanced genome editing specificity.</a> Cell. 154 (6), 1380-1389 (2013).</li><li>Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+sequencing+with+chain-terminating+inhibitors.">DNA sequencing with chain-terminating inhibitors.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (12), 5463-5467 (1977).</li><li>Ruan, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+efficient+CRISPR/Cas9-mediated+transgene+knockin+at+the+H11+locus+in+pigs.">Highly efficient CRISPR/Cas9-mediated transgene knockin at the H11 locus in pigs.</a> Scientific Reports. 5, 14253 (2015).</li><li>Li, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+plasmid+with+double+fluorescent+groups+and+its+application+as+standard+substance.">An plasmid with double fluorescent groups and its application as standard substance.</a> China patent. , (2012).</li><li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+the+porcine+p65+subunit+of+NF-kappaB+and+its+association+with+virus+antibody+levels.">Characterization of the porcine p65 subunit of NF-kappaB and its association with virus antibody levels.</a> Molecular Immunology. 48 (6-7), 914-923 (2011).</li><li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+pair+of+sgRNAs+targeting+porcine+RELA+gene.">A pair of sgRNAs targeting porcine RELA gene.</a> China patent. , (2015).</li></ol>

إجراءات استنساخ ناقلات sgRNA التي وصفناها هنا تسهل الإنتاج الفعال للـ sgRNAs ، مع معظم التكاليف المستمدة من طلب القلة وترتيب ناقلات. في حين أن الطريقة الموضحة مصممة للسماح للمستخدمين بتوليد sgRNAs للاستخدام مع CRISPR/Cas9 ، يمكن بسهولة تكييف البروتوكول للاستخدام مع تقويم Cas9 أو غيرها من عمليات الاستند?...

و CRISPR sgRNAs تضم تسلسل 20-النيوكليوتيدات (بروتوسبر), وهو مكمل لتسلسل الهدف الجينومي1,2. على الرغم من كفاءة عالية، فإن قدرة نظام CRISPR/Cas على تعديل موقع الجينوم معين يتطلب توليد ناقل يحمل sgRNA كفاءة فريدة من نوعها إلى الموقع المستهدف (ق)2. هذه الورقة تصف الخطوات الرئيسية في توليد هذا المتجه sgRNA.
لنجاح تحرير الجينوم باستخدام نظام CRISPR / Cas ، فإن استخدام sgRNAs عالية الكفاءة هو شرط أساسي حاسم3و4و5. منذ النوى المهندسة المستخدمة في تحرير الجينوم تظهر كفاءات متنوعة في مختلف loci المستهدفة1، واختيار مسبق من أهداف sgRNA مرشح ضروري من أجل توفير الوقت والجهد6،7،8،9. وقد تم تطوير نظام مراسل luciferase المزدوج لتقييم كفاءة خروج المغلوب من خلال دراسة إصلاح كسر حبلا مزدوجة عن طريق حبلا واحد التلاهم3,10. هنا نستخدم هذا النظام مراسل لاختيار هدف كريسبر SgRNA المفضل من مختلف ناقلات sgRNA مرشح مصممة لتحرير الجينات محددة. تم تنفيذ البروتوكول المذكور هنا في مجموعتنا والمختبرات المتعاونة على مدى السنوات القليلة الماضية لتوليد وتقييم SgRNAs كريسبر.
يلخص البروتوكول التالي كيفية تصميم sgRNA مناسبة من خلال برامج الشبكة. بمجرد تحديد sgRNAs مناسبة، ونحن وصف الخطوات المختلفة للحصول على oligonucleotides المطلوبة، فضلا عن نهج لإدراج oligonucleotides المقترنة في ناقلات التعبير pX330-xCas9. ونحن نقدم أيضا طريقة لتجميع sgRNA التعبير عن وseiferase مزدوجة ناقلات مراسل استنادا إلى ربط هذه التسلسلات في ناقلات التعبير قبل هضم (الخطوات 2-10، الشكل 1A). وأخيراً، فإننا نُصف كيفية تحليل كفاءة قطع الحمض النووي لكل من الـ sgRNAs (الخطوات 11-12).

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>A new generation of full touch screen gradient PCR instrument</td>
			<td>LongGene</td>
			<td>A200</td>
			<td>Target gene amplification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AscI restriction enzymes</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R0558V</td>
			<td>Cutting target vectors</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BbsI restriction enzyme</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R0539S</td>
			<td>Cutting target vectors</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean workbench</td>
			<td>AIRTECH</td>
			<td>SW-CJ-2FD/VS-1300L-U</td>
			<td>A partial purification device in the form of a vertical laminar flow, which creates a local high clean air environment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DH5&#945; Competent Cells</td>
			<td>TaKaRa</td>
			<td>K613</td>
			<td>Plasmid vector transformation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dual-Luciferas Reporter Assay System</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E1910</td>
			<td>Dual-luciferas reporter assay</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electric thermostatic water bath</td>
			<td>Sanfa Scientific Instruments</td>
			<td>DK-S24</td>
			<td>Heating reagent by constant temperature in water bath</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electrophoresis</td>
			<td>Beijing Liuyi Biotechnology Co., Ltd.</td>
			<td>DYY-6C</td>
			<td>Control voltage, current, etc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Reference 2</td>
			<td>Eppendorf China Ltd.</td>
			<td>Reference 2</td>
			<td>Accurately draw and transfer traces of liquid</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel imaging analyzer</td>
			<td>Beijing Liuyi Biotechnology Co., Ltd.</td>
			<td>WD-9413B</td>
			<td>For the analysis of electrophoresis gel images</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GloMax 20/20 Luminometer</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E5311</td>
			<td>Detect dual luciferase activity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High speed refrigerated centrifuge</td>
			<td>BMH</td>
			<td>sigma 3K15</td>
			<td>Nucleic acid extraction and purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Intelligent biochemical incubator</td>
			<td>Sanfa Scientific Instruments</td>
			<td>SHP-160</td>
			<td>Provide a suitable temperature environment for the enzyme digestion experiment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Broth Agar</td>
			<td>Sangon Biotech</td>
			<td>A507003-0250</td>
			<td>For the cultivation of E.coli</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipofectamine 3000 Transfection Reagent Kit</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>L3000015</td>
			<td>DNA Transfection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SalI restriction enzymes</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R3138V</td>
			<td>Cutting target vectors</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SanPrep Column DNA Gel Extraction Kit</td>
			<td>Sangon Biotech</td>
			<td>B518131-0050</td>
			<td>Recycling DNA fragments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SanPrep Column Plasmid Mini-Preps Kit</td>
			<td>Sangon Biotech</td>
			<td>B518191-0100</td>
			<td>Extraction of plasmid DNA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 DNA Ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202V</td>
			<td>Link DNA fragment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaKaRa MiniBEST DNA Fragment Purification Kit Ver.4.0</td>
			<td>TaKaRa</td>
			<td>9761</td>
			<td>DNA purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical pressure steam sterilizer</td>
			<td>JIBIMED</td>
			<td>LS-50LD</td>
			<td>High temperature and autoclave to kill bacteria, fungi and other microorganisms in laboratory equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath thermostat</td>
			<td>Changzhou Guoyu Instrument Manufacturing Co., Ltd.</td>
			<td>SHZ-82</td>
			<td>Let the bacteria keep shaking, which is good for contact with air.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

construction of crispr plasmids and detection of knockout efficiency in mammalian cells through a dual luciferase reporter system

على الرغم من كفاءة عالية، تعديل موقع الجينوم من قبل انزيم CRISPR يتطلب توليد sgRNA فريدة من نوعها إلى الموقع المستهدف (المواقع) مسبقا. يصف هذا العمل الخطوات الرئيسية التي تؤدي إلى بناء ناقلات SgRNA فعالة باستخدام استراتيجية تسمح بالكشف الفعال للمستعمرات الإيجابية بواسطة PCR قبل تسلسل الحمض النووي. وبما أن تحرير الجينوم الفعال باستخدام نظام CRISPR يتطلب SgRNA عالية الكفاءة ، فإن الاختيار المسبق لأهداف SgRNA المرشحة ضروري لتوفير الوقت والجهد. وقد تم تطوير نظام مراسل luciferase مزدوجة لتقييم كفاءة خروج المغلوب من خلال دراسة إصلاح كسر حبلا مزدوجة عن طريق حبلا وحيد. هنا ، نستخدم نظام المراسل هذا لالتقاط الهدف المفضل xCas9/sgRNA من ناقلات sgRNA المرشحة لتحرير جينات محددة. وسيوفر البروتوكول المبين ناقل إنزيم SgRNA/CRISPR المفضل في 10 أيام (بدءًا من oligonucleotides المصمم بشكل مناسب).

الأساليب المبينة في هذا البروتوكول هي لبناء ناقلات التعبير sgRNA وxCas9 ومن ثم للفحص الأمثل من oligos sgRNA مع زيادة نسبيا الجينات استهداف الكفاءة. هنا نعرض مثالا تمثيليا من أهداف 3 sgRNA للخراف DKK2 exon 1. SgRNA و xCas9 التعبير عن يمكن أن يبنى ناقلات قبل هضم العمود الفقري ناقلات(الشكل 2)تليه...

Watch this Scientific Journal Video about Construction of CRISPR Plasmids and Detection of Knockout Efficiency in Mammalian Cells through a Dual Luciferase Reporter System at JoVE.com

Construction of CRISPR Plasmids and Detection of Knockout Efficiency in Mammalian Cells through a Dual Luciferase Reporter System

هنا، نقدم بروتوكول يصف طريقة مبسطة لتوليد كفاءة البلازميدات التعبير عن كل من الانزيم CRISPR ودليل واحد المرتبطة RNA (sgRNAs). co-transfection من خلايا الثدييات مع هذا الناقل sgRNA / CRISPR وseiferase مزدوجة لوسيفيراز مراسل الناقل الذي يدرس مزدوجة حبلا كسر إصلاح يسمح بتقييم كفاءة خروج المغلوب.

بناء من CRISPR Plasmids والكشف عن كفاءة خروج المغلوب في خلايا الثدييات من خلال نظام مراسل Luciferase مزدوجة

Although highly efficient, modification of a genomic site by the CRISPR enzyme requires the generation of a sgRNA unique to the target site(s) beforehand. ...

يصف هذا البروتوكول الخطوات الرئيسية في توليد وتعظيم كفاءة ناقلات sgRNA. إن سعينا قبل أن نُعد المرشح SgRNA يستهدف الوقت والاستدلال النسبيين. والميزة الرئيسية لهذا البروتوكول هو أنه يجعل من الممكن لتحليل الانطباعات الترميز الحمض النووي لكل من sgRNAs دون تحرير الجينات الذاتية.ويمكن أيضا تطبيق طريقة الاختيار المسبق هذه على تدابير تحرير الجينات الأخرى من خلال فترات الراحة المزدوجة. تبدأ عن طريق تخفيف oligonucleotides مبيد البيدوغين إلى تركيز نهائي من 10 ميكرومولار في الماء المقطر مزدوجة. تخلط إلى الأمام وعكس oligonucleotides في أنبوب PCR رقيقة الجدران بنسبة واحد إلى واحد دون إضافة أي عازلة إضافية.احتضان الخليط في 95 درجة مئوية لمدة خمس دقائق، ثم منحدر إلى أسفل درجة الحرارة إلى 72 درجة مئوية لمدة 10 دقائق. إزالة مزيج oligonucleotide من آلة PCR والسماح لها لتبرد في درجة حرارة الغرفة. هضم متجه pX330-xCas9، مع Bbs1، والجمع بين الناقل والانزيم، ومخزن الهضم في حجم 50 ميكرولتر واحتضان رد الفعل في 37 درجة مئوية لمدة ساعتين.بعد إجراء تحويل الخلايا، واختيار خمسة إلى 10 مستعمرات بكتيرية من لوحة LB واستخدام كل واحد منهم لتطعيم ملليلتر واحد من وسائل الإعلام LB مع 60 ملليغرام أمبيسيلين في أنبوب 1.5 ملليلتر. ثم احتضان الأنابيب على شاكر دوار لمدة ساعتين إلى ثلاث ساعات. قم بإجراء PCR لفحص البلازميدات المؤتلفة كما هو موضح في مخطوطة النص، ثم قم بتشغيل المنتجات على جل Agarose بنسبة 2٪تحت 10 فولت لكل سنتيمتر.بعد تحديد البلازميدات الإيجابية ، واستخدامها ، جنبا إلى جنب مع ناقل مراسل ، للمشاركة في نقل خط الخلية المناسبة. لlyse الخلايا، وإزالة المتوسطة النمو من الخلايا المستنمَد. غسل بلطف سطح السفينة الثقافة مع برنامج تلفزيوني والاستغناء 100 ميكرولتر من PLB في كل ثقافة بشكل جيد لتغطية طبقة الخلية أحادية تماما.اترك الطبق يحتضن في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة، ثم انقل اللساتية إلى أنبوب أو قارورة لمزيد من المناولة أو التخزين. لتنفيذ مقايسة لوسيفراز المزدوجة، قم ببرمجة المقاييس المضيئة لتوفير تأخير ما قبل القراءة الثانيين متبوعاً بفترة قياس 10 ثوانٍ. ثم، الاستغناء 100 ميكرولترات من مُسايس luciferase الكاشف في العدد المناسب من أنابيب المضيء.إضافة بعناية 20 ميكرولترات من الخلية lysate في أنبوب مضيئة ومزيج عن طريق الأنابيب مرتين أو ثلاث مرات. ضع الأنبوب في المضيء وابدأ القراءة. إزالة أنبوب عينة من مضيئة.إضافة 100 ميكرولترات من الكاشف وقف ودوة لفترة وجيزة لخلط. أرجع العينة إلى مقياس الإضاءة وابدأ القراءة. سجل نشاط رينيها لوسيفراز، تطبيع إلى نشاط لوسيفراز اليرا، وتحديدا تبادل النسبة المعروضة على الشاشة.تخلص من أنبوب التفاعل عند الانتهاء. وقد استخدمت هذه الطريقة لتوليد ثلاثة ناقلات sgRNA للأغنام DKK2 إكسون 1. تم بناء ناقلات sgRNA وxCas9 المعبرة عن ذلك عن طريق هضم العمود الفقري للمتجهات متبوعة بربطها في سلسلة من شظايا الحمض النووي قصيرة مزدوجة حبلا من خلال أزواج القلة.تم فحص سبع مستعمرات بكتيرية مع زوج التمهيدي محددة موجهة PCR واكتشفت المستعمرات الإيجابية. تم الكشف عن قدرات استهداف الجينات pX330-xCas9 T1 و T2 و T3 في وقت واحد مع مقايسة لوسيفيراز المزدوجة. وعرض آخر متجه من SgRNA أعلى إشارة الكشف واستخدم فيما بعد في أبحاث تحرير جينات الأغنام.بعد هذا البروتوكول، يمكن إجراء فحص T7EI أو مقايسة ريبونوكلي. هذه التدابير الإضافية تعطي انطباعات أكثر دقة عن تحرير الجينات الذاتية.

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Detection and Isolation of Circulating Melanoma Cells using Photoacoustic Flowmetry

كشف وعزل خلايا الميلانوما تعميم استخدام Flowmetry الضوئي

Circulating tumor cells (CTCs) are those cells that have separated from a macroscopic tumor and spread through the blood and lymph systems to seed ...

Bacterial Detection &amp; Identification Using Electrochemical Sensors

Bacterial Detection & Identification Using Electrochemical Sensors

كشف البكتيرية والاستدلال باستخدام مجسات الكهروكيميائية

Electrochemical  sensors are widely used for rapid and accurate measurement of blood glucose and  can be adapted for detection of a wide variety of ...

Construction and Characterization of a Novel Vocal Fold Bioreactor

البناء وتوصيف من طية تفاعلات الاحيائية الرواية الصوتية

In vitro engineering of mechanically active tissues requires the presentation of physiologically relevant mechanical conditions to cultured cells. To ...

Cultivation of Mammalian Cells Using a Single-use Pneumatic Bioreactor System

زراعة خلايا الثدييات عن طريق استخدام المفرد نظام هوائي تفاعلات الاحيائية

Recent advances in mammalian, insect, and stem cell cultivation and scale-up have created tremendous opportunities for new therapeutics and personalized ...

Electrotaxis Studies of Lung Cancer Cells using a Multichannel Dual-electric-field Microfluidic Chip

الدراسات انجذاب كهربي من الرئة خلايا سرطان باستخدام القنوات المتعددة ثنائي الكهربائية الميدان ميكروفلويديك رقاقة

The behavior of directional cell migration under a direct current electric-field (dcEF) is referred to as electrotaxis. The significant role of ...

A Protocol for Multiple Gene Knockout in Mouse Small Intestinal Organoids Using a CRISPR-concatemer

بروتوكول لعدة خروج المغلوب الجيني في ماوس الأورغانويدات المعوية الصغيرة باستخدام كريسبر-كونكاتيمر

CRISPR/Cas9 technology has greatly improved the feasibility and speed of loss-of-function studies that are essential in understanding gene function. In ...

Efficient Generation and Editing of Feeder-free IPSCs from Human Pancreatic Cells Using the CRISPR-Cas9 System

كفاءة توليد وتحرير إيبسكس تغذية خالية من خلايا البنكرياس البشرية باستخدام نظام كريسبر-Cas9

Embryonic and induced pluripotent stem cells can self-renew and differentiate into multiple cell types of the body. The pluripotent cells are thus coveted ...

An Orbital Shaking Culture of Mammalian Cells in O-shaped Vessels to Produce Uniform Aggregates

المداري تهز ثقافة خلايا الثدييات في السفن على شكل س لإنتاج المجاميع الموحدة

Suspension cultures of mammalian cell aggregates are required for various applications in medical and biotechnological fields. The disposable bag-based ...

Scalable Fabrication of Stretchable, Dual Channel, Microfluidic Organ Chips

تصنيع قابلة المط ومزدوجة القناة، رقائق موائع جزيئية الجهاز

A significant number of lead compounds fail in the pharmaceutical pipeline because animal studies often fail to predict clinical responses in human ...

Construction of a Multilayered Mesenchymal Stem Cell Sheet with a 3D Dynamic Culture System

بناء ورقة الطبقات الوسيطة من الخلايا الجذعية مع نظام 3D دينامية الثقافة

Stem cell therapy shows a promising future in regenerating injured organ and tissues, and the cell sheet technique has been developed to improve the low ...